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    基于機(jī)器學(xué)習(xí)算法的食品污染物神經(jīng)毒性預(yù)測模型建立

    2022-04-28 09:01:06周悅李瀟嵐程薇馮艷王艷
    現(xiàn)代食品科技 2022年4期
    關(guān)鍵詞:描述符毒性化合物

    周悅,李瀟嵐,程薇,馮艷,王艷,2*

    (1.上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生學(xué)院,上海 200025)(2.上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院,上海 200011)

    神經(jīng)毒性是外源性化合物引起的神經(jīng)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)或功能的損害,而經(jīng)口攝入是眾多可導(dǎo)致神經(jīng)毒性中毒癥狀的化學(xué)品重要的暴露方式之一[1,2]。如今隨著食品工業(yè)的發(fā)展,食品種類增多,食品中添加劑使用的增加,許多食品化學(xué)污染物如重金屬、食品添加劑、農(nóng)藥獸藥殘留物等,均可誘導(dǎo)發(fā)生氧化應(yīng)激、神經(jīng)細(xì)胞發(fā)育受損、神經(jīng)遞質(zhì)含量變化等各種神經(jīng)系統(tǒng)損傷,嚴(yán)重威脅人體健康[3-5]。因此,神經(jīng)毒性評(píng)估成為了食品污染物暴露毒性評(píng)價(jià)必不可少的環(huán)節(jié)。傳統(tǒng)的神經(jīng)毒性評(píng)估主要通過動(dòng)物實(shí)驗(yàn)測試進(jìn)行。但動(dòng)物實(shí)驗(yàn)周期長且成本高昂,在高通量篩選和人類中樞神經(jīng)系統(tǒng)的外推性方面存在一定的局限性[6]。因此,迫切需要開發(fā)替代方法和工具,來評(píng)估化學(xué)品的神經(jīng)毒性。

    定量構(gòu)效關(guān)系(Quantitative StructureActivity Relationship,QSAR)是目前常用的毒性預(yù)測模型之一,利用化合物的物理化學(xué)、幾何等結(jié)構(gòu)信息,預(yù)測其可能的生物活性[7]。分子描述符分為2D和3D描述符。雖然3D描述符在模擬分子受體配體對接,處理空間化學(xué)方面可能有更大的優(yōu)勢,但2D描述符具有無需估算生物活性構(gòu)象,計(jì)算成本低,數(shù)據(jù)處理快的優(yōu)點(diǎn)[8],同時(shí)預(yù)測結(jié)果依然優(yōu)異[9,10]。QSAR已被成功運(yùn)用于經(jīng)口毒性判斷和內(nèi)分泌干擾物篩選[11],但針對神經(jīng)毒性,相關(guān)研究多聚焦于同源化合物,納入同屬數(shù)據(jù)集建立,如多氯聯(lián)苯類(Polychlorinated Biphenyls,PCBS)[12]、芳基氨基脲類化合物等[13],通過同源化合物間的相似結(jié)構(gòu)構(gòu)建線性模型,分析特定取代基或分子結(jié)構(gòu)與其神經(jīng)毒性間關(guān)聯(lián)[14]。因食品中的化學(xué)性污染物來源廣泛、種類繁多,化合物的結(jié)構(gòu)特征多樣,神經(jīng)毒性癥狀各異且毒性作用靶點(diǎn)各不相同,化合物可通過影響神經(jīng)分化成熟、神經(jīng)元遷移/空間定向、突觸形成/可塑性、神經(jīng)遞質(zhì)、神經(jīng)營養(yǎng)功能、神經(jīng)免疫系統(tǒng)、神經(jīng)內(nèi)分泌、離子穩(wěn)態(tài)干擾等功能誘發(fā)神經(jīng)毒性[15]。因此,傳統(tǒng)QSAR線性模型不適用于食品化學(xué)污染物分子結(jié)構(gòu)與神經(jīng)毒性關(guān)聯(lián)的建立。機(jī)器學(xué)習(xí)算法中的監(jiān)督學(xué)習(xí),在學(xué)習(xí)框架的基礎(chǔ)上半自動(dòng)化創(chuàng)建分析模型,并通過交叉驗(yàn)證和迭代改進(jìn)以細(xì)化和優(yōu)化預(yù)測模型的準(zhǔn)確性,具有“多指標(biāo)、多關(guān)聯(lián)、多交叉”的特點(diǎn),尤其適用于大規(guī)模樣本的歸納研究[16]。

    考慮到該模型的適用范圍和高通量篩選的需要,本研究將選則2D描述符用于神經(jīng)毒性預(yù)測模型的建立。通過支持向量機(jī)、隨機(jī)森林、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)等機(jī)器學(xué)習(xí)算法,構(gòu)建食品化學(xué)污染物神經(jīng)毒性分類預(yù)測模型。據(jù)此闡明影響化合物神經(jīng)毒性的主要分子結(jié)構(gòu)因素。進(jìn)一步了解化合物性質(zhì),為后續(xù)化合物的毒性預(yù)警及風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估開展提供參考依據(jù)。

    1 材料與方法

    1.1 數(shù)據(jù)庫的建立與神經(jīng)毒性資料獲取

    從現(xiàn)有文獻(xiàn)[17,18]、政府通告的違法食品添加物或新檢出物、生活常見藥物和食品安全污染物中選擇了107種化合物組建數(shù)據(jù)庫?;衔锝M成包括20種殺蟲劑(18.69%)、14種阻燃劑(13.08%)、16種多環(huán)芳烴(14.95%)、19種食品包裝化工原材料(17.76%)、6種食品添加劑或污染物(5.61%)及32種藥物(29.91%)。選擇現(xiàn)有人類、非人靈長類動(dòng)物、哺乳動(dòng)物實(shí)驗(yàn)以及體外細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中,有兩篇及以上出版物表明其具有神經(jīng)毒性的化合物做陽性判定。選擇現(xiàn)有文獻(xiàn)中無神經(jīng)毒性相關(guān)實(shí)驗(yàn),實(shí)驗(yàn)結(jié)果矛盾或僅單細(xì)胞系體外實(shí)驗(yàn)陽性的化合物做陰性判定[19]。根據(jù)以上判定原則,最終獲得包含各類神經(jīng)毒性機(jī)制,如阻礙神經(jīng)元發(fā)育成熟、干擾神經(jīng)遞質(zhì)傳遞、影響突觸形成等化合物57種,及明確無神經(jīng)毒性化合物50種。數(shù)據(jù)庫于2020年5月完成建立,于2021年5月對化合物文獻(xiàn)檢索結(jié)果進(jìn)行更新。

    1.2 數(shù)據(jù)集的建立

    按8:2比例隨機(jī)劃分訓(xùn)練集及測試集,訓(xùn)練集用于模型構(gòu)建,測試集用于模型驗(yàn)證[20,21]。

    1.3 描述符的獲取與特征選擇

    分子描述符是化合物物理化學(xué)性質(zhì)的量化表征,其將分子中的結(jié)構(gòu)化學(xué)信息,轉(zhuǎn)換成特定的指標(biāo)或某些標(biāo)準(zhǔn)化實(shí)驗(yàn)的結(jié)果,其選擇一定程度上決定了模型的優(yōu)劣[22,23]。2D分子描述符一般包括:(1)組成描述符(如分子量、鹵素類型);(2)拓?fù)涿枋龇ㄈ鏦iener指數(shù)、Randic指數(shù));(3)電子描述符(如極性指數(shù)、Hammett常數(shù));(4)幾何參數(shù)描述符(如分子體積、溶劑接觸面積)等[24,25]。本研究從pubchem網(wǎng)站獲取化合物的2D分子結(jié)構(gòu)信息,導(dǎo)入MOLD2(2.0)軟件后計(jì)算得到777個(gè)分子描述符??紤]到疏水性在經(jīng)口毒性預(yù)測、藥物篩選方面的重要作用,使用Episuite(version 4.1 US EPA 2012)及VEGA(core version1.2.1 IRFMN)軟件,計(jì)算常見于相關(guān)毒性預(yù)測模型中的正辛醇-水分配系數(shù)(Octanol-Water Partition Coefficient,Kow)納入研究[26,27],并針對以上778個(gè)計(jì)算變量開展特征選擇。

    特征選擇主要由以下五個(gè)步驟組成。(1)刪去恒定、半恒定(相同取值比例>0.85)描述符后剩余472個(gè)計(jì)算變量。(2)二元logistics回歸完成描述符的初步篩選。(3)結(jié)合已有文獻(xiàn)經(jīng)驗(yàn),補(bǔ)充納入現(xiàn)有研究中廣泛運(yùn)用于預(yù)測藥物吸收、代謝、毒性的相關(guān)描述符,包括:分子量、柔性可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)、Kow、拓?fù)錁O性表面積等[24,28]。(4)將472個(gè)描述符和訓(xùn)練集89種化合物帶入五種機(jī)器學(xué)習(xí)模型并分析計(jì)算變量重要性,納入重要性排名前五位者。(5)刪去重復(fù)后將以上合計(jì)52種計(jì)算變量納入隨機(jī)森林模型進(jìn)行擬合,采用遞歸特征消除法進(jìn)行重復(fù)構(gòu)建和計(jì)算變量篩選,每次構(gòu)建刪除其中最不重要的變量[29]。最終納入如表1所示5種描述符,主要覆蓋化合物可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)、電拓?fù)洹⒎肿訕O性相關(guān)性質(zhì),包括1個(gè)原子數(shù)和鍵數(shù)描述符、2個(gè)理化性質(zhì)描述符、2個(gè)拓?fù)涿枋龇?。根?jù)“Rule-of-Thumb”規(guī)則,2D-QSAR模型中訓(xùn)練集(N)與描述符(M)的比值(N/M)應(yīng)不小于5,本研究所得最優(yōu)模型的N/M為17.80>5,滿足此項(xiàng)規(guī)則,表明描述符的選擇數(shù)量適當(dāng)[30]。

    表1 構(gòu)建QSAR模型所使用描述符Table 1 The descriptors used in QSAR model

    1.4 模型的構(gòu)建

    共采用5種機(jī)器學(xué)習(xí)算法[25,28,31]:

    由于數(shù)據(jù)集的各個(gè)特征取值范圍存在較大差異,對描述符取值進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理:

    式中:

    X——化合物描述符參數(shù)數(shù)值;

    μ——參數(shù)平均值;

    σ——參數(shù)標(biāo)準(zhǔn)差。

    1.4.1 貝葉斯網(wǎng)絡(luò)(Bayesian Network,BN)

    貝葉斯算法適用于基于定量研究的不確定性推理,利用概率統(tǒng)計(jì)對未知樣品進(jìn)行分類。變量間的關(guān)系強(qiáng)度由兩個(gè)概率組成,一為條件概率,可被父節(jié)點(diǎn)個(gè)數(shù)和局部概率影響,二為節(jié)點(diǎn)固定先驗(yàn)概率。貝葉斯網(wǎng)絡(luò)要求各個(gè)變量在除父節(jié)點(diǎn)以外節(jié)點(diǎn)間條件獨(dú)立,現(xiàn)有研究中可見于方劑配伍規(guī)律等藥性研究[32]。使用Rstudio(version 4.0.2下同)“e1071”軟件包中的“naiveBayes”函數(shù)實(shí)現(xiàn)。

    1.4.2 隨機(jī)森林(Random Forests,RF)

    隨機(jī)森林算法因其易于理解、執(zhí)行力高等優(yōu)勢常見于藥物安全性評(píng)價(jià)等藥物分析領(lǐng)域[32]。研究中使用隨機(jī)森林算法的基分類器為cart算法,通過重采樣方法生成隨機(jī)自助訓(xùn)練集,未被納入訓(xùn)練集樣本稱為袋外樣本。構(gòu)建多顆樹后選擇最佳模型輸出。使用Rstudio軟件“randomforest”軟件包進(jìn)行模型構(gòu)建和優(yōu)化,“pROC”軟件包進(jìn)行圖形繪制,“varImpPlot”函數(shù)進(jìn)行模型參數(shù)重要性可視化。最終構(gòu)建模型節(jié)點(diǎn)中二叉樹變量個(gè)數(shù)(mtry)取值為3。構(gòu)建基分類器模型數(shù)量(ntree)取值為500,最小子節(jié)點(diǎn)(nodesize)取值為1,由于特征參數(shù)較少,不對最大子節(jié)點(diǎn)數(shù)加以限制。

    1.4.3 類神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(Artificial Neural Network,ANN)

    類神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)具有強(qiáng)大的擬合能力和自我學(xué)習(xí)能力,用于非線性映射回歸、多分類預(yù)測類研究[33]。從信息處理角度對人腦神經(jīng)元網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行抽象,包括接受外部信號(hào)數(shù)據(jù)的輸入單元、完成系統(tǒng)結(jié)果對外傳遞的輸出單元,和不能由系統(tǒng)外部觀察得到的隱藏單元。本研究采用ANN中的多層感知機(jī)反向傳播算法(BP)的三層人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行擬合。使用Rstudio軟件“nnet”軟件包進(jìn)行模型構(gòu)建。同時(shí)為進(jìn)一步增加模型穩(wěn)定性,避免過度擬合,使用SPSS MODELER(version18.0 IBM)軟件中的bagging算法模塊對原ANN模型進(jìn)行優(yōu)化,合并基分類器規(guī)則設(shè)定為投票。bagging組件模型數(shù)為10。

    1.4.4 支持向量機(jī)(Support Vector Machine,SVM)

    支持向量機(jī)相較于類神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),更適用于高緯度、小樣本回歸或二分類研究[34],在現(xiàn)有研究中常根據(jù)待測化合物特征加以選擇,構(gòu)建毒性預(yù)測模型。作為一種常見的,對數(shù)據(jù)進(jìn)行二元分類的廣義線性算法,其決策邊界是對學(xué)習(xí)樣本求解的最大邊距超平面。當(dāng)線性不可分時(shí),將松弛變量引入超平面,并在模型中產(chǎn)生另一個(gè)懲罰系數(shù)。使用Rstudio軟件“e1071”軟件包中的“svm”函數(shù)進(jìn)行模型的構(gòu)建,核函數(shù)為分類非線性SVM中使用最多的高斯徑向基核(RBF),運(yùn)用“tune”函數(shù)試錯(cuò)法將γ范圍設(shè)定為10^[-6,-1],懲罰因子C范圍設(shè)定為10^[1,4]進(jìn)行模型優(yōu)化,最終選擇最佳參數(shù)γ取值0.1,C取值1000。

    1.4.5 K最近鄰值算法(K-NearestNeighbor,KNN)

    KNN算法依靠距離劃分未知樣本類別,通過尋找多個(gè)離測試樣本最鄰近的訓(xùn)練樣本,以該樣本的多數(shù)類別作為最終類別,操作簡單結(jié)果容易解讀,可見于部分藥物分析模型[35]。但這一計(jì)算方法不適用于大樣本數(shù)據(jù),且樣本不平衡時(shí),模型預(yù)測偏差較大[36]。本研究通過SPSS.MODELER軟件KNN模塊進(jìn)行內(nèi)部十折交叉驗(yàn)證選擇最合適K值,距離計(jì)算方法為Euclidean法。最終模型選定K值為6時(shí)具有最低錯(cuò)誤率。

    1.5 模型的評(píng)價(jià)與驗(yàn)證

    本研究采用十折交叉檢驗(yàn)進(jìn)行數(shù)據(jù)集內(nèi)部魯棒性驗(yàn)證,即將原始數(shù)據(jù)隨機(jī)平均分為10個(gè)子集,每個(gè)子集做測試集的同時(shí),其余9個(gè)子集合并作為訓(xùn)練集,進(jìn)行10次訓(xùn)練預(yù)測[37]。十次十折交叉驗(yàn)證由Rstudio軟件完成。測試集化合物分類進(jìn)行外部驗(yàn)證,使用Rstudio軟件“confusionMatrix”函數(shù)輸出混淆矩陣,計(jì)算其中的真陽性(True Positive,TP)、真陰性(True Negative,TF)、假陽性(False Positive,F(xiàn)P)、假陰性(False Negative,F(xiàn)N),分別計(jì)算靈敏度(Sensitivity,SE)、特異度(Specificity,SP)、假陽性率(False Positive Rate,F(xiàn)PR)、假陰性率(False Negative Rate,F(xiàn)NR)、總準(zhǔn)確性(Global Accuracy,GA)。通過“pROC”軟件包繪制受試者工作曲線(Receiver Operating Characteristic,ROC)并計(jì)算曲線下面積(The Area Under The ROC Curve,AUC)進(jìn)行模型評(píng)價(jià)。

    2 結(jié)果與討論

    2.1 描述符共線性分析

    5種描述符間相關(guān)性分析結(jié)果如表2所示,可見任意兩個(gè)描述符間相關(guān)系數(shù)<0.75。描述符之間不存在明顯的共線性問題。

    表2 5個(gè)分子描述符的相關(guān)矩陣分析Table 2 Correlation matrix analysis of five molecular descriptors

    2.2 模型質(zhì)量評(píng)價(jià)

    在進(jìn)行數(shù)據(jù)分割后,訓(xùn)練集和測試集分別有89和18種化合物,且類別分布較為均勻無需進(jìn)行數(shù)據(jù)不均衡處理。具體數(shù)據(jù)見圖1。

    五種機(jī)器學(xué)習(xí)的表現(xiàn)各不相同,根據(jù)外部驗(yàn)證的結(jié)果,五種模型中隨機(jī)森林模型綜合表現(xiàn)最優(yōu)。訓(xùn)練集中靈敏度91.49%、特異度100.00%,GA和AUC均超過90%。在測試集中表現(xiàn)也較為穩(wěn)定,靈敏度、特異度分別為80.00%、87.50%,同時(shí)GA和AUC均超過80%。具體數(shù)據(jù)見表3。

    表3 基于5個(gè)描述符對于神經(jīng)毒性預(yù)測訓(xùn)練集及測試集的統(tǒng)計(jì)結(jié)果Table 3 Statistical results of neurotoxicity prediction training set and test set based on 5 descriptors

    模型魯棒性檢驗(yàn)結(jié)果顯示,在五種模型中,隨機(jī)森林模型表現(xiàn)最為穩(wěn)定,測試集平均準(zhǔn)確率達(dá)到70.24%。其次為ANN和KNN模型,準(zhǔn)確率分別為67.34%和64.50%。支持向量機(jī)和貝葉斯模型的魯棒性稍差,分別為61.28%和62.91%。

    模型的預(yù)測準(zhǔn)確性方面,隨機(jī)森林的模型表現(xiàn)也更優(yōu),訓(xùn)練集準(zhǔn)確性為95.51%,測試集準(zhǔn)確性為83.33%,該模型給出的訓(xùn)練集、測試集ROC曲線如圖2所示,曲線下面積可達(dá)到0.99和0.85,是個(gè)較為理想的分類模型。

    目前已有少量研究利用機(jī)器學(xué)習(xí)算法建立了的化合物毒性預(yù)測模型。如一項(xiàng)基于概率神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法(PNN),納入47種有機(jī)溶劑作為研究對象,預(yù)測其神經(jīng)毒性的分類模型。訓(xùn)練集、測試集中GA分別達(dá)0.91、0.93,曲線下面積分別達(dá)0.92、0.94[38]。一項(xiàng)基于RF算法,納入61種農(nóng)藥作為研究對象,預(yù)測其熊蜂急性接觸毒性的分類模型。訓(xùn)練集、測試集中GA分別達(dá)0.83、0.87,曲線下面積分別達(dá)0.91、0.92[39]。相較于前兩種模型較為局限的化合物類別,本研究納入的食品污染物種屬各異,脫離了傳統(tǒng)的線性模型和化合物類型的限制。在擴(kuò)大模型適用范圍的同時(shí),保持了較高的總預(yù)測準(zhǔn)確度和AUC值,訓(xùn)練集、測試集AUC分別達(dá)0.99、0.85。而相較于現(xiàn)有的大樣本中藥的神經(jīng)保護(hù)作用預(yù)測模型(訓(xùn)練集SE:0.67、SP:0.99;測試集SE:0.69、SP:0.98)[40],極大的提高了模型靈敏度,訓(xùn)練集、測試集靈敏度分別達(dá)0.91、0.8,適用于大樣本數(shù)據(jù)庫化合物神經(jīng)毒性的初步篩查。

    2.3 分類錯(cuò)誤案例分析

    如上文所述,隨機(jī)森林算法對數(shù)據(jù)庫中化合物具有較好的分類準(zhǔn)確率,但預(yù)測模型中仍有一些化合物不能被正確的分類,分類錯(cuò)誤的7個(gè)化合物的結(jié)構(gòu)、錯(cuò)分類型和描述符數(shù)值如表4、表5所示。

    表4、表5數(shù)據(jù)表明,該隨機(jī)森林模型在特異度上表現(xiàn)良好,但預(yù)測化合物時(shí)存在一定的的假陰性現(xiàn)象。同時(shí),描述符D564(質(zhì)量加權(quán)Burden矩陣最大特征值)取值可能在一定程度影響模型對于化合物神經(jīng)毒性的判定,D564取值大的化合物更傾向于被判定為陽性,而D564取值小的化合物則相反。

    表4 隨機(jī)森林算法中分類錯(cuò)誤化合物Table 4 Misclassified compounds in random forest algorithm

    化合物分類錯(cuò)誤的原因可能由活性懸崖(化合物具有類似結(jié)構(gòu)但活性不同)和骨架躍遷(化合物具有不同結(jié)構(gòu)但活性相似)導(dǎo)致,如苯并(a)芘和苯并(b)芘。而化合物中質(zhì)量加權(quán)Burden矩陣最大特征值在化合物神經(jīng)毒性推斷方面可能有比較重要的作用。為了進(jìn)一步驗(yàn)證該結(jié)論,我們選取了兩種已知神經(jīng)毒性,且D564描述符相差較大的數(shù)據(jù)庫外化合物作為參考帶入模型,具體化合物和描述符取值見表5。結(jié)果支持這一推論。本研究模型相較于現(xiàn)有研究中基于SVM算法的周圍神經(jīng)病變預(yù)測模型(訓(xùn)練集、測試集GA均為0.89,未見AUC指標(biāo))[41],具有更好的模型解讀能力,強(qiáng)調(diào)了質(zhì)量加權(quán)Burden矩陣最大特征值在化合物神經(jīng)毒性預(yù)測中的作用。未來研究中我們將進(jìn)一步增加數(shù)據(jù)庫中化合物數(shù)量,突破單一模型限制,構(gòu)建集成模型以提高化合物神經(jīng)毒性預(yù)測準(zhǔn)確性和普適性,有望用于指導(dǎo)高風(fēng)險(xiǎn)化合物的毒性測試篩選策略的制定。

    表5 錯(cuò)誤分類化合物及庫外參考化合物描述符取值Table 5 Misclassified compounds and values of off-library reference compound descriptors

    3 結(jié)論

    3.1 本研究收集整理了具有影響神經(jīng)分化成熟、神經(jīng)元遷移/空間定向、突觸形成/可塑性、神經(jīng)遞質(zhì)、神經(jīng)營養(yǎng)功能、神經(jīng)免疫系統(tǒng)、神經(jīng)內(nèi)分泌、離子穩(wěn)態(tài)干擾等誘發(fā)神經(jīng)毒性機(jī)制的食品污染物57種,無神經(jīng)毒性污染物50種共107種食品污染物,運(yùn)用5種機(jī)器學(xué)習(xí)算法,建立了食品化學(xué)污染物神經(jīng)毒性預(yù)測模型。

    3.2 運(yùn)用R和SPSS軟件對778個(gè)計(jì)算變量進(jìn)行了篩選,最終確定將5個(gè)分子描述符納入模型,即D015可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)比例、D142 Balaban均方頂點(diǎn)距離指數(shù)、D152碳-sp3的平均原子極化率、D175 Wiener最大路徑指數(shù)和D564質(zhì)量加權(quán)Burden矩陣最大特征。

    3.3 5種機(jī)器學(xué)習(xí)算法中,基于隨機(jī)森林算法建立的分類模型具有最好的預(yù)測效果,外部驗(yàn)證中訓(xùn)練集靈敏度91.49%、特異度100.00%,總準(zhǔn)確性95.51%,測試集靈敏度80.00%、特異度87.50%,總準(zhǔn)確性83.33%,曲線下面積分別達(dá)0.99和0.85。內(nèi)部驗(yàn)證中模型魯棒性達(dá)70.24%。模型預(yù)測結(jié)果中共有7種化合物不能被正確分類,造成這一結(jié)果的原因可能是活性懸崖或骨架躍遷現(xiàn)象的存在。在五種分子描述符中,質(zhì)量加權(quán)Burden矩陣最大特征值對預(yù)警化合物高風(fēng)險(xiǎn)結(jié)構(gòu)特征貢獻(xiàn)最佳。

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