程江豪,陳普,楊麗萍,段小花
云南中醫(yī)藥大學(xué)民族醫(yī)藥學(xué)院 云南省傣醫(yī)藥與彝醫(yī)藥重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,昆明650500
動脈粥樣硬化(AS)是頸動脈斑塊、冠狀動脈疾病和缺血性中風(fēng)等心血管疾病的病理基礎(chǔ),是導(dǎo)致心血管性疾病的主要死亡原因之一。根據(jù)流行病學(xué)研究,超過60%的心血管疾病患者死亡歸因于動脈粥樣硬化性心血管疾病。AS的發(fā)生發(fā)展與血脂異常、內(nèi)皮損傷和免疫性炎癥等有關(guān),但其具體病理生理機(jī)制仍未闡明。天麻為蘭科天麻屬植物天麻的干燥塊莖,味甘、性平,歸肝經(jīng),具有息風(fēng)止痙、平肝潛陽、通絡(luò)、補(bǔ)益之功效[1]。天麻在彝藥“毒邪理論”中屬攆內(nèi)風(fēng)毒藥,風(fēng)毒這種致病因素有“變動不居”之性,可分為外風(fēng)毒與內(nèi)風(fēng)毒兩類,外風(fēng)毒由自然風(fēng)邪所致,常侵襲人體頭、肺及皮膚等處,而內(nèi)風(fēng)毒多深入臟腑[2]。動物實(shí)驗(yàn)表明,天麻和天麻素及其復(fù)方制劑能夠改善早期AS小鼠主動脈病變和脂質(zhì)沉積,調(diào)節(jié)血脂表達(dá),穩(wěn)定主動脈斑塊,保護(hù)血管免受炎癥損傷,提示天麻具有潛在的抗AS作用[3-5]。2022年9月—2023年4月,我們基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接技術(shù)探討天麻治療AS的分子機(jī)制,旨在為臨床治療提供依據(jù)。
1.1 天麻有效活性成分及其作用靶點(diǎn)篩選 在中醫(yī)藥百科全書數(shù)據(jù)庫ETCM(http://www.tcmip.cn/ETCM/)、中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺TCMIP(http://www.tcmip.cn/)中檢索天麻的有效活性成分,篩選條件為胃腸吸收利用度“高”且藥物相似性“兩個Yes以上”。將檢索獲得的天麻有效活性成分導(dǎo)入SwissTargetPrediction數(shù)據(jù)庫(http://www.swisstargetprediction.ch/),以分值>0為篩選標(biāo)準(zhǔn),獲取其成分相關(guān)靶點(diǎn),并通過文獻(xiàn)補(bǔ)充未預(yù)測出的已知靶點(diǎn),同時導(dǎo)入Uniprot數(shù)據(jù)庫(https://www.uniprot.org/)標(biāo)準(zhǔn)化其靶點(diǎn)基因。
1.2 AS的疾病靶點(diǎn)篩選 在TTD(http://db.idrblab.net/ttd/)、Drug Bank(www.drugbank.ca)、Gene Cards(https://www.genecards.org/)和OMIM(https://www.omim.org/)數(shù)據(jù)庫中,以“atherosclerosis”為檢索詞檢索AS的疾病靶點(diǎn),取5個數(shù)據(jù)庫的并集并去重。
1.3 藥物—疾病核心靶點(diǎn)篩選 使用Venny2.1.0在線網(wǎng)站(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html)將天麻有效活性成分的作用靶點(diǎn)與AS疾病靶點(diǎn)取交集,獲得藥物—疾病交集靶點(diǎn),并繪制韋恩圖。基于獲得的交集靶點(diǎn)與天麻有效活性成分對應(yīng)關(guān)系,建立有效活性成分—靶點(diǎn)調(diào)控網(wǎng)絡(luò),并將交集靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org/),限定物種為“Homo sapiens”,各節(jié)點(diǎn)置信度評分>0.9,刪除游離節(jié)點(diǎn)后建立PPI蛋白網(wǎng)絡(luò)互作圖。使用CytoScape3.9.1軟件對PPI網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化分析,根據(jù)度值排名篩選藥物—疾病核心靶點(diǎn);利用CytoScape3.9.1軟件中的Network Analyzer插件從網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)角度分析各節(jié)點(diǎn),并根據(jù)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋮?shù)篩選天麻的關(guān)鍵活性成分,取Degree值排名前5位。
1.4 藥物—疾病交集靶點(diǎn)的功能預(yù)測 使用DAVID數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/),借助基因本體論(GO)和京都基因和基因組百科全書(KEGG)對藥物—疾病交集靶點(diǎn)的重要生物學(xué)進(jìn)程和信號通路進(jìn)行富集分析。以“OFFICIAL GENE SYMBOL”作為標(biāo)識符,“Homo sapiens”作為物種類別,P<0.01為條件。使用SRplot云平臺(http://www.bioinformatics.com.cn/)在線工具進(jìn)行繪圖分析,結(jié)果呈現(xiàn)為氣泡圖。
1.5 天麻關(guān)鍵活性成分與疾病核心靶點(diǎn)的分子對接 將“1.3”篩選獲得的天麻關(guān)鍵活性成分結(jié)構(gòu)與藥物—疾病核心靶點(diǎn)蛋白結(jié)構(gòu)作三維結(jié)構(gòu)可視化分子對接分析。借由Uniprot數(shù)據(jù)庫獲取核心靶點(diǎn)蛋白ID,通過蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(PDB)獲得核心靶點(diǎn)蛋白的三維結(jié)構(gòu),從Pub Chem數(shù)據(jù)庫獲得天麻關(guān)鍵活性成分的三維結(jié)構(gòu),最后通過Pymol(https://pymol.org/)、AutoDockTools(https://autodocksuite.scripps.edu/adt/)、Vina(http://vina.scripps.edu/)軟件進(jìn)行分子對接,計算結(jié)合能,用來表示天麻關(guān)鍵活性成分與核心靶點(diǎn)蛋白的結(jié)合能力。當(dāng)結(jié)合能<-5.0 kcal/mol表明二者具有較好的結(jié)合能力,<-7.0 kcal/mol表明二者具有強(qiáng)結(jié)合能力。
2.1 藥物—疾病交集靶點(diǎn)篩選結(jié)果 共獲得天麻有效活性成分15個,并補(bǔ)充中國藥典2020版中天麻主要指標(biāo)性成分天麻素,共獲得有效活性成分16個(OSID碼表1),預(yù)測作用靶點(diǎn)267個;其中香草醇未預(yù)測到作用靶點(diǎn),通過文獻(xiàn)[6]補(bǔ)充其靶點(diǎn)基因DRD2,共獲得天麻作用靶點(diǎn)268個。AS疾病相關(guān)靶點(diǎn)共1 336個,將其與天麻的268個作用靶點(diǎn)取交集后,獲得藥物—疾病交集靶點(diǎn)97個,見OSID碼圖1。
表1 天麻關(guān)鍵活性成分與藥物—疾病核心靶點(diǎn)的結(jié)合能(kcal/mol)
2.2 藥物—疾病核心靶點(diǎn)篩選結(jié)果 將97個藥物—疾病交集靶點(diǎn)導(dǎo)入Cytoscape1軟件,建立天麻治療AS的有效活性成分—靶點(diǎn)調(diào)控網(wǎng)絡(luò),見OSID碼圖2。天麻中的香草醛、棕櫚酸、丁二酸、對羥基苯甲醛、雙(4-羥基苯基)醚等16種有效活性成分作用于97個共同靶點(diǎn)基因,其中棕櫚酸的作用靶點(diǎn)最多,有43個;其次是4-乙氧基甲基苯基-4'-羥基苯基醚與4-(4'-羥基芐氧基)芐基甲醚,分別作用于40個靶點(diǎn)?;诮患悬c(diǎn)建立PPI網(wǎng)絡(luò)圖(OSID碼圖3),利用Cytoscape3.9.1軟件進(jìn)行可視化分析(OSID碼圖4),根據(jù)Degree值排名前5名篩選出藥物—疾病核心靶點(diǎn)AKT1、PTGS2、PPARG、CASP3、ESR1。
2.3 藥物—疾病交集靶點(diǎn)的富集通路分析結(jié)果對97個藥物—疾病交集靶點(diǎn)進(jìn)行GO分析,共涉及相關(guān)條目468條,其中生物學(xué)進(jìn)程(BP)240個、細(xì)胞組分(CC)114個、分子功能(MF)114個。生物學(xué)進(jìn)程主要涵蓋對脂多糖的反應(yīng)、一氧化氮合成的正調(diào)控、凋亡的負(fù)調(diào)控、炎癥調(diào)節(jié)等;細(xì)胞組件包含有薄膜、質(zhì)膜、生物大分子復(fù)合體等;分子功能主要涵蓋RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄因子活性、配體激活的序列特異性DNA結(jié)合、內(nèi)肽酶活性等(OSID碼圖5)。KEGG通路分析獲得137條相關(guān)通路,主要富集于癌癥通路、血清素能突觸、脂質(zhì)和AS、PPAR信號通路等,見OSID碼圖6。
2.4 天麻關(guān)鍵活性成分與藥物—疾病核心靶點(diǎn)的分子對接結(jié)果 以藥物—疾病核心靶點(diǎn)AKT1、PTGS2、PPARG、CASP3、ESR1為受體,以天麻關(guān)鍵活性成分棕櫚酸、雙酚F、4-乙氧基甲基苯基-4'-羥基苯基醚、對羥基芐基乙醚及4-(4'-羥基芐氧基)芐基甲醚為配體,進(jìn)行分子對接,結(jié)果顯示,雙酚F、4-乙氧基甲基苯基-4'-羥基苯基醚、4-(4'-羥基芐氧基)芐基甲醚與藥物—疾病核心靶點(diǎn)AKT1、PTGS2、PPARG、CASP3、ESR1的結(jié)合能<-7.0 kcal/mol,見表1。經(jīng)可視化處理后,均可借助氫鍵等分子間作用力結(jié)合,形成穩(wěn)定的空間構(gòu)象,見OSID碼圖7。
天麻別名為木浦(《彝族醫(yī)藥學(xué)》)、赤箭(《大理中藥資源志》)、定風(fēng)草、白龍皮(《現(xiàn)代臨床中藥志》)等,是常見且名貴的彝藥。彝醫(yī)常用其治療小兒四六風(fēng)、驚厥、抽搐、產(chǎn)后諸癥、破傷風(fēng)等實(shí)證,也可用于治療頭昏眼花、心悸、久病體虛不愈等虛證,提示天麻可能對心腦血管相關(guān)慢性虛勞性疾病有治療作用[1]?!对焖幹尾分杏涊d,彝醫(yī)治療肺源性心臟病中多臟器瘀血證,可選取天麻30 g、三七15 g、滇黨參100 g組成藥方。《醫(yī)學(xué)心悟》云:“濕痰壅遏者,書云,頭旋眼花,非天麻、半夏不除是也。”這些鈣化、沉著及脂質(zhì)堆積在中醫(yī)中常被視為痰濕。此外,因富含生物活性物質(zhì),天麻一直被公認(rèn)為食療與藥物佳品,在藥理方面具有降壓、降脂、增強(qiáng)免疫力、腦保護(hù)等作用[7],因此推測天麻或可作為治療AS的潛在藥物。
本研究首先基于ETCM等數(shù)據(jù)庫篩選出雙酚F、4-乙氧基甲基苯基-4'-羥基苯基醚、4-(4'-羥基芐氧基)芐基甲醚等16個天麻有效活性成分及其抗AS的潛在靶點(diǎn)基因97個,構(gòu)建了PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖,篩選出AKT1、PTGS2、PPARG、CASP3、ESR1這5個藥物—疾病核心靶點(diǎn)基因。這表明天麻通過多成分、多靶點(diǎn)發(fā)揮抗AS作用,這些藥物—疾病核心靶基因極可能是天麻治療AS的主要靶點(diǎn)基因。在天麻的有效活性成分中,我們分析得出雙酚F、4-乙氧基甲基苯基-4'-羥基苯基醚、4-(4'-羥基芐氧基)芐基甲醚是抗AS的關(guān)鍵成分,且這三種成分為天麻所獨(dú)有。雙酚F是一種可用于制作抗氧劑及表面活性劑的芳香型有機(jī)化合物。研究表明,雙酚F可能通過電壓依賴性Ca2+通道抑制Ca2+的流入,減少細(xì)胞中Ca2+水平,從而發(fā)揮舒張血管作用,改善AS引起的高血壓[8]。一些研究發(fā)現(xiàn),雙酚F可抑制脂肪細(xì)胞中脂聯(lián)素的產(chǎn)生和分泌,可通過下調(diào)類固醇生成相關(guān)基因和蛋白質(zhì)(STAR、CYP11A1和HSD3B1)表達(dá)降低類固醇水平,還可限制IRS-1/PI3K/AKT信號通路激活來抑制4T3-L3脂肪細(xì)胞中葡萄糖的消耗,從而起到降脂降糖作用[9-11]。4-乙氧基甲基苯基-4'-羥基苯基醚和4-(4'-羥基芐氧基)芐基甲醚作為僅來源于天麻的成分,目前相關(guān)報道很少,有待進(jìn)一步進(jìn)行體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)研究。上述研究表明,天麻有效活性成分可能在調(diào)節(jié)離子通道、抗氧化及降脂等方面發(fā)揮抗AS作用,這與AS的病理機(jī)制相符。
本研究通過STRING數(shù)據(jù)庫對藥物—疾病交集靶點(diǎn)進(jìn)行PPI網(wǎng)絡(luò)分析,預(yù)測出天麻抗AS的5個核心靶點(diǎn)AKT1、PTGS2、PPARG、CASP3、ESR1。FERNáNDEZ-HERNANDO等[12]報道,在AKT1基因敲除小鼠中,內(nèi)皮細(xì)胞和巨噬細(xì)胞凋亡增加,促炎基因表達(dá)增強(qiáng),eNOS磷酸化減少,從而促進(jìn)AS形成。PTGS2是驅(qū)動花生四烯酸代謝過程的重要酶,PTGS2上調(diào)與細(xì)胞黏附增加、細(xì)胞凋亡及炎癥生成密切相關(guān)[13]。AS嚴(yán)重程度與PTGS2表達(dá)呈正相關(guān),PTGS2可能作為AS的樞紐基因,或可作為其生物標(biāo)志物[14]。ESR1作為主要雌激素受體之一,激活ESR1可減少心肌梗死面積和心肌細(xì)胞凋亡,抑制炎癥反應(yīng)和氧化應(yīng)激,通過抗炎、抗氧化及凋亡等起到抗AS作用[15]。動物實(shí)驗(yàn)顯示,AS大鼠PPARG蛋白表達(dá)水平明顯降低,而上調(diào)PPARG蛋白表達(dá)可促進(jìn)細(xì)胞膽固醇外排,維持脂質(zhì)代謝的穩(wěn)態(tài)[16]。另有研究顯示,上調(diào)CASP3表達(dá)能夠抑制氧化型低密度脂蛋白介導(dǎo)的人臍靜脈內(nèi)皮細(xì)胞凋亡,對細(xì)胞具有保護(hù)作用[17]。因此我們認(rèn)為,上述5個核心靶點(diǎn)與AS發(fā)生發(fā)展密切相關(guān),在天麻抗AS過程具有重要作用,這為今后的研究提供了方向。
本研究采用生物信息學(xué)方法進(jìn)一步驗(yàn)證預(yù)測的天麻抗AS潛在靶點(diǎn)的作用。GO分析結(jié)果表明,天麻抗AS主要涉及對藥物的反應(yīng)、對脂多糖的反應(yīng)、凋亡過程的負(fù)調(diào)控、一氧化氮生物合成過程的正調(diào)控、炎癥應(yīng)答等生物學(xué)進(jìn)程,集中在炎癥、氧化應(yīng)激、脂質(zhì)調(diào)節(jié)與抗凋亡等方面。已有研究表明,內(nèi)皮細(xì)胞損傷、氧化應(yīng)激、炎癥、巨噬細(xì)胞和泡沫細(xì)胞的形成在AS的病理過程中起重要作用,如促炎癥因子IL-6可通過PPARα和PGC-1α等途徑調(diào)節(jié)高脂肪飲食誘導(dǎo)的小鼠心臟脂質(zhì)代謝[18-22]。因此,天麻可能通過參與抗炎、抗氧化應(yīng)激、降脂與抗凋亡等生物學(xué)進(jìn)程,發(fā)揮其治療AS的作用。
KEGG富集分析表明,脂質(zhì)和AS通路、癌癥通路、PPAR信號通路與AS的發(fā)生發(fā)展聯(lián)系緊密。脂質(zhì)和AS通路是富集得到的主要通路之一,共涉及15個靶點(diǎn),其中PPI網(wǎng)絡(luò)篩選的天麻抗AS核心靶點(diǎn)AKT1、PPARG、CASP3富集在此通路上。動物研究發(fā)現(xiàn),天麻中的酸性多糖提取物通過抑制高脂飲食SD大鼠血清膽固醇的合成來抑制動脈粥樣硬化風(fēng)險指數(shù)[23]。癌癥通路與多條信號通路相關(guān),如NF-κB、AKT/mTOR等信號通路,涉及炎癥、免疫及凋亡等多個環(huán)節(jié),本研究中PPI網(wǎng)絡(luò)篩選的5個天麻抗AS核心靶點(diǎn)AKT1、PTGS2、PPARG、CASP3、ESR1均富集在此通路上。有報道表明,接受過癌癥治療(包括放療)的癌癥幸存者患動脈粥樣硬化性心血管疾病的風(fēng)險升高,患冠狀動脈疾病的風(fēng)險增加1.3~3.6倍,患動脈粥樣硬化性疾病的風(fēng)險增加1.7~18.5倍[24-25]。此外,細(xì)胞實(shí)驗(yàn)表明,天麻素可通過AKT/mTOR信號通路對甲基苯丙胺誘導(dǎo)的人多巴胺能神經(jīng)母細(xì)胞瘤細(xì)胞自噬具有保護(hù)作用[26]。PPAR信號通路參與脂質(zhì)代謝、炎癥和氧化應(yīng)激[27]。巨噬細(xì)胞吞噬氧化低密度脂蛋白會產(chǎn)生泡沫細(xì)胞,這是AS病變的標(biāo)志。體外研究發(fā)現(xiàn),天麻素可通過AMPK/FoxO1/TFEB信號通路誘導(dǎo)溶酶體生物生成和自噬,防止泡沫細(xì)胞形成[28]。此外,天麻素還可通過上調(diào)PPARβ和減輕硝化應(yīng)激保護(hù)內(nèi)皮細(xì)胞免受高血糖誘導(dǎo)的損傷,而內(nèi)皮細(xì)胞損傷是AS產(chǎn)生的關(guān)鍵環(huán)節(jié)之一[29]。上述研究驗(yàn)證了本研究的準(zhǔn)確性,為天麻抗AS后續(xù)的研究提供了依據(jù)。
綜上所述,本研究基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對天麻多成分、多靶點(diǎn)治療AS的作用機(jī)制進(jìn)行分析,并在此基礎(chǔ)上進(jìn)行分子對接論證,發(fā)現(xiàn)天麻可能通過4-乙氧基甲基苯基-4'-羥基苯基醚、4-(4'-羥基芐氧基)芐基甲醚、雙酚F等天麻關(guān)鍵活性成分作用于PTGS2、ESR1等藥物—疾病核心靶點(diǎn),通過抗炎、抗氧化應(yīng)激、降脂與抗凋亡等途徑,調(diào)節(jié)癌癥通路、脂質(zhì)和AS通路及PPAR信號通路等通路發(fā)揮其抗AS作用。