李曉玲,李 晨
(山西大學(xué) 國(guó)家級(jí)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心,山西 太原 030006)
生化分析與技術(shù)是一門專業(yè)基礎(chǔ)課,其目的是通過(guò)教與學(xué)使學(xué)生熟悉和掌握生物大分子的分離、純化、制備、檢測(cè)等技術(shù)的基本原理、方法和操作,是一門實(shí)驗(yàn)性很強(qiáng)的課程。通過(guò)教學(xué)-科研相結(jié)合的方式,由科研實(shí)驗(yàn)室提供部分具有探究性質(zhì)的課題內(nèi)容作為綜合性實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目有利于培養(yǎng)學(xué)生的科研能力,并進(jìn)一步激發(fā)學(xué)生的創(chuàng)新潛能[1-3]。蛋白質(zhì)是重要的生物大分子,在組織或細(xì)胞中以復(fù)雜的混合物形式存在,蛋白質(zhì)的分離純化是生物化學(xué)技術(shù)中的重點(diǎn)內(nèi)容,在科研和生產(chǎn)中都有重要作用。分離純化特定蛋白質(zhì)的一般程序可分為前處理、粗分級(jí)和細(xì)分級(jí)。細(xì)分級(jí)一般指多種層析方法,包括凝膠過(guò)濾、離子交換層析、吸附層析及親和層析等[4]。其中親和層析特異性強(qiáng),具有高效、迅速的優(yōu)點(diǎn),有時(shí)僅一步即可達(dá)到純化目的。其他層析方法的特異性比較低,通常需要綜合多步操作[5]。為了讓學(xué)生熟悉蛋白質(zhì)分離純化及鑒定流程,充分理解并掌握親和層析方法,在生化分析與技術(shù)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中設(shè)計(jì)了 “一種重組胰蛋白酶抑制劑的表達(dá)、純化及應(yīng)用” 綜合性實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目,內(nèi)容包括重組胰蛋白酶抑制劑(recombinant trypsin inhibitor,rTI)的制備及純化、親和吸附劑的制備、蛋白活性測(cè)定等方法,用到了離心技術(shù)、親和層析、凝膠過(guò)濾、SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳(SDS-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)等多項(xiàng)技術(shù)。通過(guò)該綜合實(shí)驗(yàn)對(duì)生物科學(xué)及生物技術(shù)專業(yè)學(xué)生進(jìn)行科研訓(xùn)練,旨在提高學(xué)生科研能力,取得了良好的教學(xué)效果。
(1)掌握親和層析和凝膠過(guò)濾的原理、應(yīng)用及操作方法。
(2)掌握SDS-PAGE 原理和應(yīng)用、垂直平板電泳的使用方法。
(3)了解蛋白質(zhì)固定化技術(shù)的概念、種類及應(yīng)用。
某些生物分子間存在特異性的相互作用,能進(jìn)行專一而又可逆的結(jié)合,如酶與底物或抑制劑、抗體與抗原、激素與受體、凝集素與糖等[4]。親和層析就是利用生物大分子對(duì)其配體分子的專一性識(shí)別能力建立起來(lái)的一種純化方法,具有高效、迅速的優(yōu)點(diǎn),有時(shí)僅需一步即可達(dá)到純化目的。將一對(duì)能可逆結(jié)合和解離生物分子的一方作為配基(也稱為配體),與具有大孔徑的親水性固相載體相偶聯(lián),可制成專一的親和吸附劑。rTI 是胰蛋白酶的一種競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑,具有良好的熱穩(wěn)定性及酸堿穩(wěn)定性,可用于制備親和吸附劑用以專一純化胰蛋白酶。本綜合實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)了兩次親和層析操作,一是根據(jù)重組蛋白上的His×6 標(biāo)簽,用Ni2+-NTA Agarose 親和柱純化重組胰蛋白酶抑制劑rTI,二是將rTI 固定化做成親和吸附劑特異純化胰蛋白酶。
凝膠過(guò)濾是利用具有多孔網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)顆粒的分子篩作用,根據(jù)被分離樣品中各組分相對(duì)分子質(zhì)量大小的差異進(jìn)行洗脫分離的一項(xiàng)技術(shù)。不同大小的分子由于在凝膠珠中所經(jīng)歷的路徑不同得以分離,依據(jù)分子大小被先后洗脫出來(lái)。凝膠過(guò)濾可用于分離純化蛋白質(zhì)、脫鹽及測(cè)定蛋白質(zhì)的相對(duì)分子質(zhì)量。在本實(shí)驗(yàn)中經(jīng)Ni2+-NAT 親和層析制備的蛋白樣品中含有高濃度的NaCl 和咪唑,因此使用凝膠過(guò)濾進(jìn)行脫鹽及置換緩沖液。
在進(jìn)行PAGE 時(shí),蛋白質(zhì)的遷移率取決于它所帶的凈電荷、分子大小和形狀。十二烷基硫酸鈉SDS 是一種強(qiáng)陰離子型變性劑,引入SDS 后改變了蛋白質(zhì)分子的天然構(gòu)象,使大多數(shù)蛋白質(zhì)分子呈同樣的棒狀。同時(shí),SDS 使多肽鏈覆蓋上相同密度的負(fù)電荷,掩蓋了不同蛋白質(zhì)間原有的電荷差別。因此SDS- PAGE 中蛋白質(zhì)分子的電泳遷移率主要取決于其相對(duì)分子質(zhì)量,可用于鑒定蛋白質(zhì)純度及測(cè)定蛋白質(zhì)的相對(duì)分子質(zhì)量。
最常見(jiàn)的為固定化酶技術(shù),指用物理或化學(xué)方法使酶成為不溶于水的但仍具有酶活性的衍生物,不易從載體上流失,易于回收[4]。酶或蛋白質(zhì)固定化的方法分為物理法(如吸附法和包埋法)和化學(xué)法(如交聯(lián)法和偶聯(lián)法)。相比物理法,化學(xué)法固定的酶/蛋白質(zhì)與載體結(jié)合力更強(qiáng),穩(wěn)定性更高。其中,溴化氰活化瓊脂糖用于配體固相化簡(jiǎn)便廉價(jià),廣泛應(yīng)用于蛋白質(zhì)、核酸、凝集素等的固定化。在本實(shí)驗(yàn)中使用溴化氰活化瓊脂糖偶聯(lián)rTI,做成親和吸附劑,用以特異純化胰蛋白酶。
實(shí)驗(yàn)材料:大腸桿菌E.coli BL21(DE3)(含重組表達(dá)質(zhì)粒pQE30-TI,由科研實(shí)驗(yàn)室提供)。
實(shí)驗(yàn)試劑:卡那霉素、NaCl、胰蛋白胨、酵母提取物、牛血清白蛋白、胰蛋白酶、IPTG、Tris、鹽酸、丙烯酰胺、TEMED、AP、考馬斯亮藍(lán)R25、低分子量蛋白Marker、溴化氰活化瓊脂糖等。
實(shí)驗(yàn)儀器:BioRad 蛋白純化系統(tǒng)、恒溫?fù)u床、紫外可見(jiàn)分光光度計(jì)、離心機(jī)、酸度計(jì)、超聲波細(xì)胞破碎儀、恒溫水浴鍋、凝膠成像儀、真空冷凍干燥機(jī)、蛋白電泳槽、電泳儀等。
層析柱:Ni2+-NTA Agarose 層析柱、Saphadex G25層析柱。
4.1.1 rTI 的誘導(dǎo)表達(dá)
將含有重組質(zhì)粒的E.coli BL21(DE3)菌種活化并擴(kuò)大培養(yǎng),按照1%接菌量接種于1 L 的LB 培養(yǎng)液中(含0.1 mg/mL Kan),37 ℃,180 r/min 恒溫震蕩培養(yǎng),當(dāng)菌液在600 nm 處吸光度值達(dá)到0.6 時(shí),加入誘導(dǎo)劑IPTG(異丙基-β-D-硫代半乳糖苷)至終濃度0.5 mmol/L 以誘導(dǎo)重組目的蛋白表達(dá),繼續(xù)培養(yǎng)4 h。5 000 r/min 離心10 min 收集菌體,用提取緩沖液(20 mmol/L Tris-HCl,pH 7.5)洗滌菌體兩次,將菌體充分懸浮于100 mL 提取緩沖液中,冰浴中超聲破碎至菌液透亮。超聲破碎條件為180 W,超聲6 s,間歇9 s。超聲破碎后4 ℃,12 000 r/min 離心30 min,收集上清,即為粗品蛋白。
4.1.2 rTI 的純化
用Ni2+-NTA Agarose 層析柱在BioRad 蛋白純化系統(tǒng)上分離目的重組蛋白。用平衡緩沖液(20 mmol/L Tris-HCl,500 mmol/L NaCl,20 mmol/L 咪唑,pH 7.5)充分平衡Ni2+-NTA 層析柱。粗品蛋白經(jīng)0.45 μm 濾膜過(guò)濾后上樣于 Ni2+-NTA 層析柱, 流速設(shè)定為1 mL/min。充分洗脫未結(jié)合蛋白后,用洗脫緩沖液(20 mmol/L Tris-HCl,500 mmol/L NaCl,300 mmol/L咪唑,pH 7.5)進(jìn)行洗脫。收集洗脫峰蛋白,進(jìn)行SDS-PAGE 分析,用Superdex G-25 脫鹽柱將重組蛋白的緩沖液置換為NaHCO3溶液(20 mmol/L,pH 8.0),進(jìn)一步用真空冷凍干燥機(jī)凍干得到rTI 干粉。
4.1.3 rTI 的活性分析
在 2.5 mL 的測(cè)活體系中(pH 7.5,0.1 mol/L Tris-HCl,0.01 mol/L 的 CaCl2),加入0.25 mL 胰蛋白酶(40 μg/mL)和50 μL 的rTI,37 ℃保溫5 min,加入17 μL 底物 BApNA(0.15 mol/L),保溫反應(yīng)10 min 后,加 0.5 mL 33%醋酸溶液終止反應(yīng)。在410 nm 下測(cè)定吸光值,按照下式計(jì)算抑制率。對(duì)照組以相同體積的Tris-HCl 緩沖液代替抑制劑溶液[6]。
抑制率=(A1-A2)/A1×100%.
其中,A1和A2分別為對(duì)照組和樣品組在410 nm 處的吸光度值。
改變抑制劑體積,分別測(cè)定10、20、30、40、50 μL rTI 的抑制率,以濃度為橫坐標(biāo),抑制率為縱坐標(biāo),繪制抑制活性曲線,并計(jì)算rTI 的半抑制濃度IC50 值。
4.1.4 SDS-PAGE 電泳檢測(cè)
以低分子量蛋白質(zhì)Marker(14.4~97.4 kDa)為對(duì)照,采用 4%和 15%濃縮膠。將純化后的 rTI 和6×SDS-PAGE 樣品緩沖液以5∶1 的比例進(jìn)行混合,在沸水中煮沸3 min,點(diǎn)樣后進(jìn)行電泳[7]。電泳時(shí)濃縮膠和分離膠電壓分別設(shè)置為80 和100 V。電泳結(jié)束后,將濃縮膠去除,分離膠放在玻璃皿中,在脫色搖床上用考馬斯亮藍(lán)染色液染色1 h,換成脫色液脫色至分離膠背景清晰,然后在凝膠成像系統(tǒng)中拍照記錄。
4.2.1 rTI-Agarose 的制備
用碳酸鈉緩沖液(250 mmol/L,pH 9.0)溶解rTI,并調(diào)整蛋白濃度為5 mg/mL。用去離子水清洗溴化氰活化瓊脂糖凝膠表面的溶劑后,繼續(xù)用碳酸鈉緩沖液浸泡并洗滌。將凝膠與rTI 溶液混合,在搖床上振蕩,25 ℃偶聯(lián)6 h。然后加入Tris-HCl 緩沖液(250 mmol/L,pH 8.3),繼續(xù)反應(yīng)6 h 封閉剩余的活性基團(tuán)。將偶聯(lián)了rTI 的凝膠填料裝于柱中,分別用1 mol/L NaCl 溶液和蒸餾水清洗10 個(gè)柱床體積,置于4 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
4.2.2 rTI-Agarose 用于純化胰蛋白酶
取100 μL 30 mg/mL 胰蛋白酶與250 μL 5 mg/mL牛血清白蛋白溶液低溫混合后迅速上樣于 rTIAgarose 親和層析柱, 平衡緩沖液為 Tris-HCl 20 mmol/L,NaCl 50 mmol/L,pH 7.2,流速控制為1 mL/min。上樣并充分洗去未結(jié)合蛋白后,用pH 3.5的HAc-NaAc 緩沖液(100 mmol/L)洗脫層析柱。分別收集穿透峰與pH 3.5 緩沖液洗脫峰,測(cè)定各蛋白峰胰蛋白酶活性,并進(jìn)行SDS-PAGE 鑒定。
用Ni2+-NTA 親和層析柱純化目的蛋白,結(jié)果見(jiàn)圖1。通過(guò)對(duì)各蛋白峰抑制活性測(cè)定發(fā)現(xiàn)蛋白峰1 和2無(wú)抑制活性,而蛋白峰3(含300 mmol/L 咪唑的洗脫液)抑制胰蛋白酶活性很強(qiáng),為目的重組蛋白rTI。
圖1 親和層析分離rTI
親和層析純化得到的蛋白中含有很高濃度的鹽(主要為咪唑和氯化鈉),為了避免影響后續(xù)實(shí)驗(yàn),采用了Superdex G25 層析柱對(duì)蛋白進(jìn)行脫鹽(圖2)。在圖2 中,曲線1 表示280 nm 處的光吸收值,反應(yīng)蛋白質(zhì)濃度變化。曲線2 表示離子強(qiáng)度,反應(yīng)鹽濃度變化。鹽離子為小分子,蛋白質(zhì)為大分子,因此蛋白質(zhì)比鹽先洗脫出來(lái),圖中蛋白曲線1 先出現(xiàn)吸收峰。另外,兩條曲線未有重疊,完全分開(kāi),說(shuō)明rTI 與鹽得到了有效分離。
圖2 凝膠層析對(duì)重組蛋白脫鹽
以低分子量蛋白質(zhì)Marker(14.4~97.4 kDa)為參照,將Superdex G-25 脫鹽后的重組蛋白rTI 進(jìn)行SDS-PAGE 鑒定,結(jié)果見(jiàn)圖3。rTI(泳道2)在電泳圖譜上顯示單一條帶,表明所得蛋白純度較高,達(dá)到電泳純。同時(shí)也表明親和層析是種很高效的純化方法,僅需一次層析便得到了高純度的目的蛋白。
圖3 rTI 的SDS-PAGE 電泳圖譜
由圖4 可知,固定胰蛋白酶濃度后,隨著rTI 濃度增加對(duì)胰蛋白酶的抑制作用逐漸增強(qiáng)。當(dāng)rTI 濃度為4.08 mmol/L 時(shí)對(duì)胰蛋白的抑制率達(dá)到50%。rTI對(duì)胰蛋白酶的半抑制濃度比較低,表明其對(duì)胰蛋白酶具有較強(qiáng)的抑制作用。rTI 對(duì)胰蛋白酶的半抑制濃度與從豆科植物補(bǔ)骨脂種子中純化出的一種胰蛋白酶抑制劑(P.corylifoliatrypsin inhibitor,PCTI)類似[8]。后者相對(duì)分子質(zhì)量約為18 kDa,對(duì)胰蛋白酶的半抑制率為3.36 mmol/L。
圖4 rTI 抑制胰蛋白酶活性分析
將胰蛋白酶與牛血清白蛋白混合樣品上樣于rTI-瓊脂糖凝膠親和層析柱,在pH 7.2 的平衡緩沖液條件下上樣,用pH 3.5 的緩沖液洗脫,層析圖譜見(jiàn)圖5。上樣與洗脫時(shí)均出現(xiàn)了蛋白峰,表明有一種蛋白在pH 7.2 緩沖液的條件下未與親和柱結(jié)合,另一種蛋白在此條件下與親和柱結(jié)合,但在pH 3.5 緩沖液條件下與柱解離,被洗脫出來(lái)。對(duì)2 個(gè)蛋白峰進(jìn)行胰蛋白酶活性鑒定,發(fā)現(xiàn)穿透峰沒(méi)有胰蛋白酶活性,而洗脫峰有活性,表明穿透峰為牛血清白蛋白,沒(méi)有胰蛋白酶,則胰蛋白酶全部結(jié)合到親和柱上。SDS-PAGE 結(jié)果(圖6)顯示洗脫樣品胰蛋白酶為單一條帶,穿透峰中只有牛血清白蛋白,進(jìn)一步說(shuō)明rTI-Sepharose 柱可以特異結(jié)合胰蛋白酶。
圖5 胰蛋白酶與牛血清白蛋白在rTI-瓊脂糖凝膠柱上的層析圖
圖6 親和層析蛋白峰的SDS-PAGE 圖譜(泳道1 和2 分別為峰1 和峰2 蛋白樣品)
生化分析與技術(shù)開(kāi)設(shè)在生物化學(xué)課程之后,是基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)課的拓展和提升。雖然在生物化學(xué)課中已學(xué)習(xí)了層析、電泳、離心等技術(shù)的基本理論和操作技能,但本綜合實(shí)驗(yàn)具有一定的探究性,需要給學(xué)生留出時(shí)間查閱文獻(xiàn)并提出實(shí)驗(yàn)方案,與老師探討確定方案后自主實(shí)驗(yàn),因此本實(shí)驗(yàn)課安排在學(xué)期的中期進(jìn)行。為保證教學(xué)效果,學(xué)生分小組進(jìn)行,每組人數(shù)控制在4人,集中在8 周內(nèi)完成。在8 周教學(xué)時(shí)間內(nèi),實(shí)驗(yàn)室對(duì)外開(kāi)放,學(xué)生可以自主合理安排實(shí)驗(yàn)時(shí)間。本實(shí)驗(yàn)的最終成果要求分別以科研論文和PPT 形式展示,在實(shí)驗(yàn)完成后一周進(jìn)行集中研討課。
6.2.1 驗(yàn)證性實(shí)驗(yàn)與綜合性實(shí)驗(yàn)優(yōu)勢(shì)互補(bǔ),提高學(xué)生對(duì)知識(shí)的應(yīng)用能力
驗(yàn)證性實(shí)驗(yàn)可規(guī)范和培養(yǎng)學(xué)生的基本實(shí)驗(yàn)技能,在印證理論知識(shí)上的作用不可替代[9]。然而,傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)存在內(nèi)容簡(jiǎn)單、結(jié)果顯而易見(jiàn)、內(nèi)容與生產(chǎn)實(shí)際結(jié)合不夠緊密等問(wèn)題[10]。綜合性實(shí)驗(yàn)則是在驗(yàn)證性實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)上的提升,旨在提高學(xué)生綜合應(yīng)用知識(shí)的能力、創(chuàng)新能力及研究能力[11]。本實(shí)驗(yàn)的研究對(duì)象是一種重組蛋白,將其作為配體制備了親和吸附劑,用親和層析的方法制備一種蛋白酶。該酶廣泛應(yīng)用于食品、醫(yī)藥、畜牧和現(xiàn)代生物技術(shù)等領(lǐng)域,是目前應(yīng)用最廣的蛋白酶之一[12]。本實(shí)驗(yàn)融合了驗(yàn)證性實(shí)驗(yàn)和綜合性實(shí)驗(yàn)內(nèi)容,將二者的優(yōu)勢(shì)實(shí)現(xiàn)了有效互補(bǔ),注重培養(yǎng)學(xué)生對(duì)知識(shí)的應(yīng)用能力,同時(shí)也有利于激發(fā)學(xué)生的科研興趣。
6.2.2 采用多種教學(xué)方式,提高學(xué)生綜合能力
(1)培養(yǎng)學(xué)生獨(dú)立思考能力。老師在介紹實(shí)驗(yàn)背景并提出實(shí)驗(yàn)任務(wù)后,需要學(xué)生在查閱調(diào)研文獻(xiàn)的基礎(chǔ)上,設(shè)計(jì)出實(shí)驗(yàn)技術(shù)方案,經(jīng)與老師探討后獨(dú)立完成實(shí)驗(yàn)。在此過(guò)程中,有助于培養(yǎng)學(xué)生的自學(xué)能力及獨(dú)立思考問(wèn)題的能力。
(2)注重問(wèn)題引導(dǎo),培養(yǎng)學(xué)生提出問(wèn)題和解決問(wèn)題的能力。結(jié)合本實(shí)驗(yàn)內(nèi)容,老師可進(jìn)一步引導(dǎo)式提問(wèn),如在使用原核表達(dá)系統(tǒng)表達(dá)重組融合蛋白時(shí),不同的誘導(dǎo)條件對(duì)蛋白的表達(dá)影響很大,如何設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)優(yōu)化誘導(dǎo)表達(dá)條件?本實(shí)驗(yàn)用親和層析方法純化胰蛋白酶,工業(yè)上傳統(tǒng)純化工藝是什么??jī)煞N方法各有何利弊?酶(蛋白質(zhì))固定化方法有哪些?各有什么特點(diǎn)?通過(guò)提出問(wèn)題,以點(diǎn)帶面,有助于學(xué)生觸類旁通,對(duì)相關(guān)內(nèi)容形成自己的知識(shí)體系。
(3)通過(guò)多種成果展示,培養(yǎng)學(xué)生綜合素質(zhì)。本實(shí)驗(yàn)結(jié)果要求學(xué)生以科研論文形式呈現(xiàn)。通過(guò)撰寫科研論文鍛煉學(xué)生閱讀文獻(xiàn)、規(guī)范寫作及分析問(wèn)題的能力,使學(xué)生對(duì)所學(xué)知識(shí)有更全面深刻的認(rèn)識(shí)和理解。在最后的集中探討課上,學(xué)生以PPT 形式交流實(shí)驗(yàn)結(jié)果,通過(guò)PPT 展示鍛煉學(xué)生交流及表達(dá)能力,使學(xué)生能夠科學(xué)條理地描述問(wèn)題,準(zhǔn)確表達(dá)自己的觀點(diǎn),初步培養(yǎng)學(xué)生的應(yīng)變及思辨能力[13]。有能力的同學(xué)可講解英語(yǔ)文獻(xiàn),有助于提高學(xué)生的專業(yè)英語(yǔ)水平。
“一種重組蛋白的表達(dá)、純化及應(yīng)用” 這個(gè)綜合性實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目將教學(xué)與科研緊密結(jié)合,學(xué)生對(duì)選題很感興趣,激發(fā)了學(xué)生的求知欲。通過(guò)文獻(xiàn)調(diào)研,學(xué)生對(duì)重組蛋白、層析、電泳、固定化等概念有了較全面的學(xué)習(xí)和鞏固。在教學(xué)實(shí)踐中深入了解科研內(nèi)容,將傳統(tǒng)驗(yàn)證性實(shí)驗(yàn)與綜合性實(shí)驗(yàn)的優(yōu)勢(shì)進(jìn)行互補(bǔ),充分利用研究項(xiàng)目等資源提高本科教學(xué)質(zhì)量,培養(yǎng)學(xué)生對(duì)知識(shí)的綜合運(yùn)用能力。在整個(gè)教學(xué)過(guò)程中老師僅僅起幫助及把控的輔助角色,學(xué)生需要自行查閱文獻(xiàn),制定計(jì)劃方案,分析討論實(shí)驗(yàn)結(jié)果,完成科研論文撰寫,對(duì)實(shí)驗(yàn)做到了知其然并知其所以然,充分鍛煉了學(xué)生的自主學(xué)習(xí)能力,提高了學(xué)生的綜合科研素質(zhì)[14]。