應(yīng)用Illumina MiSeq測序技術(shù)比較傳統(tǒng)發(fā)酵乳、肉食品中細(xì)菌多樣性

杜 瑞，王柏輝，羅玉龍，王 宇，田建軍，沙如拉，靳 燁*

（1 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 呼和浩特010018 2 內(nèi)蒙古烏拉特中旗畜牧工作站 內(nèi)蒙古巴彥淖爾015300）

我國內(nèi)蒙古地區(qū)草原資源豐富，畜牧養(yǎng)殖業(yè)歷史悠久，形成了這一地區(qū)豐富的乳、肉發(fā)酵制品，并擁有大量的益生菌資源。傳統(tǒng)發(fā)酵乳制品是以品質(zhì)較好的牛乳、羊乳及馬乳為原料，經(jīng)過乳酸菌、雙歧桿菌和酵母菌等發(fā)酵成的一類具有獨特風(fēng)味，并可以調(diào)節(jié)腸道菌群和提高蛋白質(zhì)和維生素代謝作用的一類產(chǎn)品，代表產(chǎn)品有酸奶、奶豆腐及干酪[1-4]。發(fā)酵肉制品是以新鮮牛肉、羊肉、馬肉為原料，吊掛于陰涼處，利用微生物或酶的發(fā)酵作用而形成的風(fēng)味獨特的一類肉制品[5]。

在發(fā)酵食品中的微生物包括乳酸菌、微球菌和酵母等，它們在其制品風(fēng)味的形成和安全性方面都發(fā)揮了各自獨特的作用。乳酸菌可分解碳水化合物產(chǎn)生乙酸、雙乙酰，酵母菌可分解產(chǎn)生乙醇等物質(zhì)。受地理環(huán)境、人為因素等影響，不同地區(qū)、同種發(fā)酵食品和同一地區(qū)、不同工藝發(fā)酵食品的品質(zhì)特性存在較大差異，這歸因于不同的微生物群落。張敏等[5]利用16SrDNA 高通量測序技術(shù)分析新疆西北部地區(qū)乳品中的微生物，結(jié)果原奶樣品中的菌群主要以變形菌門（Proteobacteria）為主，其中牛奶的優(yōu)勢菌屬為假單胞菌屬（Pseudomonas），駝奶為埃希菌屬-志賀菌屬（Escherichia-Shigella），馬奶為明串珠菌屬（Leuconostoc），羊奶則為乳球菌屬（Lactococcus）；而酸奶樣品主要以厚壁菌門（Firmicutes）為主，酸牛奶、酸駝奶和酸馬奶的優(yōu)勢菌屬均為乳桿菌屬（Lactobacillus）[6]。通過Illumina 測序發(fā)現(xiàn)天然發(fā)酵香腸及冷鮮灘羊肉中厚壁菌門和變形菌門為優(yōu)勢菌門，鏈球菌屬（Streptococcus）、克呂沃爾氏菌屬（Kluyvera）、弧菌屬（Vibrio）、乳球菌屬（Lactococcus）、明串珠菌屬（Leuconostoc）為發(fā)酵香腸的優(yōu)勢菌屬，假單胞菌屬及不動桿菌屬（Acinetobacter）為羊肉腐敗變質(zhì)的主要優(yōu)勢菌屬[7-8]。

目前，發(fā)酵乳、肉制品中微生物的多樣性研究越來越受到人們的關(guān)注，早期研究僅依賴培養(yǎng)的方法對微生物進行分離鑒定，而高通量測序技術(shù)不僅可以檢測到普通的可培養(yǎng)物種，還能檢測到那些難培養(yǎng)、低豐度以及難以分離的微生物[3]。本研究通過研究傳統(tǒng)發(fā)酵乳、肉制品中微生物群落的組成和結(jié)構(gòu)，深入了解不同傳統(tǒng)發(fā)酵食品中微生物多樣，挖掘我國特色發(fā)酵食品的微生物資源。

1 材料與方法

1.1 材料與試劑

DNA 快速提取試劑盒，德國Qiagen 公司；PCR 擴增的全套試劑及擴增引物，日本TaKaRa公司；5×TBE 電泳緩沖液（Tris 堿54g，Na2EDTA-2H2O 3.72 g，硼酸27.5 g，定容1 000 mL，pH 8.0）；1%瓊脂糖凝膠（1.0 g 瓊脂糖溶于100 mL 0.5×TBE 電泳緩沖液），天津基準(zhǔn)化學(xué)試劑公司；保護液，日本TaKaRa 公司。

1.2 儀器與設(shè)備

紫外-可見分光光度計（TU-1810），北京普析通用儀器有限責(zé)任公司；凝膠成像系統(tǒng)，美國Biorad；穩(wěn)壓穩(wěn)流電泳儀（BG-power 3500 型），北京百晶生物技術(shù)有限公司；核酸蛋白分析儀（Nano-Drop2000），美國Thermo Fisher Scientific 公司；Veriti96 Well Thermal Cycler PCR 儀，美國Applied Biosystems 公司；高速臺式冷凍型離心機（SIGMA3-18K），德國Sartorius 公司；旋渦振蕩器（UVS-1），北京優(yōu)晟聯(lián)合科技有限公司。

1.3 方法

1.3.1 樣品采集 本試驗樣品隨機采自內(nèi)蒙古阿拉善牧區(qū)的不同牧民家庭，包括自然發(fā)酵香腸（Sausage）、風(fēng)干牛肉（Beef_jerky）、風(fēng)干羊肉（Mutton_jerky）、餅狀奶酪（Cheese1）、棒狀奶酪（Cheese2）以及奶豆腐（Mike_cake）等6 種傳統(tǒng)發(fā)酵制品。具體采樣過程：用無菌采樣勺采集20 g樣品，裝入無菌、無酶離心管后立即加入15 mL 保護液，密閉后低溫運回實驗室，于-80 ℃保存，用于后續(xù)試驗分析。

1.3.2 樣品總DNA 提取和檢測 準(zhǔn)確稱取混勻的樣品0.3 g，依照DNA 快速提取試劑盒說明書提取樣品中細(xì)菌宏基因組DNA，之后用1%瓊脂糖凝膠電泳和微量紫外分光光度計檢測DNA 完整度、純度及濃度，保證其滿足后續(xù)試驗要求。將DNA 樣品暫存于-20 ℃冰箱保存，備用。

1.3.3 細(xì)菌16S rDNA 序列擴增和MiSeq 測序?qū)⒓兓腄NA 作為模板，以515F（5’-GTGCCAGCMGCCGC GG-3’）和926R（5’-CCGTCAATTCMTTTGAGTTT-3’）為引物，對細(xì)菌的16S rDNA V3～V4 可變區(qū)進行PCR 擴增。擴增體系（20 μL）：4 μL 5×TaqFastfu Buffer，2 μL 2.5 mmol/L dNTPs，0.4 μL 引物，0.5 μL DNA 模板（50 ng），用ddH2O 補至20 μL。擴增程序為：95 ℃預(yù)變性3 min，27 個循環(huán)（95 ℃變性30 s，55 ℃退火30 s，72 ℃延伸30 s），最后72 ℃延伸10 min。將Illumina 平臺測序所需接頭、引物、標(biāo)簽序列添加到目的片段兩端。全部PCR 產(chǎn)物采用AxyPrepDNA 凝膠回收試劑盒回收，用PCR 儀進行熒光定量，均一化混勻后完成文庫構(gòu)建，在Illumina MiSeq 平臺上完成測序。

1.4 數(shù)據(jù)處理

使用QIIME 分析平臺開展序列的生物信息學(xué)分析[9-10]。用PyNAST 校準(zhǔn)排齊序列[11]，以100%相似性進行UCLUST 歸并，從而建立無重復(fù)的926R→515F 序列集。采用兩步UCLUST 歸并，在100%相似性歸并的基礎(chǔ)上進行97%相似性的歸并，建立分類操作單元（Operational Taxonomic Units，OTUs）。通過Chimera Slayer 檢測去除屬于嵌合體的OTU。將OTU 代表性序列通過RDP[12]和Greengenes（Release13.8）數(shù)據(jù)庫進行同源性比對，整合兩個數(shù)據(jù)庫的比對結(jié)果，確定每個OTU 最終的分類學(xué)地位。通過Alpha 多樣性分析反映樣品菌群構(gòu)成的豐度和多樣性。同時使用稀疏曲線（rarefaction curve）和香農(nóng)指數(shù)曲線（Shannon index map）評估每個樣本測序的多樣性以及在不同的OTUs 劃分水平下的多樣性，以評價測序量是否能夠代表原始群落的多樣性。對樣品進行的PCoA 分析并基于16S rRNA 基因擴增子測序結(jié)果，對微生物基因進行16S 功能預(yù)測分析[13]。采用Origin 8.0 和Excel 2010 軟件作圖。

2 結(jié)果與分析

2.1 基因序列質(zhì)量評估

通過細(xì)菌的16S rDNA 基因V4～V5 區(qū)測序，6 種發(fā)酵食品共產(chǎn)生194 568 條有效序列，其中3種發(fā)酵肉制品共得到94 158 條高質(zhì)量序列，3 種發(fā)酵乳制品總共得到100 410 條高質(zhì)量序列（見表1）。將高質(zhì)量的序列在相似度98%的水平上歸類，發(fā)現(xiàn)6 份樣品可在種屬水平上分類，共聚成237 個OTU。其中，發(fā)酵肉制品中共143 個OTU，發(fā)酵乳制品中共94 個OTU。為了評估此次測序深度是否達(dá)到分析要求，繪制樣品細(xì)菌稀疏曲線（Rarefaction Curves）和香農(nóng)曲線（Shannon index），如圖1 和圖2所示。在當(dāng)前的測序量下，每個樣品的細(xì)菌稀疏曲線都接近平臺期。與此同時，每個樣品的細(xì)菌香農(nóng)曲線多樣性曲線已飽和，表明測序量增加新的種系型可能被發(fā)現(xiàn)，然而細(xì)菌多樣性不再隨之發(fā)生變化，說明現(xiàn)有測序量可反映樣品中絕大多數(shù)的細(xì)菌物種信息。本研究測序量滿足后續(xù)生物信息學(xué)分析要求。

2.2 傳統(tǒng)發(fā)酵制品菌群多樣性分析

由表1所示，所有樣品的覆蓋率均大于99%，說明樣品文庫的覆蓋率很大，可反映本測序結(jié)果代表樣本的真實情況。在發(fā)酵制品中，Shannon 指數(shù)大，Simpson 指數(shù)小，表明樣本菌群多樣性指數(shù)高[14]。發(fā)酵肉制品平均Shannon 和Simpson 指數(shù)分別為3.0 和0.2，發(fā)酵乳制品平均Shannon 和Simpson 指數(shù)分別1.6 和0.4。試驗中發(fā)酵肉制品與發(fā)酵乳制品相比，Shannon 指數(shù)大，Simpson 指數(shù)小。通過Chao1 指數(shù)對樣品中微生物的豐富度進行評估，Chao1 指數(shù)越大樣品中菌群豐富度越高。發(fā)酵肉制品中Chao1 指數(shù)平均值為157，發(fā)酵乳制品為109。由此可知，肉制品中細(xì)菌多樣性和豐富度均高于發(fā)酵乳制品。

圖1 稀疏曲線Fig.1 Rarefaction curves

圖2 香農(nóng)指數(shù)圖Fig.2 Shannon index

表1 不同樣品的代表性序列及微生物多樣性Table 1 Representative sequences and numbers sequenced by different samples

2.3 樣品菌群主成分分析

基于樣本OTU，采用PCA 主成分分析乳、肉樣品中的群落結(jié)構(gòu)差異。如圖3所示，第1 主成分（PC1）和第2 主成分（PC2）的貢獻(xiàn)率分別為74.43%和15.45%，可代表絕大部分的變量信息。通過菌群主成分分析，乳制品和肉制品的菌落能夠被明顯區(qū)分，因其制作原料和工藝不同，故乳、肉制品的微生物菌落也呈現(xiàn)一定的聚類趨勢，說明二者有一定的同源性。

2.4 發(fā)酵制品菌群結(jié)構(gòu)分析

2.4.1 菌群門水平分布 采用SILVER 數(shù)據(jù)庫同源性序列比對并結(jié)合聚類的方法對序列進行鑒定，在發(fā)酵食品中鑒共定出14 個門。如圖4所示，發(fā)酵乳制品中共有5 個菌門含量高于1.0%，含量最多的細(xì)菌門為厚壁菌門，其次為變形菌門，這與Aldrete-tapia 等[15]的研究結(jié)果一致。奶豆腐和餅狀奶酪中厚壁菌門（95.48%）比例明顯大于變形菌門（3.84%），而在棒狀奶酪中相差不大。此外，在發(fā)酵食品中還檢測到棲熱菌門（Deinococcus-Thermus）、藍(lán)藻菌門（Cyanobacteria）、擬桿菌門（Bacteroidetes），所占比例較低。

圖3 細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的主坐標(biāo)分析Fig.3 Principal co-ordinates analysis of bacterial community

如圖5所示，在發(fā)酵肉制品中發(fā)現(xiàn)門水平上菌群相對豐度高于1.0%的微生物共有8 個，其中厚壁菌門和變形菌門含量占到測序總數(shù)80%左右，是主要的優(yōu)勢菌；而棲熱菌門（Deinococcus-Thermus）、藍(lán)藻菌門、擬桿菌門、螺旋菌門（Spirochaetae）、互養(yǎng)菌門（Synergistetes）、放線菌門（Actinobacteria）所占比例較低，這與郭明亮[16]研究結(jié)果一致。風(fēng)干牛肉中厚壁菌門（66.15%）為優(yōu)勢細(xì)菌門，變形菌門（21.53%）為次優(yōu)勢細(xì)菌門，而風(fēng)干羊肉厚壁菌門（22.92%，變形菌門（57.67%）與之相反，發(fā)酵香腸中厚壁菌門（36.40%）和變形菌門（44.26%）差距不大。對比風(fēng)干牛肉、風(fēng)干羊肉和發(fā)酵香腸中菌群種類，發(fā)現(xiàn)不同肉類產(chǎn)品，其菌群結(jié)構(gòu)和相對豐度有較大差異，而菌群結(jié)構(gòu)的不同可能會引起發(fā)酵肉中醇類、酯類和酸類等揮發(fā)性香氣成分的差異[17]。風(fēng)干羊肉中細(xì)菌的豐度和多樣性高于風(fēng)干牛肉，說明在風(fēng)干羊肉中更易篩選出優(yōu)良菌種。

圖4 門水平上發(fā)酵乳制品中菌群含量（%）Fig.4 Bacteria abundance in fermented dairy products（%）at phylum level

圖5 門水平上發(fā)酵肉制品中菌群含量（%）Fig.5 Bacteria abundance in fermented meat products at phylum level（%）

2.4.2 菌群屬水平分布 經(jīng)序列比對，在傳統(tǒng)發(fā)酵食品中共鑒定出81 個屬。如圖6所示，發(fā)酵乳制品中有15 個菌屬含量高于1.0%，以乳桿菌屬（Lactobacillus）、鏈球菌屬（Streptococcus）、不動桿菌屬（Acinetobacter）等細(xì)菌菌屬為主，其中乳桿菌屬為發(fā)酵乳制品優(yōu)勢菌屬。乳酸菌將干酪中殘留的乳糖轉(zhuǎn)化為乳酸，在一定程度上抑制酸敏感性致病菌和腐敗微生物的生長，并能提高凝乳酶的凝乳性，可用作發(fā)酵乳的菌種[18]。在餅狀奶酪中含有較高的鏈球菌屬（30.71%），其中棒狀奶酪的乳球菌屬（33.79%）、醋桿菌屬（Acetobacter，1.70%）和葡糖桿菌屬（Gluconobacter，0.28%）總豐度較低，原因可能是棒狀奶酪在發(fā)酵過程時產(chǎn)酸，凝乳過程較緩慢。棒狀奶酪中不動桿菌屬（9.53%）、棲熱菌屬（5.93%）、鏈球菌屬（7.91%）豐度高，這與干酪制作工藝中耐高溫且產(chǎn)品黏度較高有關(guān)[19]。棲熱菌是耐高溫細(xì)菌，干酪加工溫度達(dá)50℃時才能生長，推測該菌屬可作為工業(yè)微生物資源應(yīng)用于高溫條件下乳糖的發(fā)酵或干酪加工。而不動桿菌屬可以通過產(chǎn)生果聚糖（莢膜多糖）來提高牛奶黏度。Gennari 等[20]發(fā)現(xiàn)不動桿菌屬存在于凝乳和軟奶酪表面。

如圖7所示，發(fā)酵肉制品在屬水平上主要以乳桿菌屬、假單胞菌屬、不動桿菌屬、鏈球菌屬、明串珠菌屬（Leuconostoc）、肉食桿菌屬（Carnobacterium）、密螺旋體（Treponema）為主，這與郭明亮[16]的研究結(jié)果基本一致。發(fā)酵肉制品中菌群含量高于1.0%（選出有代表性的菌屬）的共有21 個菌屬，其中假單胞菌屬為優(yōu)勢菌屬，乳桿菌屬為次優(yōu)勢細(xì)菌屬，乳桿菌屬在風(fēng)干牛肉中所占比例較大（58.52%），在肉制品發(fā)酵過程中占絕對優(yōu)勢。乳酸菌能利用肉中碳水化合物產(chǎn)生乳酸及少量乙酸、甲酸、琥珀酸等，不僅能抑制病原菌和腐敗菌的生長，還可賦予肉制品獨特的風(fēng)味。Ercolini 等[21]發(fā)現(xiàn)在好氧條件下假單胞菌屬對肉制品腐敗起主要作用。由圖7 可知，發(fā)酵香腸中的肉桿菌屬（Carnobacterium，7.94%）和葡萄球菌屬（Staphylococcus，6.47%）的含量明顯高于風(fēng)干肉。Quijada等[22]利用高通量測序技術(shù)研究了干發(fā)酵香腸中的微生物群落，乳桿菌屬可占65.1%～92.0%；Fontana等[23]利用高通量測序技術(shù)研究了駱駝肉發(fā)酵香腸中的乳酸菌群落，發(fā)現(xiàn)優(yōu)勢菌是乳桿菌屬、明串珠菌屬和假單胞菌屬等，和本結(jié)果較為一致。

2.4.3 菌群種水平分布 經(jīng)序列比對法，在傳統(tǒng)發(fā)酵食品中共鑒定出33 個種。如表2 和表3所示，因未檢測到的菌群含量高達(dá)80%，故在發(fā)酵乳制品和發(fā)酵肉制品中分別列出豐度排名前6 的菌種。如表2所示，發(fā)酵乳制品中豐度排名前6 的菌種含量均高于0.3%，棒狀干酪中有較高數(shù)量的清酒乳桿菌（Lactobacillus sakei）和棲熱菌（uncultured Thermus sp），餅狀干酪中菌群結(jié)構(gòu)與棒狀干酪相似，較棒狀干酪中菌種整體數(shù)量低。奶豆腐中清酒乳桿菌、棲熱菌屬和食竇魏斯氏菌（Weissella cibaria）含量較少。棒狀和餅狀干酪中含少量的棉子糖乳球菌（Lactococcus raffinolactis）。

圖6 屬水平上發(fā)酵乳制品中菌群含量（%）Fig.6 Bacteria abundance in fermented dairy products at genus level（%）

發(fā)酵肉制品中豐度排名前6 的菌種含量均高于3.0%，包括清酒乳桿菌、棲熱菌屬等。清酒乳桿菌在風(fēng)干牛肉中的含量最高（55.43%）。發(fā)酵香腸中未分類的細(xì)菌高于風(fēng)干肉，表明發(fā)酵香腸中發(fā)現(xiàn)新的菌種的可能性高。

2.5 16S 功能預(yù)測分析

COG 豐度越高，微生物代謝功能越強。通過COG 功能分類統(tǒng)計（表4）可知，傳統(tǒng)發(fā)酵食品中的微生物代謝功能非常豐富，主要的功能有氨基酸轉(zhuǎn)運與代謝、碳水化合物轉(zhuǎn)運與代謝、核苷酸轉(zhuǎn)運與代謝、能量生產(chǎn)與轉(zhuǎn)換等。

圖7 屬水平上發(fā)酵肉制品中菌群含量（%）Fig7 Bacteria abundance in fermented meat products at genus level（%）

表2 種水平上發(fā)酵乳制品中菌群含量（%）Table 2 Bacteria abundance in fermented dairy products at species level（%）

表3 基于種水平上發(fā)酵肉制品中菌群含量（%）Table 3 Bacteria abundancein fermented meat products at species level（%）

表4 基于COG 功能分類統(tǒng)計Table 4 Classified statistics based on COG Function

3 討論

通過高通量測序技術(shù)全面比較分析內(nèi)蒙古不同發(fā)酵食品中細(xì)菌群體結(jié)構(gòu)及多樣性，在兩類發(fā)酵食品中，發(fā)酵肉制品具有較高的多樣性。分析發(fā)酵乳制品的OTU 值發(fā)現(xiàn)，不同的發(fā)酵乳制品中細(xì)菌多樣性和豐度的相差不大，這與張冬蕾[24]的研究結(jié)果一致。

本研究發(fā)現(xiàn)在門水平，發(fā)酵乳制品中的優(yōu)勢菌群為厚壁菌門和變形菌門，餅狀干酪、奶豆腐與棒狀干酪的細(xì)菌結(jié)構(gòu)有差異，這可能是環(huán)境因素，如溫度和濕度不同使得奶酪在發(fā)酵過程中菌落結(jié)構(gòu)改變，進而改變了奶酪的風(fēng)味[25]。在發(fā)酵肉制品中，厚壁菌門和變形菌門比例不同，這說明肉的種類影響菌群的比例。米瑞芳等[17]通過高通量測序技術(shù)發(fā)現(xiàn)4 種傳統(tǒng)發(fā)酵酸肉的細(xì)菌群落中，厚壁菌門占絕對優(yōu)勢，占總細(xì)菌群落的83.73%～98.92%，其次為變形菌門和放線菌門。Wang 等[26]研究干腌腸與煙熏腸的菌群，厚壁菌門和變形菌門為優(yōu)勢菌門，其次是擬桿菌門和放線菌門，這與本試驗結(jié)果一致。

在屬水平上，乳桿菌屬為發(fā)酵乳制品的優(yōu)勢菌屬。Shangpliang 等[27]發(fā)現(xiàn)醋桿菌屬、葡糖桿菌屬是自然發(fā)酵乳制品中主要的產(chǎn)酸菌。在發(fā)酵肉制品中有近20%的菌種不能鑒定到屬水平，而發(fā)酵乳制品中不能鑒定菌種相對較少，說明在發(fā)酵肉制品中還有發(fā)現(xiàn)新的菌屬的可能性。假單胞菌屬為發(fā)酵肉制品優(yōu)勢菌屬，乳桿菌屬為次優(yōu)勢細(xì)菌屬。Wang 等[26]研究干腌香腸發(fā)現(xiàn)，葡萄球菌屬是干腌香腸的優(yōu)勢菌屬，食竇魏斯氏菌為次優(yōu)勢菌屬，與本試驗結(jié)果不一致，原因可能是制作工藝不同影響菌群的構(gòu)成。在試驗中發(fā)酵香腸的肉桿菌屬和葡萄球菌屬的含量明顯高于風(fēng)干肉，肉桿菌屬有生物保護劑的用途，它能產(chǎn)生抑制李斯特菌（Listeria monocytogenes）生長的細(xì)菌素[28]；而葡萄球菌屬與微球菌屬（Micrococcus）都具有硝酸鹽還原酶活性，使肉制品在發(fā)酵過程中呈鮮艷的紅色，起到穩(wěn)定肉色的作用[16]。

在種水平上，由于未檢測到的菌群含量較高，所以不能確定乳肉制品優(yōu)勢菌種。在可檢測的菌群中，發(fā)酵食品中清酒乳桿菌為優(yōu)勢菌種。研究表明，清酒乳桿菌普遍存在于風(fēng)干香腸、發(fā)酵香腸等發(fā)酵肉制品中，它不僅能縮短香腸的成熟期，而且能提高了產(chǎn)品的風(fēng)味與質(zhì)量，是肉制品發(fā)酵過程中的主要發(fā)酵微生物[29]。發(fā)酵乳制品中還發(fā)現(xiàn)少量的棉子糖乳球菌，其可發(fā)酵α-半乳糖苷，然而水解酪蛋白能力低，因此未在乳品行業(yè)廣泛應(yīng)用[30-33]。

通過16s 預(yù)測功能分析發(fā)現(xiàn)，傳統(tǒng)發(fā)酵食品中絕大部分細(xì)菌與轉(zhuǎn)運代謝功能有關(guān)。破壞正常菌群的結(jié)構(gòu)可能對這些代謝通路產(chǎn)生阻礙。在菌群中還有一大部分功能未知，可能與傳統(tǒng)發(fā)酵食品中特定的生物學(xué)特性有關(guān)，如蛋白修飾等功能，這是未來的一個研究方向。

4 結(jié)論

通過Illumina 高通量測序技術(shù)，在傳統(tǒng)發(fā)酵食品中得到大量的高質(zhì)量的細(xì)菌16S rDNA 基因序列，具有豐富的細(xì)菌多樣性，其中厚壁菌門是干酪發(fā)酵過程中的優(yōu)勢菌門，乳桿菌屬為優(yōu)勢菌屬。厚壁菌門和變形菌門是發(fā)酵肉制品的優(yōu)勢菌門，假單胞菌屬為優(yōu)勢菌屬，乳桿菌屬為次優(yōu)勢菌屬。在種水平上，由于未檢測到的菌群含量較高，因此不能確定乳肉制品優(yōu)勢菌種。清酒乳桿菌是發(fā)酵乳肉制品中可監(jiān)測到的菌群含量最高的。通過16s預(yù)測功能分析，發(fā)現(xiàn)傳統(tǒng)發(fā)酵食品中的絕大部分細(xì)菌與轉(zhuǎn)運代謝功能有關(guān)。由此說明在內(nèi)蒙古特色發(fā)酵食品中蘊含著豐富的微生物資源，且同一地區(qū)不同發(fā)酵產(chǎn)品中微生物的多樣性及菌落結(jié)構(gòu)也不同。本研究成果為傳統(tǒng)發(fā)酵食品細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)研究和篩選優(yōu)良菌種提供一定參考價值。