利用在線數(shù)據(jù)庫分析乳腺癌中程序性死亡蛋白-1相關(guān)信號通路基因的臨床意義

陳 路,李習(xí)平,胡 爽,戴周彤,何曉宏,王志文*

(1.岳陽職業(yè)技術(shù)學(xué)院 慢性病重點實驗室,中國湖南 岳陽 414000;2.湖南師范大學(xué) 附屬岳陽醫(yī)院/岳陽市二人民醫(yī)院,中國湖南 岳陽 414000;3.武漢科技大學(xué) 生命科學(xué)與健康學(xué)院,中國湖北 武漢 430065)

乳腺癌屬于全球健康問題,特別是對于女性而言[1～2]。全球癌癥觀察站指出,乳腺癌致死人數(shù)占2018年所有癌癥死亡人數(shù)的6%,是女性癌癥死亡的主要原因[2]。隨著乳腺癌患者從階段0和階段Ⅰ (100%)、階段Ⅱ和階段Ⅲ (分別為93%和72%)到階段Ⅳ(22%)的加重,其5年生存率大大降低[1～3]。目前,手術(shù)和化學(xué)療法被常用于治療乳腺癌[4～5]。但是,化學(xué)療法的使用已顯示出嚴(yán)重的不良情況,包括疼痛、惡心、神經(jīng)認(rèn)知功能障礙和心血管疾病等[6～7]。免疫治療為治療乳腺癌提供了一種新的方法。早在1983年就有研究發(fā)現(xiàn),T細(xì)胞能特異性地識別抗原[8]。但是,1992年Harding等[9]的研究顯示,T細(xì)胞的活化比以前想象的要復(fù)雜得多。例如:在增殖和功能分化的過程中,T細(xì)胞活化還刺激了一些抑制途徑,這些途徑可以減弱甚至消除T細(xì)胞應(yīng)答[9]。現(xiàn)在,人們認(rèn)識到腫瘤具有抑制抗腫瘤免疫應(yīng)答的機(jī)制,包括細(xì)胞因子的產(chǎn)生、免疫抑制細(xì)胞的募集和共抑制受體的上調(diào),這些機(jī)制被稱為免疫檢查點[10]。

針對免疫檢查點的治療主要包括兩個途徑。其一為細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞相關(guān)抗原4(cytotoxic T lymphocyte-associated antigen 4,CTLA-4)和共刺激分子B7。它們的結(jié)合能夠有效阻斷T細(xì)胞與抗原呈遞細(xì)胞(antigen-presenting cell,APC)的相互作用,下調(diào)T細(xì)胞活化能力,從而降低機(jī)體的抗腫瘤免疫力,使癌細(xì)胞免除被機(jī)體自身免疫系統(tǒng)殺死[11]。T細(xì)胞表面分子CD28也是免疫球蛋白相關(guān)受體家族的成員,負(fù)責(zé)T細(xì)胞免疫調(diào)節(jié)的各個方面[12～13]。但是,目前為止針對CD28的治療還在起步階段。而針對CTLA-4,在2011年,伊匹木單抗(ipilimumab)就被美國食品藥品監(jiān)督管理局(U.S.Food and Drug Administration,FDA)批準(zhǔn)為首個在轉(zhuǎn)移性黑色素瘤中顯示總體生存獲益的藥物,其工作機(jī)制為靶向CTLA-4基因,阻斷CTLA-4/B7的信號通路,從而使免疫系統(tǒng)識別并殺死癌細(xì)胞[14]。第二個主要途徑為程序性死亡蛋白-1(programmed death-1,PD-1)。PD-1最早被發(fā)現(xiàn)于小鼠的T細(xì)胞,最初被認(rèn)為主要起到活化T細(xì)胞等免疫細(xì)胞的作用[15～16]。其途徑包括PD-1及其配體程序性死亡蛋白配體-1(programmed death ligand-1,PD-L1)和PD-L2。研究報道,PD-1不會直接誘導(dǎo)細(xì)胞死亡,但會降低細(xì)胞生長因子以及存活信號;PDL1/2激活PD-1會誘導(dǎo)T細(xì)胞活性下調(diào)、細(xì)胞因子生成減少、T細(xì)胞裂解以及抗原的耐受性增強(qiáng)[17～20]。體內(nèi)研究表明,PD-L1可增加腫瘤的發(fā)生和侵襲性,并使腫瘤細(xì)胞對特定CD8+T細(xì)胞的敏感性降低[21];使用特異性抗體阻斷PD-1/PD-L1途徑可導(dǎo)致腫瘤消退[22]。腫瘤細(xì)胞通過PD-1的高表達(dá)逃脫T細(xì)胞的殺傷已成為免疫耐受的機(jī)制之一,腫瘤細(xì)胞可通過阻斷效應(yīng)子功能并降低T細(xì)胞殺傷能力來抑制抗腫瘤免疫反應(yīng)[23]。在過去的幾年中,PD-1和PD-L1的抑制劑,例如納武單抗(nivolumab)、派姆單抗(pembrolizumab)、阿特珠單抗(atezolizumab)、阿維單抗(avelumab)和德瓦魯單抗(durvalumab),改變了癌癥治療的格局。這些藥物因其在許多癌癥治療中的空前優(yōu)勢而獲得FDA批準(zhǔn),包括黑色素瘤、肺癌、尿路上皮癌、腎細(xì)胞癌和頭頸癌等[24～30]。考慮到乳腺癌在女性中的高發(fā)生率、高轉(zhuǎn)移性以及PD-1/PD-L1阻斷劑在其他癌癥中的成功應(yīng)用,在乳腺癌中使用其抑制劑似乎是一種合理的方法。

本研究旨在通過集成的大型數(shù)據(jù)庫,系統(tǒng)地研究乳腺癌患者PD-1相關(guān)信號通路的關(guān)鍵因子的表征:從表達(dá)模式到預(yù)后價值以及潛在的臨床病理學(xué)應(yīng)用,以協(xié)助PD-1相關(guān)信號通路的藥物在乳腺癌中的應(yīng)用。

1 材料與方法

1.1 數(shù)據(jù)采集

所有病人的表達(dá)數(shù)據(jù)與臨床數(shù)據(jù)都是通過癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫、GTEx(Genotype-Tissue Expression)數(shù)據(jù)庫和Oncomine數(shù)據(jù)庫獲得。GTEx數(shù)據(jù)庫是對健康人提供的組織進(jìn)行RNA-seq測序的表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(https://www.gtexportal.org/)。TCGA數(shù)據(jù)庫包括33種癌癥的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)以及對應(yīng)的臨床信息(https://portal.gdc.cancer.gov/)。Oncomine是在線癌癥微陣列數(shù)據(jù)庫,是可對全基因組表達(dá)進(jìn)行分析的在線工具(https://www.oncomine.org/)[31]。

1.2 基因的表達(dá)分析

為了分析PD-1信號通路相關(guān)基因在33種腫瘤中的表達(dá)情況,我們訪問了Oncomine在線數(shù)據(jù)庫并可視化了基因表達(dá)。對于TCGA和GTEx數(shù)據(jù)庫獲取的數(shù)據(jù),使用基因表達(dá)譜交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)作為可視化工具(http://gepia.cancer-pku.cn/)[32],數(shù)據(jù)獲取中以 PD-1、PD-L1、CTLA-4、B7 和CD28作為關(guān)鍵詞,乳腺癌作為癌癥類型。對于Oncomine數(shù)據(jù)庫,以 PD-1、PD-L1、CTLA-4、B7 和 CD28 作為關(guān)鍵詞,以差異倍數(shù)(fold change,FC)的絕對值和表達(dá)差異P＜0.05作為篩選條件。

1.3 目標(biāo)蛋白質(zhì)的免疫組化圖像分析

人類蛋白質(zhì)圖譜(The Human Protein Atlas,HPA)數(shù)據(jù)庫整合了人類組織和癌癥中蛋白質(zhì)的免疫組織化學(xué)圖像(http://www.proteinatlas.org/)[33]。文中以PD-1和B7為關(guān)鍵詞,從HPA下載了乳腺癌和正常組織中目標(biāo)蛋白質(zhì)的免疫組織化學(xué)結(jié)果。

1.4 基因的臨床表達(dá)特征分析

UALCAN(http://ualcan.path.uab.edu/)是用于深入分析TCGA數(shù)據(jù)的工具,用于驗證目的基因表達(dá)水平的差異[34]。文中以 PD-1、PD-L1、CTLA-4、B7和CD28作為關(guān)鍵詞,乳腺癌作為癌癥類型,分析了PD-1信號通路相關(guān)基因表達(dá)水平與基于美國癌癥聯(lián)合委員會的乳腺癌分期及患者年齡的關(guān)系。

1.5 基因的預(yù)后價值分析

使用GEPIA數(shù)據(jù)庫,按照目的基因表達(dá)的中位數(shù)將其分為高表達(dá)組與低表達(dá)組,繪制Kaplan-Meier生存曲線[32]。

1.6 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析

STRING數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org/)常被用于預(yù)測和分類協(xié)調(diào)基因所編碼蛋白質(zhì)之間的相互作用[35]。設(shè)置STRING數(shù)據(jù)庫中置信區(qū)間的標(biāo)準(zhǔn)為≥0.900,獲取PD-1信號通路相關(guān)基因所編碼蛋白質(zhì)的相互作用關(guān)系網(wǎng)絡(luò)。同時,使用GEPIA工具進(jìn)一步分析PD-1信號通路相關(guān)基因與預(yù)測蛋白質(zhì)之間的表達(dá)相關(guān)性。

1.7 數(shù)據(jù)分析

采用t檢驗評估PD-1信號通路相關(guān)基因在不同組中的表達(dá)差異。使用Spearman相關(guān)分析探討PD-1信號通路相關(guān)基因表達(dá)與預(yù)測蛋白質(zhì)之間的相關(guān)性。生存曲線是根據(jù)對數(shù)秩檢驗通過Kaplan-Meier方法生成的。P＜0.05被認(rèn)為具有統(tǒng)計學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 PD-1信號通路相關(guān)基因在泛癌中的表達(dá)

為了分析PD-1信號通路相關(guān)基因在泛癌中的表達(dá)情況,使用Oncomine在線數(shù)據(jù)庫分析了相關(guān)癌癥和正常組織之間的mRNA差異,結(jié)果如圖1所示。對于PD-1信號通路相關(guān)基因PD-1、PD-L1、B7、CTAL-4 和 CD28,Oncomine數(shù)據(jù)庫分別包含 293、176、329、303和 329個獨立研究。有趣的是,除了膀胱癌以外,上述5個基因在大多數(shù)癌癥類型中表達(dá)上調(diào)。進(jìn)一步的分析發(fā)現(xiàn),在乳腺癌組織中,以上5個基因的表達(dá)顯著增加,而且PD-1和B7表達(dá)升高的研究數(shù)量多于任何其他癌癥類型。

圖1 PD-1信號通路相關(guān)基因在Oncomine數(shù)據(jù)庫中的表達(dá)情況紅色代表與正常組織相比,在癌癥中表達(dá)上升。藍(lán)色代表與正常組織相比,在癌癥中表達(dá)下降。數(shù)字代表具有統(tǒng)計學(xué)意義的數(shù)據(jù)集的數(shù)量。Fig.1 Expression of PD-1 related signal pathway genes based on Oncomine databaseRed represents increased expression in cancer compared with normal tissues.Blue represents decreased expression in cancer compared with normal tissues.The number represents the number of statistically significant data sets for the study.

2.2 PD-1信號通路相關(guān)基因在乳腺癌中的表達(dá)

使用UALCAN工具從TCGA數(shù)據(jù)庫查詢相關(guān)基因在乳腺癌中的表達(dá)水平。針對1 097個乳腺癌組織和114個正常乳腺組織的分析結(jié)果如圖2所示,與正常乳腺組織相比,乳腺癌組織中PD-1、B7和CTLA-4的表達(dá)顯著增加(P值分別為1.624×10-12、1.000×10-12和 5.350×10-8);令人驚奇的是,CD28的結(jié)果無統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.881),而PD-L1的RNA-seq表達(dá)則下調(diào)(P=0.049)。結(jié)合Oncomine數(shù)據(jù)庫中的mRNA數(shù)據(jù)結(jié)果,我們推測PD-1、B7和CTLA-4的表達(dá)可能對乳腺癌有重要影響。

圖2 PD-1信號通路相關(guān)基因在乳腺癌中的表達(dá)Fig.2 Expression of PD-1 signaling pathway-related genes in breast cancer

為了驗證PD-1、B7和CTLA-4的表達(dá)在臨床中的潛在應(yīng)用,我們從人類蛋白質(zhì)圖譜中提取了特征化的免疫組織化學(xué)圖像。令人遺憾是,數(shù)據(jù)中沒有與CTLA-4相關(guān)的免疫組織化學(xué)圖像。PD-1與B7的免疫組織化學(xué)圖像如圖3所示,在正常的乳腺組織中,細(xì)胞核呈現(xiàn)不均勻的陽性染色,且混合模式較弱,相對表達(dá)量較低;但是在乳腺癌組織中,PD-1的表達(dá)存在明顯的區(qū)別,且相對表達(dá)量較高,而B7的表達(dá)無顯著差異。

圖3 PD-1和B7在乳腺癌中表達(dá)的典型免疫組化圖像Fig.3 Typical immunochemistry images of PD-1 and B7 expression in breast cancer

2.3 PD-1信號通路相關(guān)基因在乳腺癌中的病理特征

為了進(jìn)一步探討PD-1信號通路相關(guān)基因PD-1、B7和CTLA-4在乳腺癌中的病理特征,使用UALCAN數(shù)據(jù)庫分析了它們在乳腺癌中的表達(dá)與不同階段、年齡及亞型的關(guān)系。從圖4可知,PD-1、B7和CTLA-4的表達(dá)與患者乳腺癌所處階段和年齡均無關(guān)(P≥0.05),說明PD-1、B7和CTLA-4在所有分期及年齡段的乳腺癌患者體內(nèi)表達(dá)上升。從圖5可知,與正常組織相比,PD-1、B7和CTLA-4在luminal A型乳腺癌、人表皮生長因子受體2(human epidermal growth factor receptor 2,HER-2)陽性乳腺癌和三陰性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)3種乳腺癌細(xì)胞亞型中的表達(dá)量都有顯著變化;并且,B7和CTLA-4在TNBC亞型中顯示出最高的表達(dá),預(yù)示PD-1信號通路相關(guān)基因在TNBC的發(fā)生發(fā)展中扮演著重要的角色。

圖4 PD-1信號通路相關(guān)基因的表達(dá)與乳腺癌分期和患者年齡的關(guān)系Fig.4 The relationship between the expression of PD-1 signaling pathway-related genes and breast cancer stage and patient age

圖5 PD-1信號通路相關(guān)基因在乳腺癌亞型中的表達(dá)分析Fig.5 Expression of PD-1 signaling pathway related genes in breast cancer subtypes

2.4 PD-1信號通路相關(guān)基因在乳腺癌中的預(yù)后

迄今為止,除了PD-1外,人們對于乳腺癌中PD-1信號通路其他相關(guān)基因的表達(dá)水平或其可能的預(yù)后價值所知甚少。為了系統(tǒng)研究PD-1信號通路相關(guān)基因的表達(dá)與預(yù)后之間的關(guān)系,通過GEPIA工具根據(jù)其mRNA表達(dá)進(jìn)行了Kaplan-Meier生存分析。結(jié)果如圖6所示,CTLA-4、CD28、B7和PD-L1的結(jié)果不具有統(tǒng)計學(xué)意義,只有PD-1的結(jié)果具有顯著性差異,其高表達(dá)組具有更好的總體生存率。

圖6 PD-1信號通路相關(guān)基因在乳腺癌中的預(yù)后分析Fig.6 Analysis of correlation between PD-1 signaling pathway related genes and breast cancer prognosis

2.5 PD-1信號通路相關(guān)蛋白質(zhì)的相互作用網(wǎng)絡(luò)

為了更好地研究PD-1信號通路相關(guān)蛋白質(zhì)的功能與其作用機(jī)制,使用STRING數(shù)據(jù)庫預(yù)測與其相互作用的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)。根據(jù)設(shè)定的預(yù)測結(jié)合閾值,結(jié)果如圖7所示,預(yù)測到的互作蛋白質(zhì)共有21個,其中多數(shù)蛋白質(zhì)已有報道,例如CD4、CD3G及CD274。它們參與T細(xì)胞活化、淋巴細(xì)胞活化、白細(xì)胞遷移、T細(xì)胞凋亡、耐受誘導(dǎo)和細(xì)胞溶解等[15～16,36]。通過計算PD-1與其預(yù)測結(jié)合蛋白質(zhì)的相關(guān)系數(shù),我們發(fā)現(xiàn)正負(fù)相關(guān)系數(shù)最高的蛋白質(zhì)為非受體型蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸酶6(protein tyrosine phosphatase non-receptor type 6,PTPN6)。但是,PTPN6與PD-1信號通路相關(guān)蛋白質(zhì)之間相互作用的具體方式尚沒有闡明?；诖?我們通過GEPIA數(shù)據(jù)庫分析了PD-1與PTPN6的相關(guān)性。圖8的分析結(jié)果顯示,PD-1的表達(dá)與PTPN6呈正相關(guān),與PTPN11呈負(fù)相關(guān),而PTPN家族主要在各種受體和細(xì)胞質(zhì)蛋白質(zhì)酪氨酸激酶的下游起作用,參與從細(xì)胞表面到細(xì)胞核的信號轉(zhuǎn)導(dǎo),因此推測PD-1可能還通過PTPN家族影響細(xì)胞的其他功能。

圖7 PD-1信號通路相關(guān)蛋白質(zhì)與其預(yù)測結(jié)合蛋白質(zhì)間的相互作用網(wǎng)絡(luò)Fig.7 The interaction network between PD-1 signaling pathway related proteins and their predicted binding proteins

3 討論

眾所周知,腫瘤及其微環(huán)境可以影響癌細(xì)胞的侵襲、增殖和轉(zhuǎn)移功能[37～39]。盡管臨床已經(jīng)將許多化學(xué)療法及外科手術(shù)應(yīng)用于癌癥的治療,但是人們?nèi)匀徽J(rèn)為人類的免疫系統(tǒng)是抵抗癌癥最基本的、有效的武器[40]。通過抑制免疫檢查點PD-1和PD-L1來治療癌癥是細(xì)胞毒性免疫反應(yīng)最關(guān)鍵的生物學(xué)手段之一,其抗體已獲得FDA前所未有的快速授權(quán)[41～42]。然而,PD-1/PD-L1的抑制劑并不是對每個個體都有效,這就需要對PD-1及其信號通路相關(guān)基因調(diào)控的特定機(jī)制有全面的了解[43]。

在先前的研究中,研究基因的表達(dá)往往需要大量的基礎(chǔ)實驗,存在時間周期較長和樣品數(shù)量過少的缺點。生物信息學(xué)的出現(xiàn)為我們研究基因的表達(dá)提供了新的工具。大量研究顯示,生物信息已經(jīng)被廣泛地應(yīng)用于基因在正常組織與癌癥組織中的表達(dá)分析,以及基因表達(dá)與患者生存的研究。Ge等[44]通過薈萃分析TCGA的數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn),雌激素受體α和β在胃癌中異常表達(dá),并且,雌激素受體β的高表達(dá)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移呈負(fù)相關(guān),雌激素受體α的表達(dá)可能與胃癌患者的預(yù)后不良有關(guān)。Qin等[45]通過TCGA數(shù)據(jù)庫分析發(fā)現(xiàn),USP37(ubiquitin-specific peptidase 37)在乳腺癌組織中的表達(dá)升高,其過表達(dá)與死亡率增加密切相關(guān);進(jìn)一步的GSEA分析顯示,在TCGA乳腺癌樣品中,USP37的表達(dá)與細(xì)胞生長和轉(zhuǎn)移呈正相關(guān),而與細(xì)胞凋亡呈負(fù)相關(guān)。需要指出的是,以上生物信息學(xué)分析均得到了該研究團(tuán)隊的實驗驗證。基于生物信息學(xué)分析的高效性、可靠性,為了探討PD-1信號通路相關(guān)基因在癌癥中的意義,本研究使用Oncomine數(shù)據(jù)庫,首先揭示了包括乳腺癌等在內(nèi)的不同癌癥中PD-1信號通路相關(guān)基因在mRNA水平上的表達(dá),發(fā)現(xiàn) PD-1、PD-L1、B7、CTLA-4和CD28在多數(shù)癌癥中表達(dá)上調(diào)(圖1)。為了驗證結(jié)果的準(zhǔn)確性,使用TCGA數(shù)據(jù)庫從mRNA水平對上述5個基因在乳腺癌中的表達(dá)進(jìn)行了分析,發(fā)現(xiàn)除了PD-L1與CD28,其他基因的表達(dá)趨勢與Oncomine結(jié)果一致(圖2)。然而,TCGA數(shù)據(jù)庫是通過提取腫瘤組織的全部RNA進(jìn)行芯片測序的結(jié)果。因此,基于我們的發(fā)現(xiàn),進(jìn)一步從HPA數(shù)據(jù)庫中提取了相關(guān)蛋白質(zhì)的免疫組織化學(xué)圖像(圖3),以驗證TCGA數(shù)據(jù)庫的分析結(jié)果?；虻呐R床表達(dá)特征分析顯示,PD-1通路相關(guān)基因的表達(dá)與乳腺癌不同臨床階段和年齡均無關(guān)(圖4),說明PD-1通路相關(guān)基因具有作為潛在標(biāo)記物來治療乳腺癌的可行性。但是,這部分結(jié)論還需要通過收集大量的數(shù)據(jù)進(jìn)行驗證。此外,蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析顯示,PD-1通路相關(guān)基因可以通過多種途徑參與T細(xì)胞活化的生物學(xué)過程、淋巴細(xì)胞活化的調(diào)節(jié)、T細(xì)胞活化的調(diào)節(jié)和白細(xì)胞遷移(圖7),其中有的途徑已經(jīng)被驗證,有的尚待發(fā)現(xiàn)。

在免疫治療中,PD-1/PD-L1作為免疫檢查點通常被上調(diào),以創(chuàng)建免疫抑制性腫瘤微環(huán)境,并幫助癌細(xì)胞逃避免疫介導(dǎo)的破壞[46]。先前的研究表明,PD-1通路相關(guān)基因與預(yù)后之間的相關(guān)性在不同類型的腫瘤之間是不同的[47～50]。值得注意的是,在彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤中,低PD-1+的病人預(yù)后更差[51],而在肝內(nèi)膽管癌患者中,PD-1的表達(dá)會對患者的生存產(chǎn)生負(fù)面影響[52]。在本研究中,通過使用TCGA數(shù)據(jù)庫中乳腺癌的生存數(shù)據(jù),我們發(fā)現(xiàn)在PD-1信號通路相關(guān)基因中PD-1的表達(dá)與乳腺癌患者的生存情況呈正相關(guān)性(圖6)。研究顯示,在127例原發(fā)性乳腺癌中,PD-L1的高表達(dá)與良好臨床預(yù)后相關(guān)[53]。另一項針對乳腺癌患者的研究表明,PD-L1的表達(dá)與CD8+T細(xì)胞呈正相關(guān),并具有良好的臨床效果[54]。但是,也有報道指出,PD-L1的高表達(dá)與三陰性乳腺癌患者的預(yù)后較差有關(guān),這抵消了腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞的作用[55]。與上述報道不同,本研究尚未發(fā)現(xiàn)PDL1的表達(dá)與乳腺癌患者生存的關(guān)系(圖6)。迄今為止,PD-1是否可預(yù)測乳腺癌患者的預(yù)后仍在爭論中。我們的研究為以后開展基于PD-1信號通路相關(guān)的基因治療提供了新的理論支持。但是,由于TCGA與Oncomine中主要的患者為美國生活的白種高加索人,黃色人種與黑色人種的數(shù)據(jù)量較少。因此,往后還需大量收集不同膚色、人種乳腺癌患者的預(yù)后和PD-1信號通路相關(guān)基因的表達(dá)數(shù)據(jù),進(jìn)一步確認(rèn)PD-1信號通路相關(guān)基因的表達(dá)與乳腺癌患者預(yù)后的關(guān)系。

4 結(jié)論

在本研究中,我們探討了PD-1信號通路相關(guān)基因在泛癌中的表達(dá),發(fā)現(xiàn)PD-1、PD-L1、B7、CTLA-4和CD28在包括乳腺癌在內(nèi)的大多數(shù)癌癥中表達(dá)上升;并通過對TCGA數(shù)據(jù)庫的臨床信息與表達(dá)信息的挖掘,證實上述5個基因在乳腺癌中表達(dá)異常,其中PD-1的表達(dá)結(jié)果通過HPA數(shù)據(jù)庫中的免疫組化圖像得到了驗證。同時,數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn),B7和CTLA-4在TNBC乳腺癌亞型中表達(dá)最高;蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析顯示,PD-1/PD-L1信號通路與多種蛋白質(zhì)存在結(jié)合的可能性;相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn),PD-1表達(dá)與PTPN家族多個靶點蛋白質(zhì)的表達(dá)有關(guān)。此外,基于乳腺癌患者臨床生存數(shù)據(jù)的Kaplan-Meier生存曲線顯示,PD-1高表達(dá)的乳腺癌患者的預(yù)后更好。