科學(xué)家破譯軟籽石榴“突尼斯”全基因組密碼

近日，Plant Biotechnology Journal在線發(fā)表了中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院鄭州果樹研究所曹尚銀課題組完成的軟籽石榴“突尼斯”的高質(zhì)量基因組圖譜。

該研究基于二代和三代測序獲得了軟籽石榴“突尼斯”高質(zhì)量基因組序列，基因組大小為320.31 Mb，Contig N50為4.49 Mb，注釋了33594個基因。采用Hi-C光學(xué)技術(shù)結(jié)合遺傳圖譜將97.76%的序列組裝到了8對染色體上。與現(xiàn)有的“泰山紅”石榴基因組相比，“突尼斯”多組裝出了46.01Mb序列，Contig N50的平均長度提升了46倍，在組裝完整度及精確度上都得到了極大的提升。

比較基因組學(xué)研究表明，軟籽“突尼斯”基因組和硬籽“泰山紅”“大笨籽”基因組間存在著大量的SNP和InDel變異。對26個石榴品種進行群體遺傳學(xué)分析表明，軟籽石榴群體和硬籽石榴群體間存在著大量的受選擇位點。尤其是Chr1上，存在著高達26.2Mb的受選擇區(qū)段?；蜃⑨屝畔⒈砻?，與基因組變異及選擇信號相關(guān)的基因潛在地影響著石榴硬籽和軟籽特性分化。