豬圓環(huán)病毒3型在瑞典豬群中的檢測和遺傳特征分析

張愛瓊，梁海英，曾智勇（編譯）

（貴州大學(xué)動物科學(xué)學(xué)院，貴州 貴陽 550025）

圓環(huán)病毒（PCV）是圓環(huán)病毒科圓環(huán)病毒屬無包膜單股環(huán)狀DNA病毒。從全球范圍來看，目前在豬群中鑒定出的有3種不同類型：PCV1、PCV2和PCV3，PCV1被廣泛認(rèn)為是非致病性的，而PCV2與一系列豬圓環(huán)病毒疾病相關(guān)，導(dǎo)致廣泛的臨床癥狀，給全球豬生產(chǎn)造成嚴(yán)重經(jīng)濟(jì)損失。豬圓環(huán)病毒3型（PCV3）是一種新型圓環(huán)病毒，首次在美國發(fā)現(xiàn)，隨后在中國、韓國、波蘭和意大利等國家檢出，其基因組大小為2 000 bp，主要編碼Rep和Cap蛋白?；赑CV3在許多國家和地區(qū)的廣泛流行，為了解瑞典是否有PCV3的存在以及其基因組特性，Ye等應(yīng)用PCR技術(shù)對瑞典豬群進(jìn)行檢測分析。

其 根 據(jù) PCV3-US/SD2016（KX966193） 毒 株 設(shè)計2對 引 物（Rep-F 5'-TTTACGATAAACAACTGGA CCC-3'，Rep-R 5'-CATCTTCTCCGCAACTTCAG-3'，Cap-F 5'-CGTAGAAGTCTGTCATTCCA-3'和Cap-R 5'-AAGACGACCCTTATGCGG-3'）， 分 別 靶向PCV3的Rep基因和Cap基因，對1993年至2007年收集的49個存檔的淋巴結(jié)樣本的DNA[樣本之前已經(jīng)針對PCV2、Torque teno sus病 毒（TTSuV） 和 豬 博 卡 病毒（P BoV）進(jìn)行了研究]進(jìn)行檢測，PCR反應(yīng)體系如下 ：1×PCR 緩 沖 液，1.5 mM MgCl2，0.2 mM dNTP，0.2 mM每種引物和0.625 U AmpliTaq God DNA聚合酶。 反 應(yīng) 程 序 為：95 ℃ 10 min；95 ℃ 15 s，55 ℃ 30 s，72 ℃ 35 s，35個 循 環(huán) ；72 ℃ 5 min。 并 設(shè) 計 4條 引 物（Rep-F1 5'-CGAGAATTCCGAGATTGGCGAAGATTCC-3'Rep-R1 5'-CGAGAATTCTCTCGAGGTAATCCCCCT CT-3'，Cap-F1 5'-CGAGAATTCGCATAAGGGTCGTCT TGGAG-3'，Cap-R1 5'-CGAGAATTCTATGCGGAAAGT TCCACTCG-3'）擴(kuò)增PCV3全基因組，將純化的PCR產(chǎn)物插入pJET載體（Thermo Fisher）中送到Macrogen公司進(jìn)行測序，并運用生物信息學(xué)軟件DNAStar對PCV3測序序列進(jìn)行編輯和拼接，運用MEGA 5.0軟件進(jìn)行遺傳進(jìn)化樹的構(gòu)建與分析。

研究結(jié)果顯示，在49份樣品中檢測出有10份PCV3呈陽性，其中有1份不確定（只有Rep PCR呈陽性）；從2004年收集的樣品獲得一個PCV3基因組序列（PCV3/SWE84/2004）和一個微型PCV3樣病毒（MPCLV/SWE84/2004）基因組序列，GenBank登錄號分別為MG765473和MG765474。與先前報道的PCV3序列一樣，PCV3/SWE84/2004的長度為2 000 bp，包括編碼296個氨基酸 Rep蛋白和214個氨基酸 Cap蛋白的兩個開放閱讀框（ORF）。而MPCLV/SWE84/2004的長度只有839 bp，編碼假定的Rep蛋白和兩個未知功能的假定蛋白的ORF，但未鑒定到Cap蛋白，推測可能與PCV2樣截短和重新排列的基因組相似，當(dāng)PCV3以高感染復(fù)數(shù)傳代時可能產(chǎn)生MPCLV，這可能導(dǎo)致有缺陷的干擾性病毒顆粒僅保留基因組復(fù)制所需的基本順式元件。蛋白質(zhì)同源性分析發(fā)現(xiàn)，PCV3/SWE84/2004和MPCLV/SWE84/2004與中國的PCV3 Guangdong-HY1/2016株（MF589102）同源性最高為100%，與其他國家的PCV3同源性在99%～100%之間，與PCV1和PCV2同源性在24%～44%之間。遺傳進(jìn)化樹分析顯示PCV3/SWE84/2004和MPCLV/SWE84/2004與PCV3/CN/Guangdong-HY1/2016（MF589102）和PCV3-US/MN2016（KX898030）遺傳關(guān)系最近，與PCV1和PCV2遺傳關(guān)系相距較遠(yuǎn)。此外，在10份PCV3陽 性 樣 品 中 有 70% 的 PCV3 陽 性 豬 分 別 與TTSuV1 和 TTSuV2 共感染，50% 與 PBoV 共感染。

總之，其首次在瑞典豬群中檢測到PCV3的存在，并且使用的樣品是在1993年至2007年期間的，表明該病毒已經(jīng)在瑞典流傳了很長一段時間，最近才被發(fā)現(xiàn)。由于豬中鑒定出其他“新”病毒如PBoV，PCV3和MPCLV，因此了解這些共同感染可能對豬的潛在作用，建立體外和體內(nèi)實驗系統(tǒng)結(jié)合臨床病理至關(guān)重要。

編譯自：Ye等. Virus Genes (2018) 54：466-469