陳永,陳艷娟,劉冬舟
1 暨南大學(xué)第二臨床醫(yī)學(xué)院(深圳市人民醫(yī)院) 廣州廣東 518000
2 暨南大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院 廣州廣東 510632
類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一種以關(guān)節(jié)滑膜炎癥為病理機(jī)制的自身免疫病,其突出病理特點(diǎn)是滑膜增生并侵蝕關(guān)節(jié)軟骨和骨質(zhì),最終導(dǎo)致關(guān)節(jié)破壞畸形[1]。在發(fā)達(dá)國家RA患病率為0.5%~1%,中國大陸地區(qū)發(fā)病率為0.42%。每年新發(fā)病RA人數(shù)為每5~50人/10萬人[2]。在RA患者人群中有一組特殊的人群,即老年RA患者。老年的RA患者包括60歲以后發(fā)病的患者和年輕時(shí)候發(fā)病但是超過60歲的老年人群[3]。由于人口的老齡化以及老年發(fā)病率增加,老年的RA患病人群在逐年升高[4]。相對(duì)于年輕發(fā)病的RA患者,老年發(fā)病的RA患者具有發(fā)病急、常伴系統(tǒng)損害、功能預(yù)后差等特點(diǎn)[5]。另外由于合并癥增多,老年RA患者常需要多種藥物治療各種合并癥,這使得復(fù)雜的RA治療方案難以優(yōu)化,并且由于肝和腎功能不全而增加藥物相互作用、不良事件和禁忌癥的可能性[6]。因此常規(guī)的RA達(dá)標(biāo)治療對(duì)于老年患者藥物副作用風(fēng)險(xiǎn)面臨挑戰(zhàn)。臨床對(duì)老年RA的治療常常未能達(dá)標(biāo)[7-8]。
中醫(yī)藥控制RA的相關(guān)研究也非常豐富。但是在臨床實(shí)踐中,單純以中藥控制RA常難以達(dá)到讓患者滿意的效果。但中醫(yī)藥是基于整體觀,在對(duì)患者整個(gè)機(jī)體康復(fù)中凸顯特色[9-10],尤其是在與西藥聯(lián)用時(shí),起到減毒增效的作用。顯然中藥在中西醫(yī)結(jié)合治療老年性RA患者有一定的優(yōu)勢(shì)。前期在研究白塞病的治療方劑中,發(fā)現(xiàn)出自《傷寒雜病論》的甘草瀉心湯可用于消化系統(tǒng)、神經(jīng)系統(tǒng)、免疫系統(tǒng)、內(nèi)分泌系統(tǒng)、婦科等疾病[11-12]。體現(xiàn)異病同治的效應(yīng)。在臨床實(shí)踐中,為了降低毒性、使藥性更加溫和,作者結(jié)合中醫(yī)藥理論知識(shí)及國內(nèi)外文獻(xiàn)研究結(jié)果,對(duì)甘草瀉心湯進(jìn)行了改良,使其更適合老年性RA,并將改良后的藥方命名為甘草養(yǎng)陰湯(Gancao Nurish-Yin decoction,GCNY)。改良后的配方成分包括:甘草、人參、干姜、蒲公英、羅漢果、玉竹、大棗等7種中藥成分(專利申請(qǐng)?zhí)枺?01910843519.9)通過研究顯示對(duì)RA有效。本研究擬運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)挖掘GCNY作用于老年RA的靶點(diǎn)并研究其作用的信號(hào)通路,為進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)研究提供一定的理論依據(jù)。
使用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫及分析平臺(tái)(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)[13]中檢索窗口依次輸入中藥名稱:甘草、人參、大棗、玉竹、羅漢果、干姜,搜索的得到對(duì)應(yīng)的有效化學(xué)成分(Mol ID),設(shè)置篩選條件:口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%、類藥物特性(Drug-like properties,DL)≥0.18。然后在該平臺(tái)檢索各種化學(xué)成分作用的靶點(diǎn)蛋白。利用疾病靶點(diǎn)標(biāo)準(zhǔn)化Uniprot數(shù)據(jù)庫[14],分別檢索上述得到藥物潛在靶點(diǎn)蛋白名稱,種屬設(shè)置為“Homo sapiens”,獲取其靶點(diǎn)的標(biāo)準(zhǔn)基因名。其中,TCMSP數(shù)據(jù)庫未檢索到蒲公英的有效作用成分,遂通過中藥綜合資源數(shù)據(jù)庫(The Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine,ETCM)[15]共查得蒲公英的基因靶點(diǎn)25個(gè)。
將GCNY7種中藥對(duì)應(yīng)的有效成分與作用靶點(diǎn)基因?qū)隒ytoscape 3.7.1 軟件中,利用軟件功能構(gòu)建藥物-成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)作用圖,在網(wǎng)絡(luò)圖中單味中藥種類、有效活性成分和靶點(diǎn)基因用不同形狀或者顏色的節(jié)點(diǎn)表示。
在GeneCards數(shù)據(jù)庫中檢索與“衰老(Aging)”及“類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(rheumatoid arthritis)”相關(guān)的靶點(diǎn)基因,分別獲得26060個(gè)、4465個(gè),將這些疾病靶點(diǎn)基因輸入計(jì)算機(jī)R語言中,剔除重復(fù)基因名稱,選擇相關(guān)相關(guān)系數(shù)(“Relevance.score”)大于10的相關(guān)基因,最終獲得216個(gè)衰老相關(guān)的基因和393個(gè)RA相關(guān)基因。
為了進(jìn)一步探究GCNY與衰老及RA的相互作用關(guān)系,在計(jì)算機(jī)R語言中使VennDiagram包將GCNY靶點(diǎn)基因和衰老或RA相關(guān)基因作交集,即獲得衰老與RA或者三者的共同靶點(diǎn)基因,并繪制韋恩圖。并對(duì)獲得的交集基因使用R軟件中ClusterProfile包中的enrichGO函數(shù)對(duì)差異基因進(jìn)行GO功能富集分析和enrich KEGG函數(shù)進(jìn)行信號(hào)通路富集分析[17]。
將上述的得到GCNY作用于衰老和RA的交集基因上傳至STRING數(shù)據(jù)平臺(tái)[18],選擇“multiple proteins”模式,蛋白種屬設(shè)為“Home sapiens”,建立藥物靶蛋白-疾病靶蛋白(PPI)相互作用網(wǎng)絡(luò),網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建采用默認(rèn)參數(shù),下載PPI網(wǎng)絡(luò)圖的數(shù)據(jù)矩陣,并將其輸入Cytoscape 3.7.1 軟件,繪制GCNY作用于衰老和RA交集靶點(diǎn)的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖。
GCNY除蒲公英以外共含有有效成分130個(gè),包括蒲公英整個(gè)配方成分共涉及靶點(diǎn)277個(gè)。將基因靶點(diǎn)上傳至 Cytoscape 3.7.1 軟件構(gòu)建藥物-成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖(圖1)。其中,甘草有效作用成分包括Inermine、Mairin、甘草酚、Jaranol、苜蓿素等88個(gè);作用靶點(diǎn)基因20個(gè),如PIK3、PGR、KDR、NOS2、HTR2A等。大棗有效成分28個(gè)如千金藤堿、香豆素、豆甾醇等;作用靶點(diǎn)基因202個(gè),如DRD1、HSP90、CYP3A4、AR、PDE10A等。人參有效作用成分17個(gè),如β-谷甾醇、山奈酚、人參皂苷rh2等;作用基因靶 點(diǎn)231個(gè);如:TNF、IL1B、F10、GSTM1、PRKACA等。羅漢果有效作用成分6個(gè),如鄰苯二甲酸2-乙基己酯、黑麥草堿等;作用靶點(diǎn)基因23個(gè),如PTGS1、RXRA等。干姜有效作用成分5個(gè),包括3,4,5,7-四羥基-8-甲氧基黃酮、谷甾醇等;作用基因靶點(diǎn)22個(gè),CDK2等。玉竹有效作用成分6個(gè),如4’,5,7-三羥基-6-甲基-8-甲氧基-高異黃酮、正香豆酰酪胺等;作用靶點(diǎn)基因20個(gè),MAOB、CALM、NOS2等。在TCMSP中未檢索到蒲公英有效成分,通過TCMIP數(shù)據(jù)庫,查得蒲公英作用靶點(diǎn)基因25個(gè),包括LSS、VDR、ESR1等。多種成分共可共同調(diào)節(jié)一些相同的靶點(diǎn)基因。如配方的7種成分均可作用于PGR、NCOA2;除蒲公英外,其余6種成分均可作用于PTGS1、SCN5A、PTGS2、HSP90AA1、PRKACA、NOS2、NR3C2、PDE3A、AR等靶點(diǎn),見圖1。
圖1 GCNY藥物-成分-靶點(diǎn)相互作用網(wǎng)絡(luò)圖
通過數(shù)據(jù)庫共獲得到RA發(fā)病相關(guān)基因393個(gè)、衰老相關(guān)基因216個(gè)、RA合并衰老共同基因61個(gè),包 括TP53、IGF1、MMP1、MMP9、PTGS2、NOS2、STAT3等(圖2)。主要參與的信號(hào)通路包括:糖尿病并發(fā)癥中的年齡-RAGE信號(hào)通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)、類 風(fēng) 濕關(guān)節(jié)炎(rheumatoid arthritis)、癌癥中的蛋白多糖(proteoglycans in cancer)、脂質(zhì)和動(dòng)脈硬化(lipid and atherosclerosis)、IL-17信號(hào)通路等通路,見圖2,圖3。
圖2 RA與衰老的共同基因靶點(diǎn)及KEGG富集相關(guān)通路
圖3 RA與衰老的共同基因靶點(diǎn)參與的前20個(gè)信號(hào)通路
在RA與衰老的共同參與基因中,可被GCNY作用的基因靶點(diǎn)共26個(gè),包括:VEGFA、MMP9、CCL2、TNF、ALB、IL6、IL1B、MMP2、TP53、IL10、TGFB1、STAT3、CXCL8、PTGS2、NOS2、ESR1、MMP1、ICAM1、IFNG、MAPK1、IL2、COL1A1、IL1A、MPO、CRP、CAT等(圖4A,B)。
圖4 GCNY潛在作用于RA合并衰老的共同基因靶點(diǎn)
GCNY潛在作用于RA、衰老及RA合并衰老的共同基因靶點(diǎn);(B)GCNY潛在作用于RA合并衰老的共同基因靶點(diǎn)的蛋白相互作用PPI網(wǎng)絡(luò)圖。
通過GO富集通路分析,GCNY潛在作用于RA合并衰老的共同基因靶點(diǎn)作用于生物學(xué)過程的通路包括對(duì)氧化應(yīng)激的反應(yīng)(response to oxidative stress)、對(duì) 細(xì) 菌 來 源 的 分 子 的 反 應(yīng)(resopnse to molecule of bacterial origin)、對(duì) 脂 多 糖 的 反 應(yīng)(response to lipopolysaccharide)、活性氧代謝過程的調(diào) 節(jié)(regulation of reactive oxygen species metabolic process);作用于細(xì)胞成分的載體腔(veicle lumen)、分泌顆粒腔(secretory granule lumen)、血小板α顆粒腔(platelet alpha granule lumen);分子功能方面包括:四吡咯結(jié)合(tetrapyrrole binding)、受體配體活性(receptor ligand activity)、過氧化物酶活性(peroxidase activity),見圖5。
圖5 GCNY潛在作用于RA合并衰老的共同基因靶點(diǎn)的GO通路富集分析
RA是最常見的全身性和慢性自身免疫性疾?。╝utoimmune diseases,AID)之一。 除了骨和關(guān)節(jié)軟骨是最易受損害外,其他器官也可能受累并導(dǎo)致多種表現(xiàn),如貧血、骨質(zhì)疏松、感染、皮膚或肺損傷[19]。隨著慢性炎癥被證明是導(dǎo)致衰老和年齡相關(guān)疾病發(fā)病的機(jī)制之一,炎癥相關(guān)性衰老引起重視[20]。來自臨床觀察的證據(jù)表明患有AID的患者,如RA、系統(tǒng)性紅斑狼瘡 、強(qiáng)直性脊柱病、白塞氏病都表現(xiàn)出對(duì)老年相關(guān)疾?。╝ge-related disease,ARDs) 的易感性,尤其是心血管疾病 、糖尿病等[21-22]。對(duì)于這一現(xiàn)象的解釋是炎癥性衰老(inflammation),即炎癥及炎癥影響了代謝相關(guān)生物學(xué)過程,進(jìn)而調(diào)控衰老進(jìn)展[23]。在本研究中,TP53、IGF1、MMP1、MMP9、PTGS2、NOS2、STAT3等61個(gè)基因靶點(diǎn)參與RA發(fā)病的基因,也被發(fā)現(xiàn)是同時(shí)參與衰老的相關(guān)基因。
在抑制炎癥方面,GCNY配方相關(guān)的7種植物成分及其單體成分研究比較豐富。如研究顯示:甘草查耳酮(Licochalcone A、B、和D)顯著抑制LPS誘導(dǎo)的NF-κB轉(zhuǎn)錄激活,Licochalcone B和D顯著降低LPS誘導(dǎo)的NO,TNF-α和MCP-1的產(chǎn)生[24];從甘草根中提取的一種天然黃酮類脂蛋白Liquiritin,能顯著抑制IL-1β誘導(dǎo)的RA-FLS的增殖、促進(jìn)核DNA片段化、并改變線粒體膜電位以加速細(xì)胞凋亡、Liquiritin通過下調(diào)Bcl-2/Bax的比例,并抑制VEGF的表達(dá)以及JNK和P38的磷酸化,顯示改善了RA炎癥浸潤和血管生成的臨床評(píng)分、并在體內(nèi)誘導(dǎo)了滑膜組織的細(xì)胞凋亡[25]。大量研究證明了人參和人參皂甙的抗炎特性,它們對(duì)RA發(fā)病機(jī)理的改善作用。如化合物K(compound K,CK)通過抑制Janus激酶(JAK)和細(xì)胞外信號(hào)調(diào)節(jié)激酶(ERK)信號(hào)傳導(dǎo)途徑,顯著降低了RA成纖維樣滑膜細(xì)胞MMP-1和MMP-3的產(chǎn)生;人參皂甙Rb1(G-Rb1)顯著抑制了干擾素-γ誘導(dǎo)的人RA患者外周血單個(gè)核細(xì)胞、軟骨細(xì)胞和成纖維樣滑膜細(xì)胞中TNF-α的表達(dá)[26]。從中草藥蒲公英中分離出來的一種生物活性五環(huán)三萜類化合物之一的蒲公英醇(taraxasterol,TAR)顯著抑制CIA小鼠中IL-1β誘導(dǎo)的促炎性細(xì)胞因子表達(dá),包括腫瘤壞死因子-α(TNF-α)、IL-6和IL-8、以及基質(zhì)金屬蛋白酶(MMP)的產(chǎn)生[27]。同樣,在體內(nèi)和體外實(shí)驗(yàn)中大量研究證實(shí)GCNY配伍中的其它植物成分,如羅漢果、玉竹、大棗和干姜所含有的成分同時(shí)具有抑制炎癥反應(yīng)的作用和抗衰老的作用。
通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)挖掘,GCNY作用于RA和衰老的共同靶點(diǎn)基因26個(gè),其中細(xì)胞因子通路、細(xì)胞因子受體、趨化因子受體和抗氧化通路等是重要的靶基因富集通路。當(dāng)然GCNY的功效和潛在機(jī)理是網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)不能完全詮釋的。如GCNY中,甘草益氣補(bǔ)中,清熱解毒為君藥;人參補(bǔ)氣、生津,玉竹養(yǎng)陰潤燥,協(xié)調(diào)甘草作用,并消除其水鈉潴留的副作用,為臣藥。蒲公英、羅漢果清熱解毒,干姜溫中散寒,回陽通脈,屬于佐藥;大棗養(yǎng)血安神、緩和藥性為使藥。整個(gè)配方陰陽調(diào)和、滋陰為主,陰中求陽;對(duì)機(jī)體的陰陽失調(diào)形成了“緩沖液”一樣的作用。而這些是無法通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)進(jìn)行論證的。中西醫(yī)結(jié)合治療老年類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎是體現(xiàn)中醫(yī)優(yōu)勢(shì)、提高患者療效的可靠途徑,我們將進(jìn)一步通過基礎(chǔ)及臨床研究對(duì)GCNY作用機(jī)制及療效評(píng)價(jià)進(jìn)行研究開發(fā)。