程學(xué)禮,趙燕云
(泰山學(xué)院化學(xué)化工學(xué)院,山東泰安 271021)
乳清酸(也叫維生素B13或H3dtpc)是生物體中核酸嘧啶類生物堿生物合成的前驅(qū)體,是配位化學(xué)中的一種良好配體,在生物合成和藥物化學(xué)中發(fā)揮著獨(dú)特作用[1].它的酮式和烯醇式互變異構(gòu)體,以及不對(duì)稱結(jié)構(gòu),使其成為多用途的多齒有機(jī)配體[2-3].乳清酸也是調(diào)節(jié)血脂的藥物.而且,它具備帶有形成氫鍵的孤對(duì)電子給體和受體,因此可以在超分子組裝體中形成各種氫鍵作用[4].文獻(xiàn)上也不斷有以乳清酸為配體的報(bào)道[5-7].我們課題組已經(jīng)對(duì)乳清酸結(jié)構(gòu)和紅外光譜進(jìn)行了密度泛函研究[8].為充分理解其空間構(gòu)型、異構(gòu)化過程以及獲得一些有用的參數(shù),本文將對(duì)乳清酸異構(gòu)化反應(yīng)展開理論研究.
對(duì)各反應(yīng)物、中間體、過渡態(tài)和產(chǎn)物的全優(yōu)化是使用Gaussian98程序包、在6-311+G*基組水平上完成的.本文采用了一種可信的密度泛函理論(DFT)方法B3LYP,即Becke三參數(shù)非定域交換泛函和Lee-Yang-Parr非定域相關(guān)泛函?相結(jié)合的方法結(jié)構(gòu)優(yōu)化、計(jì)算頻率并獲得能量.分子結(jié)構(gòu)用Gauss-View3.07創(chuàng)建[9].為考慮水的影響,本文采用導(dǎo)體極化連續(xù)介質(zhì)模型(CPCM)計(jì)算單點(diǎn)能以闡明反應(yīng)機(jī)理.考慮到所需計(jì)算時(shí)間,并且用CPCM模型優(yōu)化的鍵長(zhǎng)變化與氣相結(jié)構(gòu)相比總是很小,本文僅用氣相平衡構(gòu)型開展CPCM單點(diǎn)能(SPE)計(jì)算,同時(shí)采用SCF=Tight關(guān)鍵詞提高SCF收斂標(biāo)準(zhǔn)以獲得高精度.
我們的前期工作已經(jīng)確定了氣相中乳清酸的最穩(wěn)定的構(gòu)型,且空間效應(yīng)、氫鍵和共軛相應(yīng)在維持其特定結(jié)構(gòu)中發(fā)揮了重要作用.本文考慮溶劑效應(yīng)重新計(jì)算能量.首先,我們采用默認(rèn)的聯(lián)合原子拓?fù)淠P?UA0)定義原子半徑,并用SphereOnH=N關(guān)鍵詞描述正在轉(zhuǎn)移的氫原子.構(gòu)型1a仍是最穩(wěn)定的,與之相比較,考慮溶劑效應(yīng)后各中間體的相對(duì)能量變化不大,個(gè)別會(huì)出現(xiàn)顯著降低.計(jì)算結(jié)果表明,2b在氣相中的相對(duì)能量為84.0 kJ/mol,在溶液中為84.6 kJ/mol.本文優(yōu)化了乳清酸的4種重要異構(gòu)體2d、2e、3f和3g,其結(jié)構(gòu)參數(shù)和能量列于圖1.圖1表明,各異構(gòu)體的鍵長(zhǎng)、鍵角結(jié)構(gòu)差別不大.一般來說,液相中的相對(duì)能量比氣相中的能量升高或降低10 kJ/mol以內(nèi),但個(gè)別會(huì)出現(xiàn)顯著變化.如考慮溶劑效應(yīng)后,構(gòu)型3f的相對(duì)能量下降達(dá)34.6 kJ/mol之多,這么大的能量變化不可接受.因此,對(duì)溶液中的反應(yīng),應(yīng)該考慮溶劑的影響.
圖1 乳清酸的4種異構(gòu)體.鍵長(zhǎng)和鍵角分別以nm和°為單位.()中為氣相中相對(duì)于1a的能量,[]為CPCM單點(diǎn)計(jì)算的能量
Gaussian03可以計(jì)算精確的紅外光譜數(shù)據(jù),并可以進(jìn)行光譜指認(rèn)[8].由于H原子位置的不同,不同的乳清酸異構(gòu)體具有不同的IR譜圖.用Gaussian03計(jì)算得到的異構(gòu)體2d、2e、3f和3g的IR譜圖及振動(dòng)模式指認(rèn)繪于圖2中.2d和2e僅僅是羧基上氫原子的位置不同,因而二者圖片十分接近,只是在紅外強(qiáng)度上有細(xì)微差別.同樣,異構(gòu)體3f和3g是羧基上氫的順反異構(gòu)引起的,從中可以清晰地看到各特征頻率的位置和強(qiáng)度,只不過在3g中出現(xiàn)了一條明顯的C-O9伸縮振動(dòng)的譜線,其位置在1852 cm-1處,強(qiáng)度為244.58 km·mol-1;C=O伸縮振動(dòng)在1788 cm-1有很強(qiáng)的吸收峰.
本文用同樣方法計(jì)算了2b和3e異構(gòu)化的能壘,過渡態(tài)標(biāo)記為TS2b-3e.相關(guān)結(jié)構(gòu)和能量列于圖3中.由于在轉(zhuǎn)移的H9原子上定義了不同的半徑,相對(duì)于1a的TS2b-3e能量高達(dá)663.8 kJ/mol,完全不可接受.這說明,目前流行的計(jì)算能量的方法不能描述氫轉(zhuǎn)移的過渡態(tài)[9-10].
我們用UAKS原子半徑重新進(jìn)行了單點(diǎn)計(jì)算,此時(shí)相對(duì)能量為246.5 kJ/mol,與氣相中232.0 kJ/mol接近.圖3表明,采用不同的原子半徑定義對(duì)異構(gòu)體2b和3e的影響不大.本文采用此方法對(duì)其他構(gòu)型進(jìn)行了單點(diǎn)計(jì)算,也證明是采用了不同的原子半徑導(dǎo)致了氫轉(zhuǎn)移過渡態(tài)能量失準(zhǔn),而對(duì)其他構(gòu)型沒有大的影響.比如,采用UAKS半徑后3f的相對(duì)能量為69.5 kJ/mol,同樣出現(xiàn)明顯降低.
溶液中的化學(xué)反應(yīng)需考慮溶劑效應(yīng)的影響.本文采用密度泛函方法研究了CPCM溶劑模型對(duì)乳清酸異構(gòu)化反應(yīng)的影響,發(fā)現(xiàn)溶劑模型對(duì)個(gè)別化合物的影響明顯.采用默認(rèn)的UA0定義原子半徑時(shí),因?yàn)椴荒軐?duì)正在轉(zhuǎn)移的氫原子進(jìn)行描述而使用SphereOnH=N關(guān)鍵詞,這導(dǎo)致不能估計(jì)氫轉(zhuǎn)移過渡態(tài)的能量.當(dāng)采用UAKS半徑時(shí),所得相對(duì)能量和能壘才與氣相能量很好地符合.
[1]Lieberman I,Komberg A,Simms ES.Enzymatic synthesis of pyrimidine nucleotides orotidine-5'-phosphate and uridine-5'-phosphate[J].J.Biol.Chem.,1955,215(1):403-415.
[2]Lalioti N,Raptopoulou CP,Terzis A,Panagiotopoulos A,Perlepes SP,Manessi-Zoupa E.New metal-bindingmodes for 5-aminoorotic acid:preparation,characterization and crystal structures of zinc(II)complexes[J].J.Chem.Soc.Dalton Trans.,1998(8):1327-1334.
[3]Karipides A,Thomas B.The structures of tetraaqua(uracil-6-carboxylate)zinc(II)monohydrate(A)and tetraaqua(uracil-6-carboxylato)nickel(II)monohydrate(B)[J].Acta Cryst.C.,1986(42):1705-1707.
[4]Xu XL,James SL,Mingos DMP,White AJP,Williams DJ.Platinum(II)phosphine and orotate complexeswith aminopyridine co-ligands and theirmolecular recognition via hydrogen bonding[J].J.Chem.Soc.Dalton Trans.,2000(21):3783-3790.
[5]Chen Z-X,Su X-X,Deng S-P.Molecular Recognition ofMelamine by Vesicles Spontaneously Formed from Orotic Acid Derived Bolaamphiphiles[J].J.Phys.Chem.B,2011,115(8):1798-1806.
[6]Lewis CA Jr.,Wolfenden R.Biochemistry,Orotic Acid Decarboxylation in Water and Nonpolar Solvents:A Potential Role for Desolvation in the Action of OMPDecarboxylase[J].Biochem.,2009,48(36):8738-8745.
[7]王玉明,任兵興,胡曉倩,等.攝食魷魚對(duì)乳清酸誘導(dǎo)大鼠脂肪肝的影響[J].食品科學(xué),2011,32(3):212-215.
[8]Cheng X,Ding J,Gong L,Wu R,Li J,Zhang D.Density functional theory and infrared studies on the orotic acid[J].計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué),2008,25(12):1497-1501.
[9]梁雪,王一波.用Gaussian/GaussView輔助結(jié)構(gòu)化學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)[J].貴州大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版),2008(3):328-330.
[10]Cheng X,Wang J,Tang K,Liu Y,Liu C.Decarboxylation of pyrrole-2-carboxylic acid:A DFT investigation[J].Chem.Phys.Lett,2010(496):36-41.
[11]Cheng X,Liu Y,Chen D.Mechanisms of Hydrolysis-Oligomerization of Aluminum Alkoxide Al(OC3H7)3[J].J.Phys.Chem.A,2011(115):4719-4728.