PubMed與Embase收錄中國(guó)生物醫(yī)學(xué)期刊及標(biāo)引質(zhì)量分析

PubMed和Embase是生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域最重要的兩個(gè)文摘型數(shù)據(jù)庫(kù)。PubMed以其收錄范圍廣、更新速度快、檢索功能強(qiáng)大、全球免費(fèi)使用、提供豐富鏈接信息等特點(diǎn)成為眾多國(guó)家的醫(yī)學(xué)科研人員獲取專(zhuān)業(yè)文獻(xiàn)信息的首選。而Embase收錄了大量歐洲和亞洲的生物學(xué)、醫(yī)學(xué)和藥學(xué)期刊，與PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)主要收錄北美地區(qū)以臨床醫(yī)學(xué)為主的文獻(xiàn)形成了互補(bǔ)之勢(shì)[1]。

國(guó)內(nèi)對(duì)PubMed或Embase的研究主要集中在檢索功能、檢索效果、收錄范圍、專(zhuān)指度等方面。如孫艷等學(xué)者研究發(fā)現(xiàn)，Embase收錄范圍更廣、查全率更高，而PubMed的查準(zhǔn)率更勝一籌[2]；賈向春等學(xué)者關(guān)注并分析了PubMed收錄中國(guó)期刊的選刊標(biāo)準(zhǔn)和收錄現(xiàn)狀等[3]。關(guān)于對(duì)PubMed和Embase標(biāo)引質(zhì)量的研究，除20世紀(jì)90年代有學(xué)者從標(biāo)引深度和一致性對(duì)MEDLINE和Embase做了比較研究外，其他學(xué)者的研究主要體現(xiàn)在主題標(biāo)引方面，如王巖等認(rèn)為Embase中的Emtree的體量更大，PubMed的主題標(biāo)引在規(guī)范性方面更為出色[4]。

國(guó)外的研究除加拿大藥物與生物技術(shù)局對(duì)Embase和MEDLINE的篇均主題標(biāo)引數(shù)量進(jìn)行對(duì)比研究外[5]，較多集中于PubMed或Embase在某一醫(yī)學(xué)分支領(lǐng)域的具體應(yīng)用性研究。如Roberto等對(duì)ClinicalTrials.gov、PubMed、Embase和Google scholar的卵巢癌臨床試驗(yàn)結(jié)果的透明度、可信度的分析[6]；Lee等人在PubMed和Embase中設(shè)置了腎移植過(guò)濾器，并對(duì)其進(jìn)行了驗(yàn)證與分析[7]。

綜上所述，國(guó)內(nèi)雖有PubMed與Embase的收錄范圍、標(biāo)引質(zhì)量的比較研究，但并未以中國(guó)期刊為研究對(duì)象展開(kāi)研究，且研究時(shí)間太早，難以反映最新內(nèi)容和研究進(jìn)展。僅有少數(shù)學(xué)者關(guān)注了PubMed收錄中國(guó)生物醫(yī)學(xué)期刊的情況，對(duì)Embase的研究成果則更少。國(guó)外研究多將視角集中于具體醫(yī)學(xué)分支領(lǐng)域的應(yīng)用，尚未見(jiàn)二者收錄中國(guó)期刊的比較研究。對(duì)PubMed與Embase收錄中國(guó)生物醫(yī)學(xué)期刊的情況和標(biāo)引質(zhì)量展開(kāi)比較研究，不僅可以促進(jìn)國(guó)內(nèi)醫(yī)學(xué)科技工作者對(duì)兩大生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索系統(tǒng)的深入了解，而且可以為國(guó)內(nèi)醫(yī)學(xué)期刊建設(shè)與管理者在提升辦刊質(zhì)量方面提供思路，為國(guó)內(nèi)信息系統(tǒng)開(kāi)發(fā)者提供參考建議，從而促進(jìn)中國(guó)生物醫(yī)學(xué)行業(yè)的整體發(fā)展。

1 PubMed與Embase收錄中國(guó)生物醫(yī)學(xué)期刊情況

1.1 數(shù)據(jù)來(lái)源

為考察國(guó)外醫(yī)學(xué)專(zhuān)業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)收錄中國(guó)生物醫(yī)學(xué)期刊及其標(biāo)引特點(diǎn)，筆者以PubMed與Embase收錄的中國(guó)(包括大陸及港澳臺(tái)地區(qū))生物醫(yī)學(xué)期刊為樣本，對(duì)比研究了二者共同收錄期刊的元數(shù)據(jù)描述、共同收錄文獻(xiàn)的標(biāo)引特點(diǎn)以及與MEDLINE收錄中國(guó)期刊的覆蓋情況。以期刊出版國(guó)(PubMed：Country of Publication，CP；Embase：Country of Journal，cy)為檢索字段，以“China”為檢索詞，分別在PubMed和Embase中進(jìn)行檢索，獲得二者收錄中國(guó)期刊列表。PubMed收錄中國(guó)期刊340種，其中106種被MEDLINE收錄；Embase收錄中國(guó)期刊129種，其中48種被MEDLINE收錄。

1.2 重復(fù)收錄中國(guó)生物醫(yī)學(xué)期刊的情況

以在PubMed和Embase中檢索到的中國(guó)期刊為依據(jù)，比較重復(fù)收錄情況(表1)。

表1 PubMed與Embase收錄中國(guó)期刊的重復(fù)率

從表1可知，PubMed和Embase收錄的中國(guó)期刊重復(fù)率相差較大。PubMed收錄中國(guó)期刊的總數(shù)遠(yuǎn)大于Embase，但其中包含眾多非生物醫(yī)學(xué)期刊，如《中國(guó)社會(huì)科學(xué)》《中國(guó)材料科學(xué)前沿》等；而Embase收錄的中國(guó)期刊均屬生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域。去除PubMed中的153種其他學(xué)科期刊，還有187種生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域期刊。

MEDLINE是PubMed的主要數(shù)據(jù)來(lái)源，是美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館(The National Library of Medicine，NLM)最重要的生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)，ELSEVIER公司于2003年宣布整合了MEDLINE數(shù)據(jù)庫(kù)的全部?jī)?nèi)容?？疾霵ubMed和Embase二者收錄中國(guó)期刊論文情況，可以從中了解它們?cè)谶x擇、收錄非英語(yǔ)語(yǔ)系國(guó)家專(zhuān)業(yè)文獻(xiàn)時(shí)的基本思路和傾向。為此，筆者對(duì)PubMed、Embase、MEDLINE三者收錄的中國(guó)期刊進(jìn)行了對(duì)比(圖1)。從圖1中可以看出，PubMed涵蓋了MEDLINE的全部?jī)?nèi)容，而Embase并未涵蓋MEDLINE的全部?jī)?nèi)容，兩者共同收錄的中國(guó)期刊僅有48種，這與ELSEVIER公司的宣傳及以往學(xué)界的普遍認(rèn)識(shí)相矛盾。筆者在Embase中分別檢索疾病(hypertension)、藥物(saxagliptin)、設(shè)備(coronary stent)類(lèi)文獻(xiàn)證實(shí)，MEDLINE確有部分?jǐn)?shù)據(jù)未被Embase收錄。因此，科研工作者在了解自己發(fā)表的文獻(xiàn)被外文文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)的收錄情況時(shí)，需分別檢索PubMed和Embase，以保證信息的完整性。

圖1 PubMed、Embase、MEDLINE收錄期刊數(shù)量與關(guān)系

1.3 PubMed與Embase收錄中國(guó)生物醫(yī)學(xué)期刊元數(shù)據(jù)的比較分析

PubMed在收錄期刊自身元數(shù)據(jù)描述方面做得更細(xì)，而Embase的檢索結(jié)果更便于使用和統(tǒng)計(jì)。PubMed的期刊自身元數(shù)據(jù)描述有29個(gè)字段，而Embase僅有13個(gè)字段(表2)。

從共有字段上看，PubMed收錄的中國(guó)期刊同時(shí)標(biāo)引了拼音和英譯刊名，而Embase僅標(biāo)引了英譯刊名，二者的期刊名縮寫(xiě)方式一致。而在ISSN標(biāo)引方面，Embase用2個(gè)字段分別描述紙質(zhì)版和電子版期刊，而PubMed僅用1個(gè)字段，同時(shí)標(biāo)注了紙質(zhì)版和電子版?？煽闯鯬ubMed更便于用戶(hù)通過(guò)期刊名檢索到中文期刊，Embase更便于用戶(hù)通過(guò)ISSN號(hào)字段檢索。二者均有收錄期刊被MEDLINE收錄情況的描述，PubMed使用“Current Indexing Status”、Embase使用“Indexed by Medline”進(jìn)行標(biāo)注。

表2 PubMed與Embase收錄中國(guó)期刊的字段

此外，PubMed分別用“Publication Start Year”“Publication End Year”2個(gè)字段描述某期刊出版開(kāi)始和截至年，用戶(hù)可借此快速了解期刊的歷史和當(dāng)前狀態(tài)。Frequency字段標(biāo)明了期刊的出版周期，Publication Type(s)字段說(shuō)明了期刊是否連續(xù)出版，Description字段描述了期刊的版次和尺寸等，Notes字段說(shuō)明了期刊的其他詳細(xì)信息，這些都有利于用戶(hù)了解期刊基本情況、有助于館員采編期刊。Embase的Source type字段說(shuō)明所有檢索結(jié)果類(lèi)型都是期刊，Priority journal字段說(shuō)明是否是重點(diǎn)期刊，Added since May 2017字段說(shuō)明期刊是否為2017年5月以來(lái)收錄，有利于用戶(hù)了解最新收錄情況和學(xué)科發(fā)展動(dòng)態(tài)。

2 PubMed與Embase收錄中國(guó)生物醫(yī)學(xué)期刊文獻(xiàn)標(biāo)引質(zhì)量分析

2.1 數(shù)據(jù)選取

為進(jìn)一步考察兩大數(shù)據(jù)庫(kù)收錄中國(guó)期刊論文的標(biāo)引質(zhì)量和特點(diǎn)，筆者選取PubMed、Embase、MEDLINE三者共同收錄的48種中國(guó)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)的共有部分作為初選數(shù)據(jù)樣本(圖1)，根據(jù)現(xiàn)代醫(yī)學(xué)學(xué)科分類(lèi)，將48種期刊分為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、技術(shù)醫(yī)學(xué)、應(yīng)用醫(yī)學(xué)3類(lèi)。其中基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)包含人體醫(yī)學(xué)、(生命)現(xiàn)象醫(yī)學(xué)和相關(guān)(因素)醫(yī)學(xué)，技術(shù)醫(yī)學(xué)包括生物醫(yī)學(xué)技術(shù)工程和應(yīng)用醫(yī)學(xué)技術(shù)工程，應(yīng)用醫(yī)學(xué)包括普通應(yīng)用醫(yī)學(xué)和特種醫(yī)學(xué)。再在每一組初選數(shù)據(jù)中隨機(jī)選取3種期刊，最終得到的各類(lèi)期刊如表3所示。

分別在PubMed和Embase中檢索上述9種期刊2017年刊載的文獻(xiàn)，并以中國(guó)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)(CBM)收錄文獻(xiàn)量為基準(zhǔn)進(jìn)行比較，結(jié)果如表4所示。

表3 PubMed、Embase、MEDLINE中國(guó)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)選取列表

表4 PubMed、Embase收錄9種中國(guó)期刊2017年文獻(xiàn)量統(tǒng)計(jì)

從表4中可看出，PubMed收錄中國(guó)期刊的文獻(xiàn)數(shù)量和比例均明顯高于Embase，收錄比例達(dá)到91.25%，因此PubMed收錄的中國(guó)生物醫(yī)學(xué)期刊文獻(xiàn)更全面。其中，PubMed收錄《遺傳學(xué)報(bào)》的文獻(xiàn)數(shù)量大于CBM，因?yàn)镻ubMed收錄的文獻(xiàn)中包括封面和期刊介紹，剔除這些內(nèi)容，則收錄比例為100%。

2.2 標(biāo)引字段分析

為進(jìn)行下一步文獻(xiàn)標(biāo)引質(zhì)量分析，筆者從表4的9種期刊中，先篩選出每種期刊在PubMed和Embase中共同收錄的文獻(xiàn)，再?gòu)倪@些文獻(xiàn)所屬的每種期刊中隨機(jī)抽取10篇文獻(xiàn)，共計(jì)選取90篇。

PubMed設(shè)置的文獻(xiàn)標(biāo)引字段共有47個(gè)，Embase有44個(gè)(表5)。PubMed設(shè)置了3個(gè)字段進(jìn)行作者標(biāo)引，其中作者字段為作者姓全稱(chēng)及名的首字母縮寫(xiě)，與作者全名字段結(jié)合起來(lái)標(biāo)引，有效提升了作者檢索的查全率。此外，二者都標(biāo)注了文獻(xiàn)的PMID號(hào)，方便用戶(hù)對(duì)特定文獻(xiàn)的獲取。

PubMed和Embase均標(biāo)引了主題詞。PubMed設(shè)置了MeSH Terms、MeSH Subheadings、MeSH Major Topic 3個(gè)字段；Embase設(shè)置了Emtree Drug Index Terms (Major Focus) 、Emtree Drug Index Terms、Emtree Medical Index Terms (Major Focus)和Emtree Medical Index Terms 4個(gè)字段，其中Emtree Medical Index Terms字段內(nèi)容包含了文獻(xiàn)的Disease Terms、Device Terms和Other Terms 3類(lèi)主題詞。從主題詞類(lèi)目設(shè)置上來(lái)看，Embase專(zhuān)門(mén)將藥物類(lèi)主題詞單獨(dú)標(biāo)識(shí)和顯示，體現(xiàn)了藥物信息檢索的特色。

2.3 標(biāo)引深度分析

標(biāo)引深度(depth of indexing)指文獻(xiàn)主題內(nèi)容被揭示的詳盡程度，對(duì)一篇文獻(xiàn)而言，標(biāo)引深度一般是指賦予該文獻(xiàn)的標(biāo)引詞數(shù)量[8]。

表5 PubMed與Embase收錄中國(guó)文獻(xiàn)的字段

篇均標(biāo)引深度為文獻(xiàn)標(biāo)引詞總數(shù)與文獻(xiàn)篇數(shù)之比，該值越大表明文獻(xiàn)的標(biāo)引粒度更細(xì)，檢索入口更多。筆者在PubMed和Embase中，統(tǒng)計(jì)了上文篩選出的90篇文獻(xiàn)的主題詞并計(jì)算其篇均標(biāo)引深度(表6)，其中主要概念主題詞為表達(dá)文獻(xiàn)主要內(nèi)容的主題詞。

表6 PubMed與Embase收錄中國(guó)文獻(xiàn)的主題標(biāo)引比較

從表6可以看出，Embase的主題詞總數(shù)和篇均主題詞標(biāo)引深度高于PubMed，說(shuō)明對(duì)于中國(guó)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)，Embase為文獻(xiàn)提供的檢索入口更多，用戶(hù)更容易查到文獻(xiàn)，標(biāo)引粒度更細(xì)。但對(duì)比二者對(duì)國(guó)外期刊論文的主題標(biāo)引情況的研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)，Embase對(duì)國(guó)外期刊論文的篇均加權(quán)主題詞標(biāo)引深度約是3～4個(gè)、非加權(quán)主題詞標(biāo)引深度將近50個(gè)[9]，PubMed對(duì)國(guó)外期刊論文的篇均主題詞標(biāo)引深度是10～20個(gè)[10]，說(shuō)明在主題標(biāo)引深度方面，PubMed收錄的中國(guó)期刊文獻(xiàn)的主題標(biāo)引深度與國(guó)外文獻(xiàn)相比基本持平，而Embase收錄的中國(guó)期刊文獻(xiàn)的主題標(biāo)引深度低于國(guó)外水平。

國(guó)外研究發(fā)現(xiàn)，Embase標(biāo)引的主題詞數(shù)量較多，導(dǎo)致大量不相關(guān)記錄會(huì)被檢索到，所以會(huì)降低查準(zhǔn)率，建議選擇加權(quán)檢索以提高查準(zhǔn)率[7]。為此，筆者專(zhuān)門(mén)考察二者的加權(quán)主題詞情況時(shí)發(fā)現(xiàn)，PubMed略微高于Embase。

再對(duì)二者加權(quán)主題詞占所有主題詞的比例進(jìn)行對(duì)比時(shí)發(fā)現(xiàn)，PubMed(32.57%)明顯高于Embase(24.92%)。因此，PubMed的查準(zhǔn)率更優(yōu)，而Embase在查全方面表現(xiàn)更好一些。

2.4 標(biāo)引差異性分析

為比較分析二者的主題標(biāo)引的差異性，筆者對(duì)PubMed的PubMed Substances字段和Embase的Drug Terms字段內(nèi)容進(jìn)行抽樣對(duì)比發(fā)現(xiàn)，同一篇文獻(xiàn)的PubMed Substances字段內(nèi)容基本都包含在Embase的Drug Terms字段中，且Embase中主題概念的粒度更細(xì)。為便于說(shuō)明，筆者選取3個(gè)實(shí)例展示(表7)。在《中國(guó)中藥雜志》中隨機(jī)選取的10篇文獻(xiàn)中，PubMed的Substances字段共收錄了31個(gè)主題詞，而Embase的Drug Terms字段共收錄了42個(gè)主題詞，前者的所有藥物均被后者收錄，說(shuō)明Embase對(duì)中藥的標(biāo)引質(zhì)量確實(shí)優(yōu)于PubMed。此外，PubMed對(duì)中醫(yī)藥文獻(xiàn)的標(biāo)引多體現(xiàn)在增補(bǔ)概念表中，沒(méi)有對(duì)應(yīng)的主題詞，出現(xiàn)了重復(fù)收錄、同義詞聚類(lèi)不足、類(lèi)方未能整合標(biāo)引等問(wèn)題[11]。因此，中醫(yī)藥的標(biāo)引，更能凸顯Embase數(shù)據(jù)庫(kù)的特點(diǎn)，也符合ELSEVIER公司對(duì)Embase產(chǎn)品的宣傳。

表7 PubMed Substances與Drug Terms對(duì)比實(shí)例

筆者比較分析了PubMed和Embase對(duì)同一文獻(xiàn)主題詞的標(biāo)引情況，在選擇對(duì)比項(xiàng)目時(shí)，只選取主題詞，未考慮主題詞與副主題詞的組配，且對(duì)于“同意不同型”的概念認(rèn)定為一致。通過(guò)比較發(fā)現(xiàn)，二者主題標(biāo)引的一致性比較高，主要表現(xiàn)為完全一致和基本一致兩種情況，實(shí)例如表8所示。

表8 PubMed和Embase標(biāo)引一致性實(shí)例

注：*為主要概念主題詞

從表8的“文獻(xiàn)1”可以看出，PubMed和Embase的主題標(biāo)引完全一致，且主要概念主題詞的標(biāo)引也完全一致；從“文獻(xiàn)2”可以看出，二者主題標(biāo)引比較一致(8個(gè)主題詞中有5個(gè)一致)。由于筆者未對(duì)PubMed和Embase共同收錄的除MEDLINE收錄之外的6種期刊(圖1)進(jìn)行對(duì)比，該部分的一致性還不確定。但總體上看，PubMed和Embase對(duì)中國(guó)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)的標(biāo)引一致性高于其他外文文獻(xiàn)。

3 結(jié)論

PubMed與Embase作為生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域兩大文摘型數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)中國(guó)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)的收錄與標(biāo)引各有特點(diǎn)。二者對(duì)中國(guó)生物醫(yī)學(xué)期刊收錄的重復(fù)率較低，PubMed的期刊描述字段更詳細(xì)，而Embase在收錄期刊數(shù)據(jù)下載與利用方面友好性更勝一籌。此外，Embase對(duì)文獻(xiàn)主題的標(biāo)引粒度更細(xì)，中醫(yī)藥主題標(biāo)引更為準(zhǔn)確，二者對(duì)中國(guó)期刊文獻(xiàn)的標(biāo)引一致性比較高，這有別于外文文獻(xiàn)的標(biāo)引。鑒于數(shù)據(jù)量和統(tǒng)計(jì)方法的局限，對(duì)比內(nèi)容可能不夠全面，有待進(jìn)一步探索。

對(duì)廣大醫(yī)學(xué)科研工作者而言，需注意的問(wèn)題是在成果申報(bào)等過(guò)程中若要準(zhǔn)確了解自身發(fā)表論文的國(guó)外收錄情況，應(yīng)同時(shí)檢索PubMed和Embase等重要數(shù)據(jù)庫(kù)，以保證信息的完整性。若需查找中醫(yī)藥學(xué)的國(guó)外相關(guān)文獻(xiàn)，可首選Embase。對(duì)國(guó)內(nèi)醫(yī)學(xué)期刊建設(shè)與管理者而言，提升科技期刊國(guó)際影響力的重要途徑之一就是被學(xué)科相關(guān)的國(guó)際權(quán)威數(shù)據(jù)庫(kù)收錄[12]，如入選PubMed或Embase 對(duì)提升期刊國(guó)際科研地位和影響力具有重要的意義。因此應(yīng)同時(shí)關(guān)注PubMed與Embase的收錄變化，并可通過(guò)Embase的一些標(biāo)引字段了解最新收錄情況和學(xué)科發(fā)展動(dòng)態(tài)，通過(guò)PubMed與Embase對(duì)中國(guó)生物醫(yī)學(xué)期刊標(biāo)引質(zhì)量的特點(diǎn)減少期刊被剔除的風(fēng)險(xiǎn)，爭(zhēng)取被二者收錄，如中醫(yī)藥類(lèi)期刊可多偏向于Embase。對(duì)國(guó)內(nèi)信息系統(tǒng)開(kāi)發(fā)者而言，可以在建設(shè)開(kāi)發(fā)文獻(xiàn)檢索系統(tǒng)時(shí)，對(duì)期刊的標(biāo)引盡量做到描述字段詳細(xì)與數(shù)據(jù)下載、利用友好性相兼顧，對(duì)文獻(xiàn)的標(biāo)引做到粒度更細(xì)、查準(zhǔn)更高。