30個(gè)常染色體InDel位點(diǎn)在21三體綜合征案例中的應(yīng)用1例

陳 芳，石彰森

（浙江漢博司法鑒定中心，浙江 杭州310000）

1案例

1.1 簡(jiǎn)要案情

2014年本中心受某福利院的委托，受理了一例因認(rèn)親需要而進(jìn)行的親子鑒定，征得當(dāng)事人的同意，采取母親及孩子血樣，進(jìn)行STR分型實(shí)驗(yàn)。

1.2 檢驗(yàn)方法

1.2.1 DNA 提取

采用常規(guī)Chelex-100法[1]分別提取母親與孩子血樣DNA，采用GoldeneyeTM20A試劑盒（北京基點(diǎn)認(rèn)知），進(jìn)行19個(gè)常染色體STR基因座和Amelogenin性別基因座分型檢測(cè)，采用Investigator DIPplex kit（Qiagen，Germany）進(jìn)行 30個(gè)常染色體InDel位點(diǎn)檢測(cè)，擴(kuò)增體系和擴(kuò)增程序按相關(guān)操作手冊(cè)進(jìn)行。

1.2.2 DNA 分型

采用9700型PCR儀（美國(guó)AB公司）進(jìn)行PCR擴(kuò)增，使用3130XL型遺傳分析儀（美國(guó)AB公司）進(jìn)行電泳分離，使用 GeneMapper ID v3.2.1 軟件（美國(guó)AB公司）分析數(shù)據(jù)。

2 檢驗(yàn)結(jié)果

2.1 常染色體STR基因分型結(jié)果

對(duì)19個(gè)常染色體STR基因座（D19S433、D5S818、D21S11、D18S51、D6S1043、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、Penta D、vWA、D8S1179、TPOX、Penta E、TH01、D12S391、D2S1338、FGA）和 Amelogenin性別基因座進(jìn)行STR分型檢驗(yàn)，其中D21S11、出現(xiàn)三等位基因，Penta D等位基因“14”峰高比例異常，分型見圖1。

圖1 母親與孩子D21S11及Penta D分型檢測(cè)結(jié)果

2.2 30個(gè)常染色體InDel位點(diǎn)檢測(cè)結(jié)果

對(duì)母親及孩子樣本進(jìn)行30個(gè)常染色體InDel位點(diǎn)檢測(cè)（圖2）。孩子在D122位點(diǎn)出現(xiàn)等位基因峰高比例異常現(xiàn)象（紅色方框標(biāo)注）。

圖2 母親（上）與孩子（下）InDel位點(diǎn)檢測(cè)結(jié)果

3討論

InDel是基因組等位基因中插入或者缺失的長(zhǎng)度不等的小DNA片段[3]，在個(gè)體分布上呈現(xiàn)長(zhǎng)度多態(tài)性，因而可以作為DNA的分子標(biāo)記用于祖先遺傳信息、群體遺傳結(jié)構(gòu)等分析，包括法醫(yī)DNA鑒定。作為新一代遺傳標(biāo)記，InDel兼具STR和SNP的優(yōu)點(diǎn)。InDel標(biāo)記位點(diǎn)遍布基因組[4]，數(shù)量多，突變率低，片段短，適用于高度降解樣本的檢測(cè)，并可通過(guò)DNA毛細(xì)管電泳分型技術(shù)平臺(tái)進(jìn)行分析，易于普及。

由于InDel標(biāo)記具有上述優(yōu)點(diǎn)，國(guó)內(nèi)外在InDel遺傳標(biāo)記的定位和分析應(yīng)用方面已經(jīng)開展了系統(tǒng)性的研究。2006年，MILLS等[5]初步建立了一個(gè)包含約415 000個(gè)特異性多態(tài)位點(diǎn)的人類基因組InDel標(biāo)記圖譜；并在2011年報(bào)道了79種不同人群基因組中包含約200萬(wàn)個(gè)小InDel標(biāo)記[6]。BASTOSRODRIGUES等[7]以40個(gè)InDel位點(diǎn)作為遺傳標(biāo)記分析其對(duì)世界人群HGDP-CEPH多樣性的影響，結(jié)果與先前SNP和Alu分析結(jié)論一致。PEREIRA等[8-9]建立了一種用于人類個(gè)體識(shí)別的多重PCR體系。PIMENTA等[10]則建立了專門為親權(quán)關(guān)系分析的40個(gè)InDel位點(diǎn)的多重?cái)U(kuò)增體系。該體系囊括的位點(diǎn)廣泛分布于各條常染色體，在歐洲人群中的等位基因頻率基本都接近于0.5，應(yīng)用該體系 360個(gè)樣本的平均雜合度達(dá)到0.48，累積非父排除率為0.9997，具有良好的親權(quán)鑒定能力。

我國(guó)有法醫(yī)工作者也開展了InDel位點(diǎn)在群體遺傳多態(tài)性方面的研究。LI C等[11]在分析中國(guó)漢族人群中部分InDel位點(diǎn)多態(tài)性的基礎(chǔ)上，進(jìn)一步建立了一個(gè)可適用于漢族、回族、維吾爾族、蒙古族、藏族5個(gè)主要民族法醫(yī)DNA鑒定的多重PCR體系[12]。這些工作為我國(guó)法醫(yī)DNA鑒定提供了一個(gè)有效的輔助工具。另外，目前國(guó)內(nèi)已經(jīng)有德國(guó)Qiagen公司開發(fā)的Investigator DIPplex體系可用于DNA的分型鑒定。洪麗等[13]、百茹峰等[14]先后分析了該體系中30個(gè)InDel位點(diǎn)在廣東、北京漢族人群遺傳多態(tài)性或法醫(yī)學(xué)研究，結(jié)果表明這30個(gè)InDel位點(diǎn)在廣東和北京漢族群體中均有較好的遺傳多態(tài)性，可作為特殊檢案有效的補(bǔ)充鑒定工具。

本案例經(jīng)STR分型檢測(cè)及臨床診斷，確定為21三體綜合征患者。孩子的STR分型在D21S11基因座顯示有三個(gè)等位基因，為 29/32.2/33.2，在Penta D位基因上等位基因峰高比例異常。Investigator DIPplex體系HLD122位點(diǎn)分布在21號(hào)染色體21q22.1位置，與Penta D基因座在21號(hào)染色體上的分布位置接近。本案例中，孩子在Penta D基因座出現(xiàn)三等位基因的峰型圖為 1：2，HLD122位點(diǎn)D122-和D122+峰高比也為1：2，分型檢測(cè)結(jié)果一致（表1），進(jìn)一步確證孩子為21三體綜合征患者。因此，30個(gè)InDel位點(diǎn)可作為特殊檢案有效的補(bǔ)充鑒定工具。

表1 母親與孩子三等位基因檢測(cè)結(jié)果