改革開放后,國(guó)家在計(jì)劃生育領(lǐng)域與國(guó)際組織開展合作,在北京籌建計(jì)劃生育科學(xué)研究所(國(guó)家衛(wèi)生計(jì)生委科學(xué)技術(shù)研究所的前身)。任務(wù)當(dāng)前,1978年10月肖碧蓮調(diào)職北京,這一年她56歲。從與聯(lián)合國(guó)人口活動(dòng)基金、世界衛(wèi)生組織人類生殖研究特別規(guī)劃署談判,到事無(wú)巨細(xì)創(chuàng)建計(jì)劃生育科學(xué)研究所,到該所被確定為世衛(wèi)組織人類生殖研究合作中心,再到生殖健康學(xué)科的大發(fā)展,她傾注了大量智慧和心血,在北京繼續(xù)奮斗了30年。
在此期間,肖碧蓮從緊要處著手,率先在國(guó)內(nèi)建立了放射免疫測(cè)定技術(shù)的標(biāo)準(zhǔn)化方法和質(zhì)量控制指標(biāo)。她所領(lǐng)導(dǎo)的生殖內(nèi)分泌研究室因此被世衛(wèi)組織人類生殖研究特別規(guī)劃署確定為中國(guó)的放免質(zhì)量控制中心。在此基礎(chǔ)上,對(duì)女性生殖生理基線數(shù)據(jù)進(jìn)行了測(cè)定和分析。此類研究屬于奠基性的工作,很多研究者并不愿意做,而肖碧蓮團(tuán)隊(duì)知難而進(jìn),建立了中國(guó)婦女5種生殖激素的生理常數(shù),總結(jié)出激素變化的規(guī)律和高峰平均值。這項(xiàng)研究填補(bǔ)了國(guó)內(nèi)空白,為避孕藥具研發(fā)及相關(guān)疾病診療提供了科學(xué)的基礎(chǔ)。此外,肖碧蓮團(tuán)隊(duì)開展了一系列針對(duì)避孕藥具的作用機(jī)理與遠(yuǎn)期安全性、卵巢功能及其調(diào)控的研究,多次獲得科研獎(jiǎng)項(xiàng)。從生殖健康大學(xué)科的角度,她還開展了輔助生殖實(shí)踐,在中國(guó)首例試管嬰兒誕生之后不到兩年也獲成功。
20世紀(jì)90年代中期,肖碧蓮將緊急避孕的概念引進(jìn)國(guó)內(nèi),并組建了“米非司酮降低非意愿妊娠和人工流產(chǎn)的合作研究與開發(fā)”臨床研究組,歷時(shí)5年完成4項(xiàng)研究課題。其研究成果有效地降低了我國(guó)的人工流產(chǎn)率,促進(jìn)了女性的生殖健康保護(hù)。同時(shí),她聯(lián)合國(guó)際專家對(duì)課題研究人員進(jìn)行臨床研究規(guī)范化培訓(xùn),確??蒲泄ぷ髡嬲呱弦?guī)范化軌道。1994年,肖碧蓮被聘任為中國(guó)工程院醫(yī)藥與衛(wèi)生工程學(xué)部首批院士之一,1995年獲第二屆中華人口獎(jiǎng)之科技獎(jiǎng)。她主持的“米非司酮用于緊急避孕、黃體期避孕及催經(jīng)的研究”榮獲2003年度中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)、2004年度國(guó)家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)。
肖碧蓮在科研所連任三屆學(xué)術(shù)委員會(huì)主任,1989年被任命為所長(zhǎng),盡管已經(jīng)超齡,但她在白手起家建所10周年之際擔(dān)任所長(zhǎng)實(shí)屬實(shí)至名歸。作為管理者,肖碧蓮非常信任和鼓勵(lì)年輕人,在為他們提供更好教育和研究資源方面不遺余力。