錦繡龍蝦全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析

周錢森，任憲云，史鯤鵬，于振興，劉 萍，李 健

（1.水產(chǎn)科學(xué)國(guó)家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心（上海海洋大學(xué)），上海 201306；2.中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部海洋漁業(yè)可持續(xù)發(fā)展重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，青島 266071；3.青島海洋科學(xué)與技術(shù)試點(diǎn)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室，海洋漁業(yè)科學(xué)與食物產(chǎn)出過(guò)程功能實(shí)驗(yàn)室，青島 266071）

隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在基因表達(dá)水平分析和差異表達(dá)分析、新基因的挖掘、尋找單核苷酸多態(tài)性及應(yīng)用、基因功能注釋等方面都有所應(yīng)用，在生物研究中發(fā)揮重要作用［1］。目前為止，大多數(shù)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究利用以illumina平臺(tái)為代表的二代測(cè)序技術(shù)，其測(cè)序長(zhǎng)度遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于真核生物RNA長(zhǎng)度［2－4］。以PacBio平臺(tái)為代表的第三代測(cè)序技術(shù)因其強(qiáng)大的讀長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)，有效地解決了二代測(cè)序技術(shù)由于讀長(zhǎng)限制引起拼接不完整的問(wèn)題［5］。PacBio平臺(tái)單分子實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)，又稱SMRT（single molecule realtime）測(cè)序，SMRT cell可以在高GC含量區(qū)域完全跨過(guò)，確保序列的均勻覆蓋度，并且DNA建庫(kù)過(guò)程中，不需要進(jìn)行PCR擴(kuò)增，避免了PCR冗余和覆蓋度不均一的問(wèn)題，數(shù)據(jù)精準(zhǔn)度可以達(dá)到99.9%［6－7］。PacBio SMRT測(cè)序借助其諸多優(yōu)勢(shì)，近些年在水產(chǎn)領(lǐng)域研究中得到廣泛應(yīng)用，張金勇等［8］對(duì)金烏賊（Sepiaesculenta）采用全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得高質(zhì)量的生物學(xué)數(shù)據(jù)信息，篩選SSR位點(diǎn)并分析了其分布及組成特征?？讎[蘭等［9］通過(guò)對(duì)竹筴魚(yú)（Trachurusjaponicus）高通量測(cè)序，篩選獲得27個(gè)具有多態(tài)性的微衛(wèi)星標(biāo)記，利用一個(gè)竹筴魚(yú)群體對(duì)通過(guò)篩選的微衛(wèi)星標(biāo)記的種群遺傳學(xué)特征進(jìn)行評(píng)價(jià)。ZHANG等［10］通過(guò)三代與二代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合挖掘施氏鱘（Acipenserschrenckii）性腺中早期配子發(fā)生的相關(guān)基因，更好地了解其生殖調(diào)控機(jī)制。本研究采用三代測(cè)序技術(shù)的PacBio SMRT平臺(tái)對(duì)錦繡龍蝦（Panulirusornatus）進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，通過(guò)生物信息學(xué)方法對(duì)所測(cè)的序列進(jìn)行拼接、分類、功能注釋和代謝途徑分析，獲得錦繡龍蝦豐富的序列信息，旨在為進(jìn)一步挖掘錦繡龍蝦相關(guān)功能基因、基因組學(xué)及開(kāi)發(fā)分子標(biāo)記等研究奠定基礎(chǔ)。

錦繡龍蝦隸屬于節(jié)肢動(dòng)物門（Arthropoda），甲殼綱（Crustacea），十足目（Decapoda），龍蝦科（Palinuridae），龍蝦屬，在已知的19個(gè)種類的龍蝦中錦繡龍蝦是其中較為珍貴的優(yōu)質(zhì)水產(chǎn)品，其體型較大、營(yíng)養(yǎng)豐富、脂肪含量低、味道鮮美［11－12］，主要分布在熱帶印度洋東部、東南亞、澳大利亞和西太平洋地區(qū)［13］，生長(zhǎng)速度快于波紋龍蝦（P.homarus）、中國(guó)龍蝦（P.stimpsoni）、雜色龍 蝦（P.versicolor）和 黃 斑 龍 蝦（P.polyphagus）等［14］。作為寶貴的海洋漁業(yè)資源，錦繡龍蝦因遭受高強(qiáng)度捕撈，資源量急劇減少。目前，錦繡龍蝦育苗尚未取得成功，亟需開(kāi)展人工繁殖相關(guān)研究以保護(hù)和增殖資源［15］。錦繡龍蝦基因組測(cè)序亦未完成，其基因序列信息還比較匱乏，相關(guān)的分子遺傳基礎(chǔ)也很薄弱，因此本研究利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)錦繡龍蝦全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，以期為后期相關(guān)功能基因的研究以及種質(zhì)繁育等提供理論支持和數(shù)據(jù)支撐。

1 材料與方法

1.1 材料

實(shí)驗(yàn)所用錦繡龍蝦購(gòu)于海南省瓊海市博鰲鎮(zhèn)永賀生物科技有限責(zé)任公司，隨機(jī)挑選3只體表完整無(wú)明顯傷痕、活力好、規(guī)格整齊的龍蝦進(jìn)行取樣，分別取鰓、肝胰腺、肌肉、胃、腸、腦和心臟組織，迅速放入液氮中保存，用于后續(xù)的RNA提取。

1.2 RNA提取與質(zhì)控

采用Trizol法［16］分別提取錦繡龍蝦鰓、肝胰腺、肌肉、胃、腸、腦和心臟組織總RNA，利用瓊脂糖凝膠電泳分析RNA是否存在污染；通過(guò)Nanodrop測(cè)取OD260／280比值檢測(cè)RNA濃度；Qubit精確定量RNA濃度；Agilent 2100判斷RNA的完整性。選取符合標(biāo)準(zhǔn)的各組織RNA等量混合構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)。

1.3 測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建

將各組織混合后的RNA用Oligo（dT）的磁珠富集含有polyA的mRNA，然后通過(guò)SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit反轉(zhuǎn)錄為cDNA，循環(huán)優(yōu)化選取最合適的條件，通過(guò)PCR大規(guī)模擴(kuò)增利用磁珠篩選的片段，獲得一定數(shù)量的cDNA，全長(zhǎng)cDNA進(jìn)行末端修復(fù)、損傷修復(fù)、連接SMRT啞鈴型接頭，構(gòu)建全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)。核酸外切酶消化，剔除cDNA左右端未連接的序列，最終通過(guò)DNA聚合酶結(jié)合引物，形成完整的文庫(kù)。測(cè)序由北京諾禾致源科技股份有限公司完成。

1.4 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及序列分析

采用SMRTlink（PacBio）處理原始下機(jī)數(shù)據(jù)獲得子序列，校正子序列獲得環(huán)形一致性序列（circular consensus sequence，CCS），然后根據(jù)環(huán)形一致性序列是否含有3′端引物、5′端引物以及polyA尾將其分為全長(zhǎng)序列與非全長(zhǎng)序列；再對(duì)全長(zhǎng)序列進(jìn)行聚類，獲得聚類一致序列［17］；最后對(duì)得到的全長(zhǎng)序列進(jìn)行改良，獲得高質(zhì)量的一致序列用于后續(xù)分析。

1.5 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組序列的功能注釋及結(jié)構(gòu)分析

利用CD-HIT軟件對(duì)獲得的改良一致序列去冗余，將錦繡龍蝦組裝所得單基因簇與公共數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，通過(guò)序列相似程度得出具有最高相似性的蛋白，從而對(duì)該單基因簇進(jìn)行功能注釋，利用NCBI非冗余蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù)（nonredundant protein sequences，NR）、NCBI核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)（nucleotide sequences，Nt）［18］、蛋白質(zhì)真核同源數(shù)據(jù)庫(kù)（eukaryotic orthologous groups，KOG）［19］、蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（SwissProt protein sequence database，SwissProt）［20］、蛋白質(zhì)家族數(shù)據(jù)庫(kù)（protein families database，Pfam）［21］、基因功能描述分類系統(tǒng)（gene ontology，GO）［22］及京都基因與基因組百科全書(shū)（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）［23］。

2 結(jié)果與分析

2.1 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與組裝分析

2.1.1 測(cè)序結(jié)果與數(shù)據(jù)組裝

采用PacBio Sequel測(cè)序平臺(tái)對(duì)錦繡龍蝦鰓、肝胰腺、肌肉、胃、腸腦和心臟等組織混樣進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，共獲得39 828 440個(gè)子序列（71.1 Gb），平均子序列長(zhǎng)度為1 786 bp，N50為2 492 bp。通過(guò)每個(gè)ZMW孔中的子序列得到CCS聚類之后得到的序列數(shù)為1 018 599個(gè)，序列平均長(zhǎng)度為2 377 bp，N50為2 872 bp。同時(shí)含有3′引物和5′引物，以及3′引物前含有polyA尾的全長(zhǎng)序列（full-length，F(xiàn)L）554 600個(gè)，全長(zhǎng)非嵌合序列（full-length non-chimeric read，F(xiàn)LNC）543 552個(gè)，序列平均長(zhǎng)度為2 055 bp，F(xiàn)LNC／CCS為53.36%。全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組得到改良后一致序列28 034個(gè)，序列平均長(zhǎng)度為2 250 bp。

2.1.2 CDS預(yù)測(cè)

利用ANGEL軟件對(duì)獲得的基因片段進(jìn)行蛋白編碼區(qū)預(yù)測(cè)分析［24］，結(jié)果顯示一共有12 660個(gè)基因片段可視為蛋白編碼區(qū)，其序列長(zhǎng)度的范圍為0～5 000 bp，主要集中于250～1 250 bp（圖1）。

圖1 CDS長(zhǎng)度分布圖Fig.1 Statistics of sequence length of CDS

2.1.3 SSR預(yù)測(cè)

簡(jiǎn)單重復(fù)序列標(biāo)記（simple sequence repeats，SSR），又稱為短串聯(lián)重復(fù)序列或微衛(wèi)星標(biāo)記。是一類由幾個(gè)核苷酸為重復(fù)單位組成的長(zhǎng)達(dá)幾十個(gè)核苷酸的重復(fù)序列，長(zhǎng)度較短，且廣泛均勻分布于真核生物基因組中。通過(guò)檢索Unigene序列，共發(fā)現(xiàn)14 277個(gè)SSR位點(diǎn)，分布在8 813個(gè)Unigene中。從表1可以發(fā)現(xiàn)，單核苷酸到三核苷酸重復(fù)最多，占總SSR位點(diǎn)數(shù)量的99.13%，其中單核苷酸重復(fù)以A／T重復(fù)基序最多；二核苷酸重復(fù)以AC／GT和AT／AT重復(fù)基序出現(xiàn)頻率最高；三核苷酸重復(fù)則以ATT／AAT和ATC／GAT為主要類型；四核苷酸重復(fù)則以GAAA／TTTC較多。其他五核苷酸和六核苷酸重復(fù)基元類型較多，數(shù)量非常少。

表1 錦繡龍蝦SSR不同重復(fù)基元分布情況Tab.1 Distribution of different repeat motifs in P.ornatus

2.1.4 lncRNA分析

長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）是一類轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度超過(guò)200 nt、不編碼蛋白質(zhì)的RNA分子。由于建庫(kù)原理的限制，我們只能獲得含有polyA尾的lncRNA。使用CNCI［25］、CPC2［26］、Pfam［27］以及PLEK［28］對(duì)CD-HIT去冗余得到的基因進(jìn)行編碼潛能預(yù)測(cè)，經(jīng)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)后預(yù)測(cè)其編碼潛能，最終分析6 315個(gè)LncRNA序列，其中共有數(shù)目為1 342個(gè)（圖2）。

圖2 編碼潛能預(yù)測(cè)維恩圖Fig.2 Venn diagram of encoding potential prediction

2.2 Unigene的功能注釋

2.2.1 注釋結(jié)果統(tǒng)計(jì)

將錦繡龍蝦轉(zhuǎn)錄組所獲得的單基因簇序列在NR數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行對(duì)比，共有11 086個(gè)Unigene獲得注釋，對(duì)比到424個(gè)物種，其中對(duì)比較多的前20個(gè)物種包括鉤蝦（Hyalellaazteca，3 907個(gè)）、濕木白蟻（Zootermopsisnevadensis，504個(gè)）、大型蚤（Daphniamagna，483個(gè)）、凡納濱對(duì)蝦（Litopenaeusvannamei，296個(gè)）、美洲鱟（Limulus polyphemus，266個(gè)）、斑節(jié)對(duì)蝦（Penaeusmonodon，257個(gè)）、克氏原螯蝦（Procambarusclarkii，196個(gè)）、中華絨螯蟹（Eriocheirsinensis，182個(gè)）、松葉蜂（Neodiprionlecontei，166個(gè)）、擬穴青蟹（Scylla paramamosain，160個(gè)）、淡水枝角水蚤（Daphnia pulex，139個(gè)）、日 本 囊 對(duì) 蝦（Marsupenaeus japonicus，133個(gè)）、鴨嘴舌形貝（Lingulaanatina，121個(gè)）、中國(guó)明對(duì)蝦（Fenneropenaeuschinensis，116個(gè)）、紅螯螯蝦（Cheraxquadricarinatus，115個(gè)）、美洲螯龍蝦（Homarusamericanus，114個(gè)）、白氏文昌魚(yú)（Branchiostomabelcheri，102個(gè)）、三疣梭子蟹（Portunustrituberculatus，85個(gè)）、羅氏沼蝦（Macrobrachium rosenbergii，83個(gè)）、淡 水 螯 蝦（Pacifastacusleniusculus，81個(gè)）。從NR數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋結(jié)果來(lái)看，注釋到鉤蝦的基因最多，推測(cè)錦繡龍蝦與鉤蝦同源性較高。隨著錦繡龍蝦生物學(xué)研究的不斷深入，GenBank的基因數(shù)據(jù)越來(lái)越豐富，后期將獲得更多錦繡龍蝦基因注釋。

2.2.2 GO功能分類

GO是一套國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)化的基因功能描述的分類系統(tǒng)，分為細(xì)胞組分（cellular component，CC）、分子功能（molecular function，MF）、生物學(xué)過(guò)程（biological process，BP）3大類［22］。將獲得的錦繡龍蝦Unigene與GO數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行匹配，分別有17 624個(gè)、10 398個(gè)和9 530個(gè)被劃分到BP、CC及MF 3大類，涵蓋上述功能類別的51個(gè)亞類（圖3），其中BP 24個(gè)亞類，涉及細(xì)胞進(jìn)程、代謝進(jìn)程及單生物進(jìn)程的較多，分別有3 768個(gè)、3 456個(gè)和2 918個(gè)；CC 18個(gè)亞類，涉及細(xì)胞、細(xì)胞部分及細(xì)胞器的較多，分別有1 894個(gè)、1 894個(gè)和1 428個(gè)；MF 9個(gè)亞類，涉及結(jié)合活性和催化活性的較多，分別有4 789個(gè)和3 398個(gè)。

圖3 Unigenes的GO功能分類圖Fig.3 GO functional categories of Unigenes

2.2.3 KOG分類統(tǒng)計(jì)

COG（cluster of orthologous groups of proteins）是根據(jù)細(xì)菌、藻類和真核生物完整基因組的編碼蛋白系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系分類構(gòu)建而成的蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)，其中真核生物數(shù)據(jù)庫(kù)稱之為蛋白質(zhì)真核同源數(shù)據(jù)庫(kù)（eukaryotic orthologous groups，KOG）［19］。通過(guò)KOG數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)比到錦繡龍蝦單基因簇，共有9 433個(gè)獲得注釋信息，共分為26個(gè)功能組分（圖4），其中獲得注釋較多的功能組分一般功能預(yù)測(cè)（1 413個(gè)，14.98%）、其次是信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制（1 030個(gè)，10.92%）及翻譯后修飾、蛋白轉(zhuǎn)換、伴侶蛋白（917個(gè)，9.72%），其中未知蛋白僅有4個(gè)。

圖4 Unigenes的KOG功能分類Fig.4 KOG function classification of Unigenes

2.2.4 KEGG功能注釋

KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）是系統(tǒng)分析基因產(chǎn)物和化合物在細(xì)胞中的代謝途徑以及基因產(chǎn)物功能的數(shù)據(jù)庫(kù)，已建立了一套完整KO注釋的系統(tǒng)，可完成新測(cè)序物種的基因組或轉(zhuǎn)錄組的功能注釋［29］。與KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)比，最終錦繡龍蝦單基因簇注釋到5大類34小類（圖5），其中基因數(shù)量較多的代謝通路有信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制通路（1 015個(gè)），轉(zhuǎn)運(yùn)和分解代謝通路（726個(gè)），跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)的代謝通路基因最少，僅有9個(gè)。這些獲得注釋的單基因簇可為后續(xù)的錦繡龍蝦功能基因研究和應(yīng)用提供數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。

2.2.5 轉(zhuǎn)錄因子分析

轉(zhuǎn)錄因子（transcription factor，TF）作為一類特殊的DNA結(jié)合蛋白，能與基因5′端上游的特定序列專一性結(jié)合，從而使目的基因能夠在特定的時(shí)空進(jìn)行表達(dá)，通過(guò)轉(zhuǎn)錄因子間以及與其他相關(guān)蛋白間的相互作用達(dá)到激活或抑制轉(zhuǎn)錄的效果，發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。動(dòng)物轉(zhuǎn)錄因子鑒定使用動(dòng)物轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)［30］animalTFDB 2.0，預(yù)測(cè)到轉(zhuǎn)錄因子有415個(gè)，隸屬于29個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家族（圖6），其中比較多的轉(zhuǎn)錄因子家族：zf-C2H2家族有109個(gè)、ZBTB家族有75個(gè)，E2F家族、NFYB家族、THR-like家族、HSF家族、IRF家族、MBD家族和STAT家族最少，均只有2個(gè)，這些轉(zhuǎn)錄因子家族成員的獲取可為后期錦繡龍蝦生長(zhǎng)發(fā)育、代謝調(diào)節(jié)、免疫應(yīng)答等相關(guān)研究奠定基礎(chǔ)。

圖6 錦繡龍蝦轉(zhuǎn)錄因子分析Fig.6 Transcription factor analysis of P.ornatus

3 討論

PacBio Sequel測(cè)序儀是美國(guó)太平洋生物技術(shù)公司（Pacific Biosciences）基于PacBio RSII平臺(tái)最新推出的第三代測(cè)序平臺(tái)，該系統(tǒng)以其測(cè)序通量高、單Gb數(shù)據(jù)成本低、周期短等特點(diǎn)廣受青睞。PacBio第三代測(cè)序技術(shù)的最大特點(diǎn)是無(wú)需進(jìn)行PCR擴(kuò)增，可直接讀取目標(biāo)序列，是轉(zhuǎn)錄組從頭測(cè)序的首選［31］。對(duì)于無(wú)基因組參考的水生生物來(lái)說(shuō)，運(yùn)用三代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析以及功能基因的挖掘是較好的策略［32－34］。本研究對(duì)錦繡龍蝦全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析，共獲得39 828 440個(gè)子序列，平均子序列長(zhǎng)度為1 786 bp，N50為2 492 bp，結(jié)果顯示轉(zhuǎn)錄組所獲得的組裝序列完整性較好。利用NR、Nt、KOG、SwissProt等7大公共數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行功能注釋分類共獲得序列28 034個(gè)，有11 086個(gè)獲得注釋，對(duì)比到424個(gè)物種，有10 463個(gè)注釋到350個(gè)代謝通路，有9 433個(gè)獲得KOG注釋，分為26個(gè)功能組分。曾地剛等［35］對(duì)凡納濱對(duì)蝦肝胰腺采用二代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，結(jié)果 獲得500 177個(gè)EST（expressed sequence tags），序列平均長(zhǎng)度363 bp。拼接獲得20 225個(gè)Unigene，序列平均長(zhǎng)度507 bp。注釋到NR、COG以及KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的分別為13 676個(gè)、4 645個(gè)、4 104個(gè)。李喜蓮等［36］以紅螯螯蝦肝臟、精巢以及卵巢為材料進(jìn)行二代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，獲得了6 736個(gè)單基因簇，注釋到GO的為16 989個(gè)，注釋到COG的為4 697個(gè)，注釋到KEGG的為9 842個(gè)。對(duì)比研究結(jié)果顯示，三代測(cè)序獲得的序列質(zhì)量、基因數(shù)以及注釋到的基因信息均優(yōu)于二代測(cè)序。

基于PacBio測(cè)序平臺(tái)對(duì)構(gòu)建甲殼動(dòng)物轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)序列聚類和改良，ZHANG等［37］通過(guò)凡納濱對(duì)蝦全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)獲得72 648條高質(zhì)量序列，WANG等［38］通過(guò)中國(guó)明對(duì)蝦進(jìn)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)獲得10 795條高質(zhì)量序列，POOTAKHAM等［39］通過(guò)斑節(jié)對(duì)蝦全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)得到22 418條高質(zhì)量序列。本研究通過(guò)錦繡龍蝦全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)最終獲得了13 297條高質(zhì)量序列，相較于凡納濱對(duì)蝦和斑節(jié)對(duì)蝦少，除了物種的差異外，也歸因于轉(zhuǎn)錄組聚類過(guò)程中的參數(shù)設(shè)置。同時(shí)，測(cè)序過(guò)程中5′末端的降解也可能導(dǎo)致同一轉(zhuǎn)錄組序列進(jìn)行不同的聚類劃分?？紤]到這一點(diǎn)，本研究將錦繡龍蝦全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組序列聚類，獲得高質(zhì)量的一致序列用于后續(xù)分析。

本研究利用Nr、KEGG等數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)錦繡龍蝦轉(zhuǎn)錄組序列進(jìn)行功能注釋，結(jié)果顯示有28 034個(gè)單基因簇獲得注釋信息，部分基因序列仍沒(méi)有獲取注釋，可能由于錦繡龍蝦是未測(cè)序物種，公共數(shù)據(jù)庫(kù)中缺乏相關(guān)的功能注釋信息，也可能是部分錦繡龍蝦單基因簇序列較短造成。將獲得的蛋白同源序列與NR數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)比發(fā)現(xiàn)，與鉤蝦對(duì)比的同源信息最多，占35%，推測(cè)可能是由于鉤蝦與錦繡龍蝦的進(jìn)化史和生活史較為相似。將錦繡龍蝦轉(zhuǎn)錄組單基因簇注釋到GO數(shù)據(jù)庫(kù)，可劃分為3大類共計(jì)51個(gè)分支，與KOG數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)比可分為26類，GO和KOG注釋功能分類的結(jié)果顯示錦繡龍蝦單基因簇的功能涉及了各類生命活動(dòng)。KEGG注釋到5大類34小類，其中涉及代謝通路和次生物質(zhì)的生物合成基因較多。從轉(zhuǎn)錄組共檢測(cè)出14 277個(gè)SSR位點(diǎn)，這些SSR在提高物種遺傳多樣性潛能方面發(fā)揮著重要的作用，為下一階段開(kāi)發(fā)錦繡龍蝦多態(tài)性SSR分子標(biāo)記提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。通過(guò)對(duì)錦繡龍蝦轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行注釋分析，初步闡明了錦繡龍蝦基因的功能、參與的生物過(guò)程、所在的代謝途徑或信號(hào)通路等，對(duì)于后期深入研究關(guān)鍵基因的功能提供了信息，為發(fā)掘錦繡龍蝦功能基因、研究相關(guān)生理功能奠定了基礎(chǔ)。