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    藥用野生稻基因組DNA提取方法比較

    2023-08-16 06:10:52畢繼安王芳張國(guó)芳朱宏芬沈嵐鄭紅英嚴(yán)成其
    安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年14期
    關(guān)鍵詞:提取方法基因組葉片

    畢繼安 王芳 張國(guó)芳 朱宏芬 沈嵐 鄭紅英 嚴(yán)成其

    摘要 以藥用野生稻為試驗(yàn)材料,分別選用傳統(tǒng)的CTAB提取法、CTAB改良方法、堿裂解法、磁珠法、吸附柱法、尿素提取法及酶消化法7種方法提取水稻葉片組織DNA,7種方法分別標(biāo)記為A~G。通過(guò)比較這些方法提取出DNA的濃度和純度,分析這些方法的優(yōu)劣勢(shì)。7種方法均能獲得較好的基因組,按獲得DNA濃度表現(xiàn)為A>B>F>C>G>E>D,純度表現(xiàn)為D>E>C>G>B>F>A。綜合考量DNA的純度、濃度、提取時(shí)間、成本、安全無(wú)毒等方面因素,若對(duì)基因組的質(zhì)量要求不高,只是做簡(jiǎn)單的檢測(cè)且考慮成本問(wèn)題,可以選擇CTAB提取法、CTAB改良方法和尿素提取法;若需要高純度基因組,可以選擇磁珠法、吸附柱法、堿裂解法;若考慮安全無(wú)毒、快速提取及成本可控,可以選擇磁珠法、吸附柱法;若樣品稀有,可以選用CTAB提取法和CTAB改良法。

    關(guān)鍵詞 藥用野生稻;葉片;基因組;提取方法;有利基因

    中圖分類(lèi)號(hào) S511? 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼 A? 文章編號(hào) 0517-6611(2023)14-0086-04

    doi:10.3969/j.issn.0517-6611.2023.14.021

    開(kāi)放科學(xué)(資源服務(wù))標(biāo)識(shí)碼(OSID):

    作者簡(jiǎn)介 畢繼安(1987—),男,山東青島人,博士,從事抗病育種研究。

    *通信作者,研究員,博士,從事抗病育種研究。

    藥用野生稻多生長(zhǎng)于海拔600~1 100 m丘陵山坡中下部的沖積地和溝邊,為喜暖、喜雨、喜潮濕的短日照植物,適宜在陰蔽、腐殖質(zhì)豐富、pH為6左右的肥沃砂壤土上生長(zhǎng)。藥用野生稻在稻屬22個(gè)種中長(zhǎng)勢(shì)最強(qiáng),是普通栽培稻的20倍以上,在進(jìn)化過(guò)程中,藥用野生稻形成了豐富的遺傳多樣性,藥用野生稻因長(zhǎng)期處于野生環(huán)境,經(jīng)受各種自然災(zāi)害和地理生態(tài)因素的考驗(yàn),形成了較強(qiáng)的抗性和耐受不良環(huán)境因素等方面的優(yōu)異性狀,是天然的基因庫(kù)。藥用野生稻農(nóng)藝性狀具有大穗、寬葉片、粗莖稈等性狀,為遺傳改良提供了良好的資源條件。因此,深入挖掘藥用野生稻的優(yōu)良基因?qū)τ谛路N質(zhì)創(chuàng)新具有重要意義。①大量的抗病基因。有研究人員通過(guò)對(duì)抗病基因的克隆以及高抗條紋葉枯病水稻材料的獲得,使藥用野生稻資源得到了充分利用,更進(jìn)一步推動(dòng)了藥用野生稻抗病基因的開(kāi)發(fā)與研究[ 1]。水稻白葉枯病是水稻生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中常見(jiàn)的病害,而藥用野生稻具有大量的優(yōu)異抗性基因,因此從藥用野生稻中挖掘抗白葉枯病基因并加以利用,得到了廣大科研工作者的高度重視。研究發(fā)現(xiàn),云南藥用野生稻多個(gè)居群類(lèi)型對(duì)4種主要病害存在一定抗性[ 2-3],云南藥用野生稻種質(zhì)資源對(duì)當(dāng)?shù)匾欢〞r(shí)期流行的白葉枯病小種及國(guó)內(nèi)外部分強(qiáng)致病菌整體抗性較好[ 4],這些研究為藥用野生稻的有效抗病基因挖掘奠定了基礎(chǔ)。②創(chuàng)制新種質(zhì)資源。研究發(fā)現(xiàn),利用構(gòu)建藥用野生稻TAC文庫(kù)篩選有利基因并通過(guò)克隆、遺傳轉(zhuǎn)化方法及結(jié)合育種技術(shù),有望實(shí)現(xiàn)藥用野生稻在新種質(zhì)資源上的創(chuàng)制[ 5-7]。同時(shí),栽培稻與藥用野生稻種間雜種體內(nèi)異源基因組重組引起的DNA甲基化變異規(guī)律為不對(duì)稱(chēng)體細(xì)胞雜交的基因融合奠定了基礎(chǔ)[ 8],有研究發(fā)現(xiàn),將藥用野生稻總DNA通過(guò)穗莖注射法導(dǎo)入恢復(fù)系R225可以創(chuàng)制耐陰、耐光氧化的水稻新種質(zhì)[ 9]。③優(yōu)異內(nèi)源基因的挖掘。有研究表明,云南藥用野生稻凈光合速率較高,其在羧化效率和光飽和點(diǎn)上所表現(xiàn)出的高光效潛能為探索機(jī)體高光效基因提供了理論依據(jù)[ 10-11]。藥用野生稻中淀粉合成酶基因在同屬內(nèi)的自然進(jìn)化規(guī)律的探索,也為水稻的遺傳育種和品質(zhì)改良提供科學(xué)依據(jù)[ 12-13]。④抗逆途徑基因挖掘。有研究人員通過(guò)基于藥用野生稻干旱脅迫轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析探索ADF基因?qū)λ幱靡吧痉巧锩{迫的影響[ 14],同時(shí)還有研究表明,藥用野生稻中LEA蛋白在植物抗逆反應(yīng)起著重要的作用,這為水稻遺傳改良提供重要的理論依據(jù)[ 11,15]。上述研究說(shuō)明藥用野生稻中藥用野生稻中存在大量、有利、可挖掘的基因,是種質(zhì)創(chuàng)新的有利基因庫(kù),而組織樣品的提取方法還不夠完善與全面,這將會(huì)導(dǎo)致存在部分有利基因片段獲取不夠完整,因此選擇一種合適的方法提取藥用野生稻基因組DNA對(duì)于有利基因的深入挖掘至關(guān)重要。藥用野生稻因其生理結(jié)構(gòu)特征比栽培稻較為復(fù)雜,其基因組提取相對(duì)困難,提取質(zhì)量相對(duì)偏低,因此對(duì)藥用野生稻DNA提取方法進(jìn)行探索,優(yōu)化提取步驟,為獲得更加合適、更加完整的基因組結(jié)構(gòu)提供理論依據(jù)。筆者以藥用野生稻為素材,綜合采用7種方法來(lái)提取植物的基因組,比較各種方法所提取的基因組含量與純度,旨在為后序深入挖掘藥用野生稻的有利基因提供技術(shù)依據(jù)。

    1 材料與方法

    1.1 試驗(yàn)材料

    藥用野生稻為該試驗(yàn)培育,準(zhǔn)備藥用野生稻相同葉位的7組樣品,每組樣品準(zhǔn)確稱(chēng)取0.6 g,然后三等分。

    主要試劑:聚乙烯吡咯烷酮(生工生物工程(上海)股份有限公司,中國(guó)),β-巰基乙醇(索萊寶生物科技有限公司,中國(guó)),Protein K(索萊寶生物科技有限公司,中國(guó)),磁珠(美國(guó)Promega公司,US),DNA提取試劑盒(QIAGEN,Germany),R-淀粉酶(美國(guó)Sigma公司,US)。主要儀器:組織研磨儀(Tissuelyser-96,上海凈信實(shí)業(yè)發(fā)展有限公司),離心機(jī)(5424R,德國(guó)艾本德股份公司),恒溫水浴鍋(DK-8D,上海一恒科學(xué)儀器有限公司),超微量紫外分光光度計(jì)(NanoDrop One C,US)。

    1.2 試驗(yàn)方法

    1.2.1 基于CTAB的經(jīng)典DNA提取方法。

    ①取0.2 g水稻葉片組織于液氮中研磨成細(xì)粉狀,并將粉末快速轉(zhuǎn)移到2 mL離心管中。

    ②加入500 μL提取緩沖液[2% CTAB,100 mmol/L Tris-HCl(pH 7.4),50 mmol/L EDTA (pH 8.0),1.4 mol/L NaCl,0.2% β-巰基乙醇],顛倒混合均勻離心管,將混合物置于65 ℃水浴中孵育30 min,每隔10 min顛倒混勻一次。

    ③將離心管置于離心機(jī)中,12 000 r/min 離心15 min。轉(zhuǎn)移離心管中上層液體到新的 1.5 mL 離心管中。

    ④加入200 μL苯酚∶氯仿∶異戊醇(25∶24∶1)到離心管中并顛倒混合均勻,于室溫靜置5 min,將離心管置于離心機(jī)中,12 000 r/min 離心10 min,轉(zhuǎn)移離心管中上層液于新的 1.5 mL 離心管中。

    ⑤加入200 μL 氯仿∶異戊醇(24∶1)溶液輕輕顛倒混勻,于室溫靜置5 min后,將其置于離心機(jī)中,12 000 r/min 離心10 min,轉(zhuǎn)移離心管的上層液體到新的 1.5 mL 離心管中。⑥加入2倍體積的冷乙醇(預(yù)先于-20 ℃保存),輕混勻,并轉(zhuǎn)移到-20 ℃冰箱中靜置30 min。

    ⑦將離心管置于離心機(jī)中,14 000 r/min 離心2 min,棄上清。

    ⑧加入洗滌緩沖液(70% 乙醇,10 mmol/L醋酸銨),重懸沉淀,12 000 r/min 離心1 min,棄上清。重復(fù)該操作步驟一次。

    ⑨將沉淀置于空氣中干燥并用100 μL 超純水將其溶解,并將其置于37 ℃水浴鍋中孵育30 min。最后將其置于-20 ℃冰箱中備用或用于后續(xù)試驗(yàn)[ 16-17]。

    1.2.2 基于CTAB提取DNA方法的改良。

    ①取0.2 g水稻葉片和0.1 g聚乙烯吡咯烷酮于液氮中研磨成粉末。

    ②將粉末轉(zhuǎn)移至2 mL離心管中。隨后將1 mL預(yù)冷提取緩沖液(100 mmol/L Tris-HCl、50 mmol/L EDTA、500 mmol/L NaCl和2% β-巰基乙醇,最終調(diào)節(jié)pH至8.0)加入離心管中,渦旋振蕩混合物,并在室溫下靜置10 min。然后將離心管于4 ℃ 12 000 r/min下離心10 min,棄上清。

    ③將沉淀懸浮于1 mL預(yù)熱的提取緩沖液中(3% CTAB、1.4 mmol/L NaCl、100 mmol/L Tris-HCl、0.5 mol/L EDTA和2% β-ME,pH為80),與此同時(shí)加入20 μL Protein K 并將混合物于65 ℃水浴下孵育至少1 h,同時(shí)每隔20 min顛倒混勻一次,然后將混合物于4 ℃ 12 000 r/min下離心10 min。

    ④將上清液轉(zhuǎn)移到新的 2 mL 離心管中,然后向離心管中加入等體積的氯仿∶異戊醇(24∶1)。顛倒混勻后置于室溫下靜置10 min,然后于4 ℃ 12 000 r/min 離心10 min。

    ⑤將水相轉(zhuǎn)移到新的2 mL離心管中。加入大約1/10體積的 2.5 mol/L KAC溶液(pH 5.2)。

    ⑥將上層水相轉(zhuǎn)移到另一個(gè)新的2 mL 管中,加入1/3體積的冰異丙醇溶液。將離心管靜置于-20 ℃冰箱中30 min,隨后在 4 ℃12 000 r/min下離心10 min。

    ⑦棄上清,用多糖、多酚洗滌緩沖液(含50 mmol/L Tris-HCl、5 mmol/L EDTA、350 mmol/L 山梨糖醇,pH 8.0)洗滌1次。

    ⑧棄掉上清液,將含有DNA的白色沉淀用70%乙醇洗滌2次,自然環(huán)境干燥。

    ⑨將最終的DNA沉淀用100 μL 超純水溶解[ 18-19]。

    1.2.3 堿裂解法。

    ①取0.2 g水稻葉片組織于液氮中研磨成細(xì)粉狀,接著將其轉(zhuǎn)移到2 mL離心管中。

    ②在離心管中加入100 μL堿性裂解試劑[25 mmol/L NaOH 和 0.2 mmol/L EDTA(PH 8.0)],隨后添加100 μL 緩沖試劑[40 mmol/L Tris-HCl(pH 5)]并混勻,靜置2 min。

    ③將離心管置于離心機(jī)中12 000 r/min 離心5 min,取上清液。

    ④上清液中加入20 μL 蛋白酶 K(20 mg/mL)及5 μL RNase(10 mg/mL)后于37 ℃水浴鍋中孵育30 min,再將其置于65 ℃水浴鍋孵育10 min。

    ⑤加入200 μL 氯仿∶異戊醇(24∶1)溶液并輕輕顛倒混勻,靜置5 min后,將其置于離心機(jī)中,12 000 r/min 離心10 min,轉(zhuǎn)移離心管中的上層液體到新的 1.5 mL 離心管中。

    ⑥加入2倍體積的冷乙醇(預(yù)先于-20 ℃保存),輕混勻,并于-20 ℃冰箱中靜置30 min。

    ⑦將離心管置于離心機(jī)中,14 000 r/min 離心2 min,棄上清。

    ⑧加入70%乙醇溶液重懸沉淀,12 000 r/min 離心1 min,棄上清;重復(fù)該操作步驟 1次。

    ⑨室溫條件下晾干沉淀,加入100 μL超純水充分溶解,保存于-20 ℃冰箱中待用[ 20]。

    1.2.4 磁珠法。

    ①取0.2 g水稻葉片組織于液氮中研磨成粉末,并將粉末轉(zhuǎn)移到2 mL 離心管中,并加入1 mL裂解緩沖液(2% CTAB、2.5 mmol/L NaCl、0.1 mol/L Tris-HCl、20 mmol/L EDTA),顛倒混勻。

    ②將上述混合物通過(guò)0.22 μm 過(guò)濾器,轉(zhuǎn)移到新2 mL離心管中,在濾液中加入800 μL異丙醇和50 μL蛋白酶K,充分混勻。

    ③在濾液中加入20 μL 磁珠原液并渦旋3~4 min,靜置1 min。

    ④將混合物置于磁力架沉淀磁珠,棄去上清中不含磁珠的液體。

    ⑤磁珠用 1 mL CW1 緩沖液(含7 mol/L鹽酸胍的50%異丙醇溶液)進(jìn)行清洗。

    ⑥磁珠再用 1 mL CW2 緩沖液(75%乙醇)洗滌2次。隨后室溫放置 5 min以蒸發(fā)殘留的乙醇。

    ⑦將30 μL洗脫緩沖液(10 mmol/L Tris-HCl,pH 8.5,預(yù)熱至55 ℃)加入磁珠中,隨后在55 ℃水浴鍋中孵育5 min,孵育期間每隔1 min渦旋20 s。

    ⑧將混合物置于磁力架上,吸取上清液備用[ 21-23]。

    1.2.5 吸附柱法。

    ①取0.2 g水稻葉片組織置于研缽中,同時(shí)加入液氮充分研磨。

    ②加入440 μL緩沖液AP1,顛倒混勻材料,再加4 μL RNase后,劇烈渦旋混勻。

    ③將上述混合物在65 ℃下溫浴15 min,每隔5 min輕輕顛倒試管2~3次。

    ④加入130 μL緩沖液AP2后,輕柔顛倒混勻,并將其置于冰上靜置5 min。

    ⑤將離心管置于離心機(jī)中,14 000 r/min離心5 min,緩慢吸取上層液體(500 μL)置于Mini Spin Colum(柱)中,14 000 r/min離心1 min。

    ⑥將上一步中的濾液(450 μL)緩慢轉(zhuǎn)移至一新的離心管中,并在溶液中緩慢加入1.5倍體積(675 μL)的緩沖液AP3。

    ⑦將上一步中混合液(包括形成的沉淀)轉(zhuǎn)移至Mini Spin Colum(柱)中,14 000 r/min離心1 min,丟棄廢液。

    ⑧在Mini Spin Colum(柱)中加入500 μL緩沖液AW,放置3~5 min,12 000 r/min離心1 min,棄掉廢液。重復(fù)洗滌1次。

    ⑨在Mini Spin Colum(柱)中加入500 μL無(wú)水乙醇,放置3~5 min,12 000 r/min離心3 min,丟棄廢液和收集管。

    ⑩在Mini Spin Colum(柱)下置1.5 mL離心管,吸取100 μL超純水加到Dneasy膜上。65 ℃水浴鍋中靜置5 min,14 000 r/min離心1 min得到DNA。

    1.2.6 尿素提取法。

    ①利用液氮將0.2 g 水稻葉片組織研磨成粉末,并轉(zhuǎn)移到2 mL離心管中。

    ②在離心管中加入600 μL 尿素提取液(42 g尿素、7 mL 5 mol/L NaCl、5 mL 1 mol/L Tris-HCl pH 8.0、4 mL 0.5 mol/L EDTA pH 8.0和 5 mL 20% Na-N-月桂酰肌氨酸,加入無(wú)菌蒸餾水調(diào)整最終體積至 100 mL,溫度不高于70 ℃)渦旋混勻,于室溫下靜置1 h。

    ③將離心管置于離心機(jī)中,以12 000 r/min 離心5 min。

    ④取上清,加入等體積的苯酚∶氯仿(1∶1)溶液,渦旋混勻離心管。

    ⑤將離心管置于預(yù)冷的4 ℃離心機(jī)中,12 000 r/min 離心5 min。

    ⑥取上清液,加入等體積的異丙醇溶液,顛倒混勻,于4 ℃環(huán)境靜置1 h。

    ⑦將離心管置于預(yù)冷的4 ℃的離心機(jī)中,12 000 r/min 離心5 min。

    ⑧棄上清,真空干燥沉淀2 min。

    ⑨用100 μL TE緩沖液(1 mL 1.0 mol/L Tris-HCl和 0.2 mL 0.5 mol/L EDTA,調(diào)節(jié)pH到8.0,并用無(wú)菌水定容至100 mL)溶解沉淀,待用[ 24-25]。

    1.2.7 酶消化法。

    ①取0.2 g水稻組織葉片在液氮中充分研磨后加入300 μL緩沖液[含0.1 mol/L Tris-HCl(pH 8.0)和 0.1 mol/L NaCl],并渦旋振蕩混勻。

    ②在上述溶液中加入10 μL R-淀粉酶(Sigma,US),顛倒混勻,于80 ℃恒溫金屬浴中孵育1 h。

    ③加入33 μL 2% SDS、20 μL Protein K和1 μL RNase A,并將其置于55 ℃恒溫金屬浴中孵育1 h。

    ④加入300 μL苯酚∶氯仿∶異戊醇(25∶24∶1)溶液,劇烈渦旋振蕩2 min。

    ⑤將上述溶液于15 000 r/min 離心1 min,轉(zhuǎn)移上清溶液至2.0 mL 離心管中,隨后加入2倍體積預(yù)冷乙醇并置于冰上靜置15 min。

    ⑥將離心管置于預(yù)冷的離心機(jī)中,4 ℃ 15 000 r/min離心15 min,棄上清。

    ⑦離心管中加入500 μL 預(yù)冷的70%乙醇,洗滌沉淀,4 ℃,15 000 r/min離心1 min。重復(fù)1遍。

    ⑧棄上清,室溫下風(fēng)干沉淀,加入100 μL 超純水溶解沉淀,待用[ 26-28]。

    2 結(jié)果與分析

    2.1 水稻基因組濃度

    采用7種方法得到水稻葉片的基因組后,利用超微量紫外分光光度計(jì)測(cè)量其濃度,具體數(shù)值見(jiàn)表1,不同提取方法得到的DNA濃度存在差異,濃度由高到低依次為A>B>F>C>G>E>D,通過(guò)CTAB法獲得的基因組DNA可能存在與植物組織中少量的糖類(lèi)及淀粉或其他物質(zhì)結(jié)合,因此在測(cè)量過(guò)程中存在一定偏差,導(dǎo)致濃度偏高;而通過(guò)磁珠法提取的基因組,因其是在外磁場(chǎng)的作用下納米磁性微球與核酸結(jié)合,磁場(chǎng)大小及磁性微球的特性決定其結(jié)合能力,因此濃度偏低一些。

    2.2 水稻基因組純度

    核酸純度一般用A260/A230和A260/A280來(lái)表示。其中,260 nm是核酸最高吸收峰的吸收波長(zhǎng),230 nm 是碳水化合物最高吸收峰的吸收波長(zhǎng),280 nm是蛋白最高吸收峰的吸收波長(zhǎng)。高純度的DNA其A260/A280比值大于1.8,如果比值小于1.8,表示受到蛋白(芳香族)或酚類(lèi)物質(zhì)的污染,需要對(duì)樣品進(jìn)行純化;同時(shí)DNA純度的另一個(gè)指標(biāo)為A260/A230,如果A260/A230的比值大于1.8,說(shuō)明純度較高,如果小于1.8,表示樣品被碳水化合物(糖類(lèi))、鹽類(lèi)或有機(jī)溶劑污染,需要對(duì)樣品進(jìn)行純化。根據(jù)測(cè)定結(jié)果來(lái)看,這些方法提取的DNA純度均較高,純度表現(xiàn)為D>E>C>G>B>F>A(表1)。從純度數(shù)據(jù)來(lái)看,利用磁珠法提取的基因組純度最高。

    3 討論

    對(duì)以上7種方法提取的基因組DNA濃度及純度進(jìn)行測(cè)定,發(fā)現(xiàn)經(jīng)典CTAB提取方法提取的濃度及純度較高,適合一般性試驗(yàn)需要,但在試驗(yàn)過(guò)程中會(huì)用到含有氯仿的有毒試劑,且耗時(shí)較長(zhǎng),這需要試驗(yàn)人員規(guī)范操作;基于CTAB的改良方法,提取過(guò)程中會(huì)使用蛋白酶K,這樣會(huì)有效酶解與核酸結(jié)合的組蛋白,使 DNA游離在溶液中,且EDTA等螯合劑均不能使之失活,這樣提取出的DNA純度會(huì)更高一些;利用堿裂解法提取的葉片組織效果和CTAB相差不大,在裂解植物組織方面效果較好,尤其是在提取纖維素較多的根部、莖部?jī)?yōu)勢(shì)較為明顯;磁珠法提取基因組DNA在前期裂解上使用的是CTAB試劑,但是在純化的過(guò)程中利用了磁珠的優(yōu)勢(shì),使其能在微觀界面上與核酸分子特異性地識(shí)別和高效結(jié)合,并利用二氧化硅包被的納米磁性微球的超順磁性,在Chaotropic鹽(鹽酸胍、異硫氰酸胍等)和外加磁場(chǎng)的作用下,能從樣本中分離出純度較高的基因組DNA,可用于后續(xù)分子雜交試驗(yàn),但是價(jià)格較昂貴。吸附柱法是在離心吸附柱內(nèi)使用一種硅基質(zhì)濾膜,這種濾膜在低pH、高濃度鹽存在的條件下,可以選擇性吸附DNA片段,而蛋白和其他雜質(zhì)不會(huì)被吸附。通過(guò)這種方法提取出的DNA濃度相對(duì)其他方法較低,有一定量的DNA損失,但是純度相對(duì)較高,減少了有毒試劑的使用,提取時(shí)間也相對(duì)較短;尿素提取法操作過(guò)程比較溫和,不需要?jiǎng)×业恼袷幖案邷氐奶幚?,不易造成DNA變性降解;酶消化法提取的DNA可以輕松地去除植物組織中的淀粉和糖原,用這種方法提取的DNA能避免了基因組中淀粉及糖原的干擾,使DNA的純度會(huì)更高一些,利于基因組獲取更加全面與完整。因此,需要根據(jù)試驗(yàn)材料、目的以及后續(xù)研究需要綜合評(píng)估選用適宜的提取純化方法,在得率與純度間取得平衡。該研究比較了7種不同DNA提取方法,為后續(xù)開(kāi)展藥用野生稻基因組的分離及其功能研究奠定基礎(chǔ)。

    4 結(jié)論

    藥用野生稻作為我國(guó)的主要野生稻物種,因其體內(nèi)含有大量未知功能的有利基因,近些年得到了較為廣泛的研究。筆者比較了不同提取野生稻基因組DNA方法,綜合各方面因素考量,若只需簡(jiǎn)單的檢測(cè)且考慮成本問(wèn)題,可以選擇CTAB提取法、CTAB改良方法和尿素提取法,但在使用過(guò)程中會(huì)用到較毒的有機(jī)試劑,提取過(guò)程需小心謹(jǐn)慎;如需要高純度基因組可以選擇磁珠法、吸附柱法、堿裂解法;若考慮安全無(wú)毒、快速提取及成本可控可以選磁珠法、吸附柱法;若樣品稀有可以選用CTAB提取法和CTAB改良法。通過(guò)比較這些方法的優(yōu)劣勢(shì),可以為滿足不同試驗(yàn)需要選擇高效、簡(jiǎn)便、安全無(wú)毒、低成本的最優(yōu)DNA提取方法提供了一定理論依據(jù),同時(shí)也為指導(dǎo)水稻不同組織部位DNA的提取提供了參考價(jià)值,進(jìn)一步為開(kāi)發(fā)與優(yōu)化快速提取藥用野生稻基因組DNA提供理論指導(dǎo)。

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