基于PubMed的醫(yī)學基礎研究與臨床研究類論文分類方法構建

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[作者單位]中國醫(yī)科大學附屬盛京醫(yī)院,遼寧 沈陽 110001

科研論文的數(shù)量和質量可以反映科學研究的實力和水平[1]。基于科研論文的文獻計量學分析結果在輔助科研管理和決策中顯現(xiàn)出越來越重要的作用[2-3]。近年來，隨著我國醫(yī)改進程推進、研究型醫(yī)院建設、轉化醫(yī)學及精準醫(yī)學的發(fā)展，作為與臨床診療能力密切相關的科研活動，醫(yī)學基礎研究和臨床研究科研能力及其成果越來越受到業(yè)界關注和重視。目前醫(yī)學基礎研究和臨床研究類論文分類方法主要依據(jù)發(fā)文作者所在科室/學科[1]或數(shù)據(jù)庫自帶學科分類導航[4]實現(xiàn)。這兩種分類方式均依據(jù)科研論文的外部特征，醫(yī)學基礎研究與臨床研究論文的分類必須基于科研論文的研究內容。本文旨在構建醫(yī)學基礎研究與臨床研究類論文科學的分類方法，為科研管理提供支持，為提升醫(yī)療機構臨床診療能力提供助力。

1 醫(yī)學基礎研究與臨床研究類論文分類依據(jù)

1.1 美國NIH關于醫(yī)學臨床研究的定義

NIH將臨床研究定義為直接涉及一個具體的人或人群的研究，或者是圍繞人的相關行為特征或組織標本等數(shù)據(jù)開展的研究。這些組織或標本來自一個有生命的個人(但臨床研究的過程要求保護個人隱私)，包括以病人為中心的研究、人類疾病發(fā)病機制的研究、疾病治療或干預的研究、臨床試驗研究、疾病相關的新技術發(fā)展的研究、流行病學和行為研究、衛(wèi)生服務和產出研究等內容[5]。

1.2 醫(yī)學主題詞、特征詞

《醫(yī)學主題詞表》(Mesh詞表)是美國國立醫(yī)學圖書館編制的權威性主題詞表,是一部規(guī)范化的可擴充的動態(tài)性敘詞表，用于標引、編目和檢索生物醫(yī)學文獻。Mesh詞表中，臨床研究(clinical study)作為一個文獻出版特征類型主題詞出現(xiàn)，僅包含臨床試驗和觀察性研究2個下位詞。對比NIH定義，發(fā)現(xiàn)不能用它直接分類醫(yī)學臨床研究。

特征詞是生物醫(yī)學文獻主題標引中設置的代表某些單一概念的一組標引詞。Mesh詞表中用于標引物種的特征詞僅有human和animal，凡是涉及到人或其他物種，都標引特征詞“human”或“animal”；既討論人又討論其他物種的文章兩者都標注；遇到“臨床研究”或“臨床試驗”等有臨床研究含義的主題詞時，均要標注“human”特征詞；不涉及研究物種的科研論文不標注特征詞。

1.3 醫(yī)學基礎研究與臨床研究類論文分類方法制定過程

由美國NIH 定義可知，“研究物種”不同是醫(yī)學基礎研究與臨床研究論文的最大區(qū)別。因此本文首先將科研論文按“研究物種”的區(qū)別分類，在物種分類的基礎之上，結合NIH關于臨床研究定義的3部分條件限制，制定醫(yī)學臨床研究和基礎研究論文的分類標準，具體流程見圖1。

注：“其他類型論文”包括衛(wèi)生經濟、衛(wèi)生政策、圖書情報、衛(wèi)生法律等方面的科研論文；“不涉及研究物種的論文”中包含未進行主題詞標引的論文(此部分數(shù)據(jù)較少)。

圖1基礎研究與臨床研究類論文分類流程

2 醫(yī)學基礎研究與臨床研究類論文分類過程

2.1 依據(jù)研究物種進行論文分類并驗證其科學性

理論上，按照“研究物種”分類可將全部科研論文分為以下四部分內容：研究物種為人(Mesh：“humans”[Mesh Terms])，研究物種為動物(Mesh：“animals”[Mesh Terms:noexp])，無研究物種(Mesh：NOT(“animals”[Mesh Terms:noexp]OR“humans”[Mesh Terms]包含尚未進行主題詞標引的文章人和動物兩類物種(Mesh：“animals”[MeshTerms:noexp]AND“humans”[Mesh Terms]。四部分的總和為全部科研論文。

本文以“shengjing[ad]”為檢索式，驗證Pubmed數(shù)據(jù)物種分類的科學性(驗證時間：2016年5月20日)，數(shù)據(jù)驗證結果為：Ⅰ、shengjing hospital [ad] 檢索結果為2 371篇，Ⅱ、shengjing hospital[ad]AND “humans”[MeSH Terms] 檢索結果為1 475篇，Ⅲ、shengjing hospital [ad] AND “animals”[MeSH Terms:noexp]檢索結果為462篇，Ⅳ、shengjing hospital[ad]not(“humans”[MeSH Terms]or “animals”[MeSH Terms:noexp])檢索結果為548篇，Ⅴ、shengjing hospital[ad] and(“humans”[MeSH Terms] and“animals”[MeSH Terms:noexp]) 檢索結果為114篇。數(shù)據(jù)結果符合數(shù)理運算規(guī)則：Ⅰ=Ⅱ+Ⅲ+Ⅳ-Ⅴ=2371。因此，依據(jù)物種分類進行科研論文分類的科學性得以驗證。

2.2 醫(yī)學基礎研究與臨床研究類論文的分類標準

基于NIH 關于醫(yī)學臨床研究的定義可知，“研究物種”是醫(yī)學基礎研究和臨床研究最基本的區(qū)別。醫(yī)學基礎研究為以動物為研究物種(研究對象)開展的試驗研究，因此可將以動物為研究物種開展的科學研究定義為基礎研究，PubMed數(shù)據(jù)庫分類標準(檢索式)： “animals”[MeSH Terms:noexp] NOT “humans”[MeSH Terms]。

基于主題詞、特征詞的標引檢索規(guī)則，結合NIH 關于醫(yī)學臨床研究三部分內容的解釋，在PubMed數(shù)據(jù)庫主題詞表數(shù)據(jù)庫中對照生物醫(yī)學主題詞樹狀結構表(All MeSH Categories)篩選相對應的醫(yī)學主題詞與特征詞“human[MESH]”匹配，制定醫(yī)學臨床研究的分類標準(檢索式)： “Humans”[Mesh]AND(“Analytical,Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment Category”[Mesh]OR “Chemicals and Drugs Category”[Mesh] OR “Diseases Category”[Mesh] OR “Clinical Study” [Publication Type]OR “Epidemiology”[Mesh]OR “Psychiatry and Psychology Category”[Mesh]OR“Community-Based Participatory Research”[Mesh] OR “Outcome Assessment (Health Care)” [Mesh] OR “Comparative Effectiveness Research”[Mesh]))。

3 醫(yī)學基礎研究和臨床研究類論文分類方法數(shù)據(jù)驗證

新英格蘭醫(yī)學雜志、柳葉刀、美國醫(yī)學會雜志、英國醫(yī)學期刊是國際公認的四大頂級醫(yī)學期刊。其中新英格蘭醫(yī)學雜志、柳葉刀、美國醫(yī)學會雜志為臨床醫(yī)學刊物，主要刊載臨床研究類論文，英國醫(yī)學會雜志為綜合刊物，僅有一半的篇幅用于刊載臨床科學原始研究論文。因此本文僅選取新英格蘭醫(yī)學雜志、柳葉刀、美國醫(yī)學會雜志3種臨床研究類刊物載文數(shù)據(jù)進行醫(yī)學基礎研究與臨床研究類論文分類方法的科學性驗證。

3種期刊檢索式分別為：新英格蘭雜志檢索式：nejm[ta]、柳葉刀雜志檢索式：lancet[ta]、美國醫(yī)學會雜志檢索式：JAMA[ta]，以臨床研究類期刊的發(fā)文數(shù)據(jù)為驗證數(shù)據(jù)(數(shù)據(jù)下載時間為2016年10月26日)。

3.1 三大臨床研究類期刊載文數(shù)據(jù)驗證基礎研究與臨床研究分類方法

2006-2015年PubMed數(shù)據(jù)庫收錄的三大臨床研究類期刊載文數(shù)據(jù)見表1。由“物種分類”和NIH定義可知，表1中“其他類型”的論文數(shù)據(jù)包括科研論文尚未進行主題詞和特征詞標引、論文研究內容不涉及研究物種、有主題詞標引但不滿足NIH 定義的臨床研究類論文要求3種情況。同期3種臨床研究類雜志刊載的“其他類型”論文情況見表2。

表1 2006-2015年3種臨床研究類期刊載文量

表2 3種臨床類期刊“其他類型”論文載文量論文

3.2 以新英格蘭雜志刊載“其他類型”的論文數(shù)據(jù)為例進行數(shù)據(jù)剖析及驗證

以2006-2015年PubMed數(shù)據(jù)庫收錄的新英格蘭雜志載文數(shù)據(jù)為例，對表1中的“基礎研究類論文”和“其他類型”科研論文情況分析結果如下。2006-2015 10年新英格蘭雜志刊載基礎研究類論文44篇(0.3%)，刊載的“不涉及研究物種和無主題詞標引”的科研論文有608篇。應用醫(yī)療保健類(Health Care Category)主題詞進行數(shù)據(jù)再檢索分類，數(shù)據(jù)處理結果：545篇(占608篇的90%)論文屬于醫(yī)療保健大類下衛(wèi)生政策、衛(wèi)生服務質量、衛(wèi)生服務管理等文章范疇；63篇(占10%)不屬于醫(yī)療保健類科研論文范疇，其中45篇無主題詞標注，18篇有主題詞標注但不滿足NIH 定義的臨床研究類論文要求。

新英格蘭雜志刊載的“不滿足NIH 3部分條件限制”科研論文共448篇。應用醫(yī)療保健類(“Health Care Category”[Mesh])主題詞進行數(shù)據(jù)處理結果為： 437篇(占98%)屬于醫(yī)療保健大類(Health Care Category)大類所包含的衛(wèi)生政策、衛(wèi)生服務質量、衛(wèi)生服務管理類論文分類范疇；11篇(2%)科研論文中出版類型Journal Article共計3篇、Case Report類型2篇、Letter類型文獻4篇、Editorial類型2篇，11篇均不滿足NIH 定義的臨床研究類論文要求。

4 結果及討論

英格蘭雜志、柳葉刀雜志、美國醫(yī)學會雜志2006-2015年載文數(shù)據(jù)主要為臨床研究類論文，基礎研究類論文不到1%，其余部分屬于衛(wèi)生政策、衛(wèi)生服務、衛(wèi)生質量評價類科研論文，符合三大臨床研究類期刊載文常規(guī)，同時也佐證了本文制定的醫(yī)學基礎研究與臨床研究類論文分類方法的科學性。

醫(yī)學科學研究是一個醫(yī)院的實力和聲譽所在，是醫(yī)院學科建設的重要組成部分。提高我國醫(yī)學知識水平和科學研究能力，并將其轉化為相應的衛(wèi)生政策和臨床診療能力，是解決我國現(xiàn)存的衛(wèi)生問題和實現(xiàn)醫(yī)療改革目標的關鍵[6]。黨的十八大提出供給側改革的概念，三級甲等醫(yī)院的供給側改革必須圍繞“提高臨床診療能力”這一關鍵問題展開，提高臨床診療能力就必須提高與之密切相關的醫(yī)學基礎研究和臨床研究能力。

十二五期間，中華醫(yī)學會組織臨床醫(yī)學、臨床流行病學、統(tǒng)計學、醫(yī)學管理學等多學科領域的專家對醫(yī)學“臨床研究”的基本特征進行了研討并達成共識：醫(yī)學臨床研究是以醫(yī)療服務機構為主要研究基地，以患者為主要研究對象，以疾病的診斷、治療、預后和病因為主要內容，需要多學科共同參與組織實施的科學研究活動。這一共識已經寫入“臨床研究發(fā)展戰(zhàn)略報告”，成為指導和推動我國臨床研究發(fā)展的基礎[7]，但未明確醫(yī)學基礎研究和臨床研究的定義。中國工程院院士王辰等[8]認為醫(yī)學研究可分為預防醫(yī)學研究、基礎醫(yī)學研究、臨床醫(yī)學研究3部分，譚得圣等[9]依據(jù)研究方法和研究對象、學科領域、研究任務性質、研究目的和深度、研究難易程度、研究邏輯形式的不同等6種分類標準進行醫(yī)學科學論文分類，但國內尚未見醫(yī)學基礎研究和臨床研究類論文的分類標準和分類依據(jù)，使醫(yī)學科研管理部門對于醫(yī)學基礎與臨床研究類論文成果的評價出現(xiàn)瓶頸。依據(jù)本文基于科研論文研究內容的醫(yī)學基礎研究與臨床研究分類標準，結合各醫(yī)療機構的英文檢索式，可以有效解決目前管理部門遇到的瓶頸問題，從而科學有效地進行數(shù)據(jù)分析，輔助科研決策，為提升醫(yī)療機構供給側改革能力及醫(yī)改助力。

本文介紹的醫(yī)學基礎研究與臨床研究的分類方法較寬泛，包含圍繞人或人群開展的發(fā)病機制研究、流行病學研究等概念范疇，與國內科研工作者常規(guī)理解的基礎研究和臨床研究稍有差別。同時，本文采用美國國立醫(yī)學圖書館編制的權威性《醫(yī)學主題詞表》為工具，首先使用物種特征詞標引規(guī)則，將全部科研論文按照研究物種進行區(qū)分，在此基礎上利用主題詞具有概念單一，詞型規(guī)范、詞義準確、涵蓋文章研究內容所涉及的各個方面的特點，以科研論文研究內容為依據(jù)進行醫(yī)學基礎研究與臨床研究類論文分類，有效提高了分類原則的準確性，在科研管理實踐更具實際指導性和操作性。

本文制定的醫(yī)學基礎研究與臨床研究類論文的分類標準同樣存在局限性，目前僅適用于PubMed等支持主題詞檢索的數(shù)據(jù)庫，不適用于SCI 等不支持主題詞檢索的數(shù)據(jù)庫。