134例新型冠狀病毒肺炎患者的細(xì)菌檢測結(jié)果分析*

楊陽，張靜，吳秋月，王長軍，賈雷立，夏欣一，4，王文兵

(1.江蘇大學(xué)醫(yī)學(xué)院，江蘇鎮(zhèn)江212000；2.東部戰(zhàn)區(qū)總醫(yī)院全軍檢驗醫(yī)學(xué)研究所，南京210000；3.解放軍疾病預(yù)防控制中心，北京100071；4.火神山醫(yī)院檢驗科，武漢430000)

新型冠狀病毒感染后繼發(fā)細(xì)菌感染是一個重要的死亡危險因素。據(jù)統(tǒng)計國內(nèi)外多家醫(yī)院的合并感染情況的綜述報道，62/806(8%)新型冠狀病毒肺炎患者在住院期間發(fā)生細(xì)菌/真菌共感染[1]。同時有研究報道，136例新型冠狀病毒肺炎患者中有44例患者(32.4%)診斷為繼發(fā)細(xì)菌性肺炎[2]。本研究旨在比較細(xì)菌檢出陽性組和陰性組的臨床特征差異，統(tǒng)計新型冠狀病毒肺炎患者中疑似細(xì)菌感染者的菌群組成情況，為臨床抗菌藥物的使用包括經(jīng)驗性治療提供指導(dǎo)。

1 資料與方法

1.1一般資料 選取2020年2月11日至2020年4月9日入住武漢火神山醫(yī)院134例新型冠狀病毒肺炎患者，所有患者均按照國家衛(wèi)生健康委員會發(fā)布的新型冠狀病毒肺炎診斷和治療指南(第3版—第7版)中的診斷標(biāo)準(zhǔn)收治，并經(jīng)實時熒光定量PCR檢測病毒核酸確認(rèn)。其中，包括51例普通型患者，65例重型患者，18例危重型患者。

1.2主要試劑與儀器 3D全自動血培養(yǎng)儀、Vitek 2 Compact全自動微生物鑒定及藥敏分析系統(tǒng)和配套試劑(生物梅里埃公司)，呼吸道病原菌核酸檢測試劑盒(批號20180901)、Rtisochip-A恒溫擴(kuò)增微流控芯片核酸分析儀(博奧晶典公司)。

1.3標(biāo)本采集 在抗菌藥物使用前或停藥1周后進(jìn)行標(biāo)本采集。(1)痰液標(biāo)本：經(jīng)清水漱口后自呼吸道深部用力咳出的第一口痰，對于無法自行咳痰的患者可采用誘導(dǎo)法或吸出法，留取量要求大于1 mL，置于帶蓋的無菌容器中2 h內(nèi)送檢，不能及時送檢的標(biāo)本置2～8 ℃保存不超過72 h。涂片鏡檢觀察痰液標(biāo)本質(zhì)量，痰標(biāo)本中鱗狀上皮細(xì)胞<10個/低倍視野、白細(xì)胞>25個/低倍視野為合格標(biāo)本。(2)全血標(biāo)本：采集后注入?yún)捬?需氧血培養(yǎng)瓶內(nèi)，立即送檢。(3)咽拭子：用無菌棉拭子越過舌根擦拭咽后壁或腭弓兩側(cè)，取出后插入無菌試管，2 h內(nèi)送檢。(4)肺泡灌洗液：通過纖維支氣管鏡采集，留取3 mL以上的標(biāo)本，2 h內(nèi)送檢。(5)肺組織標(biāo)本：用外科手術(shù)方法取適量標(biāo)本，2 h內(nèi)送檢。

1.4方法 采用2種微生物檢測方法，包括傳統(tǒng)的細(xì)菌培養(yǎng)法和恒溫擴(kuò)增芯片法，其中細(xì)菌培養(yǎng)法29例，基因芯片法104例，細(xì)菌培養(yǎng)法加基因芯片法1例。

1.4.1細(xì)菌培養(yǎng) 檢測標(biāo)本類型包括痰液、全血。痰標(biāo)本接種于血瓊脂平板、巧克力瓊脂平板、麥康凱瓊脂平板，置于5%CO2、35 ℃培養(yǎng)24 h，若無病菌生長，應(yīng)繼續(xù)培養(yǎng)24 h。厭氧/需氧血培養(yǎng)瓶置于3D全自動血培養(yǎng)儀進(jìn)行培養(yǎng)，陽性報警瓶卸載后需進(jìn)行涂片染色與轉(zhuǎn)種。在培養(yǎng)后的細(xì)菌平板中挑取單菌落制備為0.5麥?zhǔn)蠞舛葐挝坏木鷳乙海褂肰itek 2 Compact全自動微生物鑒定與藥敏分析儀及配套試劑進(jìn)行鑒定與藥敏分析。

1.4.2恒溫擴(kuò)增芯片法 檢測標(biāo)本類型包括咽拭子、痰液、灌洗液及肺組織。采用恒溫擴(kuò)增技術(shù)對病原菌特異性靶基因進(jìn)行擴(kuò)增，1.5～2.5 h內(nèi)完成對呼吸道常見13種病原菌(肺炎鏈球菌、耐甲氧西林葡萄球菌、大腸埃希菌、金黃色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、肺炎支原體、肺炎衣原體、流感嗜血桿菌、銅綠假單胞菌、鮑曼不動桿菌、嗜麥芽窄食單胞菌、結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群、嗜肺軍團(tuán)菌)的檢測。按試劑盒說明書進(jìn)行操作及結(jié)果判讀。

2 結(jié)果

2.1患者臨床基本資料 134例確診患者中，細(xì)菌檢測陽性者20例，陰性者114例。細(xì)菌檢測陽性組男9例，女11例；陰性組的男、女各57例。兩組患者的年齡差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。細(xì)菌檢測陽性組的危重癥患者比例和接受機(jī)械通氣治療的比例高于陰性組，且平均住院天數(shù)較長(P>0.05)。細(xì)菌檢測陽性組患者入住ICU的比例高于陰性組患者(P<0.05)，且陽性組的死亡率達(dá)15.0%，也顯著高于陰性組患者(P<0.05)。見表1。

表1 細(xì)菌檢測陽性者與陰性者的臨床基礎(chǔ)資料

2.2菌群組成、標(biāo)本類型 20例細(xì)菌檢測陽性患者中，16例患者均檢測到1種細(xì)菌，包括4例耐甲氧西林葡萄球菌、4例流感嗜血桿菌、3例肺炎克雷伯菌、2例鮑曼不動桿菌、2例嗜麥芽窄食單胞菌及1例金黃色葡萄球菌。4例患者檢測到2種細(xì)菌，包括2例肺炎克雷伯菌和鮑曼不動桿菌、1例肺炎克雷伯菌和大腸埃希菌、1例耐甲氧西林葡萄球菌和大腸埃希菌。以上20例檢出者的標(biāo)本類型與檢測方法見表2。

表2 菌群組成、標(biāo)本類型及檢測方法

3 討論

目前研究表明，新型冠狀病毒肺炎合并細(xì)菌感染的發(fā)生率各有差異，統(tǒng)計結(jié)果不同主要由于各研究納入的普通型、重型、危重型患者比例有所差別。危重癥患者繼發(fā)細(xì)菌感染比例可達(dá)到普通型患者繼發(fā)細(xì)菌感染比例的3倍之多[3]，且發(fā)生繼發(fā)性細(xì)菌感染患者的死亡率遠(yuǎn)高于非危重癥患者[4]。本研究結(jié)果表明，約15%的患者存在疑似細(xì)菌感染，疑似細(xì)菌感染者的ICU入住率和病死率顯著高于非細(xì)菌感染者。總之，新型冠狀病毒肺炎合并疑似細(xì)菌感染的發(fā)生率多數(shù)集中在10%～20%，低于以往的中東呼吸綜合征冠狀病毒、非典型肺炎病毒等合并細(xì)菌感染的發(fā)生率[5-6]。

在菌群分布方面，新型冠狀病毒肺炎合并疑似細(xì)菌感染位列前三位的菌種依次是肺炎克雷伯菌、耐甲氧西林葡萄球菌及流感嗜血桿菌，與非典型肺炎病毒相比，耐甲氧西林葡萄球菌的感染率有所上升[7]。盡管臨床抗菌藥物治療在新型冠狀病毒肺炎患者中較為廣泛，但危重患者中疑似細(xì)菌感染的發(fā)生率及死亡率仍高居不下。一方面，非抗菌藥物相關(guān)危險因素，包括患者基礎(chǔ)疾病情況、糖皮質(zhì)激素治療、有創(chuàng)機(jī)械通氣、留置血管導(dǎo)管、入住重癥醫(yī)學(xué)科等，均為引起繼發(fā)性細(xì)菌感染的危險因素。因此，對有上述危險因素的患者應(yīng)格外注意動態(tài)監(jiān)測和接觸保護(hù)，對疑似細(xì)菌感染者應(yīng)結(jié)合臨床癥狀與實驗室指標(biāo)(包括降鈣素原水平)進(jìn)行綜合分析[8]。另一方面，抗菌藥物相關(guān)危險因素，包括使用碳青霉烯類、頭孢菌素類、喹諾酮類、糖肽類抗菌藥物，聯(lián)合使用β-內(nèi)酰胺類抗菌藥物與β-內(nèi)酰胺酶抑制劑，住院之前的抗菌藥物暴露，使用抗菌藥物的種類及時間等。第六版診療方案明確提出避免盲目或不恰當(dāng)使用抗菌藥物，尤其是聯(lián)合使用廣譜抗菌藥物。除此之外，還應(yīng)考慮抗菌藥物副作用與患者基礎(chǔ)疾病之間的關(guān)系，例如大環(huán)內(nèi)酯類、四環(huán)素類和喹諾酮類中的一些藥物可以延長心臟QT間期，對患有心臟疾病的患者可能會增加其死亡風(fēng)險，因此，抗菌藥物的治療效果與潛在風(fēng)險必須仔細(xì)權(quán)衡。

本研究納入的樣本總量有限，標(biāo)本多數(shù)為咽拭子，這可能低估或高估了新型冠狀病毒肺炎患者中疑似細(xì)菌感染的發(fā)生率，后續(xù)仍需多中心大樣本研究予以驗證。細(xì)菌培養(yǎng)法和基因芯片法的檢出結(jié)果只能說明樣本中存在相應(yīng)細(xì)菌，該菌是否為真正致病菌首先需要結(jié)合患者的臨床指標(biāo)和臨床表現(xiàn)進(jìn)行綜合判斷，如白細(xì)胞計數(shù)、中性粒細(xì)胞計數(shù)、C反應(yīng)蛋白及發(fā)熱類型等，而病毒感染與細(xì)菌感染在這幾項指標(biāo)上均有不同甚至相反的表現(xiàn)，大大增加了確診細(xì)菌感染的難度。其次，要結(jié)合標(biāo)本類型及菌種類型進(jìn)行判斷，如咽拭子和痰液標(biāo)本中常見的正常定植菌有甲型鏈球菌、卡他球菌、表皮葡萄球菌、乳桿菌等，若檢出肺炎鏈球菌、肺炎克雷伯菌、流感嗜血桿菌、金黃色葡萄球菌、大腸埃希菌等條件性致病菌且患者有細(xì)菌感染的癥狀，則可進(jìn)行經(jīng)驗性抗菌藥物治療；而無菌部位如血液、灌洗液、肺組織中若檢出細(xì)菌則可考慮為致病菌。繼續(xù)監(jiān)測細(xì)菌檢出率及菌群分布變化將為臨床抗菌藥物的使用提供理論依據(jù)，對于提升危重癥患者的臨床救治率及進(jìn)一步降低死亡率具有重要意義。