COVID-19疫情防控措施對(duì)肺炎克雷伯菌的分布及耐藥性的影響*

黃貴 曾強(qiáng)林 柯貴寶 楊進(jìn) 張亞美 李珊娜

(1.成都大學(xué)附屬醫(yī)院,四川 成都 610081；2.廣州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院,廣東 廣州 510120)

肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae, KP)屬革蘭陰性桿菌，腸桿菌科克雷伯氏菌屬其中最為重要的一類(lèi)菌，也是最常見(jiàn)的呼吸道定植菌，對(duì)人類(lèi)有較強(qiáng)致病性，是引起臨床感染性疾病的常見(jiàn)病原菌，可引起呼吸道、血液、腹腔及泌尿系統(tǒng)等部位感染，是臨床分離及住院患者發(fā)生耐藥性機(jī)會(huì)性感染的重要致病菌之一。過(guò)去的十年中，由于產(chǎn)生超廣譜β-內(nèi)酰胺酶(Extended-spectrumβ-lactam，ESBLs)和/或耐碳青霉烯類(lèi)KP(Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，CR-Kp)的耐多藥菌株引起的醫(yī)療相關(guān)感染的流行率越來(lái)越高，KP已成為主要的臨床和公共衛(wèi)生威脅之一[1]。全國(guó)細(xì)菌耐藥監(jiān)測(cè)網(wǎng)細(xì)菌耐藥性監(jiān)測(cè)報(bào)告顯示，2014～2019年革蘭陰性菌分離居前5位中，KP排名第一[2]?？刮⑸锼幬锬退幮?Antimicrobial resistance，AMR) 是全球10 大健康威脅之一，在大流行前時(shí)期， AMR是世界上最重要的健康危機(jī)，盡管它通常比 COVID-19大流行更加沉默，但它同樣也可能產(chǎn)生破壞性的后果。2020年新型冠狀病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019，COVID-19) 大流行對(duì)全球衛(wèi)生系統(tǒng)產(chǎn)生了重大影響，包括其他健康威脅的管理，例如AMR[3]。隨著 SARS-CoV-2的出現(xiàn)，為了盡量減少病毒的傳播和感染，所有的努力都集中在 COVID-19及其管理上，導(dǎo)致在抗生素使用和審核方面出現(xiàn)了一定程度的妥協(xié)[4-5]。COVID-19與細(xì)菌共感染的確切患病率尚不清楚，這進(jìn)一步加強(qiáng)了不必要的經(jīng)驗(yàn)性抗生素覆蓋[6-7]。有研究顯示，KP是COVID-19患者繼發(fā)性細(xì)菌性肺部感染的主要原因之一，其病因與 COVID-19 大流行前顯著不同，同時(shí)CR-Kp感染率有增加趨勢(shì),尤其在重癥監(jiān)護(hù)病房[8-10]。臨床實(shí)踐中，疫情的常態(tài)化防控措施對(duì)呼吸系統(tǒng)相關(guān)疾病的發(fā)生情況及診療方式均造成了顯著的影響。合并基礎(chǔ)疾病患者的肺部感染率發(fā)生變化，可能導(dǎo)致其就診及住院情況均發(fā)生變化，這也可能間接導(dǎo)致患者病原學(xué)檢測(cè)結(jié)果發(fā)生變化。研究顯示，在疫情爆發(fā)及控制的一段時(shí)間內(nèi)，病原菌抗生素耐藥情況的變化并不明朗[5]。針對(duì)COVID-19疫情防控導(dǎo)致病原菌類(lèi)型及抗生素耐藥性的變化尚少見(jiàn)報(bào)道。為進(jìn)一步了解新冠疫情前及常態(tài)化防控后KP感染分布以及耐藥性差異，指導(dǎo)防控后期臨床合理用藥，有效控制KP感染，本研究回顧性分析了疫情前后1年內(nèi)成都大學(xué)附屬醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科KP檢出情況及耐藥性變遷。現(xiàn)報(bào)告如下。

1 材料與方法

1.1 菌株來(lái)源 收集新冠疫情前1年(2019年1月～12月)及疫情常態(tài)化防控后1年(2020年5月～2021年4月)成都大學(xué)附屬醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科住院患者各類(lèi)標(biāo)本分離的培養(yǎng)結(jié)果，所有菌株均經(jīng)菌種鑒定和藥敏，剔除同一患者同一時(shí)期同一部位標(biāo)本的重復(fù)菌株，根據(jù)藥敏結(jié)果確定耐藥菌株組數(shù)量，并隨機(jī)在敏感菌選擇相同數(shù)量作為對(duì)照組。各類(lèi)標(biāo)本的采集和送檢參照《臨床微生物標(biāo)本采集和送檢指南》[11]進(jìn)行。本研究經(jīng)醫(yī)院倫理委員會(huì)審核通過(guò)，且所有納入患者均簽署知情同意書(shū)。

1.2 細(xì)菌鑒定與藥敏試驗(yàn) 采用美國(guó)MicroScan WalkAway40全自動(dòng)微生物鑒定儀和藥敏檢測(cè)系統(tǒng)進(jìn)行菌株鑒定與藥物敏感測(cè)定。藥敏檢測(cè)方法為微量稀釋法測(cè)定最低抑菌濃度 (MIC)，受檢細(xì)菌的菌液濃度為0.5麥?zhǔn)蠁挝?。結(jié)果判讀參考檢測(cè)年份臨床實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)化委員會(huì) (CLSI) 標(biāo)準(zhǔn)[12]。

2 結(jié)果

2.1 疫情前后檢出標(biāo)本來(lái)源 疫情前1年送檢標(biāo)本共9316株，常態(tài)化防控后1年送檢標(biāo)本共5664株，去除同一患者同一時(shí)期同類(lèi)標(biāo)本重復(fù)菌株，疫情前1年各種標(biāo)本株為5386株，常態(tài)化防控后1年各種標(biāo)本株為3622株。標(biāo)本主要來(lái)源于痰液/支氣管液、血液、尿液、胸腹水及分泌物等，對(duì)疫情前1年及疫情常態(tài)化防控后1年微生物送檢樣本進(jìn)行對(duì)比分析，疫情前后微生物送檢來(lái)源前3位的樣本均為痰液/支氣管液、血液及尿液，疫情后較疫情前尿液標(biāo)本送檢率上升，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)，見(jiàn)表1。

表1 送檢樣本來(lái)源分布情況[n(×10-2)]

2.2 疫情前后病原菌分布及構(gòu)成比 疫情前1年所分離菌株排名前4位：肺炎克雷伯桿菌>鮑曼不動(dòng)桿菌>銅綠假單胞菌>大腸埃希菌，占比依次為4.01%、3.01%、2.51%、0.99%；疫情常態(tài)化防控后1年所分離菌株排名前4位：銅綠假單胞菌>肺炎克雷伯菌>鮑曼不動(dòng)桿菌>大腸埃希菌，分離率依次為5.38%、4.91%、2.54%、2.51%。疫情前1年及常態(tài)化防控后1年對(duì)比顯示，作為呼吸道感染主要病原菌的KP、銅綠假單胞菌及大腸埃希菌檢出率明顯上升，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(均P<0.05)，見(jiàn)表2。

表2 排名前10位的檢出病原菌分布[n(×10-2)]

2.3 疫情前后耐藥肺炎克雷伯菌檢出情況 去除同一患者住院期間同類(lèi)標(biāo)本重復(fù)菌株后，疫情前1年各種標(biāo)本株5386株，其中共分離216株KP(4.01%)，疫情后1年各種標(biāo)本3622株, 其中共分離178株KP(4.91%)，較疫情前顯著上升，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(2=4.231，P<0.040)。比較疫情前后KP耐藥率，疫情前1年KP中耐藥KP 57株，占比26.39%，常態(tài)化防控后1年KP中耐藥KP 53株(26.78%)，疫情前后比較，差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(2=0.556，P=0.456)。

2.4 疫情前后耐藥肺炎克雷伯菌檢出患者一般情況及病因分布 疫情前1年及疫情常態(tài)化防控后1年患者年齡、性別等一般信息差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)，耐藥肺炎克雷伯菌檢出以肺炎、重癥肺炎、慢性阻塞性肺疾病患者為主，多數(shù)患者合并有膿毒血癥及呼吸衰竭。重癥肺炎患者比例疫情前(63.16%)較疫情常態(tài)化防控后1年(43.4%)高，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.038)；慢性阻塞性肺疾病患者比例疫情前(15.79%)較疫情常態(tài)化防控后1年(54.72%)明顯上升，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.001)，見(jiàn)表3。

表3 患者一般信息及病因分布

2.5 耐藥肺炎克雷伯菌對(duì)常用抗生素的藥敏結(jié)果 疫情前1年KP耐藥前5位抗生素為氨曲南(26.39%)、頭孢他啶(26.39%)、頭孢噻肟(25.46%)、氨芐西林/舒巴坦(24.54%)、復(fù)方新諾明(18.06%)；疫情常態(tài)化防控后1年檢出耐藥KP前5位的抗生素為頭孢噻肟(29.78%)、氨曲南(29.21%)、頭孢他啶(29.21%)、氨芐西林/舒巴坦(25.84%)、環(huán)丙沙星(16.29%)、厄他培南(16.29%)。疫情前后比較，對(duì)復(fù)方新諾明耐藥率顯著下降(均P<0.05)。見(jiàn)表4。對(duì)疫情前后產(chǎn)ESBL肺炎克雷伯菌耐藥率比較，疫情前后氨曲南、頭孢曲松、頭孢他啶、頭孢噻肟差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(均P>0.05)，見(jiàn)表5。

表5 疫情前后產(chǎn)ESBL肺炎克雷伯菌的在所有肺炎克雷伯菌占比變化[n(×10-2)]

3 討論

COVID-19疫情全球的大流行擾亂了世界各地的醫(yī)療保健系統(tǒng)和實(shí)踐。作為應(yīng)對(duì)措施的一部分，有證據(jù)表明抗生素處方習(xí)慣已受到深刻影響，如對(duì)抗生素管理流程及方案的被迫改變，最終引起耐藥菌控制形勢(shì)日益嚴(yán)峻[13]。同時(shí)，各種致力于改善抗生素耐藥情況的管控措施執(zhí)行力度也非正常放松，這成為抗生素耐藥比例發(fā)生變化的重要原因，并可能造成長(zhǎng)期持續(xù)性影響[14]。研究顯示COVID-19疫情對(duì)CR-Kp爆發(fā)、AMR存在影響，也有研究者探討AMR導(dǎo)致的全球性后果的相關(guān)議題[6-10]。

AMR是全球健康和經(jīng)濟(jì)發(fā)展面臨的最緊迫威脅之一[15-16]。歐洲疾病預(yù)防控制中心報(bào)告稱(chēng)，2019年期間，耐藥菌導(dǎo)致超過(guò)670000例感染和33000例死亡[17]，僅在美國(guó)，抗藥性細(xì)菌和真菌每年至少造成300萬(wàn)新感染和35900人死亡[18]。研究發(fā)現(xiàn)在2020年6～9月間，COVID-19可能導(dǎo)致印度2.164億非兒童適用制劑抗生素的過(guò)量使用，以及3800萬(wàn)非兒童適用制劑阿奇霉素的過(guò)量使用[19]。在新冠疫情防控中我國(guó)取得了相對(duì)其他國(guó)家更具成效的防控成果，迅速恢復(fù)了正常經(jīng)濟(jì)、社會(huì)秩序，包括疫情防控下的醫(yī)療秩序的快速恢復(fù)[20-21]。2021年，國(guó)家衛(wèi)生健康委發(fā)布加強(qiáng)抗微生物藥物管理遏制耐藥工作，要求規(guī)范感染性疾病的臨床診療并加強(qiáng)細(xì)菌耐藥檢測(cè)及抗生素臨床應(yīng)用監(jiān)測(cè)[22]。

本研究對(duì)比分析了疫情前后KP的變化趨勢(shì)。通過(guò)對(duì)樣本來(lái)源進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)，樣本主要來(lái)源是痰/支氣管液，這與相應(yīng)研究結(jié)果較為一致[23]。CHINET 2020年報(bào)顯示，自2017年起，肺炎克雷伯菌在呼吸道標(biāo)本的分離率超過(guò)鮑曼不動(dòng)桿菌，上升至第1位，本研究中，KP檢出率在本研究中位于第一位，這也與呼吸道標(biāo)本一致[24]。本研究疫情后KP檢出率顯著上升，但KP中耐藥KP檢出比例無(wú)顯著差異，這與部分國(guó)外相關(guān)研究不一致[3,4,7-10]，這可能是國(guó)外大多數(shù)相關(guān)研究以ICU中重癥或COVID-19患者為樣本來(lái)源，同時(shí)可能與我國(guó)疫情防控措施導(dǎo)致的患者住院情況發(fā)生改變有關(guān)。本研究發(fā)現(xiàn)疫情常態(tài)防控后耐藥KP檢出患者中重癥肺炎比例有所下降，但是慢性阻塞性肺疾病患者有所增多，考慮與慢性阻塞性肺疾病患者急性加重期間，住院次數(shù)減少，自行服藥抗菌藥物等因素有關(guān)。研究顯示，在抗菌藥物處方率高的環(huán)境中，例如內(nèi)科病房和重癥監(jiān)護(hù)病房，難以治療的細(xì)菌感染越來(lái)越多與死亡率升高相關(guān)聯(lián)[25-26]。本研究顯示，在耐藥KP患者中，重癥患者比例較高，同時(shí)較多患者合并膿毒血癥、呼吸衰竭等。

疫情期間由于患者醫(yī)院就診減少，尤其是各種針對(duì)性隔離措施，均可能增加潛在感染患者早期服用抗生素可能，這可能導(dǎo)致廣泛地使用抗生素，短期內(nèi)引起病原體以及耐藥性的變化。本研究進(jìn)一步分析耐藥KP抗生素耐藥性的變化，發(fā)現(xiàn)氨曲南、頭孢他啶、頭孢噻肟、氨芐西林/舒巴坦、復(fù)方新諾明在疫情前1年及疫情常態(tài)化防控后1年均為耐藥率較高的抗生素，而在疫情常態(tài)化防控后，復(fù)方新諾明耐藥率顯著下降。

本研究有助于明確COVID-19導(dǎo)致KP耐藥性變化的一些趨勢(shì)，可能有助于促進(jìn)其針對(duì)性藥物開(kāi)發(fā)過(guò)程中的臨床前研究。新冠疫情發(fā)生及疫情相關(guān)防控措施導(dǎo)致KP檢出情況發(fā)生了變化，在疫情常態(tài)化防控期間，臨床醫(yī)師在選擇抗生素時(shí)應(yīng)根據(jù)藥敏選擇本地區(qū)耐藥率相對(duì)低的藥物，優(yōu)化和改進(jìn)抗生素使用策略，同時(shí)應(yīng)避免抗生素濫用，減少耐藥細(xì)菌的產(chǎn)生。醫(yī)院在執(zhí)行嚴(yán)格疫情常態(tài)化防控措施的同時(shí)，應(yīng)通過(guò)合理的防控措施進(jìn)一步加強(qiáng)KP尤其是耐藥KP的管理。本次研究屬于單中心回顧性分析，數(shù)據(jù)來(lái)源相對(duì)局限，且樣本量偏少，僅能反應(yīng)本中心的部分情況，但本研究結(jié)果初次分析了疫情前后呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科KP檢出特征及耐藥性的變化，可供臨床參考，后期可通過(guò)多中心、大樣本研究進(jìn)一步證實(shí)。

4 結(jié)論

COVID-19疫情的發(fā)生導(dǎo)致KP檢出情況及耐藥性均發(fā)生了變化，應(yīng)引起臨床高度重視，疫情常態(tài)化防控期間應(yīng)對(duì)KP感染采取精準(zhǔn)積極的干預(yù)措施，加強(qiáng)KP檢出患者的管理并合理選用抗生素，減少耐藥KP的產(chǎn)生與傳播。