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    基于分子對(duì)接和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)預(yù)測(cè)銀翹解毒合劑防治新型冠狀病毒肺炎的可行性△

    2020-06-10 08:51:58許洪波劉妍如周瑞于金高楊寧娟王梅黃峰宋忠興唐志書(shū)
    中國(guó)現(xiàn)代中藥 2020年4期
    關(guān)鍵詞:銀翹合劑皂苷

    許洪波,劉妍如,周瑞,于金高,楊寧娟,王梅,黃峰,宋忠興,唐志書(shū)*

    1.陜西中醫(yī)藥大學(xué) 陜西省中藥資源產(chǎn)業(yè)化省部共建協(xié)同創(chuàng)新中心/ 秦藥特色資源研究開(kāi)發(fā)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室(培育)/陜西省創(chuàng)新藥物研究中心,陜西 咸陽(yáng) 712083;2.陜西中醫(yī)藥大學(xué) 附屬醫(yī)院 國(guó)家中醫(yī)臨床研究基地,陜西 咸陽(yáng) 712000;3.陜西中醫(yī)藥大學(xué) 制藥廠 陜西省博士后創(chuàng)新基地,陜西 咸陽(yáng) 712083

    2019年末至今,一場(chǎng)由新型冠狀病毒(2019-nCoV或SARS-CoV-2)引起的新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)肆虐全球,目前全世界已有數(shù)萬(wàn)人被2019-nCoV感染。該病毒是迄今第7種可感染人類的冠狀病毒,其引發(fā)的重癥病例和病死率較高[1-3]。目前為止還沒(méi)有針對(duì)2019-nCoV的特效藥;因此,根據(jù)冠狀病毒結(jié)構(gòu)及其致病機(jī)理尋找高效、低毒、靶向的藥物,是目前中國(guó)和國(guó)際醫(yī)藥界的當(dāng)務(wù)之急。

    中醫(yī)的整體觀念與辨證論治特點(diǎn)在歷次新突發(fā)傳染病的防治中均發(fā)揮了獨(dú)特作用[4-6]。從中醫(yī)的角度分析,此次COVID-19可歸于溫病范疇,因其傳染性較強(qiáng),又屬溫疫[7]。在數(shù)千年中華文明史上,中醫(yī)藥學(xué)對(duì)于瘟疫診治已積累了豐富的臨床經(jīng)驗(yàn),形成了衛(wèi)氣營(yíng)血辨證、三焦辨證以及六經(jīng)辨證等多種辨證論治理論體系[7]。中醫(yī)治療的優(yōu)勢(shì)是即使不明確病原體,仍然可以在辨證論治理論的指導(dǎo)下,根據(jù)許多既定的證候類型,參照傳統(tǒng)的理法方藥進(jìn)行治療?;谥嗅t(yī)藥在新突發(fā)傳染病防治中的獨(dú)特作用,國(guó)家衛(wèi)生健康委將中醫(yī)治療納入《新型冠狀病毒肺炎診療方案》,并提出了該病的中醫(yī)病因、病機(jī)和治則。經(jīng)過(guò)近1個(gè)月的臨床實(shí)踐證明,中醫(yī)藥對(duì)治療此次COVID-19確實(shí)有療效[5]。

    分子對(duì)接技術(shù)是一種重要的計(jì)算機(jī)輔助藥物分子設(shè)計(jì)手段,它通過(guò)化學(xué)計(jì)量學(xué)方法研究蛋白質(zhì)受體和藥物分子之間空間、能量和化學(xué)環(huán)境匹配情況,可闡明和預(yù)測(cè)藥物的作用效果和機(jī)制[9]。近年來(lái),分子對(duì)接技術(shù)已成為中藥研究領(lǐng)域的一項(xiàng)常用技術(shù)[10-11],特別是對(duì)中藥藥效物質(zhì)基礎(chǔ)的高效、快速篩選研究有重要意義。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)整合了系統(tǒng)生物學(xué)、多向藥理學(xué)(polypharmacology)、計(jì)算生物學(xué)和網(wǎng)絡(luò)分析等學(xué)科,從整體角度探索中藥與疾病間的關(guān)聯(lián)性,契合于中藥多成分-多靶點(diǎn)的作用關(guān)系,與中藥從整體水平調(diào)控機(jī)體并發(fā)揮治療作用的觀點(diǎn)相吻合,從而提供了一種從系統(tǒng)水平探尋中藥及其復(fù)方潛在活性成分的新策略[3]。

    本研究運(yùn)用分子對(duì)接和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)研究銀翹解毒合劑防治病毒性肺炎可能的物質(zhì)基礎(chǔ)和起效路徑,為銀翹解毒合劑用于COVID-19的防治提供參考。

    1 方法

    1.1 銀翹解毒合劑所含化學(xué)成分收集

    使用計(jì)算系統(tǒng)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室平臺(tái)(TCMSP,http://tcmspw.com/)、Collective Molecular Activities of Useful Plants(CMAUP,http://bidd2.nus.edu.sg/CMAUP/)及PubChem數(shù)據(jù)庫(kù),分別收集金銀花、連翹、桔梗、荊芥、薄荷、牛蒡子、淡豆豉、淡竹葉和甘草中已報(bào)道的化學(xué)成分。

    1.2 分子對(duì)接

    以銀翹解毒合劑中的成分為配體,以血管緊張素轉(zhuǎn)換酶Ⅱ(ACE2)蛋白為受體,進(jìn)行分子對(duì)接虛擬篩選,對(duì)接主要通過(guò)Discovery Studio (DS)軟件完成。

    1.2.1對(duì)接受體的準(zhǔn)備 本研究蛋白靶點(diǎn)ACE2 的晶體結(jié)構(gòu)獲取自RCSD蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù) (PDB:2ajf),并按照以下步驟對(duì)蛋白晶體進(jìn)行預(yù)處理:1)刪除水分子、原配體分子及非相關(guān)的蛋白質(zhì)構(gòu)象;2)經(jīng)Prepare Protein工具處理;3)基于文獻(xiàn)報(bào)道的該受體可能結(jié)合域定義結(jié)合位點(diǎn)Sphere;4)保存?zhèn)溆谩?/p>

    1.2.2配體的準(zhǔn)備 將所收集的成分結(jié)構(gòu)去重后,保存成sd格式文件,導(dǎo)入DS軟件中,運(yùn)行Prepare Ligands工具,對(duì)配體加氫、生成優(yōu)勢(shì)構(gòu)象,保存結(jié)構(gòu)備用。

    1.2.3分子對(duì)接 分別打開(kāi)準(zhǔn)備的受體和配體文件,按照DS軟件對(duì)接流程進(jìn)行分子對(duì)接。LibDock對(duì)接參數(shù)設(shè)置為:Docking Tolerance 0.25,Max Hits to Save 100,Conformation Method FAST,其他參數(shù)為默認(rèn)設(shè)置。從對(duì)接結(jié)果中選取Docking打分函數(shù)LibDockScore得分最高者,分析其相互作用。CDOCKER對(duì)接參數(shù)設(shè)置為:Top Hits 10,Dynamics Steps 1000,Dynamics Target Temperature 1000,Maximum Bad Orientations 800,Orientation vdW Energy Threshold 300,Heating Steps 2000,Heating Target Temperature 700,Cooling Steps 5000,Cooling Target Temperature 300,F(xiàn)orcefield CHARMm。

    傳統(tǒng)的教學(xué)模式是學(xué)生在教室里“群體”聽(tīng)課,教師講解的難易程度與學(xué)生所能接受的程度常常不能完全一致。領(lǐng)悟快的學(xué)生聽(tīng)了一次課就掌握了新知,上課走神或領(lǐng)悟慢的學(xué)生則會(huì)出現(xiàn)聽(tīng)不懂的現(xiàn)象,因此,只能盡量保證大部分學(xué)生的學(xué)習(xí),很難做到讓每一位學(xué)生都聽(tīng)懂且掌握。

    1.3 關(guān)鍵活性成分及其靶標(biāo)蛋白的篩選

    中藥多為口服制劑,在體內(nèi)需經(jīng)過(guò)吸收(absorption)、分布(distribution)、代謝(metabolism)及排泄(excretion)過(guò)程到達(dá)靶點(diǎn)器官、組織發(fā)揮作用,即ADME過(guò)程。其中口服生物利用度(OB)是藥物ADME過(guò)程中重要的藥動(dòng)學(xué)參數(shù)之一,它表示口服藥物的有效成分或活性基被吸收到達(dá)體循環(huán)并吸收的速度與程度。此外,化合物類藥性(DL)是指化合物與已知藥物的相似程度,DL≥0.18則認(rèn)為該化合物與Drugbank數(shù)據(jù)庫(kù)里藥物具有一定的相似性。因此,為了從銀翹解毒合劑活性化合物群中篩選到關(guān)鍵活性成分,設(shè)定OB≥30%,DL≥0.18作為閾值進(jìn)行過(guò)濾篩選,獲得關(guān)鍵活性成分,并通過(guò)TCMSP、Drugbank等數(shù)據(jù)庫(kù)獲取相關(guān)靶標(biāo)蛋白。

    1.4 關(guān)鍵活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析

    將篩選得到的銀翹解毒合劑中關(guān)鍵活性成分及其對(duì)應(yīng)的靶標(biāo),導(dǎo)入 Cytoscape 3.7.2軟件,構(gòu)建活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò),利用Cytoscape軟件的Network Analyzer工具計(jì)算網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋮?shù),包括度值(Degree)、介數(shù)(betweenness centrality,BC)等。

    1.5 靶點(diǎn)生物學(xué)功能富集分析

    通過(guò)R軟件包中的Cluster profiler模塊對(duì)關(guān)鍵成分的潛在作用靶點(diǎn)進(jìn)行GO (Gene Ontology)富集分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)信號(hào)通路富集分析,以P<0.05為指標(biāo)對(duì)結(jié)果進(jìn)行篩選分析,使用R語(yǔ)言對(duì)結(jié)果進(jìn)行可視化處理。

    2 結(jié)果

    2.1 成分收集

    通過(guò)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)收集到金銀花、連翹、桔梗、荊芥、薄荷、牛蒡子、淡豆豉、淡竹葉和甘草中的成分結(jié)構(gòu)分別為236、150、102、164、144、15、19、280個(gè),共計(jì)1269個(gè)化合物,去掉重復(fù)結(jié)構(gòu)后共有1060個(gè)化合物。

    2.2 分子對(duì)接結(jié)果

    將收集的1060個(gè)中藥成分,以ACE2為靶蛋白,進(jìn)行分子對(duì)接。計(jì)算結(jié)果表明:銀翹解毒合劑中化合物的LibDockScore得分最大值為221.368,得分排名前10的化合物分別為:去芹菜糖基-桔梗皂苷-D3(deapio-platycodin-D3)(221.368)、遠(yuǎn)志皂苷D2(polygalacin D2)(211.283)、3′-α-O-遠(yuǎn)志皂苷D(3′-α-O-polygalacin D) (208.178)、連翹種苷B(suspensaside B)(194.921)、桔梗皂苷G1(platycoside G1) (186.793)、連翹酯苷B(forsythoside B)(183.393)、3′-O-遠(yuǎn)志皂苷D(3′-O-polygalacin D)(182.998)、甘草糖苷E(licorice glycoside E)(178.568)、連翹脂苷C(forsythoside C)(178.038)、連翹屬苷(forsythiaside)(176.095)。所有參與分子對(duì)接的成分中,有18個(gè)化合物的LibDockScore值比參照藥物洛匹那韋高 (LibDockScore>165.002),有40個(gè)化合物比瑞德西韋高(LibDockScore>152.993)(見(jiàn)表1)。此外,共有301個(gè)成分的LibDockScore值>100(LibDock分子對(duì)接的打分函數(shù)LibDockScore是基于配體與受體對(duì)接時(shí)的親和力、相對(duì)能量和對(duì)接模式等進(jìn)行綜合打分,一般認(rèn)為L(zhǎng)ibDockScore>100即表明受體與配體結(jié)合較好,其值越大則表明對(duì)接產(chǎn)生的復(fù)合物構(gòu)象越穩(wěn)定,配體與受體的親和作用越好[12])。

    表1 LibDock分子對(duì)接排名前40的化學(xué)成分

    注:—表示未進(jìn)行CDOCKER研究。

    為進(jìn)一步評(píng)估和驗(yàn)證這40個(gè)化合物與ACE2蛋白的作用,我們采用CDOCKER方法對(duì)其進(jìn)行研究。CDOCKER是基于CHARMm力場(chǎng)的分子對(duì)接方法,它采用高溫動(dòng)力學(xué)搜索配體分子的柔性構(gòu)象,進(jìn)而針對(duì)各配體構(gòu)象用模擬退火的方法優(yōu)化其與受體活性位點(diǎn)的作用,這種方法可以產(chǎn)生高精度的對(duì)接結(jié)果。CDOCKER實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,這40個(gè)化合物的-CDOCKER_INTERACTION_ENERGY值均為正數(shù),且該值基本都高于參照化合物洛匹那韋(48.210 kcal·mol-1)和瑞德西韋(43.005 kcal·mol-1),提示這些化合物與受體蛋白具有較好的親和作用。

    2.3 結(jié)合模式分析

    根據(jù)上述分子對(duì)接結(jié)果,對(duì)表1中LibDockScore得分最高的2個(gè)化合物去芹菜糖基-桔梗皂苷-D3和遠(yuǎn)志皂苷D2與ACE2蛋白對(duì)接的作用模式進(jìn)行分析。ACE2蛋白與這2個(gè)化合物相互作用的2D和3D圖見(jiàn)圖1。由圖可知,2個(gè)配體均結(jié)合于ACE2蛋白的空腔內(nèi),且與受體之間主要通過(guò)氫鍵作用穩(wěn)定結(jié)合。所不同的是,去芹菜糖基-桔梗皂苷-D3可與受體蛋白中ASN394、LYS562、GLY395、ARG514、ASP206、TYR515、ARG518、HIS374、GLU398殘基形成氫鍵作用,產(chǎn)生穩(wěn)定結(jié)合。遠(yuǎn)志皂苷D2主要與受體蛋白中TYR202、ASP206、LYS562、GLY395、GLU398、ARG514殘基形成氫鍵作用,其他殘基如TYR510、HIS378等,可與配體形成較強(qiáng)的疏水堆積作用,有利于其結(jié)合。

    2.4 銀翹解毒合劑抗冠狀病毒的關(guān)鍵活性成分篩選

    上述通過(guò)分子對(duì)接篩選得到的潛在活性化合物,盡管有較高的LibDockScore值,但通過(guò)檢索發(fā)現(xiàn),很多成分的OB和DL較差。

    注:A.去芹菜糖基-桔梗皂苷-D3與ACE2蛋白結(jié)合3D模式;B.去芹菜糖基-桔梗皂苷-D3與ACE2蛋白相互作用2D圖;C.遠(yuǎn)志皂苷D2與ACE2蛋白結(jié)合3D模式;D.遠(yuǎn)志皂苷D2與ACE2蛋白相互作用2D圖。圖1 代表性化合物去芹菜糖基-桔梗皂苷-D3和遠(yuǎn)志皂苷D2與ACE2蛋白作用模式

    因此我們根據(jù)系統(tǒng)藥理學(xué)通用的活性成分篩選標(biāo)準(zhǔn)(OB≥30%且DL≥0.18)[3-5],借助TCMSP數(shù)據(jù)平臺(tái),從LibDockScore得分>100的成分中篩選出符合標(biāo)準(zhǔn)的化合物,建立關(guān)鍵活性成分集合。最終從301個(gè)成分(LibDockScore>100)中篩選到關(guān)鍵活性成分55個(gè),詳細(xì)信息見(jiàn)表2。

    表2 銀翹解毒合劑中潛在抗冠狀病毒的關(guān)鍵活性成分

    續(xù)表2

    2.5 關(guān)鍵活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析

    通過(guò)PubChem、TCMSP等數(shù)據(jù)庫(kù)檢索,收集整理55個(gè)關(guān)鍵活性成分的相關(guān)靶點(diǎn)123個(gè)。運(yùn)用Cytoscape軟件構(gòu)建銀翹解毒合劑關(guān)鍵活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò),見(jiàn)圖2。圖中共包含166個(gè)節(jié)點(diǎn)和502條邊線,其中化合物節(jié)點(diǎn)43個(gè)(12個(gè)化合物未參與網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建),蛋白靶點(diǎn)節(jié)點(diǎn)123個(gè)。該網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)性質(zhì)分析表明:平均每個(gè)化合物與11.67個(gè)靶點(diǎn)相互作用,每個(gè)靶點(diǎn)平均與4.08個(gè)化合物相互作用,因此在銀翹解毒合劑中也存在多個(gè)化合物同時(shí)作用于同1個(gè)靶點(diǎn)且單個(gè)化合物又作用于多個(gè)靶點(diǎn)的現(xiàn)象。從化合物角度來(lái)看,有7個(gè)化合物(16.28%)的作用靶點(diǎn)超過(guò)20個(gè),分別為蘆丁、β-谷甾醇、豆甾醇、4′-甲氧基光甘草定、新疆甘草紫檀素(shinpterocarpin)、粗毛甘草素C和β-胡蘿卜素。從靶點(diǎn)的角度來(lái)看,有6個(gè)靶標(biāo)(4.88%)的Degree≥20,有18個(gè)靶標(biāo)與不少于10個(gè)化合物相互作用,其中等級(jí)值排名前5的靶標(biāo)為:PTGS2(Prostaglandin G/H synthase 2)、NCOA2 (Nuclear receptor coactivator 2)、HSP90AA1 (Heat shock protein HSP 90)、PCP4 (Calmodulin) 和F7 (Coagulation factor VII);其中大部分靶點(diǎn)蛋白能夠調(diào)控炎癥、細(xì)胞凋亡以及免疫反應(yīng)等生物過(guò)程。

    注:綠色菱形節(jié)點(diǎn)為關(guān)鍵活性化合物;藍(lán)色方形節(jié)點(diǎn)為靶點(diǎn)。圖2 銀翹解毒合劑中潛在抗冠狀病毒的關(guān)鍵活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)

    2.6 關(guān)鍵活性成分作用靶點(diǎn)生物學(xué)功能分析

    為深入了解上述關(guān)鍵化合物作用靶點(diǎn)的生物學(xué)功能,對(duì)這些靶點(diǎn)進(jìn)行了GO 富集分析與KEGG通路分析。GO富集分析得到了P<0.05的GO條目共計(jì)2080個(gè),其中包含生物過(guò)程(biological process,BP)條目1862個(gè),細(xì)胞組成(cell composition,CC)條目88個(gè),分子功能(molecular function,MF)條目130個(gè),各類別前20的條目分別見(jiàn)圖3~5。

    KEGG通路分析得到了P<0.05的通路152條(前20條通路結(jié)果見(jiàn)圖6),其中富集的主要通路包括了與COVID-19感染源類似(病毒感染)的疾病,如卡波濟(jì)氏肉瘤皰疹病毒感染、人巨細(xì)胞病毒感染、乙肝病毒、丙肝病毒、EB病毒感染、A型流感病毒等;以及PI3K-Akt信號(hào)傳導(dǎo)通路、非小細(xì)胞肺癌、小細(xì)胞肺癌、IL-17信號(hào)傳導(dǎo)通路、T細(xì)胞受體信號(hào)傳導(dǎo)通路等已報(bào)道與肺炎和免疫反應(yīng)、炎癥反應(yīng)相關(guān)的信號(hào)通路[13]。

    圖3 GO-BP富集分析結(jié)果

    圖5 GO-MF富集分析結(jié)果

    圖6 銀翹解毒合劑中潛在抗冠狀病毒的關(guān)鍵成分作用靶點(diǎn)KEGG通路富集分析

    綜合通路富集分析結(jié)果可知,從銀翹解毒合劑中篩選出的關(guān)鍵活性成分可能對(duì)病毒感染以及肺部損傷有一定的作用。該結(jié)果與分子對(duì)接實(shí)驗(yàn)一致,可互為佐證,同時(shí)也揭示了銀翹解毒合劑臨床防治COVID-19可能的起效環(huán)節(jié)。

    3 討論

    銀翹解毒合劑處方源于溫病名方銀翹散;該方出自《溫病條辨》,是吳塘 (鞠通) 論治溫病所創(chuàng),被譽(yù)為治療溫病第一方[14],具有辛涼化濕、疏散風(fēng)熱、清熱解毒之功效。該方以金銀花、連翹為君藥,既有辛涼透邪清熱之效,又具芳香辟穢解毒之功;荊芥、豆豉辛溫不燥能助君藥透散表邪,又能防止寒性藥物涼遏太過(guò),而致表邪難解;薄荷、牛蒡助君藥疏散風(fēng)熱,共為臣藥;淡竹葉、蘆根清熱生津;桔梗、甘草宣肺利咽止咳,均為佐藥,其中甘草調(diào)和諸藥,兼為使藥。銀翹解毒合劑配伍具有內(nèi)清熱毒、外散風(fēng)熱、透解表邪之功,構(gòu)成清疏兼顧之劑。該方主要針對(duì)溫病初起衛(wèi)分證及風(fēng)熱表證;溫病初起,邪在衛(wèi)分,衛(wèi)氣被郁,開(kāi)合失司,則發(fā)熱,微惡風(fēng)寒,無(wú)汗或有汗不暢,風(fēng)熱襲肺以致咳嗽咽痛,溫邪易傷津液,故口渴,舌尖紅,邪在衛(wèi)表,故舌苔薄自或薄黃?,F(xiàn)代研究表明,該方用于治療風(fēng)熱感冒、流感的療效顯著[15-16]。

    COVID-19屬于中醫(yī)學(xué)溫病范疇,病機(jī)為疫毒犯肺,起始邪在肺衛(wèi),入里化熱為重要病機(jī)轉(zhuǎn)歸。此疾具有伏邪治病特點(diǎn),疫毒伏藏體內(nèi),因人稟賦不同,可即刻起病,也可伏藏體內(nèi),殆至機(jī)體免疫功能低下而發(fā)病,具有濕、熱、毒之性,臨床治療應(yīng)化濕清解。COVID-19的發(fā)病特點(diǎn)、臨床癥狀、中醫(yī)證候及傳變規(guī)律等與銀翹解毒合劑所治諸癥符合,因此,從中醫(yī)理論方面來(lái)看,銀翹解毒合劑的確可以作為防治早期新冠肺炎的首選方之一。同時(shí)我們認(rèn)為,新冠肺炎進(jìn)入危重期后,病情復(fù)雜,變證叢生,臨床治療上需要采取更加個(gè)體化的方式。

    研究顯示,2019-nCoV與感染途徑一致,均通過(guò)其表達(dá)的S-蛋白與人體內(nèi)ACE2結(jié)合,導(dǎo)致病毒侵入機(jī)體而致病[4,17-18]。重要的是,同源性建模表明2019-nCoV與ACE2受體的結(jié)合域與SARS-CoV結(jié)構(gòu)相似,盡管它的受體結(jié)合域中存在氨基酸突變,多個(gè)氨基酸發(fā)生了變化,但變化后的氨基酸卻在整體性上完美地維持了病毒S-蛋白與ACE2受體相互結(jié)合構(gòu)象的穩(wěn)定性[19-21]。因此,能作用于ACE2特異性位點(diǎn)的小分子,就有可能阻斷2019-nCoV S-蛋白與宿主ACE2的結(jié)合,從而達(dá)到防治2019-nCoV的目的。為此,本研究主要針對(duì)2019-nCoV感染過(guò)程的關(guān)鍵靶蛋白ACE2,通過(guò)分子對(duì)接篩選銀翹解毒合劑抗2019-nCoV的潛在分子。對(duì)接結(jié)果表明,銀翹解毒合劑中有301個(gè)成分與ACE2蛋白具有較好的親和作用,其中作用較好的化合物主要為桔梗中的皂苷和連翹中的酯苷等類成分。此前已有研究顯示桔梗皂苷和連翹酯苷確有較好的抗呼吸道病毒作用[22-25],提示虛擬篩選的結(jié)果與此前的實(shí)驗(yàn)結(jié)果具有較高的一致性。

    基于對(duì)活性成分ADME性質(zhì)的考慮,我們對(duì)虛擬篩選所得活性成分進(jìn)行進(jìn)一步篩選,從中得到關(guān)鍵活性成分55個(gè),這些成分生物利用度較高、類藥性較好,可能是銀翹解毒合劑防治COVID-19的物質(zhì)基礎(chǔ)。為了探討關(guān)鍵活性成分防治COVID-19的復(fù)雜路徑,本研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)對(duì)關(guān)鍵成分及其靶標(biāo)進(jìn)行了深入挖掘和網(wǎng)絡(luò)分析。從網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析結(jié)果可知,銀翹解毒合劑中關(guān)鍵成分通過(guò)多成分、多靶點(diǎn)、多途徑形式調(diào)控疾??;重要的是這些關(guān)鍵成分作用的通路包含了與COVID-19致病源類似的病毒感染性疾病,及與肺炎、免疫和炎癥反應(yīng)相關(guān)的信號(hào)通路;進(jìn)一步表明這些關(guān)鍵成分可能對(duì)2019-nCoV有抑制作用、對(duì)COVID-19有防治作用;同時(shí)也佐證了分子對(duì)接的結(jié)果。

    總之,本研究應(yīng)用分子對(duì)接和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對(duì)銀翹解毒合劑中防治病毒性肺炎的物質(zhì)基礎(chǔ)及可能起效環(huán)節(jié)進(jìn)行了探討。研究結(jié)果提示銀翹解毒合劑用于COVID-19的防治具有一定的合理性。

    但也應(yīng)當(dāng)注意,目前對(duì)病毒本身及感染治病機(jī)制認(rèn)知尚存不足,計(jì)算化學(xué)生物學(xué)方法本身存在局限性等,因此可能會(huì)存在計(jì)算結(jié)果與實(shí)際臨床療效不符的現(xiàn)象;針對(duì)上述問(wèn)題,可圍繞物質(zhì)基礎(chǔ)-藥效學(xué)-通路驗(yàn)證等開(kāi)展實(shí)驗(yàn)研究,同時(shí)進(jìn)行臨床藥效觀察,為銀翹解毒合劑防治COVID-19提供更堅(jiān)實(shí)的依據(jù)。

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