陳 曦,張成楠,李秀婷,王紅安,王 坤,朱 華,孫寶國
(1.中國商業(yè)聯(lián)合會釀酒微生物與酶分子工程重點實驗室,北京 100048;2.北京工商大學食品營養(yǎng)與人類健康高精尖創(chuàng)新中心,北京 100048;3.北京工商大學食品與健康學院,北京 100048;4.北京華都釀酒食品有限責任公司,北京 102212)
醬香型白酒是中國傳統(tǒng)的白酒香型之一,廣受市場歡迎[1]。醬香型白酒的發(fā)酵周期為一年,共有八次的反復發(fā)酵,過程非常復雜[2],所產(chǎn)出醬香型白酒共有七個輪次,每輪酒之間都有差異?;旌吓囵B(yǎng)發(fā)酵、固態(tài)發(fā)酵、糖化發(fā)酵和同時發(fā)酵等方法使得醬香型白酒深受地理環(huán)境、氣候變化的影響[3]。此外,發(fā)酵環(huán)境也為白酒提供了許多微生物菌種。研究表明,環(huán)境(室外地面、室內(nèi)地面、工具和其他未知環(huán)境)對細菌群落的貢獻率為62.61 %~90.90 %,對發(fā)酵真菌群落的貢獻率為20.00 %~38.94 %[4]。發(fā)酵溫度對微生物群落的生物多樣性和微生物代謝也很重要,研究表明,較低的初始溫度有利于微生物多樣性的維持[5]。
堆積發(fā)酵和窖池發(fā)酵是每一輪醬香型白酒發(fā)酵的最基本步驟[6]。堆積發(fā)酵的過程是指將原料蒸熟后攤開冷卻,在蒸熟的原料中加入一定比例的大曲,混合后堆積起來,在一定溫度下培養(yǎng)4~5 d,在堆子頂部的溫度達到45~50 ℃時,結(jié)束堆積發(fā)酵轉(zhuǎn)而入窖發(fā)酵[7]。堆積發(fā)酵是典型的多菌種開放的發(fā)酵過程,可以充分網(wǎng)羅環(huán)境中的微生物[8]。在堆積發(fā)酵的中后期,為了維持堆子的穩(wěn)定性,提升發(fā)酵質(zhì)量,對堆子進行“倒堆”操作,是指在發(fā)酵生產(chǎn)中交換原料空間位置的過程,即里外顛倒,使表面層與中心層的酒醅相互交換,之后繼續(xù)發(fā)酵[9]。目前對“倒堆”操作及其對微生物菌群變化的實際影響研究較少。
研究結(jié)果顯示,在堆積過程中表面層和里芯層細菌的微生物多樣性經(jīng)過“倒堆”后顯著下降。從細菌整體的屬水平上看,表面層和里芯層共有大量的優(yōu)勢屬,沒有明顯的差異。在“倒堆”過程前后,核心微生物屬Lactobacillus、Lentibacillus和Bacillus的相對豐度含量發(fā)生了變化,無論是在表面層還是里芯層,Lactobacillus和Lentibacillus均呈負相關(guān)關(guān)系。目前對北京地區(qū)醬香型白酒的“倒堆”操作研究很少,其微生物群落變化的機制尚不明晰。
本研究旨在通過美吉平臺提供的數(shù)據(jù),研究“倒堆”這一生產(chǎn)操作對堆積過程中微生物細菌菌群結(jié)構(gòu)演替的影響,以便更好地控制醬香型白酒的堆積發(fā)酵過程,為今后的實際生產(chǎn)提供理論參考和數(shù)據(jù)支撐。
1.1.1 樣品
酒醅樣品采自北京華都釀酒食品有限公司。對第六輪次堆積發(fā)酵的酒醅進行采樣,堆子成型開始記為0 h,堆積發(fā)酵總計持續(xù)84 h,在60~64 h 對堆積的酒醅進行“倒堆”操作。分別在堆積發(fā)酵不同時間點(0 h、24 h、48 h、66 h、72 h、78 h、84 h)的堆子表、里兩層進行取樣,每層的取樣位置固定,基本信息如表1所示,取樣后儲存于-80 ℃待用。
表1 各取樣點的詳細編號信息
1.1.2 試劑及耗材
E.Z.N.A ? Soil DNA Kit,美國Omega Bio-Tek 公司;rTaq DNA 聚合酶試劑盒,北京全式金生物技術(shù)有限公司;DNA Marker,寶生物工程(大連)有限公司;引物合成,上海生物工程股份有限公司;Gengree染料,上海賽百盛有限公司。
1.1.3 儀器設(shè)備
Thermal Cycler 型梯度PCR 儀,美國Bio-rad 公司;Zealway G154DW 型高壓蒸汽滅菌鍋,致徽(廈門)儀器有限公司;臺式高速冷凍離心機,德國Sigma 公司;DYY-8C 型電泳儀,北京六一儀器廠;JS-680C型凝膠成像儀,上海培清科技有限公司。
1.2.1 樣品總DNA提取
取酒醅樣品10 g于50 mL離心管中,加入30 mL滅菌后的0.1 mol/L 磷酸緩沖鹽溶液(PBS)懸浮,加入5~7 顆玻璃珠,充分振蕩7 min,400 r/min 離心5 min,吸取上清液。將沉淀用PBS 洗滌,漩渦振蕩4 min,400 r/min 離心5 min,收集上清液,重復用PBS 洗滌,直至得到40~50 mL 上清液。將所得液體進行12000 r/min 離心5 min,棄上清液,收集沉淀??侱NA 提取步驟參照E.Z.N.A?Soil DNA Kit操作說明。
1.2.2 PCR擴增
采用16S rRNA通用引物338F(5'-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3')和806R(5'-GGACTA CHVGGGTWTCTAAT-3')擴增細菌16S rRNA 高變區(qū)V3-V4。
PCR 條件為:95 ℃預變性3 min;95 ℃變性30 s;55 ℃退火30 s;72 ℃延伸45 s;30 次循環(huán);72 ℃終延伸10 min,之后降至4 ℃。
PCR 擴增體系包括:5×TransStart Fast Pfubuffer 4 μL,2.5 mmol/L dNTPs 2 μL,正向引物(5 μmol/L)0.8 μL,反向引物(5 μmol/L) 0.8 μL,Trans Start Fast Pfu DNA 聚合酶0.4 μL,模板DNA 10 ng,用ddH2O補至20 μL。
1.2.3 Illumina Miseq 測序
用質(zhì)量分數(shù)為2 %的瓊脂糖凝膠回收PCR 產(chǎn)物,利用AxyPrepDNA Gel Extraction Kit 進行純化,Tris-HCl洗脫,再用質(zhì)量分數(shù)為2%的瓊脂糖凝膠進行電泳檢測。利用QuantiFluor?-ST 進行檢測定量。將純化后的擴增片段在Illumina MiSeq平臺上構(gòu)建文庫,并進行測序,分別對細菌V3-V4 高變區(qū)序列進行測序分析。
1.2.4 數(shù)據(jù)及圖片處理
應用Fastp 軟件對原始測序序列進行質(zhì)控,使用Usearch 軟件,在97 %的相似性閾值水平下,對基因序列進行OTU 聚類分析。利用RDP classifer進行分類學注釋分析。Alpha 多樣性指數(shù)、優(yōu)勢細菌屬的相對豐度均采用單因素方差分析(one way analysis of variance,one way ANOVA)結(jié)合最小顯著性差異法(Least-Significant Difference,LSD)分析不同堆積發(fā)酵時長樣品間的差異顯著性(P<0.05)。通過unweighted Unifrac 算法計算不同樣品間的距離形成Beta 多樣性計算矩陣,并利用主坐標分析(Principal Component Analysis,PCA)進行可視化展示。利用Origin 2019b 軟件進行圖形繪制。
為探究北京地區(qū)第六輪次堆積酒醅細菌群落的動態(tài)變化,對42 個酒醅樣品中的原核微生物16S rRNA 基因的V3-V4 可變區(qū)進行序列分析,獲得了3,491,384 個有效基因序列。OTU 聚類分析結(jié)果表明,堆積發(fā)酵樣品的基因序列聚類成1634 個OTU?;贠TU 聚類分析結(jié)果,對不同堆積時間的樣品進行Alpha 多樣性分析,分別計算Chao 指數(shù)和Shannon 指數(shù)反映酒醅樣品中細菌群落的豐富度和多樣性[10]。
圖1A 和圖1B 表明,表面層和里芯層的所有酒醅樣品基于Shannon 指數(shù)和Chao 指數(shù)的稀釋曲線均逐漸趨向平緩,表明對酒醅中微生物多樣性的分析已覆蓋樣品中的主要細菌種類[11],樣本具有研究價值。Shannon指數(shù)反映酒醅樣品中細菌群落的多樣性,數(shù)值越大代表樣本中的細菌群落豐度的均勻性越強;Chao 指數(shù)反映酒醅樣品中細菌群落的豐富度,數(shù)值越大代表樣本中的物種數(shù)量越多。堆積發(fā)酵過程中表面層和里芯層細菌的Shannon 指數(shù)和Chao 指數(shù)在倒堆前呈上升趨勢(圖1 C、圖1D),在堆積剛剛開始時,受車間內(nèi)各類環(huán)境因素例如溫度、濕度和工具等影響,原料發(fā)酵產(chǎn)生細菌等微生物。“倒堆”前后,表面層與里芯層細菌的Shannon指數(shù)顯著性下降,說明“倒堆”這個操作擾動了原有的微生物發(fā)酵體系,使細菌微生物的α多樣性下降;表面層和里芯層的Chao 指數(shù)上升說明“倒堆”操作使酒醅充分富集了環(huán)境中的微生物,增加了細菌種類?!暗苟选焙螅砻鎸雍屠镄緦蛹毦奈⑸锞鶶hannon 指數(shù)下降,Chao 指數(shù)先下降再上升??傮w上看,表面層和里芯層的Shannon 指數(shù)和Chao指數(shù)變化趨勢一致,與姜明慧等[12]的研究一致。
圖1 北京地區(qū)醬香型白酒第六輪次堆積發(fā)酵過程中表面層和里芯層細菌群落的Alpha多樣性分析
為了探究第六輪次堆積發(fā)酵中細菌α多樣性變化的原因,本研究進一步分析了第六輪次堆積發(fā)酵中表面層和里芯層不同發(fā)酵時長的酒醅樣品在門水平上的群落結(jié)構(gòu)差異,如圖2所示。
第六輪次表面層和里芯層堆積發(fā)酵樣品中所檢出的細菌群落歸屬于29 個門。將相對豐度大于1%的細菌門定義為優(yōu)勢細菌門。從圖2 可以清晰看出,表面層和里芯層的優(yōu)勢細菌門均為Firmicutes、Actinobacteria 和Proteobacteria。“倒堆”前后,表面層、里芯層的Firmicutes 豐度增加,Actinobacteria 豐度減少,Wang 等[13]研究發(fā)現(xiàn)習水地區(qū)7個發(fā)酵輪次中細菌優(yōu)勢門為Firmicutes、Actinobacteria、Proteobacteria、Bacteroidetes 和Fusobacteria,與本研究結(jié)果基本一致。戴奕杰等[14]研究了同樣來源于貴州省產(chǎn)區(qū)的醬香型白酒,發(fā)現(xiàn)在第六輪次堆積發(fā)酵中優(yōu)勢細菌門包括Firmicutes、Actinobacteria、Proteobacteria 和Bacteroidetes 等,其中Proteobacteria 的相對豐度略高于Firmicutes。
圖2 北京地區(qū)醬香型白酒第六輪次堆積發(fā)酵過程中表面層和里芯層細菌在門水平上的群落組成
在門水平分析基礎(chǔ)上,對42 個酒醅樣品進行了科水平上的群落組成分析,發(fā)現(xiàn)第六輪次表面層和里芯層堆積發(fā)酵樣品中所檢出的細菌群落歸屬于285 個科。將相對豐度大于1 %的的細菌科定義為優(yōu)勢細菌科。在表面層酒醅中檢測出Lactobacillaceae、Bacillaceae、Thermoactinomycetaceae、Staphylococcaceae、Pseudonocardiaceae、Leuconostocaceae、Sporolactobacillaceae、Actinopolysporaceae和Corynebacteriaceae 共9 個優(yōu)勢科。在里芯層酒醅中檢測出Lactobacillaceae、Bacillaceae、Thermoactinomycetaceae、Staphylococcaceae、Pseudonocardiaceae、Sporolactobacillaceae、Leuconostocaceae、Enterobacteriaceae、Planococcaceae、Actinopolysporaceae 和Moraxellaceae 共11 個優(yōu)勢科(圖3)。已有研究發(fā)現(xiàn)Actinopolysporaceae、Bacillaceae、Lactobacillaceae、Leuconostocaceae、Sporolactobacillaceae、Staphylococcaceae、Thermoactinomycetaceae、Moraxellaceae 和Pseudonocardiaceae 是醬香型大曲細菌的主體科組成[15]。
圖3 北京地區(qū)醬香型白酒第六輪次堆積發(fā)酵過程中表面層和里芯層細菌在科水平上的群落組成
由圖5 可知,表面層7 個取樣時間點的酒醅樣品中總共有124 個屬;里芯層7 個取樣點的酒醅樣品中總共有116 個屬。研究發(fā)現(xiàn)表面層經(jīng)過“倒堆”后獨有的菌屬增加,里芯層則相反。將北京地區(qū)第六輪次表面層和里芯層堆積發(fā)酵樣品中所檢出的細菌群落歸屬于706 個屬。將相對豐度大于1%的的細菌屬定義為優(yōu)勢細菌屬。由圖4A 和圖4B 可知,表面層細菌樣品中的優(yōu)勢屬共15 個:Lactobacillus、Lentibacillus、Kroppenstedtia、Oceanobacillus、Bacillus、Staphylococcus、Pediococcus、Saccharopolyspora、Thermoactinomyces、Weissella、Sporolactobacillaceae、Bacillaceae、norank _f__Actinopolysporaceae、Pseudogracilibacillus和Corynebacterium_1。里芯層細菌樣品中的優(yōu)勢屬為Lactobacillus、Lentibacillus、Kroppenstedtia、Oceanobacillus、Bacillus、Staphylococcus、Thermoactinomyces、Pedio-coccus、Saccharopolyspora、Sporolactobacillaceae、Weissella、Bacillaceae、Actinopolysporaceae、Kurthia、Acinetobacter和Enterobacter。與其他地區(qū)的優(yōu)勢細菌屬類似[16]。
圖4 北京地區(qū)醬香型白酒第六輪次堆積發(fā)酵過程中表面層和里芯層細菌在屬水平上的群落組成
圖5 北京地區(qū)醬香型白酒第六輪次堆積發(fā)酵過程Venn圖
“倒堆”前,表面層Lactobacillus相對豐度含量下降,里芯層Lactobacillus相對豐度含量上升,可能是因為Lactobacillus為厭氧型細菌,表面層與外界環(huán)境接觸距離近,氧含量高,里芯層與外界環(huán)境距離遠,氧含量低。表面層的Lentibacillus和Bacillus豐度含量上升,里芯層的Lentibacillus和Bacillus豐度含量下降,有研究表明,Lentibacillus物種屬于Bacillaceae,在白酒生產(chǎn)中的作用可能與Bacillus屬相似[17]?!暗苟选鼻昂?,表面層和里芯層的Lactobacillus豐度含量上升,Lentibacillus豐度含量下降,Zhang 等[18]的研究發(fā)現(xiàn),環(huán)境溫度和堆積所產(chǎn)生的生物熱導致堆積酒醅中溫度的差異,可以影響Lactobacillus的生長代謝,進而影響整體的細菌群落結(jié)構(gòu)及演替規(guī)律[19]?!暗苟选焙?,表面層的Lactobacillus相對豐度含量顯著上升并達到70.8%(B84 h),里芯層的Lactobacillus相對豐度含量呈下降趨勢。表面層的Bacillus豐度含量下降,在里芯層的豐度含量則上升。有研究報道芽孢桿菌屬Bacillus屬于嗜熱菌屬,不僅產(chǎn)生可以促進酒醅液化的α-淀粉酶,還產(chǎn)生中性或酸性蛋白酶,這些生物酶催化淀粉和蛋白質(zhì)降解為葡萄糖、氨基酸和高級脂肪酸[20]。
為進一步探究北京地區(qū)醬香型白酒第六輪次堆積發(fā)酵過程中表面層與里芯層細菌群落結(jié)構(gòu)的動態(tài)變化規(guī)律,聚焦堆積發(fā)酵過程中相對豐度較高的細菌屬,分別計算兩兩細菌屬間的Spearman 相關(guān)系數(shù),繪制相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖,見圖6。由圖6A 和圖6B 中可知,第六輪次堆積發(fā)酵表面層的相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖包含39 個細菌屬間的正相關(guān)關(guān)系,10 個負相關(guān)關(guān)系;里芯層的相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖包含44 個細菌屬間的正相關(guān)關(guān)系,13個負相關(guān)關(guān)系。相關(guān)性分析表明大多數(shù)細菌屬之間呈正相關(guān)調(diào)節(jié)機制。
相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖中的高相關(guān)性關(guān)鍵節(jié)點是指與分類水平前20 名的物種與其他微生物均有相關(guān)性的微生物,又稱關(guān)鍵性位點(hubs)[21],其數(shù)量和種類可直觀的反映微環(huán)境中微生物群落結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性[21]。在圖6A 中發(fā)現(xiàn),表面層微生物中共有15 個hubs,圖6B 中發(fā)現(xiàn),里芯層微生物中共有18 個hubs。在圖4A 和圖4B 中相對豐度含量較高的Lactobacillus和Lentibacillus呈負相關(guān),無論是表面層還是里芯層的Lactobacillus均與多個細菌菌屬呈負相關(guān)關(guān)系,成為核心負相關(guān)性hubs 之一,與其他9 個細菌菌屬存在負相關(guān)關(guān)系,表明在堆積發(fā)酵中Lactobacillus對部分細菌菌屬有拮抗作用,Li 等[22]研究發(fā)現(xiàn)Lactobacillus的相對豐度在發(fā)酵谷物中也占據(jù)絕對優(yōu)勢。在堆積發(fā)酵過程中,Lactobacillus可以產(chǎn)生乳酸,乳酸是乳酸乙酯的前體,可以增強中國白酒的醇厚感[23];Lactobacillus還可以產(chǎn)生大量乙酸,乙酸的堆積可以顯著降低酒醅的pH 值,從而抑制不耐酸微生物的生長[24]。從圖6A 中同樣可以看出Bacillus與多數(shù)細菌菌屬呈正相關(guān),成為主要的正相關(guān)hubs 之一。芽孢桿菌是一種重要的微生物,在白酒發(fā)酵過程中產(chǎn)生芳香物質(zhì)[25]。地衣芽孢桿菌可以產(chǎn)生四甲基吡嗪、苯乙醇和高級脂肪酸酯,它們給白酒帶來獨特的風味和額外的健康益 處[26]。Saccharopolyspora和norank_f__Actinopolysporaceae也為核心正相關(guān)hubs,分別與10 個和8 個細菌菌屬間存在正相關(guān)關(guān)系。從圖6B 中可以得知,里芯層的Lentibacillus與10 個細菌菌屬呈正相關(guān),屬于核心正相關(guān)hubs 之一,這可能與其含量在“倒堆”前較高有關(guān)(圖4B)。“倒堆”影響了微生物的種類與含量,進而影響了表面層與里芯層微生物間的相互作用關(guān)系,最終影響了微生物發(fā)酵過程中的生物學調(diào)控機制,維持了整個堆積體系的自然穩(wěn)態(tài)發(fā)展和動態(tài)平衡[27]。
圖6 北京地區(qū)醬香型白酒第六輪次堆積發(fā)酵過程中細菌群落相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖
從圖7 中可以清晰看出,“倒堆”操作的發(fā)生擾亂了整個發(fā)酵體系,影響了不同堆積時長樣本的物種組成。相較于表面層(圖7 A),里芯層(圖7 B)的細菌菌屬群落在“倒堆”操作后變化更為明顯。隨著堆積發(fā)酵時長的延長,堆積發(fā)酵堆子的不同空間位置的理化指標(如酸度含量、還原糖含量、酒精度、含氧量與溫度)均出現(xiàn)差異[28],“倒堆”操作可以更好的調(diào)控這些差異,促進優(yōu)勢菌群的生長[29]。
圖7 北京地區(qū)醬香型白酒第六輪次堆積發(fā)酵過程中表面層和里芯層細菌群落的Beta多樣性分析
本研究利用高通量測序方法分析比較了北京地區(qū)第六輪次醬香型白酒堆積發(fā)酵中表面層和里芯層的細菌結(jié)構(gòu)及動態(tài)變化。
在細菌α多樣性分析上,發(fā)現(xiàn)無論是表面層還是里芯層的Shannon 指數(shù)在“倒堆”前后均明顯下降?!暗苟选辈僮魇贡砻鎸雍醚跷⑸锫竦嚼镄緦痈艚^空氣,里芯層厭氧微生物與大量的空氣接觸,達到控制菌群種類與數(shù)量的目的,延長堆積發(fā)酵時間使原料各個位置組分發(fā)酵更為完全,為入窖發(fā)酵做好準備,同時提高最后輪次產(chǎn)酒的質(zhì)量與風味。
在細菌群落組成分析上,表面層和里芯層的優(yōu)勢屬共有12 個,為Lactobacillus、Lentibacillus、Kroppenstedtia、Oceanobacillus、Bacillus、Staphylococcus、Pediococcus、Thermoactinomyces、Saccharopolyspora、Sporolactobacillaceae、Weissella和Bacillaceae,總和占總菌屬相對豐度95 %以上。說明“倒堆”操作并沒有改變表面層和里芯層的菌屬種類,只調(diào)控了微生物堆積發(fā)酵的過程,維持了整個堆積體系的自然穩(wěn)態(tài)發(fā)展和動態(tài)平衡。
在細菌Beta多樣性分析上,里芯層在“倒堆”操作后,細菌群落組成變化差異比表面層更為明顯,這可能是因為除了氧氣含量,“倒堆”前堆積發(fā)酵中產(chǎn)生的乙酸、乳酸與生物熱等隨著空間位置的原因積攢在里芯層,導致里芯層細菌受外界環(huán)境因素的影響程度強于表面層,群落變化差異明顯。
本研究可為了解北京地區(qū)醬香型白酒釀造過程中細菌群落演替提供數(shù)據(jù)支撐,為探究不同產(chǎn)區(qū)白酒釀造的特征差異提供科學基礎(chǔ),解釋“倒堆”操作對堆積發(fā)酵的影響,為生產(chǎn)實際提供基礎(chǔ)參數(shù),在未來可以加強對“倒堆”工藝的管理與控制。