新疆褐牛PPARγ、MYF5和AGPAT5基因SNP突變與體尺性狀的關(guān)聯(lián)分析

韓麗云,李艷艷,馬 云,虎紅紅,康小龍,郭殿芝,史遠(yuǎn)剛

(1.寧夏大學(xué)農(nóng)學(xué)院,銀川 750021;2.寧夏農(nóng)墾賀蘭山奶業(yè)有限公司,銀川 750021)

0 引 言

【研究意義】新疆褐牛是我國(guó)自主培育的乳肉兼用型地方牛種,具有耐寒耐熱的特性,分布于我國(guó)新疆伊犁、阿勒泰、塔城、昌吉、哈密和南疆等地。研究新疆褐牛體尺性狀基因,關(guān)聯(lián)關(guān)系對(duì)新疆褐牛的育種有實(shí)際意義。【前人研究進(jìn)展】過氧化物酶體增殖物激活受體(PPARs)家族是一系列轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子的總稱,在脂質(zhì)代謝、胰島素信號(hào)通路、葡萄糖代謝和脂肪細(xì)胞分化過程中發(fā)揮著重要作用[1]。PPARs涵蓋了三種亞型,包括PPARα、PPARβ/δ和PPARγ;其中,PPARγ是一種多功能的蛋白質(zhì),具有脂肪專一性[2],保障脂肪組織能量始終處于穩(wěn)定狀態(tài),并調(diào)控多種基因表達(dá),參與脂肪細(xì)胞分化和脂代謝[3]。MYF5屬于MRFs(Myogenic factors)轉(zhuǎn)錄因子家族,MRFs家族包括MyoD、MyoG、MYF5和MYF6[4],MRFs家族成員均含有螺旋-環(huán)-螺旋結(jié)構(gòu)域結(jié)構(gòu),可以識(shí)別并結(jié)合E-box[5]。MYF5蛋白在哺乳動(dòng)物中高度保守,是調(diào)節(jié)骨骼肌前體分化的轉(zhuǎn)錄因子級(jí)聯(lián)中的第一個(gè),在骨骼肌生長(zhǎng)、發(fā)育分化[6]中發(fā)揮重要作用,可以影響畜禽的產(chǎn)肉[7]、肉質(zhì)和風(fēng)味[8]等。磷酸甘油酰基轉(zhuǎn)移酶(1-acylglycerol-3-phosphate-O-acyltransferase,AGPAT)可以有效優(yōu)化三酰甘油,進(jìn)而促進(jìn)合成,屬于重要的關(guān)鍵酶[9,10]?！颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】目前共發(fā)現(xiàn)11種AGPAT的亞型;除擬南芥外,AGPAT在所有物種中都具有高度的保守性[11]。AGPAT與牛的出欄重、宰前重、胴體重和凈肉重均存在顯著相關(guān)[12],參與脂肪酸氧化、生物合成和脂肪儲(chǔ)存等[13]。需研究鑒定與牛體尺性狀相關(guān)的基因。【擬解決的關(guān)鍵問題】篩選PPARγ、MYF5和AGPAT5基因的6個(gè)SNP位點(diǎn),在褐牛群體中進(jìn)行基因型分型,并進(jìn)行SNP水平和單倍型水平的關(guān)聯(lián)分析及生物信息學(xué)分析,研究基因PPARγ、MYF5和AGPAT5與牛性狀的關(guān)系,為新疆褐牛的分子育種提供標(biāo)記信息。

1 材料與方法

1.1 材 料

試驗(yàn)群體由54頭新疆褐牛公牛和45頭新疆褐牛閹牛組成,試驗(yàn)牛均飼養(yǎng)在新疆塔城地區(qū)。試驗(yàn)牛12月齡時(shí),采集每頭試驗(yàn)牛的尾根靜脈血樣10 mL,隨后將樣本置于-20℃條件下保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2 方 法

1.2.1 測(cè) 量

試驗(yàn)牛10～16月齡間,測(cè)量每頭試驗(yàn)?？崭?fàn)顟B(tài)下的十字部高、胸寬、胸圍、體長(zhǎng)和體重等性狀[14]。

1.2.2 血液DNA提取

使用DNA試劑盒提取試驗(yàn)牛的基因組DNA,采用Nanodrop-2000型核酸分析儀檢測(cè)DNA樣品的純度和濃度。

1.2.3 引物設(shè)計(jì)

利用NCBI網(wǎng)站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)得到牛PPARγ,MYF5和AGPAT5的基因序列,并采用PremierPrimer5.0和Oligo6.0軟件對(duì)基因的目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行引物設(shè)計(jì),引物由武漢華聯(lián)科生物技術(shù)有限公司合成。表1

表1 引物序列

1.2.4MYF5、PPARγ和AGPAT5目標(biāo)片段擴(kuò)增及測(cè)序

1.2.5 PCR產(chǎn)物酶切處理

采用1.5%凝膠將4μL PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行凝膠電泳(80V條件下電泳30 min),37℃完成水浴處理,時(shí)間為16 h。在PCR中完成擴(kuò)增處理,其質(zhì)量為8.0 μL。在限制性條件下,完成內(nèi)切酶0.5 μL的處理,以及配置10×New EnglandBiolabs公司酶緩沖液,體積為2.0 μL,最后配置9.5 μL的雙蒸水。

取8 μL酶切產(chǎn)物用2%凝膠進(jìn)行凝膠電泳,80V條件下電泳15 min,在120V環(huán)境中完成電泳處理,時(shí)間為15 min,通過凝膠成像儀完成觀察,并且將最終的結(jié)果實(shí)施測(cè)序處理。

1.3 數(shù)據(jù)處理

通過DNAMAN、Chromas進(jìn)行序列的比對(duì)分析,并且使用PIC軟件PIC,基因型頻率等。使用SAS 8.0軟件單因素方差分析相關(guān)性。

使用RNA fold web server網(wǎng)站預(yù)測(cè)mRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu),使用PredictProtein軟件確定蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)。對(duì)于染色體的定位,使用MapGene2Chromosome v2完成預(yù)期判斷?；赟NP的連鎖不平衡情況,使用Haploview4.2構(gòu)建單倍型。

2 結(jié)果與分析

2.1 新疆褐牛PPARγ、MYF5和AGPAT5基因部分外顯子與內(nèi)含子擴(kuò)增

研究表明,目標(biāo)基因PPARγ、MYF5和AGPAT5的6個(gè)片段擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度與目的基因大小相符,特異性良好。圖1

注:M代表Marker,P1代表PPARγ-exon7,P2表示PPARγ-intron2,P3表示MYF5-exon1,P4表示MYF5-intron1,P5表示AGPAT5-exon7,P6表示AGPAT5-intron3。

2.2 PPARγ基因PCR-RFLP分析

2.2.1 PPARγ-exon7突變

研究表明,PPARγ-exon7的擴(kuò)增片段大小為417 bp,經(jīng)酶切分型發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)存在2種基因型,即AA型和AB型,并將為SNP1。exon7-74 bp存在突變,測(cè)序和酶切分型的結(jié)果可以互相印證。圖2,圖3

圖2 PPARγ-exon7-74測(cè)序結(jié)果

圖3 PPARγ-extron7的PCR-RFLP電泳結(jié)果

2.2.2 PPARγ-intron2突變

研究表明,PPARγ-intron2的擴(kuò)增片段大小為1 090 bp,經(jīng)酶切分型發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)存在3種基因型,即AA型、AB型和BB型,并將為SNP2。PPARγ-intron2存在2個(gè)突變位點(diǎn),分別在intron2-133 bp(G/C)和intron2-170 bp(C/T),測(cè)序與酶切分型的結(jié)果可以互相印證。圖4,圖5

圖4 PPARγ-intron2的測(cè)序結(jié)果

圖5 PPARγ-intron2的PCR-RFLP電泳結(jié)果

2.3 MYF5基因PCR-RFLP分析

2.3.1 MYF5-exon1突變

研究表明,MYF5-exon1擴(kuò)增片段大小為666 bp,經(jīng)酶切分型發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)存在2種基因型,即AA型和AB型,并將為SNP3。MYF5-exon1存在1個(gè)突變位點(diǎn),為exon1-236 bp(T/C)。測(cè)序結(jié)果與酶切的分型結(jié)果一致。圖6,圖7

圖6 MYF5-外顯子1的測(cè)序結(jié)果

圖7 MYF5-外顯子1的PCR-RFLP電泳結(jié)果

2.3.2 MYF5-intron1突變

研究表明,MYF5-intron1擴(kuò)增片段大小為897 bp,突變位點(diǎn)存在2種基因型,即AA型和AB型,并將此處定為SNP4。MYF5-intron1存在1個(gè)突變位點(diǎn),為intron1-633 bp(A/G)。測(cè)序結(jié)果與酶切的分型結(jié)果一致。圖8、圖9

圖8 MYF5-內(nèi)含子1的測(cè)序結(jié)果

圖9 MYF5-內(nèi)含子1的PCR-RFLP電泳結(jié)果

2.4 AGPAT5基因PCR-RFLP分析

2.4.1 AGPAT5-intron3突變

研究表明,AGPAT5-intron3擴(kuò)增片段大小為997 bp,經(jīng)酶切分型發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)存在3種基因型,即AA型、AB型和BB型,并將定為SNP5。AGPAT5-intron3存在3個(gè)突變位點(diǎn),分別為intron3-501 bp(G/C)、intron3-515 bp(G/T)和intron3-550 bp(G/T)。測(cè)序結(jié)果與酶切的分型結(jié)果一致。圖10、圖11

圖10 AGPAT5-內(nèi)含子3的測(cè)序結(jié)果

圖11 AGPAT5-內(nèi)含子3的PCR-RFLP電泳結(jié)果

2.4.2 AGPAT5-exon7突變

研究表明,AGPAT5-exon7擴(kuò)增片段大小為724 bp,經(jīng)突變位點(diǎn)存在3種基因型,即AA型、AB型和BB型,并將為SNP6。AGPAT5-exon7存在2個(gè)突變位點(diǎn),分別為AGPAT5-exon7-72 bp(G/A)和AGPAT5-exon7-97 bp(A/G)。測(cè)序結(jié)果與酶切的分型結(jié)果一致。圖12、圖13

圖12 AGPAT5-外顯子7的測(cè)序結(jié)果

圖13 AGPAT5-外顯子7的PCR-RFLP電泳結(jié)果

2.5 基因型頻率、2檢驗(yàn)以及等位基因頻率

研究表明,6個(gè)SNP位點(diǎn)中,共有4個(gè)SNP位點(diǎn)處于哈代-溫伯格平衡(P> 0.05)SNP4和SNP6偏離了哈代-溫伯格平衡(P< 0.05)。在SNP1、SNP2、SNP3和SNP6中,AA型為優(yōu)勢(shì)基因型,基因型頻率分別為0.85、0.51、0.96和0.73;AB優(yōu)勢(shì)基因型,基因頻率分別為0.760.55。位點(diǎn)SNP1、SNP3的PIC小于0.25,為低度多態(tài);位點(diǎn)SNP2、SNP4、SNP5和SNP6的PIC值處于0.25～0.5,為中度多態(tài)。表2

表2 6個(gè)SNPs位點(diǎn)基因頻率、基因型頻率以及檢驗(yàn)

2.6 突變位點(diǎn)與體尺性狀關(guān)聯(lián)性

研究表明,SNP1位點(diǎn)不同基因型的個(gè)體之間,胸圍和體重有極顯著差異(P<0.01),AA型個(gè)體的胸圍和體重均極顯著低于AB型(P< 0.01)。SNP2位點(diǎn)不同基因型的個(gè)體之間,體重存在極顯著差異,AB型個(gè)體的體重極顯著高于AA和BB型個(gè)體(P< 0.01)。SNP3沒有顯著差異。SNP4位點(diǎn)中,不同基因型的個(gè)體之間,胸寬有顯著差異,AA型個(gè)體胸寬顯著低于AB型個(gè)體。SNP5位點(diǎn)不同基因型的個(gè)體之間,體長(zhǎng)、胸圍、胸寬體重有顯著差異,AB型個(gè)體體長(zhǎng)顯著低于BB型個(gè)體(P<0.05),AA和AB型個(gè)體胸圍、胸寬體重顯著高于BB型個(gè)體(P<0.01)。SNP6位點(diǎn)中,不同基因型之間,胸圍、胸寬均有顯著差異,AA型和AB型個(gè)體胸圍顯著高于BB型個(gè)體(P<0.01),AA和BB型個(gè)體胸寬極顯著低于AB型個(gè)體(P<0.01)。表3

表3 目標(biāo)基因6個(gè)SNPs位點(diǎn)與體尺性狀的關(guān)聯(lián)(最小二乘均值±標(biāo)準(zhǔn)誤)

2.7 與體尺性狀

2.7.1 PPARγ-exon7(74)-intron2(133、170)

研究表明,基于連鎖不平衡,PPARγ-exon7(74)-intron2(133、170)構(gòu)建了一個(gè)單倍型塊,共包含5種單倍型,GGC為優(yōu)勢(shì)單倍型(0.417 7)。該單倍型塊對(duì)胸寬和十字步高分別有極顯著(P<0.01)和顯著(P<0.05)的影響。GCT型個(gè)體的胸寬極顯著小于GCC、GGT和TCT型(P<0.01),顯著小于GGC型個(gè)體(P<0.05);TCT型個(gè)體的十字部高顯著低于GCT和GCC型(P<0.05)。表4

表4 PPARγ-exon7(74)-intron2(133、170)與體尺性狀的關(guān)聯(lián)(最小二乘均值±標(biāo)準(zhǔn)誤)

2.7.2 MYF5-exon1(236)-intron1(633)分析

研究表明,基于連鎖不平衡,MYF5-exon1(236)-intron1(633)構(gòu)建了一個(gè)單倍型塊,共包含3種單倍型,TG為優(yōu)勢(shì)單倍型(0.725 2)。該單倍型塊對(duì)體長(zhǎng)和胸寬有顯著影響(P<0.05)對(duì)胸圍、十字部高和體重有極顯著影響(P<0.01)。CG型個(gè)體的體長(zhǎng)顯著高于TG型(P<0.05),胸圍和體重極顯著高于TA和TG型個(gè)體(P<0.01),TA型個(gè)體的胸寬和十字部高分別顯著(P<0.05)和極顯著(P<0.01)低于TG型個(gè)體。表5

表5 MYF5-exon1(236)-intron1(633)與體尺性狀的關(guān)聯(lián)(最小二乘均值±標(biāo)準(zhǔn)誤)

2.7.3 AGPAT5-exon7(72、97)-intron3(501、515、550)

研究表明,基于連鎖不平衡,AGPAT5-exon7(72、97)-intron3(501、515、550)構(gòu)建了一個(gè)單倍型塊,共包含6種單倍型,GTCTT為優(yōu)勢(shì)單倍型(0.390 6)。AGCTT型個(gè)體的體長(zhǎng)極顯著低于AAGGG、ATGGG、GGGGG、GTGGG型(P<0.01),而AAGGG型個(gè)體的體長(zhǎng)顯著高于ATGGG、GGGGG、GTCTT、GTGGG型(P<0.05)。AGCTT型個(gè)體的胸圍極顯著低于其他單倍型(P<0.01),GGGGG型個(gè)體顯著低于GTGGG型(P< 0.05)。AGCTT單倍型個(gè)體的胸寬極顯著低于AAGGG、ATGGG、GGGGG、GTCTT型(P< 0.01),而GGGGG、GTCTT型個(gè)體顯著低于GTGGG型(P< 0.05)。AAGGG和ATGGG型個(gè)體的十字部高極顯著低于其他單倍型(P< 0.01)。而AGCTT型個(gè)體的體重極顯著低于AAGGGATGGGGGGGGGTCTT和GTGGG型(P< 0.01),GGGGGGTCTT型個(gè)體的體重極顯著低于AAGGG、ATGGG和GTGGG型(P<0.01)。表6

表6 AGPAT5-exon7(72、97)-intron3(501、515、550)與體尺性狀的關(guān)聯(lián)(最小二乘均值±標(biāo)準(zhǔn)誤)

2.8 PPARγ、MYF5和AGPAT5基因突變位點(diǎn)的生物信息學(xué)

2.8.1 mRNA 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析

研究表明,運(yùn)用在線軟件預(yù)測(cè)參考序列和PPARγ-exon7(G74T)、MYF5-exon1(T236C)、AGPAT5-exon7(G72A)等3個(gè) SNP 位點(diǎn)的mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu),參照未發(fā)生突變的參考序列,PPARγ-exon7(G74T)和AGPAT5-exon7(G72A)均會(huì)導(dǎo)致mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,使得RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)自由能發(fā)生變化,PPARγ外顯子7的G74T突變使RNA 二級(jí)結(jié)構(gòu)自由能由-56.00 kcal/mol增加到-53.30 kcal/mol,AGPAT5外顯子7的G72A突變使RNA 二級(jí)結(jié)構(gòu)自由能由-10.80 kcal/mol增加到-10.10 kcal/mol,均降低了mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性。圖14

圖14 PPARγ-exon7和AGPAT5-exon7 SNP位點(diǎn)突變前后RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)對(duì)比

2.8.2 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

研究表明,牛PPARγ基因外顯子7和AGPAT5外顯子7的2個(gè)SNP位點(diǎn)均為錯(cuò)義突變,造成了氨基酸改變,但是突變前后蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)相同;MYF5外顯子1的SNP位點(diǎn)突變?yōu)橥x突變,氨基酸和蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)均未改變。

3 討 論

3.1 基因型頻率分析

針對(duì)PPARγ、MYF5、AGPAT5這3個(gè)基因的6個(gè)突變位點(diǎn)進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn),AA型在SNP1、2、3、6中屬于優(yōu)勢(shì)基因,SNP4和SNP5的優(yōu)勢(shì)基因型為AB型,其中SNP1、SNP3的多態(tài)信息含量小于0.25,是低度多態(tài)的狀態(tài),而且SNP2、4、5、6是中度多態(tài),新疆褐牛群體在6個(gè)突變位點(diǎn)選擇潛力較大。群體遺傳學(xué)χ2檢驗(yàn)表明,新疆褐牛群體中PPARγMYF5和AGPAT5基因4個(gè)SNP的基因型頻率處于哈代-溫伯格平衡狀態(tài),2個(gè)SNP的基因頻率處于哈代-溫伯格不平衡狀態(tài),因?yàn)樾陆峙Ｔ陂L(zhǎng)期的選育過程中受到環(huán)境、人工選育等的影響,使群體遺傳結(jié)構(gòu)發(fā)生改變。動(dòng)物表型并不僅僅會(huì)受到SNPs的影響[15]。在PPARγ-exon7(74)-intron2(133、170)中,屬于優(yōu)勢(shì)單倍型MYF5-exon1(236)-intron1(633)優(yōu)勢(shì)單倍型而AGPAT5-exon7(72、97)-intron3(501、515、550)TCTT為優(yōu)勢(shì)單倍型。

3.2 PPARγ-exon7和intron2的SNP突變與體型性狀關(guān)聯(lián)

PPARγ一直被作為許多物種肉質(zhì)和生長(zhǎng)性狀的研究候選基因[16,17]。李麗等[18]以紹興鴨為研究材料,在PPARγ基因的8169 bp(A>C)處檢測(cè)到個(gè)多態(tài)位點(diǎn),其中AC型個(gè)體在8周齡時(shí)的體重顯著高于CC型,53周齡時(shí)脛圍顯著高于AA型。對(duì)肉雞進(jìn)行研究,在PPARγ5’端調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)[19]4個(gè)突變位點(diǎn),其中C1590272T和C1592257T分別與胸肌肌內(nèi)脂肪和腹脂率顯著。紀(jì)永吉[20]發(fā)現(xiàn)在牦牛PPARγ的第5外顯子87 362 bp處存在TC突變,該SNP與牦牛生長(zhǎng)性狀顯著關(guān)聯(lián)。孫太紅[21]對(duì)我國(guó)的6個(gè)肉牛品種研究,PPARγ的2和7上3個(gè)SNP,生長(zhǎng)和肉質(zhì)性狀均有影響與研究的結(jié)果并不完全一致。研究發(fā)現(xiàn),PPARγ基因7第74 bp(G/T)存在突變(SNP1),在2的133bp(G/C)和170bp(C/T)處存在突變(SNP2)。對(duì)于胸圍體重,SNP1位點(diǎn)之中的AA型小于AB型。在SNP2中,體重AA型大于BB型。PPARγ突變位點(diǎn)SNP1和SNP2可作為新疆褐牛。

3.3 MYF5-exon1和intron1的SNP突變與體型性狀關(guān)聯(lián)性

MYF5突變影響牛、羊和豬等屠宰后的肉品質(zhì),而MYF5基因突變對(duì)牛生長(zhǎng)性能的。Liu等[22]研究發(fā)現(xiàn),豬MYF5外顯子2上的突變與背最長(zhǎng)肌pH存在顯著關(guān)聯(lián),具有重要的育種價(jià)值。Zhao等[23]發(fā)現(xiàn),第3內(nèi)含子g.5785C>T和g.6535A>G的突變與秦川牛體長(zhǎng)和胸圍呈負(fù)相關(guān)。此外,Hua等[24]以四川大恒肉雞為研究對(duì)象,發(fā)現(xiàn)MYF5外顯子1約有2個(gè)SNP(87T>C和96C>T),MYF5SNP(87T>C)與活重、胴體重、半凈膛重和全凈膛重顯著相關(guān)。姚毅等[25]MYF5與生長(zhǎng)性狀的相關(guān)性發(fā)現(xiàn),試驗(yàn)羊MYF5基因第1外顯子第328位發(fā)生AC突變,該突變與試驗(yàn)羊的體重管圍和體長(zhǎng)顯著相關(guān)。研究發(fā)現(xiàn)MYF5基因236 bp(T/C)處發(fā)生突變(SNP3),MYF5基因在SNP4的位置上出現(xiàn)了突變?cè)赟NP3中,AA型小于AB型。

3.4 AGPA5 intron5和extron7的SNP突變與體型性狀關(guān)聯(lián)性

在AGPAT5的3 501 bp(G/C)、515 bp(G/T)和550 bp(G/T)處存在3個(gè)突變位點(diǎn)(SNP5),在其外顯子7中存在2個(gè)突變位點(diǎn)(SNP6),SNP5位點(diǎn)AB型體長(zhǎng)顯著高于BB型對(duì)于胸圍、胸寬體重,BB型小于其他。AB型個(gè)體體重要超過其他兩種類型。SNP6位點(diǎn)中的BB型個(gè)體胸圍低于另外兩種類型。AA型個(gè)體十字部高大于BB型,AB型個(gè)體胸寬和體重要超過其他兩種類型。這與衛(wèi)喜民[26]在6個(gè)肉牛品種中AGPAT5-intron3的突變位點(diǎn)不一致,雖然突變位點(diǎn)不一致,但是突變位點(diǎn)均與不同品種牛的生長(zhǎng)性狀存在關(guān)聯(lián),可能是該基因在不同品種中存在較多的多態(tài)性。

3.5 生物信息學(xué)預(yù)測(cè)

對(duì)PPARγMYF5和AGPAT5 基因外顯子突變位點(diǎn)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,PPARγ基因74 bp發(fā)生G/T突變,AGPAT基因 72 bp(G/A)和97 bp(A/G)發(fā)生突變,均引起了氨基酸發(fā)生改變,是錯(cuò)義突變。通過分析蛋白結(jié)構(gòu),蛋白結(jié)構(gòu)PPARγ-exon7(G74T)和AGPAT5-exon7(G72A)均導(dǎo)致 mRNA 二級(jí)結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,同時(shí)自由能因此個(gè)SNP突變可能會(huì)引起其結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性發(fā)生改變,也可能對(duì)相應(yīng)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能具有影響。新疆褐牛PPARγMYF5和AGPAT5基因功能。

4 結(jié) 論

基因PPARγ、MYF5和AGPAT5與牛體長(zhǎng)、胸圍、胸寬、十字步高和體重性狀存在顯著關(guān)聯(lián),生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)PPARγ基因外顯子1和AGPAT5基因外顯子7的2個(gè)SNP位點(diǎn)為錯(cuò)義突變,會(huì)造成氨基酸改變,并改變mRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)。研究確定了基因PPARγ、MYF5和AGPAT5與牛體尺性狀的關(guān)系。