陳孟瑤,肖曉燕,蘇聯(lián)麟,王雅慧,顏帥
1 南京中醫(yī)藥大學(xué)附屬蘇州市中醫(yī)醫(yī)院 江蘇蘇州 215009
2 南京中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院 江蘇南京 210023
結(jié)直腸癌是世界范圍內(nèi)發(fā)病率和病死率最高的常見癌癥之一,手術(shù)治療聯(lián)合化療是結(jié)直腸癌的目前主流治療方法[1]。晚期患者輔助化療殺傷腫瘤細胞的同時,亦導(dǎo)致正常上皮細胞損傷,產(chǎn)生嚴(yán)重的胃腸道毒性,從而出現(xiàn)結(jié)構(gòu)、功能和免疫學(xué)改變黏膜損傷——化療性腸黏膜炎(Chemotherapy-induced intestinal mucositis,CIM)[2],嚴(yán)重影響腫瘤的治療進程及預(yù)后。目前針對CIM的管理以支持性護理為主,輔助用藥,治療效果欠佳,且部分藥物價格高昂,即使遵循指南聯(lián)合用藥,化療性腸黏膜炎的總體控制率有限,臨床上缺乏行之有效的方法[3]。因此,研究影響CIM發(fā)生的因素,尋求高效低毒、經(jīng)濟、患者接受度高的輔助干預(yù)手段,抑制或阻斷CIM產(chǎn)生的根本必要途徑,有助于改善結(jié)直腸癌化療患者的預(yù)后,對其復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移治療和提高生活質(zhì)量有重大的意義。中醫(yī)認為,CIM臨床癥狀屬于“泄瀉”“痢疾”等范疇,病位主要在脾胃和大小腸,主要病機為機體受濕熱、疫毒、寒濕結(jié)于腸腑,氣血壅滯,大腸傳導(dǎo)失司,屬寒熱并存、虛實夾雜證,因此,以清上溫下、平調(diào)寒熱、扶正祛邪為主要治法[4]。
半夏瀉心湯作為《傷寒論》經(jīng)典類方,2018年選入《古代經(jīng)典名方目錄(第一批)》[5]。臨床應(yīng)用廣泛,它由半夏、黃連、黃芩、干姜、甘草、人參、大棗7味藥組成[6]。該方具有調(diào)和肝脾、平調(diào)寒][熱、消痞散結(jié)之功效,主治寒熱錯雜之痞證,現(xiàn)代常用于治療胃腸炎、胃潰瘍等胃強脾弱、寒熱錯雜癥[7-8]以及胃癌術(shù)后狀態(tài)[9]等,是極具潛在開發(fā)意義的經(jīng)典名方。半夏瀉心湯的適應(yīng)癥與CIM的典型癥狀相對應(yīng),且已有研究表明半夏瀉心湯能夠有效防治炎癥性腸病,增強免疫活性,降低炎癥,保護胃腸黏膜[10-11]。
基于半夏瀉心湯治療CIM的相關(guān)研究匱乏,本文篩選獲得半夏瀉心湯的潛在活性成分,并預(yù)測活性成分的潛在治療CIM靶點,構(gòu)建“成分-靶點”網(wǎng)絡(luò)圖,挖掘潛在活性成分的治療CIM的核心靶點并預(yù)測作用機制。最后運用分子對接驗證半夏瀉心湯治療CIM機制,為挖掘半夏瀉心湯治療CIM有效成分及作用機制提供參考。
借助TCMSP數(shù)據(jù)庫(http://tcmspw.com/tcmsp.php),對半夏瀉心湯中的7味組成藥物(半夏、黃連、黃芩、干姜、甘草、人參、大棗)進行檢索,初步篩選獲取口服利用度(OB)≥30%,類藥性(DL)≥0.18的成分及其對應(yīng)的蛋白質(zhì)靶點。利用Uniprot蛋白質(zhì)分析數(shù)據(jù)庫(https://www.uniprot.org)獲得靶蛋白對應(yīng)的靶基因名稱,刪除沒有靶點的活性成分與重復(fù)的靶基因,獲得活性成分與相關(guān)靶點。
以“Chemotherapy-induced intestinal mucositis”為關(guān)鍵詞對GeneCards數(shù)據(jù)庫(https://www. genecards.org)、OMIM數(shù)據(jù)庫(https://omim.org/)、TTD數(shù)據(jù)庫(http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/)和Drugbank數(shù)據(jù)庫(https://www.drugbank.ca/)進行檢索,篩選相關(guān)靶點。整合各數(shù)據(jù)庫篩選結(jié)果,刪除重復(fù)的靶點,即得到CIM的相關(guān)靶點。將半夏瀉心湯活性成分靶點與CIM靶點取交集,通過venny 2.1.0繪制韋恩圖,得到半夏瀉心湯與疾病CIM的共同靶點。
運用CytoScape 3.6.1構(gòu)建化學(xué)成分、疾病、靶點網(wǎng)絡(luò)圖。采用軟件內(nèi)置工具分析成分和靶點的連接度、介度、緊密度等網(wǎng)絡(luò)拓撲參數(shù),以網(wǎng)絡(luò)拓撲參數(shù)分析關(guān)鍵靶點和主要藥效成分。為了進一步研究半夏瀉心湯的作用機制,利用STRING 11.0數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org)構(gòu)建交集靶點的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)。
生物功能注釋包括基因本體(gene ontology,GO)與京都基因與基因組百科全書富集分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)兩部分。將半夏瀉心湯治療CIM的靶點導(dǎo)入DAVID數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/),進行GO生物學(xué)過程和KEGG富集分析。結(jié)果利用微生信(http://www. bioinformatics.com.cn/?p=1)實現(xiàn)可視化。
利用PDB數(shù)據(jù)庫(https://www.rcsb.org/)檢索半夏瀉心湯治療CIM的關(guān)鍵活性成分和核心靶點的3D結(jié)構(gòu)并下載,使用AutoDock 4.2在線平臺對蛋白及化合物進行去加氫、加電荷處理后,進行對接驗證。
經(jīng)篩選后共獲得275種活性成分,其中人參86種,半夏13種,黃芩36種,黃連14種,干姜5種,甘草92種,大棗29種,包括山萘酚(kaempferol)、槲皮素(quercetin)、黃芩素(wogonin)和豆甾醇(Stigmasterol)等。半夏瀉心湯中不同的中藥里面存在相同的化合物的情況。通過數(shù)據(jù)庫找出各藥物作用靶點,人參94個,半夏80個,黃芩92個,黃連162個,干姜31個,甘草214個,大棗181個,合并后刪除重復(fù)值共得到靶點254個。半夏瀉心湯的主要化合物及靶標(biāo)見表1。結(jié)果表明半夏瀉心湯發(fā)揮療效可能與多種有效成分作用于多個靶點密切相關(guān)。
利用Genecards、OMIM、TTD、DRUGBANK數(shù)據(jù)庫,最終得到694個相關(guān)靶點。韋恩圖結(jié)果顯示,半夏瀉心湯與CIM共同靶點有99個,見圖1。
圖1 半夏瀉心湯化學(xué)成分和疾病靶點韋恩圖
CytoScape 3.6.1構(gòu)建的藥物-疾病靶點網(wǎng)絡(luò)圖中總共包括445個節(jié)點和3372條邊,各藥物的化合物分子分別用不同顏色表示,見圖2。在網(wǎng)絡(luò)中,與節(jié)點連接的路線條數(shù)越多,度值越大,選擇較大度值的節(jié)點進行分析,這些節(jié)點可能是關(guān)鍵的化合物或者靶點。網(wǎng)絡(luò)圖中表明,各化學(xué)成分平均與7.56個靶點相互作用,即半夏瀉心湯中一個化學(xué)成分與多個靶點相互作用,同時也存在多個成分作用于一個靶點的現(xiàn)象。以上結(jié)果體現(xiàn)了半夏瀉心湯多成分與多靶點之間共同作用的機制。
圖2 藥物-疾病-活性成分-靶點網(wǎng)絡(luò)圖
利用STRING 11.0初步繪制的半夏瀉心湯靶點PPI網(wǎng)絡(luò),見圖3中(1)部分,并分析獲得12個核心作用靶點,見圖3中(2)部分,包括TNF、IL-10、IL-1B、IL-6、ALB、ERBB2、EGF、EGFR、ERBB3、PLAU、PTEN、TP53,可能是半夏瀉心湯治療過程中的核心靶點。
圖3 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖
GO功能富集分析得到了701個與CIM疾病密切相關(guān)的條目,包括564個生物過程(Biological Process,BP)條目,主要涉及無配體時的外源性凋亡信號通路,基因表達的正向調(diào)控,細胞對缺氧的反應(yīng),對缺氧的反應(yīng)等;46個細胞組成(Cellular Component,CC)條目,主要涉及細胞核,胞漿,核質(zhì),細胞外空間等;91個分子功能(Molecular Function,MF)條目,主要涉及蛋白質(zhì)結(jié)合,相同的蛋白質(zhì)結(jié)合,酶結(jié)合,蛋白質(zhì)均二聚活性等。BP、CC和MF所占比例為80.46%、6.56%和12.98%,見圖4。KEGG通路富集分析得到與半夏瀉心湯治療CIM作用機制相關(guān)的115條信號通路(P<0.05),富集程度較高的通路包括結(jié)腸直腸癌,TNF,HIF-1,NOD,VEGF等,見圖5。
圖4 GO分析
圖5 KEGG分析
根據(jù)PPI網(wǎng)絡(luò)拓撲分析及相關(guān)文獻,選取EGFR、TNF、IL6與半夏瀉心湯的主要活性成分山奈酚、槲皮素、黃芩素進行分子對接。結(jié)合能小于-5.0 kcal·mol-1,表明成分與靶點的結(jié)合活性良好[12]。分子對接結(jié)果顯示,半夏瀉心湯中的主要活性成分與核心靶點具有較好的結(jié)合活性,尤其是EGFR與山奈酚、槲皮素、黃芩素具有強結(jié)合力。結(jié)果見表2。利用PyMOL軟件對對接結(jié)果可視化分析,展現(xiàn)其構(gòu)象關(guān)系,結(jié)果見圖6。
表2 成分與靶點結(jié)合能
從中醫(yī)基礎(chǔ)理論來講,CIM的發(fā)生是由于機體受濕熱、疫毒、寒濕結(jié)于腸腑,氣血壅滯,大腸傳導(dǎo)失司所致,屬寒熱并存、虛實夾雜證,因此主要以清上溫下、平調(diào)寒熱、扶正祛邪為治則[13]。現(xiàn)代臨床表現(xiàn)為腹痛、腹瀉、便秘、麻痹性腸梗阻、消化道潰瘍、甚至胃腸出血等[14]。半夏瀉心湯味辛、苦、甘,能夠?qū)雇?,和胃氣,散寒滯,清膽泄熱,健脾益氣[15]。臨床廣泛應(yīng)用于消化系統(tǒng)潰瘍[16]、慢性胃炎[17]等脾胃消化系統(tǒng)疾病的治療,又因其能調(diào)寒熱、升降,能補能瀉等,臨床應(yīng)用廣泛,療效顯著,是具有重大潛在開發(fā)價值的經(jīng)典名方[18]。
本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)及分子對接探析半夏瀉心湯治療CIM的潛在作用機制,研究結(jié)果顯示:半夏瀉心湯中共有275個活性成分,集中在甘草、人參、黃芩3味中藥,槲皮素、山柰酚、黃芩素為主要的活性成分。槲皮素是廣泛存在的黃酮類化學(xué)物,具有抗氧化、抗炎、調(diào)節(jié)腸道菌群等作用,涉及Mincle/Syk/NFκB、NF-κB/i NOS/NO、Nrf2/HO-1、TGF-β1、PI3k/Akt等多個信號通路[19]。山柰酚在抗氧化、抗炎等方面有一定的作用,可通過調(diào)節(jié)TNF-α、IL-6相關(guān)信號通路,抑制炎癥反應(yīng)[20]。黃芩素具有抗炎、抗菌以及抗腫瘤活性等,研究表明黃芩素對CIM有治療作用,可以降低血清的IL-6和TNF-α含量,顯著調(diào)節(jié)腸道菌群[14],與本研究驗證結(jié)果一致。
基因靶點網(wǎng)絡(luò)體現(xiàn)了半夏瀉心湯多成分與多靶點之間共同作用的機制。PPI結(jié)果表明IL-6、TNF、EGF、EGFR、IL-10等12個靶點為半夏瀉心湯治療CIM的關(guān)鍵靶點。炎癥因子IL-6作為C反應(yīng)蛋白上游的炎癥因子參與炎癥和免疫反應(yīng),在腸黏膜炎的發(fā)生和發(fā)展中起著至關(guān)重要的作用[21]。TNF具有炎癥介質(zhì)作用,與非特異性炎癥反應(yīng)密切相關(guān),其可能涉及的腸道免疫調(diào)節(jié)、腸黏膜屏障缺陷等多個病理生理過程對臨床評估CIM具有重要價值[22]。EGFR的表達可使損傷腸黏膜細胞增殖,從而修復(fù)受損組織[23]。
GO富集分析結(jié)果表明,半夏瀉心湯治療CIM的生物過程主要包括無配體時的外源性凋亡信號通路,基因表達的正向調(diào)控,細胞對缺氧的反應(yīng),對缺氧的反應(yīng)等,與炎癥的形成與發(fā)展密切相關(guān)。KEGG通路富集結(jié)果表明,半夏瀉心湯治療CIM的信號通路主要有結(jié)腸直腸癌,TNF,HIF-1,NOD,VEGF等,集中在炎癥反應(yīng)、腸道疾病等方面。
將核心靶點TNF、EGFR、IL-6與活性成分槲皮素、山奈酚、黃芩素對接后獲得的結(jié)合能均遠小于參考值-5.0kcal/mol,表明半夏瀉心湯活性成分能與CIM的核心靶點受體蛋白穩(wěn)定結(jié)合,并發(fā)揮顯著作用,驗證結(jié)果表明基于此得到的網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果可信度高,具有重要的參考意義。
綜上所述:通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究,分析其潛在的核心靶點、生物學(xué)功能和信號通路,揭示其潛在的分子生物學(xué)機制。本研究為半夏瀉心湯治療CIM的臨床研究提供了理論依據(jù)和參考。本研究仍存在一定的局限性。僅采用現(xiàn)代生物信息學(xué)方法,通過使用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接方法來探討半夏瀉心湯在CIM中的作用。但目前的網(wǎng)絡(luò)信息技術(shù)還有待進一步完善,數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和及時性有待科學(xué)驗證。同時,那些未經(jīng)證實和未記錄的化合物或靶點可能不包括在我們的分析中。雖然槲皮素、山奈酚、黃芩素在本研究中被確定為半夏瀉心湯治療CIM的三個最重要的生物活性成分,但它們不能完全代表半夏瀉心湯。因此,需要考慮藥效學(xué)實驗和分子生物學(xué)實驗來進一步驗證目前的研究結(jié)果。