南海所完成首次紫海膽全基因組測序和組裝
2024-01-01 00:00:00
水產(chǎn)科技情報 2024年5期
近日，中國水產(chǎn)科學研究院南海水產(chǎn)研究所創(chuàng)新團隊成功完成了紫海膽的全基因組測序，首次構(gòu)建了紫海膽的染色體基因組圖譜。相關研究成果發(fā)表在Scientific data上。
紫海膽是一種亞熱帶重要的海洋高值經(jīng)濟棘皮動物，分布于我國東南部沿海，國外僅分布于日本南部沿海。受棲息地衰退、過度捕撈、氣候變化等因素影響，紫海膽自然資源日漸衰退。揭示紫海膽基因組信息可以推動紫海膽人工繁育技術的進步，促進紫海膽增養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。該論文采用Illumina二代、PacBio三代結(jié)合Hi-C測序技術，首次構(gòu)建了紫海膽的染色體基因組圖譜，紫海膽基因組大小為891.02 Mb，contig N50和scaffold N50長度分別為0.81 Mb和37.61 Mb。紫海膽約99.52%的基因組序列錨定到21條染色體上，共注釋到28 966個蛋白質(zhì)編碼基因，94.58%的基因可以注釋到NR、GO、KEGG等數(shù)據(jù)庫中；對非編碼RNA注釋，共預測得到8 855個tRNA，602個rRNA，86個miRNA；對假基因注釋，得到183個假基因。該研究可為紫海膽分子標記開發(fā)、基因定位與挖掘、全基因組水平的分子輔助育種等奠定重要基礎。
該研究工作得到了國家自然科學基金（32160863）、中國水產(chǎn)科學研究院南海水產(chǎn)研究所所級基本科研業(yè)務費（2023XK01）、三亞崖洲灣科技城項目（SKJC-2022-PTDX-014）的支持。
（來源：南海水產(chǎn)研究所）
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