徐兵強,賀庭琪,王力敏,王 丹,孫 勇,王旭初*,郭安平*
(1.海南大學(xué) 農(nóng)學(xué)院,海南 ???570228;2.中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院 熱帶生物技術(shù)研究所,海南 海口 571101)
木薯(Manihot esculenta Crantz)為大戟科(Euphorbiaceae)木薯屬(Manihot Miller)植物,原產(chǎn)于熱帶南美洲地區(qū),是世界3大薯類作物之一,為世界7億多人口提供基本食物,也是淀粉工業(yè)和生產(chǎn)燃料乙醇的主要來源[1]。木薯具有獨特的理化性能、重要經(jīng)濟價值和相對較少的基因組,現(xiàn)逐漸成為熱帶作物研究的模式作物,其光合理化性質(zhì)明顯優(yōu)于其他熱帶作物,具有較高的凈光合速率、高光不飽和以及介于C3和C4結(jié)構(gòu)之間的結(jié)構(gòu)特征[2]。因此,研究其高光效機理是木薯基礎(chǔ)研究的重要目標(biāo)之一。
由于木薯基因型高度雜合且光合作用過程極其復(fù)雜,目前木薯光合作用研究主要集中在各種光合生理指標(biāo)的測定等方面,對于木薯光合作用特性及其高光效機理方面的研究相對較少。張楊等[3]從光合生理、葉片解剖結(jié)構(gòu)、光合作用轉(zhuǎn)錄組比較及部分關(guān)鍵基因表達分析探討栽培木薯高光效的機制及其與淀粉高效累積的關(guān)系。左應(yīng)梅等[4]從生理生態(tài)角度探討了木薯的光合特性及其對環(huán)境因子的響應(yīng),初步認為光飽和點(LSP)、胞間CO2濃度(Ci)、光補償點(LCP)等因子可作為木薯耐蔭性的評價指標(biāo)。另外,不同木薯品種光合產(chǎn)物分配、凈光合速率與Ci間關(guān)系以及葉綠素含量、葉綠素?zé)晒鈪?shù)及參與光合作用中光系統(tǒng)Ⅱ相關(guān)蛋白差異表達等方面的研究也有相關(guān)報道[5-6]。蛋白質(zhì)組水平上,一方面,研究人員開展了低溫、干旱、光照等脅迫下木薯葉片蛋白質(zhì)組研究,獲得了大量差異蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù),其中在持續(xù)光照和黑暗條件下從木薯葉片中成功鑒定了差異蛋白質(zhì)點129個(對應(yīng)104種蛋白質(zhì)),涉及10個功能類[7-10];另一方面,進行了木薯生長發(fā)育過程中葉片蛋白質(zhì)組學(xué)分析,如分析了木薯從纖維根到塊根過程中葉片蛋白質(zhì)組的變化,成功鑒定了39個蛋白質(zhì)點,涉及6個功能類[11];同時,對二倍體和四倍體木薯葉片,木薯接穗和砧木葉片以及塊根也進行了比較蛋白質(zhì)組學(xué)分析[12-13]。
光照既是綠色植物唯一的能量來源,又是調(diào)節(jié)其生長發(fā)育不可或缺的一種環(huán)境因子,如光照能夠調(diào)控葉綠體發(fā)育等。葉綠體是植物進行光合作用的器官,對葉綠體內(nèi)的各種生物過程人們已積累了許多知識,但對葉綠體蛋白質(zhì)的表達還所知相對不多[14-15]。目前,僅見賀庭琪等[16]采用改進酚抽提法提取蛋白,通過雙向SDS-PAGE電泳,利用基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜技術(shù)(MALDI-TOF MS),比較了不同木薯品種葉綠體的蛋白表達譜,并對已鑒定蛋白進行了功能分類,為從“組學(xué)”方法大規(guī)模、系統(tǒng)性研究木薯葉綠體提供了借鑒。本研究以代表性種質(zhì)SC8木薯為試驗材料,通過對木薯幼苗進行1,3,5 d暗處理,應(yīng)用比較蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù),旨在研究在黑暗條件下木薯葉綠體中受光調(diào)控蛋白的變化,以期在蛋白質(zhì)水平篩選受光調(diào)控的基因,為后期深入研究提供數(shù)據(jù)支持和理論參考。
SC8木薯種莖由中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院熱帶作物品種資源研究所提供。當(dāng)年3月下旬扦插種植,正常生長約3個月,植株高度約100 cm,選取生長健壯和健康植株,置于相同人工氣候箱內(nèi)進行不同光照處理。分為2個處理組:正常光照處理(16 h光照,1.0×105lx/8 h黑暗,28℃/25℃;CK);黑暗處理(24 h黑暗,25℃;D,dark),相對濕度均為70%。分別于處理后1,3,5 d取成熟葉片作為實驗材料。采集的木薯葉片液氮速凍,-80℃保存?zhèn)溆谩?/p>
葉綠體提取緩沖液:1 mmol/L氯化鎂,0.3 mol/L山梨醇,50 mmol/L 4-羥乙基哌嗪乙磺酸/氫氧化鉀(pH 7.8),2 mmol/L乙二胺四乙酸,體積分數(shù)0.04% β-巰基乙醇和1 g/L交聯(lián)聚維酮。
葉綠體分離緩沖液:1 mmol/L氯化鎂,0.3 mol/L山梨醇,50 mmol/L4-羥乙基哌嗪乙磺酸/氫氧化鉀(pH 7.8),2 mmol/L 乙二胺四乙酸。
BPP法蛋白提取緩沖液:100 mmol/L Tris,100 mmol/L乙二胺四乙酸,50 mmol/L硼砂,50 mmol/L維生素C,10 g/L交聯(lián)聚維酮,體積分數(shù)1%Triton X-100,體積分數(shù)2% β-巰基乙醇和300 g/L蔗糖,pH 8.0。
蛋白裂解液:7 mol/L尿素,2 mol/L硫脲,20 g/L 3-[3-(膽酰氨丙基)二甲氨基]丙磺酸內(nèi)鹽,13 mmol/L二硫蘇糖醇,體積分數(shù)1%IPG buffer。
標(biāo)準Laemmli buffer:62.5 mmol/L Tris-HCl,20 g/L十二烷基磺酸鈉,體積分數(shù)10%甘油,體積分數(shù)5% β-巰基乙醇,0.01 g/L 溴酚藍。
膠條平衡液:50 mmol/L Tris-HCl,6 mol/L尿素,體積分數(shù)30%甘油,20 g/L十二烷基磺酸鈉,0.02 g/L溴酚藍。
GAP凝膠染色液:1.25 g/L考馬斯亮藍G-250,100 g/L硫酸銨,體積分數(shù)5%磷酸,體積分數(shù)30%乙醇,體積分數(shù)10%甲醇;
凝膠脫色液:體積分數(shù)30%乙醇,體積分數(shù)5%乙酸。
酶緩沖液:1 mmol/L氯化鈣,25 mmol/L碳酸氫銨,pH 8.5。
1.3.1 葉綠體分離 木薯葉綠體的分離方法采用Percoll梯度密度離心法[16-17]。
1.3.2 葉綠體蛋白提取 基于酚抽法[18]改進的BPP(Borax/PVPP/Phenol)法,具體操作步驟參考Wang 等[19]的方法。
1.3.3 蛋白定量 主要參考Bradford方法[20],每個樣品至少重復(fù)3次。
1.3.4 SDS-PAGE凝膠電泳 一維凝膠電泳(1-DE):采用不連續(xù)膠SDS-PAGE法[21],濃縮膠濃度為4%,分離膠濃度為12.5%,每孔蛋白上樣量約為30μg,與2倍標(biāo)準 Laemmli buffer等體積混勻后上樣。在Hoefer SE600X標(biāo)準垂直板電泳儀上進行,電泳條件為16℃恒溫電泳3 h左右,電泳參數(shù)設(shè)置為3W/gel 50 min,6 W/gel 2 h。
二維凝膠電泳(2-DE):2-DE蛋白上樣量約為1 200μg,上樣總體積為455μL。蛋白樣品在水化盤內(nèi)使24 cm的pH 4-7線性IPG干膠條被動吸脹,水化16 h左右,膠條上覆蓋礦物油防止樣品揮發(fā)。第一向等電聚焦程序設(shè)定為:250 V,3 h;500 V,2 h;1 000 V,1 h;1 000 V升至10 000 V,3 h;10 000 V,130 000 Volt hour(Vhr),每根膠條限流50μA。聚焦結(jié)束后,用含1%DTT的平衡液和含4%碘乙酰胺的平衡液各平衡膠條15 min,平衡結(jié)束后在Ettan Daltsix電泳儀(GE Healthcare)中進行第二向SDSPAGE,電泳條件為 16 ℃恒溫電泳約 4.5 h,電泳參數(shù)設(shè)置為 1.5W/gel 1 h,8W/gel 3.5 h。
1.3.5 凝膠染色及圖像采集分析 凝膠染色主要采用Wang等[22]改進的考馬斯亮藍染色法。凝膠染色后用ImageScanner III掃描儀(GE Healthcare)進行掃描和圖像采集。用ImageMaster 2D Platinum軟件(Amersham Bioscience)進行分析,包括蛋白點檢測、凝膠匹配和統(tǒng)計分析等,獲得差異表達蛋白點。
1.3.6 蛋白點膠內(nèi)酶解 具體步驟參考王旭初等[23]的簡化膠內(nèi)酶解方法。挖取的蛋白點酶解后收集上清液,可直接用于質(zhì)譜鑒定。
1.3.7 酶解產(chǎn)物質(zhì)譜鑒定及數(shù)據(jù)庫搜索 酶解產(chǎn)物質(zhì)譜鑒定采用Bruker公司的基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時間質(zhì)譜儀(MALDI-TOF MS/MS II,Bruker),具體操作參考Shen等[24]的方法。所得數(shù)據(jù)通過Mascot Distiller軟件分析,分析結(jié)果利用Matrix science網(wǎng)站(http://www.matrixscience.com)的搜索引擎進行數(shù)據(jù)搜索和匹配。檢索參數(shù)設(shè)置為:
Databases為 NCBInr、Taxonomy為 Viridiplantae(Green plants)、Enzyme為 Trypsin、Fixed modifications為 Carbamidomethyl(C)、Missed cleavages為 1、肽質(zhì)量性質(zhì)為單電荷和[MH+]、variable modifications為Oxidation(M)、Peptide tol.為±300 μg/mL。軟件設(shè)定檢索蛋白匹配達到大于95%的可信度(P<0.05),鑒定得到蛋白具體信息。
利用ImageMaster 2D Platinum軟件對黑暗條件下木薯葉綠體差異表達蛋白質(zhì)組圖譜進行分析,自動檢測結(jié)合人工去除,分別檢測出(439±19)個、(501±22)個和(415±17)個高清晰且重復(fù)性強的蛋白點,經(jīng)對這些蛋白質(zhì)點的表達豐度進行差異檢測,共獲得差異蛋白點186個(表達豐度變化1.5倍以上),包括46個時間特異性蛋白點和140個豐度表達蛋白點(圖1),具體分布情況如圖2,與對照樣品相比,僅在處理后1天表達的差異蛋白質(zhì)點12個(下調(diào)表達的5個)、處理后3天表達的差異蛋白質(zhì)點15個(下調(diào)表達的14個)、處理后5天表達的差異蛋白質(zhì)點19個(下調(diào)表達的9個)。
圖1 木薯葉綠體總蛋白質(zhì)雙向電泳結(jié)果Fig.1 2-DE maps of cassava chloroplast proteins
分別選取不同處理時間下15個重復(fù)性好且分離性好的代表性差異蛋白點進行膠內(nèi)酶解,隨后進行一級質(zhì)譜和二級質(zhì)譜鑒定,獲得了比較好的PFF和PMF圖譜(圖3-A)。由于熱帶作物木薯沒有專用蛋白數(shù)據(jù)庫,因此將質(zhì)譜結(jié)果通過Mascot Distiller軟件分析后,利用Matrix Science搜索引擎(http://www.matrixscience.com/search)在 NCBInr(NCBI-National center for biotechnology information non-redundant database)綠色植物總庫中進行搜索,經(jīng)一級質(zhì)譜和二級質(zhì)譜,共鑒定差異蛋白質(zhì)點28個,最終有8個蛋白點的一級質(zhì)譜搜庫得分值超過了72分可信值(P<0.05%),有20個蛋白點的二級質(zhì)譜搜庫得分超過43分可信度(P<0.05%)。結(jié)果見表1和圖1。
對搜庫得到的可信蛋白理論等電點和分子質(zhì)量與實驗測得等電點和分子質(zhì)量進行比較,發(fā)現(xiàn)實驗值和理論值基本一致,在雷達示意圖中比值都集中在1附近(圖3-B)。只有少數(shù)蛋白的等電點和分子質(zhì)量出現(xiàn)偏差,例如C1,鑒定結(jié)果發(fā)現(xiàn)這些蛋白是某些蛋白的亞基,而執(zhí)行生物學(xué)功能的蛋白通常是由多亞基組成,在進行變性膠電泳時可以將其各個亞基分離。因此,等電點和分子質(zhì)量會出現(xiàn)偏移現(xiàn)象。
參照擬南芥蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)信息,利用KABOS2.0系統(tǒng)進行了參與的生物途徑分類,結(jié)合文獻相關(guān)信息,根據(jù)鑒定的28個差異蛋白功能,可將蛋白質(zhì)分為9類(圖3-C):捕光復(fù)合體/葉綠素結(jié)合蛋白(7%)、光系統(tǒng)Ⅱ(11%)、光合電子傳遞(7%)、光系統(tǒng)Ⅰ(7%)、能量代謝(14%)、Calvin循環(huán)(21%)、氨基酸代謝(4%)、脅迫防御(11%)和未知功能(18%)。
圖2 差異蛋白質(zhì)點在各處理時間中的分布情況Fig.2 Distribution of differentially expressed proteins in the processing time
圖3 暗處理下木薯葉綠體中典型差異蛋白點MALDI-TOFMS質(zhì)譜鑒定分析Fig.3 MALDI-TOFMSanalysis of typical variable protein spots from cassava chloroplast under dark treatment
表1 差異蛋白點質(zhì)譜鑒定結(jié)果Tab.1 Putative identities of the MALDI-TOF-MS identified proteins
續(xù)表1
本研究鑒定結(jié)果表明,差異蛋白質(zhì)幾乎涵蓋了如碳同化和光合作用等主要的葉綠體代謝調(diào)控途徑中所涉及的蛋白質(zhì)。
筆者鑒定得到了光反應(yīng)相關(guān)蛋白質(zhì)13個:光系統(tǒng)Ⅱ(PSⅡ)蛋白4個、光系統(tǒng)Ⅰ(PSⅠ)蛋白4個、Cyt b6f復(fù)合體蛋白1個和ATP合酶復(fù)合體蛋白4個(表1)。其中,(1)捕光復(fù)合體相關(guān)蛋白質(zhì)。PSⅠ中的葉綠素a/b結(jié)合蛋白Lhca3(C1)在暗處理后,表達量為先下調(diào)后上調(diào),PSⅡ中的捕光復(fù)合物蛋白Lhcb1(C2)表達量逐漸上升。有研究[25-27]表明,作為捕光復(fù)合體的重要組成部分,捕光色素結(jié)合蛋白的降解受光調(diào)控。這與在不同光照強度下玉米和小黑楊類囊體膜上捕光色素結(jié)合蛋白變化趨勢相同。(2)PSⅡ中放氧復(fù)合體的外周蛋白質(zhì)。放氧增強蛋白(oxygen-evolving enhancer protein,OEE)主要功能是催化水裂解而放出氧氣,還原質(zhì)體醌,產(chǎn)生跨膜質(zhì)子梯度。研究[28-29]表明,當(dāng)植物受到嚴重脅迫時與光合作用相關(guān)蛋白會發(fā)生降解,而OEE就是光合相關(guān)蛋白的降解產(chǎn)物,且OEE2表達量的升高可以修復(fù)因降解造成的蛋白結(jié)構(gòu)破壞,保證氧循環(huán)正常。OEE1(C3)、OEE2(C4)和OEE3(C5)在暗處理后表達量均先上調(diào)后下調(diào)。這初步說明,暗處理后光合相關(guān)蛋白降解發(fā)生到一定程度,OEE2表達水平雖有所提高,但最終仍抑制了水的分解,減少了分子氧的積累。在擬南芥響應(yīng)光照脅迫過程中OEE蛋白的表達也發(fā)生了變化[30]。(3)細胞色素 b6f(Cyt b6f)相關(guān)蛋白質(zhì)。Cyt b6f含有 Cyt f、Cyt b6和鐵-硫蛋白(RfeS),在PSⅡ和PSⅠ光反應(yīng)復(fù)合體間執(zhí)行電子傳遞功能,氧化質(zhì)醌,形成跨膜質(zhì)子梯度為ATP合成提供原動力[31]。RfeS(C6)表達量呈先下調(diào)后升高。推測可能是暗處理后光合電子傳遞鏈相關(guān)組分的合成受到了抑制,導(dǎo)致PSⅡ電子傳遞速率下降,進而影響色素的正常合成。(4)PSⅠ反應(yīng)中心相關(guān)蛋白質(zhì)。PSⅠ在光反應(yīng)中的主要功能是驅(qū)動質(zhì)體蘭素(Pc)與氧鐵硫蛋白(Fd)之間的氧化還原反應(yīng),促使電子從Pc傳遞到Fd。本實驗鑒定了PSⅠ蛋白3個(C7-C9),表達量呈先下調(diào)后升高,其中鐵氧還蛋白-煙酰胺腺嘌呤二核苷磷酸還原酶(FNR)的催化產(chǎn)生還原力NADPH是葉綠體中光反應(yīng)電子鏈的最后一步。暗處理后FNR蛋白(C9)表達量呈先下調(diào)后升高,可能抑制了NADPH的產(chǎn)生,從而阻礙了同化作用。(5)ATP合酶亞基蛋白質(zhì)。葉綠體ATP合酶屬于F型ATP合酶家族,是能量代謝的關(guān)鍵酶,其主要功能是控制類囊體腔內(nèi)質(zhì)子流出,其表達量變化會影響葉綠體光能轉(zhuǎn)化能力[32]。ATP合酶蛋白(C10-C13)表達量在暗條件下表達量先升高后降低,光照環(huán)境的變化可能是抑制ATP合酶的正常表達,減少ATP能量的釋放,并與FNR共同作用產(chǎn)生了光合逆境。
類囊體膜是植物光合作用中光能轉(zhuǎn)化成化學(xué)能的主要部位,以上4種復(fù)合體都定位在類囊體膜上,絕大多數(shù)蛋白在暗處理后表達量上升,這說明木薯中定位于類囊體膜上的部分蛋白含量受光調(diào)控,且木薯會通過調(diào)控類囊體膜類蛋白質(zhì)以適應(yīng)光照不足的環(huán)境,這與很多文獻報道的結(jié)果相同[10,26-27,33-34]。4種多亞基的復(fù)合物通過聯(lián)合作用,共同參與光能吸收、傳遞與轉(zhuǎn)化、電子傳遞、H+輸送和ATP合成等反應(yīng),最終產(chǎn)生ATP和NADPH。但NADPH和ATP并不是同時產(chǎn)生的,ATP的產(chǎn)生對于NADPH的生成,相互之間是怎樣的作用關(guān)系和促進作用,仍有待進一步研究[35]。
黑暗處理影響了碳固定關(guān)鍵酶的表達。筆者鑒定出Calvin循環(huán)相關(guān)蛋白質(zhì)4個,包括核酮糖1,5二磷酸羧化酶/加氧酶大亞基(RuBisCO LSU)、RuBisCO小亞基(RuBisCO SSU)、磷酸甘油酸激酶(phosphoglycerate kinase,PGK)、磷酸丙糖異構(gòu)酶(triosephosphate isomerase,TPI)、磷酸核酮糖激酶(phosphoribulokinase,PRK)。其中,RuBisCO是植物C3途徑中催化Calvin循環(huán)中碳固定的第一步反應(yīng),由大小兩種亞基組成。筆者鑒定了RuBisCO大亞基和小亞基各1個(C14-C15),暗處理后表達量均呈下降趨勢。PGK是糖酵解的關(guān)鍵酶,其自身及其催化的產(chǎn)物3-磷酸甘油酸,在呼吸代謝途徑中與能量的產(chǎn)生有密切的關(guān)系。PGK(C16)在暗處理后表達量下調(diào)。TPI是糖酵解重要酶,催化磷酸二羥丙酮和甘油醛-3-磷酸之間的可逆反應(yīng)。TPI(C17)在暗處理后表達量先下調(diào)后上調(diào),且1天顯著下調(diào)。PRK是Calvin循環(huán)特有的酶,是其第3個階段的最后一步,即受體的再生,它催化5-磷酸核酮糖再生RuBP,是不可逆反應(yīng)。PRK(C18)暗處理后表達量呈先下降后上調(diào)。Calvin循環(huán)中碳固定相關(guān)4種關(guān)鍵酶的表達模式幾乎相同,即佐證了它們處于同一循環(huán)中的功能相關(guān)性及其前后銜接關(guān)系,也清楚地表明了碳固定發(fā)生的組織部位,這些蛋白質(zhì)同時出現(xiàn)、協(xié)同配合、共同完成碳代謝過程[10,27,36]。
此外,碳酸酐酶是一種重要的適應(yīng)脅迫條件的光合碳代謝調(diào)節(jié)酶,主要參與C4途徑的碳同化過程,主要作用是通過催化CO2的可逆水合反應(yīng)來促進CO2向RuBisCO擴散,提高RuBisCO的羧化速率[37]。本研究中,碳酸酐酶(C19)暗處理后表達量先下調(diào)后顯著上調(diào),推測這既提高光能轉(zhuǎn)化為化學(xué)能效率,也說明木薯可能啟動C4途徑的碳同化過程,而為滿足木薯生長需要提供更多能量。
谷氨酰胺合成酶(glutamine synthetase,GS)是植物體內(nèi)氮元素代謝關(guān)鍵酶,它催化由氨基酸轉(zhuǎn)化的谷氨酸與NH4+同化成谷氨酰胺,起到轉(zhuǎn)氨作用,而給植物供給營養(yǎng),其表達受環(huán)境(光、氮、CO2)和發(fā)育因子的影響[38]。本研究中,GS(C20)在暗處理后表達量呈下降趨勢。初步說明木薯葉綠體中GS表達受光調(diào)控,與擬南芥和木薯葉片中的研究報道一致[10,39],推測GS通過影響葉綠體中氮的積累,使葉綠素合成受阻,而影響光合速率。
本研究中,筆者鑒定出3個參與調(diào)節(jié)氧化還原過程的蛋白質(zhì),其中Fe-超氧化物歧化酶(C21)、過氧化物氧化還原酶(C22)和硫氧還蛋白(C23)在暗處理后表達量均上升,但幅度不一,前兩種酶是酶促防御系統(tǒng)的關(guān)鍵酶,能夠清除植物體內(nèi)的過多的活性氧和自由基以提高植物的抗逆性;后一種酶是通過保護葉綠體的結(jié)構(gòu)來對抗暗處理下引起的氧化脅迫,說明暗處理可能引起木薯細胞內(nèi)反應(yīng)性氧化物水平升高,抗性蛋白表達量上升起到抵抗氧化壓力的保護作用,使細胞免于過早死亡[10,36,40]。
葉綠體是植物光合作用的場所,光合作用是木薯產(chǎn)量和品質(zhì)的基礎(chǔ),深入研究木薯光合作用對于了解和發(fā)現(xiàn)木薯高光合效率具有重要意義。盡管木薯基因組測序已經(jīng)完成,但絕大多數(shù)基因的功能是未知的。本研究中,通過闡述木薯葉綠體在黑暗條件下的蛋白質(zhì)組變化,在蛋白質(zhì)水平上鑒定出部分蛋白質(zhì)的表達可能受光調(diào)控,為后續(xù)深入研究搭建了數(shù)據(jù)和技術(shù)平臺,但是由于蛋白質(zhì)組學(xué)的研究是以基因組學(xué)產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),尤其是基因組序列,所以仍有許多差異蛋白未鑒定,這些蛋白中可能也存在著許多有價值的關(guān)鍵蛋白,需要在今后的研究中進一步做功能鑒定分析。
致謝:仝征、莊盈婷、周承、常麗麗和王紅巖給予了實驗指導(dǎo)和幫助,謹致謝意!
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