病原學(xué)宏基因測序診斷難治性肺炎1例并文獻(xiàn)分析

陳玉簡，詹少鋒

(1.廣州中醫(yī)藥大學(xué)順德醫(yī)院呼吸科，廣東 佛山 528300；2.廣州中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院呼吸與危重癥，廣東 廣州 510405)

0 引言

鸚鵡熱衣原體是引起難治性肺炎的病原體，也可引起上呼吸道感染和慢性支氣管炎等。主要通過呼吸道傳播，由于傳統(tǒng)病原微生物技術(shù)的局限性，例如：檢測周期長、靈敏度低、陽性率低，往往難以準(zhǔn)確鑒別細(xì)菌，導(dǎo)致臨床誤診、漏診和延誤治療。近年來，基于二代測序技術(shù)的宏基因組測序技術(shù)(mNGS)以其高通量、覆蓋范圍廣、速度快、靈敏度高等特點，在病原微生物鑒定方面具有獨特的優(yōu)勢，獨立于傳統(tǒng)的分離培養(yǎng)，需要特殊的引物。本研究分析廣州中醫(yī)藥大學(xué)順德醫(yī)院借助mNGS確診的1例難治性鸚鵡熱肺炎患者，并對相關(guān)文獻(xiàn)進(jìn)行復(fù)習(xí)，旨在提高臨床對本病的認(rèn)識和鑒別診斷水平，應(yīng)提高臨床人員對使用mNGS鑒定復(fù)雜傳染病病原微生物的認(rèn)識?；茧y治性肺炎患者由于自身的免疫力下降，抵抗力減弱，極易在治療好轉(zhuǎn)的基礎(chǔ)之上，身體會再次感染到其他病原微生物，例如細(xì)菌和支原體，導(dǎo)致患者的肺臟會反復(fù)的感染，同時患者會出現(xiàn)明顯的高熱、刺激性干咳，伴隨一些例如呼吸困難等情況[1]。宏基因組測序是利用高通量測序技術(shù)和生物信息分析技術(shù)對樣本中的所有病原體進(jìn)行基因測序分析。它可以高效、快速、準(zhǔn)確地獲取樣品中的所有微生物信息[2]。隨著技術(shù)的不斷發(fā)展，宏基因組測序在臨床傳染病的診斷和治療、病原體的檢測和預(yù)防等方面越來越普遍。使用。。本文對mNGs確診的1例難治性肺炎患者的診療結(jié)果，并進(jìn)行文獻(xiàn)分析，現(xiàn)報道如下。

1 病歷簡介

患者，女，68歲，急性病程，因“發(fā)熱、咳嗽3天，突發(fā)意識喪失3小時”于2020-11-25就診于廣州中醫(yī)藥大學(xué)順德醫(yī)院?，F(xiàn)病史：(患者家屬代訴)患者于11-22日受涼后開始出現(xiàn)發(fā)熱寒戰(zhàn)，最高體溫38.5℃，伴咽痛、流清涕，咳嗽咳痰，痰量少色白，尿頻尿急尿痛，25日中午約11點許，被家屬發(fā)現(xiàn)患者暈倒在地，當(dāng)時患者意識模糊，對答欠清晰，伴小便失禁，口中無發(fā)出異響，無口吐白沫，無肢體抽搐，無惡心嘔吐，遂由家屬送我院急診。查體：體溫39.6℃，雙肺呼吸運(yùn)動對稱，節(jié)律正常，觸覺語顫正常，無胸膜摩擦感，雙肺叩診清音，雙肺呼吸音粗，未聞及干濕性啰音。雙側(cè)瞳孔等大等圓，對光反應(yīng)靈敏，雙側(cè)瞳孔直徑2.5mm。輔助檢查：WBC 14.98×109/L，NEU 14.45×109/L,LY 0.28×109/L，超敏C反應(yīng)蛋白＞5mg/L， C反應(yīng)蛋白 281.58mg/L，頭顱CT：左側(cè)基底節(jié)腔隙性腦梗塞，必要時頭顱MRI檢查。入院后予高流量氧療、先后予頭孢替安+環(huán)丙沙星、哌拉西林鈉他唑巴坦+環(huán)丙沙星抗感染及化痰退熱等治療?；颊呷苑磸?fù)發(fā)熱、血氧偏低，間有亂語，于11-28號凌晨轉(zhuǎn)ICU進(jìn)一步治療。轉(zhuǎn)入后予無創(chuàng)通氣，哌拉西林舒巴坦聯(lián)合左氧氟沙星抗感染、奧司他韋抗病毒，化痰、霧化平喘、護(hù)胃、預(yù)防深靜脈血栓、營養(yǎng)支持、免疫支持等治療。11-28號夜間患者呼吸急促，血氧下降，予氣管插管接呼吸機(jī)輔助通氣，11-29號患者呼吸、氧合仍較差，呼吸機(jī)參數(shù)要求高(FiO2100%，PEEP 18cmH2O)，考慮患者ARDS，予鎮(zhèn)靜鎮(zhèn)痛肌松，機(jī)械通氣控制呼吸，并予俯臥位通氣，停用哌拉西林他唑巴坦，改亞胺培南聯(lián)合左氧氟沙星抗感染、繼續(xù)奧司他韋抗病毒治療；11-30號行左側(cè)胸腔穿刺置管引流術(shù)，引出淡黃色胸水。12-01號患者發(fā)熱癥狀改善、感染指標(biāo)好轉(zhuǎn)，予停用左氧氟沙星，逐步下調(diào)呼吸機(jī)參數(shù)及肌松用量；12-03號患者痰及胸水宏基因檢測回報有鸚鵡熱衣原體，予停用亞胺培南西司他丁及奧司他韋，改莫西沙星聯(lián)合多西環(huán)素抗感染治療，繼續(xù)予每天俯臥位通氣。12-05號因患者仍反復(fù)高熱，體溫最高40℃，加用舒普深聯(lián)合多西環(huán)素、莫西沙星抗感染治療，患者呼吸、氧合繼續(xù)改善，12-06號復(fù)查頭顱CT見左側(cè)中耳乳突炎，副鼻竇炎，胸部CT提示雙上肺滲出稍有吸收，下肺仍見斑片狀實變影，12-07號予停用肌松藥，暫停俯臥位通氣，繼續(xù)逐步下調(diào)呼吸機(jī)參數(shù)；12-08停用鎮(zhèn)靜藥，患者神志嗜睡，可點頭示意；12-11號查凝血示PT，19.10sec；APTT，44.60sec，予補(bǔ)充維生素K；12-12予停用舒普深及低分子肝素，復(fù)查凝血功能好轉(zhuǎn)。12-13號復(fù)查胸部CT示：1、雙肺炎癥，雙肺上葉病變較前略進(jìn)展，下葉病變較前稍吸收。2、右側(cè)少量胸腔積液。12-14號順利脫呼吸機(jī)并拔除氣管插管，序貫無創(chuàng)通氣，12-15號改文丘里高流量給氧，12-16號改鼻導(dǎo)管中流量給氧?，F(xiàn)患者精神好轉(zhuǎn)，無發(fā)熱，呼吸平順，生命體征平穩(wěn)，病情相對穩(wěn)定，治療前后CT片對比圖(圖1和圖2)。

圖1 治療前患者CT圖

圖2 治療后患者胸部CT圖

2 討論

鸚鵡熱衣原體是一種嚴(yán)格胞內(nèi)寄生的革蘭陰性病原體，生物學(xué)特性介于細(xì)菌與病毒之間，鳥類、家禽.家畜以及野生動物均可感染，經(jīng)氣溶膠吸入或密切接觸可發(fā)生人畜傳染，可引起肺炎，呼吸困難等癥狀，嚴(yán)重的可能導(dǎo)致死亡，有的呈隱性感染狀態(tài)[3]。鸚鵡熱衣原體肺炎的臨床表現(xiàn)與肺炎衣原體相似，開始時有發(fā)熱、寒戰(zhàn)、頭痛、出汗和許多其他常見的全身和呼吸道癥狀，如不適、關(guān)節(jié)痛、肌痛、咯血和咽炎[4]。文獻(xiàn)報道鸚鵡熱感染后可引起非典型性肺炎和敗血癥等疾病，鸚鵡熱衣原體肺炎病變通常集中在單側(cè)下肺，有時也會出現(xiàn)在雙肺，或呈結(jié)節(jié)狀.粟粒樣，間質(zhì)樣改變[5]。鸚鵡熱衣原體肺炎的臨床癥狀多樣，不具有特異性，因而臨床快速確診對指導(dǎo)治療具有重要的意義。目前鸚鵡熱衣原體檢測方法有以下幾種：病原分離鑒定，免疫熒光，間接血凝抑制試驗.補(bǔ)體結(jié)合試驗、ELISA、常規(guī) PCR 以及熒光PCR等[6]。

二代基因組測序是近年微生物的一種新型檢測技術(shù)，具有通量高的特點。通過序列比對能夠快速、準(zhǔn)確地鑒定出微生物種屬等特點，廣泛的應(yīng)用于宏基因組檢測未知病原的研究領(lǐng)域中，如遺傳性疾病、腫瘤、感染性疾病、人類白細(xì)胞抗原分析以及非侵襲性產(chǎn)前篩查等。二代基因測序目前已經(jīng)廣泛應(yīng)用于呼吸道疾病的檢測。2019年2月《宏基因組分析和診斷技術(shù)在急危重癥感染應(yīng)用的專家共識》mNGS在呼吸道感染患者使用中的主要適應(yīng)證包括：(1)在危急情況下，必須盡快鑒定病原體；(2)特殊患者，如免疫抑制宿主，結(jié)合基礎(chǔ)疾病和反復(fù)住院的嚴(yán)重感染患者，必須盡快識別病原體；(3)傳統(tǒng)的微生物檢測技術(shù)反復(fù)出現(xiàn)陰性反應(yīng)，治療效果不佳。好的；(4)懷疑新病原體、感染風(fēng)險的臨床指征；(5)懷疑感染特殊病原體；(6)長期發(fā)熱和/或伴有其他臨床癥狀、病因不明的感染。可將其概括為六字原則：“疑難、危重、特殊”。mNGS在鸚鵡熱衣原體肺炎的確診中亦有應(yīng)用。邱崇榮等人通過基因二代測序確定了1例鸚鵡熱衣原體肺炎；趙仁淹等利用病原體二代測序輔助診斷鸚鵡熱衣原體重癥肺炎一例[7-8]，證明了mNGS在鸚鵡熱衣原體肺炎的確診中的重要作用。

本例患者家中未飼養(yǎng)鸚鵡、雞、鴨等，臨床表現(xiàn)高熱，無明顯咳嗽、咳痰，考慮為非典型肺部感染，痰及胸水送宏基因檢測，檢測到鸚鵡熱衣原體，隨后予停用亞胺培南西司他丁及奧司他韋，改變抗生素治療方案，隨后癥狀、體征、胸部CT等均見好轉(zhuǎn)。出院后隨訪，患者康復(fù)，胸部CT肺部炎癥基本吸收。因此對于難治性肺炎患者行宏觀基因組檢測對指導(dǎo)臨床精準(zhǔn)化治療合理選擇抗生素具有重要的指導(dǎo)價值。