SD-PMA-ddPCR檢測(cè)食品中沙門(mén)氏菌的研究

王　靜,張慧敏,魏　瑋,賈俊濤,李春喜,秦　燕

(1.威海出入境檢驗(yàn)檢疫局檢驗(yàn)檢疫技術(shù)中心,山東威海 264205; 2.山東出入境檢驗(yàn)檢疫局,山東青島266500)

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SD-PMA-ddPCR檢測(cè)食品中沙門(mén)氏菌的研究

王靜1,張慧敏1,魏瑋1,賈俊濤2,李春喜1,秦燕1

(1.威海出入境檢驗(yàn)檢疫局檢驗(yàn)檢疫技術(shù)中心,山東威海 264205; 2.山東出入境檢驗(yàn)檢疫局,山東青島266500)

研究將疊氮溴化丙錠(PMA)與微滴數(shù)字PCR(ddPCR)技術(shù)相結(jié)合,建立一種沙門(mén)氏菌活菌的檢測(cè)方法。結(jié)果表明,PMA不能完全有效抑制108CFU/mL的沙門(mén)氏菌死菌DNA的PCR擴(kuò)增,0.1% 脫氧膽酸鈉(SD)和40.0 μg/mL PMA協(xié)同作用,可以有效抑制108CFU/mL的沙門(mén)氏菌死菌DNA的PCR擴(kuò)增,不抑制沙門(mén)氏菌活菌DNA擴(kuò)增的PMA最高濃度是40.0 μg/mL。經(jīng)過(guò)SD和PMA對(duì)樣品預(yù)處理,在不同死、活菌比例下,PMA-ddPCR可以定量檢測(cè)活菌,避免了死菌DNA的干擾。本方法的檢出限為8.0 copy/20 μL。利用PMA-ddPCR檢測(cè)人工污染雞肉樣品,最低可檢出102CFU/mL的沙門(mén)氏菌。實(shí)驗(yàn)結(jié)果證明PMA-ddPCR方法的特異性、精確度、穩(wěn)定性良好。

疊氮溴化丙錠,脫氧膽酸鈉,數(shù)字PCR,活菌

隨著社會(huì)的發(fā)展和人們對(duì)健康的關(guān)注,食品安全成為影響廣泛的社會(huì)性問(wèn)題。但食源性疾病暴發(fā)事件層出不窮,例如美國(guó)多次爆發(fā)沙門(mén)氏菌污染事件,沙門(mén)氏菌是一種常見(jiàn)的食源性致病菌,可使人發(fā)生中毒[1-3],主要癥狀有惡心、嘔吐[4-5],嚴(yán)重危害人們的身心健康。因此,定量檢測(cè)沙門(mén)氏菌引起各國(guó)的高度關(guān)注。

目前,檢測(cè)沙門(mén)氏菌的方法有很多,比如實(shí)時(shí)熒光聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)[6]、熒光染色[7]等,雖然這些方法相比于傳統(tǒng)培養(yǎng)法有一些優(yōu)勢(shì)[8-9],但是還存在一些無(wú)法克服的缺點(diǎn),諸如操作繁瑣費(fèi)時(shí),靈敏度低,不能真實(shí)反映樣品的污染水平[10-11]。因此,開(kāi)發(fā)定量檢測(cè)活菌的方法很有必要。疊氮溴化丙錠(PMA)是一種能和DNA共價(jià)交聯(lián)的光敏材料,光照可以使PMA的光敏基團(tuán)轉(zhuǎn)化為氮賓自由基,其可以和DNA發(fā)生共價(jià)交聯(lián),進(jìn)而阻斷DNA分子的PCR擴(kuò)增,并且PMA只能選擇性的滲透死菌的細(xì)胞膜,因此PMA被用于和PCR技術(shù)相結(jié)合定量檢測(cè)活菌[12-15]。但是有研究發(fā)現(xiàn),PMA不能完全抑制死菌DNA的PCR擴(kuò)增,可能原因是一些受損細(xì)菌細(xì)胞碎片阻止PMA滲透進(jìn)入細(xì)胞膜[16]。Wang L J等人[17]利用0.1% 脫氧膽酸鈉(SD)處理受損細(xì)菌,促進(jìn)PMA進(jìn)入死菌細(xì)胞內(nèi),達(dá)到了完全有效抑制死菌DNA的PCR擴(kuò)增,并且0.1% SD不會(huì)對(duì)活菌產(chǎn)生影響。

微滴數(shù)字PCR(ddPCR)是近年來(lái)發(fā)展起來(lái)的可以定量檢測(cè)DNA的新方法,通過(guò)PCR擴(kuò)增和熒光信號(hào)的積累讀取陽(yáng)性微滴數(shù)目,再通過(guò)泊松分布計(jì)算出樣本的DNA分子數(shù)目[18-20]。本文首次將PMA與ddPCR技術(shù)相結(jié)合,開(kāi)發(fā)了高靈敏、高選擇性的檢測(cè)食源性致病菌的新方法。

1　材料與方法

1.1材料與儀器

菌株為沙門(mén)氏菌Salmonella(ATCC13311)南京便診生物科技有限公司;PMA1 mg,美國(guó)Biotium公司,溶解于1.0 mL 20%二甲基亞砜(DMSO)溶液,得到1 mg/mL儲(chǔ)備液,于-20 ℃避光保存;細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒北京Tiangen公司;引物、探針由生工生物工程(上海)股份有限公司合成;熒光定量PCR反應(yīng)體系有關(guān)試劑購(gòu)自羅氏公司;微滴式數(shù)字PCR反應(yīng)體系有關(guān)試劑購(gòu)自美國(guó)伯樂(lè)公司。

QX200微滴式數(shù)字PCR系統(tǒng)美國(guó)伯樂(lè)公司;7900HT Fast 實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)系統(tǒng)美國(guó)應(yīng)用生物系統(tǒng)公司;CF16RXII高速冷凍離心機(jī)日本日立公司;鹵鎢燈(500 W)飛利浦燈具(上海)有限公司。

1.2實(shí)驗(yàn)方法

1.2.1細(xì)菌培養(yǎng)及熱滅活菌的制備用接種環(huán)沾取甘油管保存的菌液,在營(yíng)養(yǎng)瓊脂平板上劃線,于37 ℃下培養(yǎng)24 h。挑取單菌落接種于營(yíng)養(yǎng)瓊脂液體培養(yǎng)基,37 ℃培養(yǎng)至對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期。取500 μL菌液沸水浴10 min后,用0.1% SD處理受損細(xì)菌,37 ℃條件下溫育20 min后,用40.0 μg/mL的PMA處理,混合均勻后暗處孵育15 min,將離心管置于500 W鹵鎢燈下20 cm處曝光15 min(管口朝上,置于冰上),期間每隔5 min混勻數(shù)次,以使樣品溶液曝光均勻。隨后用試劑盒法提取基因組DNA,進(jìn)行PCR檢測(cè)。

1.2.2最佳PMA濃度的選取取500 μL受損細(xì)菌于1.5 mL離心管中,利用0.1% SD處理樣品同1.2.1,分別加入PMA終濃度為0.0、2.0、5.0、10.0、20.0、40.0、50.0 μg/mL,混合體系振蕩5 s后暗處孵育15 min,使PMA最大限度進(jìn)入受損細(xì)胞內(nèi)。將離心管置于500 W鹵鎢燈下20 cm處曝光15 min(管口朝上,置于冰上)。隨后用試劑盒法提取基因組DNA,進(jìn)行PCR檢測(cè)。取500 μL沙門(mén)氏菌活菌作為對(duì)照組,處理同實(shí)驗(yàn)組。

1.2.3最佳曝光時(shí)間的選取如1.2.1處理熱滅活菌,分別曝光0.0、2.0、5.0、10.0、15.0、20.0 min,隨后用試劑盒法提取基因組DNA,進(jìn)行PCR檢測(cè)。

1.2.4細(xì)菌DNA提取及qPCR和ddPCR檢測(cè)本實(shí)驗(yàn)采取試劑盒法得到基因組DNA。分別利用7900HT Fast 實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)和QX200微滴式數(shù)字PCR系統(tǒng)進(jìn)行檢測(cè)。參考SN/T 1870-2007合成引物、探針。上游引物(19bp):5′-GCGGCGTTGGAGAGTGATA-3′,下游引物(21bp):5′-AGCAATGGAAAAAGCAGGATG-3′,探針:5′-FAM-CATTTCTTAAACGGCGGTGTCTTTCCCT-TAMRA-3′。

qPCR反應(yīng)體系(25.0 μL):12.5 μL LightCycler? 480 Probes Master;10 μmol/L上、下游引物各1.0 μL;10 μmol/L探針0.5 μL;模板DNA 2.0 μL;最后用DEPC水補(bǔ)充至25.0 μL。qPCR擴(kuò)增條件為:95 ℃、3 min;94 ℃、5 s,60 ℃、40 s,40個(gè)循環(huán),同時(shí)收集FAM熒光。將熒光定量PCR測(cè)得CT值代入標(biāo)準(zhǔn)線性方程,即可得到所測(cè)菌液濃度值。

ddPCR反應(yīng)體系(20.0 μL):10.0 μL ddPCRTMSupermix for Probes(No dUTP);10 μmol/L上、下游引物各1.0 μL;10 μmol/L探針0.5 μL;模板DNA 4.0 μL;最后用DEPC水補(bǔ)充至20.0 μL。ddPCR擴(kuò)增循環(huán)條件為:95 ℃,5 min;94 ℃、10 s,60 ℃、45 s,40個(gè)循環(huán);98 ℃,10 min。ddPCR數(shù)據(jù)處理:ddPCR測(cè)得濃度值為20.0 μL反應(yīng)體系中目標(biāo)基因濃度x(copy/μL),本文中待測(cè)菌液濃度值y=5×50x/0.5,其中5為模板(4.0 μL)在反應(yīng)體系(20.0 μL)中的稀釋倍數(shù);試劑盒法提取DNA洗脫液體積為50 μL;待測(cè)菌液體積為0.5 mL。

1.2.5qPCR、PMA-ddPCR、SD-PMA-ddPCR檢測(cè)不同比例活菌的比較配制活菌比例為100%、50%、25%、10%、0%的沙門(mén)氏菌菌懸液,分別取500 μL于1.5 mL離心管中,在優(yōu)化條件下,按照試劑盒法提取基因組DNA,進(jìn)行qPCR、PMA-ddPCR、SD-PMA-ddPCR檢測(cè)。

1.2.6SD-PMA-qPCR、SD-PMA-ddPCR檢測(cè)沙門(mén)氏菌的靈敏度將105CFU/mL的沙門(mén)氏菌菌液依次稀釋10倍制得濃度為105、104、103、102、101CFU/mL菌液。在優(yōu)化條件下,進(jìn)行SD-PMA-qPCR、SD-PMA-ddPCR分析實(shí)驗(yàn)。

1.2.7SD-PMA-ddPCR的抗干擾性取非沙門(mén)氏菌菌株4株(大腸埃希菌、副溶血弧菌、金黃色葡萄球菌、單增李斯特氏菌),經(jīng)培養(yǎng)后菌落濃度達(dá)到108CFU/mL,將上述4株干擾菌和108CFU/mL沙門(mén)氏菌混合,在優(yōu)化條件下,進(jìn)行SD-PMA-ddPCR檢測(cè),分析抗干擾性。

1.2.8SD-PMA-qPCR、SD-PMA-ddPCR檢測(cè)人工污染樣品中沙門(mén)氏菌取25 g新鮮雞肉樣品,用均質(zhì)器制成雞肉勻漿,利用108CFU/mL死菌污染雞肉樣品,然后用101～106CFU/mL的沙門(mén)氏菌菌液進(jìn)行人工污染,在優(yōu)化條件下,進(jìn)行SD和PMA處理之后,進(jìn)行SD-PMA-qPCR、SD-PMA-ddPCR檢測(cè)。

2　結(jié)果與分析

2.1SD和PMA處理死菌的效果

如圖1所示,108CFU/mL熱損傷細(xì)菌經(jīng)過(guò)SD和PMA處理之后,其CT值明顯高于僅用PMA處理的實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組,說(shuō)明SD可以進(jìn)一步破壞死菌的細(xì)胞膜,促進(jìn)了PMA滲透進(jìn)入死菌細(xì)胞膜,從而和DNA共價(jià)交聯(lián),阻止了DNA的PCR擴(kuò)增。

圖1　SD協(xié)助PMA進(jìn)入死菌細(xì)胞的影響Fig.1　The effect of SD for PMA to enter dead cells

2.2最佳PMA濃度的優(yōu)化

如圖2所示,隨著PMA濃度的增大,死菌DNA qPCR擴(kuò)增的CT值明顯升高,當(dāng)PMA濃度超過(guò)40.0 μg/mL時(shí),反應(yīng)體系的CT值幾乎不再發(fā)生變化。當(dāng)PMA濃度為50.0 μg/mL時(shí),相比不加PMA，活菌DNA qPCR擴(kuò)增的CT值略微增加,可能高濃度PMA影響了活菌DNA的qPCR擴(kuò)增,本研究選用40.0 μg/mL PMA作為最佳濃度。

圖2　PMA 濃度對(duì)死菌和活菌的影響Fig.2　Effect of PMA concentration on dead and live bacteria

2.3最佳曝光時(shí)間的優(yōu)化

如圖3所示,隨著光照時(shí)間的增加,體系的CT值迅速升高,光照時(shí)間超過(guò)15.0 min后,體系的CT值不發(fā)生明顯變化,本研究選取15.0 min作為最佳光照時(shí)間。

圖3　曝光時(shí)間對(duì)PMA 處理死細(xì)胞的影響Fig.3　Optimization of different light exposure time

圖4　不同沙門(mén)氏菌濃度下的CT值Fig.4　CT of different Salmonella cells

2.4qPCR檢測(cè)沙門(mén)氏菌的線性曲線

在0.1% SD、PMA濃度為40.0 μg/mL的條件下,利用qPCR進(jìn)行了沙門(mén)氏菌的檢測(cè)。如圖4所示,隨著沙門(mén)氏菌含量的增加,CT值明顯降低,CT值與沙門(mén)氏菌的濃度在102～108CFU/mL范圍內(nèi)呈現(xiàn)良好的線性關(guān)系(r=0.9949),其線性回歸方程為:y=43.16-3.65x,方程中y代表DNA qPCR擴(kuò)增的CT值,x代表沙門(mén)氏菌的濃度的對(duì)數(shù)值。該方法的檢測(cè)限是102CFU/mL(S/N=3)。

2.5qPCR、PMA-ddPCR、SD-PMA-ddPCR檢測(cè)不同比例活菌的比較

將2.6×108CFU/mL活菌、熱滅活菌按照?qǐng)D5所示比例混合后,在優(yōu)化條件下,進(jìn)行qPCR、PMA-ddPCR、SD-PMA-ddPCR檢測(cè)。由圖5可見(jiàn),qPCR測(cè)得CT值代入2.4中線性方程計(jì)算得出沙門(mén)氏菌含量,不論活菌比例如何變化,結(jié)果始終為死、活菌的總量;當(dāng)活菌比例0%時(shí),未經(jīng)SD處理的菌液進(jìn)行PMA-ddPCR檢測(cè),依然可以檢出陽(yáng)性,說(shuō)明40.0 μg/mL PMA單獨(dú)作用下不能完全抑制108CFU/mL死菌的DNA擴(kuò)增;隨著活菌比例的增加,PMA-ddPCR和SD-PMA-ddPCR檢出結(jié)果也相應(yīng)增加,但是SD-PMA-ddPCR檢出結(jié)果與平板計(jì)數(shù)(Plate count)結(jié)果更加接近。

圖5　不同熱滅活時(shí)間下qPCR、PMA-ddPCR、SD-PMA-ddPCR沙門(mén)氏菌檢測(cè)結(jié)果Fig.5　The numbers of survivors from qPCR, PMA-ddPCR,SD-PMA-ddPCR

2.6SD-PMA-ddPCR、SD-PMA-qPCR檢測(cè)沙門(mén)氏菌的靈敏度

將原菌液濃度為2.6×105CFU/mL的沙門(mén)氏菌10倍梯度稀釋,分別標(biāo)記為S5～S1,進(jìn)行SD-PMA-ddPCR、SD-PMA-qPCR檢測(cè)。由圖6一維散點(diǎn)圖上可以看出S1～S5生成的陽(yáng)性微滴數(shù)分布,陽(yáng)性微滴數(shù)目隨著濃度的升高而逐漸增多。ddPCR測(cè)得S5～S2的濃度如圖7所示,S1未檢出,S2測(cè)得濃度為0.4 copy/μL,因此該方法檢測(cè)沙門(mén)氏菌基因組DNA的檢出限為8.0 copy/20 μL。如圖8所示,隨著沙門(mén)氏菌濃度的稀釋,CT值逐漸變大,PMA-qPCR最少可檢出102CFU/mL的沙門(mén)氏菌。

圖6　ddPCR一維散點(diǎn)圖Fig.6　The 1D scatterplot of ddPCR

圖7　ddPCR反應(yīng)體系(20 μL)中目標(biāo)基因濃度Fig.7　Concentration of target genes in reaction system of ddPCR(20 μL)

圖8　SD-PMA-qPCR檢測(cè)沙門(mén)氏菌靈敏度Fig.8　Sensitivity of Salmonella by SD-PMA-qPCR detection

2.7SD-PMA-ddPCR的抗干擾性

在4株108CFU/mL非沙門(mén)氏菌(大腸埃希菌、副溶血弧菌、金黃色葡萄球菌、單增李斯特氏菌)存在的情況下,SD-PMA-ddPCR檢測(cè)沙門(mén)氏菌得到的結(jié)果與沙門(mén)氏菌實(shí)際結(jié)果相近。

2.8SD-PMA-ddPCR檢測(cè)人工污染樣品中沙門(mén)氏菌

圖9　檢測(cè)人工污染樣本中沙門(mén)氏菌的比較Fig.9　Salmonella detection of different methods

對(duì)不同菌量人工污染的雞肉樣品在優(yōu)化條件下進(jìn)行SD-PMA-qPCR、SD-PMA-ddPCR檢測(cè),如圖9所示,SD-PMA-ddPCR檢測(cè)人工污染雞肉樣品,最低可檢出102CFU/mL沙門(mén)氏菌,并且與理論添加值相近;而SD-PMA-qPCR測(cè)得CT值代入2.4中線性方程計(jì)算得出沙門(mén)氏菌含量,與理論添加值偏差較大,說(shuō)明ddPCR對(duì)實(shí)際樣品的檢測(cè)效果優(yōu)于qPCR。SD-PMA-ddPCR對(duì)樣品檢測(cè)的RSD均小于5.0%。人工污染死菌的樣本37 ℃下放置兩周,測(cè)得樣本的CT值變化小于1.0%。

3　討論與結(jié)論

PMA與ddPCR相結(jié)合的方法,可以在死菌存在的條件下定量檢測(cè)沙門(mén)氏菌活菌,消除了“假陽(yáng)性”結(jié)果的出現(xiàn),SD對(duì)樣品預(yù)處理,使得PMA更容易穿過(guò)死菌細(xì)胞膜。SD-PMA-ddPCR整個(gè)過(guò)程快速簡(jiǎn)便,成功檢測(cè)雞肉等樣品中沙門(mén)氏菌的含量。與SD-PMA-qPCR方法相比,具有準(zhǔn)確度高、不需要建立標(biāo)準(zhǔn)曲線等優(yōu)點(diǎn),Wang L J等人[16]應(yīng)用mPCR方法在107CFU/mL熱滅活沙門(mén)氏菌存在的條件下,定量檢測(cè)雞肉等樣品中的沙門(mén)氏菌。本方法把PMA用量增加了4倍,曝光時(shí)間增加了3倍,應(yīng)用SD-PMA-ddPCR在108CFU/mL熱滅活沙門(mén)氏菌存在的條件下,定量檢測(cè)雞肉等樣品中的沙門(mén)氏菌,說(shuō)明PMA濃度的增加和曝光時(shí)間延長(zhǎng)可以促進(jìn)PMA與DNA共價(jià)交聯(lián)。SD-PMA-ddPCR方法表現(xiàn)出較好的發(fā)展空間,可以進(jìn)一步應(yīng)用于其他樣品領(lǐng)域的檢測(cè)。

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Detection ofSalmonellacells based on SD-PMA-ddPCR

WANG Jing1,ZHANG Hui-min1,WEI Wei1,JIA Jun-tao2,LI Chun-xi1,QIN Yan1

(1.Weihai Entry-exit Inspection and Quarantine Inspection and Quarantine Technology Center,Weihai 264205,China;2.Shandong Entry-exit Inspection and Quarantine Bureau,Qingdao 266500,China)

In this paper,a method to detect liveSalmonellacells was developed based on propidium monoazide(PMA)and ddPCR. The result showed that PMA could not inhibit the DNA PCR amplification of 108CFU/mL deadSalmonellacells,while the combination of sodium deoxycholate(SD)and 40.0 μg/mL PMA could do it. The maximum concentration against DNA amplification from liveSalmonellacells was 40.0 μg/mL. Only liveSalmonellacells were detected by PMA-ddPCR even in the existence of deadSalmonellacells,and the detection limit was 8.0 copy/20 μL. PMA-ddPCR could detect 102CFU/mLSalmonellacells in the polutted sample made by manual work. Furthermore,PMA-ddPCR showed better specificity,accuracy and stability.

propidium monoazide;sodium deoxycholate;ddPCR;live cells

2015-10-08

王靜(1975-)，女，碩士，高級(jí)工程師，研究方向：食品安全，E-mail:15705959793@163.com。

國(guó)家質(zhì)檢總局科技計(jì)劃項(xiàng)目(2014IK114)。

TS207.4

A

1002-0306(2016)10-0067-05

10.13386/j.issn1002-0306.2016.10.004