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      對一株NDV分離毒株全基因序列的測定及分析

      2018-02-14 21:52:49
      畜禽業(yè) 2018年10期
      關(guān)鍵詞:堿基新城疫毒株

      (榆林市動物疫病預(yù)防控制中心, 陜西 榆林 719000)

      1 材料與方法

      1.1 NDV毒株

      雞源NDV最新分離株作為試驗研究病毒。

      1.2 主要試劑

      Master Mix、DNA Marker、DNA凝膠回收試劑盒等。

      1.3 實驗儀器

      微量移液器、超凈工作臺 、PCR擴增儀、臺式高速冷凍離心機、電子天平、核酸電泳儀、紫外凝膠成像系統(tǒng),37℃恒溫?fù)u床。

      1.4 試驗方法

      1.4.1 全基因序列的引物設(shè)計

      參考GenBank上已經(jīng)發(fā)布的新城疫病毒各個基因序列,對保守區(qū)域用引物設(shè)計軟件Primer Premier 5.0設(shè)計多對引物,使擴增片段互相可以重疊連接,最后得到NDV的全基因組。

      1.4.2 NDV基因組序列的分析

      用Editseq軟件對NDV分離株進(jìn)行基因組核苷酸序列的校正并推導(dǎo)其的氨基酸序列。

      2 結(jié)果

      NDV分離株基因組全長測定結(jié)果。經(jīng)測定,此株新城疫毒株基因組總長15192 bp,與Genbank上所登錄的基因VI型的ZhJ-3/97,基因VII型的JSD0812,基因VIII型的AF2240-I以及基因IX型的ZJ/1/86/Ch等毒株的全基因組長度相同。與NDV基因I型的R8,基因II型的Clone 30、La Sota,基因III型的 Mukteswar,基因IV型的Herts/33毒株相比,余出6個堿基。

      3 討論

      副黏病毒有一個重要特性,就是其基因組長度正好是6的倍數(shù),稱為“六規(guī)則”,本次分離毒株符合這一特征。此毒株與選取的代表毒株基因組長度大多相同,只是比少數(shù)毒株多出6個堿基,不在表達(dá)蛋白的區(qū)域內(nèi),說明此毒株來源于大眾毒株,沒有發(fā)生明顯的突變。

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