張靖嬪,羅錦輝,邱明林
原發(fā)性骨質(zhì)疏松癥(osteoporosis, OP)是一種以骨量減少和骨組織微結(jié)構(gòu)退化為特征的慢性骨病,是骨脆性和骨折風(fēng)險(xiǎn)升高的重要因素之一[1]。流行病學(xué)調(diào)查結(jié)果顯示,OP 在各個(gè)人群中都可能發(fā)生,我國50 歲以上人群OP 患病率女性為20.7%,男性為14.4%,但絕經(jīng)后女性和老年男性的OP 發(fā)病率明顯升高[2-5]。近年來,隨著我國老齡人口的比例增加,OP 已成為老年人群致殘和致死的主要危險(xiǎn)因素之一,同時(shí)嚴(yán)重影響老年人群的生活質(zhì)量,因此,OP 的治療和預(yù)防已成為一個(gè)重要的公共衛(wèi)生和臨床醫(yī)學(xué)問題[6]。隨著現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的發(fā)展,OP 發(fā)病機(jī)制研究和治療方案有了長(zhǎng)足進(jìn)步,然而其發(fā)病機(jī)制目前仍不十分明確,為OP 的精準(zhǔn)治療和個(gè)性化預(yù)防方案的制定造成一定的阻礙。因此,積極探索OP的發(fā)病機(jī)制仍是該領(lǐng)域重要的熱點(diǎn)問題和戰(zhàn)略任務(wù)之一。
近年來,相關(guān)研究顯示,骨量減少或OP 與骨髓脂代謝紊亂常存在普遍的并存現(xiàn)象,二者深層關(guān)系也受到越來越多的關(guān)注[7-9]。脂代謝涵蓋的指標(biāo)較多,脂代謝異常的定義也比較廣泛。脂代謝紊亂是高脂血癥、冠狀動(dòng)脈粥樣硬化性心臟病的直接危險(xiǎn)因素。目前研究認(rèn)為,高脂血癥、冠狀動(dòng)脈粥樣硬化性心臟病與OP 具有密切聯(lián)系,提示(骨髓)脂代謝紊亂可能是OP 的間接危險(xiǎn)因素[10-11]。另有證據(jù)表明脂代謝紊亂可以直接導(dǎo)致骨髓脂肪增多,進(jìn)而引起骨髓微循環(huán)障礙和骨量減少,這即為骨髓脂代謝紊亂形成的基本過程[12-14]。但上述OP 與脂代謝關(guān)系的機(jī)制假說仍需進(jìn)一步深入證實(shí)。
為進(jìn)一步探明骨髓脂代謝紊亂對(duì)OP 發(fā)生和發(fā)展的影響和作用機(jī)制,本研究利用基因組學(xué)數(shù)據(jù),分析脂代謝相關(guān)基因在OP 患者骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞基因組學(xué)范圍內(nèi)的表達(dá)特點(diǎn),了解骨髓脂代謝紊亂對(duì)OP 影響及臨床意義,為OP 的預(yù)防和治療提供基因組學(xué)證據(jù)。
1.1 資料來源 在美國國立生物技術(shù)信息中心GEO 數(shù)據(jù)庫下載獲得基因芯片數(shù)據(jù)GSE35959(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE35959),該數(shù)據(jù)集研究設(shè)計(jì)類型為病例對(duì)照研究,標(biāo)本來源為與OP 關(guān)系緊密的骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞。本研究將標(biāo)本分為2 組,OP 組(n=5)和健康對(duì)照組(n=14)。OP 組共5 例,其中男性2 例,女性3 例,年齡(86.20 ± 5.66)歲;健康對(duì)照組共14 例,其中男性2 例,女性12 例,年齡(64.07 ±13.90)歲。
1.2 差異表達(dá)基因分析 采用R 軟件(4.1.3 版)的Limma 包對(duì)數(shù)據(jù)集進(jìn)行預(yù)處理,并進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化;然后獲得原發(fā)性O(shè)P 骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞的差異表達(dá)基因(differentially expressed genes, DEGs),篩選標(biāo)準(zhǔn)為llog2Fold Changel> 2,F(xiàn)DR<0.05。
1.3 人類脂代謝基因的獲取 從Molecular Signature Database v5.1(MSigDB)中綜合收集751 個(gè)脂代謝相關(guān)基因。然后與OP 的DEGs 取交集,獲得OP患者差異表達(dá)的脂代謝基因列表。
1.4 富集分析 本研究使用R 軟件在KEGG 數(shù)據(jù)庫(https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html)獲取最新的KEGG Pathway 和GO 注釋,以此作為背景,將OP 脂代謝基因集映射到背景集合中,使用R 軟件包c(diǎn)luster Profiler 進(jìn)行富集分析,以獲得基因集富集的結(jié)果。設(shè)定最小基因集為5,最大基因集為5 000,F(xiàn)DR<0.05 為有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
1.5 蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò)的建立 將OP 差異表達(dá)的脂代謝基因列表上傳至STRING 數(shù)據(jù)庫(https://cn.string-db.org/)建立PPI 網(wǎng)絡(luò),信度參數(shù)設(shè)定為0.700。
1.6 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理 篩選PPI 網(wǎng)絡(luò)中重要的HUB 蛋白(互作關(guān)系≥5 的節(jié)點(diǎn)),采用受試者操作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲線分析評(píng)估HUB 蛋白鑒別診斷OP 的敏感度和特異度,并采用Pearson 相關(guān)性分析上述重要HUB 蛋白表達(dá)在OP 患者中是否具有關(guān)聯(lián),檢驗(yàn)水準(zhǔn)α=0.05。
2.1 DEGs 分析 與健康對(duì)照組相比,在OP 患者骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞中,共鑒定出2 105 個(gè)DEGs,其中上調(diào)基因1 940 個(gè),下調(diào)基因165 個(gè),火山圖和聚類熱圖見圖1A、1B。在2 105 個(gè)OP-DEGs 中,共有75 個(gè)與脂代謝相關(guān)的DEGs,見圖1C。
圖1 OP 患者間充質(zhì)干細(xì)胞DEGs 的篩選和表達(dá)模式
2.2 OP 脂代謝相關(guān)基因的富集分析 OP 脂代謝相關(guān)基因的GO 富集分析結(jié)果顯示:OP 脂代謝相關(guān)基因參與機(jī)體的各種脂代謝過程,包括細(xì)胞脂代謝、小分子脂代謝、脂質(zhì)合成、脂肪酸代謝等過程。由此可見,OP 脂代謝相關(guān)基因參與機(jī)體脂代謝的途徑復(fù)雜、精細(xì),值得進(jìn)一步證實(shí)。KEGG富集分析結(jié)果表明,OP 脂代謝相關(guān)基因主要涉及花生四烯酸代謝、甘油磷脂代謝、PPAR 信號(hào)通路、α-亞麻酸代謝、醚脂代謝、卵巢類固醇生成、膽固醇代謝、亞油酸代謝、甘油脂代謝等信號(hào)通路。見圖2。
圖2 OP 脂代謝相關(guān)基因的富集分析結(jié)果
2.3 OP 脂代謝相關(guān)基因PPI 網(wǎng)絡(luò)的建立 PPI 網(wǎng)絡(luò)共包含75 個(gè)節(jié)點(diǎn),65 條互作關(guān)系(P<0.01);其中互作關(guān)系≥5 的節(jié)點(diǎn)為7 個(gè),分別為HELZ2、CYP4A11、ALOX5、PTGS2、CYP4F2、ALOX12B、FABP4,互作關(guān)系最多的為HELZ2。OP 脂代謝相關(guān)基因PPI 網(wǎng)絡(luò)見圖3。
圖3 OP 脂代謝相關(guān)基因的蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)
2.4 HUB 脂代謝相關(guān)基因的表達(dá)水平 OP 患者7 個(gè)HUB 基因的表達(dá)水平高于健康對(duì)照組,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),提示OP 患者的脂代謝水平存在升高的趨勢(shì)。OP 脂代謝相關(guān)基因PPI 網(wǎng)絡(luò)中的7 個(gè)HUB 脂代謝基因的表達(dá)水平分析見圖4。
圖4 OP 脂代謝相關(guān)基因的表達(dá)水平比較
2.5 OP 脂代謝相關(guān)基因的相關(guān)性分析 OP 脂代謝相關(guān)基因PPI 網(wǎng)絡(luò)中的7 個(gè)HUB 基因與OP 患者的相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn),ALOX5 基因與HELZ2 基因表達(dá)呈負(fù)相關(guān)(P<0.05)。見圖5。
圖5 OP 脂代謝相關(guān)基因的相關(guān)性分析
2.6 脂代謝相關(guān)基因?qū)P 的鑒別 PPI 網(wǎng)絡(luò)中的7 個(gè)HUB 基因鑒別OP 的ROC 曲線分析發(fā)現(xiàn),HELZ2、CYP4A11、ALOX5、PTGS2、CYP4F2、ALOX12B、FABP4 基因?qū)P 均具有一定的鑒別意義,曲線下面積均>0.8,有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。見圖6 和表1。
表1 OP 脂代謝相關(guān)基因鑒別OP 的ROC 曲線各指標(biāo)
圖6 OP 脂代謝相關(guān)基因鑒別OP 的ROC 曲線
OP 是一種慢性全身性骨骼疾病,其病理特征為骨量減少、骨密度降低及骨微觀結(jié)構(gòu)改變,導(dǎo)致骨折風(fēng)險(xiǎn)增加。目前,全球OP 患者超過2 億人,其發(fā)病率位居常見病的第7 位,已成為世界公認(rèn)的公共衛(wèi)生問題[4,15-17]。OP 成為我國第4 大常見慢性病,其發(fā)病率和患者人數(shù)均隨人口老齡化趨勢(shì)而升高[6]。據(jù)調(diào)查,我國50 歲以上人群中,約40%的女性和13% 的男性在其老齡階段至少發(fā)生1 次骨折[18-19]。目前,針對(duì)OP 病因機(jī)制制定的干預(yù)治療方案臨床上已達(dá)成共識(shí)。然而,雖然近年來OP 的治療和預(yù)防手段越來越先進(jìn),但其發(fā)病機(jī)制仍不十分明確,影響其防治效果進(jìn)一步改善。因此,OP 的預(yù)防和治療已成為醫(yī)務(wù)工作者重要的工作任務(wù)之一。
目前,對(duì)OP 發(fā)病機(jī)制的研究主要集中在成骨細(xì)胞和破骨細(xì)胞的生成和功能平衡、雌激素缺乏等方面。近年來,骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞(bone marrow mesenchymal stromal cells, BMSCs)與脂肪細(xì)胞的關(guān)系受到越來越多的關(guān)注。目前,該領(lǐng)域的研究發(fā)現(xiàn),BMSCs 向脂肪細(xì)胞轉(zhuǎn)化增速,使骨髓內(nèi)脂肪細(xì)胞數(shù)目不斷增多,體積逐漸增大,直接導(dǎo)致骨髓腔內(nèi)微環(huán)境發(fā)生改變,造成骨髓脂代謝紊亂;同時(shí)BMSCs 向成骨細(xì)胞的分化減少,破骨細(xì)胞的形成增多和功能活化,二者之間的功能平衡被破壞,最終導(dǎo)致OP[12-13]。另有學(xué)者認(rèn)為,機(jī)體雌激素等水平變化后,可加速運(yùn)動(dòng)員脂肪分解,總膽固醇和三酰甘油水平升高,誘發(fā)高脂血癥,提高OP 發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn),這一關(guān)系已得到證實(shí)[10-11,20]。近年來,在臨床上,OP患者常伴有脂代謝紊亂,同時(shí),部分OP 患者應(yīng)用降血脂藥物的同時(shí)骨密度升高。由上述證據(jù)可見,骨髓脂代謝紊亂在OP 發(fā)病機(jī)制中起著重要作用,但其具體的調(diào)控機(jī)制復(fù)雜,仍需深入探索。
本研究基于基因組學(xué)數(shù)據(jù),采用基因組學(xué)分析技術(shù),探討了脂代謝基因在OP 患者骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞中的表達(dá)情況,并建立了PPI 網(wǎng)絡(luò),探討關(guān)鍵基因?qū)P 的指示意義。分析結(jié)果顯示,75 個(gè)脂代謝相關(guān)的基因在OP 患者骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞中異常表達(dá),提示這些基因參與了OP 患者骨髓脂代謝紊亂過程。此過程中,OP 脂代謝相關(guān)基因主要參與了細(xì)胞脂代謝、小分子脂代謝等更加精細(xì)的脂代謝過程,并涉及甘油磷脂代謝、α-亞麻酸代謝等信號(hào)通路。上述分析結(jié)果提示,骨髓脂代謝紊亂是一個(gè)更加復(fù)雜、精細(xì)的過程,可涉及多條信號(hào)通路。隨后筆者建立了OP 差異表達(dá)的脂代謝相關(guān)基因的PPI網(wǎng)絡(luò),該網(wǎng)絡(luò)的核心節(jié)點(diǎn)為HELZ2,互作關(guān)系≥5 的節(jié)點(diǎn)的蛋白在OP 患者骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞中均呈高表達(dá),進(jìn)一步證實(shí)OP 患者均存在骨髓脂代謝紊亂現(xiàn)象。
HELZ2 基因編碼的蛋白質(zhì)是過氧化物酶體增殖物激活受體α 的核轉(zhuǎn)錄共激活因子,包含一個(gè)鋅指,是一種解旋酶,可能是過氧化物酶體增殖物激活受體α 相互作用復(fù)合物的一部分[21-22]。該蛋白位于OP 脂代謝相關(guān)基因的PPI 網(wǎng)絡(luò)的中心,提示在OP 患者骨髓脂代謝紊亂過程中,可能存在復(fù)雜的氧化應(yīng)激過程。ALOX5 基因編碼的花生四烯酸5-脂氧合酶是炎癥介質(zhì)白三烯和脂氧素生成旁路的一個(gè)起始催化酶[23-25]。OP 患者ALOX5 和HELZ2基因表達(dá)升高,二者存在負(fù)相關(guān),提示OP 患者骨髓脂代謝紊亂過程是一個(gè)脂氧代謝平衡紊亂的過程,有待進(jìn)一步深入探究。
綜上所述,OP 患者機(jī)體存在骨髓脂代謝紊亂,脂代謝相關(guān)基因?qū)ι鲜鲞^程具有一定的調(diào)控作用,本研究篩選的7 個(gè)重要的脂代謝相關(guān)基因?qū)P 具有一定的鑒別診斷能力,為OP 的預(yù)防、診斷和治療提供了重要參考。