陸川豬ANKRD1基因克隆及其表達(dá)差異分析

潘鵬丞 焦迪 謝婉 陳寶劍 關(guān)志惠 謝炳坤

摘要：【目的】克隆陸川豬心肌錨蛋白重復(fù)域1基因（ANKRD1），并進(jìn)行生物信息學(xué)及組織表達(dá)譜分析，為研究ANKRD1在陸川豬機(jī)體內(nèi)的功能作用提供參考依據(jù)?！痉椒ā扛鶕?jù)NCBI已公布的野豬ANKRD1基因序列（NM_213922.1）設(shè)計(jì)特異性引物，采用TRIzol法提取陸川豬心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長(zhǎng)肌和皮下脂肪的總RNA，反轉(zhuǎn)錄合成cDNA，并以此為模板進(jìn)行ANKRD1基因克隆，通過(guò)MegAlign、Protaram、Protscale、MHMM Server和SignalP等在線分析軟件進(jìn)行生物信息學(xué)分析，最后以實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)ANKRD1基因在陸川豬各組織中的表達(dá)情況?！窘Y(jié)果】陸川豬ANKRD1基因蛋白編碼區(qū)（CDS）序列全長(zhǎng)960 bp，編碼319個(gè)氨基酸殘基，與NCBI已公布野豬ANKRD1基因（NM_213922.1）的CDS序列存在4處堿基突變，但均為同義突變，二者的ANKRD1氨基酸序列同源性為99.6%。陸川豬ANKRD1基因編碼蛋白分子量為36125.70 Da，理論等電點(diǎn)（pI）為7.09，屬于穩(wěn)定蛋白，其二級(jí)結(jié)構(gòu)中α-螺旋占46.39%、無(wú)規(guī)則卷曲占39.81%、β-轉(zhuǎn)角占9.09%、延伸鏈占4.70%;陸川豬ANKRD1蛋白不存在跨膜結(jié)構(gòu)，也無(wú)信號(hào)肽，有多個(gè)磷酸化位點(diǎn)。陸川豬ANKRD1基因在其心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長(zhǎng)肌和皮下脂肪等7個(gè)組織中均有表達(dá)，其中以心臟中的相對(duì)表達(dá)量最高，顯著高于在其他組織中的相對(duì)表達(dá)量（P<0.05，下同），在脾臟中的相對(duì)表達(dá)量最低，顯著低于在心臟、肝臟、肺臟和背最長(zhǎng)肌中的相對(duì)表達(dá)量?！窘Y(jié)論】ANKRD1基因在陸川豬的心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長(zhǎng)肌和皮下脂肪等組織中均有表達(dá)，且存在明顯差異，故推測(cè)ANKRD1基因在不同組織中發(fā)揮不同作用。

關(guān)鍵詞： 陸川豬;ANKRD1基因;克隆;生物信息學(xué);組織表達(dá)譜

Abstract：【Objective】The ankyrin repeat domain 1 gene（ANKRD1） of Luchuan pig was cloned and analyzed by bioinformatics and tissue expression profile， the purpose of this study was to provide a reference for studying the function of ANKRD1 in Luchuan pig. 【Method】The specific primers were designed according to the ANKRD1 gene sequence （NM_213922.1） published by NCBI. The total RNA of heart， liver， spleen， lung， kidney， longissimus dorsi and subcutaneous fat of Luchuan pig was extracted by TRIzol method， the cDNA was synthesized by reverse transcription， and the ANKRD1 gene was cloned using this template. The biological information was analyzed by online analysis software such as MegALign， Protaram， Protscale， MHMM Server and SignalP. Finally， the expression of ANKRD1 gene in various tissues of Luchuan pig was detected by real-time fluorescent quantitative PCR. 【Result】The protein coding region（CDS） of ANKRD1 gene of Luchuan pig was 960 bp in length and encoded 319 amino acid residues. There were four base mutations between Luchuan pig ANKRD1 gene and the CDS sequence of wild boar ANKRD1 gene（NM_213922.1） published by NCBI， but all of them were synonymous mutations. The homology of ANKRD1 amino acid sequence between Luchuan pig and wild boar was 99.6%. The molecular weight and theoretical isoelectric point（pI） of ANKRD1 gene of Luchuan pig were 36125.70 Da and 7.09 respectively， which was a stable protein. α-helix accounted for 46.39%， random coil accountedfor 39.81%， β-turn accounted for 9.09%， and extended strand accounted for 4.70%. The ANKRD1 protein of Luchuan pig had no transmembrane structure and signal peptide， and had multiple phosphorylation sites. The results showed that ANKRD1 gene was expressed in seven tissues including heart， liver， spleen， lung， kidney， longissimus dorsi and subcutaneous fat. The relative expression level of ANKRD1 in heart was the highest， which was significantly higher than that in other tissues（P<0.05， the same below）， and the relative expression level in spleen was the lowest， which was significantly lower than that in heart， liver， lung and longissimus dorsi. 【Conclusion】ANKRD1 gene is expressed in heart， liver， spleen， lung， kidney， longissimus dorsi and subcutaneous fat of Luchuan pigs， and there are obvious differences. It is speculated that ANKRD1 gene plays a different role in different tissues.

Key words： Luchuan pig; ANKRD1 gene; cloning; bioinformatics; tissue expression profile

0 引言

【研究意義】陸川豬產(chǎn)于廣西東南部的陸川縣，是我國(guó)八大地方優(yōu)良品種之一，具有體型小、早熟、肉質(zhì)好、耐粗飼等優(yōu)點(diǎn)（張家富等，2010），其開(kāi)發(fā)潛能巨大。至今，國(guó)內(nèi)已有許多學(xué)者針對(duì)陸川豬的生長(zhǎng)性能和肉質(zhì)性狀等相關(guān)基因開(kāi)展了系列研究。黃艷娜等（2014）研究認(rèn)為，肌肉生長(zhǎng)抑制素基因（MSTN）可作為研究陸川豬肌肉生長(zhǎng)發(fā)育和脂肪沉積的候選基因;關(guān)志惠等（2017）研究發(fā)現(xiàn)陸川豬脂酰輔酶A氧化酶1基因（ACOX1）與其日增重、初生重、背膘厚和脂肪酸組成等重要數(shù)量性狀遺傳位點(diǎn)緊密相連，是一個(gè)與脂肪沉積相關(guān)的潛在候選基因;何劍雄（2018）研究表明，WFIKKN2基因啟動(dòng)子區(qū)的甲基化對(duì)其mRNA表達(dá)量有影響，進(jìn)而影響陸川豬的生長(zhǎng)發(fā)育;謝婉等（2018）研究證明G蛋白偶聯(lián)受體1基因（GPR1）啟動(dòng)子甲基化對(duì)陸川豬肌肉脂肪有一定影響;焦迪等（2019）研究發(fā)現(xiàn)肌球蛋白調(diào)節(jié)輕鏈9基因（MYL9）磷酸化可能會(huì)影響陸川豬的肌肉生長(zhǎng)。因此，挖掘并研究陸川豬的相關(guān)基因?qū)﹂_(kāi)發(fā)利用其優(yōu)良性狀具有重要意義?！厩叭搜芯窟M(jìn)展】心肌錨蛋白重復(fù)域1（Ankyrin repeat domain 1，ANKRD1）最早于1995年在體外培養(yǎng)的微血管內(nèi)皮細(xì)胞中鑒定獲得，屬于MARP家族，在哺乳動(dòng)物中高度保守（Zou et al.，1997;Kojic et al.，2010）。ANKRD1基因是胚胎基因，在胚胎和胎兒發(fā)育的過(guò)程中表達(dá)量較高，隨著年齡的增長(zhǎng)其表達(dá)量逐漸降低;但ANKRD1基因在肌肉萎縮和營(yíng)養(yǎng)不良時(shí)可持續(xù)上調(diào)（Laure et al.，2009）。臨床醫(yī)學(xué)表明，心肌肥厚和心力衰竭的患者心臟中ANKRD1基因高表達(dá)，是其臨床癥狀的主要標(biāo)志之一（Ling et al.，2017;Wette et al.，2017），即ANKRD1對(duì)心臟的生長(zhǎng)發(fā)育及心肌結(jié)構(gòu)與功能的完善具有重要作用（Almodóvar-García et al.，2014）。此外，Park等（2005）研究證明ANKRD1基因?qū)ρ苄律敖M織修復(fù)發(fā)揮重要作用，對(duì)細(xì)胞凋亡也起雙向調(diào)節(jié)作用。Ponsuksili等（2009）研究發(fā)現(xiàn)在顯著的特征相關(guān)基因中ANKRD1基因是肉類品質(zhì)的候選基因之一。Zhong等（2015）研究發(fā)現(xiàn)，ANKRD1通過(guò)招募GATA4和ERK1/2至肌節(jié)大分子復(fù)合物，促使GATA4磷酸化增強(qiáng)，之后ANKRD1復(fù)合物移位進(jìn)入細(xì)胞核內(nèi)，致使肥大基因誘導(dǎo)表達(dá)，最終促進(jìn)心肌肥厚。王譯晗等（2018）研究表明，miR-218能抑制AngⅡ誘導(dǎo)的心肌肥大，其原因可能是靶向抑制ANKRD1基因表達(dá)而發(fā)揮作用?！颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】ANKRD1基因雖然在機(jī)體心肌組織中表達(dá)量最高，但在肌肉里也高表達(dá)且與肉質(zhì)和骨骼肌性狀等相關(guān)，但該基因在生豬上的研究較少，尤其在陸川豬上的研究鮮見(jiàn)報(bào)道。【擬解決的關(guān)鍵問(wèn)題】提取陸川豬心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長(zhǎng)肌和皮下脂肪的總RNA，反轉(zhuǎn)錄合成cDNA，并以此為模板進(jìn)行ANKRD1基因克隆，通過(guò)MegAlign、Protaram、Protscale、MHMM Server和SignalP等在線分析軟件進(jìn)行生物信息學(xué)分析，探究ANKRD1基因在陸川豬各組織中的表達(dá)情況，為研究ANKRD1在陸川豬機(jī)體內(nèi)的功能作用提供參考依據(jù)。

1 材料與方法

1. 1 試驗(yàn)材料

3頭2月齡的陸川豬由廣西畜牧研究所提供，采集其心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長(zhǎng)肌和皮下脂肪。酵母浸出物和胰蛋白胨購(gòu)自O(shè)xoid公司;TRIzol試劑、Premix Taq DNA聚合酶、pMD18-T載體、反轉(zhuǎn)錄試劑盒（PrimeScriptTM II 1st Strand cDNA Synthesis Kit）及定量試劑盒（PrimeScriptTM RT rea-gent Kit with gDNA Eraser）均購(gòu)自TaKaRa公司;膠回收試劑盒購(gòu)自杭州博日科技有限公司;大腸桿菌Trans 5α感受態(tài)細(xì)胞購(gòu)自北京全式金生物技術(shù)有限公司;DNA Marker購(gòu)自廣州東盛生物科技有限公司;瓊脂糖購(gòu)自Biowest公司。

1. 2 試驗(yàn)方法

1. 2. 1 引物設(shè)計(jì)與合成 按照NCBI中已公布的野豬ANKRD1基因序列（NM_213922.1），利用Oligo 7.0設(shè)計(jì)陸川豬ANKRD1基因的克隆引物（ANKRD1-F1和ANKRD1-R1）和定量引物（ANKRD1-F2和ANKRD1-R2），以及內(nèi)參引物（GAPDH-F和GAPDH-R）（表1）。所有引物均委托生工生物工程（上海）股份有限公司合成。

1. 2. 2 陸川豬ANKRD1基因克隆 采用TRIzol法提取陸川豬心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長(zhǎng)肌和皮下脂肪的總RNA，并反轉(zhuǎn)錄合成cDNA，以ANKRD1-F1和ANKRD1-R1為引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR反應(yīng)體系10.0 ?L：Premix Taq DNA聚合酶5.0 ?L，cDNA模板1.0 ?L，上、下游引物各0.4 ?L，RNase free ddH2O 3.2 ?L。擴(kuò)增程序：94 ℃ 30 s，59 ℃ 30 s，72 ℃ 90 s，進(jìn)行30個(gè)循環(huán)。以2.0%瓊脂糖凝膠電泳對(duì)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行檢測(cè)，染色后對(duì)目的條帶進(jìn)行膠回收，膠回收產(chǎn)物與pMD18-T載體連接過(guò)夜，轉(zhuǎn)化Trans 5α感受態(tài)細(xì)胞后經(jīng)涂板、挑菌、擴(kuò)大培養(yǎng)和菌液PCR驗(yàn)證，將陽(yáng)性PCR擴(kuò)增產(chǎn)物送至生工生物工程（上海）股份有限公司測(cè)序。

1. 2. 3 實(shí)時(shí)熒光定量PCR 以反轉(zhuǎn)錄試劑盒反轉(zhuǎn)錄合成的cDNA為模板、GAPDH基因?yàn)閮?nèi)參基因，檢測(cè)ANKRD1基因在陸川豬各組織的表達(dá)量。PCR反應(yīng)體系10.0 ?L：TB GreenⅡ5.0 ?L，上、下游引物各0.25 ?L，cDNA模板2.5 ?L，RNase free ddH2O 2.0 ?L。擴(kuò)增程序：95 ℃預(yù)變性30 s;95 ℃ 5 s，60 ℃ 30 s，進(jìn)行37個(gè)循環(huán)。每個(gè)樣本重復(fù)3次，采用2-ΔΔCt法換算陸川豬ANKRD1基因的相對(duì)表達(dá)量。

1. 3 陸川豬ANKRD1基因生物信息學(xué)分析

采用MegAlign檢測(cè)陸川豬與其他物種間的ANKRD1氨基酸序列同源性并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù);運(yùn)用ProtParam預(yù)測(cè)分析陸川豬ANKRD1基因編碼蛋白的理化性質(zhì);利用SOPMA和SWISS-MODEL分別預(yù)測(cè)分析ANKRD1蛋白的二、三級(jí)結(jié)構(gòu);以ProtScale、MHMM Server 2.0和SignalP 4.1對(duì)其疏水性、跨膜結(jié)構(gòu)和信號(hào)肽進(jìn)行預(yù)測(cè);采用NetNGlyc 1.0、NetOGlyc 3.1和NetPhos 3.1 Server分別預(yù)測(cè)ANKRD1蛋白的N、O糖基化位點(diǎn)和潛在的磷酸化位點(diǎn)及對(duì)應(yīng)的蛋白激酶位點(diǎn);運(yùn)用WoLF PSORT進(jìn)行亞細(xì)胞定位分析;并以NCBI中的CD-search在線預(yù)測(cè)陸川豬ANKRD1蛋白保守結(jié)構(gòu)域。

2 結(jié)果與分析

2. 1 陸川豬ANKRD1基因克隆結(jié)果

PCR擴(kuò)增產(chǎn)物采用2.0%瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)果在1000 bp附近觀察到明亮清晰的目的條帶（圖1），與預(yù)期結(jié)果相符。

2. 2 陸川豬ANKRD1基因生物信息學(xué)分析結(jié)果

2. 2. 1 陸川豬ANKRD1基因測(cè)序分析 克隆獲得的陸川豬ANKRD1基因蛋白編碼區(qū)（CDS）960 bp，編碼319個(gè)氨基酸殘基，與NCBI已公布的野豬ANKRD1基因（NM_213922.1）CDS序列存在4處堿基突變（圖2），但均為同義突變。經(jīng)BLASTp比對(duì)分析發(fā)現(xiàn)，陸川豬ANKRD1氨基酸序列與NCBI已公布野豬（NM_213922.1）、綿羊（NM_001252178.1）、牛（NM_001034378.2）、人類（NM_014391.3）、灰倉(cāng)鼠（NM_001246706.1）、褐家鼠（NM_013220.1）和小家鼠（NM_013468.3）的ANKRD1氨基酸序列同源性分別為99.6%、92.8%、92.5%、90.8%、86.6%、86.4%和86.1%（圖3）。基于ANKRD1氨基酸序列同源性構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù)（圖4）也顯示，陸川豬與野豬的親緣關(guān)系最近，但與灰倉(cāng)鼠的親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。

2. 2. 2 陸川豬ANKRD1蛋白理化性質(zhì) ProtParam預(yù)測(cè)分析結(jié)果表明，陸川豬ANKRD1基因編碼蛋白分子量為36125.70 Da，理論等電點(diǎn)（pI）為7.09，N端氨基酸殘基為Met（蛋氨酸）;其帶負(fù)電荷的氨基酸殘基（Asp+Glu）總數(shù)53個(gè)，帶正電荷的氨基酸殘基（Arg+Lys）總數(shù)也是53個(gè)。ANKRD1蛋白在哺乳動(dòng)物體外的半衰期為30 h，不穩(wěn)定系數(shù)為30.80，屬于穩(wěn)定蛋白。

2. 2. 3 陸川豬ANKRD1蛋白二、三級(jí)結(jié)構(gòu) 利用SOPMA對(duì)陸川豬ANKRD1蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)其二級(jí)結(jié)構(gòu)中α-螺旋占46.39%、無(wú)規(guī)則卷曲占39.81%、β-轉(zhuǎn)角占9.09%、延伸鏈占4.70%（圖5）。應(yīng)用SWISS-MODEL預(yù)測(cè)陸川豬ANKRD1蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)，結(jié)果顯示陸川豬ANKRD1蛋白可能存在的三級(jí)結(jié)構(gòu)有3種模型（圖6）。

2. 2. 4 陸川豬ANKRD1蛋白親/疏水性 采用ProtScale對(duì)陸川豬ANKRD1蛋白進(jìn)行親/疏水性預(yù)測(cè)分析，結(jié)果顯示第在223位氨基酸的分值最大（1.656），在第98和99位氨基酸的分值最小，均為 -3.389。綜合圖7可知，陸川豬ANKRD1蛋白屬于疏水性蛋白。

2. 2. 5 陸川豬ANKRD1蛋白信號(hào)肽和跨膜結(jié)構(gòu) 采用SignalP 4.1對(duì)陸川豬ANKRD1蛋白信號(hào)肽進(jìn)行預(yù)測(cè)，結(jié)果顯示無(wú)信號(hào)肽存在（圖8）。應(yīng)用TMHMM Server 2.0對(duì)陸川豬ANKRD1蛋白跨膜結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)分析，結(jié)果顯示不存在跨膜結(jié)構(gòu)（圖9）。

2. 2. 6 陸川豬ANKRD1蛋白磷酸化位點(diǎn) 利用NeTPhos 3.1 Server對(duì)陸川豬ANKRD1蛋白磷酸化位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)分析，結(jié)果顯示陸川豬ANKRD1蛋白可能有22個(gè)位點(diǎn)被磷酸化（圖10），且預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)該蛋白上存在PKC、RSK、GSK13、CaM-Ⅱ和PKG等16種蛋白激酶結(jié)合位點(diǎn)。

2. 2. 7 陸川豬ANKRD1蛋白糖基化位點(diǎn) 雖然NetNGlyc 1.0對(duì)陸川豬ANKRD1蛋白N糖基化位點(diǎn)的預(yù)測(cè)分析結(jié)果顯示可能存在1個(gè)糖基化位點(diǎn)，但由于陸川豬ANKRD1蛋白無(wú)信號(hào)肽，是不可能被暴露在N-糖基化機(jī)制中，因此在體內(nèi)可能不會(huì)被糖基化（圖11）。

2. 2. 8 陸川豬ANKRD1蛋白保守域及亞細(xì)胞定位 利用NCBI中的CD-search在線預(yù)測(cè)分析陸川豬ANKRD1蛋白保守結(jié)構(gòu)域，結(jié)果顯示存在2個(gè)保守的結(jié)構(gòu)域（圖12）。同時(shí)運(yùn)用WoLF PSORT對(duì)陸川豬ANKRD1蛋白進(jìn)行亞細(xì)胞定位分析，結(jié)果顯示，細(xì)胞質(zhì)占65.2%，細(xì)胞核占17.4%，線粒體、液泡膜、細(xì)胞骨架和分泌系統(tǒng)小泡各占4.3%。

2. 3 ANKRD1基因在陸川豬不同組織中的表達(dá)情況

以GAPDH基因?yàn)閮?nèi)參基因，采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)ANKRD1基因2月齡陸川豬心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長(zhǎng)肌和皮下脂肪等7個(gè)組織中的表達(dá)情況，結(jié)果顯示，陸川豬ANKRD1基因在各組織中均有表達(dá)，其中以心臟中的相對(duì)表達(dá)量最高，顯著高于在其他組織中的相對(duì)表達(dá)量（P<0.05，下同），在脾臟中的相對(duì)表達(dá)量最低，顯著低于在心臟、肝臟、肺臟和背最長(zhǎng)肌中的相對(duì)表達(dá)量（圖13）。

3 討論

目前，有關(guān)ANKRD1基因在豬上的研究較少，針對(duì)人類的研究也主要集中在疾病方面，且該基因在其他物種上的研究也不多，因此，ANKRD1基因的作用與功能，以及能否用于性狀選擇尚需進(jìn)一步探究。由于ANKRD1基因最先是在成人主動(dòng)脈cDNA文庫(kù)中克隆獲得，也稱CARP基因，主要在成年動(dòng)物的心臟組織中表達(dá)，是診斷心肌肥厚的重要標(biāo)志（Kuo et al.，1999;Aihara et al.，2000）。本研究成功克隆獲得陸川豬ANKRD1基因，其CDS序列全長(zhǎng)960 bp，編碼319個(gè)氨基酸殘基，陸川豬與野豬的ANKRD1氨基酸序列同源性最高（99.6%），親緣關(guān)系最近;陸川豬ANKRD1蛋白不存在跨膜結(jié)構(gòu)，也無(wú)信號(hào)肽，有多個(gè)磷酸化位點(diǎn);其二級(jí)結(jié)構(gòu)中α-螺旋占46.39%、無(wú)規(guī)則卷曲占39.81%、β-轉(zhuǎn)角占9.09%、延伸鏈占4.70%;陸川豬ANKRD1基因在心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長(zhǎng)肌和皮下脂肪等7個(gè)組織中均有表達(dá)，其中以心臟中的相對(duì)表達(dá)量最高，顯著高于在其他組織中的相對(duì)表達(dá)量。綜合前人的相關(guān)研究結(jié)果，可確定ANKRD1主要在心肌組織中發(fā)揮作用（Almodóvar-García et al.，2014）。但也有研究認(rèn)為，ANKRD1對(duì)骨骼肌有一定影響，例如ANKRD1基因在杜氏肌營(yíng)養(yǎng)不良和其他營(yíng)養(yǎng)不良患者的肌肉組織中上調(diào)表達(dá)（Bakay et al.，2002;Nakada et al.，2003），是對(duì)急性抵抗運(yùn)動(dòng)或超負(fù)荷工作的應(yīng)激反應(yīng)（Carson et al.，2002;Chen et al.，2014）。本研究還發(fā)現(xiàn)，陸川豬ANKRD1基因在肌肉中的相對(duì)表達(dá)量也很高，且顯著高于在脂肪組織中的相對(duì)表達(dá)量，故推測(cè)進(jìn)一步研究ANKRD1基因?qū)沂矩i背最長(zhǎng)肌的生長(zhǎng)具有重要意義。

有關(guān)ANKRD1基因分子功能的研究，已有文獻(xiàn)報(bào)道該基因在轉(zhuǎn)錄調(diào)控、肌原纖維組裝、拉伸感及肌漿與細(xì)胞核間的聯(lián)系等方面發(fā)揮關(guān)鍵作用（Granzier and Labeit，2004）。此外，在肌肉萎縮過(guò)程中ANKRD1基因的差異表達(dá)進(jìn)一步說(shuō)明其參與骨骼肌的可塑性，即ANKRD1可作為骨骼肌病理重塑的標(biāo)志物（Laure et al.，2009）。還有研究表明，ANKRD1主要定位在肌節(jié)和細(xì)胞核，且可在細(xì)胞核與細(xì)胞質(zhì)間來(lái)回穿梭。當(dāng)ANKRD1定位在細(xì)胞核時(shí)，主要對(duì)轉(zhuǎn)錄起輔助作用，可被IL-1和TNF-α激活（Kojic et al.，2010;Wu et al.，2013）;定位在細(xì)胞質(zhì)中時(shí)，ANKRD1可與肌靶蛋白和肌鈣蛋白等多種蛋白結(jié)合，在維持許多病理或生理進(jìn)程方面發(fā)揮重要作用（Samaras et al.，2015）。本研究運(yùn)用WoLF PSORT對(duì)陸川豬ANKRD1蛋白進(jìn)行亞細(xì)胞定位分析，結(jié)果顯示，細(xì)胞質(zhì)占65.2%，細(xì)胞核占17.4%，線粒體、液泡膜、細(xì)胞骨架和分泌系統(tǒng)小泡各占4.3%。但本研究?jī)H對(duì)陸川豬ANKRD1基因編碼蛋白進(jìn)行基礎(chǔ)的生物信息學(xué)預(yù)測(cè)分析，ANKRD1基因在陸川豬背最長(zhǎng)肌中的作用機(jī)制尚有待進(jìn)一步探究。

4 結(jié)論

ANKRD1基因在陸川豬的心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長(zhǎng)肌和皮下脂肪等組織中均有表達(dá)，且存在明顯差異，故推測(cè)ANKRD1基因在不同組織中發(fā)揮不同作用。

參考文獻(xiàn)：

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（責(zé)任編輯 蘭宗寶）