亞族
- 黑果枸杞XTH轉錄因子家族鑒定與生物信息學分析
家族成員分為4個亞族(圖3),除III A和Ancestral亞族不含有LrXTH成員外,III B亞族含有基因LrXTH2,LrXTH13和LrXTH14,其余成員則位于I/II亞族。同時I/II亞族的XTH蛋白數(shù)量較多,共有16名成員,AtXTH1,AtXTH2,AtXTH3和AtXTH11基因則被歸入Ancestral亞族。同時在系統(tǒng)發(fā)育樹中部分XTH基因形成了相關姐妹對,如LrXTH14和NtXTH47,LrXTH1和NP_001 234369.2
草地學報 2023年10期2023-11-02
- 植物bHLH轉錄因子調控鐵穩(wěn)態(tài)的研究進展
錄因子家族之一，亞族豐富［11］，擬南芥、水稻中的所有bHLH家族成員可分為32個亞族，其中擬南芥中包含的bHLH家族成員有162個，水稻中包含167個［12］。bHLH蛋白是一個真核轉錄因子家族，調節(jié)與細胞分化和發(fā)育有關的一系列基因的表達［13］。bHLH家族以其高度保守的堿性/螺旋-環(huán)-螺旋結構域命名，bHLH結構域由大約60個氨基酸殘基組成，分為兩個區(qū)域，一個是堿性區(qū)，通常由13-17個氨基酸組成，位于氨基酸序列的N端，負責二聚化和參與DNA與E-b
生物技術通報 2023年7期2023-08-15
- 普通煙草GATA 轉錄因子家族鑒定及基因表達分析
構特征可分為兩個亞族，其中GATA1-3 為一個亞族，GATA4-6為另一亞族［5］。有研究表明，動物中GATA轉錄因子與細胞的增殖分化以及動物個體的生長發(fā)育有著密切聯(lián)系［2］，其中GATA1-3與動物細胞的造血功能密切相關［6］，而GATA4-6在動物心臟形成過程中發(fā)揮重要作用［7-8］。與動物的GATA轉錄因子家族不同，真菌中大多數(shù)的GATA蛋白僅包含單個鋅指結構域，通常分為兩大類：一類GATA蛋白是帶有17個殘基的Ⅳa 型鋅指（C-X2-C-X17-
煙草科技 2023年1期2023-02-21
- 植物ABC轉運蛋白功能研究進展
物ABC分為8個亞族(ABCA～ABCG和ABCI)，植物中未發(fā)現(xiàn)ABCH 亞族成員，但存在一類特殊的細菌類型 ABC 轉運蛋白，被命名為 ABCI 亞族[1]。目前，研究較多的為 ABCG、ABCB和ABCC[18]。ABC 轉運蛋白參與植物體中多種重要的轉運過程，其轉運功能需要NBD和TMD的共同參與。由于NBD的高度保守性和每個亞族結構的相似性，導致其轉運功能具有專一性，也具有相似性。2 ABC轉運蛋白功能2.1 ABCA亞族迄今為止，在人類基因組中
西北農業(yè)學報 2023年1期2023-02-15
- 菠蘿R2R3-MYB基因家族S20亞族的鑒定
一步細分為22個亞族[5]，其中S20亞族包括MYB2、MYB62、MYB78、MYB108、MYB112和MYB116，與植物逆境脅迫響應、衰老及后續(xù)的細胞凋亡過程有關。擬南芥AtMYB2參與缺氧反應調控，能與缺氧響應基因上游的MYB結合位點(MBS)結合并誘導相關基因的表達[8]；桉樹EgMYB2能與木質素合成相關的肉桂酰輔酶A還原酶(CCR)以及肉桂醇脫氫酶(CAD)基因的啟動子結合，調控木質素生物合成和次生細胞壁形成[9]。AtMYB62受低磷信號
西北農林科技大學學報（自然科學版） 2022年12期2022-12-07
- 黑莓果實發(fā)育過程中蔗糖磷酸合成酶基因的表達分析
4個SPS基因亞族[5]中，除了D亞族僅存在于單子葉植物中[6]，其他亞族成員在單、雙子葉植物中均有發(fā)現(xiàn)。A亞族廣泛存在于植物的各個組織中，B亞族主要存在于植物的生殖器官，C亞族主要存在于植物的成熟組織中。目前，在擬南芥(Arabidopsisthaliana)中共發(fā)現(xiàn)4個SPS基因，分別為SPSA1、SPSA2、SPSB和SPSC，其中SPSA1主要在光合作用合成蔗糖過程中發(fā)揮重要作用[7]，SPSA1參與花粉末期蔗糖合成[8]，SPSA1和SPSA2
南京林業(yè)大學學報（自然科學版） 2022年1期2022-11-29
- 莖用萵苣2個WRKYⅢ亞族轉錄因子基因的克隆與表達
KY家族分為3個亞族Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ，其中WRKYⅡ亞族可以進一步分為Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe[9-10]。與WRKYⅠ和WRKYⅡ相比，WRKYⅢ亞族含有C2HC鋅指結構(C-X7-C-X23-H-X1-C)，同時在植物進化過程中，WRKYⅢ亞族被認為是3個亞族中適應性最強、最先進的亞族[11]。研究表明，WRKY蛋白在生物脅迫(如害蟲、病原感染)、非生物脅迫(如干旱、鹽、低溫、高溫、活性氧等)、激素和生長發(fā)育調控中發(fā)揮重要作用[11-13]。目前已在多種
西北植物學報 2022年10期2022-11-26
- 楊梅全基因組的GATA轉錄因子鑒定、功能及進化分析
染色體上均有第Ⅰ亞族基因的分布；第Ⅳ亞族的成員全分布于“CM025855.1”號染色體上，且該染色體上的MrGATA基因密度最高，共包含了來自Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ亞家族的8個基因.表1 MrGATA轉錄因子家族信息2.2 楊梅MrGATA轉錄因子的結構域比對及分類為了進一步揭示MrGATA轉錄因子的基序組成，利用MEME鑒定MrGATA轉錄因子的保守基序(圖1)，所有的MrGATA轉錄因子都存在motif1基序，即GATA結構域.并且各基序在4類亞族之間的分布存
福建農林大學學報（自然科學版） 2022年5期2022-10-08
- 黃花蒿Dof基因家族鑒定及在GA-UV處理下對青蒿素生物合成的影響＊
C2.1外的所有亞族中，其中C3亞族的所有序列均顯示為細胞外定位，這可能與其參與調控的功能機制密切相關[27]。表2 黃花蒿Dof家族基本信息2.2 黃花蒿Dof家族系統(tǒng)進化分析將AaDof 蛋白序列與36 個擬南芥Dof 序列及部分水稻和番茄[5,8]中報道的Dof 序列進行同源對比，并以鄰接法構建系統(tǒng)發(fā)育樹。聚類結果顯示AaDof序列易與自身聚為一支，具有較高的保守性，此外較多與番茄Dof 序列聚為一支，顯示二者進化更為相似。依據(jù)Lijavetzky
世界科學技術-中醫(yī)藥現(xiàn)代化 2022年5期2022-09-29
- 二穗短柄草CYP72A亞族成員表達分析及亞細胞定位
0被歸類為同一個亞族。CYP72基因家族是CYP450中參與次生代謝的最大的酶類族群之一，CYP72A屬于CYP72基因家族中的一個亞族，在被子植物中十分保守。二穗短柄草(L.)植株矮小、生育期短、基因組小，與小麥()等禾谷類作物的親緣關系較近，且二倍體二穗短柄草(2=10)的基因組與擬南芥()的基因組大小相仿，擁有草類植物種類中最簡單的基因組，因此被作為小麥研究的理想模式植物。有研究表明，CYP72A亞族氧化酶參與多種代謝途徑。苜蓿()CYP72A67是
江蘇農業(yè)科學 2022年17期2022-09-24
- 谷子GRAS轉錄因子家族的全基因組鑒定、表達分析及標記開發(fā)
的N末端序列在各亞族間差異較大。在同一亞家族中，SiGRAS蛋白質的氨基酸序列表現(xiàn)出高度一致性(圖2)。注：外顯子和內含子分別用黑色方框和黑色線條表示，UTR用淺灰色方框表示。不同顏色代表不同的結構域。Note: Exons and introns were indicated by dark boxes and dark lines respectively, UTRs were indicated by light grey boxes. Differ
核農學報 2022年9期2022-09-21
- 基于轉錄組數(shù)據(jù)的生姜ZoWRKY基因家族鑒定及逆境響應分析
蛋白可分為Ⅰ和Ⅱ亞族，其中亞族Ⅰ含有2個WKRY結構域，其他亞族含有1個WKRY結構域[9]；結合C端鋅指結構域的差異，又可分為Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ亞族，其中Ⅱ亞族又細分為Ⅱ-a+Ⅱ-b、Ⅱ-c和Ⅱ-d+Ⅱ-e 亞組[10]。WRKY轉錄因子廣泛參與植物系統(tǒng)發(fā)育[11-12]、逆境應答[13-14]和轉錄激活[15-16]等過程。LbWRKY3基因參與枸杞（Lycium barbarum L.）果實生長發(fā)育調控[17]；CaWRKY40和CaWRKY6在辣椒（Cap
作物雜志 2022年4期2022-09-13
- 甜瓜Trihelix轉錄因子的鑒定與生物信息學分析
和SIP1等5個亞族。此家族每個亞族的結構域都十分保守，每個α螺旋均有1個保守的色氨酸。每個亞族間卻不同，GT-2亞族的N、C端分別有1個Trihelix保守結構域，GT-2C、SH4及GT-1亞族中的Trihelix結構域內部疏水區(qū)都有1個色氨酸殘基。GTγ亞族中有1個第四α螺旋和N端Trihelix結構域，SH4亞族無前者，即(F/Y)-(F/Y)-X-X-(L/I/M)-X-X-(L/I/M)保守序列，其余Trihelix亞家族均含有此結構域。異亮氨
江蘇農業(yè)科學 2022年16期2022-08-26
- 黃芩MYB轉錄因子家族全基因組鑒定與分析
MYB可分為4個亞族：1R-MYB、2R-MYB(R2R3-MYB)、3R-MYB和4R-MYB，R2R3-MYB是數(shù)量最多、功能也最為廣泛的亞族[5-7]。MYB轉錄因子是目前研究較多的轉錄因子家族，廣泛參與調控植物的生長發(fā)育、抗逆脅迫、次級代謝產物的積累。已報道研究中，MYB參與調控植物黃酮類成分合成的報道居多，如蘋果(Malusdomestica)MdMYB9和MdMYB11都能與花青素合成酶(Anthocyanin Synthetase，ANS)、
世界中醫(yī)藥 2022年13期2022-08-24
- 甜橙TIFY基因家族的鑒定及其在成花誘導中的表達分析
L和PPD共4個亞族[1-3]。其中TIFY亞族只包含TIFY結構域；JAZ亞族包含TIFY和Jas結構域；ZML亞族包含TIFY、CCT和ZML結構域；PPD亞族包含TIFY、PPD和一個不完整的Jas結構域[4]。TIFY基因最早在擬南芥中發(fā)現(xiàn)，因其含有TIFY保守結構域并參與花序發(fā)育而得到確認[5]。目前，牽?；╗6]、桃[7]和番茄[8]等植物中的TIFY基因已被陸續(xù)鑒定出來，并對其調控植物成花相關功能進行了深入研究。Kim等[6]利用轉基因技術將
西北農業(yè)學報 2022年7期2022-07-22
- 油菜F-box-LRR基因全基因組鑒定與核盤菌誘導應答分析
box-LRR 亞族分為61、19、16個[16,33～35]。經濟作物蘋果、梨中分別含有517 和226個F-box基因，其中F-box-LRR 亞族分別為34 和3個[34,36]。數(shù)以百計的F-box基因存在于各種植物中，這使其成為植物最大的基因家族之一，然而還沒有對F-box-LRR亞族進行單獨分析。油菜是我國重要的油料作物，菜籽油是我國主要的食用油，同時也是重要的飼料蛋白來源[2,37]。隨著油菜基因組計劃的持續(xù)推動，目前已獲得了油菜不同品種（D
中國油料作物學報 2022年3期2022-07-08
- 黑果枸杞GRF轉錄因子家族鑒定與生物信息學分析
Fs被分成 7個亞族(Ⅰ～Ⅶ)，Ⅰ亞族含有LrGRF1和LrGRF5，Ⅱ亞族含有LrGRF9，Ⅲ亞族沒有含有LrGRF基因，Ⅳ亞族含有LrGRF4，LrGRF7，LrGRF11和LrGRF13，Ⅴ亞族含有LrGRF3和LrGRF12，Ⅵ亞族含有LrGRF8，LrGRF10和LrGRF14，Ⅶ亞族含有LrGRF2和LrGRF6。同時還表明IV亞族和Ⅶ亞族的GRF蛋白數(shù)量較多，分別有15和13名成員，沒有水稻和玉米GRF蛋白則被歸入Ⅰ，Ⅴ和Ⅵ亞族。此外，在系統(tǒng)
草地學報 2022年6期2022-07-08
- 毛果楊ZHD家族全基因組水平鑒定及在干旱脅迫下的表達分析
可以分成 7 個亞族 (Ⅰ～Ⅶ)[5，8，12]，PtrZHD不同亞族中即包括單子葉植物又包括雙子葉植物，表明該基因家族的分化早于單雙子葉植物的分化。圖1 毛果楊、擬南芥、水稻和大白菜ZHD家族系統(tǒng)進化樹Figure 1 Phylogenetic tree of ZHD protein family in P. trichocarpa， A. thaliana ， O. sativa and B. rapa ssp. pekinensis2.3 PtrZH
浙江農林大學學報 2022年3期2022-06-28
- Sox基因家族在水生動物性腺發(fā)育中的功能研究進展
為A～K 11個亞族，被報道參與調控胚胎、性腺及神經系統(tǒng)的發(fā)育，以及心臟、血管和骨骼的發(fā)生等多項生長發(fā)育過程[3]。本文對Sox基因家族的發(fā)現(xiàn)、鑒定及分類進行了概述，并對其在水生動物性腺發(fā)育中的功能研究進展進行綜述，以期為更好地研究水生動物Sox基因家族調控方式和具體功能提供參考，為深入研究并進一步完善水生動物的性腺發(fā)育調控機制提供基礎資料。1 Sox基因家族的發(fā)現(xiàn)與鑒定最早得到鑒定的Sox基因家族成員是SRY(Sry)基因即Y染色體上的性別決定基因，現(xiàn)已
生物學雜志 2022年3期2022-06-20
- 單葉薔薇bZIP轉錄因子家族鑒定與表達分析
IP蛋白分為12亞族(圖1)。在Dr?ge-Laser等[1]研究的進化樹中，ATbZIP72單獨組成M亞族，但是在單葉薔薇與擬南芥共同構建的進化樹中，ATbZIP72被分入E亞族中。不同亞族單葉薔薇的基因數(shù)目不同，最大的S亞族和A亞族具有9個成員。J亞族不含單葉薔薇bZIP蛋白，推測這些蛋白質在單葉薔薇進化過程中丟失。2.3 單葉薔薇bZIP轉錄因子家族保守序列、基因結構與啟動子分析單葉薔薇bZIP轉錄因子家族的基序分布和基因結構分析結果見圖2。在10個
西北農林科技大學學報（自然科學版） 2022年6期2022-06-14
- 芹菜TCP基因家族全基因組鑒定、進化分析和表達研究
CP基因分為兩大亞族：ClassⅠ亞族（PCF或TCP-P）和ClassⅡ亞族（TCP-C）[9]。這兩類蛋白之間最顯著的區(qū)別是在I亞族蛋白的堿性區(qū)域相對于Ⅱ類蛋白缺失了4個氨基酸。根據(jù)氨基酸序列的差異，Ⅱ亞族蛋白又可進一步分為CIN和CYC/TB1兩個亞類，尤其是在TCP結構域的堿性區(qū)域。隨著多個物種基因組測序的完成，越來越多的TCP轉錄因子家族相繼被挖掘和鑒定。研究表明，TCP基因在植物生長發(fā)育的許多生物學過程中發(fā)揮著重要作用，包括種子萌發(fā)[10]、葉
四川農業(yè)大學學報 2022年2期2022-05-11
- 人參bZIP基因家族生物信息學分析
重要調控作用；A亞族成員/（）、（）、/（）參與干旱脅迫和鹽脅迫調控，推測與A亞族成員具有同源關系的、、、在干旱脅迫和鹽脅迫條件下具有相似調控作用。人參；；生物信息學；基因家族；鹽脅迫；干旱脅迫作為成員眾多的轉錄因子家族，在植物領域研究較為透徹[1]。該基因家族對植物的生長發(fā)育有重要調節(jié)作用，參與植物次生代謝和非生物脅迫的調控[2-3]。通過前人研究成果發(fā)現(xiàn)，在擬南芥、陸地棉、花生、小麥、番茄等植物中分別含有75、151、112、156、70個基因成員[4
中草藥 2022年9期2022-05-06
- 桃NAC家族基因生物信息學分析及其響應低溫脅迫的表達特征
個被劃分為12個亞族(Ⅰ～Ⅻ)，每個亞族的成員數(shù)量為1～22。其中，第Ⅹ亞族成員數(shù)量最少，只包含1個基因；第Ⅰ亞族成員數(shù)量最多，包含22個基因。為了鑒定的結構多樣性，分析了單個基因序列中的外顯子-內含子數(shù)量。結果(圖1-B)顯示：19個基因沒有內含子，除026外均處于第Ⅷ和第Ⅸ亞族中；其余基因至少包含1個內含子(005、017、023、034、069、071、086、091、092、095)，最多包含9個內含子(029)。同一亞族內的基因內含子數(shù)量和長度基
浙江農業(yè)學報 2022年4期2022-04-27
- 家蠶Fox轉錄因子在精巢中的表達特征及BmFoxL2在精巢發(fā)育中的功能初探
性，可分為19個亞族：FoxA～FoxS(Weigeletal., 1989; Kerschneretal., 2014)。不同F(xiàn)ox蛋白已被證明在哺乳動物和昆蟲的組織發(fā)育和先天免疫等多種生物學過程中發(fā)揮關鍵作用。在黑腹果蠅Drosophilamelanogaster中，F(xiàn)oxN3(CHES-1-like)的過表達會導致精巢形態(tài)異常，并抑制精子發(fā)生的過程(Yuetal., 2016)。甜菜夜蛾SpodopteraexiguaSeFox蛋白結構與家蠶BmFo
環(huán)境昆蟲學報 2022年1期2022-03-24
- 甜橙SPL基因家族的鑒定及其在成花誘導中的表達分析
Ls被劃分成8個亞族，同一亞族CsSPLs的基因結構較為相似，如CsSPL1、CsSPL8和CsSPL14同屬S9亞族，均含3個長度相似的外顯子，證明親緣關系近的CsSPLs具有較保守的基因結構。CsSPLs的蛋白序列含有10個保守性較強的Motif(圖3)。除CsSPL5只含Motif 1和Motif 3外，其余CsSPLs均含有Motif 1、Motif 2和Motif 3。此外，CsSPL10、CsSPL12和CsSPL15還含有Motif 4～Mo
西北植物學報 2022年1期2022-03-09
- 大豆PP2C家族基因鑒定與響應鹽脅迫的轉錄組分析
基因被分為13個亞族(A～E、F1、F2、G～L)，另外有7個未被分組。亞族A的PP2C蛋白在ABA信號網(wǎng)絡中發(fā)揮重要作用，參與調節(jié)生理過程和脅迫響應，例如干旱、極端溫度和鹽脅迫等。正常條件下，擬南芥亞族A中的PP2C蛋白能夠與SnRK2s蛋白激酶結合抑制其活性；而在植物響應非生物脅迫時，PYR/PYL蛋白能夠耦合脫落酸(abscisic acid，ABA)，進而結合亞族A中的PP2C蛋白，使其釋放SnRK2s蛋白激酶，進而激活下游轉錄因子以適應逆境脅迫。
浙江農業(yè)學報 2022年2期2022-03-03
- 大豆HSP20基因的鑒定及表達分析
的同源性。在各個亞族中，成員數(shù)量不一，CI有26個成員，CⅡ有2個，CⅢ有2個，P有7個，ER有6個，MI有4個，MⅡ有2個，Po有3個，未知功能的UN1亞族有2個，UN2有2個，UN3有13個。大多數(shù)GmHSP20基因分布在細胞質或細胞核中，少量分布在細胞器內。圖2 GmHSP20基因進化樹2.3GmHSP20基因啟動子原件分析為了研究GmHSP20基因在進化過程中的多樣性變化，對基因結構進行分析，結果（圖3左）表明，家族基因在結構上較為保守，雖然56個
湖南農業(yè)科學 2021年12期2022-01-19
- 高粱GRAS基因家族全基因組鑒定及其對烯效唑的響應
種之間，GRAS亞族分類不同，如早期擬南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻和玉米的GRAS蛋白可根據(jù)結構差異分為8個亞家族[4]，即DELLA、SCR、LS、PAT1、HAM、SCL3、SHR和LISCL亞家族，后來隨著基因組學研究的深入，GRAS家族又被分為10～16個亞族[11-12]。不同的亞族參與的生理生化反應各不相同，如DELLA是赤霉素(GA)信號通路的負調控因子，當接收到細胞外GA信號時會在細胞核降解，并傳遞出GA正常的信號
河北農業(yè)大學學報 2021年5期2021-11-10
- 海島棉GH9基因家族成員鑒定及分析
為A、B、C三個亞族[1]。A亞族N端有一個跨膜區(qū)域，是膜結合蛋白。在擬南芥中，GH9A (KOR) 是纖維素合酶復合體的重要成分[2-3]。在楊樹[4-5]和陸地棉[6]中沉默KOR顯著減少結晶纖維素含量?？梢姡珿H9A參與植物細胞壁纖維素生物合成。B亞族通常包含信號肽，是分泌蛋白，在植物GH9基因家族中數(shù)量最多，具有復雜多變的功能。沉默擬南芥GH9B1(CEL1) 造成細胞壁褶皺，同時伴隨減少的纖維素和木質素含量[7]。在水稻中，OsGH9B8、OsG
中國農業(yè)科技導報 2021年9期2021-09-30
- 馬鈴薯StSnRK2基因家族的鑒定與表達分析
因成員分為不同的亞族。ExPASy網(wǎng)站（http://web.expasy.org/protparam/）[31]可用來計算StSnRK2基因成員的氨基酸數(shù)量、分子量和等電點（pI）等指標。利用本地MEME工具（版本4.11.2，http://alternate.meme-suite.org/tools/meme）采用Perl 語言來搜索馬鈴薯StSnRK2 家族成員序列中的保守基序[31,37]。通過在線軟件（PG2C，http://mg2c.iask.
中國馬鈴薯 2021年3期2021-08-18
- 葡萄NF-Y核因子家族的鑒定與表達分析
vNF-YC三個亞族，其中VvNF-YA包含5個核因子，命名為VvNF-YA1～VvNF-YA5，VvNF-YB包含13個核因子，命名為VvNF-YB1～VvNF-YB13，VvNF-YC包含6個核因子，命名為VvNF-YC1～VvNF-YC6。由表2可知，葡萄NF-Y核因子家族氨基酸大小為132～345 aa，VvNF-YA1氨基酸序列最長，VvNF-YB7的氨基酸序列最短。分子質量集中在14.56～37.70 ku。等電點集中在4.62～9.83，其中
西北農業(yè)學報 2021年6期2021-07-16
- 苦蕎蛋白磷酸酶2C家族的鑒定及表達分析
，而PP2C的A亞族是ABA信號通路中的核心成員，參與植物逆境脅迫應答[10-12]. 苦蕎的基因組測序已經完成，加快了苦蕎抗逆的機制研究. 本研究參考擬南芥PP2C基因家族信息，通過生物信息學方法在苦蕎中全基因組中鑒定出81個PP2C成員，并分析了理化性質、基因結構、保守結構域、保守基序分布、染色體定位、進化情況等. 同時，通過qRT-PCR對苦蕎PP2C的A亞族基因組織特異性表達和ABA處理后受誘導情況進行了分析. 這些結果對苦蕎PP2C基因家族的后續(xù)
四川大學學報（自然科學版） 2021年4期2021-07-15
- 煙草bZIP基因家族的鑒定及其在不同成熟度煙葉中的表達分析
家族可分為11個亞族（bootstrap≥80%），分別為A、B、C、D、E、F、G、H、I、J和S亞族，其中，由于bootstrap值太低，NtbZIP123未能歸到任何一個亞族。在11個亞族中，S是最大的亞族，包含28個成員。與此同時，D、A、I和G的成員也較多，分別含有23，20，17和11個成員，這5個亞族成員的總和為NtbZIP家族成員總數(shù)的78.6%。此外，B亞族的成員最少，僅有2個，亞族J和H也僅含有3個成員?；蚪Y構分析表明（圖1b）：Nt
中國煙草學報 2021年2期2021-06-05
- 黃花蒿bZIP轉錄因子基因家族及光調控表達模式分析＊
調控因子，其H 亞族成員HY5 轉錄因子（Long hypocotyl 5）可以通過結合G-box 激活下游許多光誘導基因的表達，如青蒿中的β-pine 烯合酶基因（QH6）及青蒿素正向調節(jié)因子AaGSW1，對青蒿素底物法呢基焦磷酸酯（Farnesyl pyrophosphate，F(xiàn)PP）的合成也具有一定影響[13,26,27]。隨著Shen 等[28]對黃花蒿核基因組數(shù)據(jù)測序的完成，黃花蒿bZIP（AabZIP）基因家族的全面分析及基因功能研究已成為可能
世界科學技術-中醫(yī)藥現(xiàn)代化 2021年1期2021-04-12
- 杜仲ARF基因家族全基因組鑒定和表達分析*
ARFs分到5個亞族。EuARF3.1、EuARF3.2和EuARF4屬于Ⅰ亞族(AtARF3/4同源)，EuARF10.1、EuARF10.2、EuARF16和EuARF17屬于Ⅱ亞族(AtARF10/16/17同源)，EuARF1、EuARF2.1、EuARF2.2、EuARF9和EuARF18屬于Ⅲ亞族(AtARF1/2同源)，EuARF6.1、EuARF6.2、EuARF8.1和EuARF8.2屬于Ⅴ亞族(AtARF6/8同源)，EuARF19.1
林業(yè)科學 2021年3期2021-04-10
- 獐牙菜亞族植物的系統(tǒng)發(fā)育分析
0007）獐牙菜亞族（Subtribe Swertiinae）隸屬于龍膽科（Gentianaceae），全世界約500 余種，東亞和北美大陸是其多樣性分布中心。獐牙菜屬約有170種，以青藏高原地區(qū)分布最為豐富［1～3］。根據(jù)何廷農分類系統(tǒng)［2］，獐牙菜亞族包括獐牙菜屬、喉毛花屬（Comastoma（Wettst.）Yoyokuni）、假龍膽屬（Gentianella Moench）、扁蕾屬（Gentianopsis Ma）、大鐘花屬（Megacodon（H
植物研究 2021年3期2021-03-22
- 毛果楊GATA基因家族全基因組水平鑒定及表達分析
因，可分成4 個亞族，并且在光響應調控和葉綠素合成［13～16］、細胞分裂素響應［17～18］、花發(fā)育［19］和種子萌發(fā)［20］等多個生物學過程扮演著重要角色。毛果楊（Populus trichocarp）是第一個全基因測序并注釋的木本植物，并且具有相對較小的基因組（422.9 Mb）、廣泛的適應性、容易的轉基因操作和較高生長速率等特點，因此其已成為研究木本植物復雜性狀形成分子機制、基因功能解析、比較基因組學等分子生物學與分子遺傳學研究中的模式物種［21］
植物研究 2021年1期2021-02-26
- 馬鈴薯StIgt基因家族的鑒定及其對干旱脅迫的響應分析
因家族可分為3個亞族, 亞族間的基因結構、蛋白保守域和順式作用元件差別明顯。干旱脅迫下的表達譜分析表明,和響應早期干旱脅迫, 在干旱2 h時即迅速上調表達。這些結果為闡明基因家族的進化關系和進一步研究其成員的功能特性提供了理論基礎。全基因組; 馬鈴薯;基因家族; 干旱脅迫; 表達譜分析馬鈴薯(L.), 屬茄科(Solanaceae)龍葵亞屬(), 一年生植物, 是繼玉米、小麥和水稻之后的世界第四大糧食作物[1]。馬鈴薯屬于塊莖類作物, 在塊莖發(fā)育過程中,
作物學報 2021年4期2021-02-05
- 辣椒CDPK基因家族的鑒定、進化與表達分析
族一般可分為4個亞族,并發(fā)生不同程度的分化擴增,其中,第Ⅳ亞族的基因數(shù)目最少,同時第Ⅳ亞族也最古老[16]。雖然對園藝作物中的CDPK基因家族研究越來越廣泛,但是對辣椒CDPK基因家族的系統(tǒng)分析還不夠全面。辣椒(Capsicumannuum)屬茄科(Solanaceae)茄亞族(Solaninae Dunal)辣椒屬,一年生或多年生植物,是重要的藥食同源蔬菜,經濟價值和社會效益極高。CDPK作為一種重要的蛋白激酶,深入研究辣椒CDPK基因,可進一步了解其對
核農學報 2021年1期2021-01-28
- 高粱LOX基因家族全基因組鑒定及表達模式分析
屬于13-LOX亞族，AtLOX1和AtLOX5屬于9-LOX亞族[14]。高粱(SorghumbicolorL.)是非常重要的經濟作物[15]，為禾本科高粱屬一年生草本植物，是典型的喜溫作物，對低溫脅迫較敏感，尤其在萌發(fā)期和苗期[16]。目前，高粱中關于LOX全基因組鑒定及其應答低溫脅迫的研究尚未見報道。為此，對高粱LOX家族基因進行全基因組鑒定，并對其進化關系、基因結構、保守基序、不同組織及低溫脅迫下的表達模式等進行分析，以期為高粱LOX基因的功能研究
河南農業(yè)科學 2020年11期2020-11-18
- 大豆胞囊線蟲病抗性相關AP2/EREBP轉錄因子生物信息學分析
結果表明，AP2亞族蛋白質氨基酸殘基數(shù)195～488，ERF亞族為122～408，DREB亞族為333～352；AP2亞族中AP2-1和AP2-3蛋白質等電點呈堿性，AP2-2和AP2-4蛋白質等電點呈酸性；ERF亞族中除ERF-4和ERF-6蛋白中等電點呈堿性，其余均呈酸性；DREB亞族中DREB-1和DREB-2蛋白質等電點分別為8.23和5.71，分別呈酸性和堿性?？傮w上看，蛋白質等電點在酸性范圍內轉錄因子數(shù)量多于堿性范圍，大豆胞囊線蟲AP2/ERE
東北農業(yè)大學學報 2020年8期2020-09-10
- 小麥熱激蛋白轉錄因子C家族基因的結構及其在干旱脅迫中的表達
，并且HsfC2亞族在單子葉植物中是唯一的。2.3 小麥TaHsfC基因結構及保守結構域分析對鑒定的24個TaHsfC基因進行基因結構分析，結果表明，TaHsfC1亞族基因至少含有一個內含子，其中TaHsfC1h含有兩個內含子；TaHsfC2亞族基因則規(guī)律不清，其中TaHsfC2a、TaHsfC2b和TaHsfC2m含有一個內含子，其余成員則不含內含子。24個TaHsfC基因中，有7組同源基因，同源基因的結構具有相似性(圖3)，其中有5組可能為A、B和D染
麥類作物學報 2020年4期2020-07-31
- 陸地棉蔗糖磷酸合成酶基因家族的鑒定及表達分析
、B 和C 三個亞族[5]，而禾本科植物還有 1 個 D 亞族[4,8]。 不同亞族間，SPS基因的表達特性差異很大。 例如，玉米SPS 基因家族的 7 個基因中，ZmSPS1、ZmSPS6和ZmSPS7 主要在葉片中表達，ZmSPS2 在葉片和 花 粉 中 高 表 達 ， 而ZmSPS3、ZmSPS4 和ZmSPS5 在各個組織均表達量很高[4]。 植物SPS家族成員不同的組織表達模式，暗示著它們在植物生長發(fā)育過程中可能起著不同的作用。目前，在多個物種中
棉花學報 2020年1期2020-04-22
- 辣椒HD-Zip基因家族鑒定、系統(tǒng)進化及表達分析
naceae）茄亞族（Solaninae Dunal）辣椒屬一年生或多年生植物，是我國重要的蔬菜作物，近幾年種植面積及產量均居世界首位（http://faostat.fao.org）。HD-Zip轉錄因子（homeodomain-leucine zipper，HD-Zip）是植物中特有的一類轉錄因子，參與調控植物光合作用、形態(tài)建成以及逆境脅迫應答等重要生長發(fā)育過程[1-2]。通過在辣椒基因組中系統(tǒng)鑒定HD-Zip基因家族成員，并對其染色體定位、基因結構、進
中國農業(yè)科學 2020年5期2020-03-30
- 木薯MebZIP7和MebZIP9基因的克隆及其轉錄活性分析
基因劃分為10個亞族，分別為A-I和S亞族，其中 A亞族與ABA相關，屬于脫落酸響應元件結合因子(ABF)[8]。ABF可以反式激活在啟動子區(qū)含有脫落酸響應元件(ABA response element，ABRE)的效應基因，它的表達受ABA和各種脅迫誘導[9]。ABF參與ABA信號通路，ABA結合PYL后破壞了SnRK2蛋白激酶和PP2C的相互作用，進而激活SnRK2蛋白激酶使ABF磷酸化，從而調節(jié)響應ABA信號相關基因的表達[10-12]。擬南芥ABF
中國農業(yè)大學學報 2020年2期2020-03-17
- 高等植物K+吸收及轉運的分子機制研究進展
該家族劃分為5個亞族。亞族Ⅰ成員以擬南芥AtHAK5、水稻OsHAK5和葡萄VvKUP1等為代表；亞族Ⅱ成員以擬南芥AtKUP1、AtKUP2、AtKUP3、AtKUP6、AtKUP8等為代表；亞族Ⅲ成員以AtKUP9、AtKUP10和AtKUP11等為代表；亞族Ⅳ成員以水稻OsHAK4和OsHAK17為代表；亞族Ⅴ成員以AtKUP5、AtKUP7和AtKUP12等為代表。亞族Ⅱ和亞族Ⅲ成員在雙子葉和單子葉植物中的分布都很保守，亞族Ⅰ和Ⅳ的成員則可能在植物
草業(yè)學報 2019年9期2019-09-24
- 小桐子bZIP轉錄因子的全基因組鑒定及表達分析
、I及S 10個亞族，其中，A亞族與S亞族研究較為廣泛，而B亞族與F亞族則報道較少。文獻報道，A、C、S亞族主要參與植物非生物脅迫響應過程及激素信號轉導過程的調控，而D、G、H、I亞族在植物防御生物病害、種子成熟、光形態(tài)建成、氮素同化、維管系統(tǒng)發(fā)育等生理生化過程發(fā)揮重要作用[8]。目前，多種植物的bZIP基因家族已經在全基因組水平進行了鑒定及分析，其中擬南芥75個[3]、水稻89個[4]、玉米125個[5]、大豆131個[9]、高粱92個[10]、葡萄55
華北農學報 2019年2期2019-04-29
- 棉花SBP家族基因的鑒定與分析
Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ共8個亞族，大部分亞族同時包含了棉花和擬南芥的SBP轉錄因子，推測在棉花和擬南芥這2個物種分化之前，SBP轉錄因子已經發(fā)生了分化。在第Ⅲ亞族中，棉花有13個SBP轉錄因子家族成員，而擬南芥只有1個，表明從棉花形成之后，該亞家族內部SBP轉錄因子可能被復制了很多次。在第Ⅳ亞族內部，棉花SBP轉錄因子家族成員數(shù)目是擬南芥的4.5倍。在第Ⅲ亞族中，棉花SBP轉錄因子家族成員數(shù)目是擬南芥的13倍。棉花和擬南芥SBP轉錄因子在這2個亞族中數(shù)量變化差異較大，
河南農業(yè)科學 2019年3期2019-03-29
- 鹽脅迫條件下楊樹bZIP轉錄因子全基因組分析
、I、S等不同的亞族[5]。擬南芥AtbZIP39轉錄因子基因參與ABA脅迫信號轉導途徑，并且能夠通過調控LEA基因的表達參與種子萌發(fā)過程[6,7]；玉米bZIP轉錄因子基因Opaque2與PBF蛋白互作調控種子貯藏蛋白的合成[8]。轉錄因子基因AtbZIP57/OBF4/TGA4通過參與水楊酸或者乙烯合成途徑應答植物病原侵染反應。在應對病原體攻擊反應中，植物體內的水楊酸誘導抗病相關基因的表達，TGA元件能夠與抗病相關基因啟動子中的as-1順式作用元件結合
山西農業(yè)大學學報（自然科學版） 2018年8期2018-08-02
- 花生蛋白磷酸酶2C家族基因的鑒定和鹽脅迫響應分析
PP2C家族的G亞族，能夠調控擬南芥對鹽脅迫的響應，且其調控依賴于ABA。Schweighofer等[7]報道了擬南芥中76個PP2C基因，并將它們分成10個組。Xue等[8]利用生物信息學手段從水稻和擬南芥基因組中分別分離出78，80個PP2C基因，并分別將它們分為11，13個組。擬南芥中，A亞族的9個成員中包含6個負調控ABA信號的蛋白：ABI1、ABI2、AHG1、AHG3/AtPP2CA、HAB1和HAB2[9]。在胡楊中也證實了A亞族的PeHAB
華北農學報 2018年3期2018-07-06
- 丹參3個R2R3-MYB轉錄因子的亞細胞定位和自激活活性分析
MYB分成22個亞族[9,15]，擬南芥和丹參的所有R2R3-MYB共分成37個亞族[16]，同一亞族的R2R3-MYB往往在代謝中發(fā)揮相似的作用[10]。Liu等[10]結合結構分析和功能分析，歸納總結不同亞族的R2R3-MYB對于植物苯丙烷代謝的影響，大多數(shù)第4亞族成員對苯丙烷代謝途徑發(fā)揮抑制作用。例如，SmMYB39可抑制丹參酚酸代謝途徑基因的表達，進而抑制迷迭香酸和丹酚酸B的積累[17]。因此，結構分析對于探討MYB轉錄因子的功能十分有參考價值。轉
西北農業(yè)學報 2018年4期2018-05-10
- 楊樹MYB轉錄因子家族基因應答鹽脅迫表達特性分析
其特點可分為4個亞族，即1R-MYB(MYB-related)，R2R3-MYB，3R-MYB和4R-MYB[3～5]。其中1R-MYB亞族類僅含有單一的MYB結構域，在不同植物中功能有所差異。如同屬于MYB家族的擬南芥LHY，CCA1基因與擬南芥生物鐘與激素合成調節(jié)有關[6]，蠟梅EU11603基因與植物抗逆相關，參與植物的抗逆代謝途徑中ABA傳導[7]；馬鈴薯過表達StMYB1R-1基因可加快氣孔關閉速度，增強植株抗干旱能力[8]。R2R3-MYB亞族
植物研究 2017年3期2017-11-10
- 桉樹焦枯病菌ABC轉運蛋白的鑒定與分析
，它們分屬于8個亞族。71%的轉運蛋白位于細胞膜，10%位于液泡，其余部分位于線粒體、過氧化物酶體、內質網(wǎng)等內膜系統(tǒng)上。桉樹焦枯病菌ABC轉運蛋白包含全分子、四分之三分子、半分子及四分之一分子。根據(jù)同源性推測桉樹焦枯病菌ABC轉運蛋白與MDR、PDR、HMT、MPE、STE、P-FAT等幾種轉運蛋白具有較高相似性，同時還與核糖體合成、翻譯、過氧化物酶體合成的ABC轉運蛋白具有較高相似性。[結論]桉樹焦枯病菌ABC轉運蛋白除作為外排泵轉運外源化學物質、疏水性
林業(yè)科學研究 2017年4期2017-08-07
- 藻類水通道蛋白的研究進展
止，已有8個不同亞族的藻類水通道蛋白被確定出來，而且在近兩年內，又有研究者從南極冰藻、條斑紫菜和羊棲菜中發(fā)現(xiàn)新的藻類水通道蛋白。綜述了當前藻類水通道蛋白的分類和結構特征等方面的研究進展，并結合新發(fā)現(xiàn)的幾種藻類水通道蛋白，闡述了藻類處于脅迫環(huán)境時水通道蛋白的特異性表達和所發(fā)揮的生理功能，為后續(xù)相關藻類水通道蛋白的研究奠定一定的理論基礎。藻類；水通道蛋白；分類；結構特征；生理功能水通道蛋白（Aquaporins，AQPs），又稱為水孔蛋白，是細胞膜上高效轉運水
生物技術通報 2017年8期2017-04-12
- Ataxonomic study of the Subtribe Lathrobiina(Coleoptera,Staphylinidae) in Shanghai
)上海隆線隱翅蟲亞族分類研究(鞘翅目:隱翅蟲科)彭 中1, 朱建青2, 陳志兵2, 趙梅君1, 李利珍1(1.上海師范大學 生命與環(huán)境科學學院,上海 200234; 2.上海動物園,上海 200335)在中國上海隆線隱翅蟲亞族的分類研究中,共鑒定出隆線隱翅蟲亞族3屬共3種:赤翅隆線隱翅蟲Lathrobium dignumSharp,1874,黑紋偽隆線隱翅蟲Pseudolathra lineataHerman,2003和翅斑細項隱翅蟲Tetartopeus
上海師范大學學報·自然科學版 2016年5期2016-12-14
- 糖尿病足潰瘍中趨化因子的作用及機制
的位置，分為4個亞族：(1)CXC亞族，含16個成員，用CXCL1～CXCL16表示，作用于中性粒細胞，參與急性炎性過程。(2)CC亞族，含28個成員，用CCL1～CCL28表示，作用于單核細胞、T細胞、嗜酸性粒細胞、嗜堿性粒細胞，參與慢性炎性反應和過敏調節(jié)。(3)C亞族，含2個成員，用淋巴細胞趨化因子(XCL1)、單-C模體-1β(XCL2)表示，作用于B細胞、T細胞、自然殺傷細胞、中性粒細胞，參與炎性反應。(4)CX3C亞族，只有1個成員，用CX3CL
國際內分泌代謝雜志 2015年5期2015-03-20
- 4種大戟科植物Lhca基因家族的全基因組鑒定、分類與進化分析
a1和Lhca3亞族具有較早的起源，Lhca2和Lhca6存在于陸生生物中，Lhca4和Lhca5則只存在于高等植物中；在木薯和橡膠樹中，Lhca1、Lhca2和Lhca4亞族都出現(xiàn)了基因的擴增。大戟科植物；全基因組；Lhca基因家族；鑒定；進化分析LHCI（light-harvesting chlorophyll a/b-binding proteins of photosystem I）是植物光系統(tǒng)I（PSI）中與色素分子結合的一系列膜蛋白，由Lhca
中南林業(yè)科技大學學報 2014年10期2014-12-29
- 擬南芥R2R3-MYB家族第22亞族的結構與功能
MYB家族第22亞族的結構與功能樊錦濤，蔣琛茜，邢繼紅，董金皋河北農業(yè)大學真菌毒素與植物分子病理學實驗室，保定 071001擬南芥 R2R3-MYB轉錄因子在擬南芥生長發(fā)育、代謝及響應生物和非生物脅迫的調控網(wǎng)絡中具有重要作用。根據(jù)保守的氨基酸序列，R2R3-MYB轉錄因子被分為25個亞族，其中第22亞族包含AtMYB44、AtMYB77、AtMYB73和AtMYB70 4個基因，主要響應生物和非生物脅迫。文章從基因功能的相似性、基因表達的一致性和基因結構的
遺傳 2014年10期2014-05-25
- 大戟科Lhcb基因家族的全基因組鑒定、分類與進化分析
b5和Lhcb7亞族早于單細胞的藻類中就已產生，Lhcb3和Lhcb6亞族在光合生物向陸地進化后產生，Lhcb2亞族存在于高等植物中，Lhcb8亞族則為雙子葉植物所特有；Lhcb1亞族在所分析的4種大戟科植物中均出現(xiàn)了基因擴增，Lhcb2和Lhcb5亞族在木薯和橡膠樹中出現(xiàn)了擴增，而Lhcb3和Lhcb6亞族僅在橡膠樹中出現(xiàn)了擴增。大戟科植物；全基因組；Lhcb基因家族；鑒定；分類；進化分析LHCΙΙ（light-harvesting chlorophyl
中南林業(yè)科技大學學報 2013年12期2013-12-29
- 植物ATP結合盒（ABC）轉運蛋白研究進展
差萬別。其中部分亞族的基因只在植物的特定部位如根中表達，而有些亞族基因卻在植物各部位隨機表達。ABC轉運蛋白有全轉運子和半轉運子2種[4]。全轉運子的核心單元包括2個核苷酸結構域（nucleotide binding domains，NBD）和2個跨膜結構域（trans membrane domains，TMD）等4個結構域。具有親水性的NBD結構域嵌于細胞膜而向細胞質中突出，由幾個高度保守的Walker A和Walker B序列，保守性略差的H環(huán)、Q環(huán)組
浙江農林大學學報 2013年5期2013-05-29