產(chǎn)酸克雷伯菌核心基因組多位點(diǎn)序列分型方案

陳勝林,康雨童,梁一赫,徐 帥,邱小彤,李 芳,劉雪萍,李振軍

產(chǎn)酸克雷伯菌 (Klebsiellaoxytoca) 是重要的機(jī)會(huì)性致病菌和醫(yī)院獲得性感染的重要病原體[1-4],嚴(yán)重時(shí)可導(dǎo)致抗生素相關(guān)性出血性結(jié)腸炎[5]。由耐碳青霉烯類腸桿菌科 (carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE) 成員產(chǎn)酸克雷伯菌引起的尿路感染對(duì)伴有合并癥的、免疫功能低下的患者來說可能是致命的[6]。此外,Singh L等[7]的研究顯示,產(chǎn)酸克雷伯菌對(duì)亞胺培南和美羅培南的耐藥率為85%。作為重要的CRE菌株,西班牙的一項(xiàng)研究顯示,CRE的產(chǎn)酸克雷伯菌的出現(xiàn)主要是由于產(chǎn)VIM-1和OXA-48的分離株的傳播[8],而攜帶這些高風(fēng)險(xiǎn)的克隆復(fù)合群通常是重要的公共衛(wèi)生威脅[1,5,8]。因此,對(duì)產(chǎn)酸克雷伯菌進(jìn)行高效的基因組分型及識(shí)別一些潛在風(fēng)險(xiǎn)的克隆群 (clonal groups,CGs) 非常重要。

序列分型對(duì)于評(píng)估流行病學(xué)關(guān)聯(lián)和確定暴發(fā)期間可能的傳染源非常重要。目前,主要采用脈沖場(chǎng)凝膠電泳技術(shù) (pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)[8-11]和多位點(diǎn)序列分型 (multilocus sequence typing,MLST)[12-13]2種分子分型技術(shù)確定產(chǎn)酸克雷伯菌分離株之間的克隆關(guān)系。PFGE是醫(yī)院中廣泛使用的一種方法,用于識(shí)別產(chǎn)酸克雷伯菌院感暴發(fā),然而這種方法費(fèi)時(shí)、費(fèi)力,且不容易在不同臨床實(shí)驗(yàn)室之間重復(fù)[14]。MLST的分辨率并不是那么高[15-17]。近年來,由于測(cè)序成本大幅降低,基于全基因組測(cè)序(whole-genome sequencing,WGS)的方法已經(jīng)變得可行,并可以在流行病學(xué)調(diào)查中實(shí)現(xiàn)對(duì)分離株的高度區(qū)分。核心基因組多位點(diǎn)序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)已經(jīng)對(duì)結(jié)核分枝桿菌[18]、肺炎克雷伯菌[19]、鮑曼不動(dòng)桿菌[20]、銅綠假單胞菌[21]等多種病原體進(jìn)行了高分辨率的分子分型。據(jù)我們所知,目前還沒有公開可用的產(chǎn)酸克雷伯菌的cgMLST方案。

近年來,隨著基因組流行病學(xué)的不斷發(fā)展,作為MLST的延伸,GbG (gene-by-gene) 的分析被提倡[22],這種方法已被全球PulseNet用于利用高通量測(cè)序來識(shí)別細(xì)菌菌株。開源的ChewBBACA算法[23]使一個(gè)簡(jiǎn)單可用的生物信息學(xué)管道來創(chuàng)建目標(biāo)菌株的cgMLST方案變得可行。為了實(shí)現(xiàn)產(chǎn)酸克雷伯菌的cgMLST,識(shí)別潛在風(fēng)險(xiǎn)的產(chǎn)酸克雷伯菌的CGs,我們使用ChewBBACA作為GbG分析的生物信息學(xué)管道,構(gòu)建并驗(yàn)證了產(chǎn)酸克雷伯菌的cgMLST方案。產(chǎn)酸克雷伯菌復(fù)合體是一個(gè)由9個(gè)物種組成的復(fù)合體[24-25],而產(chǎn)酸克雷伯菌是這一復(fù)合體中重要的機(jī)會(huì)致病菌,它是醫(yī)院獲得性感染的主要來源[6-7],并已被證明是引起抗生素相關(guān)性出血性結(jié)腸炎的致病菌[5]。因此,在這項(xiàng)研究中,我們建立了針對(duì)產(chǎn)酸克雷伯菌的cgMLST方案,解析其遺傳多樣性,為產(chǎn)酸克雷伯菌的監(jiān)測(cè)、防控提供理論依據(jù)。此外,我們還將研究不同CGs攜帶的抗生素耐藥基因 (antibiotic resistance genes,ARGs) 和毒力基因,以識(shí)別潛在高風(fēng)險(xiǎn)的產(chǎn)酸克雷伯菌的CGs。

1 材料與方法

1.1 來自序列數(shù)據(jù)庫的基因組 從美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCBI)基因組序列庫(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/)下載了從建庫至2022年3月3日期間的461個(gè)產(chǎn)酸克雷伯菌(腸桿菌科)的基因組序列。使用GENOME TAXONOMY DATABASE(GTDB)[26]工具對(duì)461個(gè)基因組進(jìn)行物種注釋,刪除了47個(gè)非產(chǎn)酸克雷伯菌的基因組序列。丟棄了6個(gè)由于基因組組裝完成率低于95%或污染率大于5%的基因組序列。

1.2 cgMLST方案的定義 在這項(xiàng)研究中,chewBBACA (https://github.com/B-UMMI/chewBBACA)旨在創(chuàng)建和評(píng)估核心基因組GbG的分型方案,然后在產(chǎn)酸克雷伯菌的基因組序列中進(jìn)行等位基因調(diào)用,并且在cgMLST方案創(chuàng)建步驟中所允許的等位基因長(zhǎng)度的最小值為201 bp、長(zhǎng)度變異在20%以內(nèi)。

第一部分是cgMLST方案的創(chuàng)建。在研究開始之前,使用產(chǎn)酸克雷伯菌參考基因組FDAARGOS_500 (GenBank序列參考號(hào):GCA_003812925.1) 在 Prodigal v2.6.3[27]中創(chuàng)建一個(gè)訓(xùn)練文件,這個(gè)文件將在后續(xù)的步驟中使用。產(chǎn)酸克雷伯菌 FDAARGOS_500被用作參考基因組僅用于預(yù)測(cè)全基因組多位點(diǎn)序列分型 (wgMLST) 基因座,不納入進(jìn)一步的分析中。第一步共注釋21個(gè)完整的基因組序列,在此步驟中,chewBBACA算法定義了每個(gè)基因組的編碼序列(CDs),然后以成對(duì)的方式比較基因組中的所有CDs,以生成包含所選 CDs 的單個(gè) FASTA 文件。然后,執(zhí)行如下兩步評(píng)估過程以識(shí)別基因組中的所有CDs。一是刪除與其他CDs具有相同序列但長(zhǎng)度較小的CDs,保留較大的CDs; 二是通過執(zhí)行all-against-all BLASTP搜索并計(jì)算爆炸得分比 (Blast Score Ratio,BSR)[28]。BSR 成對(duì)比較大于0.6的 CDs 被視為同一基因座(loci)的等位基因,較大的等位基因 (以 bps 為單位) 被保留下來用于定義 cgMLST 方案。從100%可用的完整基因組序列 (21個(gè)基因組) 中選擇候選基因座來定義我們的cgMLST方案。在這個(gè)步驟中,CDs存在的閾值是100%。這種選擇最大限度地降低了由于不完整的基因組序列而遺漏核心基因組位點(diǎn)的可能。

第二部分是cgMLST方案的驗(yàn)證。386個(gè)不完整的產(chǎn)酸克雷伯菌的基因組序列被用于驗(yàn)證候選基因座。由于驗(yàn)證過程中的使用的是不完整的基因組,我們降低了嚴(yán)格性選擇保留99%的產(chǎn)酸克雷伯菌基因組序列共有的候選基因座。

1.3 基于cgMLST方案定義CGs 為了精確地定義CGs,我們分析了成對(duì)基因組中等位基因錯(cuò)配(具有不同序列的基因座)數(shù)量的分布。與經(jīng)典 MLST 數(shù)據(jù)的分類類似,本研究中cgMLST 數(shù)據(jù)采用單鎖鏈算法對(duì)分離株進(jìn)行準(zhǔn)確分類[29]。

1.4 cgMLST方案結(jié)果的圖形展示 根據(jù)cgMLST 方案結(jié)果,使用 GrapeTree(2.1 版)為每個(gè)產(chǎn)酸克雷伯菌分離株序列獲得的等位基因圖譜構(gòu)建最小生成樹,并通過 MSTree(2.1 版)方法實(shí)現(xiàn)可視化。

1.5 基于cgMLST方案探討產(chǎn)酸克雷伯菌CGs在國(guó)家或地區(qū)層面上的遺傳多樣性 基于cgMLST方案,建立不同國(guó)家或地區(qū)的最小生成樹,并重點(diǎn)關(guān)注CGs在不同國(guó)家或地區(qū)的分布,研究不同國(guó)家或地區(qū)之間共有的和獨(dú)特的CGs。

1.6 抗性基因和毒力基因的注釋 使用ABRicate 管道 (https://github.com/tseemann/abricate) 比對(duì)CARD (https://card.mcmaster.ca/) 數(shù)據(jù)庫和 VFDB ( http://www.mgc.ac.cn/VFs/main.htm) 數(shù)據(jù)庫注釋抗性基因和毒力基因?？剐曰蚝投玖虻淖⑨寘?shù)為基因覆蓋率大于95% 和同一性大于85%。

2 結(jié) 果

2.1 納入的產(chǎn)酸克雷伯菌基因組序列特征 除1個(gè)產(chǎn)酸克雷伯菌參考基因組被用于預(yù)測(cè)wgMLST基因座外,407株產(chǎn)酸克雷伯菌基因組序列被用于執(zhí)行產(chǎn)酸克雷伯菌的cgMLST方案。根據(jù)我們的cgMLST方案,400個(gè)產(chǎn)酸克雷伯菌的基因組序列被納入最終的分型分析。400株產(chǎn)酸克雷伯菌分離株至少分布在18個(gè)國(guó)家或地區(qū),并且絕大多數(shù)分離菌株收集于患者(89.8%)。

2.2 產(chǎn)酸克雷伯菌的cgMLST方案 在cgMLST方案創(chuàng)建步驟中,以FDAARGOS_500為參考基因組,使用21個(gè)完整的產(chǎn)酸克雷伯的基因組序列,共注釋了9 735個(gè)目標(biāo)基因座,生成了全基因組多位點(diǎn)序列分型(wgMLST)數(shù)據(jù)集(圖1)。在進(jìn)一步的過濾步驟中,使用 RemoveGenes 操作從 wgMLST 方案中刪除了67個(gè)旁系同源基因座,TestGenomeQuality (基因組質(zhì)量測(cè)試)操作(閾值 65)過濾掉額外的 5 583個(gè)基因座。至此,總共保留了4 085個(gè)cgMLST 候選基因座,這些候選基因座存在于 20 個(gè)完整的產(chǎn)酸克雷伯菌基因組序列中。在此步驟中,1個(gè)完整的基因組序列P620(GenBank序列參考號(hào):GCA_009707385.1)被丟棄,該菌株序列在基因組質(zhì)量測(cè)試(閾值為65)操作中被移除,因而不包含4 085個(gè)cgMLST候選基因座。

圖1 使用chewBBACA開發(fā)的產(chǎn)酸克雷伯菌的核心基因多位點(diǎn)序列分型 (cgMLST) 方案的詳細(xì)流程圖

在cgMLST方案驗(yàn)證步驟中,386 個(gè)不完整的產(chǎn)酸克雷伯菌基因組序列被用來驗(yàn)證 4 085個(gè)cgMLST候選基因座。使用Test Genome Quality (基因組質(zhì)量測(cè)試)操作(閾值 145)移除了 6 個(gè)不完整的產(chǎn)酸克雷伯菌的基因組序列(GenBank序列參考號(hào):GCA_001063775.1、GCA_001065715.1、GCA_002414045.1、GCA_900451235.1、GCA_900451255.1、GCA_900478285.1)。最終,在驗(yàn)證步驟后,共3 356個(gè)cgMLST目標(biāo)基因座被保留。據(jù)此,定義了一個(gè)由3 356個(gè)核心基因組成的cgMLST方案(以下統(tǒng)稱為3356-cgMLST方案),涵蓋了參考基因組FDAARGOS_500預(yù)測(cè)的5 378個(gè)開放閱讀框中的62.4%。

2.3 基于3356-cgMLST方案定義產(chǎn)酸克雷伯菌的CGs 使用單連鎖算法[29]對(duì)3 356 目標(biāo)核心基因進(jìn)行精確聚類。幾乎沒有成對(duì)的菌株之間等位基因錯(cuò)配數(shù)分布在221～1 230(圖2)。因此,根據(jù)成對(duì)等位基因錯(cuò)配數(shù)量的分布(即某對(duì)菌株序列的基因座數(shù)量差異)的結(jié)果,我們選擇 221 個(gè)等位基因的差異作為閾值作為定義CGs的臨界值。將基于3356-cgMLST方案的產(chǎn)酸克雷伯菌的CGs定義為一組3356-cgMLST 配置文件,該配置文件與該組的至少一個(gè)其他成員相差不超過 221個(gè)等位基因錯(cuò)配。根據(jù)該定義,最終識(shí)別出130個(gè)產(chǎn)酸克雷伯菌的CGs。

圖2 產(chǎn)酸克雷伯菌中成對(duì)等位基因錯(cuò)配數(shù)量(等位基因差異數(shù))的分布情況

2.4 3356-cgMLST方案結(jié)果的可視化—最小生成樹的構(gòu)建 根據(jù)3356-cgMLST方案,400株產(chǎn)酸克雷伯菌基因組序列共獲得 130 種CGs。由于最小生成樹可視化的限制,圖 3 僅展示了攜帶菌株數(shù)量≥3的CGs。從圖3可以看出,CGs呈現(xiàn)出良好的成簇分布現(xiàn)象。也就是說,根據(jù)所定義的 3356-cgMLST方案,絕大多數(shù)產(chǎn)酸克雷伯菌基因組序列均得到了很好的分型。

圖3 基于cgMLST的400株產(chǎn)酸克雷伯菌分離株克隆群(CGs)的最小生成樹(MST)

2.5 基于3356-cgMLST方案探討產(chǎn)酸克雷伯菌CGs在國(guó)家或地區(qū)層面上的遺傳多樣性 基于3356-cgMLST方案,400個(gè)產(chǎn)酸克雷伯菌基因組序列的最小生成樹顯示,產(chǎn)酸克雷伯菌呈現(xiàn)出明顯的多國(guó)家多地區(qū)傳播現(xiàn)象(圖4)。表1給出了18個(gè)國(guó)家或地區(qū)的CGs分布情況。38個(gè)共有的CGs分布在13個(gè)國(guó)家或地區(qū)。92個(gè)獨(dú)特的CGs分布在14個(gè)國(guó)家或地區(qū)。CG5分布在9個(gè)國(guó)家或地區(qū),CG26分布在6個(gè)國(guó)家或地區(qū),CG15和CG29分布在5個(gè)國(guó)家或地區(qū)。澳大利亞有23個(gè)獨(dú)特的CGs,美國(guó)有21個(gè)獨(dú)特的CGs,英國(guó)有12個(gè)獨(dú)特的CGs?？偟膩碚f,產(chǎn)酸克雷伯菌CGs呈現(xiàn)出明顯的遺傳多樣性。

表1 產(chǎn)酸克雷伯菌的克隆群在不同國(guó)家或地區(qū)中的分布

圖4 不同國(guó)家或地區(qū)分離的400株產(chǎn)酸克雷伯菌cgMLST譜系的最小生成樹

2.6 抗性基因和毒力基因在產(chǎn)酸克雷伯菌CGs中的分布 產(chǎn)酸克雷伯菌CGs中與抗生素耐藥有關(guān)的基因。在400株產(chǎn)酸克雷伯菌分離株中發(fā)現(xiàn)了136種ARG的亞型。產(chǎn)酸克雷伯菌CGs中CRP、H-NS、Klebsiella_pneumoniae_KpnF、Klebsiella_pneumoniae_KpnG、LptD、OmpA和oqxB等ARG攜帶率超過95%。不同CGs攜帶ARG亞型的數(shù)量為7～61種。IMP-1僅存在于CG1中。Ode T等[30]對(duì)多重耐藥的產(chǎn)酸克雷伯菌的耐藥機(jī)制分析結(jié)果表明,IMP-1金屬β-內(nèi)酰胺酶 (metallo-β-lactamase,MBL),這個(gè)產(chǎn)酸克雷伯菌產(chǎn)生的約140 kb的質(zhì)粒介導(dǎo)了其對(duì)β-內(nèi)酰胺類、喹諾酮類和氨基糖苷類的耐藥性轉(zhuǎn)移。重要的產(chǎn)CRE基因NDM-7僅存在CG27中。而OXA-181只存在于CG118中。OXA-181是OXA-48的近親[31],與OXA-48只有4個(gè)aa的區(qū)別[32],是重要的產(chǎn)CRE基因。這些CGs可能是潛在高風(fēng)險(xiǎn)的產(chǎn)酸克雷伯菌的CGs。

產(chǎn)酸克雷伯菌CGs中與毒力有關(guān)的基因。在400個(gè)產(chǎn)酸克雷伯菌基因組序列中共發(fā)現(xiàn)了35種毒力基因。毒力基因AllA、AllC、AllD、AllS、entB和fepC在130中種CGs中的攜帶率為100%。毒力基因acrB、allB、allR、fyuA、gnd、irp1、irp2、mrkA、rcsB、ybdA、ybtA、ybtP、ybtQ和ybtS的攜帶率高于95%。不同CGs攜帶毒力基因的種類數(shù)量沒有明顯差異。但值得注意的是,毒力基因astA是產(chǎn)酸克雷伯菌的一個(gè)蛋白編碼基因,編碼精氨酸N-琥珀酰轉(zhuǎn)移酶,僅存在CG111中;毒力基因hcp/tssD主要編碼假定蛋白,僅存在CG68中;毒力基因tcpC主要編碼結(jié)合轉(zhuǎn)移蛋白,僅存在CG27中。6種獨(dú)特的毒力類型 (kpsC、kpsD、kpsE、kpsF、kpsS、kpsU) 僅在CG12中出現(xiàn),并且主要編碼莢膜多糖修飾蛋白,是產(chǎn)酸克雷伯菌致病性的重要來源。這些CGs可能是潛在的高風(fēng)險(xiǎn)的產(chǎn)酸克雷伯菌的CGs。

3 討 論

產(chǎn)酸克雷伯菌是引起醫(yī)院獲得性感染的重要病原體[1-4]。產(chǎn)毒素的產(chǎn)酸克雷伯菌引起的抗生素相關(guān)出血性結(jié)腸炎是一個(gè)重要的公共衛(wèi)生問題[33-36]。因此,一個(gè)高分辨率的產(chǎn)酸克雷伯菌的分型方案非常重要。目前,PFGE[9,36-37]和MLST[38-39]這2種分型方法的主要缺點(diǎn)是分辨率低[15-17]和難以實(shí)現(xiàn)PFGE的標(biāo)準(zhǔn)化[14]在實(shí)驗(yàn)室間的比較。全球細(xì)菌監(jiān)測(cè)計(jì)劃和醫(yī)院環(huán)境衛(wèi)生中的疫情調(diào)查需要簡(jiǎn)單、快速和準(zhǔn)確的分型方法?；谌蚪M測(cè)序(WGS)的cgMLST分型已被證明是細(xì)菌分型、疾病暴發(fā)調(diào)查、來源追蹤和細(xì)菌病原體監(jiān)測(cè)的有效工具[40-42]。cgMLST實(shí)現(xiàn)了不需要特定暴發(fā)的參考,從整個(gè)物種樣本中確定合適的、無偏倚的可能集群的平均值[43]。我們使用開源的ChewBBACA算法[23]創(chuàng)建和驗(yàn)證了首個(gè)產(chǎn)酸克雷伯菌的cgMLST方案。

本研究中,我們基于20個(gè)完整的基因組序列和380個(gè)不完整的基因組序列共獲得了3 356個(gè)核心基因。在這個(gè)過程中,共有1個(gè)完整的基因組序列和6個(gè)不完整的基因組序列被移除。在創(chuàng)建cgMLST方案的步驟中移除1個(gè)完整的基因組序列,是因?yàn)樾枰獙?duì)基因組序列中的核心基因進(jìn)行嚴(yán)格限制,即目標(biāo)基因座在基因組序列中100%存在,以便最大程度地提高方案的準(zhǔn)確性。而在cgMLST方案的驗(yàn)證步驟中6個(gè)不完整的基因組序列被移除,是因?yàn)檫@6個(gè)不完整的基因組序列無法保證候選基因座在其基因組序列中99%存在。這7個(gè)被移除的基因組序列可能與納入分型的其他400個(gè)基因組序列相比有較大的基因組變異?？偟膩碚f,3356-cgMLST方案對(duì)本研究中納入的超過98%(400/407)的產(chǎn)酸克雷伯菌的基因組序列成功地進(jìn)行了分型。提出的由3 356個(gè)核心基因構(gòu)成的 cgMLST方案將400個(gè)產(chǎn)酸克雷伯基因組序列劃分為130個(gè)不同的CGs,CG26 (11.0%)是最主要的優(yōu)勢(shì)CG,其次是CG1 (9.3%)、CG5 (8.3%)、CG15 (5.0%) 和CG8 (3.3%)?；?356-cgMLST方案獲得的CGs分布情況可以看出產(chǎn)酸克雷伯菌呈現(xiàn)出明顯的多國(guó)家多地區(qū)傳播現(xiàn)象,這也在一定程度上提示了產(chǎn)酸克雷伯菌基因組序列呈現(xiàn)出高度的遺傳多樣性。我們?cè)贕itHub (https://github.com/Natasha22222222/cgMLST-Klebsiella-oxytoca) 上提供了關(guān)于3356-cgMLST方案創(chuàng)建及驗(yàn)證步驟中的所使用的基因組序列、詳細(xì)的cgMLST過程文件以及3 356個(gè)核心基因構(gòu)成,以促進(jìn)更深一步的討論并希望能夠有助于建立產(chǎn)酸克雷伯菌的cgMLST共識(shí)。

ARG亞型和毒力基因的分布似乎與CGs有關(guān)。毒力基因astA編碼一種熱穩(wěn)定的腸毒素,只在CG111中出現(xiàn)。kpsC、kpsD、kpsE、kpsF、kpsS和kpsU只存在于CG12中,這些毒力基因與運(yùn)輸?shù)鞍譑psFEDUCS(KpsF、KpsE、KpsD、KpsU、KpsC和KpsS)[44-45]和重要莢膜分子的編碼有關(guān)。我們僅在CG118中發(fā)現(xiàn)了OXA-181,這是不同地理區(qū)域最常見的OXA-48樣變體之一[32]。OXA-181陽性的肺炎克雷伯菌已成為重要的CRE生產(chǎn)者,先后出現(xiàn)在荷蘭和新西蘭等地[31,46-47],成為一個(gè)嚴(yán)重的公共衛(wèi)生問題。德國(guó)的一項(xiàng)研究表明可移動(dòng)遺傳元件ColKP3質(zhì)粒的存在可介導(dǎo)OXA-181的耐藥轉(zhuǎn)移[48]。這些都提示攜帶OXA-181的CG118是潛在的高風(fēng)險(xiǎn)的產(chǎn)酸克雷伯菌的CG。此外,我們還在CG27中發(fā)現(xiàn)了重要的產(chǎn)CRE基因NDM-7[49]。CRE基因的水平傳播,由攜帶額外抗性元件的可移動(dòng)遺傳元件介導(dǎo),賦予對(duì)各類抗生素的抗性,導(dǎo)致多重耐藥性[50-51]。多重耐藥的克雷伯氏菌感染的暴發(fā)給住院病人帶來重大的生命健康威脅[36,52-53]。特別是最近來自意大利的一項(xiàng)研究表明,CRE的肺炎克雷伯菌中抗生素耐藥基因和毒力因子的共存導(dǎo)致肺炎克雷伯菌新克隆群的出現(xiàn)[54],并可能對(duì)解決抗菌素耐藥性構(gòu)成重大挑戰(zhàn)。因此,在產(chǎn)酸克雷伯菌中觀察到的這種潛在的高風(fēng)險(xiǎn)的CGs應(yīng)該給予高度重視。

綜上所述,我們利用開放的平臺(tái)chewBBACA結(jié)合細(xì)菌基因組測(cè)序,提出了產(chǎn)酸克雷伯菌的首個(gè)cgMLST方案。我們的目的是促進(jìn)討論并希望可以有助于建立一個(gè)關(guān)于產(chǎn)酸克雷伯菌的cgMLST共識(shí)。我們將基于3356-cgMLST方案精確定義的CGs與注釋到的抗性基因和毒力基因相結(jié)合,發(fā)現(xiàn)了產(chǎn)酸克雷伯菌的潛在的高風(fēng)險(xiǎn)CGs。但由于本研究所涉及的國(guó)家或地區(qū)及其菌株數(shù)量有限,cgMLST方案仍需要更多數(shù)量及來源的產(chǎn)酸克雷伯菌基因組序列進(jìn)一步驗(yàn)證。

利益沖突：無

引用本文格式：陳勝林,康雨童,梁一赫,等.產(chǎn)酸克雷伯菌核心基因組多位點(diǎn)序列分型方案[J].中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào),2023,39(9):912-919,926.DOI:10.3969/j.issn.1002-2694.2023.00.095