生物信息學(xué)分析長鏈非編碼RNA在結(jié)腸癌中的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

韓澤平 李艷 黎毓光 呂鈺冰 何思華 何金花

結(jié)腸癌是全球常見的消化道惡性腫瘤之一，其發(fā)病率居常見惡性腫瘤的第3位，病死率也為癌癥死亡的第3位[1]，嚴(yán)重威脅人類的生命和健康。由于早期結(jié)腸癌患者臨床癥狀較隱匿，多數(shù)結(jié)腸癌患者被發(fā)現(xiàn)時(shí)已至中晚期。目前，手術(shù)切除仍是治療結(jié)腸癌的首選方法，但術(shù)后高復(fù)發(fā)率、高轉(zhuǎn)移率和5年低生存率等難題一直未有效解決，結(jié)腸癌患者的預(yù)后仍然很差[2]，因此尋找新的診斷和治療方法尤為重要。近年發(fā)現(xiàn)，一些長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，lncRNA）可作為結(jié)腸癌診斷、預(yù)后的生物標(biāo)志物，廣泛影響結(jié)腸癌細(xì)胞增殖、侵襲、凋亡、轉(zhuǎn)移和耐藥能力[3]。lncRNA是一類轉(zhuǎn)錄本長度＞200 nt的非編碼 RNA（non-coding RNA，ncRNA），其中絕大多數(shù)不具有或僅具有有限的蛋白質(zhì)編碼能力，但是它們能對mRNA轉(zhuǎn)錄后加工，包括5憶加帽、剪接和聚腺苷酸化，參與機(jī)體生理及病理過程[4]。

生物信息學(xué)是在生命科學(xué)的研究中，以計(jì)算機(jī)為工具對生物信息進(jìn)行儲存、檢索和分析的科學(xué)。利用生物信息學(xué)方法可預(yù)測lncRNA在結(jié)腸癌發(fā)生、發(fā)展中的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，可大大節(jié)省實(shí)驗(yàn)室驗(yàn)證的工作量。本研究運(yùn)用生物信息學(xué)方法，從lncRNA出發(fā)探索其與上游轉(zhuǎn)錄因子、下游靶微小 RNA（microRNA，miRNA）及 miRNA 靶基因間的調(diào)控關(guān)系，以更好理解lncRNA在結(jié)腸癌發(fā)生、發(fā)展過程中的作用機(jī)制，并為下一步實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證其分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)機(jī)制提供線索。

1 材料和方法

1.1 材料 本研究所用到的生物學(xué)信息軟件和數(shù)據(jù)庫如下：lncRNA 疾病數(shù)據(jù)庫（http://www.cuilab.cn/lncr原nadisease），治療lncRNA疾病關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)的實(shí)驗(yàn)資源，是一種用于預(yù)測新型lncRNA相關(guān)疾病的綜合工具[5]。Starbase v2.0（http://starbase.sysu.edu.cn/），系統(tǒng)地識別和確立 RNA-RNA、protein-RNA、miRNA-mRNA 和 miR原NA-lncRNA的交互網(wǎng)絡(luò)[6]。人類miRNA疾病數(shù)據(jù)庫（HMDD v3.0，http://www.cuilab.cn/hmdd），集人 miRNA的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證支持和疾病關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)庫[7]。PubMed（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed）；Consite（http://consite.genereg.net/），通過基因結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測的在線數(shù)據(jù)工具，用于查找基因組序列中的順式調(diào)控元件[8]。Long Noncoding RNA Database v2.0（http://www.lncrnadb.org/）；miRBase（http://www.mirbase.org/）；miRwalk2.0（http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/），一個(gè)關(guān)于miRNAs的在線軟件，該數(shù)據(jù)庫包含了關(guān)于人類、小鼠和大鼠等所有已知基因的信息，可用于預(yù)測和驗(yàn)證miRNA的結(jié)合位點(diǎn)[9]。Cytoscape軟件。

1.2 方法

1.2.1 預(yù)測與結(jié)腸癌相關(guān)的lncRNAs 在lncRNA疾病數(shù)據(jù)庫中通過“Browse”進(jìn)入瀏覽界面，在疾病選項(xiàng)欄中選取“colon cancer”作為研究對象，篩選出和結(jié)腸癌相關(guān)的lncRNAs，并挑選出前3個(gè)研究較多的lncRNAs作為下一步的研究對象。

1.2.2 預(yù)測與lncRNAs相關(guān)的miRNAs 運(yùn)用Starba原sev2.0在線軟件可預(yù)測出與lncRNAs相關(guān)的miRNAs。通過“miRNA Target”進(jìn)入“miRNA-lncRNA”調(diào)控網(wǎng)絡(luò)預(yù)測界面，提交目的lncRNA后可獲得預(yù)測相互結(jié)合的miRNAs。

1.2.3 查詢已證實(shí)與結(jié)腸癌相關(guān)的miRNAs 通過HMDD v3.0查詢已證實(shí)的與結(jié)腸癌相關(guān)的miRNAs。

1.2.4 篩選與lncRNAs和結(jié)腸癌相關(guān)的miRNAs 將上述所得出與lncRNAs相關(guān)的miRNAs和已證實(shí)與結(jié)腸癌相關(guān)的miRNAs作交集并篩選出共同的miRNAs。

1.2.5 預(yù)測與lncRNAs相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子 在Consite數(shù)據(jù)庫中預(yù)測出各lncRNA的轉(zhuǎn)錄因子并作交集篩選出它們共同的轉(zhuǎn)錄因子，通過Pubmed查詢轉(zhuǎn)錄因子在結(jié)腸癌中的調(diào)控機(jī)制。

1.2.6 預(yù)測各miRNA的轉(zhuǎn)錄因子 運(yùn)用Consite數(shù)據(jù)庫預(yù)測出各miRNA的轉(zhuǎn)錄因子并進(jìn)行分析研究，篩選出上述miRNAs的共同轉(zhuǎn)錄因子，并通過Pubmed數(shù)據(jù)庫查詢轉(zhuǎn)錄因子與結(jié)腸癌的關(guān)系。

1.2.7 預(yù)測各miRNA的靶mRNA 通過miRwalk v2.0查詢上述miRNAs的靶mRNA，并且進(jìn)行交集后篩選出共同靶基因。并利用Pubmed數(shù)據(jù)庫篩選出與結(jié)腸癌相關(guān)的共同靶基因。

1.2.8 繪制網(wǎng)絡(luò)調(diào)控圖 綜合以上結(jié)果，運(yùn)用Cytoscape軟件繪制出lncRNA在結(jié)腸癌中的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖。

2 結(jié)果

2.1 與結(jié)腸癌相關(guān)的lncRNAs 通過lncRNA疾病數(shù)據(jù)庫查詢得出與結(jié)腸癌相關(guān)的lncRNAs為H19、HO原TAIR、MALAT1、MEG3、GSEC、CYTOR、TUG1、RBM5-AS1、LINC-ROR、UCA1、UPAT、UHRF1、ATB、FER1L4、CCAT1、SNAR、CCAT2等 17個(gè)（表 1）。如表 1所示，該數(shù)據(jù)庫收錄的H19、HOTAIR、MALAT1與結(jié)腸癌的研究相對較多，因此本研究選取H19、HOTAIR和MALAT1作為進(jìn)一步的研究對象。

2.2 與lncRNAs相關(guān)的miRNAs 在Starbase v2.0中預(yù)測得出與H19相關(guān)的miRNAs共39個(gè)，與HOTAIR相關(guān)的miRNAs共30個(gè)，與MALAT1相關(guān)的miRNAs共113個(gè)。其中 H19、HOTAIR、MALAT1 3個(gè)共同的靶miRNAs 為 miR-17、miR-20a、miR-20b、miR-93、miR-106a、miR-106b、miR-519d等7個(gè)miRNAs（圖 1）。

2.3 已證實(shí)的與結(jié)腸癌相關(guān)的miRNAs 經(jīng)HMDDv2.0輸入“colon cancer”查詢得已證實(shí)過的與結(jié)腸癌相關(guān)的miRNAs共90個(gè)（圖 2）。

2.4 與lncRNAs和結(jié)腸癌相關(guān)的miRNAs 將 H19、HOTAIR、MALAT1共同的7個(gè)靶miRNAs與上述所得的已證實(shí)與結(jié)腸癌相關(guān)的90個(gè)miRNAs作交集后篩選得共同靶miRNAs miR-17、miR-20a、miR-106a 和miR-106b等與結(jié)腸癌密切相關(guān)，并將它們納入后續(xù)研究對象（圖3）。

2.5 與lncRNAs相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子 在Consite中分別預(yù)測3個(gè)lncRNAs的轉(zhuǎn)錄因子，進(jìn)而篩選出它們的共同轉(zhuǎn)錄因子；在設(shè)定cut-off為90%的條件下預(yù)測得H19共有12個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，HOTAIR的轉(zhuǎn)錄因子共18個(gè)，MALAT1的轉(zhuǎn)錄因子共31個(gè)；其中 E74A、ARNT、Thing1-E47、Hunchback、Snail為lncRNAs的共同轉(zhuǎn)錄因子（圖 4）。

2.6 與miRNAs相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子 在Consite分別預(yù)測各miRNA的轉(zhuǎn)錄因子，并且篩選出它們的共同轉(zhuǎn)錄因子；在設(shè)定cut-off為70%的條件下預(yù)測得到miR-17的轉(zhuǎn)錄因子共14個(gè)，miR-20a的轉(zhuǎn)錄因子共18個(gè)，miR-106a的轉(zhuǎn)錄因子共15個(gè)，miR-106b的轉(zhuǎn)錄因子共7個(gè)；取交集后 Sox-5、FREAC-4、Sox-17、ARNT、Snail為miRNAs的共同轉(zhuǎn)錄因子（圖5）。

表1 與結(jié)腸癌相關(guān)的lncRNAs

圖1 與lncRNAs相關(guān)的miRNAs

圖2 已證實(shí)的與結(jié)腸癌相關(guān)的部分miRNAs

圖3 與lncRNAs和結(jié)腸癌相關(guān)的miRNAs

圖4 各lncRNA的轉(zhuǎn)錄因子及其共同轉(zhuǎn)錄因子

圖5 各miRNA的轉(zhuǎn)錄因子及其共同轉(zhuǎn)錄因子

2.7 與結(jié)腸癌相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子 通過Pubmed查閱文獻(xiàn)找到已有文獻(xiàn)證實(shí)與結(jié)腸癌相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子，其中已證實(shí)與結(jié)腸癌相關(guān)的lncRNAs轉(zhuǎn)錄因子為ARNT和Snail，miRNAs轉(zhuǎn)錄因子中 ARNT、Snail、Sox-17 參與結(jié)腸癌的發(fā)生和發(fā)展。其中，ARNT和Snail為lncRNAs與miRNAs的共同相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子（圖6）。

圖6 與結(jié)腸癌相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子

2.8 與結(jié)腸癌相關(guān)miRNA的靶mRNA 運(yùn)用miRwalk v2.0經(jīng)Predicted Target Module寅MicroRNA-geneTargets查詢頁面進(jìn)入，分別輸入 miR-17、miR-20a、miR-106a、miR-106b預(yù)測得各miRNA的靶mRNA。其中同時(shí)滿足11個(gè)或以上預(yù)測模塊的條件下預(yù)測得miR-17共42個(gè)靶基因，miR-20a共50個(gè)靶基因，miR-106a共42個(gè)靶基因，miR-106b共36個(gè)靶基因。進(jìn)一步運(yùn)用一致法篩選得到 4個(gè) miRNAs的共同靶基因?yàn)?HLF、SORL1、ZFYVE26、PFN2、PKD2、PKN2、PTPN4、RBL2、WEE1、FZD3、RGL1、MKRN1、C7orf43、NTN4、ZFP91等15個(gè)靶基因（見表2）。經(jīng)Pubmed數(shù)據(jù)庫查詢，篩選得PKD2、PKN2、WEE1、ZFP91等4個(gè)靶基因與結(jié)腸癌相關(guān)。

表2 與結(jié)腸癌相關(guān)的miRNA的靶基因

2.9 繪制miRNA在結(jié)腸癌中的分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖 根據(jù)上述結(jié)果，在lncRNA這一環(huán)，通過數(shù)據(jù)庫預(yù)測并篩選得到H19、HOTAIR、MALAT1等3個(gè)與結(jié)腸癌相關(guān)的lncRNAs，進(jìn)一步分別預(yù)測出它們的下游miRNAs并且用一致法篩選得到共同的miRNAs有miR-17、miR-20a、miR-20b、miR-93、miR-106a、miR-106b、miR-519d 等 7個(gè)。同樣運(yùn)用數(shù)據(jù)庫查詢得到90個(gè)與結(jié)腸癌相關(guān)的miRNAs。與上述 H19、HOTAIR、MALAT1 等 lncRNAs相關(guān)的 miRNAs 取交集得 miR-17、miR-20a、miR-106a、miR-106b等4個(gè)與結(jié)腸癌密切相關(guān)的miRNAs。同時(shí)，在轉(zhuǎn)錄因子水平預(yù)測出3個(gè)lncRNAs共同的轉(zhuǎn)錄因子為 E74A、ARNT、Thing1-E47、Hunchback、Snail 5 個(gè)。此外，預(yù)測出4個(gè)miRNAs的共同轉(zhuǎn)錄因子為Sox-5、FREAC-4、Sox-17、ARNT、Snail 5 個(gè)，在 Pubmed 中查閱有文獻(xiàn)證明與結(jié)腸癌相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子有ARNT、Sox-17、Snail，并且ARNT和Snail同時(shí)與lncRNAs 和miRNAs相關(guān)。最后預(yù)測得 miR-17、miR-20a、miR-106a、miR-106b分別可共同調(diào)控HLF、SORL1、ZFYVE26、PFN2、PKD2、PKN2、PTPN4、RBL2、WEE1、FZD3、RGL1、MKRN1、C7orf43、NTN4、ZFP91等15個(gè)靶基因，其中PKD2、PKN2、WEE1、ZFP91 可找到相關(guān)文獻(xiàn)證實(shí)與結(jié)腸癌有關(guān)。綜合以上，構(gòu)建出miRNA在結(jié)腸癌中的分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖（圖苑）。

圖7 miRNA在結(jié)腸癌中的分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖

3 討論

生物信息學(xué)是一門新興的學(xué)科，通過綜合數(shù)學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)與工程、生物學(xué)的工具與技術(shù)研究生物信息的采集、處理、存儲、分析和解釋各種信息的生物學(xué)意義，并予以管理和利用的一門科學(xué)，其目標(biāo)是發(fā)展和利用先進(jìn)的計(jì)算技術(shù)解決生物學(xué)難題[10]。生物信息學(xué)依靠計(jì)算機(jī)工具和互聯(lián)網(wǎng)技術(shù)開發(fā)出各種用于基因研究的數(shù)據(jù)庫，通過分析、處理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)可預(yù)測及篩選出研究者想要的信息，加快了研究進(jìn)度，縮短了科研時(shí)間；利用實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析所得的結(jié)論可設(shè)計(jì)下一階段的實(shí)驗(yàn)，并可用計(jì)算機(jī)管理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)并預(yù)測新基因及其結(jié)構(gòu)和功能，從而一步步破解復(fù)雜的生物信息，為各種疾病的診斷、治療提供更明確的方向。

本研究運(yùn)用生物信息學(xué)分析lncRNA在結(jié)腸癌發(fā)生、發(fā)展中的分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。利用lncRNA疾病數(shù)據(jù)庫查詢得與結(jié)腸癌相關(guān)的lncRNAs有17個(gè)（見表1），并且選取H19、HOTAIR、MALAT1等前3個(gè)與結(jié)腸癌相關(guān)性最高的lncRNAs為研究對象。研究報(bào)道，lncRNA H19在結(jié)腸癌組織中表達(dá)上調(diào)，并通過MAPK信號通路促進(jìn)結(jié)腸癌細(xì)胞的遷移和侵襲[11]；Luo等[12]從80個(gè)結(jié)腸癌組織和腫瘤鄰近正常結(jié)腸組織中檢測HOTAIR的表達(dá)發(fā)現(xiàn)HOTAIR在結(jié)腸癌組織中的表達(dá)顯著高于匹配的腫瘤相鄰正常結(jié)腸組織，在淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病例中的表達(dá)明顯高于無轉(zhuǎn)移病例，在低分化和未分化病例中高于中度分化病例，HOTAIR在結(jié)腸癌可能扮演癌基因角色。MALAT1是結(jié)腸癌中的一個(gè)致癌基因，可通過上調(diào)H3K27三甲基化和抑制GSK-3蛋白表達(dá)進(jìn)而抑制茁-catenin降解，促進(jìn)結(jié)腸癌的生長[13]。

lncRNA可通過競爭性結(jié)合miRNA，抑制miRNA表達(dá)及其對下游靶基因的負(fù)向調(diào)控作用[14]。本研究進(jìn)一步在 Starbase v2.0中預(yù)測得 H19、HOTAIR、MALAT1 3個(gè)共同的 miRNA 為 miR-17、miR-20a、miR-20b、miR-93、miR-106a、miR-106b、miR-519d等 7個(gè)。HMDD v2.0數(shù)據(jù)庫查詢得出與結(jié)腸癌相關(guān)的miRNAs共90個(gè)，進(jìn)一步將H19、HOTAIR、MALAT1共同的7個(gè)靶miRNAs與上述已證實(shí)與結(jié)腸癌相關(guān)的90個(gè)miRNAs作交集后篩選出共同的 miRNAs，分別為 miR-17、miR-20a、miR-106a和miR-106b。通過Pubmed文獻(xiàn)分析，miR-17在結(jié)腸癌早期表達(dá)顯著上調(diào)[15-16]并且在結(jié)腸癌晚期通過抑制其下游基因PTEN的表達(dá)而促進(jìn)了結(jié)腸癌細(xì)胞的增殖和侵襲[17]。miR-20a在結(jié)腸癌中表達(dá)上調(diào)，它通過負(fù)調(diào)控結(jié)腸間質(zhì)成纖維細(xì)胞中其靶CXCL8 mRNA的表達(dá)抑制腫瘤細(xì)胞生長[16，18]。miR-106a結(jié)腸癌中處于高表達(dá)狀態(tài)[16，19]，并且有研究證明其與PTEN存在靶向調(diào)控關(guān)系，在結(jié)腸癌組織中起著致癌作用[19]。miR-106b表達(dá)增強(qiáng)，負(fù)向調(diào)控其靶DLC1并誘導(dǎo)結(jié)腸癌細(xì)胞的遷移和侵襲，為結(jié)腸癌患者的獨(dú)立預(yù)后因素[20]。

眾所周知，轉(zhuǎn)錄因子是參與目的基因表達(dá)的重要調(diào)控因子。筆者圍繞轉(zhuǎn)錄因子與lncRNAs和miRNAs的靶向調(diào)控關(guān)系在Consite中分別預(yù)測各lncRNAs與miRNAs的轉(zhuǎn)錄因子并得到lncRNAs共同的轉(zhuǎn)錄因子為 E74A、ARNT、Thing1-E47、Hunchback、Snail等 5 個(gè)，miRNAs共同的轉(zhuǎn)錄因子為 Sox-5、FREAC-4、Sox-17、ARNT、Snail等5個(gè)。取交集后，在Pubmed中查閱文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn)已證實(shí)與結(jié)腸癌相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子為Sox-17、ARNT、Snail。Sox-17在結(jié)腸癌中通過Wnt信號通路發(fā)揮腫瘤抑制作用，在腫瘤早期階段被Wnt激活誘導(dǎo)，在惡性進(jìn)展過程中被甲基化下調(diào)[21]。ARNT在腫瘤早期通過誘導(dǎo)參與腫瘤生長和血管生成的基因廣泛參與腫瘤的生長，但在腫瘤的侵襲和轉(zhuǎn)移過程中起著負(fù)向作用，這說明ARNT在腫瘤不同時(shí)期的靶向治療中有不同的提示作用[22]，但尚未找到研究ARNT與結(jié)腸癌調(diào)控關(guān)系的資料。有關(guān)文獻(xiàn)表明，Snail在結(jié)腸癌中表達(dá)上調(diào)，參與結(jié)腸癌的病程進(jìn)展，與其晚期淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、預(yù)后不良有關(guān)[23-24]。

通過miRwalk v2.0在線軟件預(yù)測得出與結(jié)腸癌密切相關(guān)的miRNAs的共同靶mRNAs有 HLF、SORL1、ZFYVE26、PFN2、PKD2、PKN2、PTPN4、RBL2、WEE1、FZD3、RGL1、MKRN1、C7orf43、NTN4、ZFP91 等 15 個(gè)。有研究表明，PKD2是PKD在結(jié)腸癌中表達(dá)最豐富的亞型，其通過表達(dá)上調(diào)在腫瘤細(xì)胞的生長和增殖中起著積極作用[25]。PKN2在結(jié)腸癌中表達(dá)降低，其在正常結(jié)腸組織中表達(dá)高于息肉、腺瘤和轉(zhuǎn)移性腺癌，并且在腫瘤中較高的表達(dá)傾向提示預(yù)后良好，PKN2在結(jié)腸癌中起著腫瘤抑制作用[26]。WEE1是一種癌基因，它在結(jié)腸癌中的表達(dá)上調(diào)與惡性程度高、預(yù)后差有關(guān)，通過抑制WEE1可以有明顯的抗腫瘤作用，并且提示W(wǎng)EE1可能是P53突變型結(jié)腸癌有效的治療靶點(diǎn)[27-28]。ZFP91在結(jié)腸癌中表達(dá)顯著上調(diào)，并且通過正向調(diào)控HIF-1琢促進(jìn)腫瘤細(xì)胞的血管生成、增殖和轉(zhuǎn)移[29]。然而未找到HLF、SORL1、ZFYVE26、PFN2、PTPN4、RBL2、FZD3、RGL1、MKRN1、C7orf43、NTN4等與結(jié)腸癌的相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道。

綜上所述，本研究構(gòu)建出了結(jié)腸癌相關(guān)的lncRNAs分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。通過這個(gè)相對系統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)，我們可知在結(jié)腸癌中 H19、HOTAIR、MALAT1、miR-17、miR-20a、miR-106a、miR-106b、Snail、PKD2、WEE1、ZFP91 等 表達(dá)上調(diào)，促進(jìn)了結(jié)腸癌細(xì)胞的生長和增殖，Sox-17、PKN2表達(dá)下調(diào)并且起著抑制作用，而ARNT在腫瘤生長期表達(dá)上調(diào)并起促進(jìn)作用，在腫瘤轉(zhuǎn)移和侵襲期表達(dá)下調(diào)并有著抑制功能。基于此調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，進(jìn)一步的研究方向中能更有針對性地尋找治療方法來降低H19、HOTAIR、MALAT1、miR-17、miR-20a、miR-106a、miR-106b、Snail、PKD2、WEE1、ZFP91 和腫瘤細(xì)胞生長期的ARNT的表達(dá)水平，以及提高Sox-17、PKN2、轉(zhuǎn)移和侵襲期的ARNT的表達(dá)以達(dá)到有效治療結(jié)腸癌的目的。

生物信息學(xué)分析技術(shù)始終運(yùn)用于整個(gè)分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建過程中，雖然所得到的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)僅僅是從理論層面上推導(dǎo)而來，其可行性尚還需要進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)加以證明，但為下一步的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證指明了方向。生物信息學(xué)分析與實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的結(jié)合為我們更準(zhǔn)確高效地研究結(jié)腸癌提供了更多的依據(jù)和可能。