NGS panel技術實現(xiàn)精準檢測

文/本刊記者 郭瀟雅

NGS panel技術提升了學科在遺傳代謝性肝病方面的診斷識別能力，也為患者得到及時診治提供了新的手段。

17歲的小張因青春期第二性征不發(fā)育，生長遲滯，身材矮小，多年來輾轉多家醫(yī)院未得到診治。在陸軍軍醫(yī)大學西南醫(yī)院（以下簡稱“西南醫(yī)院”），小張被確診為慢性乙肝。在一次復診時，西南醫(yī)院感染病科門診醫(yī)師敏銳地發(fā)現(xiàn)小張存在肝大、脂肪肝、高尿酸血癥、血糖偏低、肝臟多發(fā)占位等伴隨癥狀和體征，通過完善的影像學檢查、肝組織病理、基因測序等檢查，明確了患者肝細胞內大量糖原沉積，確診為肝糖原累積?。℅SD）。

GSD為單基因突變所致的遺傳性肝病，有9個致病基因7個亞型，早期遺傳篩查確定亞型至關重要?；驒z測對于遺傳代謝性肝病的快速篩查和亞型識別具有優(yōu)勢，但由于涉及的基因數(shù)量多且存在較高的遺傳異質性和表型異質性，遺傳診斷極具挑戰(zhàn)性。

為此，西南醫(yī)院感染病科采用NGS panel檢測新技術，發(fā)現(xiàn)小張G6PC基因外顯子5號上存在經(jīng)典的c.G648T(p.L216L, NM_000151)純合變異，將表型明確為GSD Ia亞型。隨后，通過口服“生玉米淀粉”這一唯一有效的精準治療，使小張的病情在一年內得到極大改善，身體開始生長發(fā)育，一年內長高17cm，第二性征也開始顯現(xiàn)。西南醫(yī)院感染病科門診醫(yī)師告訴記者，該案例參加中華醫(yī)學會肝臟病學分會舉辦的全國肝病疑難與經(jīng)典病例巡展獲得了總冠軍。

NGS panel是一套基于高通量測序的遺傳代謝性肝病精準檢測新技術，相關成果發(fā)表SCI文章2篇。南方醫(yī)科大學基礎醫(yī)學院教授徐湘民認為，與傳統(tǒng)檢測方法相比，NGS突變檢測技術可顯著提高疾病的檢出率，具有明顯的技術優(yōu)勢。

西南醫(yī)院感染病科教授鄧國宏表示，遺傳代謝性肝病是一類由于遺傳性酶缺陷引起的肝臟代謝障礙性疾病。它的種類繁多，就單一病種而言，發(fā)病率并不高，但總體發(fā)病率卻不容忽視。代謝性肝病臨床表現(xiàn)缺乏特異性，使得臨床表現(xiàn)更加復雜，診斷較為困難，容易造成漏診和誤診。據(jù)文獻報道，30%以上的遺傳代謝性疾病要經(jīng)過5～10位醫(yī)生的診治；48.3%的患者被誤診為其他疾病，誤診時間長達5年或更長。因此，如何快速、精準識別和分型是遺傳代謝性肝病的重要研究內容。

43個

NGS panel包含了43個明確的致病基因、覆蓋目標基因的703個外顯子區(qū)共計116.8kb靶區(qū)域。

在鄧國宏的帶領下，科研團隊歷時兩年，克服遺傳代謝性肝病亞型各異、基因變異廣泛、復雜性高、臨床解讀困難等技術障礙，搭建了高通量測序平臺、最佳測序策略以及生物信息學自主分析平臺。在此基礎上，研發(fā)建立了一套基于高通量測序的NGS panel遺傳代謝性肝病精準檢測新技術。同時，科研團隊還建立了一套基于高通量測序的全外顯子組測序遺傳代謝性肝病精準檢測技術（WES），作為NGS panel技術的補充。

據(jù)介紹，NGS panel包含了43個明確的致病基因、覆蓋目標基因的703個外顯子區(qū)共計116.8kb靶區(qū)域，可對包括糖原儲積病、遺傳性高膽紅素血癥、卟啉病、戈謝病等在內的20個病種、41個亞型進行精準識別和分型。與傳統(tǒng)的Sanger測序比較，NGS panel技術的準確性為100%，并且操作簡單、耗時短，避免了Sanger測序“一次只能測單個基因的單個片段”帶來的繁重工作量和經(jīng)濟成本。

通過NGS panel技術，已有90名患者接受了檢測，被查出先天性假性膽堿酯酶缺乏癥、Gilbert綜合征、Crigler-Najjar綜合征II型等疾病。同時，NGS panel技術還協(xié)助消化科、神經(jīng)內科及部分外院科室診斷疑難罕見病例82例，并進行疾病表型精細分型。

目前，西南醫(yī)院感染病科向社會廣泛征集病例，將為疑似患者提供基因檢測診斷和綠色就診通道，同時，為確診患者家庭成員提供檢測優(yōu)惠和免費遺傳咨詢，實現(xiàn)對遺傳代謝性肝病的早期識別、早期干預。