宋毓平,張慶華,龔丹妮,曹 晨,潘光鑫,李 雄,靳 平,田 訓△
(1.湖北省武漢市東湖醫(yī)院皮膚科 430074;2.華中科技大學同濟醫(yī)學院附屬武漢中心醫(yī)院婦產(chǎn)科,武漢 430014)
皮膚惡性黑色素瘤(cutaneous malignant melanoma,CMM)每年全球新發(fā)287 723例,死亡60 712例[1]。CMM的病因仍不明確,既往認為與紫外線損傷、遺傳、免疫、遺傳等多因素相關,近年來研究表明基因突變與其發(fā)生、轉移的相關性越來越密切[2]。粘蛋白16(MUC16)是粘蛋白家族中的一員,CA125是由MUC16基因編碼[3],促進癌細胞增殖并抑制抗癌免疫應答[4-5],盡管CA125是最廣泛使用的卵巢癌血清生物標記物,且大多數(shù)研究已經(jīng)證實了MUC16在卵巢癌中的作用,但最近有研究顯示MUC16在乳腺癌、胰腺癌和結腸直腸癌等多種腫瘤類型中過表達[6],MUC16的突變與胃癌患者預后具有密切的關系[7],且針對MUC16為靶點進行靶向治療[8-9],但MUC16與CMM之間的關系無更多報道。本研究運用癌癥基因組圖譜(the cancer genome atlas,TCGA)、高通量基因表達數(shù)據(jù)庫(gene expression omnibus,GEO)等公共數(shù)據(jù)集分析MUC16在CMM組織中的突變、表達及預后之間的關系,評估MUC16預測CMM預后的臨床價值,現(xiàn)報道如下。
1.1材料 從隸屬于美國國家生物技術信息中心(national center of biotechnology information,NCBI)的GEO數(shù)據(jù)庫(http:// www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)下載CMM標本數(shù)據(jù)(GDS1375)進行分析。
1.2方法
1.2.1SurExpression數(shù)據(jù)庫分析 應用SurExpression數(shù)據(jù)庫[10]對CMM數(shù)據(jù)集(Jonsson Skin Survival GSE22153)中包含mRNA表達和臨床資料的57例CMM患者信息進行生存分析,得到相關基因相應表達水平與預后的關系。
1.2.2cBioPortal for Cancer Genomics 應用cBioPortal for Cancer Genomics (http://www.cbioportal.org/)[11]在TCGA數(shù)據(jù)集中分析MUC16在CMM組織中的突變情況及與CMM患者的預后關系。
1.3統(tǒng)計學處理 采用GraphPad Prism(V5.01)軟件進行數(shù)據(jù)分析,生存分析采用Kaplan-Meire和Log-rank檢驗法,以P<0.05為差異有統(tǒng)計學意義。
2.1MUC16在CMM組織中突變情況 在Skin Cutaneous Melanoma (TCGA,Provisional)數(shù)據(jù)集中分析發(fā)現(xiàn),287例病例中MUC16突變頻率達到69.3%,其中錯義突變占97.0%,MUC16 mRNA的水平在男性和女性CMM組織中比較,差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05),見圖1A、B。
2.2MUC16在CMM組織的表達水平 通過分析GDS1375數(shù)據(jù)集中7例正常皮膚組織、18例良性痣、45例CMM組織中KPNA2 mRNA水平,發(fā)現(xiàn)在CMM組織中MUC16 mRNA水平高于正常皮膚組織及良性痣,且與正常皮膚組織比較,差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05),見圖1C。
2.3MUC16改變與CMM預后之間的風險關系 通過在cBioPortal在線分析明確MUC16的突變是否與CMM預后具有相關性,在Skin Cutaneous Melanoma (TCGA,Provisional)數(shù)據(jù)集中分析發(fā)現(xiàn),MUC16突變的患者具有較好的總體生存期(P=0.000)和無病生存期(P=0.041)。在TCGA(https://portal.gdc.cancer.gov)在線分析TCGA-SKCM數(shù)據(jù)集,分析顯示發(fā)生MUC16突變的患者具有較好的預后,差異有統(tǒng)計學意義(P=0.021),見圖2A~C。
2.4在線分析MUC16 mRNA水平與CMM患者的預后關系 應用SurExpression數(shù)據(jù)庫在線對CMM的TCGA數(shù)據(jù)集進行在線分析,選取其中具有mRNA數(shù)據(jù)的57例數(shù)據(jù)集(TCGA-SKCM)分析MUC16 mRNA水平與CMM的預后關系,分析發(fā)現(xiàn)高水平的MUC16 mRNA患者具有較差的總體生存期[HR=2.07(1.13,3.78),P=0.018],見圖2D。
A:MUC16在CMM中突變頻率;B:MUC16在不同性別患者CMM組織中的轉錄水平;C:MUC16在不同組織中的轉錄水平
圖1 MUC16在CMM組織的突變及表達情況
A:MUC16變化在(TCGA,Provisional)數(shù)據(jù)集中與CMM患者的總體生存期關系;B:MUC16變化在(TCGA,Provisional)數(shù)據(jù)集中與CMM患者的無病生存期關系;C:MUC16突變在TCGA-SKCM數(shù)據(jù)集中與CMM患者的總體生存期關系;D:MUC16 mRNA水平與CMM患者的總體生存期關系
圖2 MUC16mRNA與CMM患者預后的分析
CMM預后極差,隨著對該疾病分子機制的不斷探索和生物學技術的不斷進步,CMM發(fā)病機制得到了全面深入的研究,在過去的幾年中分子靶向治療已成為新熱點,患者的治療效果得到顯著的提高。目前最主要的靶向藥物是鼠類肉瘤濾過性毒菌致癌基因同源體B1(BRAF)抑制劑[12]、絲裂原活化的細胞外信號調節(jié)激酶(MEK)抑制劑[13]和酪氨酸激酶(TKI)抑制劑[14],但由于現(xiàn)行靶向藥物的應用出現(xiàn)廣泛的耐藥及皮疹、胃腸道等不良反應[15],如今更多的目光投向靶向藥物的聯(lián)合應用及開發(fā)新的靶點進行靶向治療[16]。
已知人類MUC基因家族編碼多達20種蛋白質,其可以分成分泌型和跨膜型相關的形式,每種都具有典型的蛋白質結構域結構,MUC16屬于跨模型[17],共22 152個氨基酸,具有約12 000氨基酸的N端區(qū)域,包含約60個重復序列的串聯(lián)重復區(qū)域,每個序列有156個氨基酸、跨膜結構域和32個氨基酸組成的細胞質尾部[18]。最新研究在胃癌患者中發(fā)現(xiàn)MUC16突變與胃癌患者腫瘤基因突變負荷、生存結局、免疫反應和細胞周期途徑都具有密切的關系,這一發(fā)現(xiàn)可能適用于指導胃癌患者的免疫治療,但關于MUC16與CMM之間的報道并未發(fā)現(xiàn)。
GEO是目前最全面最大的1個公共基因數(shù)據(jù)庫,SurExpression數(shù)據(jù)庫中多達130個數(shù)據(jù)集,共有超過2萬多臨床病例,可以用來分析20多種腫瘤相關分子標記物[19]。筆者通過利用這些在線數(shù)據(jù)庫對不同來源的數(shù)據(jù)進行分析,最后得到一致的結論,使得本研究結論可靠。筆者在TCGA數(shù)據(jù)庫分析中發(fā)現(xiàn)MUC16在CMM中的突變頻率高達69.3%,同時在GEO數(shù)據(jù)庫中分析正常皮膚組織與CMM組織中發(fā)現(xiàn)MUC16表達水平明顯上升,這些數(shù)據(jù)結果提示MUC16在CMM的發(fā)生、發(fā)展中起著重要的作用,當筆者進一步分析MUC16突變及其mRNA水平與CMM預后之間的關系,發(fā)現(xiàn)發(fā)生MUC16突變的CMM患者整體的預后要明顯優(yōu)于未發(fā)生突變的患者,同時MUC16 mRNA表達水平高的CMM患者的預后較差,這提示MUC16與CMM的預后有著密切關系。
MUC16是一種大細胞表面分子,在一些惡性腫瘤進展過程中異常過度表達。很多研究表明MUC16不僅是卵巢癌的生物標記物,還在腫瘤進展和轉移中發(fā)揮作用,正因為其在腫瘤中的作用,MUC16逐漸成為新的治療靶點[20],在卵巢癌中主要使用針對MUC16的串聯(lián)重復結構域的抗體,如奧戈伏單抗(Oregovomab)和阿巴伏單抗(Abagovomab),一直是MUC16靶向治療的手法[21],MUC16抗體藥物結合物對卵巢癌患者有初步療效[20],這些初步研究為進一步探討MUC16突變與CMM的發(fā)生、發(fā)展奠定了基礎,并提示MUC16有可能成為靶向治療的位點,為CMM的靶向治療提供新思路。