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    CRISPR/Cas13系統(tǒng)敲減HEK293T細(xì)胞ku70和lig4基因表達(dá)

    2020-07-29 12:35:40王豪強(qiáng)李國(guó)玲黃廣燕李紫聰鄭恩琴徐錚楊化強(qiáng)吳珍芳張獻(xiàn)偉劉德武
    生物工程學(xué)報(bào) 2020年7期
    關(guān)鍵詞:質(zhì)粒靶向效率

    王豪強(qiáng),李國(guó)玲,黃廣燕,李紫聰,鄭恩琴,徐錚,楊化強(qiáng),2,吳珍芳,2,張獻(xiàn)偉,2,劉德武

    ·生物技術(shù)與方法·

    CRISPR/Cas13系統(tǒng)敲減HEK293T細(xì)胞和基因表達(dá)

    王豪強(qiáng)1,李國(guó)玲1,黃廣燕1,李紫聰1,鄭恩琴1,徐錚1,楊化強(qiáng)1,2,吳珍芳1,2,張獻(xiàn)偉1,2,劉德武1

    1 華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 動(dòng)物科學(xué)學(xué)院 國(guó)家生豬種業(yè)工程技術(shù)研究中心,廣東 廣州 510642 2 溫氏食品集團(tuán)股份有限公司,廣東 云浮 527400

    成簇的規(guī)律間隔的短回文重復(fù)序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)/CRISPR相關(guān)蛋白 (CRISPR-associated proteins,Cas) 系統(tǒng)是目前基因編輯、基因表達(dá)研究的熱點(diǎn),其中靶向RNA的CRISPR/Cas13系統(tǒng)的開(kāi)發(fā)為RNA的干擾和編輯提供了新的方向。文中針對(duì)HEK293T細(xì)胞非同源末端連接 (Nonhomologous end joining,NHEJ) 通路修復(fù)關(guān)鍵因子Ku70和Lig4的編碼序列,設(shè)計(jì)并合成CRISPR/Cas13a、b系統(tǒng)相應(yīng)的gRNA,檢測(cè)其對(duì)和基因表達(dá)的影響。結(jié)果顯示,Cas13a對(duì)和的RNA敲減效果可以達(dá)到50%以上,Cas13b對(duì)和的RNA敲減效果分別達(dá)到92%和76%;同時(shí)Cas13a、b系統(tǒng)能將Ku70和Lig4蛋白水平分別下調(diào)至68%和53%。CRISPR/Cas13系統(tǒng)可有效敲減HEK293T細(xì)胞RNA和蛋白質(zhì)表達(dá),為基因功能和調(diào)控研究提供一種新的策略。

    CRISPR/Cas13,,,基因敲減

    CRISPR/Cas系統(tǒng)是來(lái)源于細(xì)菌與古菌的一種后天免疫防御系統(tǒng),主要用于防止外來(lái)質(zhì)?;蚴删w的侵入[1],其中ⅡCRISPR/Cas9系統(tǒng)能對(duì)基因組DNA實(shí)現(xiàn)精確編輯,目前已被廣泛應(yīng)用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)及醫(yī)學(xué)領(lǐng)域[2]。最近研究發(fā)現(xiàn)一種新型的靶向RNA的CRISPR蛋白Cas13,它的發(fā)現(xiàn)及開(kāi)發(fā)為人類干擾和編輯RNA提供更便捷的方法。Cas13屬于2類Ⅵ型CIRSPR關(guān)聯(lián)蛋白家族,該蛋白目前共發(fā)現(xiàn)4種亞型,分別是Cas13a (也稱作C2c2)、Cas13b、Cas13c和Cas13d[3]。與CRISPR/Cas9類似,Ⅵ型CRISPR系統(tǒng)含有一個(gè)效應(yīng)蛋白即Cas13蛋白,它與CRISPR RNA (crRNA) 結(jié)合后形成一個(gè)crRNA引導(dǎo)的RNA靶向復(fù)合物[4-7]。截至目前,所發(fā)現(xiàn)的Cas13蛋白均有兩個(gè)截然不同的核糖核酸酶活性。其一,主要用于pre-crRNA的加工,有利于Ⅵ型干擾復(fù)合物的形成;其二,由兩個(gè)高等真核和原核核酸結(jié)合結(jié)構(gòu)域 (Higher eukarytoes and prokaryotes nucleotide-binding domain,HEPN) 提供,是病毒干擾過(guò)程中降解外來(lái)RNA的關(guān)鍵。另外,除了Cas13蛋白外,部分Ⅵ型系統(tǒng)擁有額外的附屬蛋白,這些蛋白是非必需的,但具有調(diào)節(jié)干擾效果的活性[5-6]。Ⅳ-B和Ⅵ-C系統(tǒng)缺乏適應(yīng)性基因和,說(shuō)明它們可能利用同一基因組內(nèi)的其他Cas位點(diǎn)獲取適應(yīng)模塊,或者丟失適應(yīng)模塊,不再需要獲取新的原始間隔序列。特別地,Cas13b存在兩種亞型Ⅵ-B1和Ⅵ-B2,其中Ⅵ-B1系統(tǒng)擁有一個(gè)額外的開(kāi)放閱讀框Csx28,它編碼一種小蛋白,該小蛋白帶著一個(gè)假定的跨膜結(jié)構(gòu)域(或信號(hào)肽) 和一個(gè)發(fā)散的HEPN結(jié)構(gòu)域;Ⅵ-B2系統(tǒng)擁有一個(gè)不同的開(kāi)放閱讀框Csx27,它編碼一種包含3–4個(gè)可預(yù)測(cè)的跨膜結(jié)構(gòu)域。Ⅵ-D系統(tǒng)具有更小的Cas13蛋白,并且攜帶一個(gè)與原核防御系統(tǒng)有關(guān)的WYL結(jié)構(gòu)域附屬蛋白。張鋒實(shí)驗(yàn)室根據(jù)Cas13蛋白靶向RNA的性質(zhì),設(shè)計(jì)并開(kāi)發(fā)了靶向RNA的CRISPR/Cas13a、b系統(tǒng)[8],通過(guò)設(shè)計(jì)28/30 nt的RNA互補(bǔ)序列,可以實(shí)現(xiàn)特異性切割靶RNA和非特異性切割周圍環(huán)境的RNA。研究表明,來(lái)源于纖毛菌屬的LwaCas13a具有50%左右的RNA敲減水平[8],來(lái)源于普氏菌屬 (sp. P5-125) 的PspCas13b在螢火蟲(chóng)素酶報(bào)告載體上具有90%–95%的RNA敲減水平[9]。相對(duì)傳統(tǒng)的RNA干擾 (RNA interference,RNAi) 技術(shù),CRISPR/Cas13系統(tǒng)具有更好的專一性和更低的脫靶效應(yīng)[8-11];相對(duì)于CRISPR/Cas9等DNA編輯工具,RNA水平的編輯避免了任何由于對(duì)遺傳基因組DNA操作所引發(fā)的脫靶效應(yīng)的擔(dān)憂,為基因編輯器的改造和疾病的治療提供了多種可選擇的高效手段。

    本課題組前期研究發(fā)現(xiàn)RNA干擾NHEJ關(guān)鍵因子Ku70、Ku80、PNKP、Lig4等可顯著提高豬原代成纖維細(xì)胞的同源定向修復(fù) (Homology- directed repair,HDR) 效率[12-13],同時(shí)CRISPR干擾Ku70和Ku80同樣能夠顯著提高HDR編輯效率[14-15]。因此,本研究嘗試?yán)肅RISPR/Cas13a、b系統(tǒng)特異性敲減HEK293T細(xì)胞和基因表達(dá),為提高HDR效率提供一種新的策略,為CRISPR/Cas13蛋白的研究提供經(jīng)驗(yàn)。

    1 材料與方法

    1.1 材料

    Cas13a系統(tǒng) (#91906和#91924)、Cas13b系統(tǒng)(#103854和#103862) 和mCherry2-C1質(zhì)粒 (# 54563) 均來(lái)源于美國(guó)Addgene。HEK293T購(gòu)自美國(guó)標(biāo)準(zhǔn)生物品收藏中心 (#ATCC ACS-4500)。

    1.2 Cas13a、b系統(tǒng)構(gòu)建

    針對(duì)人(GeneID: 2547) 和(GeneID: 3981) 2個(gè)基因的CDS序列分別設(shè)計(jì)對(duì)應(yīng)的gRNA (表1和表2),并由北京六合華大基因科技有限公司合成gRNA oligo引物。參考Thermo Fisher Scientific的Fast DigestⅠ說(shuō)明書(shū)線性化Cas13a、b的U6質(zhì)粒。將上述合成的引物退火后與線性化的U6質(zhì)粒16 ℃過(guò)夜連接,詳細(xì)體系見(jiàn)TaKaRa T4 DNA Ligase (#2011A) 說(shuō)明書(shū)。將連接好的環(huán)狀DNA轉(zhuǎn)化到大腸桿菌DH5α感受態(tài)細(xì)胞中,并劃線涂板。第2天將擴(kuò)大培養(yǎng)的單克隆菌落(AmpR) 進(jìn)行Sanger測(cè)序,測(cè)序引物為U6 (human): CCGTAACTTGAAAGT ATTTCG,將測(cè)序正確的菌液在氨芐青霉素終濃度為100 μg/mL的LA培養(yǎng)基中擴(kuò)大培養(yǎng),并用Omega bio-tek公司的Endo-Free Plasmid Mini Kit II (#D6950) 進(jìn)行質(zhì)粒抽提備用,為后續(xù)HEK293T細(xì)胞轉(zhuǎn)染做準(zhǔn)備。

    表1 Cas13a和Cas13b靶向ku70的gRNA序列

    表2 Cas13a和Cas13b靶向lig4的gRNA序列

    1.3 細(xì)胞培養(yǎng)與傳代

    將液氮保存的HEK293T在37 ℃水浴鍋中快速解凍,解凍的細(xì)胞經(jīng)600×、5 min離心后,使用含10% FBS (Gibco) 和1% Anti-Anti (Invitrogen) 的DMEM (Invitrogen) 生長(zhǎng)培養(yǎng)基重懸細(xì)胞并進(jìn)行培養(yǎng),培養(yǎng)條件為37 ℃、5% CO2。細(xì)胞生長(zhǎng)至90%時(shí),用PBS清洗2遍,隨后加入適量的Trypsin/EDTA (0.05%,Gibco) 消化1–2 min,待細(xì)胞完全脫落后用生長(zhǎng)培養(yǎng)基終止反應(yīng),600×離心5 min后,使用生長(zhǎng)培養(yǎng)基重懸細(xì)胞并接種至新的細(xì)胞培養(yǎng)皿中繼續(xù)培養(yǎng)。

    1.4 實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)Cas13a、b系統(tǒng)對(duì)mRNA的干擾效果

    當(dāng)HEK293T細(xì)胞匯合度達(dá)到70%–90%時(shí),參考Thermo Fisher Scientific公司的Lipofectamine 3000 Reagent說(shuō)明書(shū)轉(zhuǎn)染細(xì)胞。以24孔板為例,每孔將500 ng Cas13a、b質(zhì)粒分別和500 ng 相應(yīng)的U6-gRNA共轉(zhuǎn)染至細(xì)胞中。轉(zhuǎn)染48 h后,抽提細(xì)胞RNA,經(jīng)反轉(zhuǎn)錄后對(duì)細(xì)胞cDNA進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR,檢測(cè)和的RNA表達(dá)水平,熒光定量PCR引物見(jiàn)表3。

    1.5 Cas13a、b系統(tǒng)的轉(zhuǎn)染效率

    為了鑒定Cas13a、b系統(tǒng)的轉(zhuǎn)染效率,將不同的Cas13a、b系統(tǒng)(包括Cas13質(zhì)粒和U6-gRNA質(zhì)粒) 分別同mCherry2-C1質(zhì)粒共轉(zhuǎn)HEK293T細(xì)胞,質(zhì)粒用量均為500 ng/孔,步驟與上述保持一致。待細(xì)胞轉(zhuǎn)染48 h后,使用流式細(xì)胞術(shù) (BD accuri C6 plus) 檢測(cè)紅光細(xì)胞比例,通道為FL3。紅光細(xì)胞比例間接反映Cas13系統(tǒng)的轉(zhuǎn)染效率。

    1.6 Western blotting檢測(cè)目的基因的蛋白水平

    將上述轉(zhuǎn)染48 h的細(xì)胞用PBS清洗2遍后,使用碧云天的Western及IP細(xì)胞裂解液 (#P0013) 裂解細(xì)胞。將5×蛋白緩沖液加入裂解后的樣品中并在100 ℃水中煮沸5–10 min。使用BCA法測(cè)定蛋白濃度便于SDS-PAGE上樣。將蛋白總量為20 μg的蛋白樣品上樣至12%的SDS-PAGE凝膠孔中,70 V電泳30 min,90 V電泳1–2 h。使用iBlot 2 Gel Transfer Device系統(tǒng) (Invitrogen) 將蛋白條帶轉(zhuǎn)移至PVDF膜上,5%脫脂奶粉封閉2 h后,4 ℃過(guò)夜孵育1︰2 000 KU70 (Proteintech, #10723-1- AP) 兔多克隆抗體或1︰2 000 LIG4 (Abcam,#ab193353) 兔單克隆抗體和1︰2 000 β-Actin (Cell signaling,#4970S) 兔單克隆抗體,TBST洗膜3次,TBS洗膜1次后,室溫孵育山羊抗兔IgG 1–2 h,并按上述方法洗膜。將清洗好的膜浸濕并顯色后置于UVP顯色裝置曝光拍照,隨后用ImageJ 1.52a (National Institutes of Health,USA) 軟件進(jìn)行灰度掃描分析[16-17],將目的蛋白灰度值參照內(nèi)參灰度值進(jìn)行歸一化處理3次。使用GraphPad Prism 8.0軟件將歸一化處理的數(shù)據(jù) 作圖。

    1.7 統(tǒng)計(jì)分析

    表3 實(shí)時(shí)熒光定量PCR引物信息

    2 結(jié)果與分析

    2.1 Cas13a、b系統(tǒng)構(gòu)建

    將合成的gRNA退火后與Ⅰ酶切的線性化U6質(zhì)粒進(jìn)行連接。單克隆菌擴(kuò)大培養(yǎng)后進(jìn)行Sanger測(cè)序,測(cè)序結(jié)果(圖1) 符合預(yù)期。

    2.2 Cas13a、b系統(tǒng)對(duì)ku70和lig4基因mRNA水平的影響

    針對(duì)和基因,我們分別為Cas13a系統(tǒng)設(shè)計(jì)3對(duì)gRNA,Cas13b系統(tǒng)設(shè)計(jì)6對(duì)gRNA。將Cas13a、b系統(tǒng)共轉(zhuǎn)染HEK293T細(xì)胞,48 h后熒光定量PCR顯示,所有Cas13a、b系統(tǒng)的不同gRNA對(duì)mRNA的表達(dá)水平均呈現(xiàn)出顯著下調(diào)的現(xiàn)象 (<0.01),其中Cas13a-g2對(duì)的敲減效果可以達(dá)到56%,Cas13b-g5對(duì)的敲減效果高達(dá)92% (圖2A)。另外,在對(duì)基因的干擾上,僅有Cas13b-g2和g5展現(xiàn)出顯著的敲減效果,分別達(dá)到70%和76%的敲減水平 (圖2B),其余如Cas13a-g3和Cas13b-g4則具有較大的RNA敲減趨勢(shì) (<0.1)。

    2.3 Cas13a、b系統(tǒng)轉(zhuǎn)染效率評(píng)估

    將共轉(zhuǎn)Cas13系統(tǒng)和紅光質(zhì)粒mCherry2-C1的HEK293T細(xì)胞用PBS清洗2次,經(jīng)胰酶消化并離心,PBS重懸后,使用流式細(xì)胞術(shù)檢測(cè)紅光細(xì)胞比例。如圖3所示,紅色熒光細(xì)胞數(shù)約占總細(xì)胞數(shù)的65.7%–71.0%,即3對(duì)Cas13a的gRNA和6對(duì)Cas13b的gRNA轉(zhuǎn)染效率無(wú)明顯差異。

    2.4 Cas13a、b系統(tǒng)對(duì)Ku70和Lig4蛋白水平的影響

    將Cas13a、b系統(tǒng)轉(zhuǎn)染HEK293T細(xì)胞,48 h后裂解并變性,用于Western blotting實(shí)驗(yàn)。使用ImageJ軟件分析,結(jié)果顯示,Cas13a-g2、g3和Cas13b-g2、g4–g6均能將Ku70蛋白表達(dá)水平下調(diào)20%以上,其中Cas13a-g3和Cas13b-g2在各自系統(tǒng)中具有最大的下調(diào)能力,分別能夠?qū)u70蛋白表達(dá)下調(diào)至74%和68% (圖4A)。此外,除Cas13a-g2外其余gRNA均能使Lig4蛋白水平下調(diào)20%以上,其中Cas13a-g3和Cas13b-g4在各自系統(tǒng)中具有最大的下調(diào)能力,分別能夠?qū)ig4蛋白水平下調(diào)至73%和53% (圖4B)。

    圖1 Cas13a、b系統(tǒng)重構(gòu)質(zhì)粒測(cè)序

    圖2 Cas13a、b對(duì)ku70和lig4基因mRNA水平的影響(A: Cas13a、b系統(tǒng)對(duì)ku70基因mRNA水平的影響;B: Cas13a、b系統(tǒng)對(duì)lig4基因mRNA水平的影響)

    圖3 Cas13a、b系統(tǒng)轉(zhuǎn)染效率評(píng)估(A: mCherry紅光校正Cas13a、b系統(tǒng)的流式細(xì)胞圖;B: Cas13a、b系統(tǒng)干擾ku70的轉(zhuǎn)染效率;C: Cas13a、b系統(tǒng)干擾lig4的轉(zhuǎn)染效率)

    圖4 Cas13a、b對(duì)Ku70和Lig4蛋白水平的影響(A: Cas13a、b對(duì)Ku70蛋白水平的影響;B: Cas13a、b對(duì)Lig4蛋白水平的影響)

    3 討論

    CRIPSPR/Cas13系統(tǒng)是一種新興的有望替代RNA干擾的RNA編輯技術(shù)[8-9]。本研究使用CRISPR/Cas13a、b系統(tǒng)能夠有效降低和的轉(zhuǎn)錄和蛋白表達(dá)水平,但不同的gRNA擁有不同的敲減效果。最近研究表明,哺乳動(dòng)物細(xì)胞中,靶向RNA的低二級(jí)結(jié)構(gòu)能夠大大提高轉(zhuǎn)錄本的敲減效果[8]。由于Cas13系統(tǒng)不具備解旋酶活性,RNA的高級(jí)結(jié)構(gòu)影響gRNA靶向能力,故而在gRNA設(shè)計(jì)時(shí)需要考慮RNA的可靶向性以及周圍二級(jí)結(jié)構(gòu)對(duì)RNA切割能力的影響[18]。人的Ku70和Lig4蛋白分別由和基因編碼,根據(jù)Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)顯示,基因存在8個(gè)轉(zhuǎn)錄本,其中6個(gè)能夠翻譯形成蛋白,基因具有5個(gè)能夠翻譯成蛋白的轉(zhuǎn)錄本,這些差異的轉(zhuǎn)錄本主要是mRNA的前體或由于可變剪切造成的?;贑as13蛋白的切割原理,本研究將熒光定量PCR引物設(shè)計(jì)在靶位點(diǎn)兩端,以便檢測(cè)RNA水平的變化,初步了解敲減事件的發(fā)生。由于多轉(zhuǎn)錄本具有相同的靶位點(diǎn),可能影響目的蛋白的下調(diào)水平,因此我們建議設(shè)計(jì)gRNA時(shí)盡可能避免可變剪切帶來(lái)的影響。另外,部分gRNA使得目的基因的轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平表達(dá)不一致。原因可能如下:1) 基因的表達(dá)一般分為轉(zhuǎn)錄和翻譯兩個(gè)層面,尤其是真核生物的基因表達(dá)存在時(shí)間和位置的時(shí)空間隔。蛋白表達(dá)存在一定的滯后性,48 h可能不足以使得轉(zhuǎn)錄水平和翻譯水平保持一致。而過(guò)久的轉(zhuǎn)染時(shí)間會(huì)導(dǎo)致一定的細(xì)胞毒性問(wèn)題。2) 受可變剪切的影響[19],可靶向RNA的種類大于1,使得靶向能力分散。另外,多轉(zhuǎn)錄本的存在影響基因表達(dá)調(diào)控,進(jìn)而影響蛋白表達(dá)水平。3) 蛋白調(diào)控過(guò)程是復(fù)雜的,DNA修復(fù)因子如Ku70、Lig4等存在交互網(wǎng)絡(luò),而這個(gè)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)尚未完全被人類了解。4) Cas13質(zhì)粒大小約13 kb,基因的干擾表達(dá)受轉(zhuǎn)染效率的影響較大。5) gRNA靶向特異性影響Cas13系統(tǒng)對(duì)mRNA的調(diào)控效率,特異性高、脫靶效率低的gRNA更容易富集在靶位點(diǎn)區(qū)域,具有更快、更強(qiáng)地干擾基因表達(dá)的能力。另外,和敲減效果的不同除了gRNA的影響外,Cas13系統(tǒng)不同亞型的切割活性也是影響敲減效果的因素之一。Konermann等發(fā)現(xiàn)在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中Cas13d具有比Cas13a、b更強(qiáng)烈、更可觀的敲減效果[7],這個(gè)現(xiàn)象可能是由于Cas13d擁有更小的蛋白分子量,能夠更容易地轉(zhuǎn)染或包裝到細(xì)胞內(nèi),并對(duì)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄和翻譯有著較低的負(fù)擔(dān)所造成的。

    與RNAi相比,盡管Cas13系統(tǒng)未能將轉(zhuǎn)錄水平敲減至1%以下,但其對(duì)蛋白的敲減已達(dá)到RNAi的水平[12]。另外,CRISPRi和NgAgoi也僅能敲減Ku70和Lig4約40%–60%的蛋白表達(dá) 量[14-15]。這些結(jié)果證明Cas13a、b系統(tǒng)成功達(dá)到我們的預(yù)期,并具備巨大的潛在價(jià)值。目前,CRISPR/Cas13a、b系統(tǒng)對(duì)蛋白敲減效果有限,主要在于Cas蛋白分子量巨大,轉(zhuǎn)染或病毒包裝以及細(xì)胞內(nèi)蛋白運(yùn)轉(zhuǎn)困難。因此,Rauch等基于人類蛋白特性設(shè)計(jì)并合成了CIRTS系統(tǒng) (CRISPR/Cas inspired RNA targeting system)[20],整個(gè)系統(tǒng)僅有2.7 kb,克服了Cas13系統(tǒng)分子量大和免疫原性的限制。此外,Cas13系統(tǒng)除了靶向RNA,敲減目的RNA的作用外,還可用于RNA編輯,糾正由于基因突變所導(dǎo)致的疾病[9,21]。它不改變基因組序列的特性讓其具有可逆性,似乎在基因治療等方面比CRISPR/Cas9系統(tǒng)更為安全。本研究使用CRISPR/Cas13a、b系統(tǒng)主要針對(duì)Ku70和Lig4蛋白,篩選出了具有顯著敲減效果的gRNA。在不編輯基因組的條件下,為基因功能和調(diào)控研究提供一種可行方案。

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    Knockdown the expression ofandin HEK293T cells by CRISPR/Cas13 system

    Haoqiang Wang1, Guoling Li1, Guangyan Huang1, Zicong Li1, Enqin Zheng1, Zheng Xu1, Huaqiang Yang1, 2, Zhenfang Wu1, 2, Xianwei Zhang1, 2, and Dewu Liu1

    1 National Engineering Research Center for Breeding Swine Industry, College of Animal Science, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, Guangdong, China 2 Wens Foodstuff Group Co., Ltd, Yunfu 527400,Guangdong,China

    Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated proteins (Cas) system is a hotspot of gene editing and gene expression research, in which CRISPR/Cas13 system provides a new direction for RNA interference and editing. In this study, we designed and synthesized the corresponding gRNAs of CRISPR/Cas13a and CRISPR/Cas13b systems in non-homologous end joining (NHEJ) pathway, such as Ku70 and Lig4, and then detected the expression ofandin HEK293T cells. The CRISPR/Cas13a system could efficiently knockdown the mRNA expression ofandmore than 50%, and CRISPR/Cas13b system also suppressedandabout 92% and 76%, respectively. Also, CRISPR/Cas13a, b systems could down-regulate Ku70 and Lig4 proteins level to 68% and 53%, respectively. The study demonstrates that the CRISPR/Cas13 system could effectively knockdown the expression of RNA and protein in HEK293T cells, providing a new strategy for gene function and regulation research.

    CRISPR/Cas13,,, gene knockdown

    10.13345/j.cjb.190494

    November 1, 2019;

    February 19, 2020

    Supported by: National Transgenic Major Projects (No. 2016ZX08006002), Project of R & D Plan in Key Areas of Guangdong, China (No. 2018B020203002).

    Dewu Liu. Tel: +86-20-85284816; E-mail: dwliu@scau.edu.cn

    Xianwei Zhang. Tel: +86-766-2986345; E-mail: zxianw@163.com

    國(guó)家轉(zhuǎn)基因重大專項(xiàng) (No. 2016ZX08006002),廣東省科技創(chuàng)新戰(zhàn)略專項(xiàng) (No. 2018B020203002) 資助。

    王豪強(qiáng), 李國(guó)玲, 黃廣燕, 等. CRISPR/Cas13系統(tǒng)敲減HEK293T細(xì)胞和基因表達(dá). 生物工程學(xué)報(bào), 2020, 36(7): 1414–1421.

    WangHQ, LiGL, HuangGY, et al. Knockdown the expression ofandin HEK293T cells by CRISPR/Cas13 system. Chin J Biotech, 2020, 36(7): 1414–1421.

    (本文責(zé)編 郝麗芳)

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