4-羥氨基-α-吡喃酮甲酰胺類似物的3D-QSAR及分子對接研究

仝建波， 秦尚尚， 雷 珊， 王 洋

(1.陜西科技大學(xué)化學(xué)與化工學(xué)院， 西安 710021； 2.教育部輕化工助劑化學(xué)與技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室， 西安 710021)

1 引 言

丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus，HCV)是一種單股正鏈的RNA病毒，也是慢性肝病的主要原因之一[1]. 根據(jù)2017年中國疾病預(yù)防控制中心報(bào)道，全世界約有1.3～2.1億人感染丙型肝炎病毒(HCV)，85%的患者會發(fā)展成為慢性肝炎，最終將導(dǎo)致肝硬化、肝功能衰竭或肝癌[2]，嚴(yán)重影響患者的身體健康和生活質(zhì)量，但至今還未開發(fā)出有效的丙型肝炎疫苗和治療措施[3,4]. HCV感染性疾病的治療目標(biāo)是患者獲得持續(xù)病毒學(xué)應(yīng)答(SVR，如SVR24為治療結(jié)束至隨訪24周時(shí)PCR檢測血清HCV RNA為陰性). 國際上公認(rèn)的標(biāo)準(zhǔn)治療方案(SOC)是聚乙二醇-干擾素α(PEG-IFNα)聯(lián)合利巴韋林(RBV)[5]. 但是實(shí)踐證明該治療方案不僅具有嚴(yán)重的不良反應(yīng)，治療周期偏長，而且大部分患者不能耐受，接受48周完整治療患者并沒有達(dá)到很高的SVR獲得率(基因1和4型HCV感染患者SVR獲得率僅為40%～50%)[6]. 因此，研究新的治療方案迫在眉睫.

直接抗病毒藥物(DAA)是指特異性作用于維持HCV生命周期所必需的酶或蛋白質(zhì)的藥物. DAA的研發(fā)與應(yīng)用為HCV感染的治療帶來新希望. DAA主要包括NS3/4A蛋白酶抑制劑、NS5B聚合酶抑制劑及NS5A抑制劑[7,8]. 應(yīng)用DAA并且聯(lián)合其他技術(shù)應(yīng)用于臨床試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，這樣做不僅可以擺脫干擾素的輔助治療，而且用藥也比較方便，不良反應(yīng)大大降低. 因此，尋找更合適的抗病毒結(jié)構(gòu)是有意義的，它可以為成功解決SOC缺陷、成為有前景的抗HCV藥物奠定一定的理論基礎(chǔ).

三維定量構(gòu)效關(guān)系[9-11]是一種應(yīng)用廣泛的設(shè)計(jì)藥物分子的方法，它可以有效地把分子結(jié)構(gòu)與其理化性質(zhì)、結(jié)構(gòu)參數(shù)、生物活性等結(jié)合起來. 三維定量構(gòu)效關(guān)系中最具代表性的方法有CoMFA(Coparative molecular field analysis)與CoMSIA(Coparative molecular similarity index analysis)，即比較分子場方法和比較分子相似性方法[12,13]. 本論文采用第二代CoMFA方法Topomer CoMFA[14,15]對42個(gè)4-羥氨基-α-吡喃酮甲酰胺類似物進(jìn)行3D-QSAR研究，得到該類化合物結(jié)構(gòu)與其生物活性之間的3D-QSAR模型，用于新型HCV抑制劑的設(shè)計(jì). 相比于傳統(tǒng)方法，本文所采用的Topomer CoMFA得到的模型，具有更好的穩(wěn)定性和預(yù)測能力，還省去了分子疊合的步驟，具有花費(fèi)時(shí)間短，重復(fù)性高等優(yōu)勢. 因此利用該方法可以快速建立模型進(jìn)行預(yù)測、分析和評價(jià)，為小分子抑制劑的結(jié)構(gòu)優(yōu)化提供理論基礎(chǔ).

2 方法與步驟

2.1 數(shù)據(jù)集的選擇

42個(gè)4-羥氨基-α-吡喃酮甲酰胺類似物的分子結(jié)構(gòu)和活性值如表1所示，均取自文獻(xiàn)報(bào)道[16]. 把化合物的pEC50(-logEC50)值作為活性數(shù)據(jù)進(jìn)行模型建立，它是由半數(shù)抑制濃度EC50轉(zhuǎn)化過來的. 把具有試驗(yàn)數(shù)據(jù)的42個(gè)化合物大致按照4:1的比例隨機(jī)分為訓(xùn)練集和測試集，其中訓(xùn)練集包括33個(gè)化合物，測試集包括9個(gè)化合物. 用訓(xùn)練集來進(jìn)行模型的建立，用測試集進(jìn)行模型的驗(yàn)證.

2.2 Topomer CoMFA模型建立

Topomer CoMFA是CoMFA與Topomer的聯(lián)合技術(shù)，能夠在短時(shí)間內(nèi)準(zhǔn)確、快速構(gòu)建3D-QSAR模型. 采用Topomer技術(shù)將整個(gè)配體分子切割成兩個(gè)或兩個(gè)以上的小片段，所切割形成的小片段會自動生成三維構(gòu)象的碎片，碎片根據(jù)一定的經(jīng)驗(yàn)規(guī)則進(jìn)行調(diào)整，生成Topomer模型. 本文中所用到化合物的結(jié)構(gòu)是由Sketch Molecule繪制出來的，它是Tripos公司Sybyl2.0-X軟件包中的一個(gè)模塊. 將繪制出的化合物結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化，優(yōu)化過程采用Powell能量梯度法、Tripos立場等，其中能量收斂設(shè)定為0.005 kcal/mol，優(yōu)化次數(shù)設(shè)定為1000次，分子荷載電荷為Gasteiger-Huckel電荷，其余參數(shù)均為默認(rèn)值.

對訓(xùn)練集中33個(gè)化合物的結(jié)構(gòu)進(jìn)行切割，將活性最高的21號化合物作為模板分子，采用如圖1所示的切割方式進(jìn)行切割，分別生成了R1和R2基團(tuán)，隨后軟件會自動識別并且切割其他的分子結(jié)構(gòu)，最后對R1和R2基團(tuán)周圍的立體場和靜電場自動進(jìn)行計(jì)算，并把它作為自變量，以EC50的負(fù)對數(shù)(pEC50)為建模響應(yīng)值，采用偏最小二乘(Partial least squares method，PLS)回歸分析法[17]進(jìn)行建模來表示化合物活性與分子場之間的關(guān)系，生成3D-QSAR模型. 采用留一法交互驗(yàn)證[18,19]評價(jià)模型的內(nèi)部預(yù)測能力，然后利用所建立的Topomer CoMFA模型預(yù)測9個(gè)測試集化合物的活性，以此評價(jià)模型的外部預(yù)測能力.

2.3 虛擬篩選

本文中的虛擬篩選采用Sybyl2.0-X軟件中的Topomer Search技術(shù)，它采用構(gòu)象的獨(dú)立性及的Topomer相似性進(jìn)行完整分子、側(cè)鏈或骨架的篩選. Topomer Search[20]結(jié)果中主要包含兩項(xiàng)：Topomer距離和R基團(tuán)的活性貢獻(xiàn)值，其可從數(shù)據(jù)庫中篩選并測出相應(yīng)R基團(tuán)貢獻(xiàn)值. 通常在分子相似程度允許范圍內(nèi)，貢獻(xiàn)值越大的基團(tuán)越有考慮價(jià)值.

表1 4-羥氨基-α-吡喃酮甲酰胺類似物的分子結(jié)構(gòu)及其活性值

Table 1 The structure and activity values of the 4-hydroxyamino α-pyranone carboxamide analogues

No.R1R2EC50(μM)Experi-mentalpEC50Pred-ictedpEC50Resid-ualvalue12aHPh0.356.4566.370-0.08613FPh1.065.9755.870-0.10514ClPh0.566.2525.920-0.33215CH3Ph1.455.8395.9100.07116OCH3Ph0.566.2526.130-0.12217aH4-F-Ph0.326.4956.420-0.07518H4-Cl-Ph0.406.3986.4000.00219H4-Br-Ph0.306.5236.400-0.12320H4-OH-Ph1.006.0006.3600.36021H4-OMe-Ph0.176.7706.460-0.31022H4-COOMe-Ph0.336.4816.5100.02923H2-Me-Ph0.546.2686.4200.15224H3-Me-Ph0.276.5696.440-0.12925H4-Me-Ph0.186.7456.370-0.37526F4-Me-Ph1.955.7105.8700.16027Cl4-Me-Ph1.435.8455.9200.07528aCH34-Me-Ph0.466.3375.910-0.42729OCH34-Me-Ph1.605.7966.1300.33430aHMe0.606.2226.3500.12831FMe1.755.7575.8500.09332ClMe0.786.1085.900-0.20833CH3Me1.425.8485.8900.04234OCH3Me0.706.1556.110-0.04535aHEt1.006.0006.3200.32036HPr0.456.3476.330-0.01737aHi-Pr0.456.3476.330-0.01738HC2H4OH1.485.8305.9900.16039FC2H4OH2.985.5265.500-0.02640aClC2H4OH4.005.3985.5500.272續(xù)表141CH3C2H4OH2.585.5885.540-0.04842OCH3C2H4OH1.415.8515.760-0.09143HC3H6OH0.456.3476.5100.16344HCH2COOMe1.845.7355.9000.16545aFCH2COOMe1.935.7145.410-0.30446ClCH2COOMe3.065.5145.450-0.06447CH3CH2COOMe3.995.3995.4400.04148aOCH3CH2COOMe2.965.5295.6600.13149HCH2Ph0.296.5386.530-0.008

50FCH2Ph1.185.9286.0400.11251ClCH2Ph0.686.1676.090-0.07752CH3CH2Ph0.916.0416.0700.02953OCH3CH2Ph0.576.2446.2900.046

Note:aTest set (測試集化合物)

圖1 模板分子的切割方式Fig. 1 Cutting mode for template molecules

本文所選取的數(shù)據(jù)庫為ZINC(2012)數(shù)據(jù)庫中的Drug-like類，共有130000個(gè)分子，通過篩選得到具有高活性貢獻(xiàn)值的R1和R2基團(tuán). 其中，Topomer CoMFA距離值設(shè)置為185，其他參數(shù)以默認(rèn)值為準(zhǔn).

2.4 分子對接

本文采用Sybyl2.0-X軟件中的Surflex-dock模塊來完成對接，對接所使用的蛋白酶晶體結(jié)構(gòu)來源于PDB數(shù)據(jù)庫，晶體結(jié)構(gòu)的PDB ID為：1ADG，對接模式為Surflex-dock(SFXC)，在進(jìn)行對接之前需對晶體結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)處理，具體包含以下步驟：加氫、加電荷、抽取原有配體、除去水分子和其他殘基及末端殘基的處理. 在準(zhǔn)備小分子的過程中，將配體的輸出構(gòu)象設(shè)置為20個(gè)，其他參數(shù)基本默認(rèn)，同時(shí)選擇原配體結(jié)構(gòu)作為參比分子，進(jìn)行小分子配體與大分子蛋白的對接與打分，打分結(jié)果用Total-Score、Crash和Polar表示[21]. 通常情況下，Total-Score為總的打分函數(shù)，表示受體與配體的親和能力，打分越高越好；Crash絕對值越接近零，表示配體與受體對接時(shí)的不適當(dāng)程度越小. Polar為極性函數(shù)得分，當(dāng)結(jié)合位點(diǎn)位于分子表面時(shí)，打分越高越好；當(dāng)結(jié)合位點(diǎn)位于分子內(nèi)部時(shí)，打分越低越好.

3 結(jié)果與討論

3.1 Topomer CoMFA建模結(jié)果與評價(jià)

表2 Topomer CoMFA建模結(jié)果

注：N為主成分?jǐn)?shù)；r2為擬合復(fù)相關(guān)系數(shù)；q2為交互驗(yàn)證復(fù)相關(guān)系數(shù)；Qext2為外部驗(yàn)證復(fù)相關(guān)系數(shù)；SD為擬合標(biāo)準(zhǔn)偏差；SDCV為交互驗(yàn)證標(biāo)準(zhǔn)偏差；SEE為標(biāo)準(zhǔn)估計(jì)偏差；F為Fisher驗(yàn)證值.

圖2 42個(gè)化合物活性的實(shí)驗(yàn)值與預(yù)測值的線性回歸圖Fig. 2 The linear regression of the actual value and predictive value of 42 compounds

3.2 Topomer CoMFA等勢圖分析

圖3所示即為21號模板分子的Topomer CoMFA三維等勢圖，其中圖3a和圖3b分別表示R1基團(tuán)的立體場三維等勢圖和靜電場三維等勢圖，圖3c和圖3d分別表示R2基團(tuán)的立體場三維等勢圖和靜電場三維等勢圖. 在圖3a和圖3c中，綠色的區(qū)域表示引入體積較大的取代基有利于化合物活性的提高，黃色的區(qū)域表示引入體積較小的取代基有利于化合物活性的提高；在圖3b和圖3d中，紅色區(qū)域表示引入帶負(fù)電性取代基有利于化合物活性的提高，藍(lán)色區(qū)域表示引入帶正電性取代基有利于化合物活性的提高.

在圖3a中，R1取代基附近有大片的黃色區(qū)域以及一小塊綠色區(qū)域，表明在此處引入體積較小的取代基有利于化合物活性的提高. 例如化合物25(pIC50=6.745)在R1取代基的位置上用H取代了化合物26、27、28和29上(pEC50=5.710，5.845，6.337，5.796)的F，Cl，-CH3及-OCH3取代基，活性明顯提高. 在圖3c中，在苯環(huán)的附近被大塊的綠色區(qū)域所包圍，這表明在此處適宜引入體積較大的基團(tuán)，有助于提高化合物的生物活性. 例如，化合物12(pEC50=6.456)的R2位置上為-Ph，它的活性明顯大于R2位置上為-Me，-Et，-Pr的化合物30，35和36(pEC50=6.222，6.000，6.347).

在圖3b中，R1取代基附件有大片的藍(lán)色區(qū)域，表明此處不宜引入電負(fù)性大的化合物. 例如，化合物25(pEC50=6.745)的生物活性明顯大于化合物26(pEC50=5.710)，就是由于化合物25的R2取代基位置為電負(fù)性較小的-H，而化合物26的R2取代基位置為電負(fù)性較強(qiáng)的-F. 在圖3d中，苯環(huán)的附近有大片的藍(lán)色區(qū)域，表明此位置基團(tuán)電負(fù)性減小，其活性反而增大. 例如，-OH的電負(fù)性大于-CH3，故化合物38(pEC50=5.830)的活性小于化合物36(pEC50=6.000)的活性. 少量的紅色色區(qū)域出現(xiàn)在苯環(huán)的C-4位置，表明此處引入電負(fù)性大的基團(tuán)有利于活性的提高. 例如，-Br的電負(fù)性明顯大于-H，故19號化合物(pEC50=6.523)的活性明顯高于12號化合物(pEC50=6.456).

a： R1立體等勢圖 (Steric field map of R1)； b：R1靜電等勢圖(Electrostatic field map of R1)； c： R2立體等勢圖(Steric field map of R2)； d： R2靜電等勢圖(Electrostatic field map of R1).圖3 Topomer CoMFA三維等勢圖Fig. 3 The results of Topomer CoMFA

3.3 基于Topomer Search的分子設(shè)計(jì)

利用Topomer Search技術(shù)挑選出來的2個(gè)R1基團(tuán)和16個(gè)R2基團(tuán)對21號模板分子中的相應(yīng)基團(tuán)進(jìn)行替換，設(shè)計(jì)得到了32個(gè)新的化合物. 在Sybyl2.0-X軟件包中的Sketch Molecule模塊繪制出這32個(gè)新分子的結(jié)構(gòu)，然后對其進(jìn)行優(yōu)化，優(yōu)化方法與之前的42個(gè)樣本分子相同. 最后，將優(yōu)化好的新化合物通過之前所建立的Topomer CoMFA模型進(jìn)行活性預(yù)測，以下表3所示即為32個(gè)新設(shè)計(jì)的化合物結(jié)構(gòu)及其活性預(yù)測值.

從表3中可得知，有30個(gè)新設(shè)計(jì)的化合物的預(yù)測活性值比模板分子高，說明新設(shè)計(jì)的化合物理論上具有一定的病毒抑制作用，可以作為抗艾滋病新藥的候選化合物. 從新設(shè)計(jì)分子的結(jié)構(gòu)中可以觀察到，在R1取代基的位置引入體積較小、電負(fù)性較大的基團(tuán)，且在R2取代基的位置引入體積較大、電負(fù)性較大的基團(tuán)，所以化合物的生物活性有所提高. 除了這些原因，這2個(gè)化合物活性值低還可能是由于：篩選出來的R1與R2基團(tuán)雖然單獨(dú)都具有較高的貢獻(xiàn)值，但是合在一起組成化合物時(shí)卻不相匹配；還有可能是因?yàn)橹亟M形成的新化合物內(nèi)部有不利的相互作用阻礙其活性增大. 以上解釋均符合Topomer CoMFA模型等勢圖分析.

3.4 分子對接結(jié)果分析

在進(jìn)行分子對接前，需要對分子對接方法準(zhǔn)確性和可靠性進(jìn)行驗(yàn)證. 通過Surflex-dock將晶體結(jié)構(gòu)中的配體分子抽取出來作為參照分子，然后再重新與晶體結(jié)構(gòu)1ADG進(jìn)行對接，所得到的結(jié)果如下圖所示. 圖4a所示即為共晶配體與1ADG的對接模式圖，從圖中可以看出對接口袋為一條狹長的通道，位于晶體的中間位置. 圖4b為共晶配體與1ADG的氫鍵作用圖，我們可以從圖中觀察到共晶配體與氨基酸殘基ASP223，ILE368，LYS228，GLY202，ARG47，VAL268等形成氫鍵作用，以上結(jié)論即可說明該方法能夠有效的進(jìn)行分子對接研究.

表3 新設(shè)計(jì)化合物結(jié)構(gòu)與預(yù)測活性值

Table 3 Structures and predictive activity values of new design compounds

序號化合物結(jié)構(gòu)預(yù)測活性值/pIC50序號化合物結(jié)構(gòu)預(yù)測活性值/pIC5016.68176.6526.63186.5536.57196.63續(xù)表346.29206.5856.64216.5466.65226.6276.50236.4786.53246.5096.60256.57

106.63266.60116.53276.31126.77286.74136.74296.71續(xù)表3146.75306.72156.74316.71166.69326.66

圖4 (a) 共晶配體與1ADG對接模式(綠色部分為共晶配體，紫色線狀為氨基酸殘基)；(b) 共晶配體與1ADG的氫鍵作用(中間棒狀表示共晶配體，紅色虛線表示氫鍵，綠色棒狀表示氨基酸殘基)Fig. 4 (a) The docking mode between reference ligand and 1ADG; (6) The hydrogen bond interaction between reference ligand and 1ADG.

在本文中，訓(xùn)練集中的化合物和新設(shè)計(jì)的分子都被用來進(jìn)行分子對接研究. 我們選取訓(xùn)練集化合物中活性最高的21號模板分子進(jìn)行對接，氫鍵作用結(jié)果如圖5a所示，配體六元環(huán)上sp2雜化的O原子與A鏈氨基酸殘基ARG47中的H原子形成氫鍵，距離為2.052 ?；配體中sp3雜化的H原子與A鏈氨基酸殘基ILE368中的O原子形成氫鍵，距離為1.833 ?；配體中sp3雜化的O原子與A鏈氨基酸殘基GLY201中的H原子形成氫鍵，距離為1.997 ?. 總打分函數(shù)(Total-Score)、配體對接進(jìn)受體時(shí)的不適當(dāng)程度(Crash)和極性打分函數(shù)(Polar)分別為5.2934、-1.0786和3.1900.

為了更進(jìn)一步驗(yàn)證新設(shè)計(jì)的化合物的抑制效果，將新設(shè)計(jì)的32個(gè)分子分別對接到其蛋白受體上，以研究其結(jié)合機(jī)制，方法同訓(xùn)練集分子. 所有新設(shè)計(jì)分子的總打分函數(shù)(Total-Score)如表4所示. 由表可知有17個(gè)分子總打分函數(shù)高于模板分子，我們選取分?jǐn)?shù)最高的10號，31號和32號分子進(jìn)行研究. 如圖5b、c、d分別表示新設(shè)計(jì)的化合物10、31、32與晶體結(jié)構(gòu)1ADG的氫鍵相互作用圖. 在圖5b中，配體10號分子中sp3雜化的O原子與A鏈氨基酸殘基LYS228中的H原子形成氫鍵，其距離為1.826 ?；配體中sp3雜化的H原子與A鏈氨基酸殘基ASP223中的O原子形成2個(gè)氫鍵，距離分別為2.168 ?和2.095 ?. 總打分函數(shù)(Total-Score)、配體對接進(jìn)受體時(shí)的不適當(dāng)程度(Crash)和極性打分函數(shù)(Polar)分別為7.7828、-0.9319和3.2247. 圖5c中31號配體中sp2雜化的N原子與A鏈氨基酸殘基GLY202中的H原子形成2個(gè)氫鍵，距離分別為2.569 ?和2.093 ?；配體中sp3雜化的H原子與A鏈氨基酸殘基ILE368中的O原子形成氫鍵，其距離為2.301 ?；配體中sp3雜化的H原子與A鏈氨基酸殘基ASP223中的O原子形成2個(gè)氫鍵，距離分別為2.224 ?和2.290 ?；配體中sp3雜化的O原子與A鏈氨基酸殘基LYS228中的H原子形成氫鍵，其距離為2.434 ?. 總打分函數(shù)(Total-Score)、配體對接進(jìn)受體時(shí)的不適當(dāng)程度(Crash)和極性打分函數(shù)(Polar)分別為7.1290、-2.3703和4.1662. 在圖5d中，32號配體與受體共形成7個(gè)氫鍵作用，分別為：配體中sp3雜化的H原子與A鏈氨基酸殘基ASP223中的O原子形成2個(gè)氫鍵，距離分別為2.038 ?和2.558 ?；配體中sp2雜化的N原子與A鏈氨基酸殘基GLY202中的H原子形成2個(gè)氫鍵，距離分別為2.573 ?和2.169 ?；配體中sp3雜化的H原子與A鏈氨基酸殘基ILE368中的O原子形成氫鍵，其距離為2.168 ?；配體中sp3雜化的O原子與A鏈氨基酸殘基ARG369中的H原子形成2個(gè)氫鍵，距離分別為2.442 ?和2.752 ?. 總打分函數(shù)(Total-Score)、配體對接進(jìn)受體時(shí)的不適當(dāng)程度(Crash)和極性打分函數(shù)(Polar)分別為6.8815、-2.8634和4.5604. 這些氫鍵作用使配體小分子與大分子蛋白結(jié)合更加穩(wěn)定，所以對接結(jié)果具有一定的可靠性. 但是有一些新設(shè)計(jì)的化合物例如3號、7號、14號、17號等均具有較高的活性值，但是總打分函數(shù)卻不高，這些化合物也是無意義的. 雖然使用Topomer Search可以得到具有高貢獻(xiàn)值的某些片段，但將片段整合后形成的化合物卻不具備良好的結(jié)果，這可能是因?yàn)樗槠椭Ъ茉诳臻g位置或能量上不匹配，證明了分子的局部優(yōu)化具有有界性，片段和支架之間的合理匹配是藥物設(shè)計(jì)的重要條件.

表4 新設(shè)計(jì)分子的總打分函數(shù)

圖5 氫鍵相互作用圖(a、b、c、d分別表示21號模板分子、新設(shè)計(jì)分子10號、31號、32號與1ADG的氫鍵作用圖)Fig. 5 a The hydrogen-bond interaction between template molecular 21 and 1ADG. b the hydrogen-bond interaction between new design compound 10 and 1ADG. c the hydrogen-bond interaction between new design compounds 31 and 1ADG. d the hydrogen-bond interaction between new design compounds 32 and 1ADG (the red dotted lines represent the hydrogen bonding)

4 結(jié) 論

本文采用Topomer CoMFA方法對42個(gè)4-羥氨基-α-吡喃酮甲酰胺類似物進(jìn)行了三維定量構(gòu)效關(guān)系的研究，得到了穩(wěn)定性和預(yù)測能力都比較好的3D-QSAR模型. 采用Topomer Search技術(shù)在ZINC數(shù)據(jù)庫對R基團(tuán)進(jìn)行虛擬篩選，將篩選出來的基團(tuán)重新組合，設(shè)計(jì)了32個(gè)新的化合物，進(jìn)一步預(yù)測其活性，有30個(gè)分子活性高于模板分子. 利用模板分子與新設(shè)計(jì)的分子進(jìn)行對接，探究配體和受體蛋白之間的作用關(guān)系，對接結(jié)果表明小分子與大分子蛋白的氨基酸殘基ARG47、ILE368和GLY201可以形成氫鍵，說明所建立的模型值得信任，可為設(shè)計(jì)高活性抗HCV分子提供理論參考.