譚浩蘭 何 紅 龔 麗 葛 闖 徐 溢
(1)重慶大學(xué)新型微納米器件與系統(tǒng)技術(shù)重點(diǎn)學(xué)科實(shí)驗(yàn)室,光電技術(shù)與系統(tǒng)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,重慶 400044;2)重慶大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院,重慶 401331;3)重慶大學(xué)光電工程學(xué)院,重慶 400044;4)重慶大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院腫瘤轉(zhuǎn)移與個體化診治轉(zhuǎn)化研究重慶市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,重慶 400030;5)重慶航天職業(yè)技術(shù)學(xué)院繼續(xù)教育學(xué)院,重慶 400021)
細(xì)胞-細(xì)菌的相互作用是指細(xì)菌或細(xì)菌代謝物作用于宿主后,引起宿主體內(nèi)多種細(xì)胞發(fā)生不同程度應(yīng)變的過程[1-2]。按照細(xì)胞類型的不同,可分為細(xì)菌與吞噬性細(xì)胞或與非吞噬性細(xì)胞的相互作用。吞噬性細(xì)胞一般指宿主體內(nèi)的免疫細(xì)胞,會主動遷移到細(xì)菌感染處,吞噬并溶解入侵的細(xì)菌,在宿主免疫系統(tǒng)起到“哨兵”的作用[3-5]。非吞噬性細(xì)胞如上皮細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞等,不具有吞噬性,但是具有侵襲性的細(xì)菌通過其特有的毒力機(jī)制會破壞細(xì)胞的屏障功能,誘導(dǎo)細(xì)胞骨架重排,促進(jìn)非吞噬性細(xì)胞的內(nèi)化作用,導(dǎo)致細(xì)胞狀態(tài)受損[4,6]。
細(xì)菌-細(xì)胞的相互作用導(dǎo)致細(xì)菌性感染疾病,嚴(yán)重威脅著人體健康[7-8]。細(xì)菌感染檢測分析已成為疾病機(jī)制研究及藥物治療效果評估的關(guān)鍵環(huán)節(jié),細(xì)菌侵襲軌跡、細(xì)胞/細(xì)菌形態(tài)、細(xì)胞/細(xì)菌活性、細(xì)胞屏障、細(xì)胞/細(xì)菌代謝物等都是研究細(xì)胞-細(xì)菌相互作用機(jī)制的重要指標(biāo),對細(xì)胞-細(xì)菌相互作用機(jī)制進(jìn)行更深層次的研究,以及對細(xì)菌侵襲細(xì)胞的不同階段及其相應(yīng)的變化規(guī)律進(jìn)行探索,對于生命科學(xué)研究、解析病理機(jī)制、發(fā)現(xiàn)和篩選抗菌藥物、選擇和優(yōu)化診療方案等領(lǐng)域具有重要的研究價值和指導(dǎo)意義。
傳統(tǒng)的細(xì)胞-細(xì)菌體外實(shí)驗(yàn)研究方法包括孔板共培養(yǎng)、嵌入式細(xì)胞共培養(yǎng)法等,存在操作繁瑣、樣本需求量大、與人體真實(shí)環(huán)境差異大、過程表征難以深化闡述及信號獲取困難等問題[9]。近年來,利用微機(jī)電系統(tǒng)(micro electro-mechanical system,MEMS)技術(shù)構(gòu)建的具備多種結(jié)構(gòu)和功能單元的微流控芯片,廣泛用于細(xì)胞/細(xì)菌培養(yǎng)、細(xì)胞/細(xì)菌檢測等領(lǐng)域,為細(xì)胞-細(xì)菌的研究提供了優(yōu)質(zhì)的平臺[10-11]。本課題組長期從事微流控生化分析研究工作,發(fā)現(xiàn)利用微流體控制技術(shù)可對細(xì)胞-細(xì)菌生長的微環(huán)境進(jìn)行時間和空間上的精確調(diào)控,模擬細(xì)胞-細(xì)菌生長的復(fù)雜微環(huán)境,通過在微流控芯片上集成傳感監(jiān)測模塊,不僅可以在線監(jiān)測細(xì)胞-細(xì)菌研究體系的變化過程,還可以實(shí)現(xiàn)多種檢測模式高效結(jié)合,獲取更多生化信息[12-13]。
本文簡要介紹了細(xì)胞-細(xì)菌相互作用研究所需模型在微流控芯片上的構(gòu)建途徑,重點(diǎn)對芯片上細(xì)胞-細(xì)菌相互作用過程光電檢測方法進(jìn)展進(jìn)行綜述,探討了光學(xué)檢測法和電化學(xué)檢測法在芯片上的集成,及其對細(xì)胞-細(xì)菌研究體系的測試效果及研究進(jìn)展,對芯片上細(xì)胞-細(xì)菌相互作用研究的難點(diǎn)和發(fā)展趨勢進(jìn)行展望。
微流控芯片被公認(rèn)為是疾病研究理想的體外平臺,微流體可通過控制生化梯度、機(jī)械刺激、生化因子等模擬更準(zhǔn)確的疾病模型,MEMS 技術(shù)和生物材料的發(fā)展促進(jìn)了細(xì)胞-細(xì)菌共培養(yǎng)模型的多樣性[14-15]。Kim 等[16]在芯片上設(shè)計(jì)了內(nèi)外兩個微腔室,使用氣動微閥升高或降低內(nèi)部細(xì)胞培養(yǎng)微腔室的聚二甲基硅氧烷(polydimethylsiloxane,PDMS)壁,實(shí)現(xiàn)了從時空尺度控制細(xì)菌侵襲細(xì)胞過程。Park 等[17]將液滴與微腔室相結(jié)合,通過T 型接頭裝置,可產(chǎn)生最大頻率為500 滴/s的液滴,用于不同微生物之間的長期共培養(yǎng)。結(jié)合微流控平臺,3D 細(xì)胞培養(yǎng)還可構(gòu)建更復(fù)雜的芯片上細(xì)胞球和類器官模型。Brackett 等[18]利用懸浮的微液滴實(shí)現(xiàn)了腫瘤細(xì)胞球的培養(yǎng),并借助微流體技術(shù)模擬了細(xì)菌靶向腫瘤組織治療的過程。水凝膠[19]、微孔[20]或U 型微腔室[21]等也是細(xì)胞球培養(yǎng)的常用手段。Puschhof等[22]從人體小腸標(biāo)本中培養(yǎng)原代干細(xì)胞,開發(fā)了微流控腸道類器官模型,重建了人體小腸更多的關(guān)鍵功能,其模擬腸道疾病模型比2D 細(xì)胞模型有更好的反應(yīng)。
微閥控制更加自動化、集成化,但存在一定的加工和操作難度?;谝旱蔚墓才囵B(yǎng)具有高通量、并行性、樣品消耗低等優(yōu)勢,超小體積利于實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞水平分析,但也限制了更多生化信息的采集。隨著微流體控制技術(shù)的發(fā)展,芯片上3D 細(xì)胞成為新的體外模型熱點(diǎn),細(xì)胞球是最簡單且常用的3D細(xì)胞模型,類器官模型則概括了更多的人體器官的結(jié)構(gòu)和生化信息,都可模擬更復(fù)雜的疾病,但需優(yōu)化其生產(chǎn)方法以減少勞動力和成本,其分析方法也有待標(biāo)準(zhǔn)化[23-24]。
非接觸式共培養(yǎng)模型的策略主要是利用生物材料結(jié)構(gòu)小于微生物尺寸,限制細(xì)胞/細(xì)菌的運(yùn)動而允許小分子物質(zhì)自由穿過[25-26]。Marzorati等[27]利用聚酰胺多孔膜構(gòu)建了上下兩個分別用于細(xì)菌/細(xì)胞培養(yǎng)的微腔室,建立了細(xì)菌毒性分泌物與細(xì)胞共培養(yǎng)的模型。細(xì)胞/細(xì)菌在水凝膠中難以實(shí)現(xiàn)空間上的遷移,但其分泌的小分子物質(zhì)可通過水凝膠自由交流[28]。Hong 等[29]在微通道中利用膠原蛋白凝膠將細(xì)胞和細(xì)菌限制在不同區(qū)域,而細(xì)胞分泌的生化因子通過具有滲透性的凝膠作用于細(xì)菌,研究了細(xì)菌對不同細(xì)胞的趨化作用。納米結(jié)構(gòu)尺寸微小,也可作為物理屏障。Burmeister 等[30]在微通道中央設(shè)計(jì)了一排納米圍堰限制細(xì)胞和細(xì)菌的接觸,納米結(jié)構(gòu)的尺寸可靈活設(shè)計(jì),適用于研究細(xì)菌代謝物擴(kuò)散速率不同對細(xì)胞的影響。
兩種共培養(yǎng)方式的細(xì)胞模型是可以通用的,但側(cè)重點(diǎn)不同,接觸式共培養(yǎng)模型適用于細(xì)菌直接侵襲細(xì)胞并引起細(xì)胞吞噬細(xì)菌、細(xì)胞內(nèi)細(xì)菌復(fù)制以及細(xì)胞裂解死亡等過程研究[31-32],非接觸式共培養(yǎng)模型多用于研究細(xì)胞和細(xì)菌之間的信號交流,都為相關(guān)疾病機(jī)制的研究提供了可靠的平臺。
微流控芯片與多種檢測分析方法結(jié)合,為解析細(xì)胞-細(xì)菌相互作用機(jī)制提供了高效的研究平臺。這里重點(diǎn)介紹光學(xué)檢測法和電化學(xué)檢測法,光學(xué)檢測法最大優(yōu)勢是實(shí)現(xiàn)細(xì)胞水平上的可視化觀測,電化學(xué)檢測法則通過電信號的變化動態(tài)反映生化過程信息。
2.1.1 熒光法
微流控?zé)晒饧夹g(shù)不僅能夠可視化細(xì)胞和細(xì)菌,還能提供細(xì)胞-細(xì)菌相互作用的動力學(xué)信息[33]。
針對細(xì)菌小尺寸和高分裂率的特性,常在細(xì)菌內(nèi)導(dǎo)入表達(dá)熒光蛋白的質(zhì)粒,從而產(chǎn)生明亮而穩(wěn)定的熒光,為觀察細(xì)菌侵襲細(xì)胞的過程提供了更多便利[34-35]。Delincé 等[36-37]通過熒光延時顯微鏡觀測了表達(dá)橘紅色熒光蛋白的海洋分枝桿菌感染盤基網(wǎng)柄菌(D. discoideum)細(xì)胞,在芯片上實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞攝取細(xì)菌、胞內(nèi)細(xì)菌復(fù)制到細(xì)胞裂解死亡過程的原位監(jiān)測(圖1a)。Ellett 等[38]在微腔室中培養(yǎng)表達(dá)綠色熒光蛋白的金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S. aureus),在微腔室外圈培養(yǎng)藍(lán)色熒光染料(Hoechst)標(biāo)記的中性粒細(xì)胞,可視化監(jiān)測了中性粒細(xì)胞感知、趨化、吞噬細(xì)菌過程(圖1b)。本課題組借助熒光探針標(biāo)記細(xì)菌成像,可視化觀測了細(xì)菌生物膜的生長過程以及藥物-細(xì)菌相互作用過程[39]。
Fig. 1 Cell-bacterial interactions detected by fluorescence analysis圖1 熒光法檢測細(xì)胞-細(xì)菌相互作用過程
免疫熒光檢測技術(shù)基于特異性抗原-抗體反應(yīng),借助熒光探針標(biāo)記和熒光顯微鏡技術(shù),通過檢測細(xì)胞-細(xì)菌相互作用過程中結(jié)構(gòu)組分及細(xì)胞屏障的變化,進(jìn)一步獲得靶向蛋白的定性或定量信息[40]。Jing 等[41]使用帶熒光探針的抗體分別對腸上皮細(xì)胞的Occludin和絨毛蛋白免疫熒光染色,發(fā)現(xiàn)腸上皮細(xì)胞與大腸桿菌在芯片上共培養(yǎng)24 h后,這兩種蛋白質(zhì)的熒光強(qiáng)度顯著下降(圖1c)。Deinhardt-Emmer 等[42]建立了S. aureus感染人體肺部的微流控模型,通過對內(nèi)皮細(xì)胞的VE 鈣黏蛋白(VEcadherin)、緊密連接蛋白(ZO-1)免疫熒光染色,觀察到細(xì)菌感染引起內(nèi)皮細(xì)胞的緊密連接蛋白熒光信號明顯減弱(圖1d)。這些結(jié)果表明,細(xì)菌的侵襲會導(dǎo)致細(xì)胞緊密連接受到不同程度的破壞,細(xì)胞屏障完整性難以維持。
熒光檢測技術(shù)與微流控芯片集成,為細(xì)菌侵襲細(xì)胞過程的可視化監(jiān)測提供了強(qiáng)有力手段,還能為體系中的一些細(xì)胞組分及其變化情況進(jìn)行高效的定量分析。采用共聚焦激光掃描熒光顯微鏡,還可以實(shí)現(xiàn)從三維層面觀測細(xì)胞內(nèi)外細(xì)菌的定位及動態(tài)觀測細(xì)胞/細(xì)菌行為,進(jìn)一步拓展了微流控?zé)晒鈾z測技術(shù)在細(xì)胞/細(xì)菌分析中的應(yīng)用。
2.1.2 拉曼光譜法
與熒光檢測技術(shù)相比,拉曼光譜法無需標(biāo)記及樣本預(yù)處理,能夠提供更豐富的分子信息。與顯微技術(shù)結(jié)合,通過空間分辨和原位探測細(xì)胞結(jié)構(gòu)的光譜特征,還能夠可視化細(xì)胞內(nèi)細(xì)菌感染過程[43-44]。
Grosse 等[45]利用拉曼顯微技術(shù)以無標(biāo)記、非侵入性的方式識別了細(xì)菌以及內(nèi)皮細(xì)胞核周區(qū)域,觀測了受感染EA.hy926 內(nèi)皮細(xì)胞內(nèi)S. aureus的分布,通過主成分分析和線性判別分析法預(yù)測了細(xì)菌處于細(xì)胞內(nèi)/外狀態(tài),準(zhǔn)確率達(dá)到85%(圖2a)。Silge等[46]對戈登分枝桿菌(M. gordonae)產(chǎn)生的類胡蘿卜素進(jìn)行了原位拉曼光譜檢測,結(jié)合重建的化學(xué)圖像的空間信息和拉曼光譜圖,區(qū)分了巨噬細(xì)胞攝取M. gordonae的不同狀態(tài),提供了受感染細(xì)胞的脫氧核糖核酸、脂質(zhì)和蛋白質(zhì)等代謝信息(圖2b)。本課題組結(jié)合表面增強(qiáng)拉曼光譜(surfaceenhanced raman spectroscopy,SERS)和微流體控制技術(shù),實(shí)時監(jiān)測了抑菌藥物作用于細(xì)菌過程中細(xì)菌內(nèi)毒素的釋放情況,還動態(tài)監(jiān)測了細(xì)胞膜成分磷脂的氧化過程[47-48],體現(xiàn)了拉曼光譜法在監(jiān)測生化過程的優(yōu)勢,為監(jiān)測細(xì)胞-細(xì)菌相互作用過程提供了思路。
Fig. 2 Cell-bacterial interactions detected by Raman spectroscopy圖2 拉曼光譜法檢測細(xì)胞-細(xì)菌相互作用過程
拉曼光譜分析技術(shù)具有無損、非侵入和分子指紋特征的優(yōu)勢,通過在微流控芯片上集成具有微納結(jié)構(gòu)SERS基底,可以觀測細(xì)菌對細(xì)胞的黏附,細(xì)胞內(nèi)細(xì)菌的分布以及特定細(xì)胞/細(xì)菌成分的變化,提高靶標(biāo)物的檢測效率,深入探索細(xì)胞-細(xì)菌相互作用過程中復(fù)雜的代謝機(jī)制。
2.1.3 微分干涉顯微技術(shù)
微分干涉對比 (differential interference contrast,DIC)顯微鏡是研究細(xì)胞結(jié)構(gòu)的主要技術(shù),可以清楚地觀察細(xì)胞的形狀變化及其運(yùn)動,對于理解細(xì)胞相關(guān)生化過程非常重要[49]。
Ingber 等[50]開發(fā)了一種細(xì)菌感染腸道芯片模型(圖3),借助DIC 顯微鏡觀察到細(xì)菌會在上皮細(xì)胞的絨毛頂端過度生長,細(xì)胞炎癥會導(dǎo)致絨毛損傷。進(jìn)而,該團(tuán)隊(duì)還研發(fā)了微流控小腸類器官模型,DIC結(jié)果表明,動態(tài)流體和機(jī)械刺激可以促進(jìn)小腸干細(xì)胞分化為具有絨毛的上皮細(xì)胞,形成明顯的腸褶皺,并成功用于氧濃度梯度下腸道共生微生物與上皮細(xì)胞的相互作用研究[51-52],其研制的小鼠結(jié)腸類器官模型也成功實(shí)現(xiàn)與腸道共生細(xì)菌和致病菌的共培養(yǎng)[53]。
Fig. 3 DIC diagram of Escherichia coli infected intestinal epithelial cells and diagram of the intestinal chip[50]圖3 大腸桿菌感染腸上皮細(xì)胞的DIC圖及腸芯片示意圖[50]
總之,微分干涉顯微技術(shù)無需標(biāo)記,可實(shí)現(xiàn)細(xì)胞形態(tài)和分化的評估,但其分辨率有限,通常和更高分辨率的熒光/共聚焦激光掃描顯微技術(shù)結(jié)合,對亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)進(jìn)行成像,幾乎只用于細(xì)胞形態(tài)學(xué)變化研究。電子顯微鏡在生物成像中的應(yīng)用也十分廣泛,具有納米尺度的分辨率,可同時表征細(xì)胞/細(xì)菌超微結(jié)構(gòu),比光學(xué)顯微鏡能夠提供更多細(xì)節(jié),在生物形態(tài)學(xué)研究中有較大的優(yōu)勢,但其制樣要求較高,實(shí)現(xiàn)芯片上原位檢測有一定的難度[54]。
跨 上 皮/內(nèi) 皮 細(xì) 胞 電 阻 (trans-epithelial electrical resistance,TEER)常用于評估體外模型中單層細(xì)胞緊密連接完整性及細(xì)胞屏障受損狀況,是實(shí)時檢測細(xì)胞-細(xì)菌相互作用的重要指標(biāo)。芯片上TEER電化學(xué)測量方法要求細(xì)胞生長在多孔半透膜上,通過測量整張膜上的電阻或測量廣泛頻率范圍內(nèi)的阻抗來量化細(xì)胞屏障[55-56]。
2.2.1 電阻分析法
在基于電阻的TEER 測量系統(tǒng)中,采用標(biāo)準(zhǔn)STX2 電極,電極對的每根棒包含1 個用于測量電壓的Ag/AgCl電極和1個用于通過電流的Ag電極,測量電阻時常以12.5 Hz,恒定的10 μA 交流電流進(jìn)行[57]。芯片上TEER 測量非常適合實(shí)時監(jiān)測上皮/內(nèi)皮細(xì)胞屏障完整性如何受刺激的影響。Eain等[58]設(shè)計(jì)了細(xì)胞-微生物串?dāng)_的微流控模型(圖4a),使用聚碳酸酯多孔膜作為細(xì)胞/細(xì)菌生長的載體,在膜兩側(cè)插入STX2電極,成功監(jiān)測了上皮細(xì)胞的生長情況,反映細(xì)胞的屏障功能。Shin 等[59]使用該技術(shù),發(fā)現(xiàn)腸道厭氧性共生細(xì)菌在低氧時顯著增強(qiáng)細(xì)胞的屏障功能;當(dāng)致病菌侵襲上皮細(xì)胞時,TEER值持續(xù)下降,表明致病菌對細(xì)胞屏障完整性具有破壞性[50,60]。由于兩探針測量系統(tǒng)的電極與細(xì)胞的接觸面積有限,易引起跨膜的電流分布不均勻,因此,研究者通過增加電極數(shù)量,提高細(xì)胞與電極的接觸面積[61]。Booth 等[62]通過在膜兩側(cè)設(shè)計(jì)并行的兩個AgCl 薄膜電極對,形成了一個四點(diǎn)探針的電極結(jié)構(gòu)(圖4b),增大了與細(xì)胞的接觸面積,不僅能夠促進(jìn)離子流的均勻分布,消除接觸和引線電阻的影響,還能提高檢測靈敏度。
Fig. 4 Cell-bacterial interactions detected by resistance analysis圖4 電阻分析法檢測細(xì)胞-細(xì)菌相互作用過程
2.2.2 阻抗分析法
阻抗分析法將微電極集成到芯片上,當(dāng)細(xì)胞附著、擴(kuò)散或脫離電極時,會阻礙細(xì)胞-電極界面之間的電流交換,通過測量該界面的電流阻抗監(jiān)測細(xì)胞行為[63]。
Brown 等[64]在芯片上集成了叉指微電極陣列(interdigital microelectrode array,IMA),發(fā)現(xiàn)脂多糖(LPS,lipopolysaccharide)導(dǎo)致腸道細(xì)胞屏障的TEER 值顯著下降,益生菌治療后,TEER值在3 d 后逐漸恢復(fù),表明益生菌可有效治療細(xì)菌感染(圖5a)。Jeon等[65]在腸芯片底部集成了金微電極陣列(multi-electrode array,MEA),考察了血腦系統(tǒng)TEER值隨LPS劑量和相互作用時間的變化規(guī)律,按照圖5b 的等效電路擬合分析[66],發(fā)現(xiàn)LPS感染的前6 h,TEER值隨LPS呈劑量依賴性方式降低,感染24 h 后,TEER值隨LPS 呈劑量依賴性增加,表明LPS對血腦屏障的破壞并非不可逆,隨著感染時間的增加,血腦屏障功能能夠得到部分恢復(fù)。本課題組利用阻抗分析法研究了細(xì)胞表面聚糖和細(xì)菌的相互作用關(guān)系,對研究細(xì)菌黏附細(xì)胞、細(xì)菌與細(xì)胞之間的選擇性識別具有參考意義[67-68]。
Fig. 5 Cell-bacterial interactions detected by electrochemical impedance spectroscopy圖5 阻抗分析法檢測細(xì)胞-細(xì)菌相互作用過程
電阻分析法和阻抗分析法可實(shí)時、非標(biāo)記、原位監(jiān)測細(xì)胞的屏障,具有快速分析、選擇性好等優(yōu)點(diǎn)。集成微電極的傳感芯片可消除電極-介質(zhì)界面電阻對阻抗計(jì)算的影響,縮短響應(yīng)時間,提高檢測靈敏度。總之,在芯片上集成電化學(xué)檢測模塊,為細(xì)胞-細(xì)菌相互作用研究提供了多樣化的分析測試平臺。
綜上所述,微流控平臺與光電檢測技術(shù)結(jié)合,顯示出高靈敏度、高分辨率、并行性和操作方便快捷的特點(diǎn),其核心優(yōu)勢體現(xiàn)在可視化和動態(tài)監(jiān)測細(xì)胞/細(xì)菌。光學(xué)顯微技術(shù)用于成像觀測,提供細(xì)胞/細(xì)菌形態(tài)學(xué)信息,與光譜技術(shù)結(jié)合,能夠提供生化過程的分子信息。但是這些光學(xué)檢測模型都屬于“芯片外”檢測策略,微流控芯片應(yīng)在優(yōu)化芯片結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,考慮與光纖傳感器[69]、微透鏡陣列[70]等小型化的光學(xué)傳感模塊高度集成。電化學(xué)檢測技術(shù)多用于動態(tài)監(jiān)測細(xì)胞屏障,芯片上集成微電極增加了檢測設(shè)備的便攜性,但其提供的信息是有限的。近年來,核磁共振儀[71]、液相色譜儀[72]、質(zhì)譜儀[73]和流式細(xì)胞儀[74]等與芯片的結(jié)合發(fā)展迅速,可在芯片上進(jìn)行多組學(xué)聯(lián)合分析,提供細(xì)胞-細(xì)菌相互作用過程中基因、核糖核酸、代謝物、蛋白質(zhì)組學(xué)分析及細(xì)胞/細(xì)菌結(jié)構(gòu)相關(guān)信息[75],相信與光電檢測技術(shù)結(jié)合,能夠獲取細(xì)胞-細(xì)菌相互作用過程中更整體、全面的信息,解析更深層次的細(xì)胞-細(xì)菌相互作用機(jī)制。