紅樹(shù)莓CPP 轉(zhuǎn)錄因子家族的生物信息學(xué)及表達(dá)分析

鄭奕宸，李 明，李 闖，吳菁菁，李 寒，顧玉紅

（1.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院，河北 保定 071001；2.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 林學(xué)院，河北 保定 071001）

紅樹(shù)莓（Rubus idaeusL.）又名覆盆子、懸鉤子、托盤等，屬于薔薇科懸鉤子屬，在寒帶和溫帶各地均有分布［1］。成熟果實(shí)為聚合性小漿果，是同時(shí)含有營(yíng)養(yǎng)和保健功能的第3 代新興水果之一，有“世界水果之王”的稱號(hào)，具有很高的商業(yè)價(jià)值［2］。其果實(shí)成熟時(shí)不僅具有誘人的紅色，獨(dú)特的風(fēng)味，且富含鞣花酸、水楊酸、花青素和氨基酸等營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，鞣花酸、水楊酸和花青素等酚類物質(zhì)具有抗氧化、抗炎的作用［3］，并且具有抑制阿爾茨海默病進(jìn)展的潛力［4］，氨基酸對(duì)腸道微生物健康具有重要作用［5］；有研究從樹(shù)莓果肉中分離出的新型酸性多糖（RPP-3a）具有免疫刺激和抗氧化活性，是一種有益健康的功能性膳食補(bǔ)充劑［6］。

CPP（Cysteine-rich Polycomb-like Protein）或TCX（tesmin/TSO1-like CXC protrin）轉(zhuǎn)錄因子，是一類成員較少的轉(zhuǎn)錄因子家族，在動(dòng)植物中均有分布，但在酵母和原核生物中未檢測(cè)到［7］。轉(zhuǎn)錄因子作為生物體內(nèi)與基因特異性結(jié)合并調(diào)節(jié)翻譯程序的蛋白質(zhì)，參與代謝調(diào)節(jié)［8］、環(huán)境脅迫適應(yīng)［9-10］以及生長(zhǎng)發(fā)育［11］等多種生命活動(dòng)，是了解生命活動(dòng)作用的關(guān)鍵因子。CPP 家族的典型結(jié)構(gòu)是一個(gè)富含半胱氨酸的CRC 結(jié)構(gòu)域，是由2 個(gè)高度保守的CXC 結(jié)構(gòu)域和之間的R 結(jié)構(gòu)構(gòu)成的，可與其它基因啟動(dòng)子區(qū)域相互作用調(diào)控表達(dá)或抑制目的基因［12］。已有研究表明，擬南芥CPP 基因家族的TSO1基因作為細(xì)胞分裂調(diào)節(jié)因子在花分生組織中發(fā)揮作用［13］；番茄果實(shí)中的SlCPP4通過(guò)直接調(diào)控RIN和LAA9基因的表達(dá)調(diào)控番茄果實(shí)成熟過(guò)程［14］；玉米中的ZmCPP基因在冷、熱、干旱和鹽脅迫反應(yīng)條件下均有差異表達(dá)，參與了玉米多種脅迫的生理過(guò)程［15］；橡膠樹(shù)葉片中HbCPP1基因受到外源ABA處理后表達(dá)量顯著上調(diào)，積極響應(yīng)ABA 的誘導(dǎo)，參與調(diào)節(jié)植物的生長(zhǎng)發(fā)育［16］。這些結(jié)果表明，CPP轉(zhuǎn)錄因子在調(diào)節(jié)植物生長(zhǎng)發(fā)育以及響應(yīng)脅迫過(guò)程中具有重要作用。除此之外，前人在大麥［17］、大豆［18］、茶樹(shù)［19］和陸地棉［20］等多種物種中對(duì)CPP 轉(zhuǎn)錄因子完成了鑒定與分析，而紅樹(shù)莓中還沒(méi)有關(guān)于CPP轉(zhuǎn)錄因子的報(bào)道。

本研究通過(guò)生物信息學(xué)分析方法對(duì)‘海爾特茲’紅樹(shù)莓轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)中得到的CPP 轉(zhuǎn)錄因子家族的基本信息進(jìn)行分析，使用在線軟件對(duì)其理化性質(zhì)、磷酸化位點(diǎn)、信號(hào)肽、亞細(xì)胞定位、跨膜結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)構(gòu)、三級(jí)結(jié)構(gòu)、基因結(jié)構(gòu)、保守基序、系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)、啟動(dòng)子順式作用元件、表達(dá)量進(jìn)行分析，進(jìn)一步利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qRT-PCR）技術(shù)研究CPP轉(zhuǎn)錄因子家族在果實(shí)發(fā)育過(guò)程中表達(dá)量的變化，旨在闡明紅樹(shù)莓CPP 轉(zhuǎn)錄因子家族的生物信息學(xué)信息及其在果實(shí)不同發(fā)育時(shí)期中表達(dá)的變化規(guī)律，并結(jié)合兩者信息以期為RuCPPs基因功能的研究提供理論參考。

1 材料和方法

1.1 材料

供試材料紅樹(shù)莓品種為‘海爾特茲’，以青果（花后15 d）、黃果（花后25 d）、紅果（花后28 d）、深紅果（花后30 d）4 個(gè)發(fā)育時(shí)期的紅樹(shù)莓果實(shí)為材料，將果實(shí)采集后，用液氮速凍后-80 ℃冰箱凍存?zhèn)溆谩?/p>

1.2 方法

1.2.1 RNA 的提取和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 使用多糖多酚植物總RNA 提取試劑盒提取紅樹(shù)莓果實(shí)中的RNA，每個(gè)發(fā)育時(shí)期的紅樹(shù)莓果實(shí)均進(jìn)行3 次重復(fù)。將提取的RNA 樣品送至北京諾禾致源科技股份有限公司進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，測(cè)序結(jié)果上傳至上海美吉生物云平臺(tái)（https://cloud.majorbio.com/）進(jìn)行后續(xù)數(shù)據(jù)分析。

1.2.2 紅樹(shù)莓CPP 基因家族生物信息學(xué)分析 在美吉生物云平臺(tái)（https://cloud.majorbio.com/）轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中鑒定出4 個(gè)CPP 轉(zhuǎn)錄因子家族成員，將其依次命名為RuCPP-1、RuCPP-2、RuCPP-3、RuCPP-4，并下載蛋白質(zhì)序列等相關(guān)信息。分別利用ProtParam（https://web.expasy.org/protparam/）、ExPASy–ProtScale（https://web.expasy.org/protscale/）、NetPhos 3.1 Serve（https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetPhos-3.1）、SignalP 5.0 Server（http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/）、Cell Ploc 2.0（http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/）、TMHMM 2.0（https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0）、SMART（http://smart.emblheidelberg.de/）、和SOPMA（https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html）、SWISS-MODEL（https://swissmodel.expasy.org/）分析‘海爾特茲’紅樹(shù)莓中CPP 轉(zhuǎn)錄因子家族4 個(gè)成員的理化性質(zhì)、親疏水性、磷酸化位點(diǎn)預(yù)測(cè)、信號(hào)肽預(yù)測(cè)、亞細(xì)胞定位、跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、保守結(jié)構(gòu)域、二級(jí)結(jié)構(gòu)、三級(jí)結(jié)構(gòu)。

1.2.3 紅樹(shù)莓CPP 基因家族成員的系統(tǒng)進(jìn)化分析 利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)下載‘海爾特茲’紅樹(shù)莓CPP 轉(zhuǎn)錄因子家族的蛋白質(zhì)序列，從plantTFDB 網(wǎng)站上獲取擬南芥、野生稻CPP 蛋白序列。通過(guò)MEGA11 軟件，使用鄰接法（Neighbor-Joining），進(jìn)行1 000 次重復(fù)，分別將4 個(gè)RuCPP 蛋白序列與擬南芥和水稻CPP 蛋白序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，再利用ITOL（https://itol.embl.de/）在線網(wǎng)站對(duì)進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行美化。

1.2.4 紅樹(shù)莓CPP 基因家族成員基因結(jié)構(gòu)及蛋白保守基序分析 利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)下載‘海爾特茲’紅樹(shù)莓CPP 轉(zhuǎn)錄因子家族的CDS 序列和基因序列，利用GSDS 在線分析RuCPPs基因結(jié)構(gòu)；利用MEME 網(wǎng)站導(dǎo)出RuCPPs基因保守基序文件，設(shè)置保守基序?yàn)?0 個(gè)，并通過(guò)TBtools 軟件生成圖片。

1.2.5 紅樹(shù)莓CPP 基因家族成員的啟動(dòng)子順式作用元件分析 利用NCBI 網(wǎng)站查找RuCPPs基因長(zhǎng)度為2 000 bp 的啟動(dòng)子序列，利用PlantCARE（http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/）預(yù)測(cè)RuCPPs 基因家族成員的啟動(dòng)子順式作用元件。

1.2.6 紅樹(shù)莓CPP 基因家族成員在果實(shí)發(fā)育過(guò)程中的表達(dá)分析 轉(zhuǎn)錄表達(dá)分析是以‘海爾特茲’4 個(gè)發(fā)育時(shí)期果實(shí)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序FPKM（Fragments Per Kilobase per Million）值作為基因表達(dá)量進(jìn)行表達(dá)分析并在美吉云平臺(tái)制作熱圖。

qRT-PCR 表達(dá)分析是先提取樹(shù)莓果實(shí)4 個(gè)發(fā)育時(shí)期青果、黃果、紅果和深紅果的RNA，使用反轉(zhuǎn)錄試劑盒合成cDNA。以GAPDH基因作為內(nèi)參，設(shè)計(jì)CPP 家族基因的特異性引物進(jìn)行qRT-PCR 分析（表 1），使用Premier 軟件設(shè)計(jì)特異性引物，由生物工程股份有限公司合成。每個(gè)樣品進(jìn)行3 次重復(fù)。PCR 反應(yīng)體系為：水9.5 μL，模板2 μL，上下游引物各0.5 μL，2×M5 HiPer SYBR PremixEsTaq12.5 μL。實(shí)時(shí)熒光定量PCR 程序：96 °C 預(yù)變性30 s；95 °C 5 s，60 °C 30 s，39 個(gè)循環(huán)。利用2-ΔΔCT法對(duì)基因相對(duì)表達(dá)量進(jìn)行計(jì)算。

表1 RuCPP 和GAPDH 的引物序列Table 1 Primer sequences of RuCPP and GAPDH

2 結(jié)果與分析

2.1 紅樹(shù)莓CPP 基因家族生物信息學(xué)分析

由表2 可知，RuCPPs 編碼的蛋白質(zhì)氨基酸數(shù)量在433～793 個(gè)之間，相對(duì)分子質(zhì)量在47 175.57～86 763.46 kD 之間，等電點(diǎn)在5.83～9.20之間。RuCPPs 的不穩(wěn)定系數(shù)大于40，為不穩(wěn)定存在的蛋白質(zhì)。親水性平均系數(shù)均小于0，均為親水性蛋白質(zhì)。磷酸化位點(diǎn)預(yù)測(cè)結(jié)果顯示，RuCPP-4 基因的磷酸化位點(diǎn)最多，為110 個(gè)，RuCPP-1 的磷酸化位點(diǎn)最少，為39 個(gè)，4 個(gè)成員中含有磷酸化位點(diǎn)最多的氨基酸均為絲氨酸，其次為蘇氨酸，最少的為酪氨酸。信號(hào)肽預(yù)測(cè)顯示4 個(gè)成員均無(wú)信號(hào)肽，說(shuō)明為非分泌蛋白質(zhì)。亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)4 個(gè)成員均定位于細(xì)胞核?？缒そY(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)顯示4 個(gè)成員均無(wú)跨膜結(jié)構(gòu)。保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)顯示，RuCPPs 均在不同位置含有2 個(gè)CXC 保守結(jié)構(gòu)域，推測(cè)CXC 為CPP 蛋白中央結(jié)合DNA 保守結(jié)構(gòu)域。

表2 紅樹(shù)莓CPP 基因家族成員編碼蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)Table 2 Physico chemical properties of CPP proteins in red raspberry

由表3 可知，二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果顯示RuCPPs編碼的蛋白質(zhì)均由α 螺旋、β 轉(zhuǎn)角、無(wú)規(guī)則卷曲、折疊延伸鏈共4 種結(jié)構(gòu)構(gòu)成，RuCPP-1、RuCPP-2、RuCPP-3、RuCPP-4 占比大小排序均為無(wú)規(guī)則卷曲＞α 螺旋＞折疊延伸鏈＞β 轉(zhuǎn)角，即無(wú)規(guī)則卷曲占比最大，使蛋白質(zhì)更卷曲折疊，α 螺旋占比次之，推測(cè)其蛋白空間結(jié)構(gòu)比較?。蝗?jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果與二級(jí)結(jié)構(gòu)一致，可信度較高。

表3 紅樹(shù)莓CPP 基因家族編碼蛋白質(zhì)的二、三級(jí)結(jié)構(gòu)分布信息Table3 Distribution information of secondary and tertiary structures of CPP proteins in red raspberry

2.2 紅樹(shù)莓CPP 基因家族成員基因結(jié)構(gòu)及蛋白保守基序分析

利用GSDS 在線網(wǎng)站制作RuCPPs 基因家族成員的基因結(jié)構(gòu)，如圖1 所示；利用TBtools 軟件結(jié)合各成員進(jìn)化關(guān)系、保守基序和基因結(jié)構(gòu)，如圖2所示?？梢钥吹絉uCPPs 基因含有8～12 個(gè)外顯子，7～11 個(gè)內(nèi)含子；RuCPPs 含有7～8 個(gè)保守基序motif，4 個(gè)基因均含有motif1、motif2、motif3、motif4 和motif7，推測(cè)這5 個(gè)保守基序?yàn)镽uCPPs發(fā)揮作用的功能結(jié)構(gòu)域；RuCPP-1、RuCPP-2、RuCPP-3、RuCPP-4 基因分別含有8、8、11 和10段CDS 序列，為之后編碼蛋白質(zhì)做準(zhǔn)備。

圖1 紅樹(shù)莓CPP 基因家族編碼蛋白質(zhì)的外顯子結(jié)構(gòu)Fig. 1 Exon structure of CPP genes in red raspberry

2.3 紅樹(shù)莓CPP 基因家族成員的系統(tǒng)進(jìn)化分析

紅樹(shù)莓的4 個(gè)CPP 基因與擬南芥的7 個(gè)CPP基 因、野生稻 的18 個(gè)CPP 基因共29 個(gè)CPP 基因共同制作系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，如圖3 所示，可以看到分為4 個(gè)不同分組，RuCPP-1 和RuCPP-3 基因共為一個(gè)分組，親緣關(guān)系較近，并且與擬南芥（Arabidopsis halleri，Araha.8902s0003.1.p）和（Araha.0305s0002.1.p）聚 為1 類；RuCPP-2 基因與野生稻(Oryza barthii)(OBART04G02690.1)、擬南芥（A.halleri，Araha.28677s00001.1.p）聚為1 類；RuCPP-4 基因與 擬南芥（A.halleri，Araha.1020s0004.1.p）和（Araha.34278s00001.1.p）聚為1 類。綜上所述，說(shuō)明RuCPPs 家族基因與擬南芥的CPP 基因親緣關(guān)系較近，并且可能與上述基因具有相似的生物學(xué)功能。

圖3 紅樹(shù)莓4 個(gè)CPP 基因的系統(tǒng)進(jìn)化分析Fig. 3 Systematic evolution analysis of four CPP genes in red raspberry

2.4 紅樹(shù)莓CPP 基因家族成員的啟動(dòng)子順式作用元件分析

在RuCPPs 基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)域含有的能與特異轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合進(jìn)而影響轉(zhuǎn)錄水平的一端DNA 序列，可以直接調(diào)控基因表達(dá)，所以研究其作用元件極為重要。由圖4 可知，RuCPPs 基因的啟動(dòng)子順式作用元件包含參與光反應(yīng)的元件或元件的一部分：RuCPP-1 和RuCPP-3 的GT1-motif、RuCPP-2的3-AF1 binding site、RuCPP-4 的TCT-motif、RuCPP-1 的MYBHv1 結(jié)合位 點(diǎn)、RuCPP-1 的CCAAT-box；參與黃酮類生物合成基因調(diào)控的MYB 結(jié)合點(diǎn)：RuCPP-4 的MBSI；參與脫落酸反應(yīng)性的順式作用元件：RuCPP-1、RuCPP-2、RuCPP-3 和RuCPP-4 的ABRE；參與防 御和應(yīng)激反應(yīng)的順式作用元件：RuCPP-4 的TC-rich repeats；厭氧誘導(dǎo)和缺氧特異性誘導(dǎo)所必需的順式作用調(diào)節(jié)元件：RuCPP-1、RuCPP-2、RuCPP-3和RuCPP-4 的ARE；參與低溫反應(yīng)性的順式作用元件：RuCPP-3 的LTR；參與生長(zhǎng)素反應(yīng)性的元件：RuCPP-2 和RuCPP-3 的TGA-element；參與赤霉素反應(yīng)性的元件：RuCPP-2 的GARE-motif、RuCPP-4 的P-box；參與干旱誘導(dǎo)的MYB 結(jié)合點(diǎn)：RuCPP-2 的MBS；參與光反應(yīng)的MYB 結(jié)合位點(diǎn)：RuCPP-1 的MRE；參與胚乳表達(dá)的順式調(diào)控元件：RuCPP-3 和RuCPP-4 的GCN4-motif；與分生組織表達(dá)有關(guān)的順式調(diào)節(jié)元件：RuCPP-2 和RuCPP-3的CAT-box；參與水楊酸反應(yīng)性的順式作用元件：RuCPP-2 的TCA-element；參與MeJA 反應(yīng)的順式作用調(diào)控元件：RuCPP-2、RuCPP-3 和RuCPP-4的CGTCA-motif。以上結(jié)果表明RuCPPs 基因在調(diào)節(jié)植物激素、抵抗外界機(jī)械傷害、響應(yīng)光反應(yīng)、干旱誘導(dǎo)、缺氧誘導(dǎo)、胚乳和分生組織表達(dá)以及調(diào)節(jié)植物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中發(fā)揮重要作用。

圖4 紅樹(shù)莓4 個(gè)CPP 基因的啟動(dòng)子順式作用元件Fig. 4 Cis-acting elements on the promoters of four CPP genes of red raspberry

2.5 紅樹(shù)莓CPP 基因家族成員在果實(shí)發(fā)育過(guò)程中的表達(dá)分析

轉(zhuǎn)錄組表達(dá)量結(jié)果如圖5 所示。

圖5 紅樹(shù)莓4 個(gè)CPP 基因在果實(shí)發(fā)育時(shí)期的轉(zhuǎn)錄組的表達(dá)量Fig. 5 Transcriptome analysis of four CPP genes in red raspberry during fruit development

紅樹(shù)莓果實(shí)從青果發(fā)育到深紅果的過(guò)程中，RuCPP-1 基因的表達(dá)量呈下降趨勢(shì)，青果時(shí)期的表達(dá)量最高；RuCPP-2 基因的表達(dá)量整體呈先上升再下降趨勢(shì)，紅果時(shí)期表達(dá)量最高；RuCPP-3 基因的表達(dá)量整體呈上升趨勢(shì)，深紅果時(shí)期表達(dá)量最高；RuCPP-4 基因的表達(dá)量整體呈下降趨勢(shì)，青果時(shí)期的表達(dá)量最高。

qRT-PCR 試驗(yàn)表達(dá)量結(jié)果如圖6 所示，RuCPP不同基因在果實(shí)發(fā)育不同時(shí)期均有不同程度的表達(dá)，且與轉(zhuǎn)錄表達(dá)趨勢(shì)一致，均表明該基因家族可能參與果實(shí)的發(fā)育過(guò)程。以青果時(shí)期的表達(dá)量作為對(duì)比，除RuCPP-2 基因在紅果時(shí)期以及RuCPP-3 基因在深紅果時(shí)期的相對(duì)表達(dá)量較高之外，其余時(shí)期中的相對(duì)表達(dá)量均低于青果時(shí)期。

圖6 紅樹(shù)莓4 個(gè)CPP 基因在果實(shí)發(fā)育時(shí)期的qRT-PCR表達(dá)量Fig. 6 Expression of four CPP genes detected by qRT-PCR during fruit development of red raspberry

3 討論與結(jié)論

3.1 CPP 基因家族成員的生物信息學(xué)分析

CPP 轉(zhuǎn)錄因子家族是存在于多種植物中的轉(zhuǎn)錄因子，在杧果［21］、大豆［18］、茶樹(shù)［22］的3 個(gè)品種‘Yunkang10’‘Biyun’和‘Shunchazao’中分別被鑒定出10、20、7、8 和8 個(gè)成員。本研究從‘海爾特茲’紅樹(shù)莓轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)中得到4 個(gè)CPP家族成員，并通過(guò)生物信息學(xué)分析與轉(zhuǎn)錄組表達(dá)量結(jié)合研究鑒定其功能，增加了CPP 轉(zhuǎn)錄因子的植物種類。本研究中理化性質(zhì)分析說(shuō)明RuCPPs 均為親水性蛋白質(zhì)，與茶樹(shù)［22］中預(yù)測(cè)CsCPP 為親水性蛋白質(zhì)結(jié)果一致；亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)結(jié)果為RuCPP-1、RuCPP-2 和RuCPP-4 定位在細(xì)胞核中，RuCPP-3定位在細(xì)胞核或細(xì)胞膜中，與小麥［23］的試驗(yàn)驗(yàn)證結(jié)果大多定位于細(xì)胞核中類似；CPP基因的典型結(jié)構(gòu)域就是由R 基序分離的2 個(gè)高度保守的CXC 結(jié)構(gòu)域［24］，本研究的結(jié)果同樣為這一觀點(diǎn)進(jìn)行補(bǔ)充驗(yàn)證，但不同基因的保守結(jié)構(gòu)域位置不同，這種不同可能是基因行使不同功能的原因；對(duì)RuCPPs進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)、系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)和啟動(dòng)子順式作用元件分析，結(jié)果顯示處于進(jìn)化關(guān)系較近的RuCPP-1 和RuCPP-3 的基因結(jié)構(gòu)類似；并且紅樹(shù)莓與雙子葉植物擬南芥的進(jìn)化關(guān)系較近，與單子葉植物野生稻的進(jìn)化關(guān)系較遠(yuǎn)，這種結(jié)果與擬南芥、粳稻和玉米［25］的進(jìn)化關(guān)系一致，表明CPP基因隨著被子植物中單子葉植物和雙子葉植物的演化進(jìn)行分化。

3.2 CPP 基因家族成員的表達(dá)分析

RuCPPs基因啟動(dòng)子順式作用元件結(jié)果與其它植物結(jié)果類似，大麥HvCPP［17］中含有大量ABA、GA 激素響應(yīng)元件、黃瓜CsCPP［26］中含有大量與脅迫相關(guān)的順式作用元件，RuCPPs基因顯示含有調(diào)節(jié)植物激素、抵抗外界機(jī)械傷害、響應(yīng)光反應(yīng)、干旱誘導(dǎo)、缺氧誘導(dǎo)、胚乳和分生組織表達(dá)以及調(diào)節(jié)植物生長(zhǎng)發(fā)育的元件，表明RuCPPs基因可能在激素信號(hào)傳導(dǎo)和抵抗逆境脅迫中起重要作用；RuCPPs基因在果實(shí)發(fā)育過(guò)程中的轉(zhuǎn)錄組的表達(dá)量和qRTPCR 表達(dá)量變化均發(fā)現(xiàn)，不同基因在果實(shí)不同時(shí)期的表達(dá)量不同，RuCPP-1 和RuCPP-4 基因在青果時(shí)期的表達(dá)量最高，RuCPP-2 和RuCPP-3 基因分別在紅果和深紅果時(shí)期的表達(dá)量最高，而RuCPPs基因均含有與脫落酸相關(guān)的順式作用元件，所以推測(cè)RuCPP-1 和RuCPP-4 基因參與脫落酸的負(fù)調(diào)控反應(yīng)，RuCPP-2 和RuCPP-3 基因參與脫落酸的正調(diào)控反應(yīng)，具體反應(yīng)機(jī)制還需要進(jìn)一步研究。

綜上所述，本研究通過(guò)結(jié)合RuCPP 轉(zhuǎn)錄因子家族的生物信息學(xué)分析和表達(dá)分析結(jié)果，為進(jìn)一步探索CPP 轉(zhuǎn)錄因子家族在紅樹(shù)莓果實(shí)中的功能提供基礎(chǔ)。