蓮藕品種資源InDel指紋圖譜的構建

律文堂+尹靜靜+劉蓬+劉永+吳寶杰+吳修+李效尊

摘 要：利用自主開發(fā)的蓮藕高多態(tài)性InDel標記，對山東省農(nóng)業(yè)科學院水生生物研究中心蓮藕種質資源圃中15個代表性蓮藕品種資源進行分子標記分析。結果表明，利用InD38、InD61等7對引物組合即可區(qū)分該15個品種資源，并構建了各個品種的InDel指紋圖譜，為蓮藕品種鑒定和育種研究提供了技術支持。

關鍵詞：蓮藕；品種資源；InDel；指紋圖譜

中圖分類號：S645.1 文獻標識碼：A 文章編號：1001-3547（2017）18-0094-03

蓮藕（Nelumbo nucifera Geartn.）是我國栽培面積最大的水生蔬菜。根據(jù)生產(chǎn)用途不同，栽培蓮可分為花蓮、子蓮和藕蓮，藕蓮和子蓮的全國栽培面積分別為40萬、10萬 hm2左右，藕蓮主要集中在湖北、江蘇等長江中下游地區(qū)，近年來，黃河流域栽培面積發(fā)展較快[1]。山東蓮藕種植歷史悠久，地方名優(yōu)品種眾多，其中以藕蓮為主，省內(nèi)17個地級市均有蓮藕分布，全省蓮藕種植面積在5.33萬hm2左右，年產(chǎn)值近30億元，居我國北方各省之首。蓮藕的表型性狀，尤其是根狀莖性狀受種植方式和環(huán)境的影響較大，僅靠形態(tài)性狀鑒定的傳統(tǒng)手段很難達到精準鑒定的要求，相同材料不同記名等問題時有發(fā)生。

目前DNA分子標記已廣泛應用于種質資源研究、遺傳圖譜構建、目的基因定位和分子標記輔助選擇等各個方面。近些年蓮藕SSR和SNP標記被相繼開發(fā)，遺傳連鎖圖譜也初步構建完成[2～4]，為蓮藕種質資源相關研究奠定了良好的基礎。采用分子標記的方法，繪制蓮藕品種DNA指紋圖譜，已成為蓮藕種質資源鑒定的理想解決方案。

本研究利用實驗室前期開發(fā)的高多態(tài)性InDel（Insertion and Deletion，插入缺失）分子標記對山東省農(nóng)業(yè)科學院水生生物研究中心蓮藕種質資源圃保存的15個代表性蓮藕品種資源進行了指紋圖譜繪制，以便為蓮藕品種資源鑒定保護和育種實踐提供技術支持。

1 材料與方法

1.1 試驗材料

試驗材料為山東省農(nóng)業(yè)科學院水生生物研究中心蓮藕種質資源圃中15份代表性品種資源，具體如下：鄂蓮4號、鄂蓮5號、鄂蓮7號、齊頭、微山紅蓮、美人紅、大臥龍、大青秸、州城蓮藕、東平蓮藕、桓臺蓮藕、魚臺蓮藕、吳家堡蓮藕、太空蓮36號、芙蓉秋色。該15份材料經(jīng)性狀調查并結合RAPD遺傳多樣性分析[5]綜合確定。

1.2 DNA的提取

采用改良CTAB法，主要步驟如下：取200 mg葉片，加入0.8 mL DNA提取緩沖液（包括2.5% CTAB，20 mmol/L EDTA-Na2，1.4 mol/L NaCl，100 mmol/L Tris，1%（m/v） PVP）研磨成勻漿，65℃水浴30 min；加入等體積氯仿，顛倒混勻，12 000 r/min離心

10 min；取上清液加入等體積預冷異丙醇，混勻后置于-20℃沉淀20 min；10 000 r/min離心15 min，棄上清液，用75%乙醇洗滌沉淀5 min；短暫離心后倒掉上清液，沉淀自然風干后加適量TE溶解。

1.3 PCR體系

PCR擴增反應總體積為10 μL，其中反應混合液中包括：5 μL的2×EasyTaq PCR SuperMix for PAGE （北京全式金），DNA （100 ng/μL）模板0.5 μL，引物0.5 μL （10 μmol/L），4 μL的ddH2O。PCR擴增反應程序：94℃預變性4 min；94℃變性30 s，60℃退火30 s，72℃延伸30 s，共35個循環(huán)；最后72℃延伸

5 min。

1.4 PCR產(chǎn)物檢測

PCR產(chǎn)物使用8%非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）分離檢測，電泳完畢后采用銀染顯影，主要步驟如下：電泳結束后，輕輕剝下凝膠，用蒸餾水洗兩次；銀染：硝酸銀染色液（500 mL H2O+1 g AgNO3），輕輕搖動，染色15 min，用蒸餾水洗2次；顯色：顯色液（100 mL H2O+1.5 g NaOH+0.5 mL甲醛），顯色時需隨時觀察，待條帶清晰即可；倒掉顯色液，用蒸餾水潤洗凝膠，中止顯色反應后拍照存檔。

1.5 數(shù)據(jù)分析

根據(jù)每個InDel標記檢測出等位變異的有無，分別以0和1記載各品種的InDel等位變異，在相同遷移率位置上，有帶記為1，無帶記為0。

2 結果與分析

2.1 InDel標記多態(tài)性分析

利用兩個蓮藕品種（齊頭、太空蓮36號）基因組重測序數(shù)據(jù)和中國古代蓮參考基因組做序列比對分析，篩選出三者間均有差異的InDel位點，設計并驗證適合PAGE檢測的引物。在基因組定位的基礎上，篩選出一組在各染色體上均勻分布的46對標記引物（數(shù)據(jù)未發(fā)表）。

上述46對引物對15個蓮藕品種資源DNA進行PCR擴增顯示，46對引物均能檢測到多態(tài)性條帶，共檢測出133個多態(tài)性位點，每對引物擴增出的等位基因數(shù)目不等，變幅為2～5個，圖1為引物InD78擴增結果。

2.2 蓮藕品種資源DNA指紋圖譜的構建

對各品種資源InDel多態(tài)性條帶分析發(fā)現(xiàn)，鄂蓮7號、微山紅蓮、州城蓮藕、魚臺蓮藕、吳家堡蓮藕、芙蓉秋色分別在引物InD108、InD78、InD61、InD84、InD62、InD98檢測圖譜中有特征譜帶，太空蓮36號在引物InD84和InD98檢測圖譜中均有特征譜帶。除上述7個品種外，其他8個品種都不具有單一引物擴增的特征譜帶，但是僅利用InD38、InD61、InD62、InD78、InD84、InD98、InD108 7對引物組合（表1）即可將15個品種資源完全區(qū)分開來。利用上述7對引物擴增，構建了15個蓮藕品種的DNA指紋圖譜（表2）。endprint

3 討論與結論

InDel標記在植物基因組中有較高的分布頻率，具有遺傳穩(wěn)定性高、分布廣、多態(tài)性強等優(yōu)點，并且其分布密度遠高于SSR，理論上講SSR標記包含在InDel標記范疇內(nèi)。隨著基因組學及生物信息學的發(fā)展，公共數(shù)據(jù)如EST、cDNA和基因組序列等信息大量出現(xiàn)，使得通過生物信息學方法得到候選InDel成為可能。該類標記一個顯著的優(yōu)點在于基于多個品種DNA序列信息開發(fā)的品種間InDel多態(tài)標記成功率高，而且不需要類似SSR標記的多態(tài)引物篩選過程，工作效率顯著提升，目前已在水稻、玉米等主要作物中得到廣泛應用[6]，但在蓮藕中還沒有相關報道。本研究利用己篩選出的46對InDel引物對15個蓮藕品種資源進行遺傳分析，所有引物在15個品種內(nèi)均檢測到多態(tài)性條帶，只需要7對引物即可區(qū)分所有檢測蓮藕品種資源，并基于此構建了其DNA指紋圖譜。

通過開發(fā)蓮基因組的有效InDel引物，建立基于InDel分子標記分析蓮種質資源遺傳多樣性的技術平臺，構建蓮藕品種資源的InDel指紋圖譜，可以為蓮藕種質資源研究提供分子遺傳學依據(jù)，指導育種中合理選配親本，減少育種的盲目性，加快遺傳改良進程，同時為品種的鑒定和知識產(chǎn)權的保護等提供技術支持。

參考文獻

[1] 柯衛(wèi)東，黃新芳，李建洪，等.我國水生蔬菜科研與生產(chǎn)發(fā)展概況[J].長江蔬菜，2015（14）：33-37.

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[3] Hu J， Gui S， Zhu Z， et al. Genome-wide identification of SSR and SNP markers based on whole-genome re-sequencing of a Thailand wild sacred lotus （Nelumbo nucifera） [J]. PloS One， 2015， 10（11）： 1-17.

[4] Liu Z， Zhu H， Liu Y， et al. Construction of a high-density， high-quality genetic map of cultivated lotus （Nelumbo nucifera） using next-generation sequencing[J]. BMC Genomics， 2016， 17（1）： 466-470.

[5] 尹靜靜，李效尊，陰筱，等.山東蓮藕（Nelumbo nucifera Gaertn.）種質資源的RAPD鑒定和遺傳多樣性分析[J].分子植物育種，2015，13（6）：1 323-1 328.

[6] 初志戰(zhàn)，郭海濱，曾棟昌，等.秈粳稻基因組295個InDel標記的開發(fā)[J].作物學報，2016（6）：932-941.

Construction of Molecular Fingerprint for Lotus Cultivar by InDel Markers

LV Wentang1， YIN Jingjing1， LIU Peng1， LIU Yong2， WU Baojie3， WU Xiu1， LI Xiaozun1

（ 1.Shandong Rice Research Institute/Hydrobiology Research Center，

Shandong Academy of Agricultural Sciences， 250100； 2.Agricultural Bureau of Yutai County in Shandong Province；

3.Hutun Town Agricultural Technology Extension Station in Chiping County of Shandong ）

Abstract： Using the self-developed high polymorphism InDel markers of lotus root to analyze 15 representative cultivars that came from research center of Shandong Academy of Agricultural Sciences Aquatic Organisms in lotus root germplasm nursery with molecular marker analysis. The results showed that all the 15 lotus cultivas could be identified by 7 pairs of InDel marker primers （InD38， InD61， etc.） and the InDel fingerprint of each cultivar was constructed. This study will

provide technical support for identification and breeding of lotus cultivars.

Key words： Lotus； Cultivars； InDel； Fingerprintendprint