基序
- 囊狀幼蟲病病毒衣殼蛋白肝素結(jié)合基序鑒定及其抗感染作用分析
p2）的肝素結(jié)合基序（heparin-binding motif），并測定該基序肽及其衍生肽的抗SBV 感染活性，以期為闡明SBV-GAG 相互作用奠定基礎(chǔ)及基于此相互作用開發(fā)治療SBV 感染的多肽提供參考。1 材料與方法1.1 病毒、菌株及質(zhì)粒 SBV樣品［8］和大腸埃希菌K88菌株由重慶市畜牧科學(xué)院獸醫(yī)獸藥研究所提供；表達(dá)載體pGEX-4T-1 和大腸埃希菌BL21（DE3）由生工生物工程（上海）股份有限公司提供。1.2 主要試劑及儀器 肝素瓊脂糖珠購
中國生物制品學(xué)雜志 2023年12期2024-01-02
- EPIYA 基序與幽門螺桿菌感染相關(guān)胃病關(guān)系的研究進(jìn)展
列（EPIYA 基序）。下面本文就EPIYA基序與Hp 感染相關(guān)胃病的關(guān)系作一簡要綜述。一、EPIYA 基序的概述Hp 存在多種毒力基因，其基因型多樣，不同基因型在致病性上存在差異。目前，關(guān)于Hp研究比較廣泛的毒力基因之一是位于Cag 致病島（CagPAI）的CagA。而CagPAI 是一個(gè)40 kb 的染色體 DNA 區(qū)域，它編碼的IV 型分泌系統(tǒng)（T4SS）可將CagA 易位到宿主細(xì)胞，隨后被宿主細(xì)胞激酶磷酸化［4-5］。每個(gè)Hp 感染者的胃黏膜都定植
新醫(yī)學(xué) 2023年10期2023-12-09
- 兩株GI.1型和GI.2型兔出血癥病毒RdRp基因的克隆與分析
保守的氨基酸序列基序：4個(gè)在手掌域的基序(基序A、B、C和D),1個(gè)在拇指域的基序(基序E),2個(gè)在手指域的基序(基序F和G)[11]。這些短功能基序具有高度保守的氨基酸序列,基序B、D、E和F參與核苷酸識別和配位,基序B和G協(xié)調(diào)模板和引物結(jié)合,基序A和C執(zhí)行核苷酸結(jié)合的催化作用[12]。RHDV RdRp不只發(fā)揮復(fù)制酶的作用,還具有能與細(xì)胞內(nèi)膜相互作用從而改變高爾基體結(jié)構(gòu)的能力[13],因此RdRp可能在復(fù)制復(fù)合物的建立過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。RHDV主要由
浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2023年6期2023-08-07
- 植物登陸過程中exocyst復(fù)合體的演化
、進(jìn)化分析、保守基序分析、高級結(jié)構(gòu)預(yù)測和比較,進(jìn)而研究它們的進(jìn)化規(guī)律;并以擬南芥為陸生植物代表分析其特有的Exo70G家族蛋白的亞細(xì)胞定位及其在干旱脅迫和鹽脅迫中的表達(dá)。在植物登陸過程中,exocyst內(nèi)部亞基并沒有發(fā)生顯著變化,而表面亞基的數(shù)量和結(jié)構(gòu)發(fā)生了顯著改變,特別是Exo70亞基,其基因大量復(fù)制、分化產(chǎn)生多個(gè)類群,包括陸生植物特有的類群GroupⅢ(Exo70G),其基因在干旱脅迫和鹽脅迫下高表達(dá),可能對于植物抗干旱脅迫和鹽脅迫具有重要的價(jià)值。本研
- 新冠病毒藥物研發(fā)新靶點(diǎn)—LLQY 基序
LQY-756 基序在S 蛋白的合成、加工及病毒組裝和感染的過程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。有研究發(fā)現(xiàn)，SARS-CoV-2 S 蛋白前體在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中合成后轉(zhuǎn)運(yùn)至高爾基體，被高爾基體中的Furin 蛋白酶切割形成S1 和S2 兩個(gè)亞基，并通過非共價(jià)鍵作用結(jié)合形成成熟的S 蛋白并參與病毒顆粒的組裝。其中，S1 亞基主要與人血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2（hACE2）受體結(jié)合，S2 亞基將S 蛋白錨定在病毒膜上，同時(shí)介導(dǎo)病毒—細(xì)胞的融合過程。在S2 亞基的N 端存在跨膜絲氨酸蛋白酶2
中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào) 2022年6期2022-12-29
- 鼠傷寒沙門菌伴侶蛋白Hfq與小RNA GcvB結(jié)合位點(diǎn)的初步分析
結(jié)合偏好型的富U基序；利用λ-Red同源重組酶系統(tǒng)構(gòu)建相應(yīng)序列的突變或截短菌株；利用噬菌體轉(zhuǎn)導(dǎo)技術(shù)構(gòu)建相應(yīng)的hfq或gcvB基因缺失菌株以及l(fā)acZ基因融合菌株；通過qRT-PCR檢測不同重組菌株gcvB基因的轉(zhuǎn)錄水平；通過β-半乳糖苷酶試驗(yàn)檢測不同重組菌株oppA基因的蛋白水平，最后分析Hfq與GcvB富U基序的作用關(guān)系，為闡明STM Hfq與GcvB的作用機(jī)理提供理論依據(jù)。1 材料與方法1.1 主要實(shí)驗(yàn)材料MA7455菌株(STM LT2/pKD46)
畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào) 2022年11期2022-11-29
- 龍眼全基因組和轉(zhuǎn)錄本序列SSR位點(diǎn)的鑒定
布特征、不同長度基序的SSR分布規(guī)律等，并對單、雙子葉植物及無患子目等不同種的植物進(jìn)行全基因組水平的SSR位點(diǎn)鑒定和比較，總結(jié)SSR位點(diǎn)的一般規(guī)律和物種特異性.本研究旨在為龍眼的真實(shí)雜交種鑒定、遺傳多樣性研究、遺傳圖譜構(gòu)建和分子標(biāo)記輔助育種提供重要數(shù)據(jù)庫支撐，對其他物種SSR位點(diǎn)的深度挖掘和鑒定也提供參考和方向.1 材料與方法1.1 RNA提取、RNA文庫構(gòu)建與測序選取龍眼不同時(shí)期的花芽、葉芽、果實(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，每個(gè)處理設(shè)計(jì)3個(gè)生物學(xué)重復(fù).采用天根RNA
- 鼠傷寒沙門氏菌LT2 Hfq與fadL、ompN、ybfM mRNA 5′UTR結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測與驗(yàn)證分析
基因(ARN)n基序缺失基礎(chǔ)上再分別進(jìn)行hfq基因缺失，通過β-半乳糖苷酶活性分析可以反映基因表達(dá)含量的變化，探究缺失區(qū)域?qū)υ摶虍a(chǎn)生的作用.本試驗(yàn)將利用5′RACE技術(shù)探究fadL、ompN、ybfMmRNA 5′UTR基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)；篩查fadL、ompN、ybfMmRNA 5′UTR可能的Hfq結(jié)合位點(diǎn)(ARN)n基序；利用λ-red同源重組技術(shù)構(gòu)建不同(ARN)n完整基序突變的lacZ基因融合菌株；利用噬菌體轉(zhuǎn)導(dǎo)技術(shù)構(gòu)建相應(yīng)的hfq基因缺失菌株；
- 秋茄WRKY基因家族的生物信息學(xué)分析
WRKY蛋白保守基序、基因結(jié)構(gòu)和染色體定位分析使用MEME(http：//meme-suite.org/tools/meme)對71個(gè)秋茄WRKY蛋白進(jìn)行保守基序預(yù)測，允許保守結(jié)構(gòu)域重復(fù)出現(xiàn)，保守性基序的數(shù)量限制為10，分別命名為基序1～基序10。利用 Tbtools工具繪制KcWRKY蛋白保守基序、基因結(jié)構(gòu)和基因染色體定位圖。1.5 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)和啟動(dòng)子順式作用元件分析將秋茄WRKY蛋白作為研究對象，選定模式植物擬南芥作為物種參數(shù)，在 STRING( h
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年14期2022-07-29
- 棉花SRS 基因家族的全基因組鑒定及生物信息學(xué)分析
統(tǒng)進(jìn)化及基因保守基序進(jìn)行研究， 對家族基因之間的進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行共線性分析， 并分析SRS基因在棉花不同發(fā)育時(shí)期的胚珠和纖維、 不同組織及在多種脅迫處理下的表達(dá)模式， 相關(guān)研究結(jié)果有助于進(jìn)一步研究棉花SRS 蛋白在生長發(fā)育過程中的作用。1 材料與方法1.1 棉花SRS 基因家族成員的全基因組鑒定為了鑒定SRS基因家族成員，從公共數(shù)據(jù)庫（http://cotton.hzau.edu.cn/EN/download.php）下 載棉花基因組序列和基因注釋文件[26]
棉花學(xué)報(bào) 2022年2期2022-07-07
- 普通煙草CCCH 類鋅指蛋白家族的全基因組鑒定和表達(dá)分析
個(gè)保守CCCH 基序[4]，CCCH 基序最初被定義為CX6～14-C-X4～5-C-X3～4-H（X 代表任意氨基酸）[5]，但后續(xù)在擬南芥和水稻中發(fā)現(xiàn)了不同于原始分類的CCCH 基序[6]，因此，CCCH 基序被定義為C-X4～15-CX4～6-C-X3～4-H[6]。不同植物包含有相同的CCCH 基序[7]，并且C-X7-8-C-X5-C-X3-H 為最常見的基序[8]。TZF（Tandem CCCH zinc‐finger）蛋白通常包含有串聯(lián)重復(fù)的
河南農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年4期2022-07-06
- 玉米YUCCA家族基因的特征分析
染色體位置、保守基序和復(fù)制方式等。本研究結(jié)果為了解玉米YUC基因的特征提供有用信息。1 材料與方法1.1 ZmYUC基因結(jié)構(gòu)及保守基序分析利用GSDS軟件(http://gsds.cbi.pku.edu.cn)分析ZmYUC基因的外顯子/內(nèi)含子結(jié)構(gòu)[9]。利用MEME軟件(http://meme.nbcr.net/meme/)分析ZmYUC基因的保守基序[10]。1.2 ZmYUC基因的染色體定位和基因復(fù)制方式分析從玉米B73序列數(shù)據(jù)庫中檢索到ZmYUCs
農(nóng)業(yè)與技術(shù) 2022年10期2022-06-01
- 番木瓜WRKY轉(zhuǎn)錄因子家族基因鑒定及其響應(yīng)短孢炭疽菌侵染的表達(dá)分析
eme)進(jìn)行保守基序預(yù)測[28]。在植物基因組網(wǎng)站(http：//plants.ensembl.org/index.html)下載CpWRKY各成員起始密碼子上游2 000 bp的啟動(dòng)子序列，通過軟件PlantCARE[29](http//bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)進(jìn)行順式作用元件在線預(yù)測和分析。1.4 短孢炭疽菌侵染后CpWRKY家族基因的表達(dá)分析1.4.1 差異表達(dá)基因的篩
西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版） 2022年5期2022-05-16
- 帶TRS基序突變的新型冠狀病毒威脅更大
首次報(bào)道了TRS基序是冠狀病毒的尿苷酸特異性RNA 內(nèi)切酶（NendoU，常表示為NSP15）的酶切位點(diǎn)，NSP15的酶切作用是實(shí)現(xiàn)冠狀病毒跳躍式轉(zhuǎn)錄的分子基礎(chǔ)，并提出了NSP15對冠狀病毒復(fù)制和轉(zhuǎn)錄的負(fù)反饋調(diào)控模型。由于冠狀病毒的跳躍式轉(zhuǎn)錄與重組都需要依賴NSP15的酶切作用，即共享一個(gè)分子機(jī)制，冠狀病毒可在其生存周期中隨時(shí)發(fā)生重組，成為導(dǎo)致其反復(fù)暴發(fā)的最主要因素。在隨后的研究中又發(fā)現(xiàn)了NSP15蛋白酶切位點(diǎn)與RNA甲基化的相互關(guān)系，特別是TRS發(fā)卡結(jié)構(gòu)
南方醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào) 2022年3期2022-04-13
- 甜菜M14品系BvM14-UNG基因克隆及生物信息學(xué)分析
糖基化酶根據(jù)特征基序可以分為UDG超家族和螺旋-發(fā)夾-螺旋-GPD糖基化酶（Helix-Hairpin-Helix-GPD glycosylases，HHH-GPD）超家族，HHH-GPD超家族具有標(biāo)志性的螺旋-發(fā)夾-螺旋和甘氨酸/脯氨酸（Gly，G/Pro，P）富含環(huán)，其后是一個(gè)保守的天冬氨酸（Asp，D）。UDG超家族根據(jù)保守的基序和結(jié)構(gòu)相似性又可以分為UDG-F1、UDG-F2、UDG-F3、UDG-F4和UDG-F5共5個(gè)亞家族。UDG-F1以大腸
中國農(nóng)學(xué)通報(bào) 2022年4期2022-03-02
- 功能化自組裝肽水凝膠在細(xì)胞培養(yǎng)中應(yīng)用
多肽鏈時(shí)增加功能基序，或者在多態(tài)水凝膠結(jié)構(gòu)中嵌入生長因子、轉(zhuǎn)化因子等細(xì)胞因子，從而滿足不同細(xì)胞生長需要。1 自組裝肽水凝膠概述早在20世紀(jì)90年代，就有研究人員在酵母蛋白中發(fā)現(xiàn)一種天然蛋白序列Zuotin，其具有β折疊結(jié)構(gòu)，能自發(fā)形成三維網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)［7］?？茖W(xué)家們從中受到啟發(fā)，利用氨基酸的基本特性，根據(jù)需要設(shè)計(jì)出不同的多肽鏈形成特殊的二級結(jié)構(gòu)，在合適的條件下，通過范德華力、疏水作用、π-π堆積力等相互作用，使得其能自發(fā)形成復(fù)雜的三維結(jié)構(gòu)。在此基礎(chǔ)上，自組裝肽
生物加工過程 2022年1期2022-02-23
- Genome-wide identification of the aquaporin gene family in wheat and their roles in salt and drought stress response
aAQPs的保守基序和基因結(jié)構(gòu)分析3.4 Sequence analysis of TaAQP proteinsIn general, two highly conserved Asn-Pro-Ala (NPA) motifs generate electrostatic repulsion of protons and form water pores, and ar/R selectivity filters are essential for the
長江大學(xué)學(xué)報(bào)(自科版) 2021年5期2021-11-12
- 茶樹CsIQD基因家族的鑒定和表達(dá)模式分析
7結(jié)構(gòu)域內(nèi)含3個(gè)基序，分別是1-8-14基序、IQ基序和1-5-10基序，同時(shí)這3個(gè)基序都有1~3個(gè)重復(fù)[6]。IQD家族不是單一基因，它是一個(gè)多基因家族，組成其家族的成員眾多，在多種植物中表達(dá)，因此推測IQD基因家族的成員能在植物中發(fā)揮廣泛的作用。IQD家族最早發(fā)現(xiàn)于擬南芥和水稻當(dāng)中[6]，水稻包含29個(gè)IQD基因，擬南芥中包含了33個(gè)IQD基因，這33個(gè)IQD被分為Ⅰ、Ⅱ、II和Ⅳ四個(gè)亞家族。IQD1是在擬南芥中發(fā)現(xiàn)的第一個(gè)IQD家族的基因，IQD1基
特產(chǎn)研究 2021年5期2021-10-14
- 棉花UGPase 基因鑒定與生物信息學(xué)分析
分析和蛋白質(zhì)保守基序分析根據(jù)各基因組基因位置文件，利用數(shù)據(jù)處理工具TBtools[20]繪制基因結(jié)構(gòu)；利用序列分析工具M(jìn)EME[21]（http://meme-suite.org/, v5.1）分 析 上 述19 個(gè)物種的UGPase 蛋白中的保守基序。 參數(shù)設(shè)置：基序最大發(fā)現(xiàn)數(shù)量為25，基序最大長度為50 nt（Nucleotide，核苷酸）。1.4 同源基因鑒定及Ks 值分析利用蛋白序列同源性分析工具OrthoMCL[22]。（參數(shù)設(shè)置：E值≤1e-5
棉花學(xué)報(bào) 2021年4期2021-09-14
- 甘薯全基因組WRKY轉(zhuǎn)錄因子的基因鑒定與逆境脅迫表達(dá)分析
WRKY蛋白保守基序分析使用MEME[21]對82個(gè)甘薯WRKY蛋白進(jìn)行保守基序預(yù)測，保守性基序的數(shù)目限制為10，分別命名為基序1～基序10。1.8 WRKY基因的抗逆表達(dá)模式分析從SRA數(shù)據(jù)庫分別下載蔓割病菌[16]和低溫脅迫下的甘薯轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)[32]，將82個(gè)甘薯WRKY基因序列與甘薯轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比對，提取基因在不同處理組和對照組中的表達(dá)信息。應(yīng)用DESeq2對數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理，數(shù)據(jù)篩選的Padj設(shè)為小于0.05，只保留以2為底差異表達(dá)倍數(shù)的對數(shù)(lo
西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版） 2021年9期2021-09-10
- 甜蕎根轉(zhuǎn)錄組SSR位點(diǎn)特征分析
分布、重復(fù)類型、基序種類和重復(fù)次數(shù)等特征，并基于檢索到的SSRs設(shè)計(jì)全部的引物,篩選了與黃酮類物質(zhì)合成相關(guān)的SSR引物。1 材料與方法1.1 SSRs掃描基于甜蕎品種豐甜1號根系轉(zhuǎn)錄組高通量測序數(shù)據(jù),利用Misa軟件在默認(rèn)參數(shù)下對長度大于200 bp的Transcripts序列進(jìn)行了SSR位點(diǎn)掃描,篩選標(biāo)準(zhǔn)為:單核苷酸重復(fù)次數(shù)≥10；二核苷酸重復(fù)次數(shù)≥6；三至六核苷酸重復(fù)次數(shù)≥5；將相距20個(gè)堿基以內(nèi)的SSR位點(diǎn)視為復(fù)合型位點(diǎn)。利用Excel 2019對獲
江西農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年8期2021-09-08
- NaV1.5鈉通道C末端IQ基序的重組質(zhì)粒構(gòu)建及蛋白制備
AM）結(jié)合的IQ基序［1-5］。IQ基序是細(xì)胞內(nèi)Ca2+調(diào)節(jié)NaV1.5的關(guān)鍵元件，是耦合EFhand結(jié)構(gòu)域和CAM與Ca2+相互作用的分子開關(guān)［6］。鈣離子作為細(xì)胞生長中的第二信使，參與多種生理過程，如鈣穩(wěn)態(tài)調(diào)節(jié)、心臟傳導(dǎo)和基因表達(dá)等［7］。同時(shí)，編碼基因SCN5A突變導(dǎo)致NaV1.5通道結(jié)構(gòu)或功能異常，引起心肌細(xì)胞動(dòng)作電位除極期間通道表達(dá)水平降低，進(jìn)而引發(fā)多種心血管系統(tǒng)疾病，如長QT綜合征（long QT syndrome，LQTS）、Brugada綜
中國醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào) 2021年8期2021-09-02
- 基于高原鼠兔簡化基因組數(shù)據(jù)的微衛(wèi)星引物開發(fā)
中，單核苷酸重復(fù)基序最多，數(shù)量為3 260個(gè)，占總位點(diǎn)的46.15%；其次為二核苷酸重復(fù)基序，數(shù)量為2 710個(gè)，占總位點(diǎn)的38.37%；三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重復(fù)基序數(shù)量分別為535、256、40個(gè)，分別占總位點(diǎn)的7.57%、3.62%和0.57%；六核苷酸數(shù)量最少，僅有5個(gè)，占總位點(diǎn)的0.07%。在完全重復(fù)型SSR位點(diǎn)中，六核苷酸類型重復(fù)基序平均長度最長，可達(dá)到31 bp；單核苷酸類型重復(fù)基序的平均長度最短，為12 bp。在這些SSR位點(diǎn)中，單核
野生動(dòng)物學(xué)報(bào) 2021年3期2021-08-03
- 芥藍(lán)Aux/IAA家族基因生物信息學(xué)與表達(dá)分析
亞細(xì)胞定位和保守基序（motif）分析利用在線軟件Wolf（https://wolfpsort.hgc.jp/）對Aux/IAA基因家族進(jìn)行亞細(xì)胞定位；使用在線軟件MEME（http://meme-suite.org/）將預(yù)測的基序數(shù)目設(shè)置為20，對芥藍(lán)Aux/IAA基因家族的保守基序進(jìn)行預(yù)測與分析。計(jì)算基序的期望值（E），如果E＞0.05，說明此結(jié)構(gòu)域未到達(dá)顯著水平，并統(tǒng)計(jì)E＜0.05 的基序數(shù)目。隨后，將預(yù)測數(shù)目修改成統(tǒng)計(jì)的基序數(shù)值再進(jìn)行一輪預(yù)測，得到
浙江大學(xué)學(xué)報(bào)（農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版） 2021年3期2021-07-10
- 禾谷炭疽菌內(nèi)吞相關(guān)蛋白找尋及其生物信息學(xué)
中含有NPFxD基序的蛋白參與內(nèi)吞靶向信號過程，該信號在實(shí)現(xiàn)含有特征化弗林蛋白酶樣蛋白酶Kex2p胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域的嵌合蛋白過程發(fā)揮重要作用[4]。同時(shí)，真菌的包被網(wǎng)格蛋白囊泡(CCV)廣泛存在于細(xì)胞中，并形成質(zhì)膜的區(qū)域，該區(qū)域可濃縮具有不同受體的大細(xì)胞外分子，不同受體則負(fù)責(zé)配體的低密度脂蛋白、生長因子、轉(zhuǎn)鐵蛋白和抗體等受體介導(dǎo)的內(nèi)吞作用[5]，并通過CCV攝取的蛋白質(zhì)通常具有內(nèi)吞靶向信號，可直接摻入新囊泡中[6]。表 1 禾谷炭疽菌中NPFxD基序蛋白的基本信
科學(xué)技術(shù)與工程 2021年13期2021-06-24
- 密葉紅豆杉SSR位點(diǎn)分布特征及分子標(biāo)記開發(fā)
2.2.1 重復(fù)基序次數(shù)分布特征密葉紅豆杉轉(zhuǎn)錄組中各SSR 重復(fù)基序類型及數(shù)量統(tǒng)計(jì)結(jié)果（表1）。密葉紅豆杉中SSR 重復(fù)類型從單堿基到六堿基重復(fù)均有分布，重復(fù)基序比較豐富，共有126 種。但不同重復(fù)基序的SSR位點(diǎn)數(shù)量相差較大，從4 到60 種不等，其中以三核苷酸重復(fù)基序類型的重復(fù)基序數(shù)量最多，為60種；其次是四核苷酸重復(fù)基序類型的重復(fù)基序，為25 種。單核苷酸、二核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重復(fù)基序類型的重復(fù)基序數(shù)分別為4、8、10、19 種，其中單核苷酸
中南林業(yè)科技大學(xué)學(xué)報(bào) 2021年4期2021-04-22
- 轉(zhuǎn)錄組荔枝Dof 基因家族的鑒定及其表達(dá)
C 單鋅指結(jié)構(gòu)，基序中的4 個(gè)Cys 殘基和1 個(gè)Zn2+共價(jià)結(jié)合，Dof 蛋白的DNA 結(jié)合域與不同植物的啟動(dòng)子DNA 結(jié)合具有特異性，識別AAAG 或互補(bǔ)序列CTTT 基序作為核心序列元件[2]，但是南瓜Dof 蛋白AOBP 為例外，AOBP 蛋白特異識別AGTA 序列[3]。位于C?末端的轉(zhuǎn)錄調(diào)控結(jié)構(gòu)域的氨基酸序列不具有保守性，導(dǎo)致Dof 蛋白在植物生長發(fā)育過程中的功能的多樣性。自從第一個(gè)Dof（ZmDof1）基因在玉米中克隆以來[4]，迄今為止從單
熱帶生物學(xué)報(bào) 2021年1期2021-04-15
- 動(dòng)物多肽與鈉通道選擇性互作的微基序空間等電點(diǎn)
器動(dòng)力機(jī)制的功能基序，期待為開發(fā)鈉通道門控類阻滯劑提供新的思路和見解，為治療功能獲得性與缺失性突變類疾病提供途徑。鈉通道亞型(如Nav1.2、Nav1.4、Nav1.5和Nav1.7)的冷凍電鏡顆粒結(jié)構(gòu)顯示：每個(gè)亞型的電壓傳感器都能根據(jù)膜電壓的改變而變化[3]。此外，α亞基還與β亞基共同調(diào)節(jié)膜定位、電壓依賴性以及通道門控動(dòng)力學(xué)[4，5]。迄今，鈉通道特異性的動(dòng)物多肽PaurTx3(Phrixotoxin)，Pn3a(μ-theraphotoxin-Pn3a
- 基于表面等離子體共振(SPR)技術(shù)實(shí)時(shí)分析RGD基序與整聯(lián)蛋白的相互作用
高度保守的RGD基序(精氨酸-甘氨酸-天門冬氨酸)，該基序是病毒粒子與細(xì)胞表面整聯(lián)蛋白結(jié)合引起感染的主要結(jié)合位點(diǎn)。盡管RGD依賴的整聯(lián)蛋白受體通過RGD基序識別配體，但FMDV-VP1蛋白G-H環(huán)中VP1側(cè)面的氨基酸殘基在FMDV感染中同樣起重要作用。如RGD依賴性整聯(lián)蛋白αvβ5和α5β1并未充當(dāng)FMDV的受體[6]。VP1 S154D突變導(dǎo)致Asia1 型FMDV使用豬整聯(lián)蛋白受體αvβ6和αvβ8的能力增加，從而增加了其在宿主細(xì)胞中的復(fù)制水平，增強(qiáng)了
畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào) 2021年1期2021-03-01
- 基于轉(zhuǎn)錄組的三月李及其紅肉突變體Expansin基因家族鑒定及分析
酸殘基和HFD 基序的domain1，C 端含有一個(gè)與第二組花粉過敏原蛋白同源的多糖結(jié)合結(jié)構(gòu)域[13?15]。大量研究表明Expansin 與植物細(xì)胞生長[16]、葉片生長發(fā)育[17?18]、根系發(fā)育[19?20]、果實(shí)發(fā)育和質(zhì)地變化[21?26]等諸多生物學(xué)過程密切相關(guān)。此外，Expansin 還與脫落酸、赤霉素、生長素、油菜素內(nèi)酯和乙烯等植物激素引起的細(xì)胞膨大和細(xì)胞壁結(jié)構(gòu)改變有關(guān)[27?30]。目前，科研人員已對多種植物的Expansin基因家族進(jìn)行鑒
福建農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2020年9期2020-12-16
- 新研究揭示具有RK 基序的CAR-T 細(xì)胞更能有效地殺死癌細(xì)胞
在新發(fā)現(xiàn)的RK 基序處與T 細(xì)胞受體結(jié)合。這種結(jié)合開啟了T 細(xì)胞受體，從而將T 細(xì)胞激活，使之成為殺傷細(xì)胞，從而消除威脅。Minguet 談到這一發(fā)現(xiàn)時(shí)說，“我們感到吃驚的是，這種RK 基序以前從未被描述過。免疫學(xué)家研究T 細(xì)胞受體已經(jīng)超過30 年了?！边@些發(fā)現(xiàn)有助于在分子水平上在對威脅的感知和對免疫反應(yīng)的激活之間建立一座橋梁，從而揭示了免疫系統(tǒng)的基本運(yùn)作原則。T 細(xì)胞履行各種功能：當(dāng)人體自身的細(xì)胞對身體構(gòu)成威脅時(shí)，細(xì)胞毒性T 細(xì)胞，也就是所謂的殺傷細(xì)胞，
醫(yī)藥前沿 2020年31期2020-12-02
- 鼠傷寒沙門菌小RNA GcvB 靶基因篩選和驗(yàn)證分析
3 個(gè)不同的功能基序，R1（TGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAA）、R2（ACTTCCTGTA）和R3（TACC CTGTCTGTCCATAGTGATTAAT）[10-11]，而受這些功能基序直接調(diào)控的靶mRNA 均能與R1、R2 或R3 產(chǎn)生完全或部分的堿基互補(bǔ)配對[10-11]。另外，GcvB 在STM LT2 對數(shù)早期表達(dá)量最高，之后逐漸降低，穩(wěn)定期時(shí)幾乎檢測不到。因此，本研究針對對數(shù)生長早期的STM LT2 進(jìn)行研究[12]，利用
中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào) 2020年8期2020-11-05
- 大蒜轉(zhuǎn)錄組簡單重復(fù)序列標(biāo)記分析與分子標(biāo)記開發(fā)
出來的6種SSR基序中，以單核苷酸數(shù)量最多，為96 001個(gè)，占總SSR的68.02%；其次為二核苷酸，有34 051個(gè)，占總SSR的24.12%；三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸的數(shù)量相對較少，總共有11 080個(gè)，僅占總SSR的7.86%。不同類型的SSR位點(diǎn)出現(xiàn)頻率與其比例相一致，以單核苷酸的出現(xiàn)頻率最高，達(dá)21.58%；其次為二核苷酸，為7.65%；三、四、五、六核苷酸的出現(xiàn)頻率相對較低。大蒜轉(zhuǎn)錄組中不同重復(fù)類型SSR位點(diǎn)的平均長度存在差異，
浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2020年9期2020-10-14
- 通過合成生物學(xué)可改造非豆科植物進(jìn)行固氮（2020.8.8 iPlants）
物通過編碼賴氨酸基序（LysM）受體以識別微生物激發(fā)子近而驅(qū)動(dòng)細(xì)胞內(nèi)信號傳導(dǎo)調(diào)控微生物的定植。2020年8月7日，《Science》雜志在線發(fā)表了來自丹麥奧爾胡斯大學(xué)Simona Radutoiu和Kasper R.Andersen研究組題為“Ligand-recognizing motifs in plant LysM receptors are major determinants of specificity”的研究論文。該研究以豆科模式植物百脈根為
三農(nóng)資訊半月報(bào) 2020年15期2020-08-25
- 甘蔗栽培種單倍體基因組SSR位點(diǎn)的發(fā)掘與應(yīng)用
以TG和AG重復(fù)基序的SSR引物, 分別利用4個(gè)甘蔗屬材料(R570、ROC1、LA purple和SES208)和24個(gè)重要甘蔗親本, 對SSR引物進(jìn)行擴(kuò)增效率驗(yàn)證和多態(tài)性分析。共發(fā)掘到27,241個(gè)SSR位點(diǎn), 平均每個(gè)BAC片段有6.29個(gè)SSR位點(diǎn), 平均密度為71.33個(gè)SSR Mb-1, 遠(yuǎn)低于高粱的平均密度(350.00個(gè)SSR Mb-1)。在重復(fù)基序中, 占比前2位的分別為單核苷酸基序(11,079個(gè))和三核苷酸重復(fù)基序(6447個(gè)), 合
作物學(xué)報(bào) 2020年4期2020-03-23
- 楊樹重金屬相關(guān)異戊二烯化植物蛋白(HIPPs)基因的鑒定及表達(dá)分析
端)的異戊二烯化基序。大部分HIPPs蛋白在這兩種元件之間存在甘氨酸富集區(qū)和/或脯氨酸富集區(qū)。異戊二烯化是蛋白質(zhì)翻譯后的一種修飾過程，異戊二烯化蛋白質(zhì)的一個(gè)典型結(jié)構(gòu)特點(diǎn)是蛋白質(zhì)的C端都具有CaaX結(jié)構(gòu)(C代表半胱氨酸；a代表脂肪族氨基酸；X代表C端氨基酸，通常是甲硫氨酸、谷氨酰胺、半胱氨酸、絲氨酸或丙氨酸)，此結(jié)構(gòu)對于蛋白質(zhì)發(fā)揮生物學(xué)功能如蛋白質(zhì)與膜互作、蛋白質(zhì)之間的相互作用是十分重要的[6～8]。1999年，Dykema等人首次描述并鑒定了擬南芥(Ara
植物研究 2019年6期2019-11-15
- 甜菜基因組SSR標(biāo)記特征分析
酸至六核苷酸重復(fù)基序的豐度即重復(fù)基序的數(shù)量分別為35496個(gè)(占 SSR 位點(diǎn)總數(shù)的20.37%)、55396個(gè)(31.80%)、3482 個(gè)(2.00%)、58043個(gè)(33.32%)和 21801個(gè)(12.51%)，SSR 位點(diǎn)相對豐度即SSR位點(diǎn)平均發(fā)生率為 463個(gè)/Mb，二核苷酸至六核苷酸重復(fù)基序的相對豐度分別為94.26，147.10，9.25，154.13，57.89。逐條染色體分析可知，二核苷酸至六核苷酸重復(fù)基序在染色體水上豐度的平均值分別
中國甜菜糖業(yè) 2019年3期2019-10-23
- 長江刀鱭選育群體轉(zhuǎn)錄組EST-SSR的分布特征分析*
類型微衛(wèi)星的重復(fù)基序具有不同的分布特征，其中，單核苷酸重復(fù)、二核苷酸重復(fù)和三核苷酸重復(fù)為主要的微衛(wèi)星重復(fù)類型，分別占總微衛(wèi)星數(shù)目的34.94%、49.47%和13.34%；不同微衛(wèi)星重復(fù)類型的優(yōu)勢重復(fù)基序亦有所不同，其中，A/T為單核苷酸重復(fù)基序的優(yōu)勢重復(fù)基序占86.25%，AC/GT為二核苷酸重復(fù)基序的為優(yōu)勢重復(fù)基序占75.25%，AGG/CCT為三核苷酸重復(fù)基序的優(yōu)勢重復(fù)基序占28.57%；不同微衛(wèi)星重復(fù)基序核苷酸的數(shù)量和重復(fù)次數(shù)亦有所不同，重復(fù)次數(shù)伴
漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展 2019年5期2019-09-27
- 可解釋人類進(jìn)化的 關(guān)鍵基因“現(xiàn)身”
。TF識別名為“基序”（motifs）的特定DNA代碼，并借助它們與DNA結(jié)合，打開或關(guān)閉基因。以前的研究表明，不同生物體內(nèi)看起來相似的TF也會(huì)與相似的基序結(jié)合，但唐納利中心細(xì)胞和生物分子研究中心的蒂莫西·休斯團(tuán)隊(duì)的一項(xiàng)新研究表明，情況并非總是這樣。休斯團(tuán)隊(duì)借助新計(jì)算方法的研究結(jié)果表明，TF一些子類的功能比以前認(rèn)為的要多得多。研究表明，盡管黑猩猩和人類的基因組有99%相同，也有數(shù)十種TF能識別兩種物種之間不同的基序，其方式會(huì)影響數(shù)百種不同基因的表達(dá)。蘭伯特
科學(xué)大觀園 2019年12期2019-09-10
- 云南金花茶轉(zhuǎn)錄組SSR的分布及其序列特征
核苷酸的主要重復(fù)基序是AG/TC，一共有8 142個(gè)，占總SSR的26.75%；其次是CT/GA，一共有7 662個(gè)，占總SSR的25.17%；而CG/GC最少，僅有32個(gè)，占總SSR的0.11%。三核苷酸的主要重復(fù)基序是CTT/GAA，一共有802個(gè)，占總SSR的2.63%；其次是AGA/TCT，一共有679個(gè)，占總SSR的2.23%；最少的是CGT/GCA，一共有87個(gè)，占總SSR的0.29%。四核苷酸的主要重復(fù)基序是AAAT/TTTA，一共有119個(gè)
中南林業(yè)科技大學(xué)學(xué)報(bào) 2019年9期2019-09-05
- 偽狂犬病病毒UL56蛋白與宿主蛋白Nedd4相互作用的研究
PPxY(PY)基序相互作用，隨后進(jìn)入泛素蛋白酶體途徑降解[9]。通過對PRV pUL56氨基酸序列的分析，本研究發(fā)現(xiàn)其編碼4個(gè)PY基序，以pUL56為研究對象，利用免疫共沉淀(Co-IP)及激光共聚焦試驗(yàn)驗(yàn)證PRV pUL56與Nedd4是否存在相互作用及其對Nedd4表達(dá)的調(diào)控，為探究pUL56在PRV感染過程中的功能奠定了基礎(chǔ)。1 材料與方法1.1 病毒株、載體及細(xì)胞 PRV HeN1株(KP098534.1)由哈爾濱獸醫(yī)研究所流行病學(xué)與病原監(jiān)測團(tuán)隊(duì)
中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào) 2019年6期2019-07-30
- DDX6突變體的構(gòu)建
DX6-EQ（堿基序列第739位堿基由G突變?yōu)镃，導(dǎo)致蛋白質(zhì)序列第247位的谷氨酸（Glu）突變?yōu)楣劝滨０罚℅ln）），和DDX6-△C（C端截去編碼氨基酸的549個(gè)堿基，導(dǎo)致C端截去183個(gè)氨基酸）。突變體模式見插頁圖1。在表達(dá)載體pENTER的多克隆酶切位點(diǎn)上，DDX6-WT片段兩端對應(yīng)的限制性核酸內(nèi)切酶位點(diǎn)為AsiSI和MLμL。使用AsiSl/MLμL雙酶切后進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳，得到一條約7.5kb的載體pENTER片段和目的片段。目的片段分別約為
浙江中西醫(yī)結(jié)合雜志 2019年4期2019-05-05
- 豬繁殖與呼吸綜合征病毒M蛋白的ITIM基序對IFN-β產(chǎn)生的正調(diào)節(jié)作用
含ITAM激活型基序的激活型受體和含ITIM抑制型基序的抑制型受體。激活型ITAM基序介導(dǎo)抗病毒炎癥因子分泌的信號具有雙重性[9-11]，而抑制型ITIM基序主要是反向激活Ⅰ型干擾素的產(chǎn)生。序列分析顯示PRRSV GP3、GP5和M等結(jié)構(gòu)蛋白中都存在一段ITIM抑制基序，但該基序在PRRSV誘導(dǎo)Ⅰ型干擾素的產(chǎn)生過程中是否具有調(diào)節(jié)作用還不清楚。SHP-1和SHP-2都屬于非受體樣的蛋白酪氨酸磷酸酶，是胞內(nèi)負(fù)調(diào)控分子，在細(xì)胞磷酸化調(diào)控的信號傳導(dǎo)途徑中發(fā)揮重要作
畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào) 2018年12期2019-01-02
- 利用計(jì)算機(jī)吉布斯采樣尋找基因中的motif
找到最好的升聚體基序[1]。然后反復(fù)從各剩余序列的添加一個(gè)1-聚體。在每次迭代中，我們試圖每個(gè)L-mer的序列中，將它添加到配置文件矩陣來計(jì)算分?jǐn)?shù)找到最好的1-聚體。貪婪算法的敏感地依賴序列在通過了訂單上的結(jié)果。而且，如果失敗的第一多個(gè)序列，這將是最有可能完全失敗。因此，我們只將貪心算法作為對照組。1.2 模序發(fā)現(xiàn)與Gibbs抽樣[實(shí)驗(yàn)組]限定ICPC作為每列信息內(nèi)容，ml為基序長度，SC作為序列計(jì)數(shù)和SL作為序列長度。我們試圖Gibbs抽樣稱為motif
數(shù)字通信世界 2018年10期2018-11-12
- 基于RNA－seq數(shù)據(jù)的小麥條銹菌SSR標(biāo)記開發(fā)
索，搜索的SSR基序重復(fù)單元長度為1～6個(gè)核苷酸，其限制條件為單核苷酸重復(fù)不低于10次，二核苷酸重復(fù)不低于6次，三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重復(fù)不低于5次，2個(gè)SSR位點(diǎn)間的距離不大于100 bp則視為復(fù)合 SSR。用 Primer 3(http://primer3.sourcegorge.net)軟件對搜索到的SSR位點(diǎn)設(shè)計(jì)引物。設(shè)計(jì)原則為引物序列中不含SSR、獲得的引物序列可以比對到unigenes序列、去除可比對到不同unigenes序列的
河南農(nóng)業(yè)科學(xué) 2018年1期2018-03-14
- 蕎麥ARF基因家族的鑒定及生物信息學(xué)分析
保守結(jié)構(gòu)域和保守基序(motif)分析利用HMMER(https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/)在線數(shù)據(jù)庫對每個(gè)蕎麥ARF蛋白的保守結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析[24]。利用MEMM(Multiple Expectation Maximization for Motif Elicitation， http://meme-suite.org/)在線數(shù)據(jù)庫分析每個(gè)蕎麥ARF蛋白的保守基序，基序長度設(shè)置為6～200個(gè)氨基酸，基序個(gè)數(shù)設(shè)置為10個(gè)[25
浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2018年1期2018-02-27
- iRGD肽協(xié)同奧沙利鉑逆轉(zhuǎn)結(jié)直腸腫瘤耐藥的研究進(jìn)展
肽包含兩個(gè)氨基酸基序，即RGD基序和R/KXXR/K基序（即CendR基序），由9個(gè)氨基酸組成，即CRGDKGPDC，易與靶腫瘤細(xì)胞表面的神經(jīng)纖毛蛋白-1（neuropilin-1，NRP-1）受體結(jié)合，增加對靶腫瘤細(xì)胞膜的通透性［11-12］。靜脈注射iRGD后，iRGD與在腫瘤脈管系統(tǒng)中特異性表達(dá)的αv整聯(lián)蛋白結(jié)合，然后被水解加工成CRGDK/R，在C-末端暴露出活性的CendR基序，CendR基序與NRPS相互作用，激發(fā)穿過組織的主動(dòng)容量轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)（a
中華結(jié)直腸疾病電子雜志 2018年6期2018-01-13
- 蘭州熊蜂氣味受體家族鑒定及分析
基酸序列進(jìn)行保守基序分析，最后利用ClustaW 2.1、TrimAl 1.2、PhyML3.0對蘭州熊蜂、地熊蜂和意大利蜜蜂氣味受體家族序列進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析?！窘Y(jié)果】共獲得165個(gè)蘭州熊蜂氣味受體基因，包括1個(gè)非典型氣味受體（olfactory receptor co-receptor，Orco）、5個(gè)假基因和159個(gè)氣味受體。基因結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn)，氣味受體家族外顯子數(shù)目從4個(gè)到9個(gè)不等。其中Or 47—57的序列中外顯子數(shù)量最少，為4個(gè)；Or 128—16
中國農(nóng)業(yè)科學(xué) 2017年10期2017-06-15
- CpG ODN對水貂免疫增強(qiáng)效果的研究
5種含不同CpG基序的DNA序列，應(yīng)用MTS比色法測定合成CpG ODNs刺激水貂PBMC增殖的能力，結(jié)果有11條CpG ODN對水貂PBMC有刺激活性(SI>2)；應(yīng)用SI值大于5的6種CpG ODN分別與水貂偽狂犬滅活疫苗聯(lián)合免疫水貂，免疫后經(jīng)水貂血清抗偽狂犬中和抗體效價(jià)測定和水貂PBMC非特異性增殖效應(yīng)檢測，結(jié)果有3個(gè)CpG ODN序列對水貂具有較好免疫增強(qiáng)作用，分別是CpG-21(ATCGATTTGTCGTTATCGAT)、CpG-23(ATCGA
中國獸藥雜志 2017年5期2017-06-05
- 甲殼動(dòng)物表皮幾丁質(zhì)結(jié)合蛋白結(jié)構(gòu)與功能研究進(jìn)展
含有特征性的保守基序，包括RR基序、富含半胱氨酸的幾丁質(zhì)結(jié)合結(jié)構(gòu)域、postmolt-18基序、crust-18基序等。1.1 RR基序對昆蟲的研究表明，RR基序是結(jié)構(gòu)性表皮蛋白中分布最廣、研究最為深入的基序[2-5]，首先在煙草天蛾(Manducasexta)幼蟲的表皮發(fā)現(xiàn)[6-7]。離體研究顯示，該基序能結(jié)合幾丁質(zhì)，覆蓋35個(gè)氨基酸殘基，以發(fā)現(xiàn)者Rebers和Riddiford的名字命名為Rebers-Riddiford共識序列，簡稱RR基序。首先鑒定
水產(chǎn)科學(xué) 2017年4期2017-02-02
- 陸地棉NF-YB基因家族的全基因組分析
分布、進(jìn)化關(guān)系、基序以及組織表達(dá)情況。結(jié)果表明:TM-1基因組中共有41個(gè)NF-YB基因家族成員,它們含有相同的CBFD_NFYB_HMF結(jié)構(gòu)域,大部分定位到細(xì)胞核內(nèi);41個(gè)NF-YB基因家族成員分布在19條染色體上,其中有19組成員在A亞組和D亞組中表現(xiàn)為直系同源基因;進(jìn)化樹分為Ⅰ和Ⅱ 2個(gè)小組,每個(gè)小組成員間具有相似的基序類型和排列順序;組織表達(dá)分析則發(fā)現(xiàn),在這41個(gè)NF-YB基因家族成員中,至少有24個(gè)成員可以進(jìn)行表達(dá),且表現(xiàn)出一定的組織特異性。NF
華北農(nóng)學(xué)報(bào) 2016年5期2016-11-16
- 煙曲霉Asp f3和Asp f4線性B細(xì)胞抗原表位最小基序鑒定
細(xì)胞抗原表位最小基序鑒定石晶1，2，高巖1，2，霍克克1，季朝能1,2，唐海平3，徐萬祥3，謝毅1,2，顧少華1,21. 復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院遺傳工程國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，上海 200438; 2. 上海市工業(yè)菌株工程技術(shù)研究中心，上海 200438； 3. 上海市計(jì)劃生育科學(xué)研究所，國家人口和計(jì)劃生育委員會(huì)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，上海 200032煙曲霉(Aspergillusfumigatus)是一種廣泛存在于自然界中的條件致病菌，其產(chǎn)生的分生孢子被易感人群吸入后定植于
微生物與感染 2016年4期2016-09-13
- 棉屬四倍體AD1與二倍體A2、D5基因組的同源SSR分析
由幾個(gè)堿基組成的基序串聯(lián)重復(fù)而成的DNA序列，基序長度一般為1~6 bp，總長一般大于或等于10 bp，廣泛分布于動(dòng)植物基因組，是重要的基因組分子標(biāo)記。SSR具有多態(tài)性強(qiáng)、長度小、易于快速檢測等特點(diǎn)，主要應(yīng)用于動(dòng)植物的分子標(biāo)記開發(fā)、遺傳圖譜構(gòu)建、基因定位等理論和應(yīng)用研究[1,2]。SSR在生物進(jìn)化研究中也扮演著重要角色，在大規(guī)?；蚪M測序開始之前，對于SSR的研究是通過PCR等實(shí)驗(yàn)方法獲得同源位點(diǎn)SSR，通過檢測序列長度的差異來分析物種間的遺傳關(guān)系，研究范
遺傳 2015年2期2015-12-02
- IQ基序突變對AtIQM1的鈣調(diào)素結(jié)合活性的影響
10006）IQ基序突變對AtIQM1的鈣調(diào)素結(jié)合活性的影響黃章科 張藝能 莫忠蓁 周玉萍 黃小玲 田長恩（廣州大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 植物抗逆基因功能研究廣州市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，廣州 510006）旨在確定IQ基序中關(guān)鍵氨基酸殘基突變對IQM1的CaM結(jié)合活性的影響，利用基因體外定點(diǎn)突變技術(shù)將LQ缺失或?qū)突變成S，并通過酵母雙雜交分析突變蛋白iqm1的CaM結(jié)合活性。結(jié)果顯示，用重組質(zhì)粒pGADT7-IQM1CDS、pGADT7-IQM1Del113-114、pG
生物技術(shù)通報(bào) 2014年12期2014-03-22
- 擬南芥冷害脅迫下基因表達(dá)譜的統(tǒng)合分析
.1．5 啟動(dòng)子基序的分析利用一個(gè)基于網(wǎng)絡(luò)的分析工具Athena［18］中的一個(gè)模塊Analysis suite 來分析DEG 啟動(dòng)子中的順式作用元件.2 結(jié)果與分析2．1 差異表達(dá)基因的檢測經(jīng)過數(shù)據(jù)的預(yù)處理和篩選，D1、D2、D3、D4 和Dm 分別保留了13 214、13 243、13 499、13 218 和12 791 個(gè)基因用以檢測DEG(表1).通過比較發(fā)現(xiàn)，D1、D2、D3 和D4 中保留的基因不但在數(shù)量上接近，而且兩兩之間重疊的基因都不低于
- AtSDG8啟動(dòng)子區(qū)域功能元件的分析
數(shù)據(jù)庫分析啟動(dòng)子基序。先通過PLACE數(shù)據(jù)庫對網(wǎng)上公布的SDG8基因上游的啟動(dòng)子區(qū)域上的順式作用元件(基序)進(jìn)行同源比對分析，再確定啟動(dòng)子區(qū)域所包含基序的種類與數(shù)量。1.2.2 表達(dá)載體的構(gòu)建從SDG8基因ATG往上游，到達(dá)另一個(gè)基因之間有2 860 bp，根據(jù)這段序列，設(shè)計(jì)引物:F－TCT GGGACAAGAATCAAAGGAGT，R － TCTAGACGTA ATGCTACCTGATTCAAA。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)回收后，用HindⅢ酶切，得到4個(gè)不同長度
作物研究 2012年3期2012-06-14
- 基于金釵石斛EST的短串聯(lián)重復(fù)序列的挖掘
獲得2 122個(gè)基序長度2～7 bp,STR長度不小于12 bp且重復(fù)次數(shù)不小于3的STR位點(diǎn).其中，3 bp-STR最為豐富，而 2 bp和6 bp基序的STR位點(diǎn)在可表達(dá)基因中富集.金釵石斛基因組存在439個(gè)基因特異分布的STR位點(diǎn)，暗示這些STR位點(diǎn)可能與特定的功能基因共進(jìn)化.金釵石斛; 短串聯(lián)重復(fù); 表達(dá)序列標(biāo)簽短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)，也稱微衛(wèi)星(microsatllite),或Simple Sequence Repeat(SSR)，是由長度為1
- 正鏈RNA病毒復(fù)制酶結(jié)構(gòu)與功能研究進(jìn)展
的包圍著八個(gè)保守基序（Ⅰ-Ⅷ）的結(jié)構(gòu)，其中四個(gè)基序存在于各類的聚合酶中，包括DNA依賴的RNA聚合酶（DdRp）、DNA依賴的DNA聚合酶（DdDp）和RNA依賴的DNA聚合酶（RdDp）[4-5]。在這八個(gè)保守基序中，只有五個(gè)氨基酸殘基是所有聚合酶中完全保守的，它們分別是基序Ⅰ中的Lys3、基序Ⅳ中的Asp118和Asp124及基序Ⅵ中的Asp268和Asp269。當(dāng)然，這三個(gè)超群的聚合酶在序列上也是有相互關(guān)系的，雖然有些氨基酸殘基較為保守，比如，一個(gè)超
中國動(dòng)物傳染病學(xué)報(bào) 2011年5期2011-08-21