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    探討坤泰膠囊治療卵巢早衰的作用機(jī)制*

    2024-04-16 12:41:20于秋敏伍娟娟
    中醫(yī)藥臨床雜志 2024年3期
    關(guān)鍵詞:坤泰網(wǎng)絡(luò)圖靶點(diǎn)

    于秋敏,伍娟娟

    1 廣西中醫(yī)藥大學(xué) 廣西南寧 530200

    2 廣西中醫(yī)藥大學(xué)附屬瑞康醫(yī)院 廣西南寧 530011

    卵巢早衰( POF,premature ovarian failure )是婦科病中常見的生殖內(nèi)分泌疾病,好發(fā)于40歲以前的女性,以閉經(jīng)、促卵泡生成素(FSH)≥40mIU / mL、雌激素水平降低伴或不伴有不同程度的圍絕經(jīng)期癥狀為主[1]。據(jù)國外文獻(xiàn)報(bào)道[2],隨著女性生活和工作壓力的逐漸升高,全球POF患病率呈逐年上升的趨勢,POF的全球發(fā)病率約0.9%~1.2%。治療POF,西醫(yī)常用激素補(bǔ)充療法,雖對患者的癥狀有改善作用,但停藥后易復(fù)發(fā),且易增加女性患癌風(fēng)險(xiǎn)[3]。坤泰膠囊由古代醫(yī)家張仲景《傷寒雜病論》中的“黃連阿膠湯”加減而成;在臨床上,坤泰膠囊作為治療POF的一線中成藥運(yùn)用相當(dāng)廣泛[4]。

    本文基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討坤泰膠囊治療POF的主要藥物活性成分、關(guān)鍵靶點(diǎn)以及相關(guān)通路,再用分子對接技術(shù)對得到的關(guān)鍵靶點(diǎn)與核心藥物成分進(jìn)行對接研究,對關(guān)鍵靶點(diǎn)-核心成分兩者結(jié)合能的結(jié)果進(jìn)行分析,為后續(xù)坤泰膠囊治療POF的作用機(jī)制提供臨床參考。

    材料與方法

    1 坤泰膠囊藥物活性成分及相關(guān)靶點(diǎn)的獲取

    在TCMSP數(shù)據(jù)庫(https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php/),以口服利用度≥30%、且滿足類藥性≥0. 18為篩選標(biāo)準(zhǔn),檢索坤泰膠囊六味中藥的活性成分,因阿膠在該數(shù)據(jù)庫中未檢索到,則在BATMAN-TCM數(shù)據(jù)庫(http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/)補(bǔ)充檢索。通過Uniprot數(shù)據(jù)庫(https://www.uniprot.org/),進(jìn)行蛋白質(zhì)靶點(diǎn)名稱的標(biāo)準(zhǔn)化處理。

    2 POF疾病靶點(diǎn)的獲取方法

    在GeneCards(https://www.genecards.org/)與OMIM(https://omim.org/)數(shù)據(jù)庫以“premature ovarian failure”為關(guān)鍵詞,進(jìn)行疾病靶點(diǎn)的檢索。

    3 構(gòu)建“藥物-活性成分-相關(guān)靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖

    將所得的藥物及其活性成分、相關(guān)靶點(diǎn),導(dǎo)入Cytoscape3.8.0軟件中,進(jìn)行“藥物-活性成分-相關(guān)靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建。

    4 獲取藥物與疾病的交集靶點(diǎn)

    將所得的藥物與疾病靶點(diǎn)蛋白數(shù)據(jù),輸至Bioinformatics(https://bioinformatics.com.cn/)中,得藥物與疾病的交集靶點(diǎn)。

    5 構(gòu)建“蛋白與蛋白相互作用(PPI)”網(wǎng)絡(luò)圖

    將所得“交集靶點(diǎn)”,導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫(https://cn.string-db.org/),得到蛋白互作結(jié)果。所得的蛋白互作結(jié)果以“tsv”格式導(dǎo)入Cytoscape3.8.0軟件中,構(gòu)建PPI可視化網(wǎng)絡(luò)圖。

    6 GO富集分析及KEGG通路分析

    通過DAVID數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/),對“交集靶點(diǎn)”,進(jìn)行生物過程(BP )、細(xì)胞組成(CC)、分子功能 ( MF)及KEGG通路的分析。取GO富集分析中BP、CC、MF前10個(gè)數(shù)據(jù)結(jié)果和KEGG通路分析前20個(gè)數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)可視化展示。

    7 核心藥物活性成分與核心靶點(diǎn)分子對接驗(yàn)證

    從PubChem數(shù)據(jù)庫(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)中獲得藥物活性成分的2D分子結(jié)構(gòu),Chem3D軟件中優(yōu)化成3D結(jié)構(gòu),作為配體;用Pymol軟件對核心靶點(diǎn)進(jìn)行去水、去殘積等處理,作為受體。用Autodock tools與Autodock Vina對核心藥物活性成分與核心靶點(diǎn)進(jìn)行分子對接驗(yàn)證,并計(jì)算出對應(yīng)的結(jié)合能值。最后,用Pymol軟件對結(jié)合能值排名前6的進(jìn)行可視化展示。

    結(jié)果

    1 坤泰膠囊藥物活性成分及相關(guān)靶點(diǎn)

    在TCMSP與BATMAN-TCM數(shù)據(jù)庫中檢索,得到黃芩36個(gè)、茯苓15個(gè)、黃連14個(gè)、白芍13個(gè)、熟地黃2個(gè)及阿膠3個(gè)。最后將所得的藥物活性成分進(jìn)行去重,共88個(gè)藥物活性成分納入研究范圍。該88個(gè)藥物活性成分共得到219個(gè)藥物相關(guān)靶點(diǎn),在Uniport數(shù)據(jù)庫中對219個(gè)藥物相關(guān)靶點(diǎn)進(jìn)行蛋白名稱的標(biāo)準(zhǔn)化處理。

    2 POF疾病靶點(diǎn)的獲取結(jié)果

    在GeneCards數(shù)據(jù)庫以“Relevance score>3.76”作為篩選標(biāo)準(zhǔn),獲疾病靶點(diǎn)5081個(gè),篩選出2543個(gè)與疾病緊密相關(guān)的靶點(diǎn)。OMIM數(shù)據(jù)庫所獲得的疾病靶點(diǎn)491個(gè),將兩數(shù)據(jù)庫所得的靶點(diǎn)進(jìn)行合并去重,最終得到疾病靶點(diǎn)2947個(gè)。

    3 “藥物-活性成分-相關(guān)靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖

    利用Cytoscape3.8.0軟件構(gòu)建“藥物-活性成分-相關(guān)靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖,包括290個(gè)節(jié)點(diǎn)和959條邊,見圖1,利用軟件中“Network Analyzer”插件,進(jìn)行拓?fù)鋮?shù)分析,取度值排名前7的藥物活性成分作為坤泰膠囊的關(guān)鍵成分,見表1。

    表1 關(guān)鍵藥物有效成分基本信息

    圖1 “藥物-活性成分-相關(guān)靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖

    4 藥物與疾病的交集靶點(diǎn)

    通過Bioinformatics平臺,得到153個(gè)交集靶點(diǎn),包括PTGS2、PTGS1、NOS1、PGR、NR3C2、TNF、IL6、CD14、LBP、PIK3CG等。交集靶點(diǎn)韋恩圖見圖2。

    圖2 坤泰膠囊治療POF的共同靶點(diǎn)韋恩圖

    5 “蛋白與蛋白相互作用(PPI)”網(wǎng)絡(luò)圖

    經(jīng)STRING數(shù)據(jù)庫得PPI網(wǎng)絡(luò)圖,以“tsv”格式導(dǎo)入Cytoscape3.8.0軟件中,進(jìn)行可視化展示,用CytoNCA插件對網(wǎng)絡(luò)圖進(jìn)行拓?fù)浞治?,篩選出均滿足數(shù)值大于介數(shù)中心性(BC)、接近中心性(CC)、度中心性(DC)、特征向量中心性(EC)中位數(shù)前10的節(jié)點(diǎn)為核心靶點(diǎn),這些核心靶點(diǎn)可能是坤泰膠囊治療POF的關(guān)鍵靶點(diǎn),見圖3與表2。

    表2 核心靶點(diǎn)的拓?fù)浞治鼋Y(jié)果

    圖3 “蛋白與蛋白相互作用”網(wǎng)絡(luò)圖

    圖4 坤泰膠囊對POF作用靶點(diǎn)的GO富集分析圖

    圖5 坤泰膠囊對POF KEGG通路分析圖

    6 GO富集分析及KEGG通路分析

    GO富集分析檢索到1012個(gè)條目,分別選富集靶點(diǎn)排名前10的進(jìn)行可視化。BP得778個(gè)條目,包括雌二醇的反應(yīng)、缺氧的反應(yīng)等;CC得84個(gè)條目,包括膜筏、細(xì)胞外、細(xì)胞液等;MF得150個(gè)條目,涉及酶結(jié)合、蛋白結(jié)合、相同的蛋白結(jié)合等。KEGG通路分析檢索到169條通路,選富集前20的通路進(jìn)行可視化,見圖6,其主要涉及癌癥通路、IL-17信號通路、TNF信號通路等信號通路。

    圖6 分子對接結(jié)果可視化

    7 核心藥物活性成分與核心靶點(diǎn)分子對接驗(yàn)證

    選前5的核心藥物活性成分與前8的核心靶點(diǎn)進(jìn)行分子對接驗(yàn)證,對接的結(jié)合能信息表見表3。結(jié)合能信息表均<-5.0 kcal/mol,體現(xiàn)了分子對接的配體與受體能穩(wěn)定的結(jié)合,表明了坤泰膠囊的核心藥物活性成分能很好的與預(yù)測的核心靶點(diǎn)結(jié)合在一起。對結(jié)合能值排名前6的分子對接結(jié)果進(jìn)行可視化展示,見圖6。

    表3 坤泰膠囊核心活性成分與核心靶點(diǎn)的分子對接結(jié)果

    討論

    本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法對坤泰膠囊治療POF的藥物及潛在靶點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測,從而證實(shí)坤泰膠囊對POF起到治療作用,揭示了坤泰膠囊通過多成分、多靶點(diǎn)、多通路對POF的作用機(jī)制。

    “藥物-活性成分-相關(guān)靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖,按拓?fù)浞治鲋卸戎祬?shù)篩選出槲皮素、β-谷固醇、山萘酚、豆甾醇、黃芩素、黃芩苷作為坤泰膠囊治療POF的核心藥物成分。槲皮素、β-谷固醇與豆甾醇均有抗衰老、抗抑郁、抗氧化等藥理活性[5-6],均能調(diào)控 PI3K/Akt信號通路,對卵巢起到抗氧化、抗細(xì)胞衰老等作用進(jìn)而減慢或抑制卵巢細(xì)胞的衰老過程,促進(jìn)卵巢各級卵泡的生長發(fā)育[7-8],使顆粒細(xì)胞繁殖,抑制細(xì)胞凋亡,保持卵巢功能的活性[9-10],從而發(fā)揮對卵巢功能的調(diào)節(jié)作用[11-12]。研究發(fā)現(xiàn),山萘酚在一定程度上能改善癌SKOV-3細(xì)胞在體外的增殖,使卵巢癌細(xì)胞凋亡,恢復(fù)卵巢的再生功能[13-14]。黃芩素與黃芩苷均屬黃酮類化合物,有抗氧化、抗抑郁、抗腫瘤等藥理作用[15],有實(shí)驗(yàn)證明,二者能提高抗氧化酶的濃度,抑制小鼠卵巢組織細(xì)胞損害的程度,從而對卵巢組織起到保護(hù)作用[16-17]。

    通過PPI網(wǎng)絡(luò)圖進(jìn)行CytoNCA拓?fù)浞治?,發(fā)現(xiàn)坤泰膠囊能通過TP53、AKT1、MAPK1、TNF、IL6等核心靶點(diǎn)對POF發(fā)揮治療作用。TP53能通過刺激ASK1信號通路使卵巢顆粒細(xì)胞增殖和凋亡,促使卵巢卵泡的產(chǎn)生和發(fā)育,減輕卵巢早衰的癥狀[18-19]。AKT1能激活卵巢組織內(nèi)自噬細(xì)胞從而抑制卵巢的衰老,延長卵巢細(xì)胞壽命,反映了AKT1基因蛋白影響POF的進(jìn)展[20]。TNF與IL6均屬炎性因子,而POF的發(fā)生常常與炎性因子密切相關(guān)[21];刁瑞英等人通過臨床觀察發(fā)現(xiàn),POF患者血清中TNF、IL6等炎性因子水平偏高,用坤泰膠囊治療POF患者,能通過調(diào)節(jié)TNF與IL6等炎癥因子來改善自身免疫紊亂,調(diào)節(jié)患者內(nèi)分泌系統(tǒng),起到改善卵巢中卵泡的功能[22]。

    通過GO富集分析和KEGG信號通路分析,證實(shí)坤泰膠囊能通過參與多種生物過程及調(diào)控多條信號通路對POF的進(jìn)展發(fā)揮作用。KEGG信號通路分析結(jié)果中PI3K-Akt、TNF及IL-17等信號通路與POF緊密聯(lián)系,PI3K-Akt信號通路參與卵巢卵母細(xì)胞的生長、原始細(xì)胞的發(fā)育及顆粒細(xì)胞增殖與分化等過程,在卵泡的生長發(fā)育與卵巢損傷的恢復(fù)起到關(guān)鍵調(diào)節(jié)作用[23-24]。實(shí)驗(yàn)證明,坤泰膠囊能調(diào)節(jié)小鼠體內(nèi)的激素水平,下調(diào)Fasl蛋白與上調(diào)TNF蛋的mRAN的表達(dá),從而促使卵巢功能得到修復(fù),起到保護(hù)卵巢的作用[25-26]。IL-17信號通路屬于炎癥通路,坤泰膠囊聯(lián)合激素貫序療法能通過IL-17信號通路及調(diào)控Th17細(xì)胞平衡,對POF起到治療作用[27-28]。由此可知,坤泰膠囊可通過多條通路途徑改善卵巢早衰患者的卵巢功能變化,從而維持卵巢的生理功能。分子對接結(jié)果表明,坤泰膠囊的核心藥物活性成分與核心靶點(diǎn)的平均結(jié)合能為-9.01kcal/mol,該結(jié)果證實(shí)了坤泰膠囊的藥物活性成分能與核心靶點(diǎn)蛋白有較強(qiáng)的結(jié)合能力,揭示了主要藥物活性成分對核心靶點(diǎn)蛋白有一定的激活或抑制作用,坤泰膠囊從而起到對POF起的治療作用。

    綜上所述,坤泰膠囊治療卵巢早衰能通過相關(guān)藥物活性成分、核心靶點(diǎn)及相關(guān)通路對改善卵巢功能、延長卵巢細(xì)胞壽命、減輕卵巢早衰癥狀、調(diào)節(jié)體內(nèi)激素水平等起到一定的作用。本文闡明了坤泰膠囊治療卵巢早衰的藥理作用機(jī)制,不足之處在于缺少實(shí)驗(yàn)的驗(yàn)證,但本文能為臨床研究、實(shí)驗(yàn)研究以及中藥的開發(fā)提供一些新思路。

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