張 敏,張先舟,李 聰,高 浩,劉健慧,田益玲,馬 雯,李英軍,檀建新
(河北農(nóng)業(yè)大學食品科技學院,河北省農(nóng)產(chǎn)品加工工程技術(shù)中心,河北 保定 071000)
黃曲霉毒素(aflatoxins,AFs)是真菌毒素中毒性最強的一種化合物,具有與蛋白質(zhì)和DNA結(jié)合的“雙重危險”能力,有致突變和致癌毒性,可引起多種疾病,如肝癌、腦病、肺間質(zhì)纖維化以及生殖和免疫系統(tǒng)疾病等,被世界衛(wèi)生組織列為人類第一類致癌物[1-3]。這些真菌可以污染不同食物,如干果(無花果和葡萄干)、谷物(大米、玉米、大麥)、水果和咖啡等[4-5]。大多數(shù)動物的半數(shù)致死量(LD50)在1~50 mg/kg之間,對于一些敏感的動物,如家禽、虹鱒魚和大鼠,其臨界毒性水平低于1 mg/kg[6]。如果動物誤食含黃曲霉毒素B1(aflatoxin B1, AFB1)污染的飼料,經(jīng)肝臟轉(zhuǎn)化產(chǎn)生羥化代謝物AFM1,在哺乳動物乳腺中,隨乳汁排出,危害動物健康,同時也嚴重影響奶制品的質(zhì)量和安全[7]。
核酸適配體是通過指數(shù)富集的配體系統(tǒng)進化(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)技術(shù)[8],經(jīng)過多輪篩選后,從隨機單鏈寡核苷酸(single-strand DNA,ssDNA)或ssRNA分離得到與靶標分子高親和力、特異性結(jié)合寡核苷酸序列,并能通過分子間的相互作用(如芳香環(huán)、π-π堆積、范德華力和帶電基團之間的靜電相互作用等)形成特殊的三維結(jié)構(gòu)[9-10]。在1990年,Ellington[11]和Tuerk[12]等首次提出核酸適配體的概念。Ellington等[11]報道了一組與有機染料的特異性RNA適配體,Tuerk等[12]報道了一種與T4 DNA聚合酶相互作用的RNA適配體。適配體的靶標范圍廣泛,從小分子的金屬離子、有機染料到生物大分子,如蛋白質(zhì)、細胞甚至整個腫瘤組織[13-14]。與抗體相比,適配體具有生產(chǎn)方便、成本低、熱穩(wěn)定好、易化學合成、易與多種官能團修飾、高親和合力和高特異性等優(yōu)點[15-16],在分析領(lǐng)域具有廣闊的應(yīng)用前景。目前靶向生物毒素適配體陸續(xù)有報道,包括特異性識別葡萄球菌腸毒素[17]、赭曲 霉素[18]、T-2毒素[19]、伏馬毒素[20]和玉米赤霉烯酮[21]。以適配體為識別元件,所開發(fā)的生物傳感器具有更高的靈敏度和特異性,檢測時間短,可在現(xiàn)場檢測等優(yōu)點[22]。
經(jīng)過近30年的發(fā)展,根據(jù)不同的靶標已經(jīng)陸續(xù)發(fā)展了很多篩選方法。目前篩選小分子物質(zhì)一般采用磁珠法、親和層析柱法、氧化石墨烯(graphene oxide,GO)法[23-25]。在篩選AFB1時,因其無任何功能性官能團,難以共軛,給篩選帶來一定的難度。如果采用傳統(tǒng)磁珠法,還有可能改變靶標的構(gòu)象和性質(zhì),影響適配體親和力等一系列的問題[26]。Gao Sunxiang等[27]針對海洋生物毒素膝溝藻毒素1/4進行兩種不同篩選方法,一種采用傳統(tǒng)的磁珠法(magnetic beads-SELEX,MB-SELEX),另一種采用新型的氧化石墨烯法(GO-SELEX),結(jié)果發(fā)現(xiàn)與典型的MB-SELEX相比,GO-SELEX更具有優(yōu)勢。首先,GO-SELEX過程中,ssDNA每輪的回收率顯著高于MB-SELEX;其次,通過GO-SELEX獲得的序列顯示更高同源性,其中具有多個重復序列,而MB-SELEX獲得的序列具有較低同源性,幾乎沒有重復序列;最后GO-SELEX篩選的適配體解離常數(shù)Kd在納摩爾每升范圍內(nèi),表現(xiàn)出更高的親和力,而MB-SELEX具有較低的親和力,范圍從幾十微摩爾每升到幾微摩爾每升,差距可達100 倍。
國內(nèi)外已建立了多種針對AFB1的檢測方法,主要包括薄層色譜法[28]、高效液相色譜法[29]、酶聯(lián)免疫法[30]、膠體金免疫層析技術(shù)[31]和免疫親和柱熒光[32]檢測等,以上這些方法的應(yīng)用受到檢測儀器昂貴、檢測過程繁瑣且需要專門的操作人員等其他原因的限制。而納米金比色方法具有檢測方便、靈敏、適應(yīng)性強、低成本、可短時間分析等優(yōu)勢,在食品安全的快速檢測中越來越受到歡迎。
本實驗利用GO-SELEX法將靶物質(zhì)AFB1和一個長度為80 bp的隨機ssDNA文庫進行孵育,以GO作為分離物質(zhì),以聚合酶鏈式反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)擴增和磁珠法制備次級文庫為手段,通過8 輪正篩選和2 輪反篩選,獲得高親和性和高特異性的核酸適配體序列,為小分子DNA適配體的篩選提供一種新的替代方法,并以篩選所得的適配體為特異性識別探針,納米金為指示劑,建立AFB1的可視化檢測方法,以期為食品安全檢測提供技術(shù)支持。
大米 保定永輝超市;A F B1、伏馬菌素(fumonisin B1,F(xiàn)B1)、赭曲霉毒素A(ochratoxin A, OTA)、玉米赤霉烯酮(zearalenone,ZEN)、脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(deoxynivalenol,DON)、T-2毒素 青島普瑞邦生物工程有限公司;GO 上海阿拉丁試劑有限公司;2×Es Taq Master Mix(Dye)、50 bp DNA ladder 北京康為世紀生物科技有限公司;核酸共沉劑試劑盒、pMD18-T連接試劑盒 大連寶生物工程有限公司;鏈霉親和素磁珠 蘇州海貍生物醫(yī)學工程有限公司;Top10大腸桿菌感受態(tài)、提取質(zhì)粒試劑盒 北京全式金生物技術(shù)有限公司;氨芐青霉素(ampicillin,Amp)、瓊脂糖凝膠DNA回收試劑 北京Solarbio 公司;氯金酸(HAuCl4) 美國Sigma公司;二水合檸檬酸三鈉、NaCl、HCl、HNO3上海國藥集團化學試劑有限公司。
適配體庫:DNA (ssDNA )文庫:5’-ATAGGAGTCACGACGACCAG-N40-TATGTGCGTCTACCTCTTGA-3’,上游引物P1:5’-ATAGGAGTCACGACGACCAG-3’,下游引物P2:5’-TCAAGAGGTAGACGCACATA-3’。標記的下游引物P3:5’-biotin-TCAAGAGGTAGACGCACATA-3’,由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。
TG16-WS微量高速離心機 長沙湘儀離心機儀器有限公司;JY04S-3C聚丙烯酰胺凝膠電泳裝置 北京君意華鑫科技有限公司;TProfessional standard PCR儀 德國Biometra公司;DYY-7C電泳儀 北京市六一儀器廠;WD9413C凝膠成像分析系統(tǒng) 北京科普爾科技發(fā)展有限公司;iMark酶標儀 美國Bio-Rad公司;K2800核酸蛋白儀 北京凱奧科技發(fā)展有限公司;KQ-500DV超聲波清洗器 昆山市超聲儀器有限公司;DFY-500高速粉碎機 浙江省永康市金穗機械制造廠。
1.3.1 SELEX過程
1.3.1.1 正向篩選
1)取2 nmol的初始文庫(合成的ssDNA文庫)溶解于400 μL結(jié)合緩沖液,混合均勻,于95 ℃水浴熱變性10 min,0 ℃冰浴10 min,室溫10 min。加入2 nmol靶標AFB1,室溫孵育1 h。
2)加入GO溶液,4 ℃、13 000 r/min多次離心,去除上清液,將上述孵育混合液轉(zhuǎn)移到GO沉淀,孵育2 h。
3)4 ℃、13 000 r/min離心10 min,棄除沉淀,收集上清液,并通過苯酚-氯仿-異戊醇(25∶24∶1,V/V)混合液抽提,12 000 r/min離心5 min,吸取上層水相,并加入1/10 倍體積的3 mol/L醋酸鈉(pH 5.2)溶液,2.5 倍體積的冰乙醇溶液混勻,-20 ℃靜置過夜。
4)4 ℃、12 000 r/min離心15 min,棄上清液,再加入4 ℃預冷的70%乙醇溶液洗滌后,4 ℃、12 000 r/min離心15 min。沉淀部分室溫干燥,加入100 μL滅菌TE緩沖溶液,通過核酸蛋白儀測定濃度。
1.3.1.2 反向篩選
1)用400 μL的結(jié)合緩沖液溶解ssDNA文庫,于95 ℃熱變性10 min,0 ℃ 10 min,室溫10 min。加入等物質(zhì)的量的ZEN、DON、T-2毒素、FB1和OTA混合液,室溫輕微振蕩孵育1 h。
2)加入GO溶液,4 ℃、13 000 r/min多次離心,去除上清液,將上述孵育混合液轉(zhuǎn)移到GO沉淀,孵育2 h。
3)4 ℃、13 000 r/min離心10 min,棄掉上清液,得到GO-ssDNA沉淀,加入400 μL的結(jié)合緩沖液將其重懸,離心,棄上清液,重復操作3 次,以便徹底去除與反篩物結(jié)合的適配體。
4)經(jīng)過洗滌沉淀后,重新加入400 μL結(jié)合緩沖液和2 nmol AFB1溶液,室溫孵育1 h。
5)4 ℃、12 000 r/min離心15 min,上清液通過苯酚、氯仿和異戊醇抽提,乙醇法沉淀,加入100 μL滅菌TE緩沖溶液重溶DNA,通過核酸蛋白儀測定濃度。
1.3.1.3 ssDNA的PCR條件優(yōu)化
用于擴增ssDNA的PCR擴增體系如下:DNA模板2.0 μL,上、下游引物(20 μmol/L)各0.5 μL,2×Es Taq Master Mix(Dye)12.5 μL,用無菌ddH2O補至25 μL。PCR擴增條件為94 ℃預變性5 min,94 ℃變性30 s,58 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,最后72 ℃延伸5 min。擴增產(chǎn)物用3%的瓊脂糖凝膠電泳驗證擴增結(jié)果。
1.3.1.4 ssDNA次級文庫的制備
取100 μL鏈霉親和素修飾過的磁珠,用磁珠緩沖液(10 mmol/L Tris-HCl、1 mmol/L EDTA、1 mol/L NaCl、0.01 %~0.1% Tween-20,pH 7.5)清洗3 遍,加入500 μL的磁珠緩沖液和待分離的雙鏈DNA,室溫振蕩孵育45 min,將其放置于磁力架上,靜置2 min,吸棄上清液。用磁珠緩沖液清洗3 遍后,加入125 μL的0.15 mol/L NaOH溶液,37 ℃孵育15 min,使雙鏈DNA解鏈。吸取上清液,用稀鹽酸溶液調(diào)整pH 7.5左右,即可用作次級文庫的下一輪篩選。
1.3.1.5 回收率實驗
每一輪篩選經(jīng)過醇沉之后計算回收率,隨著篩選輪數(shù)的增加,未能與AFB1結(jié)合的不斷被篩掉,與AFB1親和力高的ssDNA逐漸得到富集,回收率不斷增加,待回收率趨于平穩(wěn),篩選過程基本結(jié)束。
1.3.2 連接轉(zhuǎn)化及適配體二級結(jié)構(gòu)的預測
將第8輪和終輪篩選得到的ssDNA,用上游引物P1和下游引物P3進行PCR擴增,擴增產(chǎn)物全量上樣于3%瓊脂糖,電泳并切下目的條帶,通過DNA回收試劑盒進行ssDNA回收。將PCR產(chǎn)物與pMD18-T載體連接,連接轉(zhuǎn)化到大腸桿菌感受態(tài),振蕩培養(yǎng)45 min,使細菌復蘇,37 ℃過夜培養(yǎng)。經(jīng)菌落PCR驗證,隨機挑取60 個陽性克隆子轉(zhuǎn)接到液體LB培養(yǎng)基中,培養(yǎng)12 h,用質(zhì)粒提取試劑盒提取質(zhì)粒,送往生工生物工程(上海)股份有限公司進行測序。
將測序序列結(jié)果經(jīng)過比對,去除重復和非單克隆的序列,用DNAMAN軟件在線預測模擬二級結(jié)構(gòu)。
1.3.3 適配體與AFB1的親和力驗證
將不同濃度(5~200 nmol/L)熒光標記的適配體序列進行95 ℃加熱,立即0 ℃冰浴的預處理,分別與固定濃度AFB1(1 μmol/L)室溫孵育2 h,反應(yīng)總體積為500 μL,同時設(shè)置不加入AFB1的陰性對照,孵育結(jié)束后,加入與適配體呈比例的GO溶液,繼續(xù)避光孵育60 min,13 000 r/min離心10 min,取上清液200 μL放入黑色酶標板中,用酶標儀測定熒光值(Ex=480 nm,Em=520 nm)。采用GraphPad-Prism6軟件將熒光值對應(yīng)核酸適配體濃度進行非線性擬合,根據(jù)公式:Y=Bmax×X/(Kd+X)計算得到Kd值(Bmax為最大結(jié)合位點的數(shù)目, X為適配體濃度,Y為熒光強度)。
1.3.4 適配體與AFB1的特異性驗證
通過比較每條適配體序列的Kd值,挑選親和力較高的適配體序列進行特異性分析實驗。具體操作步驟為:將100 nmol/L帶FAM標記的序列分別加入ZEN、DON、T-2毒素、FB1、OTA和AFB1(各1 nmol),37 ℃孵育2 h后,再加入GO溶液(GO∶ssDNA=400∶1)進行吸附,37 ℃搖床孵育1 h,以猝滅未結(jié)合AFB1適配體序列的熒光。反應(yīng)結(jié)束后,將孵育混合物以 13 000 r/min離心10 min,并收集上清液,測定上清液的熒光值(Ex=480 nm,Em=520 nm)。
1.3.5 納米金粒子比色法檢測AFB1
1.3.5.1 納米金的制備
納米金采用Frens[33]建立的檸檬酸鈉還原法制備。在燒杯中加入95.8 mL純水,再加入4.2 mL質(zhì)量分數(shù)1%氯金酸溶液,加熱至沸騰,迅速加入10 mL質(zhì)量分數(shù)1%檸檬酸鈉溶液,繼續(xù)加熱20 min至沸騰,然后通過連續(xù)攪拌將溶液冷卻至室溫,得到的酒紅色液體為納米金溶液。通過紫外-可見光譜進行表征。
1.3.5.2 NaCl濃度的優(yōu)化
在100 μL納米金溶液中,加入10 μL不同濃度的NaCl溶液混合,靜置10 min,整個反應(yīng)都在室溫下進行,觀察溶液顏色變化并測定其A520nm值。
1.3.5.3 適配體濃度的優(yōu)化
在100 μL納米金溶液加入10 μL不同濃度的適配體溶液混合,37 ℃搖床中孵育3 h,最后加入10 μL 750 mmol/L濃度的NaCl溶液,觀察溶液顏色變化并測定其A520nm值。
1.3.5.4 AFB1的檢測
在100 μL納米金溶液加入10 μL 2 μmol/L濃度AFB1適配體,37 ℃搖床孵育3 h,再加入不同濃度的AFB1標準樣品孵育1 h,再加入10 μL 750 mmol/L濃度的NaCl溶液,觀察溶液顏色變化并測定其A520值。
1.3.5.5 特異性的檢測
為驗證本實驗方法的選擇性,分別選取4 ng/μL的AFB1、FB1、OTA、ZEN、DON和T-2毒素,進行檢測,觀察溶液中顏色變化并測定其A650nm/A520nm值。
1.3.5.6 大米樣品中AFB1的加標回收測定
將市售的大米樣品,經(jīng)過粉碎研磨,取20 g于錐形瓶中,加標后加入100 mL甲醇溶液(體積分數(shù)55%),在45 ℃水浴恒溫振蕩器上振蕩1 h。振蕩之后,先用定性濾紙過濾,再用0.45 μm微孔濾膜過濾,轉(zhuǎn)移至棕色容量瓶。按實驗方法(1.3.5.4節(jié))測定吸光度和計算回收率,實驗重復測定5 次。同時取上清液用GB 5009.22—2016《食品中黃曲霉毒素B族和G族的測定》中的第二法 高效液相色譜-柱前衍生法進行衍生處理、檢測和計算回收率。
采用Origin軟件和GraphPad-Prism6軟件進行統(tǒng)計處理。
本實驗基于GO可通過π-π共軛吸附ssDNA,而對已結(jié)合靶標的ssDNA吸附能力較弱的特性,設(shè)計針對AFB1核酸適配體的篩選方案。圖1為各輪篩選得到與AFB1結(jié)合的ssDNA的PCR產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳圖。
圖1 每輪PCR產(chǎn)物的瓊脂糖凝膠電泳圖Fig. 1 Electrophoretograms of PCR products from every round of SELEX
在SELEX篩選過程中,每一輪ssDNA都經(jīng)過苯酚、氯仿、異戊醇抽提和乙醇沉淀法回收,用核酸蛋白儀測定ssDNA濃度。如圖2所示,前兩輪篩選的回收率不高,可能是因為剛開始隨機文庫數(shù)量龐大,與AFB1結(jié)合的ssDNA占總體比例較少。隨著篩選輪數(shù)的增加,能與AFB1結(jié)合的ssDNA也不斷增加。經(jīng)過10 輪的篩選,能與AFB1結(jié)合的ssDNA已趨于飽和,能從隨機文庫中回收一半以上的ssDNA,因此第10輪結(jié)束篩選過程。
圖2 SELEX每輪篩選所得的結(jié)合AFB1的ssDNA回收率Fig. 2 Recovery of AFB1-bound ssDNA after each round of SELEX
本實驗對退火溫度進行優(yōu)化,設(shè)定55、58、61.6、65.2、70 ℃五個退火溫度,如圖3所示,當退火溫度為65.2 ℃時,目的條帶單一且明亮,無非特異擴增產(chǎn)物,以此作為最佳的退火溫度。
圖3 PCR退火溫度的優(yōu)化Fig. 3 Optimization of annealing temperature for PCR
本實驗固定退火溫度為65 ℃,同時設(shè)置16、18、20、22、24、26六個循環(huán)次數(shù),如圖4所示,當循環(huán)次數(shù)為24時,目的條帶顏色厚重且條帶單一,可作為最佳PCR循環(huán)次數(shù)。
圖4 65 ℃條件下循環(huán)次數(shù)對PCR的影響Fig. 4 Effect of number of PCR cycles on amplified products at annealing temperature of 65 ℃
表1 第8輪核酸適配體序列Table 1 Aptamer sequences obtained from the eighth round of screening
在第8輪和第10輪中隨機挑取的60 個單克隆菌落經(jīng)測序后利用DNAMAN軟件對序列進行分析,其中除去非單克隆序列和錯誤序列后從中共挑選出45 條核酸適配體序列進行下一步的詳細分析,其中第8輪共得到23 條序列,命名為Seq.1~Seq.23,第10輪共得到22 個序列,命名為AFB-1~AFB-22。序列結(jié)果如表1、2所示。
表2 第10輪核酸適配體序列Table 2 Aptamer sequences obtained from the tenth round of screening
采用熒光分析法測定候選適配體序列與AFB1親和力。Kd值越小代表與靶標的親和力越高,由表3可知,這6 條適配體序列的Kd值在16~47 nmol/L之間,表明適配體對AFB1親和性較高。6 條核酸適配體所涉及的飽和曲線如圖5所示,在適配體濃度為100 nmol/L時,熒光強度也趨于平穩(wěn),結(jié)合反應(yīng)達到飽和。
表3 挑選出的6 條AFB1適配體的解離常數(shù)Table 3 Dissociation constants of six selected AFB1 aptamers
圖5 AFB1適配體的連接飽和曲線Fig. 5 Binding saturation curves of the selected aptamers to AFB1
選取親和力較高的AFB-5和AFB-8進行特異性實驗,如圖6所示,兩條候選適配體在AFB1溶液體系中明顯具有更高的相對熒光強度,顯示這兩條適配體均能特異性結(jié)合靶標AFB1。通過比較,序列AFB-8特異性最好。這一結(jié)果說明通過兩輪的反篩,降低了對ZEN、DON、T-2毒素、FB1和OTA的結(jié)合力。
圖6 AFB-5和AFB-8對不同毒素的相對結(jié)合力Fig. 6 Relative binding abilities of AFB-5 and AFB-8 to different toxins
2.6.1 NaCl和適配體濃度的優(yōu)化
合適的NaCl濃度能降低背景的干擾值,從而提高檢測的靈敏度。如圖7所示,隨著NaCl濃度的增加,納米金顏色由紅色逐漸變紫色最后變?yōu)樗{灰色。納米金溶液在150 mmol/L濃度的NaCl溶液中幾乎不團聚,肉眼看不出差別,仍保持穩(wěn)定的紅色,但通過紫外-可見吸收光譜可得出A520nm的值降低,當NaCl濃度為300~750 mmol/L, 納米金溶液開始出現(xiàn)團聚,顏色也逐漸加深,且在520 nm波長處的吸光度也不斷下降,直到在750 mmol/L處趨于平緩。根據(jù)紫外-可見吸收光譜和顏色變化最終選擇750 mmol/L為最佳鹽濃度。
圖7 在520 nm波長處的吸光度變化Fig. 7 Changes in absorbance value at 520 nm
適配體在一定程度上可以保護納米金在高鹽條件下聚沉,但也不是適配體的量越多越好。若吸附納米金的適配體量過多,將導致納米金在高鹽濃度溶液中不團聚變色,使整個體系中顏色變化受到影響。如圖8所示,當適配體濃度為1 μmol/L時,納米金處于團聚狀態(tài),適配體不能阻止鹽誘導的聚集,當適配體濃度為2 μmol/L時,納米金變?yōu)榧t色,說明對納米金鹽誘導保護效果較好,相應(yīng)的A520nm出現(xiàn)增大的趨勢,且在濃度2 μmol/L以后A520nm值趨于平穩(wěn),適配體結(jié)合納米金已經(jīng)飽和。故選擇適配體濃度 2 μmol/L做后續(xù)實驗。
圖8 最適適配體濃度的篩選Fig. 8 Selection of the optimal concentration of aptamer
2.6.2 線性范圍和檢出限
將納米金溶液與適配體進行孵育,然后加入不同質(zhì)量濃度的AFB1溶液,最后加入高濃度的NaCl溶液。如圖9所示,通過紫外-可見吸收光譜可得,隨著AFB1質(zhì)量濃度的增大,A520nm值逐漸降低。再通過A520nm值繪制AFB1標準曲線,其線性回歸方程為y=-0.007 09x+0.461 42,R2=0.997 9,線性范圍為0.025~10 ng/mL,檢測限為0.025 ng/mL。
圖9 不同AFB1質(zhì)量濃度下納米金紫外-可見吸收圖譜Fig. 9 UV-visible absorption spectra of AuNPs at different concentrations of AFB1
2.6.3 特異性分析
分別選取質(zhì)量濃度為4 ng/mL的AFB1、FB1、OTA、ZEN、DON和T-2毒素進行測定。如圖10所示,該方法在測定除AFB1外的5 種毒素時A650nm/A520nm的值變化較小,故特異性較好。
圖10 核酸適配體的特異性檢測結(jié)果Fig. 10 Specificity evaluation of nucleic acid aptamers
2.6.4 大米樣品中AFB1加標回收實驗
將經(jīng)過預處理的大米樣品中分別加入不同質(zhì)量濃度的AFB1標準溶液進行檢測,根據(jù)與標準曲線數(shù)據(jù)比對,計算加標回收率,每個添加水平設(shè)置平行實驗。同時用高效液相色譜法對相同樣品進行檢測。如表4所示,本實驗構(gòu)建的AFB1檢測方法與傳統(tǒng)高效液相色譜法相比,結(jié)果相差不大,表明本檢測方法具有可行性。
表4 大米樣品中AFB1的檢測回收率(n=5)Table 4 Recoveries of AFB1 in spiked rice samples (n= 5)
AFB1相對分子質(zhì)量僅為312.27,且不具備任何活性基團,用離心沉淀法和毛細管電泳等傳統(tǒng)篩選方法不能將靶標物質(zhì)與適配體分離出來,大大增加了篩選難度。本實驗采用GO的SELEX篩選方法,無需將AFB1做任何修飾,避免繁瑣的活化固定過程,同時還能保持其完整結(jié)構(gòu),不會影響適配體的親和力,為篩選適配體提供了簡單、快速的方法,有效地降低了篩選成本,縮短了篩選時間。目前采用此篩選方法已獲得岡田酸[34]、T-2毒 素[35]、棒曲霉素[36]、玉米赤霉烯酮[37]、氧氟沙星[38]、重金屬砷[39]等高親和性高特異性適配體序列。
迄今為止有關(guān)AFB1特異性適配體序列報道不多,僅有楊朝勇等[40]基于瓊脂糖微株分離-流式細胞術(shù)分析的親和SELEX方法篩選制備和王文鳳[41]采用磁珠負篩SELEX技術(shù)篩選得到。但兩種方法都先需要將靶標固定在瓊脂糖微珠或氨基化的磁珠上,都涉及一系列復雜的化學反應(yīng),還可能因改變其原有結(jié)構(gòu)以及固相載體的空間位阻效應(yīng)而影響適配體的篩選效果[42]。
在篩選過程另一大難點就是消除非特異干擾,出現(xiàn)非特異性擴增一方面可能是因為PCR條件不理想,如退火溫度太低、擴增循環(huán)輪數(shù)太多;另一方面很可能是因為PCR體系混有了GO,雖然在篩選過程中,盡可能地多次離心,去除GO沉淀,但是還是有少量GO混雜在模板中,參與了PCR擴增。經(jīng)查閱參考文獻,證實這一推測,魏曉磊[43]研究證明,GO可能會結(jié)合到TaqDNA聚合酶上,降低酶的活性,或是與DNA模板本身相互作用,導致DNA構(gòu)象發(fā)生改變。不管GO是與DNA模板結(jié)合還是與DNA聚合酶結(jié)合,都會使PCR擴增效率降低,一定程度上抑制PCR,導致DNA產(chǎn)生非特異性擴增反應(yīng),使產(chǎn)物條帶變得不再單一,或是產(chǎn)生引物二聚體。
將測序得到的45 條適配體序列與原始序列相比,一部分序列的長度大于原始序列長度,可能是由于多次重復PCR造成的。這些序列長度的增加,有可能改變G-C對數(shù)量或莖距距離。這些有可能會改變適配體結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性或親和力。Sekhon等[44]研究了通過突變或刪除G-C對和干莖距離對銅親和力的影響。結(jié)果顯示,當G-C對從1增加2時,突變之后的適配體比原始適配體親和力增加了10 倍。若從原始適配體序列中刪除一個G-C對時,適配體結(jié)構(gòu)改變,其親和力增加了100 倍。此外,莖間距也對親和力有影響,當間距從2 nt增加到4 nt時,改變后的適配體親和力有所下降,Kd值下降了近10 倍,由 7.88×10-11mol/L變?yōu)?.65×10-10mol/L。
基于核酸適配體的識別與檢測方法逐漸為一種新的普遍適用的技術(shù),因此篩選AFB1的特異性適配體并發(fā)展核酸適配體技術(shù)應(yīng)用于AFB1的檢測具有重要意義。本實驗所建立的基于核酸適配體識別的AFB1比色檢測方法,具有快速靈敏低成本易操作可視化等優(yōu)勢,并可用于實際樣品的檢測,但AFB1與其適配體的結(jié)合機理還有待進一步研究。