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    研究人員開發(fā)出可快速計算藥物與靶點結(jié)合能力的方法

    2021-12-02 06:50:49溫玉琴
    廣東藥科大學(xué)學(xué)報 2021年2期
    關(guān)鍵詞:靶點計算機(jī)狀態(tài)

    藥物只有與靶點蛋白結(jié)合才能發(fā)揮作用,評估這種結(jié)合能力是藥物發(fā)現(xiàn)和篩選過程中的重要環(huán)節(jié)。該能力由結(jié)合自由能來衡量,結(jié)合自由能越小,結(jié)合能力越大。當(dāng)前結(jié)合自由能的計算方法主要分成兩類,一類是精確值計算法,這類方法依靠廣泛的分子動力學(xué)模擬,原則上得出的結(jié)果數(shù)值可與實驗測量結(jié)果相媲美,計算過程中需要對2 個最終狀態(tài)(綁定狀態(tài)和未綁定狀態(tài))以及橋接它們中間狀態(tài)進(jìn)行模擬,因而需要耗費大量的時間和計算機(jī)資源。此外,中間狀態(tài)的定義的構(gòu)建也不容易。第二類是近似值計算法,這類方法只需考慮最終狀態(tài),雖然計算效率更高,但由于引入了用于估計熵貢獻(xiàn)的近似值,因此準(zhǔn)確性較低。

    近日,一項由美國麻省理工學(xué)院(MIT)參與的項目開發(fā)出一種可以通過精確、快速計算結(jié)合自由能從而評估候選藥物與其靶點間的結(jié)合能力的機(jī)器學(xué)習(xí)算法——DeepBAR。DeepBAR 中的“BAR”代表Bennett 接受率(Bennett acceptance ratio,BAR),該方法屬于精確計算束縛自由能的方法之一。研究人員通過在被稱為深度生成模型(deep generate models)的機(jī)器學(xué)習(xí)框架中引入BAR,從而削減耗時的中間狀態(tài),并借鑒計算機(jī)視覺領(lǐng)域的經(jīng)驗,大大縮短產(chǎn)生精確結(jié)果的時間。在一項對小蛋白類分子的測試中,DeepBAR 計算結(jié)合自由能的速度比此前的方法快近50 倍。該方法有望提高藥物篩選的速度。

    研究的相關(guān)結(jié)果于2021年3月18日發(fā)表在《The Journal of Physical Chemistry Letters》期刊上。

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