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    基于高通量測(cè)序的郫縣豆瓣不同發(fā)酵期細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)及其動(dòng)態(tài)演替

    2018-02-09 00:59:36關(guān)統(tǒng)偉向慧平王鵬昊鄧奧宇趙順先張習(xí)超
    食品科學(xué) 2018年4期
    關(guān)鍵詞:郫縣高通量群落

    關(guān)統(tǒng)偉,向慧平,王鵬昊,鄧奧宇,董 丹,趙順先,張習(xí)超

    (西華大學(xué)微生物研究所,食品生物技術(shù)四川省高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,四川 成都 610039)

    郫縣年均氣溫15.7 ℃,相對(duì)濕度70%,氣候溫和,冬無(wú)嚴(yán)寒,夏無(wú)酷暑,無(wú)霜期長(zhǎng)。這些環(huán)境因素為郫縣豆瓣微生物菌群的生存提供了最佳環(huán)境,協(xié)同優(yōu)質(zhì)的蠶豆和二荊條辣椒,憑借300多年的開放式傳統(tǒng)釀造技藝,共同造就了郫縣豆瓣獨(dú)特的風(fēng)味與營(yíng)養(yǎng)和不可復(fù)制的產(chǎn)品特點(diǎn),也是國(guó)家地理標(biāo)志產(chǎn)品。國(guó)內(nèi)報(bào)道了一些關(guān)于郫縣豆瓣細(xì)菌類群的研究,大多為純培養(yǎng)研究,發(fā)現(xiàn)了一些有價(jià)值的細(xì)菌類群,如乳酸菌、芽孢桿菌等[1-4]。由于純培養(yǎng)的局限性,一些非培養(yǎng)技術(shù)被運(yùn)用到郫縣豆瓣細(xì)菌類群的研究中。張琦等[5]運(yùn)用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)-變性梯度凝膠電泳技術(shù)研究了郫縣豆瓣自然發(fā)酵過(guò)程中細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的變化;趙紅宇等[6]利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)郫縣豆瓣對(duì)發(fā)酵過(guò)程中細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的變化。鑒于開放式的傳統(tǒng)發(fā)酵工藝中環(huán)境的復(fù)雜性、污染的不可控性以及產(chǎn)品風(fēng)味的不穩(wěn)定性因素,本研究利用高通量測(cè)序技術(shù)系統(tǒng)全面地研究郫縣豆瓣整個(gè)發(fā)酵期不同階段的細(xì)菌群落及其動(dòng)態(tài)演替規(guī)律,以確定不同發(fā)酵期細(xì)菌優(yōu)勢(shì)群體及其可能的污染細(xì)菌,為開發(fā)郫縣豆瓣專用細(xì)菌菌劑,保障產(chǎn)品風(fēng)味質(zhì)量的穩(wěn)定性以及安全性提供理論參考和數(shù)據(jù)支撐。

    1 材料與方法

    1.1 材料與試劑

    實(shí)驗(yàn)共采集了郫縣豆瓣6 個(gè)發(fā)酵時(shí)期的樣本,豆瓣樣本編號(hào)分別為:BZ1Y、BZ5Y、BZ10Y、peijiao、HE1Y和HE5Y。樣品采集使用多點(diǎn)取樣法,通過(guò)在發(fā)酵池的兩端以及中間3 個(gè)位置分別取上、中、下層等量豆瓣樣品,混合均勻備用。6 個(gè)時(shí)期的樣本信息分別為編號(hào)BZ1Y、BZ5Y和BZ10Y 3 個(gè)樣本分別在甜瓣子發(fā)酵的第1個(gè)月、第5個(gè)月和第10個(gè)月采樣;編號(hào)peijiao取樣至發(fā)酵3 個(gè)月的成熟新鮮辣椒醅;編號(hào)HE1Y和HE5Y是將發(fā)酵10 個(gè)月的甜瓣子(BZ10Y)和發(fā)酵3 個(gè)月的辣椒醅(peijiao)混勻后的發(fā)酵階段,混合發(fā)酵時(shí)間分別為1 個(gè)月和5 個(gè)月。

    TaqDNA polymerase、dNTPs、DL2000TMDNA Marker 大連寶生物工程有限公司;蛋白酶K 德國(guó)Merck公司;溶菌酶 美國(guó)Sigma公司;N,N′-亞甲基雙丙烯酰胺、去離子甲酰胺 美國(guó)Solarbio公司。

    1.2 儀器與設(shè)備

    5430高速冷凍離心機(jī) 德國(guó)Eppendorf公司;My Cycler型聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)儀 美國(guó)Bio-Rad公司;Bio-Best 200E型凝膠成像分析系統(tǒng) 美國(guó)西蒙公司;臺(tái)式冷凍離心機(jī) 德國(guó)Eppendorf公司;MX-S型可調(diào)式混勻儀美國(guó)賽洛捷克公司;核酸蛋白微量檢測(cè)儀 美國(guó)MD SpectraMax Drop公司;MiSeq測(cè)序儀 美國(guó)Illumina公司。

    1.3 方法

    1.3.1 樣品總DNA提取及其高通量測(cè)序

    采用倪崢飛等[7]的液氮研磨+溶菌酶+十二烷基硫酸鈉高鹽抽提法提取郫縣豆瓣中的細(xì)菌總宏基因組,然用核酸蛋白儀檢測(cè)DNA的濃度和純度。高通量測(cè)序文庫(kù)的構(gòu)建和基于Illumina MiSeq平臺(tái)的測(cè)序由金唯智生物科技(北京)有限公司完成。V3-V4可變區(qū)采用的測(cè)序引物是“CCTACGGRRBGCASCAGKVRVGAAT”和“GGACTACNVGGGTWTCTAATCC”;同時(shí)V4-V可變5區(qū)采用的測(cè)序引物是“GTGYCAGCMGCCGCGGTAA”和“CTTGTGCGGKCCCCCGYCAATTC”。最終得到的序列用于OTU分析,使用VSEARCH進(jìn)行序列聚類(序列相似性設(shè)為97%),用RDP classifier(核酸數(shù)據(jù)庫(kù),Ribosomal Database Program,RDP)貝葉斯算法[8]對(duì)OTU的代表性序列進(jìn)行物種分類學(xué)分析。基于OTU的分析結(jié)果,采用對(duì)樣本序列進(jìn)行隨機(jī)抽樣的方法,分別計(jì)算Shannon、Chao1等Alpha多樣性指數(shù),并作出稀釋曲線。通過(guò)Unweighted UniFrac分析比較樣本間是否有顯著的微生物群落差異,基于Unweighted UniFrac樣本間距離矩陣用于主坐標(biāo)分析(principal co-ordinates analysis,PCoA)可視化2D圖展示Beta多樣性等。

    1.3.2 樣品序列的提交及序列注冊(cè)號(hào)獲取

    通過(guò)ENA的FTP服務(wù)器,將郫縣豆瓣不同發(fā)酵時(shí)期的樣品高通量測(cè)序所得fastq序列文件提交到了ENASRA數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.ebi.ac.uk/ena/submit),獲得其接受號(hào)為PRJEB17866。

    2 結(jié)果與分析

    2.1 測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與OTU分析

    按照條形碼標(biāo)簽完全匹配方式提取測(cè)序序列,高通量測(cè)序中通常會(huì)出現(xiàn)一些點(diǎn)突變等測(cè)序錯(cuò)誤,而且序列末端的質(zhì)量比較低,為了得到更高質(zhì)量及更準(zhǔn)確的生物信息分析結(jié)果,需要對(duì)測(cè)序原始數(shù)據(jù)進(jìn)行優(yōu)化處理。優(yōu)化處理軟件選用Trimmomatic(v0.30 http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic)。將上面過(guò)濾后的序列與數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),去除其中的嵌合體序列,得到最終的有效數(shù)據(jù),如表1所示。通過(guò)郫縣豆瓣不同發(fā)酵時(shí)期各樣品中細(xì)菌的16S rRNA基因測(cè)序,6 個(gè)樣品總計(jì)測(cè)得原始序列條數(shù)為1 543 610 條,過(guò)濾掉低質(zhì)量的序列后,總數(shù)為1 507 972 條。在上述序列進(jìn)行去冗余處理后,有效序列數(shù)731 188 條,并在97%相似度下將其聚類為用于物種分類的OTU,共產(chǎn)生37 082 個(gè),統(tǒng)計(jì)得到所有樣品在不同OTU中的豐度信息,各樣品測(cè)序信息結(jié)果如表1所示。peijiao樣品中的OTU最多,達(dá)到了23 362 個(gè),HE5Y樣品中的OTU最少,僅為1 847 個(gè)。

    表1 不同發(fā)酵時(shí)期郫縣豆瓣樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)Table1 Statistics of bacterial genomic sequence data for Pixian bean paste samples from different fermentation stages

    稀釋曲線反映了測(cè)序的深度,也可以用來(lái)評(píng)價(jià)測(cè)序量是否足以覆蓋樣品所有種群。從圖1可知,5個(gè)樣品(BZ1Y、BZ5Y、BZ10Y、HE1Y和HE5Y)稀釋曲線均基本趨于平緩,說(shuō)明所得序列可基本反映真實(shí)環(huán)境中細(xì)菌群落結(jié)構(gòu);但樣品peijiao呈現(xiàn)一種上升的趨勢(shì),很大程度上未達(dá)到飽和,說(shuō)明表明繼續(xù)測(cè)序還可能產(chǎn)生新的OTU。

    圖1 不同發(fā)酵時(shí)期郫縣豆瓣細(xì)菌稀有度曲線Fig. 1 Rarefaction curves for bacterial communities in Pixian bean paste samples from different fermentation stages

    2.2 樣品間Alpha多樣性分析

    表2 樣品間Alpha多樣性統(tǒng)計(jì)Table2 Alpha diversity of bacterial communities at different fermentation stages

    采用Alpha多樣性指標(biāo)中的ACE指數(shù)、Shannon指數(shù)和Chao1指數(shù)對(duì)樣品序列文庫(kù)的OUT數(shù)目、群落的異質(zhì)性以及估計(jì)群落中物種總數(shù)。由表2可以看出,郫縣豆瓣不同發(fā)酵時(shí)期細(xì)菌Shannon指數(shù)從最初的4.77到發(fā)酵結(jié)束的4.48,其變化不大,表明樣品中群落種群差異性相對(duì)較小,但在peijiao發(fā)酵期,該指數(shù)顯著增高,說(shuō)明該時(shí)期的細(xì)菌種群差異大。而OTU數(shù)、Chao1和ACE指數(shù)均明顯低于發(fā)酵初期(BZ1Y)樣品,則表明隨著發(fā)酵的深入和環(huán)境的不斷變化,樣品中細(xì)菌群落的種群多樣性和總體豐度不斷降低。

    2.3 樣品間Beta多樣性分析

    Beta多樣性指沿環(huán)境梯度不同生境群落之間物種組成的相異性或物種沿環(huán)境梯度的更替速率也被稱為生境間的多樣性。不同群落或某環(huán)境梯度上不同點(diǎn)之間的共有種越少,Beta多樣性就越大。群落生態(tài)學(xué)中,Beta多樣性主要描述物種組成在時(shí)空尺度上的變化。Beta多樣性分析可通過(guò)多變量統(tǒng)計(jì)學(xué)方法PCoA實(shí)現(xiàn),直觀顯示不同環(huán)境樣品中微生物進(jìn)化上的相似性及差異性。

    圖2 樣本間細(xì)菌群落PCAFig. 2 PCA results of microbial communities from Pixian bean paste

    主成分分析(principal component analysis,PCA)表明(圖2),PC1和PC2分別在樣品差異性貢獻(xiàn)率上達(dá)到72.17%和17.71%,合計(jì)達(dá)到89.88%,是差異的主要來(lái)源。PCA樣品BZ1Y、BZ5Y和BZ10Y距離最近,均位于PC2的正值區(qū)域,說(shuō)明三者細(xì)菌群落的相似度較高;其次HE1Y與HE5Y相近性次之,樣品HE1Y與HE5Y分別處于均位于PC2的負(fù)值區(qū)域,分別位于PC1坐標(biāo)軸正側(cè),較為靠近的位置,說(shuō)明兩樣品間的主成分變異不顯著;PCA可以看出,5 個(gè)樣品與peijiao樣品的距離較遠(yuǎn),細(xì)菌群落組相似度較低。總體而言,不同發(fā)酵環(huán)境及其周期的不同,也顯示出樣品中細(xì)菌群落的分布顯著變化。

    2.4 樣品間門水平的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)分析

    采用RDP classifier對(duì)各樣品中的OTU依次進(jìn)行門、綱、目、科、屬的分類信息分析,一共獲得11 個(gè)門的細(xì)菌和一些無(wú)法歸類的細(xì)菌(圖3)。這些門分別為Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria、Chlorobi、Chloroflexi、Gemmatimonadetes、Fusobacteria、Cyanobacteria、Bacteroidetes、Acidobacteria和Deferribacteres。在甜瓣子發(fā)酵時(shí)期(BZ1Y、BZ5Y和BZ10Y)與辣椒瓣子混合發(fā)酵階段(HE1Y與HE5Y)Firmicutes是優(yōu)勢(shì)種群,占到各時(shí)期細(xì)菌種群的50.7%~90.9%;而在辣椒醅發(fā)酵階段(peijiao)Firmicutes僅占該時(shí)期細(xì)菌種群的4.2%,而Proteobacteria和Cyanobacteria中的細(xì)菌成為peijiao時(shí)期發(fā)酵的優(yōu)勢(shì)群體,分別占全部細(xì)菌總數(shù)的70.4%和24%。另外,BZ1Y序列分析表明數(shù)量較多的細(xì)菌群體分別是Firmicutes(80.5%)、Proteobacteria(8.1%)和Actinobacteria(10%);BZ5Y的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌種群是Firmicutes(86.5%)、Proteobacteria(3%)和Actinobacteria(9.7%);發(fā)酵10 個(gè)月后,優(yōu)勢(shì)群體的種類沒(méi)有改變,但數(shù)量已經(jīng)發(fā)生了變化,BZ10Y中的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌Firmicutes、Proteobacteria和Actinobacteria的含量分別變化為90.9%、5.4%和2.7%。由于辣椒醅混入豆瓣發(fā)酵,帶入了新的細(xì)菌類群,因此在混合1個(gè)月發(fā)酵(HE1Y)后優(yōu)勢(shì)細(xì)菌成為Firmicutes(52.7%)、Cyanobacteria(10.6%)、Proteobacteria(30.7%)和Actinobacteria(5.7%);混合發(fā)酵豆瓣成熟后(HE5Y)優(yōu)勢(shì)細(xì)菌為Firmicutes(70.7%)、Cyanobacteria(17.1%)、Proteobacteria(6.4%)和Actinobacteria(5.5%)。說(shuō)明郫縣豆瓣整個(gè)發(fā)酵過(guò)程中,細(xì)菌種群始終處于動(dòng)態(tài)的變化當(dāng)中。

    圖3 門水平各樣本菌群分布圖Fig. 3 Phylum frequencies of microbial communities from samples

    2.5 樣品間屬水平的細(xì)菌群落分布

    通過(guò)高通量測(cè)序,郫縣豆瓣整個(gè)發(fā)酵過(guò)程中共有185 個(gè)屬的細(xì)菌和部分未能分類的細(xì)菌被挖掘。屬水平的細(xì)菌群落數(shù)量在前50的屬熱圖分析(圖4)表明,測(cè)序結(jié)果中組成比例較高的前50 個(gè)屬分別是Hafnia、Methylobacterium、Paracoccus、Chromohalobacter、Halanaerobium、Halomonas、Ochrobactrum、Rhizobium、Rahnella、Wohlfahrtiimonas、Pectobacterium、Tatumella、Empedobacter、Klebsiella、Myroides、Acinetobacter、Stenotrophomonas、Serratia、Lampropedia、Alcaligenes、Brachybacterium、Leucobacter、Providencia、Brevibacterium、Ignatzschineria、Enterococcus、Arthrobacter、Lactococcus、Jeotgalicoccus、Kurthia、Proteus、Morganella、Paenochrobactrum、Lentibacillus、Oceanobacillus、Gracilibacillus、Virgibacillus、Staphylococcus、Pantoea、Enterobacter、Pseudomonas、Brenneria、Leuconostoc、Vagococcus、Weissella、Tetragenococcus、Lactobacillus、Pediococcus、Corynebacterium和Bacillus。熱圖分析表明了郫縣豆瓣不同發(fā)酵時(shí)期樣品間不同細(xì)菌屬的相對(duì)豐度以及細(xì)菌組成的差異性和和樣品間的相似性。如熱圖中的BZ1Y樣品中檢測(cè)到38 個(gè)屬,BZ5Y中37 個(gè)屬,BZ10Y中36 個(gè)屬;單獨(dú)發(fā)酵成熟的peijiao樣品中檢測(cè)到44 個(gè)屬,由于辣椒醅的混入,瓣子與辣椒醅的混合發(fā)酵HE1Y樣品中有47 個(gè)屬,隨著混合發(fā)酵的繼續(xù)進(jìn)行,在成品豆瓣HE5Y樣品中獲得42 個(gè)屬。樣品間屬水平的聚類關(guān)系(圖4)可以看出BZ1Y、BZ5Y和BZ10Y聚在一起,表明3個(gè)樣品的相似度較高;HE1Y與HE5Y的相似度也較高,而peijiao樣品形成了一個(gè)獨(dú)立的分支,說(shuō)明peijiao與其他5 個(gè)樣品的相似度較低,與其他5 個(gè)樣品的細(xì)菌組成差異較大。這個(gè)結(jié)果也符合郫縣豆瓣的實(shí)際發(fā)酵情況,因?yàn)閜eijiao樣品是單獨(dú)發(fā)酵的,與甜瓣子的發(fā)酵環(huán)境、材料等差異較大。

    圖4 不同樣品間的細(xì)菌熱圖Fig. 4 Heat map of bacteria in different samples

    圖5 各樣品在屬水平的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)組成差異Fig. 5 Bacterial community structures of all the samples at the genus level

    圖5 反映了不同樣品間屬水平細(xì)菌(前50)群落組成的變化情況。在瓣子發(fā)酵初期(BZ1Y)的主要優(yōu)勢(shì)細(xì)菌為Staphylococcus(65.31%)、Corynebacterium(3.45%)、Brevibacterium(3.75%)、Ignatzschineria(2.46%)、Lactobacillus(2.26%)和Pediococcus(2.24%)。隨著發(fā)酵的進(jìn)行Staphylococcus的含量逐漸上升,Corynebacterium數(shù)量先上升后下降,Brevibacterium的含量呈現(xiàn)下降的趨勢(shì)。在瓣子發(fā)酵的中期(BZ5Y)的主要細(xì)菌為Staphylococcus(74.07%)、Corynebacterium(6.99%)、Bacillus(4.24%)和Weissella(2.49%),Bacillus和Weissella的細(xì)菌出現(xiàn)大幅增長(zhǎng)。同時(shí),也存在著多種新物種的出現(xiàn)和初始物種的消失,如Jeotgalicoccus是瓣子發(fā)酵初期的原始物種,而到了發(fā)酵后期未被檢測(cè)到。Brenneria和Methylobacterium出現(xiàn)在瓣子發(fā)酵的中期,但在發(fā)酵初期和發(fā)酵后期均未檢測(cè)到;而Halomonas和Paracoccus也出現(xiàn)在瓣子發(fā)酵中期,隨后一直存伴隨于瓣子的發(fā)酵過(guò)程。到了瓣子發(fā)酵的末期(BZ10Y),優(yōu)勢(shì)菌群為Staphylococcus(79.93%)、Pediococcus(3.28%)、Lactobacillus(3.22%)、Corynebacterium(2%)和Weissella(2%)。此時(shí),同步單獨(dú)發(fā)酵的辣椒醅(peijiao)成品中的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌為Pantoea(13.08%)、Pseudomonas(2.32%)、Enterobacter(2.26%)和Brenneria(2.16%),并且有高達(dá)44.72%的物種未歸類,這些物種可能存在一些新的物種信息,值得深入研究。在辣椒醅與瓣子混合的初期HE1Y中優(yōu)勢(shì)菌為Staphylococcus(25.26%)、Weissella(11.51%)、Tetragenococcus(5.57%)、Pantoea(5.35)和Corynebacterium(3.78%);到了發(fā)酵末期,成熟豆瓣HE5Y中的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌變?yōu)镾taphylococcus(43.81%)、Tetragenococcus(6.81%)、Weissella(4.89%)、Corynebacterium(3.41%)和Lactobacillus(3.09%)。因此,郫縣豆瓣的發(fā)酵過(guò)程中伴隨著優(yōu)勢(shì)種群的數(shù)量和種類的動(dòng)態(tài)變化,同時(shí)也影響著產(chǎn)品的質(zhì)量與風(fēng)味。

    3 討 論

    目前,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的純培養(yǎng)微生物還不到自然界微生物總量的1%[9],因此,利用傳統(tǒng)分離技術(shù)全面揭示樣品中的微生物組成幾乎不可能。宏基因組學(xué)于1998年提出[10],隨后高通量測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)不僅使得環(huán)境微生物被全貌解析成為可能[11];近年來(lái),高通量測(cè)序技術(shù)也廣泛的應(yīng)用于水環(huán)境、陸地、腸道、動(dòng)植物等環(huán)境微生物檢測(cè)[12-18],而且在在環(huán)境監(jiān)測(cè)、生產(chǎn)管理、微生物疾病控制和生態(tài)評(píng)估等方面發(fā)揮著重要意義[19-21]。

    高通量測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展對(duì)食品微生物發(fā)酵過(guò)程和機(jī)制研究產(chǎn)生了深刻的影響,對(duì)食品發(fā)酵工程優(yōu)化提供了很好的數(shù)據(jù)支撐[22-26]。郫縣豆瓣作為我國(guó)著名的傳統(tǒng)發(fā)酵食品,開放式的半固態(tài)發(fā)酵體系和適宜的郫縣氣候條件高效的網(wǎng)羅了大量環(huán)境細(xì)菌參與豆瓣釀造。這些環(huán)境中的細(xì)菌,隨著發(fā)酵時(shí)間的推移而發(fā)生著顯著的動(dòng)態(tài)變化。同時(shí),悠久的釀造歷史也使得一些細(xì)菌在高鹽濃度條件下逐漸適應(yīng),并成為郫縣豆瓣中的優(yōu)勢(shì)種群,為郫縣豆瓣風(fēng)味和質(zhì)量的穩(wěn)定性保駕護(hù)航。本研究完成了郫縣豆瓣全發(fā)酵過(guò)程的細(xì)菌高通量測(cè)序,結(jié)果表明伴隨于整個(gè)郫縣豆瓣發(fā)酵的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌屬為:Staphylococcus、Weissella、Pediococcus、Lactobacillus、Corynebacterium和Bacillus,它們?cè)跀?shù)量上隨發(fā)酵時(shí)間有所變化,但相對(duì)比較穩(wěn)定;毫無(wú)疑問(wèn),它們對(duì)郫縣豆瓣的質(zhì)量與風(fēng)味產(chǎn)生重要的影響。這些研究成果也為未來(lái)開發(fā)郫縣豆瓣專用細(xì)菌菌劑提供了很好的參考價(jià)值。張琦等[5]采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)-變性梯度凝膠電泳對(duì)郫縣豆瓣細(xì)菌的研究發(fā)現(xiàn)Staphylococcus xylosus是整個(gè)發(fā)酵過(guò)程中的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌,本研究中Staphylococcus中的細(xì)菌數(shù)量(25%~80%)也在整個(gè)發(fā)酵過(guò)程中占據(jù)絕對(duì)優(yōu)勢(shì)。通常Staphylococcus中的金黃色葡萄球菌為致病菌,表皮葡萄球菌中有部分是致病菌,S. xylosus是弱致病性的,而腐生葡萄球菌是不致病的。葡萄球菌屬的細(xì)菌部分具有耐鹽性,生長(zhǎng)營(yíng)養(yǎng)需求不高,可能將導(dǎo)致豆瓣醬成品質(zhì)量檢測(cè)不合格。Staphylococcus在郫縣豆瓣發(fā)酵過(guò)程中具體起著有益的還是有害的作用都需進(jìn)一步深入探索。因此,在生產(chǎn)中需要多加關(guān)注Staphylococcus菌群的生產(chǎn)控制,在未來(lái)研發(fā)中要闡明此類菌群的功能性。Bacillus也是郫縣豆瓣的優(yōu)勢(shì)種群,這與筆者前期的純培養(yǎng)結(jié)果[1,3,27]以及趙紅宇等[6]的實(shí)驗(yàn)結(jié)果基本一致。另外,首次發(fā)現(xiàn)Pediococcus和Corynebacterium作為郫縣豆瓣發(fā)酵過(guò)程的優(yōu)勢(shì)菌。據(jù)研究[28-30]Pediococcus在釀酒環(huán)境中經(jīng)常被發(fā)現(xiàn)該菌在豆瓣中的功能還需要進(jìn)一步探索,以便于更好地為郫縣豆瓣產(chǎn)業(yè)的規(guī)?;同F(xiàn)代化服務(wù)。

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