北京大學報道單氨基酸精度繪制蛋白質功能圖譜新方法

2019 年12 月16 日， 北京大學生命科學學院魏文勝課題組在Genome Biology 雜志在線發(fā)表題為“PASTMUS：mapping functional elements at single amino acid resolution in human cells”的研究論文。

精準繪制蛋白質功能圖譜對于研究蛋白質的作用機制十分重要。 傳統(tǒng)方法通常需要構建蛋白質的截短突變，工作量巨大且效率低下。近年來一些高通量手段比如利用錯義突變進行文庫篩選、利用CRISPR-Cas 系統(tǒng)產生覆瓦式（tiling）突變并結合sgRNA 富集分析等被用于相關研究，但這些方法受限于覆蓋程度及位點精度，而且均不適用于隱性遺傳突變類型。

魏文勝課題組開發(fā)了名為PASTMUS（PArsing fragmented DNA Sequences from CRISPR Tiling MUtagenesis Screening）的新方法。 通過CRISPR-Cas 介導的覆瓦式突變首先對目標基因產生覆蓋度高、種類豐富的突變體文庫，結合功能性篩選和對目標基因碎片化后深度測序，再利用全新的生物信息學分析方法對數(shù)據(jù)進行多重過濾，最終實現(xiàn)了對蛋白質功能相關位點的精確定位。 該論文分別對3 種毒素受體蛋白和3 種抗癌藥物靶標蛋白進行了功能性掃描，實現(xiàn)了單氨基酸精度的蛋白功能圖譜繪制。 除此以外，PASTMUS 方法還可以廣泛應用于非編碼RNA、啟動子、增強子等調控性元件的研究，也可以演變?yōu)榈鞍走M化的高效手段。

［信息來源］北京大學生命科學學院. 魏文勝課題組報道單氨基酸精度繪制蛋白質功能圖譜新方法

[EB/OL].（2019-12-16）. http://news.foodmate.net/2020/01/547823.html