帶TRS基序突變的新型冠狀病毒威脅更大

新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）屬于套式病毒目（）、冠狀病毒科（）、冠狀病毒亞科（）、Beta 冠狀病毒屬的B 亞群（Sarbecovirus）。在本文中，如不特別說(shuō)明，冠狀病毒特指冠狀病毒亞科。根據(jù)國(guó)際病毒分類委員會(huì)第9次會(huì)議報(bào)告，冠狀病毒亞科（）分為4個(gè)屬，分別是Alpha、Beta、Gamma和Delta冠狀病毒；Beta冠狀病毒屬又再分為5 個(gè)亞屬，即Embecovirus、Sarbecovirus、Merbecovirus、Nobecovirus和Hibecovirus，分別對(duì)應(yīng)此前已定義的A、B、C和D4個(gè)亞群和一個(gè)我們新定義的E亞群。SARS-CoV-2的基因組與其他冠狀病毒基因組結(jié)構(gòu)相似，是一個(gè)不分節(jié)段的單股正鏈RNA，其12個(gè)基因共編碼26個(gè)蛋白，其中，ORF1a和ORF1b基因各編碼一個(gè)多聚蛋白，這兩個(gè)多聚蛋白被切割成16 個(gè)成熟蛋白（NSP1-16）以行使功能。此外，SARS-CoV-2基因組還編碼4個(gè)結(jié)構(gòu)蛋白（S、E、M和N）和6個(gè)輔助蛋白（3a、6、7a、7b、8和10）。

冠狀病毒基因組的復(fù)制和轉(zhuǎn)錄由復(fù)制轉(zhuǎn)錄復(fù)合體Replication、transcription complex完成，其核心是RNA依賴型RNA聚合酶（RdRp，也常表示為NSP12）。冠狀病毒，乃至整個(gè)套目病毒的一個(gè)非常重要的特征就是存在跳躍式轉(zhuǎn)錄，也稱為不連續(xù)轉(zhuǎn)錄、聚合酶跳躍或模板轉(zhuǎn)換。跳躍式轉(zhuǎn)錄的分子機(jī)制是一個(gè)長(zhǎng)期沒(méi)有得到解答的科學(xué)問(wèn)題，有研究提出“Leader-body fusion”模型用以解釋跳躍式轉(zhuǎn)錄，但其分子機(jī)制依然未知。直到2021年首次報(bào)道了TRS基序是冠狀病毒的尿苷酸特異性RNA 內(nèi)切酶（NendoU，常表示為NSP15）的酶切位點(diǎn)，NSP15的酶切作用是實(shí)現(xiàn)冠狀病毒跳躍式轉(zhuǎn)錄的分子基礎(chǔ)，并提出了NSP15對(duì)冠狀病毒復(fù)制和轉(zhuǎn)錄的負(fù)反饋調(diào)控模型。由于冠狀病毒的跳躍式轉(zhuǎn)錄與重組都需要依賴NSP15的酶切作用，即共享一個(gè)分子機(jī)制，冠狀病毒可在其生存周期中隨時(shí)發(fā)生重組，成為導(dǎo)致其反復(fù)暴發(fā)的最主要因素。在隨后的研究中又發(fā)現(xiàn)了NSP15蛋白酶切位點(diǎn)與RNA甲基化的相互關(guān)系，特別是TRS發(fā)卡結(jié)構(gòu)的重要作用，進(jìn)一步解釋了冠狀病毒復(fù)制轉(zhuǎn)錄復(fù)合體的工作原理。TRS基序?qū)⒐跔畈《巨D(zhuǎn)錄調(diào)控和重組等重要功能聯(lián)系到一起，因此，值得深入研究。

本研究報(bào)道全部冠狀病毒的TRS基序以及多種SARS-CoV-2突變株已出現(xiàn)TRS基序突變，為深入研究冠狀病毒的爆發(fā)、傳播規(guī)律以及開(kāi)發(fā)減毒活疫苗等建立了基礎(chǔ)；本研究采用進(jìn)化與分子功能聯(lián)合分析法，分析了TRS 基序突變?cè)诠跔畈《具M(jìn)化中的作用，預(yù)測(cè)了SARS-CoV-2大流行后期有可能出現(xiàn)帶TRS突變的超級(jí)減毒株，并分析了其危害，為大流行后期的防控提供理論依據(jù)；帶TRS基序突變的Delta突變株已經(jīng)在新加坡出現(xiàn)并有擴(kuò)散趨勢(shì)，因此新加坡，甚至東南亞可能形成下一波疫情的傳播中心。

1 材料和方法

1.1 TRS基序的鑒定

從NCBI RefSeq、GenBank和GISAID等數(shù)據(jù)庫(kù)獲取冠狀病毒亞科和環(huán)曲病毒亞科所有病毒的基因組序列。將下載的基因組按照亞群分類，使用Clustal W工具進(jìn)行多重比對(duì)，將結(jié)構(gòu)蛋白基因（S、E、M和N）對(duì)齊，找出所有5'UTR中以及結(jié)構(gòu)蛋白基因上游的TRS，鑒定每個(gè)病毒的TRS-L和TRS-Bs。

1.2 TRS基序突變的監(jiān)測(cè)

通過(guò)檢索國(guó)家生物信息中心2019新型冠狀病毒信息庫(kù)（https://ngdc.cncb.ac.cn/ncov/），監(jiān)測(cè)TRS-L 中的經(jīng)典TRS 基序ACGAAC（基因組位置為MN908947：70-75）的突變情況；從GISAID數(shù)據(jù)庫(kù)獲取帶TRS基序突變的SARS-CoV-2的基因組序列，通過(guò)Perl腳本編程再次確認(rèn)TRS基序突變信息并進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。

1.3 SARS-CoV-2突變株對(duì)中和抗體效力的影響

此外，李白《春思》里的“春風(fēng)不相識(shí)，何事入羅幃？”金昌緒《春怨》中特別口語(yǔ)化生活化的句子“打起黃鶯兒，莫教枝上啼。啼時(shí)驚妾夢(mèng)，不得到遼西”，韓愈《春雪》里“白雪卻嫌春色晚，故穿庭樹(shù)作飛花”，岑參《山房春事二首》中“庭樹(shù)不知人去盡，春來(lái)還發(fā)舊時(shí)花”，等等。不一而足，都帶給讀者不一樣的審美感受。

2 結(jié)果

2.1 冠狀病毒跳躍式轉(zhuǎn)錄的分子機(jī)制

在使用NCBI公開(kāi)數(shù)據(jù)進(jìn)一步驗(yàn)證NSP15蛋白酶切位點(diǎn)的過(guò)程中，我們鑒定了套目下全部病毒的經(jīng)典TRS基序（圖2），特別是確認(rèn)了冠狀病毒的經(jīng)典TRS基序（canonical TRS motif）都是以腺苷酸殘基A開(kāi)始的含A最多其次是C的一致性序列這一規(guī)律。結(jié)合進(jìn)化分析的結(jié)果，進(jìn)一步定義如下：一個(gè)冠狀病毒基因組只有一個(gè)經(jīng)典TRS基序（這個(gè)TRS基序與該病毒所在類群最早分化出來(lái)的祖先的TRS基序最接近），一般情況下，冠狀病毒亞科病毒TRS-L中的TRS基序是經(jīng)典TRS基序，而TRS-B中的基序可以是經(jīng)典TRS基序，也可以是非經(jīng)典TRS基序（non-canonical TRS motif）。非經(jīng)典TRS基序與經(jīng)典TRS基序可以有幾個(gè)核苷酸殘基的差異，這些差異顯然是來(lái)自進(jìn)化過(guò)程中保留下來(lái)的突變。

2.2 全部冠狀病毒TRS基序的鑒定

如果RNA合成酶RdRp不間斷地讀取基因組RNA[記做gRNA(+)]，則合成反義基因組RNA[記做gRNA(-)]，如果RdRp在合成過(guò)程中遇到基因體轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列（TRS-B）時(shí)產(chǎn)生跳躍，并將模板轉(zhuǎn)換為前導(dǎo)轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列（TRS-L），則合成產(chǎn)物為反義亞基因組RNA[記做sgRNAs(-)]；RdRp的連續(xù)合成完成復(fù)制以及ORF1a和1b兩個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄，RdRp的不連續(xù)合成完成其它10個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄，即跳躍式轉(zhuǎn)錄；RdRp 以gRNAs(-)和sgRNAs(-)為模板分別合成gRNAs(+)和sgRNAs(+)；gRNAs(+)用作ORF1a和ORF1b翻譯的模板，sgRNAs(+)用作其它10種蛋白質(zhì)翻譯的模板；TRS-L通常由冠狀病毒基因組前60至70個(gè)核苷酸殘基（位于5'端非編碼區(qū)內(nèi)）組成，長(zhǎng)度不同的TRS-B位于除ORF1a和1b外的其它基因的緊鄰上游，并調(diào)控其緊鄰下游的基因；每個(gè)冠狀病毒基因組的TRS-L和TRS-B共有一段特定的一致性序列，叫做轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列基序，簡(jiǎn)稱TRS基序（圖1）。

GISAID數(shù)據(jù)庫(kù)中2020年1月27日～2021年5月6日采樣的29 205條印度地區(qū)SARS-CoV-2的基因組幾乎不帶TRS基序突變，特別是在印度早期傳播的毒株中未發(fā)現(xiàn)TRS基序突變。因此，我們將EPI_ISL_2508633指定為帶TRS 基序突變的Delta 突變株的參考基因組。新突變株不僅具備Delta突變株的全部特性（如免疫逃逸），而且?guī)RS基序突變，可能已是或?qū)l(fā)展成為超級(jí)減毒株。進(jìn)一步的研究顯示，在帶TRS基序突變的Delta突變株中，除了RBD結(jié)構(gòu)域中的兩個(gè)重要突變L452R（RC6內(nèi)）和T478K（RC7內(nèi)），還有最早流行的一個(gè)突變D614G；此外，NTD結(jié)構(gòu)域中的RC4重組區(qū)有多個(gè)突變（G142D、E156G、F157del 和R158del），比RBD結(jié)構(gòu)域變異還要頻繁。

2.3 TRS基序突變?cè)诠跔畈《具M(jìn)化中的作用

Beta 冠狀病毒B 亞群的重組區(qū)域全部集中在ORF1a基因和S基因的S1亞基對(duì)應(yīng)的基因組區(qū)域（圖3），其中3個(gè)重組區(qū)（RC3至RC5）位于S1亞基的NTD結(jié)構(gòu)域?qū)?yīng)的基因組區(qū)域，另外兩個(gè)（RC6和RC7）位于S1亞基的RBD結(jié)構(gòu)域?qū)?yīng)的基因組區(qū)域。RC3至RC7重組區(qū)分別對(duì)應(yīng)S蛋白的67-78，137-164，239-262，438-452，468-486位置的氨基酸。位于RBD結(jié)構(gòu)域的RC6和RC7重組區(qū)對(duì)應(yīng)的氨基酸對(duì)于病毒與宿主細(xì)胞受體結(jié)合至關(guān)重要。而中和抗體可以通過(guò)與病毒RBD結(jié)構(gòu)域的關(guān)鍵氨基酸結(jié)合來(lái)阻斷病毒與受體結(jié)合，進(jìn)而阻止病毒進(jìn)入細(xì)胞。

2.4 RBD突變對(duì)中和抗體效力的影響

本研究采用此前提出的進(jìn)化與分子功能聯(lián)合分析法，分析了GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)全部冠狀病毒的基因組序列，結(jié)果發(fā)現(xiàn)：（1）冠狀病毒亞科的每一個(gè)屬（的所有病毒）只有一種經(jīng)典TRS基序（高度保守），只有Beta冠狀病毒A亞群例外，它與同屬的其它幾個(gè)亞群的經(jīng)典TRS基序不同（圖1）；（2）Beta 冠狀病毒B 亞群（特別是SARS-CoV 和SARS-CoV-2）的所有病毒基因組中的TRS-L和調(diào)控4個(gè)結(jié)構(gòu)基因（S、E、M和N）的TRS-B中的經(jīng)典TRS基序均沒(méi)有突變發(fā)生；（3）Beta冠狀病毒B亞群以外的各類群（即Alpha、Beta、Gamma和Delta冠狀病毒以及Beta冠狀病毒其它亞群）普遍存在至少一個(gè)調(diào)控結(jié)構(gòu)基因的TRS-B中的經(jīng)典TRS基序突變?yōu)榉墙?jīng)典TRS基序。因此推斷：TRS基序突變導(dǎo)致Beta冠狀病毒B 亞群以外的各類群病毒的基因轉(zhuǎn)錄能力以及NSP15的調(diào)控能力降低，病毒減毒后最終失去了跨物種傳播和大爆發(fā)的能力，而僅與少量最適宿主長(zhǎng)期共存；不帶TRS基序突變的Beta冠狀病毒B亞群是冠狀病毒中毒力最強(qiáng)的一個(gè)分支，將長(zhǎng)期威脅人類健康。

根據(jù)對(duì)SARS-CoV-2資源庫(kù)中全部基因組突變信息的實(shí)時(shí)跟蹤與分析，我們發(fā)現(xiàn)多種突變株的基因組中已出現(xiàn)TRS-L中的TRS基序突變，這些病毒主要來(lái)自新加坡和墨西哥等國(guó)家。根據(jù)新加坡2021年3～5月采樣的基因組數(shù)據(jù)（表2），我們發(fā)現(xiàn)有一些毒株的TRS-L中的經(jīng)典TRS 基序ACGAAC（基因組位置為MN908947：70-75）中的C突變?yōu)镸（表示A或C）、S（表示G或C）或Y（表示T或C）；而G突變?yōu)镽（表示A或G）。這些位點(diǎn)呈現(xiàn)的核苷酸殘基多態(tài)性（M、S、Y和R）不是測(cè)序錯(cuò)誤導(dǎo)致的，極大可能是樣本（個(gè)人）體內(nèi)存在了多個(gè)毒株共感染導(dǎo)致的。特別是，我們發(fā)現(xiàn)了分類為Delta 突變株B.1.617.2 型的一個(gè)新毒株（GISAID：EPI_ISL_2508633）的基因組的TRS-L中的TRS基序突變?yōu)锳CAAAC（表2）。由于病毒群體的極大多樣性，基于當(dāng)前獲得的少量樣本還無(wú)法準(zhǔn)確評(píng)估TRS基序突變對(duì)于病毒流行的影響，因此還需進(jìn)一步收集數(shù)據(jù)以得到準(zhǔn)確的結(jié)果。

通過(guò)Outbreak.info網(wǎng)站對(duì)SARS-CoV-2 S蛋白突變位點(diǎn)的頻率進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。結(jié)合Beta冠狀病毒B亞群的5 個(gè)重組區(qū)（RC3 至RC5 位于NTD 結(jié)構(gòu)域中，RC6 和RC7位于S1亞基的RBD結(jié)構(gòu)域中）分析各種RBD突變對(duì)中和抗體的影響。

第一層素填土厚度約1.5m。γ平均值為18.5kN/m3，根據(jù)工程經(jīng)驗(yàn)取值C=2kPa，Φ=30°(下同)。

2.5 多種SARS-CoV-2突變株出現(xiàn)TRS基序突變

FPGA在整個(gè)硬件系統(tǒng)中起到協(xié)處理器的作用，主要是利用FPGA的數(shù)據(jù)并行流水線處理能力對(duì)紙病進(jìn)行一次辨識(shí)，判斷出疑似紙病，提取出疑似紙病區(qū)域并通過(guò)以太網(wǎng)接口將該區(qū)域發(fā)送至計(jì)算機(jī)，而計(jì)算機(jī)則負(fù)責(zé)紙病的二次辨識(shí)，對(duì)紙病進(jìn)行精確的識(shí)別和分類。由于FPGA承擔(dān)了98%以上的圖像數(shù)據(jù)處理任務(wù)，從而解決了系統(tǒng)的實(shí)時(shí)性問(wèn)題[3]。本文主要說(shuō)明利用FPGA實(shí)現(xiàn)基于分塊思想的多紙張缺陷一次提取算法。

在鑒定環(huán)曲病毒亞科的經(jīng)典TRS基序（圖2）的過(guò)程中，我們首次發(fā)現(xiàn)了TRS-L中的TRS基序突變，突破了基于冠狀病毒科數(shù)據(jù)對(duì)經(jīng)典TRS基序的認(rèn)識(shí)，最典型的一個(gè)案例來(lái)自白鳊魚(yú)病毒基因組（RefSeq:NC_008516），新發(fā)現(xiàn)包括兩點(diǎn)：（1）其經(jīng)典TRS 基序是AACACAGCACTACA（表1），該基序長(zhǎng)度遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于冠狀病毒亞科的經(jīng)典TRS基序的常見(jiàn)長(zhǎng)度（6～8 nt），推測(cè)此長(zhǎng)度更接近冠狀病毒祖先的經(jīng)典TRS基序的長(zhǎng)度；（2）其TRS-L 中的TRS 基序突變?yōu)榉墙?jīng)典TRS 基序AACACACAACAAG（表1），而冠狀病毒亞科的所有病毒的TRS-L中不存在TRS基序突變。

(1)分類職稱評(píng)審模式。以廣西職稱評(píng)審權(quán)下放到具體高校為契機(jī)，根據(jù)學(xué)院的辦學(xué)定位，結(jié)合各學(xué)科、崗位特點(diǎn)，建立分類、分層次的評(píng)審機(jī)制，用“教學(xué)和科研并重”的分類評(píng)價(jià)模式取代傳統(tǒng)的“重科研、輕教學(xué)”的評(píng)價(jià)，同時(shí)將教師的創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)實(shí)踐及成果納入評(píng)價(jià)體系。如教師指導(dǎo)學(xué)生在國(guó)家級(jí)學(xué)科競(jìng)賽獲得特等獎(jiǎng)、一等獎(jiǎng)的視同發(fā)表一篇中文核心，激發(fā)教師的創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)活力。

3 討論

根據(jù)跳躍式轉(zhuǎn)錄的分子機(jī)制，TRS基序突變必然導(dǎo)致冠狀病毒基因的轉(zhuǎn)錄下降，這一點(diǎn)已得到實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。前期研究對(duì)冠狀病毒的其它基因組特征（最主要是S1/S2交界處的Furin蛋白酶切位點(diǎn)）導(dǎo)致的減毒也進(jìn)行了系統(tǒng)性分析，并發(fā)現(xiàn)了冠狀病毒傳播和爆發(fā)的一些規(guī)律，特別是：（1）Beta冠狀病毒的祖先與其他類群分化后形成Beta冠狀病毒的各分支，這些分支總體上通過(guò)減毒或再次爆發(fā)得以廣泛傳播；（2）A亞群的直接祖先與Beta冠狀病毒的直接祖先分化最早，減毒程度最大，而且具有最高的多樣性；（3）B、D亞群的直接祖先隨后分開(kāi)，伴隨進(jìn)一步減毒；（4）C亞群的直接祖先分化最晚，仍然保留了第二Furin蛋白酶切位點(diǎn)，因此減毒程度很小。對(duì)比本研究與以上前期研究結(jié)果，我們發(fā)現(xiàn)：TRS基序突變導(dǎo)致的減毒與Furin蛋白酶切位點(diǎn)導(dǎo)致的減毒在冠狀病毒進(jìn)化中的變化趨勢(shì)整體一致，特別是：Beta冠狀病毒B亞群所有病毒均未發(fā)生TRS基序突變；C亞群（例如MERS-CoV，GenkBank：JX869059）僅有N基因的TRS-B中的TRS基序突變?yōu)锳CGAATC；E亞群（例如GenkBank：NC_025217）僅有S基因的TRS-B中的TRS基序突變?yōu)锳CGGAAC。因此，我們推斷：Beta冠狀病毒B、C和E亞群仍然處于活躍期，將長(zhǎng)期威脅人類健康，直到這些病毒通過(guò)TRS基序突變繼續(xù)減毒，才能最終失去跨物種傳播和大爆發(fā)的能力。

森林生態(tài)系統(tǒng)碳儲(chǔ)量估測(cè)一般分微氣象學(xué)法、樣地清查法、箱式法、數(shù)學(xué)模型法、遙感估測(cè)法[4-7]，此次采用樣地清查法中的生物量轉(zhuǎn)換因子法估算純林、混交林、散生木和四旁樹(shù)的碳儲(chǔ)量，采用平均生物量法估算喬木經(jīng)濟(jì)林、灌木經(jīng)濟(jì)林、疏林地、灌木林地(不含灌木經(jīng)濟(jì)林)碳儲(chǔ)量。

根據(jù)重組區(qū)RC6和RC7內(nèi)關(guān)鍵氨基酸的鑒定結(jié)果，有研究對(duì)2021 年初流行的Alpha（B.1.1.7）、Beta（B.1.351）和Delta（B.1.617）突變株對(duì)中和抗體的影響做了簡(jiǎn)單評(píng)估。Alpha 突變株的3 個(gè)主要突變（69-70Del、N501Y和P681H）均不涉及RC6和RC7重組區(qū)；Beta突變株的3個(gè)主要突變（K417N、E484K和N501Y）中，有一個(gè)E484K涉及RC7重組區(qū)，預(yù)測(cè)會(huì)對(duì)中和抗體的作用效果產(chǎn)生輕微影響；作為SARS-CoV-2最著名的突變D614G，不涉及RC6和RC7重組區(qū)。然而，Delta突變株的兩個(gè)突變位點(diǎn)（L452R 和E484K）分別位于RC6和RC7重組區(qū)內(nèi)，預(yù)測(cè)會(huì)對(duì)作用效果產(chǎn)生重大影響；來(lái)自南美的Lambda突變株（C37）同時(shí)具有8個(gè)主要突變，分別位于RC3（G75V和T76I）、RC4（R246N、247-253Del）、RC6（L452Q）和其它區(qū)域（F490S、D614G 和T859N），因此，也對(duì)中和抗體的作用效果產(chǎn)生較大影響。特別是，247-253Del幾乎導(dǎo)致了RC4的缺失。從最早的突變E484K 開(kāi)始，到Delta 突變株的雙重突變（L452R和E484K），SARS-CoV-2已經(jīng)產(chǎn)生了逃逸，即在中和抗體的選擇壓力下，一部分突變株生存下來(lái)，并獲得進(jìn)一步傳播的機(jī)會(huì)，以上分析已得到后續(xù)的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。Delta突變株出現(xiàn)后，Delta突變株與此前出現(xiàn)的突變株有顯著不同，如果不高度重視，可能引起大規(guī)模傳播。如果Delta突變株產(chǎn)生TRS基序突變，可能會(huì)導(dǎo)致超級(jí)減毒株的出現(xiàn)，可引起無(wú)癥或輕癥感染者增多，潛伏時(shí)間長(zhǎng)，以及漏檢率上升等問(wèn)題，對(duì)SARSCoV-2的防控將提出新的挑戰(zhàn)。根據(jù)前期研究結(jié)果，NTD結(jié)構(gòu)域與RBD結(jié)構(gòu)域發(fā)生過(guò)同樣多的重組事件，說(shuō)明有同樣大的正向選擇壓力，因此有可能存在第二受體與NTD相互作用。

冠狀病毒強(qiáng)大的重組能力是導(dǎo)致其反復(fù)爆發(fā)的最主要因素，冠狀病毒的進(jìn)化歷史顯示了其爆發(fā)-減毒-再次爆發(fā)的規(guī)律性。減毒的來(lái)源主要包括RBD區(qū)域突變、S1/S2交界處的Furin蛋白酶切位點(diǎn)突變和TRS基序突變等。值得注意的是，TRS基序突變與其導(dǎo)致的減毒不可逆，而其它因素導(dǎo)致的減毒是可逆的。SARSCoV-2爆發(fā)的一個(gè)重要原因就是因獲得Furin蛋白酶切位點(diǎn)而導(dǎo)致其傳播力增強(qiáng)。而SARS-CoV-2爆發(fā)不久，就有報(bào)道Furin 蛋白酶切位點(diǎn)丟失的減毒株（GISAID:EPI_ISL_417443）；最近出現(xiàn)的Omicron突變株則可能產(chǎn)生雙重Furin蛋白酶切位點(diǎn)，因此獲得更大傳播力。Omicron突變株，經(jīng)過(guò)多次重組形成，情況非常復(fù)雜，但基本上屬于RBD 區(qū)域突變導(dǎo)致的減毒株。目前尚未發(fā)現(xiàn)大量Omicron突變株的基因組中存在TRS基序突變，因此，當(dāng)前的Omicron突變株并不是最終的超級(jí)減毒株。根據(jù)我們的模型，包括Omicron突變株在內(nèi)的各種突變株都將產(chǎn)生TRS基序突變，只有帶TRS基序突變的超級(jí)減毒株，才能最終失去跨物種傳播和大爆發(fā)的能力。超級(jí)減毒株通過(guò)回復(fù)突變?cè)僖鸫蟊l(fā)的可能性幾乎不存在，然而，如果多種超級(jí)減毒株長(zhǎng)期共存，會(huì)形成一個(gè)龐大的基因庫(kù)，可與其他非減毒株進(jìn)行重組，因此，其威脅更大。

本研究分析了墨西哥2021年3～4月采樣的大量數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)大量（被GISAID）分類為B.1.1.519型的毒株也出現(xiàn)了TRS基序突變。來(lái)自新加坡和墨西哥的不同毒株在相近的時(shí)間段都出現(xiàn)TRS基序突變，值得進(jìn)一步深入研究。當(dāng)前的病毒核酸檢測(cè)一般無(wú)法獲得基因組數(shù)據(jù)；高通量測(cè)序可以獲得基因組數(shù)據(jù)，但是對(duì)于多個(gè)病毒株的共感染樣品，含量高的毒株會(huì)掩蓋含量低的減毒株，最后得到的一致性序列會(huì)丟失很多重要的信息。因此，希望疾控部門監(jiān)測(cè)上傳的基因組數(shù)據(jù)（特別是高通量測(cè)序數(shù)據(jù)）中的TRS基序突變，以便及早應(yīng)對(duì)可能出現(xiàn)的超級(jí)減毒株。帶TRS基序突變的B.1.1.7突變株已經(jīng)向日本（GISAID：EPI_ISL_2771613 等）和德國(guó)（GISAID：EPI_ISL_2759898等）擴(kuò)散；帶TRS基序突變的B.1.617.2 突變株已經(jīng)向印度尼西亞（GISAID：EPI_ISL_2931745 等）和英國(guó)（GISAID：EPI_ISL_2852198等）擴(kuò)散。這些數(shù)據(jù)再次驗(yàn)證了我們的部分預(yù)測(cè)。