馬小明12
1.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院 甘肅蘭州 730070 2.寧夏農(nóng)林科學(xué)院動(dòng)物科學(xué)研究所 寧夏銀川 750002
灘羊是寧夏自治區(qū)發(fā)展羊產(chǎn)業(yè)的主要羊品種之一,也是寧夏農(nóng)業(yè)戰(zhàn)略主導(dǎo)產(chǎn)業(yè)和優(yōu)質(zhì)牛羊肉產(chǎn)業(yè)發(fā)展中的重要品種資源。寧夏回族自治區(qū)灘羊這一品種優(yōu)勢(shì)明顯,品牌美譽(yù)度較高,具有形成地緣優(yōu)勢(shì)農(nóng)產(chǎn)品的基礎(chǔ)條件,產(chǎn)品市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)潛力較大。灘羊以寧夏自治區(qū)為中心產(chǎn)區(qū),具有鮮明的地域分布特色,近年來在自治區(qū)農(nóng)業(yè)特色優(yōu)勢(shì)產(chǎn)業(yè)政策扶持下,灘羊產(chǎn)業(yè)提質(zhì)擴(kuò)量成效顯著,“鹽池灘羊”及“鹽池灘羊肉”商標(biāo)品牌價(jià)值凸顯,灘羊胴體精細(xì)化分割加工工藝及產(chǎn)品日趨成熟,以灘羊?yàn)橹匾е膬?yōu)質(zhì)牛羊肉產(chǎn)業(yè)已成為寧夏回族自治區(qū)農(nóng)業(yè)戰(zhàn)略主導(dǎo)產(chǎn)業(yè)。不斷發(fā)掘?yàn)┭蚣盀┭蛉獾膬?yōu)勢(shì),做精、做強(qiáng)寧夏羊產(chǎn)業(yè),對(duì)增加農(nóng)民收入、助力精準(zhǔn)扶貧工作也具有十分重要的意義。
灘羊公羊肉質(zhì)較膻,導(dǎo)致大多數(shù)人不喜食用。針對(duì)灘羊、羯羊肉香味美等特點(diǎn),開展相關(guān)研究,以期探究灘羊公羊與羯羊差異代謝物的種類和物質(zhì),助力灘羊產(chǎn)業(yè)發(fā)展[1]。
選擇鹽池縣農(nóng)戶飼養(yǎng)的成年灘羊羯羊、公羊各3只,共6只組織樣本。并于早晨空腹屠宰后采集背最長(zhǎng)肌100g,切成肉丁,分別裝入玻璃瓶中密封并貼標(biāo),然后冷凍保存,待測(cè)。
將樣本低溫研碎,稱取樣本2.5g于20mL頂空瓶中,再加入1μL 2-辛醇為內(nèi)標(biāo);隨機(jī)順序GC-MS檢測(cè)。
2-辛醇(2-Octanol),6169-06-8,≥99.5%,TCI。
氣相色譜,型號(hào) 7890A,Agilent;
質(zhì)譜儀,型號(hào)5975C,Agilent;
色譜柱,型號(hào)DB-Wax(30m×250μm×0.25μm),Agilent。
Agilent 7890氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀配有Agilent DB-Wax毛細(xì)管柱(30m×250μm×0.25μm,J&W Scientific,Folsom,CA,USA),GC-MS具體分析條件如下。
萃取溫度(Incubate Temperature),65℃;
預(yù)熱時(shí)間(Preheat Time),20min;
萃取時(shí)間(Incubate Time),40min;
解析時(shí)間(Desorption time),4min;
分流模式(Front Inlet Mode),Splitless Mode;
隔墊吹掃流速(Front Inlet Septum Purge Flow),3mL/min;
載氣(Carrier Gas),Helium;
色譜柱(Column),DB-Wax(30m×250μm×0.25μm);
柱流速(Column Flow),1mL/min;
柱箱升溫程序(Oven Temperature Ramp),40℃ hold on 5min, raised to 250℃ at a rate of 5℃/min, hold on 5min;
前進(jìn)樣口溫度(Front Injection Temperature),260℃;
傳輸線溫度(Transfer Line Temperature),260℃;
離子源溫度(Ion Source Temperature),230℃;
四級(jí)桿溫度(Quad Temperature),150℃;
電離電壓(Electron Energy),-70eV;
質(zhì)量范圍(Mass Range),m/z 20~500;
掃描模式(Scan Mode),Scan;
溶劑延遲(Solvent Delay),0min。
使用Chroma TOF軟件(V4.3x,LECO)和NIST數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行了峰提取、基線矯正、解卷積、峰積分、峰對(duì)齊、質(zhì)譜匹配等分析[2]。
本次實(shí)驗(yàn)中共檢出了108個(gè)峰,詳見圖1。
原始數(shù)據(jù)包含0個(gè)質(zhì)控(quality control,QC)樣本和6個(gè)實(shí)驗(yàn)樣本,從中提取108個(gè)Peak,為了更好地分析數(shù)據(jù),我們對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行一系列的準(zhǔn)備和整理(data management)。主要包括以下步驟:對(duì)單個(gè)Peak進(jìn)行過濾以便能去除噪音。基于四分位數(shù)距(interquartile range)對(duì)偏離值進(jìn)行過濾。對(duì)單個(gè)Peak進(jìn)行過濾。只保留單組空值不多于50%或所有組中空值不多于50%的峰面積數(shù)據(jù)。對(duì)原始數(shù)據(jù)中的缺失值進(jìn)行模擬(missing value recoding)。數(shù)值模擬方法為最小值二分之一法進(jìn)行填補(bǔ)。數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化處理(normalization)。利用內(nèi)標(biāo)(internal standard,IS)進(jìn)行歸一化。經(jīng)過預(yù)處理后107個(gè)Peak被保留。
在獲得整理好的數(shù)據(jù)之后,我們對(duì)其進(jìn)行一系列的多元變量模式識(shí)別分析,首先是主成分分析。主成分分析(principalcomponent analysis, PCA)是將一組觀測(cè)的可能相關(guān)變量,通過正交變換轉(zhuǎn)換為線性不相關(guān)變量(即主成分)的統(tǒng)計(jì)方法。
PCA可以揭示數(shù)據(jù)的內(nèi)部結(jié)構(gòu),從而更好的解釋數(shù)據(jù)變量。代謝組數(shù)據(jù)可以被認(rèn)為是一個(gè)多元數(shù)據(jù)集,能夠在一個(gè)高維數(shù)據(jù)空間坐標(biāo)系中被顯現(xiàn)出來,那么PCA就能夠提供一幅比較低維度的圖像(二維或三維),展示即為在包含信息最多的點(diǎn)上對(duì)原對(duì)象的“投影”,有效地利用少量的主成分使得數(shù)據(jù)的維度降低[2~7]。
使用SIMCA軟件(V14.1,Sartorius Stedim Data Analytics AB, Umea,Sweden),對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)數(shù)(LOG)轉(zhuǎn)換加中心化(CTR)格式化處理,然后進(jìn)行自動(dòng)建模分析。PCA模型的相關(guān)參數(shù)見表1“PCA模型參數(shù)表”。
表1 PCA模型參數(shù)表
表1內(nèi)各列內(nèi)容解釋如下。
Model:SIMCA軟件建模的模型編號(hào),該編號(hào)會(huì)對(duì)應(yīng)到結(jié)果文件。
Type:SIMCA的模型類型,PCA-X表示對(duì)樣本建立PCA模型。
A:模型的主成分個(gè)數(shù)。
N:模型的觀測(cè)個(gè)數(shù)(此處即為樣本數(shù))。
R X(cum):代表模型對(duì)X變量的解釋性。
Title:該模型對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)對(duì)象。
全部樣本的PCA得分散點(diǎn)圖(score scatter plot)如圖2所示。
圖2中橫坐標(biāo)PC[1]和縱坐標(biāo)PC[2]分別表示排名第一和第二的主成分的得分,散點(diǎn)顏色和形狀表示樣本的實(shí)驗(yàn)分組。樣本全部處于95%置信區(qū)間(Hotelling’s T-squared ellipse)內(nèi)。樣本間的對(duì)比分析以Class2組對(duì)Class1組為例:Class2組對(duì)Class1組的PCA得分散點(diǎn)圖如圖3所示。
從PCA得分圖3的結(jié)果可以看出,樣本全部處于95%置信區(qū)間(Hotelling’s T-squared ellipse)內(nèi)。
交叉驗(yàn)證后得到的R Y(模型對(duì)分類變量Y的可解釋性)和Q(模型的可預(yù)測(cè)性)對(duì)模型有效性進(jìn)行評(píng)判;最后通過置換檢驗(yàn)(permutation test),隨機(jī)多次改變分類變量Y的排列順序得到不同的隨機(jī)Q 值,對(duì)模型有效性做進(jìn)一步的檢驗(yàn)。各組對(duì)比OPLS-DA模型的模型累積解釋率見“OPLS-DA模型參數(shù)表”。
基于GC-MS的代謝組學(xué)數(shù)據(jù)具有高維(檢測(cè)出代謝物種類多),小樣本(檢測(cè)樣本量偏少)的特性,在這些變量中既包含與分類變量相關(guān)的差異變量,也包含大量互相之間可能存在關(guān)聯(lián)的無(wú)差異變量。這導(dǎo)致如果我們使用PCA模型或PLS模型進(jìn)行分析,由于相關(guān)變量的影響,差異變量會(huì)分散到更多的主成分上,無(wú)法進(jìn)行更好的可視化和后續(xù)分析[8]。所以我們采用正交偏最小二乘法-判別分析(orthogonal projections to latent structures- discriminant analysis, OPLS-DA)的統(tǒng)計(jì)方法對(duì)結(jié)果進(jìn)行分析。通過OPLS-DA分析,我們可以過濾掉代謝物中,與分類變量不相關(guān)的正交變量,并對(duì)非正交變量和正交變量分別分析,從而獲取更加可靠的代謝物的組間差異與實(shí)驗(yàn)組的相關(guān)程度信息。使用SIMCA軟件(V14.1,Sartorius Stedim Data Analytics AB, Umea,Sweden對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)數(shù)(LOG)轉(zhuǎn)換加UV格式化處理,首先對(duì)第一主成分進(jìn)行OPLS-DA建模分析,模型的質(zhì)量用7折交叉驗(yàn)證(7-fold cross validation)進(jìn)行檢驗(yàn);然后用交叉驗(yàn)證后得到的R Y(模型對(duì)分類變量Y的可解釋性)和Q(模型的可預(yù)測(cè)性)對(duì)模型有效性進(jìn)行評(píng)判;最后通過置換檢驗(yàn)(permutation test),隨機(jī)多次改變分類變量Y的排列順序得到不同的隨機(jī)Q值,對(duì)模型有效性做進(jìn)一步的檢驗(yàn)。各組對(duì)比OPLS-DA模型的模型累積解釋率見表2“OPLS-DA模型參數(shù)表”。
表2 OPLS-DA模型參數(shù)表
Model:SIMCA軟件建模的模型編號(hào),該編號(hào)會(huì)對(duì)應(yīng)到結(jié)果文件。
Type:SIMCA的模型類型,OPLS-DA表示建立OPLS-DA模型。
A:模型的主成分個(gè)數(shù)。
N:模型的觀測(cè)個(gè)數(shù)(此處即為樣本數(shù))。
R X(cum):代表模型對(duì)X變量的解釋性。
R Y(cum):代表模型對(duì)Y變量的解釋性。
Q (cum):模型的可預(yù)測(cè)性。
Title:該模型對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)對(duì)象。
樣本間的對(duì)比分析以Class2組對(duì)Class1組為例,對(duì)OPLS-DA結(jié)果進(jìn)行解釋。
3.3.1 OPLS-DA得分散點(diǎn)圖
Class2組對(duì)Class1組的OPLS-DA模型得分散點(diǎn)圖如圖4所示。
圖中橫坐標(biāo)t[1]P表示第一主成分的預(yù)測(cè)主成分得分,縱坐標(biāo)t[1]O表示正交主成分得分,散點(diǎn)形狀和顏色表示不同的實(shí)驗(yàn)分組。從OPLS-DA得分圖的結(jié)果可以看出,兩組樣本區(qū)分非常顯著,樣本全部處于95%置信區(qū)間(Hotelling’s T-squaredellipse)內(nèi)。
3.3.2 OPLS-DA置換檢驗(yàn)
置換檢驗(yàn)通過隨機(jī)改變分類變量Y的排列順序,多次(次數(shù)n=200)建立對(duì)應(yīng)的OPLS-DA模型以獲取隨機(jī)模型的R Y和Q值,在避免檢驗(yàn)?zāi)P偷倪^擬合以及評(píng)估模型的統(tǒng)計(jì)顯著性上有重要作用[9]。Class2組對(duì)Class1組OPLS-DA模型的置換檢驗(yàn)結(jié)果如圖5所示。
圖5中橫坐標(biāo)表示置換檢驗(yàn)的置換保留度(與原模型Y變量順序一致的比例,置換保留度等于1處的點(diǎn)即為原模型的R Y和Q值),縱坐標(biāo)表示R Y或Q的取值,綠色圓點(diǎn)表示置換檢驗(yàn)得到的R Y值,藍(lán)色方點(diǎn)表示置換檢驗(yàn)得到的Q值,兩條虛線分別表示R Y和Q的回歸線。原模型R Y非常接近1,說明建立的模型符合樣本數(shù)據(jù)的真實(shí)情況;原模型Q比較接近1,說明如果有新樣本加入模型,會(huì)得到比較近似的分布情況,總的來說原模型可以比較好地解釋兩組樣本之間的差異。同時(shí)隨著置換保留度逐漸降低,置換的Y變量比例增大,隨機(jī)模型的Q逐漸下降。說明原模型具有良好的穩(wěn)健性,不存在過擬合現(xiàn)象。
基于GC-MS的代謝組數(shù)據(jù)的固有特性要求我們使用多元變量統(tǒng)計(jì)分析方法對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。相比與傳統(tǒng)的單變量統(tǒng)計(jì)分析方法(univariate analysis, UVA)如學(xué)生氏t檢驗(yàn)、方差分析(analysis of variance, ANOVA)等更加注重代謝物水平的獨(dú)立變化,多元變量統(tǒng)計(jì)分析更加注重代謝物之間的關(guān)系以及它們?cè)谏镞^程中的促進(jìn)/拮抗關(guān)系。同時(shí)考量?jī)深惤y(tǒng)計(jì)分析方法的結(jié)果,有助于我們從不同角度觀察數(shù)據(jù),得出結(jié)論,也可以幫助我們避免只使用一類統(tǒng)計(jì)分析方法帶來的假陽(yáng)性錯(cuò)誤或模型過擬合[10]。本研究使用的卡值標(biāo)準(zhǔn)為學(xué)生t檢驗(yàn)(Student’s t-test)的P值(P-value)小于0.05,同時(shí)OPLS-DA模型第一主成分的變量投影重要度(Variable Importance in the Projection, VIP)大于1。差異代謝物篩選的結(jié)果以Class2組對(duì)Class1組為例進(jìn)行說明,差異代謝物篩選結(jié)果示例如下表3。
表3 差異代謝物篩選表(前7行,digits=2)
差異代謝物篩選表的主要內(nèi)容包括下列內(nèi)容。Id,代謝物在本數(shù)據(jù)庫(kù)中的序號(hào);Peak,物質(zhì)在Fiehn數(shù)據(jù)庫(kù)中的名稱;Similarity,該物質(zhì)與質(zhì)譜檢測(cè)峰的匹配度打分;VIP,來自O(shè)PLS-DA模型的VIP值;P-VALUE,來自t-test的P值;FOLD-CHANGE,兩組實(shí)驗(yàn)物質(zhì)定量的比值;LOG-FOLDCHANGE,F(xiàn)OLD CHANGE取以2為底的對(duì)數(shù)。表中Similarity打分的取值范圍為[0,1 000],分?jǐn)?shù)越高匹配度越好,依據(jù)Similarity及其他信息,我們將一些物質(zhì)進(jìn)行刪減和合并,并以analyte和unknown代替。我們將篩選差異代謝物的結(jié)果以火山圖(volcano plot)的形式進(jìn)行可視化,Class2組對(duì)Class1組的結(jié)果如圖6所示。
火山圖中每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)代謝物,橫坐標(biāo)代表該組對(duì)比各物質(zhì)的倍數(shù)變化(取以2為底的對(duì)數(shù)),縱坐標(biāo)表示學(xué)生t檢驗(yàn)的P-value(取以10為底對(duì)數(shù)的負(fù)數(shù)),散點(diǎn)大小代表OPLS-DA模型的VIP值,散點(diǎn)越大VIP值越大。散點(diǎn)顏色代表最終的篩選結(jié)果,顯著上調(diào)的代謝物以紅色表示,顯著下調(diào)的代謝物以藍(lán)色表示,非顯著差異的代謝物為灰色。
本次實(shí)驗(yàn)中共檢出108個(gè)峰,經(jīng)過我們對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行一系列的處理后,107個(gè)峰值被保留,經(jīng)兩組樣品對(duì)比分析,我們共得到顯著上調(diào)的代謝物12種,顯著下調(diào)的代謝物2種,主要的差異代謝物有:丙酮、辛烷、2,3,4三甲基己烷、戊酸-5羥基-2,雙丁基苯基酯、鄰苯二甲酸環(huán)丁基葵旨、2,2,4,6,6-五甲基庚烷。
隨著我國(guó)經(jīng)濟(jì)社會(huì)的快速發(fā)展,居民生活水平顯著提高,食品消費(fèi)結(jié)構(gòu)的進(jìn)一步優(yōu)化調(diào)整,使得畜產(chǎn)品越來越受到消費(fèi)者的青睞,特別是以低膽固醇、高蛋白含量為代表的羊肉產(chǎn)品需求不斷加大,羊肉、羊肉卷等特色產(chǎn)品早已成為人們餐桌上的美食,特別是北方人,吃火鍋的時(shí)候少不了來一盤羊肉(卷),這也為我國(guó)肉羊等草食性畜牧產(chǎn)業(yè)的繁榮發(fā)展提供了強(qiáng)勁的外源動(dòng)力,也促使肉羊產(chǎn)業(yè)成為畜牧產(chǎn)業(yè)中迅速發(fā)展的新興產(chǎn)業(yè)。羊肉不僅是部分民族地區(qū)居民的重要肉類食品,其在改善我國(guó)城鄉(xiāng)居民膳食結(jié)構(gòu)、提高國(guó)人身體素質(zhì)、優(yōu)化生活品質(zhì)等諸多方面發(fā)揮作用。羊肉除了作為居民的重要肉類食物以外,在西北,其所帶動(dòng)的養(yǎng)羊業(yè)同樣肩負(fù)著帶動(dòng)縣域經(jīng)濟(jì)的發(fā)展,增加農(nóng)牧民收入,脫貧攻堅(jiān)的重要抓手。
膻味物質(zhì)一直是影響人們是否喜食羊肉的主要原因之一,膻味絕大多數(shù)情況下是指來自綿羊或山羊肉所散發(fā)出的使人不愉快的異味。羊肉風(fēng)味中較難接受的味道分別為“mutton flavor”和“pastoral”2種風(fēng)味。Watkins等研究發(fā)現(xiàn),產(chǎn)生“mutton flavor”風(fēng)味的物質(zhì)目前比較確定的為支鏈脂肪酸,主要為4-甲基辛酸(4-methyl octylic acid,MOA)、4-乙基辛酸(4-ethyl octylic acid,EOA)和4-甲基壬酸(4-methyl nonyl acid,MNA),3種支鏈脂肪酸產(chǎn)生“mutton flavor”的閾值分別為20、6、650μg/kg;而產(chǎn)生“pastoral”風(fēng)味的物質(zhì)主要為3-甲基吲哚(3-methylindole,MI)和4-甲基苯酚(4-methyl phenol,MP),MI和MP產(chǎn)生“pastoral”風(fēng)味的閾值分別為50.0、0.2 μg/kg[11]。而本研究并未檢測(cè)出這幾種物質(zhì),據(jù)報(bào)道,羊肉膻味的幾類物質(zhì)主要存在與羊肉的脂肪組織中,脂肪組織是最明顯的風(fēng)味物質(zhì)的來源,特別是其中的4-辛烷和4-甲基九烷。某些脂溶性物質(zhì)在風(fēng)味和膻味形成中發(fā)揮著重要作用,但在肌肉中這類含量相對(duì)較少[12~18]。因此,本研究正好也印證了相關(guān)研究結(jié)果。
羊肉具有高蛋白、低脂肪和低膽固醇等特點(diǎn),是中國(guó)傳統(tǒng)的肉類食品,鹽池灘羊肉,因其肉質(zhì)細(xì)嫩、膻味輕、味美,受到廣大消費(fèi)者的喜愛,氣譜-質(zhì)譜方法已普遍應(yīng)用到了羊肉風(fēng)味物質(zhì)的研究中[19~21],雖然影響羊肉風(fēng)味的因素是多樣的,但對(duì)于闡明其主要的代謝物質(zhì)對(duì)進(jìn)一步提高和改善灘羊肉品質(zhì)具有一定的意義,因此,因進(jìn)一步開展相關(guān)研究,助推灘羊產(chǎn)業(yè)發(fā)展。