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      東亞飛蝗血藍(lán)蛋白亞基1基因的原核表達(dá)與蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測

      2013-10-09 11:52:20張新新游婷劉海霞印紅
      關(guān)鍵詞:飛蝗東亞結(jié)構(gòu)域

      張新新,游婷,劉海霞,印紅

      (河北大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,河北保定 071002)

      血藍(lán)蛋白是節(jié)肢動物和軟體動物血淋巴中的含銅呼吸蛋白,脫氧狀態(tài)為無色,結(jié)合氧狀態(tài)為藍(lán)色[1].節(jié)肢動物血藍(lán)蛋白由6個相同或相似的分子質(zhì)量在75ku左右的單體組成[2].一個典型的節(jié)肢動物血藍(lán)蛋白亞基分為3個結(jié)構(gòu)域,第1個結(jié)構(gòu)域包括N端的150~180個氨基酸,由6~7個α螺旋組成,并通過超二級結(jié)構(gòu)形成穩(wěn)定的螺旋束;第2個結(jié)構(gòu)域為活性位點,由4個α螺旋束結(jié)合2個銅離子——CuA和CuB,每個α螺旋有3個His殘基與Cu+結(jié)合,這2個Cu+為血藍(lán)蛋白結(jié)合O2所必需;第3個結(jié)構(gòu)域是C端,主要由β折疊結(jié)構(gòu)組成,進一步折疊反平行的7股β桶超二級結(jié)構(gòu)[3-4].每個亞基的3個結(jié)構(gòu)域在六聚體中有序排列.節(jié)肢動物血藍(lán)蛋白屬于一類蛋白質(zhì)家族,其包括酚氧化酶(phenoloxidases,PO)、甲殼類假血藍(lán)蛋白(crustacean pseudo-h(huán)emocyanins,又名cryptocyanin,PHc或Cc)、昆蟲存儲蛋白(insect storage hexamerins,Hx)、雙翅類六聚蛋白受體(dipteran hexamerin receptors,HxR)[5].血藍(lán)蛋白作為三類呼吸功能蛋白之一,不僅承擔(dān)著氧氣傳輸?shù)墓δ?,而且它還具備能量儲存和免疫防御功能[6-7],血藍(lán)蛋白在實驗中顯示出酚氧化酶活性,甚至可以轉(zhuǎn)化為酚氧化酶[8-10].此外,血藍(lán)蛋白可以結(jié)合蛻皮激素而參與其在血淋巴中的運輸[6,11].研究表明,血藍(lán)蛋白廣泛存在于直翅目昆蟲中,但目前相關(guān)研究非常少,迄今只有Sanchez等[12]在美洲沙漠蝗Schistocercaamericana的胚胎中調(diào)取了Hc1的部分序列,Yin等[13]獲取了東亞飛蝗Locustamigratoria manilensisHc1的完整序列.東亞飛蝗Locustamigratoriamanilensis(Mey.)屬于直翅目Orthoptera,蝗總科Aeridoidea,斑翅蝗科Oedipodidae,飛蝗屬LocustaLinnaeus,是一種重要的農(nóng)業(yè)害蟲,是誘發(fā)蝗災(zāi)的一個重要的蝗蟲種類[14].本實驗以東亞飛蝗Locustamigratoriamanilensis為研究對象,在獲得其Hc1的cDNA完整序列和進行初步分析的基礎(chǔ)上[13],進而構(gòu)建Hc1原核表達(dá)載體,重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化到大腸桿菌BL21(DE3)表達(dá)系統(tǒng)中,SDS-PAGE電泳表明:經(jīng)過IPTG誘導(dǎo),目的基因可以高效表達(dá)[16].同時預(yù)測了LmiHc1蛋白的高級結(jié)構(gòu),以期進一步探討直翅目昆蟲Hc1的功能和作用機理,進而為害蟲的生物防治以及昆蟲資源的開發(fā)利用奠定理論基礎(chǔ).

      1 材料與方法

      1.1 材料

      E.coliTrans1-T1,E.coliBL21(DE3)感受態(tài)細(xì)胞購自北京全式金生物技術(shù)有限公司.原核表達(dá)載體pET-DsbA由河北大學(xué)柳峰松老師惠贈.東亞飛蝗由本實驗室飼養(yǎng).LATaq聚合酶、2 000u核酸分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)、T4DNA連接酶(快速連接試劑盒)、BamHⅠ,HindⅢ限制性內(nèi)切酶、DNA瓊脂糖凝膠回收試劑盒為Takara公司產(chǎn)品,異丙基硫代P-D-半乳糖苷(IPTG)為AMRESCO產(chǎn)品,質(zhì)粒小量制備試劑盒、蛋白質(zhì)Marker系TransGen產(chǎn)品,其他試劑均為國產(chǎn)分析純.

      1.2 方法

      1.2.1LmiHc1基因的PCR擴增

      取東亞飛蝗成蟲1只,迅速解剖去內(nèi)臟后用液氮冷凍組織,用TRIZOL法提取總RNA.RNA經(jīng)過瓊脂糖凝膠電泳,檢測其完整性以及是否有基因組DNA污染;經(jīng)分光光度計測定其濃度.使用TransScriptTMFirst-Strand cDNA Synthesis SuperMix(TransGen)對RNA進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)獲取cDNA.

      根據(jù)已提交的LmiHc1基因核苷酸序列(GenBank:HQ213937),用Primer 5.0軟件設(shè)計擴增LmiHc1部分基因的一對特異性引物F和R,F(xiàn):5'-CGGCCTACAAGGCCAAGATGAG-3'(下劃線為BamHⅠ酶切位點)R:5'-CCTTACACCTGCACCTCCTCGA-3'(下劃線為HindⅢ酶切位點).引物由上海生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成.PCR擴增預(yù)計總長度為750bp.以東亞飛蝗cDNA為模板,F(xiàn),R為引物擴增LmiHc1部分基因.PCR程序:94℃預(yù)變性3min;PCR擴增:94℃變性30s,65℃退火30s,72℃延伸1min,共30個循環(huán);最后72℃終末延伸10min.10g/L瓊脂糖凝膠電泳檢測所擴增片段的正確性,膠回收試劑盒回收目的片段.

      1.2.2 重組質(zhì)粒的構(gòu)建

      用試劑盒TaKaRa MiniBEST Plasmid Purification Kit Ver.2.0小量提取質(zhì)粒pET-DsbA.質(zhì)粒pETDsbA和目的基因經(jīng)BamHⅠ和HindⅢ雙酶切,回收酶切片段,T4連接酶試劑盒作用下25℃連接2h,轉(zhuǎn)化宿主菌,雙酶切鑒定篩選出陽性克隆.挑取陽性克隆接種到LA(含100μg/mL氨芐青霉素)液體培養(yǎng)基中,大量增菌后,送往深圳華大基因科技有限公司測序.

      1.2.3 pET-DsbA/LmiHc1融合蛋白的誘導(dǎo)表達(dá)

      將測序正確的陽性重組子質(zhì)粒分別轉(zhuǎn)化表達(dá)宿主菌E.coliBL21(DE3)感受態(tài)細(xì)胞.篩選轉(zhuǎn)化入重組質(zhì)粒的表達(dá)宿主菌,將其接種于LB/Amp+培養(yǎng)基中,37℃過夜震蕩培養(yǎng),然后取1mL過夜培養(yǎng)物接種于新培養(yǎng)基中,37℃220r/min繼續(xù)培養(yǎng)至OD600≈0.6時,取1mL菌液于Eppendorf管中,離心棄上清液,收集菌體作為空誘導(dǎo)對照.在剩下的菌液中加入IPTG至終濃度為1mmol/L,誘導(dǎo)3h,然后取1mL,離心棄上清液收集菌體沉淀,同時取空載pET-DsbA菌作為陰性對照.向沉淀中加入100μL 2×SDS上樣緩沖液,混勻后沸水浴10min,各取5μL進行質(zhì)量濃度為100g/L的SDS-PAGE電泳以檢測目的蛋白的表達(dá)情況.

      2 結(jié)果與分析

      2.1 LmiHc1目的基因PCR的擴增

      對東亞飛蝗cDNA片段進行RT-PCR擴增,PCR產(chǎn)物于10g/L瓊脂糖凝膠電泳,約750bp處可見明亮的特異帶,與預(yù)期條帶大小相符,結(jié)果見圖1.

      2.2 LmiHc1基因及質(zhì)粒雙酶切純化回收

      pET-DsbA質(zhì)粒與LmiHc1PCR擴增產(chǎn)物分別用BamHⅠ、HindⅢ雙酶切,切膠回收后,經(jīng)過10g/L瓊脂糖凝膠電泳檢測,條帶大小正確,且呈現(xiàn)單一條帶,說明雙酶切完全.

      2.3 重組質(zhì)粒鑒定

      隨機挑取6個重組轉(zhuǎn)化的單菌落進行質(zhì)粒提取,經(jīng)過BamHⅠ、HindⅢ雙酶切后電泳檢測,重組質(zhì)粒鑒定后都有750bp左右的目的片段,證明pET-DsbA/LmiHc1原核表達(dá)載體構(gòu)建成功,選取1個質(zhì)粒送測序公司進行測序.

      圖1 LmiHc1PCR產(chǎn)物Fig.1 PCR product of LmiHc1

      2.4 重組融合蛋白LmiHc1的誘導(dǎo)表達(dá)

      pET-DsbA/LmiHc1轉(zhuǎn)化表達(dá)宿主菌BL21(DE3),經(jīng)過IPTG誘導(dǎo)后,收集菌體沉淀經(jīng)質(zhì)量濃度為100g/L的SDS-PAGE電泳檢測,結(jié)果可見相對分子質(zhì)量25ku處有1條明顯的蛋白條帶,與預(yù)計的融合蛋白分子質(zhì)量大小基本相符,同時作為對照組的pET-DsbA空載體也表達(dá)了分子質(zhì)量約25ku的DsbA蛋白,電泳結(jié)果如圖2所示.

      3 Lmi Hc1蛋白的結(jié)構(gòu)分析

      通過前期工作獲得LmiHc1的cDNA完整序列(GenBank:HQ213937)的分析[15],LmiHc1基因全長為2271bp,包含1個2016bp的完整開放閱讀框ORF和1個255bp 3'-UTR,PolyA尾上游15個核苷酸處存在典型的加尾信號AATAAA.

      圖2 大腸桿菌BL21(DE3)表達(dá)LmiHc1重組蛋白的SDS-PAGE分析Fig.2 SDS-PAGE analysis of LmiHc1expression of recombinant protein in E.coli BL21(DE3)

      3.1 LmiHc1蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)分析

      蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)(primary structure)是指多肽鏈的氨基酸殘基的排列順序,它是蛋白質(zhì)最基本的結(jié)構(gòu).每一種蛋白質(zhì)分子都有其特有的氨基酸組成和排列順序,由此決定它的特定空間結(jié)構(gòu).

      利用Signal P 3.0軟件分析表明,LmiHc1基因編碼的蛋白質(zhì)N端有18個氨基酸的信號肽,成熟蛋白質(zhì)含有654個氨基酸,理論分子質(zhì)量為77.9ku,理論PI為6.06,負(fù)電荷殘基(Asp+Glu)94個(14.0%),正電荷殘基(Arg+Lys)82個(12.2%),疏水性氨基酸(A,I,L,F(xiàn),W,V)有232個,約占34.5%;極性氨基酸(N,C,Q,S,T,Y)150個,占22.3%;在體外哺乳動物網(wǎng)狀細(xì)胞中的估計半衰期為30h,在體外有機體內(nèi)的半衰期大于20h,在大腸桿菌內(nèi)的半衰期大于10h,蛋白的不穩(wěn)定指數(shù)為44.82,屬于不穩(wěn)定蛋白(不穩(wěn)定系數(shù)大于40的為不穩(wěn)定蛋白質(zhì));疏水性指數(shù)為82.93.

      3.2 LmiHc1蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)分析

      蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)(secondary structure)是指氨基酸殘基形成的α螺旋(α-h(huán)elix)、β折疊(β-sheet)、無規(guī)則卷曲(coil)以及基序(motif)等組件.

      采用SABLE(http://sable.cchmc.org/)在線工具預(yù)測東亞飛蝗LmiHc1蛋白二級結(jié)構(gòu)(圖3).結(jié)果顯示,LmiHc1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)為混合型,由α螺旋、β折疊與無規(guī)則卷曲組成.

      3.3 LmiHc1蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)分析

      基于查詢序列與已知蛋白序列顯著的相似性(相似度>30%)預(yù)測其蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的方法稱為同源建模.Swiss-Model是通過完整的同源建模預(yù)測蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的在線工具.其基本操作步驟如下:首先同源鑒定,Swiss-Model程序使用BLAST在PDB數(shù)據(jù)庫中篩選出符合P值小于10-5(BLAST)及靶序列一致性不小于30%(SLM)的模板序列用于建模;然后,對所得的多模板進行結(jié)構(gòu)比對,剔除不匹配模板;再根據(jù)模板序列與靶序列的局部一致性原理,由ProModⅡ確定其核心骨架以及環(huán)和側(cè)鏈;最后用Gromos程序進一步優(yōu)化能量.

      采用Swiss-Model上提供的第1步模式(First Approach Mode)對LmiHc1蛋白序列進行建模(圖4).提交序列后返回結(jié)果顯示:建模為24~669個氨基酸,參考模板為1hcyC,目標(biāo)蛋白與參考蛋白的序列比對的一致性為43.19%,模型評估E值為0.00e-1.

      圖3 預(yù)測LmiHc1蛋白二級結(jié)構(gòu)Fig.3 Secondary structure of LmiHc1

      圖4 預(yù)測東亞飛蝗LmiHc1蛋白三級結(jié)構(gòu)Fig.4 Tertiary structure of LmiHc1

      利用NCBI的CD search分析血藍(lán)蛋白的結(jié)構(gòu)域(圖5),其中Query seq為LmiHc1氨基酸序列,Specific hits指特異性位點,Superfamilies指節(jié)肢動物血藍(lán)蛋白超家族.結(jié)果顯示LmiHc1含有節(jié)肢動物血藍(lán)蛋白家族蛋白所具有的3個結(jié)構(gòu)域:Hemocyanin_N,Hemocyanin_M,Hemocyanin_C.其中Hemocyanin_M為結(jié)合銅離子的結(jié)構(gòu)域.

      圖5 LmiHc1蛋白結(jié)構(gòu)域分析Fig.5 LmiHc1protein domain analysis

      4 討論

      血藍(lán)蛋白作為3大類呼吸功能蛋白之一,不僅承擔(dān)著氧氣傳輸?shù)墓δ?,而且還具備能量儲存和免疫防御等功能,血藍(lán)蛋白不僅在實驗中顯示出酚氧化酶活性,甚至可以轉(zhuǎn)化為酚氧化酶;此外,血藍(lán)蛋白可以介導(dǎo)蛻皮激素在血淋巴中的轉(zhuǎn)運并參與調(diào)節(jié)蛻皮.近年來,血藍(lán)蛋白的功能、作用機理、進化地位已經(jīng)引起各國學(xué)者的濃厚興趣,血藍(lán)蛋白的新功能及其作用機理仍有待于進一步挖掘和深究.東亞飛蝗Locustamigratoria manilensis是中國飛蝗的3個亞種之一,中國史籍中的蝗災(zāi),主要是東亞飛蝗,先后發(fā)生過800多次,分布于北緯42℃以南的東部季風(fēng)區(qū)的平原地區(qū),北起河北、陜西、山西,南達(dá)海南、廣東、廣西、云南,東至沿海各省及臺灣,西至四川、甘肅南部[15].為了研究東亞飛蝗血藍(lán)蛋白的結(jié)構(gòu)和功能,本文對東亞飛蝗血藍(lán)蛋白亞基1插入合適的載體后導(dǎo)入大腸桿菌進行重組蛋白表達(dá),并對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)進行了預(yù)測,結(jié)果LmiHc1可以在大腸桿菌中正常表達(dá),為進一步研究其蛋白結(jié)構(gòu)和功能打下了基礎(chǔ),進而為害蟲的生物防治以及昆蟲資源的開發(fā)利用奠定理論基礎(chǔ).

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