中國科學(xué)院北京基因組研究所（國家生物信息中心）猴痘病毒基因組信息庫MPoxVR取得進(jìn)展

近日，中國科學(xué)院北京基因組研究所宋述慧研究員和鮑一明研究員受邀在國際學(xué)術(shù)期刊The Innovation在線發(fā)表題為“MPoxVR - A comprehensive genomic resource for monkeypox virus variants surveillance”的評論文章，系統(tǒng)比較并介紹了猴痘病毒信息庫MPoxVR的數(shù)據(jù)資源及特色功能。

1970年在剛果民主共和國發(fā)現(xiàn)首例猴痘病毒感染者以來，猴痘疫情先后多次在中西非國家爆發(fā)。自2022年5月至今，多個非流行區(qū)國家出現(xiàn)猴痘疫情。為支撐猴痘病毒相關(guān)研究，幫助國內(nèi)外預(yù)防和應(yīng)對猴痘疫情的爆發(fā)，中國科學(xué)院北京基因組研究所（國家生物信息中心）組建猴痘研究工作組，于6月10日發(fā)布猴痘病毒資源庫MPoxVR。

MPoxVR收錄整合了迄今為止來自GenBank的777條猴痘病毒和12065條其它痘病毒科的基因組序列及其對應(yīng)元信息，并通過人工審編補(bǔ)充了部分序列中缺失的元信息，如宿主、采樣日期和采樣地點(diǎn)等，為研究人員開展基于序列的比較、傳播演化分析等提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)資源。

▲MPoxVR數(shù)據(jù)庫序列地理分布和變異數(shù)分布

MPoxVR還提供了豐富的基因組變異和功能注釋信息，變異數(shù)據(jù)提示，采樣自2022年5月疫情爆發(fā)以來的序列突變較少，大部分序列的SNP變異數(shù)量范圍為0-11個，重要功能基因如免疫逃逸、宿主范圍、細(xì)胞增殖、抗病毒藥靶等的突變發(fā)生率較低，核酸檢測的引物結(jié)合區(qū)尚未發(fā)生新的變異。猴痘病毒的變異信息可為其傳播鏈追蹤、溯源、疫情防控和疾病治療等提供重要的數(shù)據(jù)信息與決策支撐。此外，MPoxVR還開發(fā)了四個重要的在線分析工具，包括基因組注釋、基因組變異鑒定、變異功能注釋和序列相似性比對BLAST。

與國際上其它痘病毒相關(guān)數(shù)據(jù)庫相比，MPoxVR是猴痘病毒基因組及序列信息和分析工具的綜合專業(yè)庫，將促進(jìn)猴痘病毒來源、傳播方式等相關(guān)研究，服務(wù)于疫情防控。