環(huán)境DNA 技術(shù)在水域環(huán)境中的應(yīng)用進(jìn)展

劉科均，賴錫勛，向勁，桂雨婷，葛玲瑞*

（1.湖南生物機(jī)電職業(yè)技術(shù)學(xué)院，湖南 長(zhǎng)沙 410126；2.湖南省水產(chǎn)科學(xué)研究所，湖南 長(zhǎng)沙 410153；3.湖南應(yīng)用技術(shù)學(xué)院，湖南 常德 415000）

生物多樣性是人類賴以生存的物質(zhì)基礎(chǔ)。近年來(lái)，由于石油鉆井開采、水環(huán)境被破壞、生物資源過(guò)度開發(fā)及外來(lái)物種入侵等原因，許多水生生態(tài)系統(tǒng)的生物多樣性正受到嚴(yán)重威脅，如內(nèi)陸淡水生態(tài)系統(tǒng)湖泊、濕地等出現(xiàn)退化，海洋及沿岸地帶的漁業(yè)資源急劇減少，非國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)野生動(dòng)物種群下降趨勢(shì)明顯，遺傳資源也在不斷喪失和流失，部分珍貴和特有的漁業(yè)種質(zhì)資源流失問(wèn)題嚴(yán)重[1]。傳統(tǒng)的水生生物資源調(diào)查方法，耗時(shí)長(zhǎng)、成本高、操作方法煩瑣，難以在流域開展大規(guī)模漁業(yè)資源調(diào)查。因此，迫切需要更加便捷、精準(zhǔn)且有效的生物資源調(diào)查方法。

環(huán)境DNA（environmental DNA, eDNA）是指從環(huán)境（水體、土壤、沉積物、冰、空氣等）中提取DNA 片段，包括皮膚表皮細(xì)胞、糞便、體液等胞內(nèi)DNA，以及動(dòng)物機(jī)體出現(xiàn)損傷所釋放到環(huán)境的胞外DNA[2-4]。環(huán)境DNA 技術(shù)則是將提取到的DNA 片段通過(guò)DNA 測(cè)序技術(shù)，對(duì)目標(biāo)生物進(jìn)行定性和定量分析，從而獲得目標(biāo)生物在生態(tài)系統(tǒng)中的分布情況等[5]。該技術(shù)能夠快速檢測(cè)出水域環(huán)境中的稀有種、瀕危種及入侵種等，是一種新型的生物資源調(diào)查方法?，F(xiàn)簡(jiǎn)述環(huán)境DNA 技術(shù)的發(fā)展進(jìn)程，及其在物種多樣性監(jiān)測(cè)、生物量評(píng)估、入侵物種和珍稀物種監(jiān)測(cè)等方面的應(yīng)用，以期為水生生態(tài)系統(tǒng)生物多樣性研究工作提供一定參考。

1 環(huán)境DNA 發(fā)展進(jìn)程

1987 年Ogram 等[6]成功從海洋沉積物中分離出微生物DNA，首次提出環(huán)境DNA 的概念。20 世紀(jì)90 年代末，科學(xué)家利用鯨魚糞便來(lái)區(qū)分不同鯨魚種類，為eDNA 技術(shù)在水生生態(tài)系統(tǒng)中的應(yīng)用提供了靈感。直到2008 年，F(xiàn)icetola 等[7]利用eDNA 技術(shù)，對(duì)美國(guó)牛蛙入侵進(jìn)行監(jiān)測(cè)，首次證明了eDNA 技術(shù)適用于水生生態(tài)系統(tǒng)的可行性，推動(dòng)了eDNA 技術(shù)在水生生物監(jiān)測(cè)中的推廣與應(yīng)用[8]。2012 年，科學(xué)家們逐漸將研究重心轉(zhuǎn)移到利用eDNA 技術(shù)對(duì)水域中某一特定物種進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)，意味著eDNA 技術(shù)在水域環(huán)境中的應(yīng)用由定性轉(zhuǎn)變?yōu)橄鄬?duì)定量，由單一物種監(jiān)測(cè)發(fā)展到同時(shí)監(jiān)測(cè)多種物種以及對(duì)特定物種的監(jiān)測(cè)[9]。應(yīng)用范圍從最初的池塘、湖泊、河流、水庫(kù)等淡水水域拓展至海水水域。調(diào)查物種從低等過(guò)渡到高等，包括細(xì)菌和古菌、真菌、浮游生物、植物、軟體動(dòng)物、節(jié)肢動(dòng)物、魚類、兩棲爬行類、哺乳類等幾乎所有生物類群[10]。環(huán)境DNA 研究發(fā)展概略見圖1。

2 環(huán)境DNA 應(yīng)用領(lǐng)域

2.1 物種及物種多樣性

目前，國(guó)內(nèi)關(guān)于eDNA 技術(shù)的運(yùn)用主要包含常見物種監(jiān)測(cè)，珍稀及瀕危物種監(jiān)測(cè)和入侵物種監(jiān)測(cè)。通過(guò)利用eDNA 技術(shù)，對(duì)我國(guó)淡水水域中的常見魚種開展檢測(cè)，以掌握其資源現(xiàn)狀，從而促進(jìn)中國(guó)魚類資源的保護(hù)與發(fā)展，對(duì)我國(guó)各地有效實(shí)施漁業(yè)增殖放流的管理工作有著重要意義[11]。不同于國(guó)外，我國(guó)的eDNA 技術(shù)起步較晚。王曉輝等[12]從海洋底泥中的提取并純化eDNA 的研究，為之后eDNA 技術(shù)在水生生態(tài)系統(tǒng)中進(jìn)行物種監(jiān)測(cè)的成功應(yīng)用奠定了基礎(chǔ)。盧珊[13]研究萼花臂尾輪蟲、鯉、泥鰍和日本沼蝦與其eDNA 的定性與定量關(guān)系，證實(shí)通過(guò)對(duì)水體中eDNA 的定性、定量測(cè)定可以實(shí)現(xiàn)對(duì)水體中的水生生物種類及生物豐度的監(jiān)測(cè)。劉軍等[14]分別對(duì)線粒D-loop 區(qū)、16S RNA 基因、COI基因以及Cytb 基因部分片段進(jìn)行擴(kuò)增，通過(guò)與千島湖48 種魚類基因組DNA 進(jìn)行比較后，發(fā)現(xiàn)線粒體16S RNA 基因具有更好的通用性和適用性，更適合作為魚類結(jié)構(gòu)分析eDNA 研究的通用引物。徐念等[15]在長(zhǎng)江宜昌至南京江段進(jìn)行調(diào)查，將eDNA技術(shù)與傳統(tǒng)調(diào)查方法所得結(jié)果對(duì)比發(fā)現(xiàn)，eDNA 技術(shù)檢測(cè)出的物種種類為15 種，比傳統(tǒng)調(diào)查方法少2 種，但其中含有傳統(tǒng)方法未檢測(cè)到的魚類。羅加山[16]通過(guò)eDNA 結(jié)合高通量條形碼技術(shù)，對(duì)滇中高原湖泊魚類多樣性進(jìn)行研究，整理了撫仙湖、陽(yáng)宗湖、滇池、星云湖4 個(gè)湖泊的魚類分布圖及其魚類物種組成。王桂營(yíng)[17]應(yīng)用eDNA 技術(shù)，對(duì)鴨綠江口底棲生物多樣性及評(píng)價(jià)生態(tài)質(zhì)量狀況進(jìn)行初步研究，并與形態(tài)學(xué)鑒定結(jié)果比較，顯示兩者所得評(píng)價(jià)指數(shù)間的相關(guān)性十分接近。上述研究表明，eDNA技術(shù)發(fā)展前景廣闊，可作為形態(tài)學(xué)鑒定方法的一種重要補(bǔ)充工具。

2.2 生物量評(píng)估

生物量評(píng)估是水生生物資源監(jiān)控中的一項(xiàng)重要任務(wù)，通過(guò)對(duì)原始生態(tài)中的eDNA 濃度進(jìn)行測(cè)定和比對(duì)，可以實(shí)現(xiàn)對(duì)監(jiān)測(cè)區(qū)域內(nèi)目標(biāo)生物量水平高低的監(jiān)測(cè)。近年來(lái)，越來(lái)越多的科學(xué)家通過(guò)研究將eDNA 濃度與生物量聯(lián)系起來(lái)，認(rèn)為eDNA 濃度與生物密度之間存在某種線性關(guān)系，即通過(guò)檢測(cè)該環(huán)境中的eDNA 濃度，可以估算出物種的生物量[18]。文獻(xiàn)[19-20]均在實(shí)驗(yàn)室中通過(guò)試驗(yàn)得出，eDNA 濃度隨著水溫的升高呈指數(shù)衰減，且eDNA 的濃度與鯉生物量有著明顯的正相關(guān)關(guān)系。Klymus 等[21]進(jìn)行的試驗(yàn)同樣發(fā)現(xiàn)，eDNA 的濃度與生物量之間呈正相關(guān)，但不同的是，影響eDNA 濃度變化的因素是攝食量而非水溫。文獻(xiàn)[22-23]研究表明，影響eDNA濃度的因素還包括生物個(gè)體的生成速率、生物密度、環(huán)境條件（高pH 值、強(qiáng)光、鹽度）等。Evans 等[24]對(duì)9 種生物的線粒體基因片段序列進(jìn)行測(cè)定研究，發(fā)現(xiàn)其序列拷貝數(shù)與生物豐度間，存在正相關(guān)關(guān)系，進(jìn)一步說(shuō)明eDNA 具有用于生物量評(píng)估的潛力。國(guó)內(nèi)對(duì)于eDNA 技術(shù)進(jìn)行生物量評(píng)估的研究也在增多。李苗等[25]通過(guò)對(duì)eDNA 技術(shù)的不斷研究，總結(jié)出一套適用于中國(guó)對(duì)蝦生物量評(píng)估的eDNA 技術(shù)操作流程，為我國(guó)對(duì)蝦養(yǎng)殖的從業(yè)者提供了一種新的方法。閆卉果等[26]同樣建立并優(yōu)化了適用于巖原鯉生物量評(píng)估的eDNA 技術(shù)，具有快速、靈敏、特異性強(qiáng)等特點(diǎn)，使其在實(shí)際應(yīng)用中成為一個(gè)重要的附加工具。秦傳新等[27]報(bào)道了國(guó)外有關(guān)eDNA 應(yīng)用于生物量評(píng)估方面的研究進(jìn)展，指出，與傳統(tǒng)方法相比，eDNA 技術(shù)具有高效、經(jīng)濟(jì)、安全等優(yōu)勢(shì)，但也存在著無(wú)法直接觀察生物群落和個(gè)體情況等缺陷，因此，只有將二者融合起來(lái)、取長(zhǎng)補(bǔ)短，才能更好地為生物量評(píng)估工作提供技術(shù)支持。

2.3 珍稀物種和入侵物種監(jiān)測(cè)

許多珍稀或?yàn)l危魚類作為其生態(tài)系統(tǒng)中不可或缺的一部分，近年來(lái)，受人為或自然等因素影響，其種群數(shù)量正處在滅絕的邊緣。珍稀及瀕危魚類難以捕獲且數(shù)量稀少，傳統(tǒng)方法如水聲監(jiān)測(cè)法及刺網(wǎng)監(jiān)測(cè)法等，在監(jiān)測(cè)過(guò)程中易對(duì)生物造成一定傷害。eDNA 技術(shù)具備采樣簡(jiǎn)單、環(huán)境友好等特點(diǎn)，在物種數(shù)量較少的情況下，對(duì)其監(jiān)測(cè)具有重要意義。吳昀晟等[28]利用eDNA 技術(shù)，對(duì)長(zhǎng)江江豚種群進(jìn)行監(jiān)測(cè)，證明了環(huán)境DNA 技術(shù)用于監(jiān)測(cè)長(zhǎng)江中低密度瀕危水生動(dòng)物的可行性。

物種入侵不僅對(duì)本地魚類會(huì)產(chǎn)生一定的威脅，同時(shí)對(duì)生態(tài)系統(tǒng)也會(huì)產(chǎn)生巨大危害。在物種入侵前期，其生物量較少，尚未形成種群，及時(shí)發(fā)現(xiàn)并處理可以有效避免物種入侵所產(chǎn)生的危害。因此，通過(guò)eDNA 技術(shù)對(duì)入侵物種進(jìn)行監(jiān)測(cè)，是做好生物入侵預(yù)防工作的重要保障。

在國(guó)外，Jerde 等[29]用eDNA 技術(shù)，對(duì)芝加哥運(yùn)河中的2 種亞洲鯉進(jìn)行早期入侵監(jiān)測(cè)，并將其與傳統(tǒng)漁業(yè)調(diào)查方法比較，結(jié)果顯示，eDNA 監(jiān)測(cè)敏感度更高。在國(guó)內(nèi)，馬竹欣[30]利用eDNA 技術(shù)調(diào)查元陽(yáng)梯田中克氏原螯蝦分布情況，通過(guò)與蝦籠誘捕法對(duì)比，結(jié)果表明，其檢出率顯著高于傳統(tǒng)方法，證明eDNA 技術(shù)可以高效監(jiān)測(cè)入侵物種的分布現(xiàn)狀及擴(kuò)散動(dòng)態(tài)等。

3 環(huán)境DNA 研究方法

eDNA 技術(shù)操作，大致分為3 大部分，即樣品的采集與保存、eDNA 捕獲與提取、eDNA 分析等。近年來(lái)，國(guó)內(nèi)外相繼出現(xiàn)有關(guān)eDNA 監(jiān)測(cè)技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)化的報(bào)道。針對(duì)不同生態(tài)系統(tǒng)中，在應(yīng)用eDNA 監(jiān)測(cè)技術(shù)時(shí)，存在諸多差異，從而導(dǎo)致試驗(yàn)結(jié)果各不相同。因此，eDNA 監(jiān)測(cè)技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)化系統(tǒng)性框架的建立，具有重大意義。

3.1 樣品的采集與保存

在我國(guó)，eDNA 技術(shù)的應(yīng)用范圍十分廣泛，無(wú)論是對(duì)特定物種監(jiān)測(cè)還是對(duì)某區(qū)域進(jìn)行生物量評(píng)估，選擇合適的方法采集和保存樣品，是保證試驗(yàn)數(shù)據(jù)準(zhǔn)確的重要因素。張麗娟等[31]通過(guò)對(duì)云南滇池和撫仙湖中2 個(gè)湖泊中的水樣品進(jìn)行測(cè)序，整理出適用于2 個(gè)湖泊中藻類監(jiān)測(cè)的測(cè)序深度。為減少使用的誤差，在取樣時(shí)從每個(gè)點(diǎn)位各采集水樣1 L，并進(jìn)行3 次重復(fù)采樣。王汝賢等[32]利用eDNA技術(shù)，對(duì)長(zhǎng)江口水域魚類生物多樣性進(jìn)行調(diào)查，同樣是18 個(gè)采樣站點(diǎn)，均使用1 000 mL 的采樣瓶，重復(fù)采集3 瓶表層水樣品，該方法與傳統(tǒng)底拖網(wǎng)調(diào)查方法獲得的結(jié)果對(duì)比，eDNA 檢出率明顯提高。為減少對(duì)水樣的污染，工作人員在采樣時(shí)，一定要佩戴口罩和手套，同時(shí)在采樣前，需將采樣瓶和采水器潤(rùn)洗，并使用10%漂白劑浸泡10 min，采樣時(shí)，用純凈水做陰性對(duì)照。

樣品保存，主要指樣品從采集到eDNA 提取這段時(shí)間的保存。eDNA 存在于許多樣品中，如土壤、沉積物、固體混合物等樣品，無(wú)須預(yù)處理，可以選擇在-80 ℃、-20 ℃溫度下，干燥冷凍或干冰浴冷凍保存[33]。水樣保存，則可以選擇冰浴保存，可有效降低eDNA 的降解速率[34]。

3.2 eDNA 捕獲

過(guò)濾法、沉淀法和離心法，是目前主要使用的捕獲eDNA 的3 種方法。其中以過(guò)濾法最為常用，且效果要比另外2 種方法好。過(guò)濾法是指對(duì)水樣進(jìn)行過(guò)濾，在水樣通過(guò)濾膜后，將eNDA 截留在濾膜上。沉淀法原理是利用一定比例的乙酸鈉（CH3COONa）和無(wú)水乙醇（C2H5OH）與水樣反應(yīng)，使其中的eDNA 聚集并沉淀，從而獲得富集eDNA 的沉積物。離心法則是利用離心機(jī)，對(duì)水樣進(jìn)行離心處理來(lái)富集eDNA[35]。

3.3 eDNA 提取

水樣中eDNA 含量少，且成分復(fù)雜，如重金屬離子、腐殖酸以及來(lái)自不同生物組織的DNA 片段等，都會(huì)導(dǎo)致試驗(yàn)結(jié)果出現(xiàn)誤差。近年來(lái)，越來(lái)越多的研究者，將傳統(tǒng)方法與DNA 提取試劑盒相結(jié)合，提出了多種方法，從樣品中提取高質(zhì)量的水樣DNA。

eDNA 提取方法可分為3 大類，分別為傳統(tǒng)提取法（過(guò)濾法、沉淀法以及物理破碎法等）、DNA 試劑盒提取法，以及兩者結(jié)合的方法。目前常用的水樣eDNA 提取試劑盒有：DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit 、QIAamp DNA Micro extraction kit、MoBio Power Water DNA extraction kit 和QuickgDNA spin-column kit 等4 種試劑盒[36]。水樣eDNA提取試劑盒又可分為普通DNA 提取試劑盒與專有eDNA 提取試劑盒。DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit 屬于普通DNA 提取試劑盒，MoBio Power Water DNA extraction kit 則屬于專有DNA 提取試劑盒。目前尚無(wú)文獻(xiàn)報(bào)道將普通eDNA 試劑盒與專有eDNA 提取試劑盒進(jìn)行對(duì)比試驗(yàn)，但專有eDNA 提取試劑盒的價(jià)格相較普通eDNA 試劑盒要更貴。

選擇eDNA 提取方法時(shí)，要根據(jù)不同試驗(yàn)對(duì)象選擇不同的方法，以獲得高質(zhì)量的水樣DNA。Deiner等[37]通過(guò)比較3 種不同的環(huán)境DNA 提取方法發(fā)現(xiàn)，對(duì)于真核生物，應(yīng)該提取細(xì)胞色素C 氧化酶Ⅰ基因（COⅠ基因），采用過(guò)濾與Qiagen’s DNeasy Blood &Tissue Kit 相結(jié)合的方法，而對(duì)于水環(huán)境中的真菌，則應(yīng)該采用沉淀與MoBio Power Water DNA extrac tion kit 相結(jié)合的方法。eDNA 提取完成后，一般于4 ℃或-20 ℃冰箱保存。

3.4 eDNA 分析

根據(jù)eDNA 監(jiān)測(cè)對(duì)象及目的，可將擴(kuò)增引物分為特異性引物和metabarcoding 通用引物。特異性引物通常應(yīng)用于對(duì)特定物種進(jìn)行監(jiān)測(cè)，包括珍稀物種監(jiān)測(cè)、入侵物種檢測(cè)及病原監(jiān)測(cè)等，metabarcoding通用引物則更適用于進(jìn)行生物多樣性或生物量評(píng)估等[38]。設(shè)計(jì)引物時(shí)，可參考NCBI 等大型開放數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列或通過(guò)測(cè)序技術(shù)，來(lái)獲得目標(biāo)物種的DNA 序列，通用引物擴(kuò)增片段一般控制在90～120 bp為宜[39]。目前主要使用的引物設(shè)計(jì)軟件有：Primer Premier，NCBI Primer-Blast，Primer3 Plus 等。不同的生物類群所使用的通用引物各不相同，如真菌通常使用18S rRNA 基因作為通用引物，細(xì)菌、古菌則采用16S rRNA 基因。在魚類研究中，主要以12S rRNA基因或CO I 基因作為通用引物。兩者各有優(yōu)勢(shì)，12S rRNA 基因具有更高的檢出率，CO I 基因的數(shù)據(jù)庫(kù)則更加全面。

水樣本的擴(kuò)增方式有常規(guī)PCR 擴(kuò)增和實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qPCR）。常規(guī)PCR 可利用通用引物擴(kuò)增多種生物的目的片段；qPCR 可利用特異性引物，定性擴(kuò)增特定物種的目的片段，同時(shí)能定量分析該目的片段的含量[40]。PCR 擴(kuò)增結(jié)果以陰性、陽(yáng)性記錄。采用凝膠電泳法對(duì)PCR 擴(kuò)增結(jié)果進(jìn)行檢測(cè)，從而推測(cè)采樣點(diǎn)是否存在目標(biāo)種的活動(dòng)跡象，陰性表明環(huán)境樣品中不存在目標(biāo)種的DNA，陽(yáng)性則表明環(huán)境樣品中存在目標(biāo)種的DNA[41]。通常研究者會(huì)選擇采用10～40 μL 的PCR 反應(yīng)體系、設(shè)置3～10 個(gè)平行樣本的方法，確保結(jié)果的準(zhǔn)確性，通過(guò)設(shè)置陰陽(yáng)性對(duì)照，排除假陽(yáng)性與假陰性擴(kuò)增以及交叉污染。

4 優(yōu)勢(shì)和存在問(wèn)題

4.1 eDNA 技術(shù)的優(yōu)勢(shì)

eDNA 技術(shù)發(fā)展至今已有約30 年，eDNA 技術(shù)的研究領(lǐng)域，從微生物生態(tài)學(xué)拓展到了生態(tài)系統(tǒng)生態(tài)學(xué)、古生態(tài)學(xué)及生物多樣性監(jiān)測(cè)等；檢測(cè)對(duì)象涵蓋了微生物、植物、魚類、哺乳類等生物。從物種多樣性研究、生物量評(píng)估、入侵物種監(jiān)測(cè)甚至到重建古生態(tài)系統(tǒng)、古植物史，eDNA 的應(yīng)用范圍也在不斷擴(kuò)大。eDNA 技術(shù)作為一種全新的生物調(diào)查方法，同傳統(tǒng)調(diào)查方法相比，具備靈敏度高、特異性強(qiáng)、操作便捷、受外界影響因素小等顯著特點(diǎn)。在使用該種方法進(jìn)行調(diào)查時(shí)，能節(jié)省人力、物力、財(cái)力以及時(shí)間，采樣時(shí)，對(duì)生態(tài)系統(tǒng)的干擾較小。

4.2 eDNA 技術(shù)存在的問(wèn)題

eDNA 技術(shù)雖在以上方面優(yōu)于傳統(tǒng)調(diào)查方法，但在目前的諸多研究試驗(yàn)中，仍存在一系列的問(wèn)題與不足。在采集和保存樣品、eDNA 提取及分析等方面，各研究者所采取的方法不盡相同，導(dǎo)致最后與得出的結(jié)果之間，均存在一定差異，缺乏對(duì)比性。因此建立eDNA 監(jiān)測(cè)方法標(biāo)準(zhǔn)化框架，對(duì)eDNA 技術(shù)的應(yīng)用推廣十分重要。

eDNA 技術(shù)存在PCR 通用引物設(shè)計(jì)繁鎖的潛在局限性，目前的研究水平，尚無(wú)十分完美的通用引物。以魚類多樣性檢測(cè)中常用的12S rRNA 序列為例，在進(jìn)行PCR 擴(kuò)增后，得到的片段幾乎90%均注釋到魚類中，但其分辨率較低，種屬區(qū)分度不明顯，仍需要加以改進(jìn)[42]。

在樣品采集、保存及運(yùn)輸過(guò)程中，極易出現(xiàn)交叉污染，且樣品本身可能含有高鹽、腐殖酸、重金屬離子等PCR 抑制劑，導(dǎo)致試驗(yàn)結(jié)果出現(xiàn)假陰性的情況。PCR 擴(kuò)增及高通量測(cè)序時(shí)，操作步驟煩瑣，使用試劑繁雜，也增加了樣品被污染的概率。

目前常用的基因庫(kù)有NCBI、BLOD 和Mito chondrial Genome Database of Fish 等大型開放數(shù)據(jù)庫(kù)，針對(duì)一些特定生物類群構(gòu)建的DNA 數(shù)據(jù)庫(kù)，也在不斷出現(xiàn)，但在這些國(guó)際數(shù)據(jù)庫(kù)中，有關(guān)中國(guó)生物類群的數(shù)據(jù)，仍存在很大欠缺。趙夢(mèng)迪[43]在中國(guó)東黃海魚類資源調(diào)查時(shí)發(fā)現(xiàn)，eDNA 技術(shù)能夠檢測(cè)到大部分的傳統(tǒng)方法捕撈的魚類，卻仍有部分魚類無(wú)法被檢測(cè)到。

5 展望

環(huán)境DNA 技術(shù)作為一種快速、精準(zhǔn)的生物調(diào)查方法，與第二代測(cè)序技術(shù)（NGS）相結(jié)合，極大提高了人類對(duì)生態(tài)系統(tǒng)中物種信息監(jiān)測(cè)的能力。該方法目前在物種多樣性監(jiān)測(cè)、生物量評(píng)估、珍稀水生生物資源調(diào)查等諸多研究中，展現(xiàn)出了顯著優(yōu)勢(shì)和巨大潛能。但國(guó)內(nèi)eDNA 技術(shù)起步較晚，因此仍有許多問(wèn)題需進(jìn)一步研究和解決。在今后的環(huán)境DNA研究中，一方面要大力發(fā)展并推廣eDNA 技術(shù)，完善國(guó)內(nèi)數(shù)據(jù)庫(kù)；另一方面應(yīng)盡快制定一個(gè)統(tǒng)一的eDNA 監(jiān)測(cè)方法標(biāo)準(zhǔn)化框架。eDNA 技術(shù)與傳統(tǒng)調(diào)查方法各有自己的優(yōu)勢(shì)，在實(shí)際應(yīng)用過(guò)程中，eDNA技術(shù)不能完全取代傳統(tǒng)調(diào)查方法，要將2 種方法相結(jié)合，才能更好地對(duì)水生生物進(jìn)行監(jiān)測(cè)，在水生生態(tài)文明建設(shè)中發(fā)揮更為重要的作用。