對一株NDV分離毒株全基因序列的測定及分析

(榆林市動物疫病預(yù)防控制中心, 陜西 榆林 719000)

1 材料與方法

1.1 NDV毒株

雞源NDV最新分離株作為試驗研究病毒。

1.2 主要試劑

Master Mix、DNA Marker、DNA凝膠回收試劑盒等。

1.3 實驗儀器

微量移液器、超凈工作臺 、PCR擴增儀、臺式高速冷凍離心機、電子天平、核酸電泳儀、紫外凝膠成像系統(tǒng)，37℃恒溫?fù)u床。

1.4 試驗方法

1.4.1 全基因序列的引物設(shè)計

參考GenBank上已經(jīng)發(fā)布的新城疫病毒各個基因序列，對保守區(qū)域用引物設(shè)計軟件Primer Premier 5.0設(shè)計多對引物，使擴增片段互相可以重疊連接，最后得到NDV的全基因組。

1.4.2 NDV基因組序列的分析

用Editseq軟件對NDV分離株進(jìn)行基因組核苷酸序列的校正并推導(dǎo)其的氨基酸序列。

2 結(jié)果

NDV分離株基因組全長測定結(jié)果。經(jīng)測定，此株新城疫毒株基因組總長15192 bp，與Genbank上所登錄的基因VI型的ZhJ-3/97，基因VII型的JSD0812，基因VIII型的AF2240-I以及基因IX型的ZJ/1/86/Ch等毒株的全基因組長度相同。與NDV基因I型的R8，基因II型的Clone 30、La Sota，基因III型的 Mukteswar，基因IV型的Herts/33毒株相比，余出6個堿基。

3 討論

副黏病毒有一個重要特性，就是其基因組長度正好是6的倍數(shù)，稱為“六規(guī)則”，本次分離毒株符合這一特征。此毒株與選取的代表毒株基因組長度大多相同，只是比少數(shù)毒株多出6個堿基，不在表達(dá)蛋白的區(qū)域內(nèi)，說明此毒株來源于大眾毒株，沒有發(fā)生明顯的突變。