也談科技期刊中幾種常見分子生物學(xué)名詞符號的規(guī)范編排

周桂蓮，許育彬，席美麗，華千勇

(西北農(nóng)林科技大學(xué)《麥類作物學(xué)報》編輯部 陜西楊凌712100)

大多數(shù)生物學(xué)、農(nóng)學(xué)和醫(yī)學(xué)期刊都會刊登分子生物學(xué)論文。這類論文中常常涉及到基因、基因在染色體上的位點以及引物、分子標記等內(nèi)容。盡管這些內(nèi)容早已不是什么新鮮事物，但在許多期刊發(fā)表的這類論文中，基因、位點、引物、分子標記、引物序列等符號的編排格式至今仍然五花八門；而且因為無據(jù)可依，致使許多編輯人員無所適從。雖然已經(jīng)有人撰文探討過基因、蛋白質(zhì)、內(nèi)切酶、病毒和質(zhì)粒的正斜體編排問題[1-5]，但論述都比較簡短，且都未涉及基因位點、引物、分子標記等符號以及基因芯片型號、引物的核苷酸序列、基因符號中阿拉伯數(shù)字的規(guī)范編排問題，有些文章還給出了一些含糊甚至錯誤的信息，比如有文章稱：“按照《TIG 遺傳命名指南》[6]，人類基因的符號由斜體大寫的拉丁字母與正體的阿拉伯數(shù)字組成?！边@其中“正體的阿拉伯數(shù)字”就是個錯誤信息，《TIG遺傳命名指南》中并沒有這樣的信息。因此，本文統(tǒng)計分析了國內(nèi)外 130種生物學(xué)期刊關(guān)于這些符號的編排格式，提出了這些符號的規(guī)范使用建議。

1 國內(nèi)外科技期刊中幾種常見分子生物學(xué)名詞符號的現(xiàn)行編排格式

1.1 問題調(diào)查與數(shù)據(jù)統(tǒng)計方法

在中國知網(wǎng)《期刊全文數(shù)據(jù)庫》中選取80種近幾年刊登分子生物學(xué)論文較多的學(xué)術(shù)性中文科技期刊，其中，生物學(xué)期刊20種，農(nóng)學(xué)期刊30種，醫(yī)學(xué)期刊30種；在美國《科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫》中選取50種近幾年刊登分子生物學(xué)論文較多的英文科技期刊，其中，生物學(xué)期刊10種，農(nóng)學(xué)期刊20種，醫(yī)學(xué)期刊20種。于2017年6月下旬，分別用“分子標記”“基因”“位點”“引物序列”“基因芯片”(或其相應(yīng)的英文)為關(guān)鍵詞逐刊檢索其2016年以來發(fā)表的論文，每刊取不同期號發(fā)表的2～4篇文章，統(tǒng)計其中基因、基因位點、引物、分子標記符號以及SNP基因芯片型號的編排格式，同時統(tǒng)計了引物序列轉(zhuǎn)行時是否加有連字符的情況。

1.2 調(diào)查結(jié)果與分析

1.2.1 基因符號的現(xiàn)行編排格式

簡單地說，基因是含特定遺傳信息的核苷酸序列，是遺傳信息的最小功能單位[7]。具體一點說，基因是基因組序列中與調(diào)控、轉(zhuǎn)錄和/或其他功能序列相關(guān)聯(lián)的有確定位置的區(qū)段，對應(yīng)于一個遺傳單位[8]。基因的命名在不同物種間還沒有統(tǒng)一的規(guī)則，但各物種內(nèi)的基因命名已趨于遵循統(tǒng)一的規(guī)則，具體可參見有關(guān)文獻[6-12]。比如細菌的基因符號由3個小寫斜體字母組成，具有相同表型的不同基因座(locus，如今一般被翻譯為基因位點)突變用斜體大寫字母后綴相區(qū)別，等位基因用緊隨基因座名稱后的一系列特定的數(shù)字來表示[6]，如araA2表示ara基因座A的2位突變。因為每一個物種都有一個國際性的基因命名委員會，已經(jīng)注冊的基因都已被命名，并且經(jīng)過了有關(guān)委員會的審批[6-10]，作者在撰寫論文時，一般都會自覺采用已有的名稱；在命名新發(fā)現(xiàn)的基因時，一般也都會遵循本物種的基因命名規(guī)則。因此，絕大多數(shù)學(xué)術(shù)期刊中出現(xiàn)的問題都不是基因名稱是否正確，而是基因符號的編排格式不規(guī)范。最普遍的問題是基因符號的正斜體格式不規(guī)范。在《TIG遺傳命名指南》[6]中，所有基因符號中的字母都被要求為斜體，包括表示復(fù)等位基因的上角標字母(如豌豆crtys)在內(nèi)；數(shù)字的正斜體雖然沒有明確要求，但所有舉例中，無論是阿拉伯數(shù)字還是羅馬數(shù)字，也不管它們在基因符號的末尾、中間，還是上標位置，一律都是斜體(例如細菌基因lacA1，lac-23；枯草芽孢桿菌突變體基因spo0A，spoⅡB；斑馬魚基因cyctf219)，未見一處例外。而從表1可知，在筆者調(diào)查的80種國內(nèi)學(xué)術(shù)期刊中，基因符號有多種編排格式，其中，所有字母和數(shù)字均為斜體的期刊只占36.25%，字母為斜體、數(shù)字為正體的期刊占31.25%，還有少量期刊是部分字母為斜體、部分字母(比如代表基因座的大寫字母)和數(shù)字為正體(比如將大腸桿菌aroG 基因?qū)懗蒩roG)；最不應(yīng)該發(fā)生的情況是，在不同文章，尤其是不同期號的不同文章中，格式不統(tǒng)一，在這一篇文章中是字母和數(shù)字均為斜體，在另一篇文章中是字母斜體、數(shù)字正體，這樣的期刊還不少，占到了總數(shù)的13.75%。這正是沒有統(tǒng)一標準造成的不良后果。

國外 SCI收錄期刊的格式統(tǒng)一度要高得多。在所調(diào)查的 50種期刊中，基因名稱和基因符號的字母和數(shù)字均為斜體的期刊占 90.00%；字母為斜體、數(shù)字為正體的期刊占 10.00%，多為亞非拉國家主辦的期刊；沒有字母和數(shù)字均為正體的期刊。

1.2.2 基因位點符號的現(xiàn)行編排格式

基因在染色體上占有的特定位置叫基因位點，又稱為遺傳基因座[13]。一個基因位點上往往存在兩個或兩個以上的基因，這些基因被稱為等位基因或復(fù)等位基因[14]?；蛭稽c符號一般也都由字母和阿拉伯數(shù)字組成，有時也會有連字符。在《TIG遺傳命名指南》[6]中，基因位點(locus)被翻譯為基因座，一般是在基因符號后加上適當?shù)暮缶Y來表示；基因位點符號中的字母和數(shù)字也都為斜體，如 1B染色體上控制小麥株高的位點符號為 Rht-B1。國內(nèi)學(xué)術(shù)期刊在基因位點符號的編排格式上更為混亂(見表 1)，在筆者調(diào)查的 80種期刊中，字母和數(shù)字均為正體的期刊比例最大(32.50%)；字母和數(shù)字均為斜體的期刊次之(27.50%)；字母為斜體、數(shù)字為正體的期刊也占有不小的比例(21.25%)；在不同文章中格式不統(tǒng)一的期刊占 18.75%，其中個別期刊在同一篇文章中前后的格式都不一致，有的是字母和數(shù)字均為正體，有的是字母斜體、數(shù)字正體。

國外 SCI收錄期刊的格式也不夠統(tǒng)一，但與基因符號的情況相似，仍然以字母和數(shù)字均為斜體者占絕大多數(shù)(82.00%)；字母為斜體、數(shù)字為正體的期刊只占 10.00%；不同文章中格式不統(tǒng)一的期刊占8.00%。后兩類多為亞非拉國家主辦的期刊。

1.2.3 引物和分子標記符號的現(xiàn)行編排格式

引物(primer)是人工合成的、作為 DNA 復(fù)制起始點的兩段寡核苷酸序列[15]。分子標記(molecular markers)有廣義和狹義之分。廣義的分子標記是指可遺傳并可檢測的 DNA序列或蛋白質(zhì)，狹義的分子標記是指 DNA標記，也就是能反映生物個體或種群間基因組中某種差異的特異性DNA片段[16]。

引物和分子標記的符號一般也都由字母和數(shù)字組成，應(yīng)該用正體還是斜體，也沒有統(tǒng)一規(guī)定，國內(nèi)學(xué)術(shù)期刊在其編排格式上也不夠統(tǒng)一(見表 1)。在筆者調(diào)查的 80種中文期刊中，引物符號中的字母和數(shù)字均為正體的期刊占 70.00%，字母和數(shù)字均為斜體的期刊占 8.75%，在不同文章中正斜體格式不統(tǒng)一的期刊占 21.25%；分子標記符號中的字母和數(shù)字均為正體的期刊占48.75%，字母和數(shù)字均為斜體的期刊占16.25%，字母為斜體、數(shù)字為正體的期刊占 7.50%，在不同文章中或者同一篇文章的正文與圖表中正斜體格式不統(tǒng)一的期刊占27.50%。

SCI收錄的國外期刊中，引物符號的格式比較統(tǒng)一，字母和數(shù)字均為正體的期刊占86.00%，均為斜體的期刊占12.00%；不同文章中格式不統(tǒng)一的期刊只占2.00%；分子標記符號的格式也比較統(tǒng)一，字母和數(shù)字均為正體的期刊占 82.00%，均為斜體的期刊占12.00%；不同文章中格式不統(tǒng)一的期刊占6.00%。

表1 國內(nèi)外科技期刊所發(fā)表的分子生物學(xué)論文中幾種常見名詞符號的編排格式Tab.1 Formatting of normal nouns and symbols for molecular biology papers published in domestic or overseas sci-tech journals

需要特別說明的是，有一類 SSR(Simple sequence repeats)標記，比如檢測小麥抗病基因的 SSR標記 Xcfd81、Xwmc154、Xgwm429等等，其符號開頭的 X代表基因位點，所以這類標記符號一般都被排為斜體，這是應(yīng)該的。同一種期刊的不同論文或同一篇論文中，這類標記被排為斜體，其他標記(如SCAR標記 SCAR203)被排為正體，筆者在調(diào)查統(tǒng)計時，未將其視為“格式不統(tǒng)一”。

1.2.4 引物序列的現(xiàn)行編排格式

引物序列(Primer sequences)即引物的核苷酸序列，也就是 DNA或 RNA中堿基的排列順序，如 5'-GTGATGAAGTCGGAGTGGCA-3'，其中的 A、T、G、C代表4種堿基。有些引物比較長，含有四五十個堿基，排版時往往需要轉(zhuǎn)行，轉(zhuǎn)行時，不宜在堿基之間加連字符，因為一個連字符代表一個省略的堿基，轉(zhuǎn)行時所加的連字符容易被誤認為省略了一個堿基。

國內(nèi)中文期刊中，引物序列符號轉(zhuǎn)行時不加連字符的期刊占 57.50%，轉(zhuǎn)行時加連字符的期刊占42.50%。SCI收錄的國外期刊中，引物序列符號轉(zhuǎn)行時不加連字符的占 92.00%，轉(zhuǎn)行時加連字符的占8.00%，后者基本為亞洲和非洲期刊。

1.2.5 SNP基因芯片型號的現(xiàn)行編排格式

基因芯片又稱DNA 芯片(DNA chip)、DNA 微陣列(DNA microarray)、DNA 微陣列芯片(DNA microarray chip)，是以預(yù)先設(shè)計的方式將大量的生物訊息密碼(寡核苷酸、cDNA、基因組DNA 等)固定在玻片、硅片、聚丙烯膜、尼龍膜等固相載體上組成的密集分子陣列[17]。其中的SNP(Single Nucleotide Polymorphisms，單核苷酸多態(tài)性)基因芯片有90K、60K等不同型號。SCI收錄的國外期刊中，這種K為大寫者占96.00%，為小寫者僅占4.00%，并且與數(shù)字之間均無空格。但國內(nèi)中文期刊中，這種K有大寫、小寫、與數(shù)字之間留空格和不留空格4種格式，如90K、90,K、90k、90,k，有時同一篇論文中出現(xiàn)4種或3種格式：K為大寫、與數(shù)字之間無空格的期刊占38.75%；K為小寫、與數(shù)字之間有空格或無空格的期刊占17.50%；在不同文章或同一篇文章中格式不統(tǒng)一的期刊占31.25%。

2 上述符號的規(guī)范編排建議

沒有統(tǒng)一的國家標準，可能是造成我國眾多科技期刊分子生物學(xué)名詞符號編排不規(guī)范的主要原因。因此，中國科技期刊編輯學(xué)會應(yīng)該盡快牽頭制定與上述分子生物學(xué)符號編排格式有關(guān)的國家標準，讓相關(guān)期刊有據(jù)可依。在標準制定中，應(yīng)以《TIG遺傳命名指南》為基準，以方便期刊排版操作為原則，以多數(shù)國際性期刊的習慣格式為標樣。筆者在此提出幾點建議，供標準制定者和有關(guān)期刊參考：①根據(jù)《TIG遺傳命名指南》及90%國外期刊的慣例，建議基因和位點符號中的字母和數(shù)字都用斜體。②根據(jù) 80%以上國外期刊的慣例，建議引物和標記符號中的字母和數(shù)字都用正體。③將引物序列盡量排在同一行，必須轉(zhuǎn)行時，一定不要加連字符。④根據(jù) 95%以上國外期刊的慣例，建議SNP基因芯片型號中的字母大寫，字母與數(shù)字之間不留空格?！?/p>

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